Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ATP sintase merupakan salah satu enzim sistem fosforilasi oksidatifyang berlangsung pada mitokondria, dan berperan dalam proses kondensasiADR dan Pi menjadi ATP, menggunakan energi yang timbul dari rantairespirasi. ATP sintase terdiri dari 2 baglan Fo dan Fi yang terdlrl dari 12subunit pollpeptlda. Situs katalitik dari ATP sintase terletak pada subunit p.Gen penyandi ATP sintase subunit 3 terdiri dari 10 ekson dan 9 intron.Penelitian ini bertujuan untuk meiihat adanya SNP {Single NucleotidePolymorphism) pada ekson delapan gen ATP sintase subunit 3 pada individunormal Indonesia. Sampel yang digunakan berjumlah dua buah, satu sampeidari popuiasi Dayak yang mewakili Austronesia dan satu sampel daripopulasi Papua mewakili Austroloid. Amplifikasi daerah ekson delapandilakukan menggunakan metode PGR, menggunakan pasangan primerF7406-R8174. menghasiikan fragmen DNA sebesar 769 pb. Sekuensdaerah ekson delapan diperoleh dengan menggunakan primer internal F7849dan primer R8174 dalam reaksi sekuensing. Alignment sekuens daerahekson delapan dari kedua sampel dengan sekuens referensi publikasi ;Neckelmann dan kawan-kawan memperlihatkan kesamaan susunan basa"

"ABSTRAKPemeriksaan mutasi gen PIK3CA penting dilakukan karena mutasi pada gen tersebut menyebabkan penderita kanker payudara dengan subtipe HER 2 mengalami resistensi terhadap terapi trastuzumab. Kit komersial pendeteksi mutasi gen PIK3CA yang beredar di pasaran dibuat berdasarkan genotipe kaukasia/Amerika. Penelitian telah dilakukan untuk mengetahui profil mutasi gen PIK3CA ekson 20 dari penderita kanker payudara di Sumatera Barat. Hasil sekuensing menunjukkan mutasi gen PIK3CA ditemukan 5 dari 68 sampel uji (7,35%) dan paling sering terjadi pada subtipe luminal. Mutasi tersebut berupa silent mutation T1025T (4,41%) dan missense mutation H1047R (2,94%). Hasil penelitian menunjukkan bahwa mutasi gen PIK3CA Ekson 20 tidak berasosiasi dengan keberadaan reseptor ER, PR, dan HER 2. Mutasi yang ditemukan dalam penelitian ini dapat digunakan sebagai referensi pembuatan kit deteksi mutasi gen PIK3CA meskipun tidak berasosiasi dengan parameter patologiklinik.

---

ABSTRACTExamination of PIK3CA mutations in breast cancer patients is important because contributed to trastuzumab resistance problem in breast cancer subtype HER 2. Since commercial kit to detect PIK3CA mutation which now widely used were made based on caucasia/America genotype, not based on genotype Indonesia. The research has been conducted to determine the profile of the PIK3CA exon 20 mutations of the breast cancer patients in West Sumatra. Sequencing result showed that 5 out of 68 samples PIK3CA (7.35 %) had PIK3CA mutations and mostly occur in the luminal subtype. Mutations found were silent mutation T1025T (4.41 %) and missense mutation H1047R (2.94%). Meanwhile, this research results that PIK3CA mutation in exon 20 does not associated with the presence of ER, PR, and HER 2 reseptors respectively. However, mutations found in this research was expected to use as a reference in devloping detection kit of PIK3CA mutation regardless the negative association with clinical pathology parameters;"

