Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae atau pneumokokus) dapat menyebabkan Invasive Pneumococcal Disease (IPD), seperti penumonia, meningitis, dan otitis media. Streptococcus pneumoniae memiliki lebih dari 90 serotipe yang berbeda sifat-sifat kepatogenannya. Saat ini, metode molekuler lebih banyak diterapkan dalam penentuan serotipe bakteri tersebut. Penelitian sebelumnya pada anak-anak sehat di Lombok, menemukan bahwa 73 dari 551 isolat merupakan untypeable S. pneumoniae karena tidak dapat ditentukan serotipenya berdasarkan metode PCR multipleks. Pada penelitian ini dilakukan identifikasi lebih mendalam dengan mendeteksi tiga gen yang lestari (conserved genes) pada bakteri S. pneumoniae yaitu, gen psaA, lytA, dan cpsA. Sebanyak 52 isolat (71.2%) terdeteksi dengan PCR mempunyai gen psaA. Sementara itu, gen lytA terdeteksi pada 69 isolat (90.4%) dan gen cpsA terdeteksi pada 37 isolat (50.7%). Berdasarkan hasil deteksi gen psaA, lytA, dan cpsA diperoleh 6 kelompok varian untypeable S. pneumoniae. Analisa sekuens gen recA dengan metode sekuensing, menunjukkan bahwa kelompok varian I (psaA+, lytA+, cpsA+), II (psaA+, lytA+, cpsA–) dan IV (psaA–, lytA+, cpsA+) merupakan bakteri S. pneumoniae. Sementara itu, kelompok varian VI (psaA–, lytA+, cpsA–) merupakan bakteri S. pseudopneumoniae dan kelompok varian VIII (psaA–, lytA–, cpsA–) merupakan bakteri S. infantis. Hasil tersebut mengindikasikan bahwa identifikasi bakteri S. pneumoniae tidak dapat dilakukan hanya dengan satu penanda gen. Hasil penelitian ini penting untuk meningkatkan sensitifitas dari deteksi S. pneumoniae dengan teknik biologi molekuler.

---

Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae or pneumococcus) can cause Invasive Pneumococcal Disease (IPD), such as pneumonia, meningitis, and otitis media. Streptococcus pneumoniae has more than 90 serotypes which differentiated based on the level of pathogenicity. Currently, molecular methods were more widely applied to determine bacterial serotype. Previous studies of healthy children in Lombok, found that 73 of 551 isolates were untypeable S. pneumoniae, because the serotypes can not be determined by multiplex PCR method. This research used a deeper identification by detecting three conserved genes in S. pneumoniae, such as psaA, lytA, and cpsA. A total of 52 isolates (71.2%) were positive for psaA gene by PCR. Meanwhile, lytA gene was detected in 69 isolates (90.4%) and cpsA gene was detected in 37 isolates (50.7%).

Based on the result of psaA, lytA and cpsA gene detection, obtained 6 variants of untypeable S. pneumoniae. recA gene sequence analysis with sequencing method, showed that variant I, II and IV are S. pneumoniae. Meanwhile, variant VI is S. pseudopneumoniae and variant VIII is S. infantis. The results indicated that identification of the bacteria S. pneumoniae can not be done with just one marker gene. The results are important to increase the detection of S. pneumoniae with molecular biology techniques."

