Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Mukormikosis adalah infeksi jamur yang disebabkan jamur ordo Mucorales. Diantara genus yang tergabung dalam ordo Mucorales, Rhizopus sp. merupakan genus yang paling sering menyebabkan infeksi (70%) dan diikuti genus Mucor serta Lichtheimia. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan diagnosis mukormikosis pada jaringan biopsi berbasis molekular. Sebanyak 17 sampel jaringan uji yang akan diisolasi untuk mendapatkan DNA jamur menggunakan KIT QIAGEN dengan menggunakan tiga pasang primer (ITS1-4, ITS1-2 dan ITS86-4). Hasil penelitian didapatkan bahwa identifikasi jamur Mucorales dari regio ITS dapat dilakukan pada sampel jaringan. Dari ketiga primer tersebut, ITS1- 4 hanya berhasil amplifiaksi (6/17) atau 35% sampel uji dan pada primer ITS1-2 dan ITS86-4 dapat teramplifikasi dengan baik pada semua jaringan. Ketiga primer tersebut dapat digunakan dalam penegakan diagnosis mukormikosis berbasis molekular, dan primer terbaik dalam identifikasijamur Mucorales adalah ITS1- ITS2 dan ITS86-ITS4. Identifikasi berbasis molekular lebih baik dari pada metode konvensional (KOH dan kultur).

---

Mucormycosis is a fungal infection caused by fungi of the ordo Mucorales. Among thegenera belonging to the ordo Mucorales, Rhizopus sp. is the genus that most often causes infection (70%) and is followed by the genera Mucor and Lichtheimia. The aim of this study was to develop a diagnosis of mucormycosis in molecular- based biopsy tissue. A total of 17 test tissue samples will be isolated to obtain fungal DNA using the QIAGEN KIT using three pairs of primers (ITS1-4, ITS1- 2, and ITS86-4). The results showed that the identification of Mucorales fungi from the ITS region could be carried out on tissue samples. Of the three primers, ITS1-4 only succeeded in amplification (6/17) or 35% of the test sample, and ITS1- 2and ITS86-4 primers were amplified well in all tissues. These three primers can be used in themolecular-based diagnosis of mucormycosis, and the best primers for the identification of Mucorales fungi are ITS1-ITS2 and ITS86-ITS4. Molecular-based identification is better than conventional methods (KOH and culture)."

"Pendahuluan: Barier alamiah berupa membrane sel, kompartemen endosom, dan membrane inti sel yang menghalangi DNA ekstraseluler untuk mencapai target kerja dalam inti sel dalam mengawali proses pembentukan protein transgen. Sistem penghantar DNA, dalam hal ini protein penghantar DNA (PPD) dikembangkan untuk menghindari penghalang seluler tersebut. Karena sel tubuh berada dalam keadaan tidak membelah, maka diharapkan PPD tersebut dapat berfungsi pada sel tidak membelah. Metodologi: Metodologi yang dipakai adalah telaah literature, pengkloningan, dan uji in vitro. Dilakukan telaah literature untuk mencari peptida yang memiliki 1) kemampuan untuk masuk ke dalam sel/ berfusi dengan membran sel hospes, 2) kemampuan mengikat DNA, 3) kemampuan menghantarkan DNA melalui nuclear localization signal (NLS). Sekuen protein diubah menjadi DNA dengan menggunakan perangkat lunak. Setelah menjadi fragmen DNA, maka langkah selanjutnya DNA di klon ke dalam plasmid pQE80L untuk menghasilkan plasmid rekombian pengekspresi PPD. PPD diperoleh dengan cara mengekspresikannya ke dalam sistem prokariota. Setelah PPD dimurnikan, dilakukan uji fungsi kemampuan PPD menghantarkan DNA pada sel kultur membelah dan tidak membelah. Hasil: Berdasarkan telaah literature dihasilkan 5 rancangan PPD ALMR, SIMR, VPMR, THB2 dan THB4. Studi bioinformatika menunjukkan THB4 tidak dapat mengikat DNA dan bergerak ke inti sel. Proses pengkloningan menghasilkan 4 klon dan salah satu dari 4 kandidat PPD, THB2, tidak dapat diekspresikan dalam prokariota. ALMR, SIMR dan VPMR memiliki kemampuan untuk mengikat DNA dan melindungi DNA dari efek nuclease. Uji in vitro menunjukkan hanya ALMR yang dapat menghantarkan pcDNA3.1eGFP ke inti yang ditandai oleh ekspresi transgen oleh CHOK1. Jika dibandingkan dengan Lipofectamine, efektivitas penghantaran DNA oleh ALMR pada sel membelah kurang efektif,namun penghantaran DNA oleh ALMR pada sel tidak membelah lebih efektif dibandingkan Lipofectamine. Penambahan ALMR ke dalam komplek Lipofectamine:DNA dapat meningkatkan efisiensi penghantaran DNA dan viabilitas sel. Kesimpulan: PPD yang dapat mengikat, melindungi, dan menghantarkan DNA ke dalam sel membelah dan tidak membelah telah berhasil diperoleh. Penggabungan PPD dengan lipofectamine dapat meningkatkan efisiensi dan efektivitas penghantaran DNA kedalam sel tidak membelah serta meningkatkan viabilitas sel tidak membelah pasca transfeksi.