"Latar Belakang : Kasus difteri yang disebabkan oleh C. diphtheriae masih terus terjadi sampai saat ini. Variasi level ekspresi toksin yang dipengaruhi oleh diphtheria toxin repressor dan tox promoter/operator diduga sebagai salah satu penyebabnya. Oleh karena itu, dilakukan karakterisasi genetik untuk mengetahui kemungkinan adanya mutasi pada gen repressor dan promoter/operator tersebut.Metode : Isolasi DNA dilakukan pada sepuluh isolat yang telah terkonfirmasi sebagai penghasil toksin. DNA tersebut diamplifikasi menggunakan primer spesifik untuk gen dtxR (681 bp) dan toxPO (320 bp) untuk mendapatkan fragmen target. Selanjutnya, urutan nukleotida sekuen DNA diperoleh melalui DNA sekuensing dan dianalisis menggunakan analisis bioinformatika.Hasil : Berdasarkan analisis mutasi, sekuen dtxR menunjukkan adanya mutasi DNA namun asam amino tidak berubah. Sementara itu, sekuen toxPO menunjukkan adanya insersi satu nukleotida pada 60% isolat bakteri. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa isolat Indonesia tersebar menjadi 3 clade berdasar dtxR dan 4 clade berdasar sekuen toxPO dengan 2 clade unik Indonesia.Kesimpulan : Promoter toksin yang mengalami insersi diduga berperan penting dalam mekanisme patogenisitas C. diphtheriae dalam menyebabkan penyakit. Namun, perlu dilakukan uji laboratorium untuk melihat pengaruh insersi terhadap toksigenisitas bakteri menggunakan metode kultur sel atau pengukuran level mRNA.

---

Background : Nowadays, The diphtheria cases caused by C. diphtheriae still exist. The variation of toxin expression level influenced by diphtheria toxin repressor (dtxR) and tox promoter/operator (toxPO) was considered as one of the causes for diphtheria existence. Therefore, a genetic characterization was performed to determine a mutation in both sequences.

Methode : DNA isolation was performed to ten isolates that have been confirmed as toxin producers. The DNA was amplified using a specific primer for the dtxR (681 bp) and toxPO (320 bp) genes to obtain the target fragment. Further, nucleotides sequences of DNA sequence was obtained through DNA sequencing to be analyzed using bioinformatics analysis.

Result : Based on the mutation analysis, the dtxR sequence showed the presence of DNA mutations but it did not change the amino acid. Meanwhile, the toxPO sequence showed the insertion in 60% bacterial isolates. The results of phylogenetic analysis showed that Indonesian isolates spread into 3 clade based on dtxR and 4 clade based on toxPO sequence with 2 unique Indonesian clade.

Conclusion : The insertions in the toxin promoter area are indicated taking an important role in the mechanism of C. diphtheriae pathogenicity. However, a laboratory examination is necessary to investigate the influence of the insertion towards bacterial toxigenicity by using cell culture method or mRNA level measurement."

"Mukopolisakaridosis IVA (MPS IVA; Sindrom Morquio A) merupakan penyakit metabolik yang diturunkan secara autosomal resesif. Penyakit MPS IVA terjadi akibat defisiensi enzim N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) yang menyebabkan senyawa keratan sulfat (KS) dan kondroitin-6-sulfat (K6S) tidak terdegradasi dan terakumulasi di dalam lisosom. Defisiensi enzim GALNS terjadi karena varian patogenik pada gen galactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) yang terletak di lokus 16q24.3. Jenis varian yang ditemukan pada penelitian sebelumnya meliputi single nucleotide variation (SNV) dan varian frameshift. Namun sampai saat ini belum ada penelitian analisis varian yang telah dilakukan pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada pasien MPS IVA di Indonesia. Penelitian dilakukan menggunakan empat pasien MPS IVA dan 50 individu normal sebagai kontrol. Daerah ekson 1--7 gen GALNS dari seluruh sampel yang telah diamplifikasi menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR) lalu disekuensing menggunakan teknik automated fluorescence DNA sequencing. Berdasarkan hasil analisis sekuensing DNA, variasi genetik ekson 1--7 gen GALNS pada populasi Indonesia berhasil diidentifikasi. Sebanyak 11 varian intronik, yaitu yaitu c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C, IVS5 + 134G>A, c.633 + 85C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, dan c.634 – 130T>C berhasil diidentifikasi. Sementara itu, sebanyak empat varian eksonik berhasil ditemukan, yaitu c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), dan c.708C>T (p.His236=).