"Streptococcus pneumoniaemerupakan bakteri Gram positif yang bersifat patogen pada manusia dan menjadi penyebab Invasive Pneumococcal Diseases (IPD)dengan tingkat kematian yang tinggi. Streptococcus pneumoniae merupakan salah satu flora normal yang terdapat pada saluran pernafasan atas dan nasofaring anak-anak. Kolonisasi merupakan langkah pertama bakteri tersebut melakukan infeksi ke dalam tubuh inang.Kolonisasi lebih dari satu serotipe (multi serotipe/co-colonization) meningkatkan kemungkinan terjadinya infeksi. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan serotipe dan multi kolonisasi bakteri S. pneumoniae dari kultur primer. Sebanyak 150 usapan nasofaring yang diperoleh dari anak-anak diseleksi dengan metode mikrobiologi dan diperoleh sebanyak 67 kultur primer yang diduga mengandung bakteri S. pneumoniae. Sebanyak 67 kultur primer tersebut kemudian diidentifikasi menggunakan pendekatan molekuler, yaitu dengan teknik Polymerase Chain Reaction. Penentuan serotipe dilakukan dengan teknik PCR multipleks. Bakteri S. pneumoniae berhasil diidentifikasi dari 57 kultur primer (38%). Serotipe bakteri S. pneumoniae yang berhasil diidentifikasi pada penelitian ini, yaitu 19F (9), 6A/B (9), 19A (5), 23F (4), 15B/C (3), 7F (3), sg18 (2), 11A (2), 9V (2), 12F (1), 35F (1), 3 (1), 15A (1), 17F (1), 34 (1), 7C (1), dan 11 sampel kultur primer tidak dapat ditentukan serotipenya. Hasil tersebut juga sama dengan serotipe yang dapat ditentukan dari kultur murni. Hanya ditemukan satu dari 67 kultur primer yang mengandung lebih dari satu serotipe bakteri S. pneumoniae. Kesimpulan dari penelitian ini adalah, penentuan serotipe dapat dilakukan langsung dari kultur primer tanpa menggunakan kultur murni dan metode PCR multipleks kurang sensitif dalam mendeteksi serotipe minor.

---

Streptococcus pneumoniae is a Gram-positive bacteria that are pathogenic to humans and cause Invasive Penumococcal Diseases (IPD) with a high mortality rate. Streptococcus pneumoniae is one of the normal flora found on the upper respiratory tract and nasopharynx of children. Bacterial colonization is the first step to carry out infection in the host’s body. Colonization more than one serotype (multi colonization/co-colonization) increases the likelihood of infection. This study aims to determine the serotype and multiple colonization of S. pneumoniae directly from the primary culture. A total of 150 nasopharyngeal swabs were obtained from children and selected by microbiological methods thus obtained 67 suspected primary cultures of S. pneumoniae. Primary cultures from those 67 samples were identified using molecular approaches, namely Polymerase Chain Reaction technique. Serotypes determination was done by using multiplex PCR. Streptococcus pneumoniae were identified from 57 (38%) primary cultures. Serotypes that were identified in this study, namely 19F (9), 6A/B (9), 19A (5), 23F (4), 15B/C (3), 7F (3), sg18 (2), 11A (2), 9V (2), 12F (1), 35F (1), 3 (1), 15A (1), 17F (1), 34 (1), 7C (1), and 11 primary culture samples were non serotypeable. These results are also similar to that were obtained from pure culture, so serotyping with multiplex PCR can be performed directly from primary culture without the use or pure culture. We could only found one of 67 primary cultures that contains more than one serotypes of S. pneumoniae, so we conclude that multiplex PCR method are less sensitive in detecting minor serotypes."

"Infeksi yang disebabkan oleh methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) telah menyebabkan beban mortalitas dan morbiditas yang bermakna. Mengingat hal tersebut, sangat penting untuk dapat mendeteksi MRSA dengan cepat dan akurat. Saat ini deteksi MRSA dapat dilakukan dengan dua cara, yaitu metode fenotipik dan genotipik. Pada penelitian ini, metode fenotipik dilakukan dengan uji kepekaan antibiotik menggunakan oksasilin dan sefoksitin, sementara metode genotipik dilakukan dengan polymerase chain reaction (PCR) gen nuc dan mecA. Gen nuc merupakan penanda genetik S. aureus, sedangkan gen mecA adalah gen yang mengkode penicillin-binding protein 2a (PBP2a). Protein ini memiliki afinitas rendah terhadap antibiotik β-laktam, sehingga menyebabkan resistensi terhadap antibiotik seperti metisilin, oksasilin, dan sefoksitin. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan metode fenotipik terhadap metode genotipik yang merupakan baku emas dalam mendeteksi MRSA. Sebanyak 136 isolat S. aureus diikutsertakan dalam penelitian ini. Dilakukan PCR untuk mengamplifikasi gen nuc dan mecA dengan hasil: 37 sampel terdeteksi sebagai MRSA (nuc+, mecA+), 96 sampel sebagai methicillinsensitive Staphylococcus aureus atau MSSA (nuc+, mecA-), and 3 sampel sebagai bukan S. aureus (nuc-). Persentase MRSA yang dideteksi dengan metode genotipik adalah sebesar 27,8%. Deteksi MRSA dengan metode fenotipik dilakukan dengan uji kepekaan antibiotik menggunakan oksasilin dan sefoksitin. Tidak terdapat perbedaan hasil uji kepekaan antara kedua antibiotik tersebut. Secara keseluruhan, hasil deteksi MRSA dengan metode fenotipik konsisten dengan metode genotipik, dengan dideteksinya MRSA sebesar 27,8%. Hal tersebut mengartikan bahwa sensitivitas dan spesifisitas metode fenotipik terhadap metode genotipik adalah sebesar 100%.