---

Background: The journey of extracellular DNA to reach its active site, nucleus, is dependent on its capability to overcome cellular barriers such as cell membrane, endosomal compartment and nuclear membran. To overcome such natural barriers, we developed peptide-mediated DNA delivery system that could deliver DNA especially into non-dividing cells as the majority of human cells are found in nondividing state.

Methodology: Based on literature studies we found peptides that have capability 1) to translocate/fuse with cellular membrane, 2) to bind DNA and protect DNA from nuclease 3) as nuclear localization signal (NLS). We convert peptides into DNA sequences by using software. DNA coding peptide-mediated DNA delivery systems were synthesized by commercially and manually using conventional PCR. The DNA fragments were cloned into prokaryote-expression systems. After expression and purification, peptide-mediated DNA delivery systems were tested their capability to increase the efficiency and effectiveness of the transformation of extracellular DNA in dividing and non-dividing cells.

Result: We constructs 5 candidates of peptide-mediated delivery system. One of them has no capability to bind DNA and located using nucleus. One of the rest peptidemediated delivery system could not be expressed in prokaryote system. Furthermore, three candidates have capability to binds DNA and protect DNA from nuclease degradation. Based on in vitro study, only one candidate has the capability to deliver DNA pcDNA3.1 eGFP into CHOK1 nucleus that marked by the expression of transgen. Compared to the Lipofectamine, a commercial delivery system, the capability of ALMR to deliver DNA into dividing cell is less efficient, but the capability of ALMR to deliver DNA into non-dividing cells is more efficient compare to Lipofectamine. The addition of ALMR into lipofectamine-DNA complex could increasing both the percentage of transgeneexpressing cells and viability of cell.

Conclusions: We have gained one peptide-mediated delivery system that could bind, protect and deliver DNA from extracellular into intracellular environment of dividing and non dividing cells. The addition of peptide-mediated delivery into Lipofectamine could increase the efectivity of DNA transformation and increase the cell viability."

"Sekuen konsensus adalah subsekuen yang paling sering muncul pada sekuen DNA. Sekuen ini berguna untuk menentukan letak dari protein. Dalam mencari sekuen konsensus harus memperhatikan posisi tiap basa dari sekuen DNA. Terdapat pola tertentuk untuk mentukan sekuen ini. Pencarian sekuen konsensus pada umumnya dilakukan dengan cara menyejajarkan subsekuen DNA dan memberikan skor, sekuen yang memberikan skor maksimum akan dijadikan sekuen konsensus. Pencarian skor maksimum ini dapat dilakukan dengan pemrograman linier. Dalam skripsi ini akan dibahas pencarian sekuen konsensus dan posisinya pada sekuen DNA dengan mencari skor maksimum menggunakan metode pemrograman linier.

---

Consensus sequence is the most frequent subsequences at DNA sequences. This sequence used to find binding site of protein. To searching consensus sequence it is important to consider location every nucleotides on DNA sequences. There is specific pattern to find this sequence. Searching consensus sequence commonly done by aligning DNA subsequences and giving score, a subsequence which give maximum score will be consensus sequence. Searching maximum score can use linear programming. In this paper will discuss how to find consensus sequence and its location on DNA sequence with searching maximum score using linear programming method."

"DISAIN. Biopsi aspirasi jarum dilakukan pada 35 penderita Osteosarkoma antara Januari 1996 sampai dengan Juli 1999. Hasilnya dibandingkan dengan biopsi terbuka (BT) dan kesimpulan Konferensi Patologi Klinik (CPC). OBJEKTIF. Mengetahui ketepatan diagnosis biopsi aspirasi jarum dalam hal adekuasi dan akurasi, serta sensitifitas dan spesifisitasnya pada osteosarkoma. LATAR BELAKANG. Sampai saat lni biopsi terbuka menjadi standar dalam mendiagnosis suatu neoplasma pada umumnya dan Osteosarkoma khususnya. Biopsi terbuka memberikan material yang memadai namun mempunyai keterbatasan, risiko dan komplikasi. Biopsi tertutup dengan aspirasi memberikan beberapa keuntungan dengan hasil yang cukup akurat dan memungkinkan penegakan diagnosis secara dini sehingga meningkatkan kualitas penatalaksanaan.