---

Mucopolysaccharidosis IVA (MPS IVA) or Morquio A Syndrome, is a lysosomal storage disorder caused by the deficiency of N-acetylgalactosamine-6-sulfatase (GALNS) enzyme, resulting in accumulation of keratan sulfate (KS) and chondroitin-6-sulfate (C6S) in the lysosome and leads to tissue or organ damage. The enzyme deficiency occurs due to mutations in the galactosamine (N-Acetyl)-6-sulfatase (GALNS) gene located at locus 16q24.3. Variants identified by previous studies consisted of single nucleotide variation (SNV) and frameshift. This study aims to identify the genetic variation of exon 1--7 of GALNS gene in MPS IVA patients in Indonesia. The study was conducted using previously diagnosed MPS IVA patients and 50 normal individuals as controls. Based on the results of DNA sequencing analysis, genetic variations of exon 1--7 of GALNS gene in MPS IVA patients in Indonesian population have been identified. A total of 11 intronic variants, namely c.121 – 139G>A, c.244 + 86G>A, c.566 + 5T>C, IVS5 + 134G>A, c.633 + 84C>T, c.633 + 91T>C, c.633 + 125A>G, c.633 + 138C>A, c.634 – 20C>T, c.634 – 19G>A, and c.634 – 130T>C. Four exonic variants were also found, namely c.503G>T (p.(Gly168Val)), c.510C>T (p.Tyr170=), c.751C>T (p.Arg251*), and c.708C>T (p.His236=)."

"Kekeringan adalah salah satu faktor stres abiotik yang mengurangi produktivitas padi di Indonesia. OsDREB2A adalah anggota subfamili DREB dari faktor transkripsi AP2/ERF dan berperan dalam mengatasi stres kekeringan dengan langsung mengikat elemen DRE untuk mengatur ekspresi gen di hilir. Namun, penelitian lebih lanjut masih diperlukan untuk mengamati setiap gen OsDREB2A pada varietas padi lokal Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi gen OsDREB2A pada beberapa varietas padi lokal Indonesia, yaitu dari Jawa (Ciherang, Situ Bagendid, Way Apo), Kalimantan (Beras Hitam), Aceh (Sigupai). DNA diisolasi dari daun masing-masing varietas, diamplifikasi menggunakan PCR, kemudian dielektroforesis dan disekuensing. Data sekuensing dianalisis menggunakan DNA Baser, BioEdit dan kemudian divisualisasikan menggunakan server SWISS-MODEL, Database Proyek Anotasi Genom Padi, dan alat peta kromosom. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lima sampel memiliki cakupan query 100% dengan sekuens kultivar OsDREB2A Pokkali (KU159743.1), persentase identitas yang mirip 99,86% dibandingkan dengan kultivar R180 dan 99,62% dibandingkan dengan kultivar Nona Bokra. Perbedaan dalam struktur asam amino sembilan sampel dibandingkan dengan kultivar pembanding terletak pada panjang struktur ekor. Struktur asam amino masing-masing kultivar mengacu pada kromosom 1 pada lokus LOC_Os01g07120.

---

Drought is one of the abiotic stress factors that reduces rice productivity in Indonesia. OsDREB2A is a member of the DREB subfamily of AP2/ERF transcription factors and participates in drought stress by directly binding to DRE elements to regulate downstream gene expression. However, further research is still needed to observe each OsDREB2A gene in local Indonesian rice varieties. This research aims to explore the OsDREB2A gene in several local Indonesian rice varieties, namely from Java (Ciherang, Situ Bagendid, Way Apo), Kalimantan (Black Rice), Aceh (Sigupai). DNA was isolated from the leaves of each variety, amplified using PCR, and then electrophoresed and sequenced. Sequencing data were analyzed using DNA Baser, BioEdit and then visualized using the SWISS-MODEL server, Rice Genome Annotation Project Database, and chromosome map tools. The results showed that five samples had 100% query cover with the Pokkali OsDREB2A (KU159743.1) cultivar sequence, 99.86% similar percent identity compared to cultivar R180 and 99.62% similar percent identity compared to cultivar Nona Bokra. The difference in the amino acid structure of the nine samples compared to comparison cultivars lies in the length of the tail structure. The amino acid structure of each cultivar refers to chromosome 1 at the LOC_Os01g07120 locus."

"Kanker kolorektal adalah penyakit neoplasma ganas yang tumbuh dan berkembang pada saluran usus besar dan atau rektum. Terapi anti EGFR menggunakan agen biologis antibodi monoklonal cetuximab dan panitumumab diketahui memberikan tingkat penyembuhan yang baik pada pasien kanker kolorektal. Pasien dengan mutasi pada gen NRAS dan KRAS cenderung resisten terhadap terapi anti EGFR, sehingga penting dilakukan pemeriksaan kedua gen tersebut sebelum pemberian terapi. Pemeriksaan gen NRAS belum tersedia di Indonesia karena minimnya data mengenai mutasi gen tersebut pada populasi Indonesia. Penelitian dilakukan untuk mengetahui profil mutasi pasien gen NRAS pada 58 sampel pasien kanker kolorektal di Jakarta. Pemeriksaan mutasi dilakukan pada exon 2(codon 12 & 13) dan exon 3 (codon 61) gen NRAS menggunakan metode sekuensing. Analisis elektroferogram sekuensing menunjukan mutasi gen NRAS ditemukan pada 6,9% (n=58) sampel uji. Hasil uji statistik fischer exact test dua arah menunjukan tidak adanya asosiasi mutasi gen dengan kelompok usia pasien dan jenis kelamin. Gen NRAS ditemukan termutasi pada codon 12 (1,7 %) dan codon 61 (5.2%). Tidak ditemukan adanya mutasi pada codon 13 gen NRAS.