---

Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) infection has caused significant morbidity and mortality burden. Therefore, detecting MRSA accurately as early as possible is very important. There are two methods used in detecting MRSA, which are phenotypic and genotypic methods. In this study, phenotypic method was done by antibiotic susceptibility test using oxacillin and cefoxitin, while genytopic method was carried out by amplifying nuc and mecA gene with polymerase chain reaction (PCR). Nuc gene is a genetic marker for S. aureus, and mecA gene is responsible in the coding of penicillin-binding protein 2a (PBP2a). This protein has a low affinity to β-lactam antibiotics, thus causing antibiotic resistance to the antibiotics, such as methicillin, oxacillin, and cefoxitin.

This study was aimed to compare phenotycipic method to genotypic method as the gold standard, to detect MRSA. There were 136 S. aureus isolates included in this study. PCR to amplify nuc and mecA gene was conducted with the results of the following: 37 samples detected as MRSA (nuc+, mecA+), 96 samples as methicillin-sensitive Staphylococcus aureus or MSSA (nuc+, mecA-), and 3 samples as non-S. aureus (nuc-). The percentage of MRSA detected by genotypic method was 27,8%.

The detection of MRSA through the phenotypic method was done by antibiotic susceptibility test using oxacillin and cefoxitin. Susceptibility test between these antibiotics showed no difference in result. In general, the result of phenotypic method was consistent to the results from the genotypic method, by detecting 27,8% MRSA. Therefore, the sensitivity and specificity of phenotypic method compared to the genotypic method were 100%."

"Streptococcus pneumoniae dapat menyebabkan terjadinya community-acquired pneumonia, meningitis, dan bakteremia pada semua golongan usia. Penelitian tentang S. pneumoniae di Indonesia masih jarang dilakukan. Uji biakan sebagai metode baku masih memiliki kendala dalam penerapan kondisi optimal untuk pertumbuhan S. pneumoniae, yaitu pada lingkungan atmosfer 5% CO2 (carbon dioxide), dan spesimen dari pasien seringkali diperoleh setelah pemberian antibiotik sehingga memberikan hasil negatif. Metode molekular saat ini lebih banyak diterapkan karena dianggap lebih sensitif, dapat menghemat waktu, dan mengurangi biaya. Gen psaA mengkode protein psaA (pneumococcal surface adhesin A) yang berperan dalam proses virulensi bakteri, dan ditemukan pada keseluruhan serotipe S. pneumoniae. Penelitian ini dilakukan untuk identifikasi gen psaA Streptococcus pneumoniae langsung dari sputum dengan metode PCR. Sebanyak 176 sputum dikutsertakan dalam penelitian ini. Hasil uji biakan berdasarkan uji optochin dan uji kelarutan dalam garam empedu menunjukkan hasil positif S. pneumoniae pada 3 sputum. Hasil uji PCR menunjukkan gen psaA positif pada 3 sputum yang juga positif pada hasil biakan (100%), sehingga diperoleh sensitivitas dan spesifisitas 100%.

---

Streptococcus pneumoniae could cause community acquired pneumoniae, meningitis and bacteremia at all age groups. In Indonesia study about S.pneumoniae is still rare. Culture method as gold standard still has some limitations in optimal condition appliance for S pneumoniae growth, which is 5% CO2 atmosphere condition, and patient specimen is often obtained after antibiotic treatment therefore gives negatve result. Molecular method nowadays is more often performed due to better sensitivity, take less time and cost effective. psaA gene codes psaA protein that roles in bacterial virulent process and can be found in all S. pneumoniae serotypes.