---

DESIGN. Needle aspiration biopsies were performed on 35 patients with osteosarcoma between January 1996 and July 1999. The results were compared with open biopsy (BT) and clinical pathology conference (CPC) conclusions. OBJECTIVE. To know the accuracy of the diagnosis of needle aspiration biopsy in terms of adequacy and accuracy, as well as its sensitivity and specificity in osteosarcoma. BACKGROUND. Until now, open biopsies have become the standard in diagnosing a neoplasm in general and osteosarcoma in particular. Open biopsy provides adequate material but has limitations, risks and complications. Aspirational closed biopsy provides several advantages with fairly accurate results and allows for early establishment of diagnosis so as to improve the quality of management."

"ABSTRAKLatar Belakang: Efusi pleura merupakan masalah yang sering dijumpai oleh dokter paru. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan nilai diagnostik biopsi pleura tertutup dan pleuroskopi pada efusi pleura eksudat serta hubungan karakteristik subjek dan karakteristik penyakit dengan hasil diagnostik.Metode : Penelitian ini menggunakan desain potong lintang pada pasien efusi pleura eksudat yang dilakukan tindakan biopsi pleura tertutup atau pleuroskopi. Data diambil dari catatan medis pasien RSUP Persahabatan Jakarta 2013-2015.Hasil : Total 100 subjek yang dibagi menjadi 50 subjek dilakukan biopsi pleura tertutup dan 50 subjek yang dilakukan pleuroskopi. Karakteristik subjek kelompok biopsi pleura tertutup didapatkan 60 laki- laki, rerata usia 48,22 tahun, perokok 58 sedangkan pada kelompok pleuroskopi 52 perempuan, rerata usia 50,66 tahun dan 46 perokok. Nilai diagnostik biopsi pleura tertutup pada efusi pleura eksudat adalah 50 sedangkan nilai diagnostik pleuroskopi lebih tinggi yaitu 82 . Pada kelompok biopsi pleura tertutup secara statistik terdapat perbedaan bermakna antara usia p=0,020 , kadar protein cairan pleura p=0,026 dan karakteristik penyakit p=0,047 terhadap hasil diagnostik.Kesimpulan : Nilai diagnostik pleuroskopi lebih tinggi dibandingkan biopsi pleura tertutup pada pasien efusi pleura eksudat. Usia, kadar protein cairan pleura dan karakteistik penyakit berhubungan dengan hasil diagnostik biopsi pleura tertutup

---

ABSTRACTBackground Pleural effusion is a common diagnostic dilemma for the pulmonologist. The aim is to obtain the diagnostic value of closed pleural biopsy and pleuroscopy in exudative pleural effusion and the association of subjects characteristic and the characteristic of the disease with the diagnostic yield.Method This is a cross sectional study in patients with exudative pleural effusion which performed closed pleural biopsy and pleuroscopy. Data retrieved from the medical records of Persahabatan hospital from 2013 ndash 2015.Results A total of 100 subjects were divided into 50 subjects that performed closed pleural biopsy and 50 subjects performed pleuroscopy. Characteristics of closed pleural biopsy subjects were 60 male, mean age was 48,22 years and smokers were 58 while characteristics of pleuroscopy subjects, 52 female, mean age 50,66 years and 46 smokers. Closed pleural biopsy has a diagnostic value of 50 and pleuroscopy at 82 . There was a statistically significant relationship between age p 0,020 , pleural fluid protein level and disease characteristic with diagnostic yield of closed pleural biopsy.Conclusion Pleuroscopy has higher diagnostic value than closed pleural biopsy in patients with exudative pleural effusion. Age, pleural fluid protein levels and disease characteristic are associated with diagnostic yield of closed pleural biopsy."