---

Colorectal cancer is a neoplasm disease that arise in inner lining of colon or rectum. Anti EGFR therapy such as cetuximab and panitumumab were widely used to suppress metastases colorectal cancer in patient and decided as gold standard therapy. Mutation either KRAS or NRAS gene will reduced effectifity of anti EGFR therapy, hence genotyping of KRAS and NRAS gene must be executed before. NRAS genotyping test not yet available in Indonesia due to lack of information about this gene. This study was subjected to understanding profile of NRAS gene mutation in Jakartans colorectal cancer patient. Mutation screening was perform by sequencing method, notably exon 2 (codon 12&13) and exon 3 (codon 61). Electropherograms analysis shows that NRAS mutation found in 6,9% samples (n=58). NRAS mutation found in codon 12 (1,7%), codon 61 (5,2%), and there was no mutation found in codon 13. Fischer exact test statistical analysis summarized that there was no significant association of NRAS mutation with both sex and age."

"ABSTRAKPendahuluan: Tuberkulosis Multi Drug Resistan TB MDR merupakan tantangan besar dalam pencegahan dan pemberantasan tuberkulosis TB . N-Asetiltransferase 2 NAT2 adalah enzim pemetabolisme yang diketahui dapat mempengaruhi variabilitas farmakokinetik isoniazid INH . Penelitian sebelumnya menemukan kadar INH pada pasien TB lebih rendah pada kelompok asetilator cepat dibandingkan kelompok asetilator lambat. Keadaan subterapi merupakan faktor risiko terjadinya resistensi obat yang didapat. Teori yang berkembang sebelumnya meyakini bahwa polimorfisme gen NAT2 tidak mempengaruhi keluaran pengobatan pasien termasuk resistensi, namun data terbaru menunjukkan arah yang sebaliknya. Penelitian ini bertujuan untuk menilai hubungan polimorfisme gen NAT2 dengan kejadian TB MDR pada pasien dengan riwayat pengobatan obat antituberkulosis.Metode: Penelitian ini merupakan penelitian observasional pendahuluan. Dari 30 pasien TB MDR dan 30 pasien TB kelompok pembanding diambil sampel darah untuk pemeriksaan genotip NAT2. Isolasi DNA dilakukan dari sampel darah kemudian amplifikasi dilakukan dengan teknik polymerase chain reaction PCR . Produk PCR kemudian disekuensing.Hasil: Dari 60 subjek didapatkan 57 data genotip NAT2. Delapan alel NAT2 yang ditemukan dari keseluruhan sampel yaitu NAT2 4, NAT2 5A, NAT2 6A, NAT2 6C, NAT2 6F, NAT2 7B, NAT2 12, dan NAT2 13. Alel yang paling banyak ditemukan pada kedua kelompok adalah NAT2 4. Alel pembawa sifat asetilator cepat ditemukan 74.1 pada kelompok TB-MDR dibandingkan 71.4 pada kelompok pembanding. Proporsi asetilator cepat pada kelompok TB MDR memperlihatkan angka yang lebih tinggi dibandingkan kelompok pembanding 89.65 vs 85.71 dan asetilator lambat yang lebih sedikit pada kelompok TB MDR dibandingkan kelompok pembanding 10.35 vs 14.29 . Namun demikian perbedaan yang ditemukan tidak terlalu besar dan tidak bermakna secara statistik p=0.706 Kesimpulan: Hasil penelitian ini memperlihatkan tidak ada hubungan antara polimorfisme gen NAT2 dengan kejadian TB MDR pada pasien TB dengan riwayat pengobatan sebelumnya. Diperlukan penelitian dengan jumlah subjek yang lebih besar untuk mengkonfirmasi hasil penelitian ini.