This study aimed to identify Streptococccus pneumoniae psaA gene straightly from sputum by PCR method. This study included 176 sputum samples, from culture results there were 3 sputum S. pneumoniae by performing optochin test and bile salt solubility test. There were 3 sputum psaA gene positive has positive from culture results (100%) therefore sensitivity and specificity are 100%."

"ABSTRAKMethicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) merupakan bakteri yang resistenterhadap antibiotik methicillin dan antibiotik golongan β-laktam lainnya. MRSA adalahpatogen umum di rumah sakit dan masyarakat. Isolasi MRSA tidak mudah dilakukankarena seringkali bercampur atau terkontaminasi dengan flora normal seperti coagulasenegative Staphylococci (CoNS) yaitu Staphylococcus epidermidis dan Staphylococcushaemolyticus. Studi ini menggunakan metode fenotipik berupa pengamatan morfologi,pengecatan Gram, Uji biokimia, serta kepekaan antibiotik sedangkan uji genotipik(metode molekular) berupa PCR gen nuc dan mec, SCCmec typing, MLST dansekuensing. Subyek penelitian sebanyak 48 isolat tersimpan di LaboratoriumBakteriologi Molekular, Lembaga Eijkman Jakarta. Diperoleh sebanyak 33 sampel(68.75) memiliki tipe 5 ccr, 9 sampel (18.75) tipe 2 ccr dan 6 sampel (12.5 )nontypeable. Sequence type (ST) yang dominan pada penelitian ini adalah ST239 (2-3-1-1-4-4-3) dan merupakan strain yang multidrug resistant dominan. Pada penelitian inisemua isolat MRSA yang berjumlah 48 isolat telah dikonfirmasi memiliki ciri-cirifenotipik yang sesuai, yaitu Gram positif coccus menyerupai buah anggur, hemolisis,oksidase negatif, katalase positif dan koagulase positif. Sifat bakteri MRSA secaragenotipik mempunyai gen nuc dan gen mecA positif. Hubungan antara sifat genotipedan sifat fenotipe MRSA yang terlihat dalam penelitian ini adalah semua isolat MRSAyang multidrug resistant (uji secara fenotipik) juga merupakan sequence type yangdominan di rumah sakit (uji genotipik).

---

ABSTRACTMethicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a bacterium that is resistant tothe methicillin antibiotics and other β-lactam group antibiotics. MRSA is a commonpathogen in hospitals and communities. Isolation of MRSA is not easy to do because itis often mixed or contaminated with normal flora such as coagulase negativeStaphylococci (CoNS), namely Staphylococcus epidermidis and Staphylococcushaemolyticus. This study used phenotypic methods in the form of morphologicalobservations, Gram staining, biochemical tests, and antibiotic sensitivity whilegenotypic tests (molecular methods) in the form of nuc and mec PCR, SCCmec typing,MLST and sequencing. The research subjects were 48 isolates stored in the MolecularBacteriology Laboratory, Eijkman Institute Jakarta. Thirty three samples (68.75) hadtype 5 ccr, 9 samples (18.75) type 2 ccr and 6 samples (12.5) nontypeable. Thedominant sequence type (ST) in this study is ST239 (2-3-1-1-4-4-3) and is a multidrugresistant dominant strain. In this study, all isolates of MRSA, total of 48 isolates, wereconfirmed to have appropriate phenotypic features, which are Gram positive cocciresembling grapes,-hemolysis, negative oxidase, positive catalase and positivecoagulase. Genotypically all isolates have positive nuc gene and mecA gene. Therelationship between genotype features and MRSA phenotype seen in this study is thatMRSA isolates that are multidrug resistant (phenotypic test) are also the dominantsequence types in the hospital (genotypic test)."