"

Enteropatogenik Escherichia coli (EPEC) merupakan salah satu bakteri patogen gram negatif yang menjadi penyebab diare khususnya pada bayi dan anak-anak. Aptamer yaitu oligonukleotida rantai pendek yang memiliki afinitas, spesifisitas, dan selektivitas yang tinggi terhadap targetnya, dimana memiliki potesi untuk dikembangkan dalam metode diagnosa patogen. Melalui metode Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) telah berhasil diisolasi 6 DNA Aptamer spesifik terhadap bakteri EPEC K1.1, dimana merupakan strain bakteri E.coli yang di isolasi dari anak-anak penderita diare di Indonesia. Metode karakterisasi yang dilakukan untuk melihat spesifisitas pengikatan aptamer terhadap target bakteri didapatkan dua aptamer terbaik yaitu S8-7 dan S10-5, dengan nilai Kd yang berada pada rentang nanomolar. Pengembangan kedua aptamer terbaik sebagai biosensor (Aptasensor) berbasis AuNP (nanopartikel emas) terhadap bakteri target EPEC K1.1 menunjukan adanya sensitivitas deteksi bakteri pada 10⁷ CFU/mL untuk aptamer S8-7 dan 10⁸ CFU/mL untuk aptamer S10-5, dimana dengan inkubasi lebih lama dapat mendeteksi bakteri pada 10⁶ CFU/mL. Selanjutnya kedua aptamer tersebut menunjukkan spesifisitas deteksi terhadap bakteri EPEC K1.1 dibandingkan dengan bakteri uji yang lain. Hasil tersebut menunjukkan bahwa kedua aptamer berpotensi sebagai biosensor dalam mendeteksi keberadaan bakteri patogen EPEC K1.1.

---

Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is a gram-negative pathogenic bacterium that can cause diarrhea, especially in infants and children. Aptamers are short chain oligonucleotides that have high affinity, specificity, and selectivity to their targets, which have the potential to be developed as a method of diagnosing pathogens. Through the Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) method, 6 DNA aptamer specific to EPEC K1.1 bacteria have been isolated. EPEC K1.1 is a strain of E.coli bacteria that isolated from children with diarrhea in Indonesia. The characterization method carried out to evaluate aptamer binding specificity to bacterial target and obtained two best aptamer, S8-7 and S10-5, with Kd values in the nanomolar range. The development of the best two aptamer as Aptasensor with AuNP (gold nanoparticles)-based biosensors against the target bacteria EPEC K1.1 showed bacterial detection sensitivity or LOD (limit of detection) in 10⁷ CFU/mL for aptamer S8-7 and 10⁸ CFU/mL for aptamer S10-5, where with longer incubation it can detect bacteria at 10⁶ CFU/mL. Furthermore, the two aptamer showed specificity detection against EPEC K1.1 bacteria compared to other test bacteria. These results indicate that both aptamers have potential as biosensors in detecting pathogenic bacteria EPEC K1.1.

"

"SARS-CoV-2 sebagai virus penyebab COVID-19 yang berikatan dengan reseptor ACE-2 untuk masuk ke dalam sel inang melalui protein spike-1. Protein spike-1 dapat menjadi target pencegahan COVID-19 melalui pengembangan vaksin. Vaksin berbasis DNA merupakan kandidat vaksin yang menjanjikan untuk dikembangkan. Spesimen naso-oro faring pasien COVID-19 yang telah dikonfirmasi dengan RT-PCR, diekstraksi dan diamplifikasi dengan menggunakan primer kloning terhadap plasmid pUMVC4a. Hasil sekuensing dianalisis dengan SeqScape 3.0 dan MEGA 11. Analisis epitop sel B dilakukan dengan berbagai piranti lunak berbasis web. Konstruksi DNA vaksin dilakukan melalui analisis in silico menggunakan SnapGene 6.0 serta in vitro melalui teknik DNA Rekombinan. Gen spike-1 teramplifikasi dengan ukuran 2.265 bp, namun ligasi ke pUMVC4a dan transformasi ke E.coli strain DH5α belum berhasil. Berdasarkan analisis, seluruh sekuen memiliki mutasi D614G dengan isolat A dan B memiliki PNI yang dekat dengan varian Wuhan wt sementara 5 isolat (C-G) termasuk dalam varian Omicron. Berdasarkan sifat antigenisitas, toksisitas, alergenisitas, topologi dan hidrofobisitas, empat belas sekuen asam amino (pada posisi 68-678 protein S-1) diajukan sebagai epitop terpilih. Terdapat 14 sekuens asam amino pada protein spike-1 SARS-CoV-2 yang dapat diajukan sebagai domain epitop sel B dalam pengembangan vaksin COVID-19 berbasis DNA.