---

ABSTRACTBackground Multi Drug Resistance Tuberculosis MDR TB is a major challenge in the prevention and eradication of tuberculosis TB . N Acetyltransferase 2 NAT2 is an enzyme known to affect the pharmacokinetic variability of isoniazid INH . Previous research in TB patients found INH levels were lower in rapid acetylators compared to slow acetylators. Subtherapeutic state of INH is a risk factor for acquired drug resistance. It has been argued that NAT2 genetic polymorphism did not influence the treatment outcomes of TB patients, including resistance, but recent findings suggest the opposite direction. This study aimeds to assess the NAT2 genetic polymorphism assosiation with the occurrence of MDR TB in patients with history of previous anti tuberculosis drug treatment.Methods This study is a preliminary observational study. Blood samples were taken from 30 MDR TB patients with history of previous anti tuberculosis drug treatment and 30 TB patients as a control group. DNA was isolated from blood sampels, then amplified using the polymerase chain reaction followed by DNA sequencing.Results Among 60 subjects, 57 NAT2 genotype data were obtained. Eight NAT2 alleles were found from the overall sample which are NAT2 4, NAT2 5A, NAT2 6A, NAT2 6C, NAT2 6F, NAT2 7B, NAT2 12, and NAT2 13. NAT2 4 allele is the most common allel in both groups. Fast acetylator alleles were 74.1 in MDR TB group, compared to 71.4 in the control group. When converted to predicted phenotypes, proportion of fast acetylators in MDR TB arm was higher than the comparator arm 89.65 vs 85.71 while the slow acetylator were fewer in MDR TB arm compared to the comparator 10.35 vs 14.29 . However, the differences were small and didn rsquo t meet statistical significance criteria p 0.706 .Conclusions. This study showed no association between polymorphism of NAT2 gene and the occurrence of MDR TB. Larger study with more subjects is required to confirm these findings."

"ABSTRAKInfeksi saluran pernafasan akut ISPA merupakan infeksi yang paling sering terjadi pada manusia dengan angka morbiditas dan mortalitas yang tinggi, terutama di negara-negara Asia Tenggara dan Afrika. Sudah diketahui bahwa sebagian besar ISPA disebabkan oleh virus, namun data mengenai etiologi virus di negara berkembang, terutama Indonesia masih terbatas. Studi ini menggunakan metode molekuler berupa PCR dan sekuensing untuk deteksi serta karakterisasi virus saluran nafas umum, termasuk virus zoonosis pada sampel swab orofaring. Subjek studi sebanyak 100 pasien anak dan dewasa dengan gejala infeksi saluran nafas yang datang ke RSU Tabanan. Dari 100 pasien didapatkan angka deteksi virus positif sebesar 40 dan angka ko-deteksi 7 . Pada anak-anak angka deteksi positif mencapai 46 28/61 , sedangkan pada dewasa sebesar 31 12/39 . Virus utama yang terdeteksi adalah influenza 15 , enterovirus 14 dan herpesvirus 11 . Subtipe virus yang mendominasi hasil deteksi yaitu H3N2, human rhinovirus A dan human betaherpesvirus 5. Sebagai kesimpulan, diantara pasien-pasien dengan ISPA di Tabanan, sebagian besar virus yang terdeteksi adalah virus influenza dengan subtipe H3N2.

---

ABSTRACT

Acute respiratory tract infection ARTI is the most common infection in human being. The morbidity and mortality rate is high, especially in Southeast Asia and Africa. While it is known that ARTIs are most commonly caused by virus, there are limited data about viral etiology of ARTI in developing countries, especially Indonesia. This study used molecular method to detect 10 common respiratory viral pathogens and zoonotic respiratory viruses. We collected oropharyngeal swabs from 100 patients in Tabanan Regency Hospital suspected with respiratory illness from all age groups. Among 100 patients tested, 40 tested positive for virus, with co detection rate 7 . In addition, positive detection rate in children was 46 28 61 and in adult 31 12 39 . Viruses that were most commonly detected include influenza 15 , enterovirus 14 and herpesvirus 11 . Among them, influenza virus subtype H3N2, human rhinovirus A and human betaherpesvirus 5 was the most frequently detected. In conclusion, among patients with ARTI in Tabanan Regency Hospital, influenza virus subtype H3N2 was the most predominant virus detected. "