"Infeksi sistem saraf pusat diantaranya dapat disebabkan oleh S. pneumoniae dan S. agalactiae. Serotipe dari kedua bakteri tersebut dibedakan berdasarkan kapsul polisakaridanya yang merupakan faktor virulensi dominan ketika menginfeksi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis spesifisitas dan sensitivitas antibodi poliklonal anti-vaksin konjugat pneumokokus 13-valen (PCV13) terhadap kapsul polisakarida S. pneumoniae dan S. agalactiae untuk pengembangan uji immunodiagnostik pada infeksi sistem saraf pusat. Pada penelitian ini dilakukan produksi antibodi poliklonal anti-kapsul PCV13 pada kelinci, isolasi kapsul polisakarida dari S. pneumoniae serotipe 6B dan 19F isolat Indonesia juga S. agalactiae serotipe II untuk melihat reaksi silang antar spesies. Metode indirect ELISA, multipleks PCR, purifikasi kapsul, dan western blot dilakukan dalam penelitian ini. Antibodi anti-kapsul PCV13 antara kelompok kontrol dan uji memiliki perbedaan bermakna terhadap kapsul polisakarida S. pneumoniae serotipe 6B dan 19F. Sensitivitas tertinggi antara kapsul S. pneumoniae standar dan hasil isolasi yaitu pada serotipe 6B sebesar 88% dengan spesifisitas 67%. Namun, S.agalactiae menunjukkan nilai spesifisitas yang cukup tinggi juga dengan S.pneumoniae 6B sebesar 80%. Hal tersebut dikonfirmasi juga berdasarkan hasil western blot yang menunjukkan adanya pita pada tiga kapsul polisakarida hasil isolasi tersebut. Sehingga hasil penelitian menunjukkan adanya reaksi silang pada antibodi poliklonal anti-PCV13 terhadap S. agalactiae serotipe II.

---

Central nervous system infections can be caused by S. pneumoniae and S.agalactiae. The serotypes of the two bacteria are differentiated based on their polysaccharide capsule which is the dominant virulence factor when infecting. This study aims to analyze the specificity and sensitivity of the anti-capsule polyclonal antibody of the 13-valent pneumococcal conjugate vaccine (PCV13) against the polysaccharide capsules of S.pneumoniae and S.agalactiae for the development of an immunodiagnostic test in central nervous system infections. In this research, the production of anti-PCV13 polyclonal antibodies was carried out in rabbits, isolation of polysaccharide capsules from Indonesian isolates S. pneumoniae serotypes 6B and 19F, and S. agalactiae serotype II to observe cross-reactions between species. Indirect ELISA, capsule purification, and western blot methods were performed in this study. The anti-capsule PCV13 antibodies between control and test groups had significant differences against polysaccharide capsules of S. pneumoniae serotypes 6B and 19F. The highest sensitivity between standard S. pneumoniae capsule and isolated results was serotype 6B of 88% with a specificity of 67%. However, S.agalactiae also showed a high specificity value with S.pneumoniae 6B of 80%. So the results of the study showed that there was a cross-reaction of the anti-PCV13 polyclonal antibody against S.agalactiae serotype II."

"Pneumonia merupakan penyakit infeksi pernafasan akut yang menyebabkan kematian tinggi di dunia khususnya pada anak-anak dan lansia. Pneumonia dapat disebabkan oleh berbagai jenis infeksi yang mayoritas disebabkan oleh kelompok virus dan bakteri. Selama pandemi COVID-19, prevalensi pneumonia meningkat akibat sirkulasi SARS-CoV-2 yang juga dapat menyebabkan pneumonia. Penelitian ini mengidentifikasi etiologi virus dan bakteri pada kasus-kasus positif dan negatif COVID-19 di Jakarta, Indonesia. Penelitian ini menganalisis 245 kasus pneumonia yang terdiri atas 173 sampel negatif SARS-CoV-2 dan 72 sampel positif SARS-CoV-2. Sampel tersebut diperiksa menggunakan delapan panel virus menggunakan konvensional PCR dan dua panel bakteri menggunakan RT-PCR. Penelitian ini berhasil mengidentifikasi etiologi dari 109 (44.5%) sampel yang mayoritas adalah SARS-CoV-2 (n=41, 16.7%), paramyxovirus (n=18, 7.3%), herpesvirus (n=16, 6.5%) dan influenza (n=12, 4.9%). Sedangkan, dari kelompok bakteri sebanyak H.influenzae (n=21, 8.6%) dan S. pneumoniae (n=14, 5.7%). Prevalensi koinfeksi pada kasus pneumonia di Indonesia selama pandemik COVID-19 adalah 6.1%, dimana pada kasus positif SARS-CoV-2 (18.8%) lebih tinggi daripada pada kasus negatif (5.8%). Penelitian ini menggambarkan prevalensi patogen pada masa awal pandemik COVID-19 di Indonesia dan pengaruhnya dalam menyebabkan pneumonia pada pasien.