---

SARS-CoV-2 as the virus that causes COVID-19 binds to the ACE-2 receptor to enter host cells via the spike-1 protein. Spike-1 protein can be a target for preventing COVID-19 through vaccine development. DNA-based vaccines are promising vaccine candidates to be developed. Naso-oropharyngeal specimens of COVID-19 patients confirmed by RT-PCR were extracted and amplified using clone primers against the plasmid pUMVC4a. The sequencing results were analyzed with SeqScape 3.0 and MEGA 11. B cell epitope analysis was performed with various web-based software. Vaccine DNA construction was carried out through in silico analysis using SnapGene 6.0 and in vitro using Recombinant DNA techniques. The spike-1 gene was amplified with a size of 2,265 bp, but ligation to pUMVC4a and transformation to E.coli strain DH5α were not successful. Based on the analysis, all sequences have the D614G mutation with isolate A and B having a PNI that is close to the Wuhan wt variant while 5 isolates (C-G) belong to the Omicron variant. Based on antigenicity, toxicity, allergenicity, topology and hydrophobicity, fourteen amino acid sequences (at positions 68 - 678 of protein S-1) were proposed as selected epitopes. There are 14 amino acid sequences in the SARS-CoV-2 spike-1 protein that can be proposed as B cell epitope domains in the development of a DNA-based COVID-19 vaccine."

"Pendahuluan : Biospesimen adalah sampel material berasal dari bagian makhluk hidup yang mengandung materi genetik berupa DNA. Untuk mendapatkan DNA dengan kualitas baik, diperlukan juga biospesimen dengan kualitas baik. Salah satu faktor yang mempengaruhi kualitas DNA adalah lama waktu penyimpanan. Namun, beberapa penelitian menunjukkan hasil yang berbeda mengenai hubungan waktu penyimpanan dengan kualitas DNA. Sehingga, penelitian ini akan menganalisis kualitas DNA pada jaringan segar yang disimpan di atas dua tahun dan di bawah dua tahun. Kualitas DNA ini akan dinilai dengan tiga indikator, yakni kemurnian, konsentrasi, dan fragmentasi.Metode : Penelitian ini adalah penelitian analitik retrospektif menggunakan 50 sampel jaringan segar kanker yang disimpan pada suhu -80oC milik Biobank Riset-FKUI RSCM tahun 2015-2018. Sampel dibagi dalam 2 kelompok yaitu kelompok waktu penyimpanan di atas 2 tahun dan di bawah 2 tahun. Uji kualitas sampel ini dilakukan dengan alat Nanodrop Thermoscientific 2000 untuk kemurnian serta konsentrasi dan Qubit Fluorometer 2.0 untuk konsentrasi DNA utuh serta Elektroforesis Gel Agarosa untuk melihat ada tidaknya fragmentasi fragmentasi DNA. Data yang diperoleh kemudian dianalisis menggunakan Mann-Whitney untuk data numerik (kemurnian dan konsentrasi), dan Chi-Square untuk data kategorik (tingkat fragmentasi). Penelitian ini sudah lulus kaji etik dengan izin etik no: KET-208/UN2.F1/ETIK/PPM.00.02/2019.Hasil : Tidak terdapat perbedaan rerata kemurnian DNA yang diukur dengan nanodrop (p = 0,96), Konsentrasi DNA utuh (p = 0,145) dan Fragmentasi DNA (p = 0,055) pada jaringan segar yang disimpan di atas di bawah dua tahun. Namun, konsentrasi DNA total jaringan segar yang diukur menggunakan nanodrop secara signifikan lebih tinggi pada kelompok lama waktu penyimpanan dibawah 2 tahun (p = 0,025).Kesimpulan : Penyimpanan jaringan segar di atas 2 tahun pada suhu -80o C tidak mempengaruhi Kemurnian DNA, konsentrasi DNA utuh dan Tingkat Fragmentasi DNA. Namun, penyimpanan di atas 2 tahun mempengaruhi konsentrasi DNA total.

---

Introduction : Biospecimen is a sample material from living thing’s part that contains a genetic material named DNA. To get DNA with a good quality, needed a good quality biospecimen too. One factor that affects DNA quality is storage duration. Nevertheless, different researches shows different results about storage duration correlation with DNA quality. Therefore, this research will analyze the quality of DNA on fresh frozen tissues that were stored above two years and below two years. This DNA quality was analyzed by three indicators, which was purity, concentration, fragmentation.

Method : The study of this research was retrospective analytic observasional using 50 fresh cancer tissue that was stored at -80oC temperature in Biobank Riset-FKUI RSCM from 2015-2018. Samples were divided into two groups, the one with storage duration over two years and under two years. The quality test was carried out with a Nanodrop Thermoscientific 2000 for purity and concentration, Qubit Fluorometer 2.0 for intact DNA concentration, Agarose Gel Electrophosis to see whether there was fragmentation of DNA or not. The datas obtained were then analyzed using Mann-Whitney for numerical data (purity and concentration), and Chi-Square for categorical data (fragmentation rate). This research has passed the ethical review with ethics permit no: KET-208/UN2.F1/ETIK/PPM.00.02/2019.