"Enzim asparaginase digunakan untuk terapi penyembuhan leukemia pada anak-anak (Acute Lymphoblastic Leukemia). Produksi enzim asparaginase saat ini sebagian besar berasal dari bakteri E. coli dimana penggunaanya menimbulkan reaksi alergi. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi gen asparaginase yang berasal dari bakteri Erwinia sp. dan Bacillus circulans, serta melakukan kloning dan sekuensing pada gen asparaginase yang didapat. Isolasi gen dilakukan dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction) dengan menggunakan genom DNA bakteri Erwinia sp. dan Bacillus circulans dengan primer yang telah didesain. Primer yang didisain adalah primer degenerated hasil alignment dari berbagai gen asparaginase yang berasal dari bakteri yang bergenus sama. Dengan menggunakan primer tersebut, berhasil didapat amplikon PCR yang spesifik dari genom bakteri Erwinia raphontici, Erwinia cypripedii, dan Bacillus circulans. Produk PCR diligasikan pada vektor cloning pGEM-T Easy dan dilanjutkan dengan mentransformasikannya ke E. coli. Sekuensing dilakukan pada transforman yang positif. Hasil sekuensing dianalisis dan di dapat gen asparaginase untuk sekuens Erwinia raphontici dan Bacillus circulans yang diprediksi dapat menyandikan enzim aktif.

---

Asparaginase is to be used for the treatment of acute lymphoblastic leukaemia (ALL) in children. Nowadays, production of asparaginase is mainly from E. coli that can lead to allergic reactions. This research was designed to isolate asparaginase gene from Erwinia sp. and Bacillus circulans, to clone and to sequence asparaginase gene obtained before. Gene isolation was conducted with PCR (Polymerase Chain Reaction) method using Erwinia sp. and Bacillus circulans?s DNA genome with primer that was already designed. Designed primer was degenerated primer as an alignment result from the same genus bacteria genes. By using the mentioned designed primer, specific PCR product was successfully retrieved from Erwinia raphontici, Erwinia cypripedii, and Bacillus circulans?s genome. PCR product was ligated to a cloning vector pGEM-T Easy and was continued to be transformed to E. coli. Sequencing was conducted to positive transformans and the sequences result was analyzed. Erwinia raphontici and Bacillus circulans?s sequence was successfully retrieved and predicted to encode the putative asparaginase."

"ABSTRAKPenelitian telah dilakukan untuk melihat variasi genetik pada tanaman kakao(Theobroma cacao L.) Trinitario yang diperoleh dari hasil eksplorasi dan seleksidi Provinsi Lampung, yaitu HJ1, HJ2, HJ3 dan HJ4 serta tanaman kakaoTrinitario tetua, yaitu DR2. Identifikasi dilakukan dengan membandingkan sekuendaerah matK pada genom DNA kloroplas. Isolasi genom dilakukan pada sampeldaun kakao yang tua dan segar. Selanjutnya, dilakukan amplifikasi denganmenggunakan dua primer yang berbeda, yaitu Mac 02 (872 bp) dan Mac 09(1.153 bp). Hasil sekuensing yang diperoleh menunjukkan terdapat variasi genetikpada sampel HJ3 yang diamplifikasi dengan menggunakan primer Mac 09.Dendrogram yang dikonstruksi menggunakan metode UPGMA menunjukkanbahwa tanaman kakao hasil eksplorasi dan seleksi (HJ1, HJ2, HJ3 dan HJ4)mengelompok ke dalam satu cluster, dan sampel DR2 merupakan tetua darikeempat tanaman kakao hasil eksplorasi dan seleksi tersebut.

---

ABSTRACTThe research was conducted to know the genetic variation in the Trinitario cacaoplant (Theobroma cacao L.) obtained from exploration and selection in LampungProvince, named HJ1, HJ2, HJ3 and HJ4 and the elder Trinitario cacao crop,named DR2. The identification was performed by comparing the DNA sequenceof the matK region in chloroplasts DNA genome. Genomic isolation was carriedout on samples of an old and fresh cacao leaf. Furthermore, the amplification wasconducted using two different primers, named Mac 02 (872 bp) and Mac 09(1.153 bp). The sequencing results obtained indicate genetic variations in samplesthat amplified using Mac 09 primer. Dendrogram that was constructed usingUPGMA method showed that the cacao plant from the exploration and selection(HJ1, HJ2, HJ3 and HJ4) are grouped into one cluster, and the DR2 plant are theelder of that four cacao plant."