Results : There were no differences in the average Nanodrop purity (p = 0,96), Qubit concentration (p = 0,145), and fragmentation (p = 0,055) in fresh tissue stored above and under two years. However, there were differences in the average concentration using Nanodrop concentration (p = 0,025) in fresh tissue stored above and below two years.

Conclusion : The storage duration in fresh frozen tissue didn’t affect the yield of Nanodrop purity, Qubit concentration, and fragmentation. However, the storage period in fresh frozen tissue affected the Nanodrop concentration.

"

"Latar Belakang: DNA bebas dalam medium kultur embrio dan kemajuan pemodelan berbasis kecerdasan buatan berpotensi menjadi modalitas uji genetik yang non-invasif. Saat ini, tidak diketahui apakah DNA tersebut dilepaskan oleh sel embrio euploid atau aneuploid, sehingga melemahkan dasar keilmuan penggunaannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sel sumber embrio pelepas DNA bebas dalam medium kultur, validasi potensi klinis penggunaan DNA bebas untuk skrining status ploidi embrio pasien Fertilisasi In-Vitro (FIV), dan konstruksi model pembelajaran mendalam menggunakan gambar embrio tersegmentasi untuk deteksi status ploidi embrio.Metode: Penelitian ini terbagi dalam dua desain penelitian yaitu eksperimental in-vitro menggunakan embrio hewan model dan observasi kohort menggunakan 28 sampel medium kultur embrio dari 21 pasien program FIV di Klinik Morula IVF Jakarta, periode September 2022–Januari 2023. Konstruksi model pembelajaran mendalam menggunakan gambar embrio pasien FIV yang menjalani program bayi tabung periode Januari 2021– Juni 2023. Deteksi sel embrio sumber pelepas DNA bebas dilakukan dengan memapar salah satu embrio (galur DDY atau C57BL) dengan reversin untuk memperoleh blastomer pembawa sel-sel aneuploid. Embrio kontrol dikultur bersamaan tanpa reversin sebagai pembawa sel-sel blastomer euploid. Agregasi membentuk embrio mosaik dilakukan antara embrio pembawa blastomer aneuploid (perlakuan) dan embrio pembawa blastomer euploid (kontrol). Polimorfisme gen GABRA2 antara galur DDY (alel wildtype) dan C57BL (alel delesi) mejadi alel target yang dikuantifikasi dengan metode qPCR. Empat jenis sampel dibuat sebagai berikut: medium kultur tanpa embrio, medium kultur embrio agregasi tanpa pemaparan reversin, rev-DDY, rev-C57BL. Embrio mosaik diwarnai dengan marka apoptosis untuk deteksi mekanisme pelepasan DNA bebas. Analisis status ploidi embrio menggunakan medium kultur embrio pasien FIV dilakukan dengan metode sekuensing. Konstruksi model pembelajaran mendalam menggunakan gambar embrio tersegmentasi yang dipotong urut selama 10 jam sebelum proses biopsi. Variabel yang diamati dalam penelitian adalah konsentrasi alel delesi dan wildtype gen GABRA2, jumlah sel terwarnai marka apoptosis, Pada sampel medium kultur embrio manusia, keberhasilan amplifikasi dan interpretasi hasil sekuensing, serta tingkat kesesuaian uji antara DNA bebas dengan biopsi trofoblas dianalisis. Kemampuan prediksi model berbasis kecerdasan buatan dinilai dengan akurasi dan loss. Analisis data penelitian dan konstruksi model pembelajaran mendalam menggunakan perangkat lunak SPPS versi 21, OpenEpi. pyhton.Hasil: Sebanyak 0,08 ng/reaksi alel wildtype ditemukan pada embrio mosaik dengan pemaparan reversin pada blastomer embrio DDY (rev-DDY, pembawa sel-sel aneuploid) dan 0,01 ng/reaksi alel delesi ditemukan pada embrio mosaik dengan pemaparan reversin pada blastomer embrio C57BL (rev-C57BL, pembawa sel-sel aneuploid). Median jumlah sel embrio terwarnai marka apoptosis antara ketiga group embrio (agregasi kontrol, rev- DDY dan rev-C57BL) tidak berbeda bermakna (nilai p = 0,95 untuk pewarnaan late apoptosis (propidium iodide) dan p = 0,42 untuk early apoptosis (Ann-V) menandakan adanya proses koreksi sel pada kedua group embrio mosaik selama masa perkembangan pra-implantasi. Keberhasilan amplifikasi DNA bebas medium kultur embrio manusia dalah 100%, dengan nilai interpretasi 92,8% (26/28). Nilai kesesuaian DNA bebas dengan biopsi trofoblas adalah rendah sebesar 65,4% (17/26) dengan kesesuaian kromosom seks adalah 61,5% (16/26). Sepuluh dari 11 embrio XY pada biopsi trofoblas terdeteksi XX pada DNA bebas. Seluruh model pembelajaran mendalam mengalami peningkatan akurasi menggunakan gambar embrio tersegmentasi dengan algoritma InceptionV3 mencapai akurasi tertinggi sebesar 0,67 dengan nilai loss sebesar 1,4.Kesimpulan: Sel embrio anueploid adalah sel sember pelepas DNA bebas medium kultur embrio pada embrio mosaik hewan coba mencit yang dilepaskan melalui mekanisme apoptosis. Embrio masik tersebut diperkirakan melakukan self-correction dengan mengeksklusi sel-sel aneploid untuk mempertahankan euploiditasnya. Rendahnya tingkat kesesuaian antara DNA bebas dengan biopsi trofoblas disebabbkan oleh adanya kontaminasi maternal yang ditandai dengan perubahaan koromosm seks yang signifikan. Penggunaan gambar blastosis tersegmentasi meningkatkan akurasi model prediksi pembelajaran mendalam.

---

Background: Cell-free DNA and advanced artificial intelligence-based modeling uphold the potential of a non-invasive approach to determining embryo ploidy status. The specific embryonic cells (whether euploid or aneuploid) that release cell-free DNA are largely unknown, causing a weak scientific basis for its use. This study aimed to identify the source of embryonic cells releasing cell-free DNA in culture media, validate the clinical potential of using cell-free DNA to screen embryo ploidy status in an in-vitro fertilization (IVF) program and develop a deep learning model using segmented embryo images to detect embryo ploidy status.

Materials and Methods: This study employed two research designs including an in-vitro experimental study using animal model embryos and an observational cohort study using 28 samples of spent embryo culture media from 21 patients undergoing IVF program at Morula IVF Clinic Jakarta (September 2022 to January 2023). A deep learning model was constructed using images of embryos from IVF patients who participated in IVF program from January 2021 to June 2023. Detection of the source embryonic cells releasing cell-free DNA was achieved by exposing embryos (DDY or C57BL strains) to reversine to induce the formation of blastomeres carrying aneuploid cells. Control embryos were cultured simultaneously without reversine to serve as the source of euploid blastomeres. Mosaic embryo aggregation was performed by combining embryos carrying aneuploid blastomeres (treatment) with those carrying euploid blastomeres (control). The GABRA2 gene polymorphism between the DDY strain (wildtype allele) and the C57BL strain (deletion allele) was the target allele quantified using qPCR. Four types of samples were prepared: culture medium without embryos, culture medium of aggregated embryos without reversine exposure, rev-DDY, and rev-C57BL. Mosaic embryos were stained with an apoptosis marker to detect the mechanism of cell-free DNA release. The ploidy status of embryos using spent embryo culture media from IVF patients was determined using sequencing methods. The deep learning model was constructed using segmented images of embryos captured over 10 hours before the biopsy process. The variables observed in the study included the concentration of deletion and wildtype alleles of the GABRA2 gene, the number of cells stained with apoptosis markers, the success rate of amplification and interpretation of sequencing results from human spent embryo culture medium samples, and the concordance rate between cell-free DNA and trophectoderm biopsy analysis. The predictive ability of the artificial intelligence-based model was evaluated using accuracy and loss metrics. Data analysis and deep learning model construction were performed using SPSS version 21, OpenEpi, and Python.

Results: A total of 0.08 ng/reaction of the wildtype allele was detected in the culture media sample of mosaic embryos exposed to reversine in DDY embryo blastomeres (rev- DDY, carrying aneuploid cells), and 0.01 ng/reaction of the deletion allele was found in the sample exposed to reversine in C57BL embryo blastomeres (rev-C57BL, carrying aneuploid cells). The median number of embryonic cells stained with apoptosis markers among the three groups of embryos (control aggregation, rev-DDY, and rev-C57BL) did not differ significantly (p = 0.95 for late apoptosis staining with propidium iodide and p = 0.42 for early apoptosis with Annexin V), indicating the presence of cell correction processes in both groups of mosaic embryos during pre-implantation development. The success rate of cell-free DNA amplification in human spent embryo culture media was 100%, with an interpretability of 92.8% (26/28). The concordance between cell-free DNA and trophectoderm biopsy was low at 65.4% (17/26), with sex chromosome concordance at 61.5% (16/26). Ten out of eleven XY embryos from the trophectoderm biopsy were detected as XX in cell-free DNA analysis. All deep learning models showed improved accuracy using segmented embryo images with the InceptionV3 algorithm, achieving the highest accuracy of 0.67 with a loss of 1.4.

Conclusion: Aneuploid embryonic cells were identified as the source releasing cell-free DNA in culture media during embryo animal model experiments, releasing DNA through an apoptotic mechanism. These mosaic embryos were expected to activate embryonic cell correction mechanisms by excluding aneuploid cells to maintain their euploidy. The low concordance rate between cell-free DNA and trophectoderm biopsy was attributed to maternal contamination, as indicated by significant changes in sex chromosomes. The use of segmented blastocyst images improved the model's accuracy.

"

"DNA polimerase merupakan enzim yang mampu menyintesis DNA komplemen dari sebuah untaian DNA induk. Enzim ini diproduksi oleh seluruh mahluk hidup, namun jenis yang tahan panas lebih lazim digunakan karena cenderung tidak mengalami denaturasi dalam proses polymerase chain reaction (PCR). Enzim ini dapat diperoleh dengan mengisolasi langsung dari bakteri asal maupun membuat gen rekombinan dan mentransformasikannya ke dalam inang yang lebih mudah dikultur. Tujuan utama dari penelitian ini adalah memperoleh enzim ini dengan metode rekombinan dengan memanfaatkan bakteri inang Escherichia coli. Produksi DNA polimerase rekombinan didasarkan pada bakteri termofilik Geobacillus thermoleovorans dari permandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten yang telah sebelumnya diisolasi dan melalui proses whole genome sequence. DNA polimerase yang dibuat gen rekombinan adalah DNA pol I yang diketahui memiliki fidelitas rendah. Gen DNA polimerase dari Geobacillus thermoleovorans dikloning ke dalam plasmid pET23d baik gen utuh (2637 bp) maupun parsial (1737 bp). Gen DNA pol I menjadi target untuk proses polymerase chain reaction (PCR) untuk diperbanyak sebelum di potong dengan menggunakan enzim restriksi NcoI dan BamHI. Gen yang telah dipotong lalu di masukkan ke dalam plasmid pET23d yang telah dipotong dengan enzim restriksi yang sama. Plasmid yang telah didapatkan di transformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 untuk pengujian ekspresi proteinnya. Hasil analisis dengan menggunakan PCR menunjukkan bahwa gen DNA pol I baik utuh maupun parsial berhasil dikloning ke dalam plasmid pET23d. Keberhasilan dari proses kloning yang dilakukan juga dibuktikan dari hasil uji ekspresi secara intraseluler protein rekombinan DNA pol I pada E. coli. Hal ini mengindikasikan bahwa gen DNA pol I dari Geobacillus thermoleovorans pemandian air panas Batu Kuwung, Serang, Banten berhasil di kloning dan diekspresikan di E. coli.

---

DNA polymerase is an enzyme that synthesizes complement DNA according to single strand template DNA. This enzyme is produced in all living organism, but the thermostabile ones are more favoured because less prone to denaturation in polymerase chain reaction (PCR). The enzyme can be acquired by isolating the enzyme from the native bacteria or manufacturing recombinant gene then insert it into a host that is easier to be cultivated. The main purpose of this study is to acquire the enzyme by manufacturing recombinant gene and utilizing Escherichia coli as the host. The recombinant DNA polymerase manufacturing is based on thermophilic bacteria Geobacillus thermoleovorans from Batu Kuwung Hotspring, Serang, Banten which has been previously isolated and went through whole genome sequence process. DNA polymerase that will be produced is DNA pol I that is known has low fidelity. There are two genes that are cloned into pET23d vector, such as full gene (2637 bp) and partial gene (1737 bp). DNA pol I gene is the subject to polymerase chain reaction (PCR) to amplify before being cut with restriction enzymes of NcoI and BamHI. The cut genes then are inserted into pET23d that is also cut with the same enzymes. The acquired plasmids then is transformed into Escherichia coli BL21 for protein expression assay. PCR analysis shows that the DNA pol I both full and partial are successfully cloned into pET23d. The successes are also supported from intercellular DNA pol I protein test expression assay in E. coli. This foundings indicate that the DNA pol I from Geobacillus thermoleovorans isolated from Batu Kuwung hot spring, Serang, Banten, is successfully cloned and expressed by E. coli."