---

Pneumonia is an acute respiratory infection that causes high mortality in the world, especially in children and the elderly. Pneumonia can be caused by various types of infections, the majority of which are caused by groups of viruses and bacteria. During the COVID-19 pandemic, the prevalence of pneumonia increased due to circulating SARS-CoV-2 which can also cause pneumonia. This study identifies viral and bacterial etiology in positive and negative cases of COVID-19 in Jakarta, Indonesia. We analyzed 245 pneumonia cases consisting of 173 SARS-CoV-2 negative samples and 72 SARS-CoV-2 positive samples. We were able to identify the etiology of 109 (44.5%) samples, the majority of which were SARS-CoV-2 (n=41, 16.7%), paramyxovirus (n=18, 7.3%), herpesvirus (n=16, 6.5%) and influenza (n=12, 4.9%). Meanwhile, from the group of bacteria H. influenzae (n=21, 8.6%) and S. pneumoniae (n=14, 5.7%) were detected in this study. The prevalence of coinfection in pneumonia cases in Indonesia during the COVID-19 pandemic was 6.1%, whereas positive cases of SARS-CoV-2 (18.8%) were higher than in negative cases (5.8%). This study describes the prevalence of the pathogen in the early days of the COVID-19 pandemic in Indonesia and its influence in causing pneumonia in patients."

"Wabah infeksi virus banyak terjadi di lingkungan fasilitas kesehatan, seperti puskesmas. Transmisi virus di lingkungan puskesmas ini tidak hanya memberikan dampak buruk kepada pasien, namun juga kepada perawat maupun dokter yang bekerja di puskesmas.Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendeteksi serta mengetahui ada atau tidaknya asam nukleat milik Respiratory Syncytial Virus (RSV) dan Enterovirus 71 di lingkungan Puskesmas Ciracas, Jakarta Timur menggunakan Reverse Transcription- Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Permukaan benda pengambilan sampel dipilih berdasarkan kemungkinan sering kontak langsung dengan pengunjung Puskesmas dan kemungkinan terjadinya transmisi virus. Sampel diambil menggunakan metode swab, yang kemudian dilakukan proses ekstraksi RNA, dan sintesis cDNA dengan bantuan enzim Reverse Transcriptase. Sampel selanjutnya dapat digunakan untuk proses PCR dan elektroforesis. Total 32 sampel semua menunjukkan hasil yang negatif, yaitu tidak ditemukan asam nukleat milik RSV dan EV-71 di sampel. Hal ini dapat disebabkan oleh adanya protokol kebersihan yang ketat di Puskesmas Kecamatan Ciracas yang sudah dijalankan dengan baik untuk meminimalkan kontaminasi virus ke lingkungan Puskesmas.

---

Outbreaks of virus can often occur in healthcare settings, such as primary health care. Transmission virus in primary health care environment represents a serious risk not only for patients, also for both staff and doctor. The aim of this study was to detection of Respiratory Syncytial Virus (RSV) and Enterovirus 71 nucleic acids on Environmental Surface in Ciracas Primary Health Care, East Jakarta using Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). The following sampling sites have been recommended based on high-touch surfaces with health visitors and possible transmission virus routes. The samples was taken using swab, and then used samples for RNA extraction and cDNA synthesis by using Reverse Transcription enzyme. The samples can then be used in PCR and electophoresis. In total 32 surface samples were collected and 32 surface samples tested negative for both RSV and Enterovirus 71 nucleic acids. The negative result caused by effective hygiene procedures have been applied in Ciracas Primary Health Care to prevent and minimize the contamination and spread of the virus in environment."

"Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) merupakan bakteri yang resisten terhadap antibiotik methicillin dan antibiotik golongan β-laktam lainnya. MRSA adalah patogen umum di rumah sakit dan masyarakat. Isolasi MRSA tidak mudah dilakukan karena seringkali bercampur atau terkontaminasi dengan flora normal seperti coagulase negative Staphylococci (CoNS) yaitu Staphylococcus epidermidis dan Staphylococcus haemolyticus. Studi ini menggunakan metode fenotipik berupa pengamatan morfologi, pengecatan Gram, Uji biokimia, serta kepekaan antibiotik sedangkan uji genotipik (metode molekular) berupa PCR gen nuc dan mec, SCCmec typing, MLST dan sekuensing. Subyek penelitian sebanyak 48 isolat tersimpan di Laboratorium Bakteriologi Molekular, Lembaga Eijkman Jakarta. Diperoleh sebanyak 33 sampel (68.75%) memiliki tipe 5 ccr, 9 sampel (18.75 %) tipe 2 ccr dan 6 sampel (12.5 %) nontypeable. Sequence type (ST) yang dominan pada penelitian ini adalah ST239 (2-3- 1-1-4-4-3) dan merupakan strain yang multidrug resistant dominan. Pada penelitian ini semua isolat MRSA yang berjumlah 48 isolat telah dikonfirmasi memiliki ciri-ciri fenotipik yang sesuai, yaitu Gram positif coccus menyerupai buah anggur, β-hemolisis, oksidase negatif, katalase positif dan koagulase positif. Sifat bakteri MRSA secara genotipik mempunyai gen nuc dan gen mecA positif. Hubungan antara sifat genotipe dan sifat fenotipe MRSA yang terlihat dalam penelitian ini adalah semua isolat MRSA yang multidrug resistant (uji secara fenotipik) juga merupakan sequence type yang dominan di rumah sakit (uji genotipik).

---

Methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a bacterium that is resistant to the methicillin antibiotics and other β-lactam group antibiotics. MRSA is a common pathogen in hospitals and communities. Isolation of MRSA is not easy to do because it is often mixed or contaminated with normal flora such as coagulase negative Staphylococci (CoNS), namely Staphylococcus epidermidis and Staphylococcus haemolyticus.

This study used phenotypic methods in the form of morphological observations, Gram staining, biochemical tests, and antibiotic sensitivity while genotypic tests (molecular methods) in the form of nuc and mec PCR, SCCmec typing, MLST and sequencing. The research subjects were 48 isolates stored in the Molecular Bacteriology Laboratory, Eijkman Institute Jakarta. Thirty three samples (68.75%) had type 5 ccr, 9 samples (18.75%) type 2 ccr and 6 samples (12.5%) nontypeable. The dominant sequence type (ST) in this study is ST239 (2-3-1-1-4-4-3) and is a multidrug resistant dominant strain.

In this study, all isolates of MRSA, total of 48 isolates, were confirmed to have appropriate phenotypic features, which are Gram positive cocci resembling grapes, β-hemolysis, negative oxidase, positive catalase and positive coagulase. Genotypically all isolates have positive nuc gene and mecA gene. The relationship between genotype features and MRSA phenotype seen in this study is that MRSA isolates that are multidrug resistant (phenotypic test) are also the dominant sequence types in the hospital (genotypic test). "

"ABSTRAKInfeksi saluran pernafasan akut ISPA merupakan infeksi yang paling sering terjadi pada manusia dengan angka morbiditas dan mortalitas yang tinggi, terutama di negara-negara Asia Tenggara dan Afrika. Sudah diketahui bahwa sebagian besar ISPA disebabkan oleh virus, namun data mengenai etiologi virus di negara berkembang, terutama Indonesia masih terbatas. Studi ini menggunakan metode molekuler berupa PCR dan sekuensing untuk deteksi serta karakterisasi virus saluran nafas umum, termasuk virus zoonosis pada sampel swab orofaring. Subjek studi sebanyak 100 pasien anak dan dewasa dengan gejala infeksi saluran nafas yang datang ke RSU Tabanan. Dari 100 pasien didapatkan angka deteksi virus positif sebesar 40 dan angka ko-deteksi 7 . Pada anak-anak angka deteksi positif mencapai 46 28/61 , sedangkan pada dewasa sebesar 31 12/39 . Virus utama yang terdeteksi adalah influenza 15 , enterovirus 14 dan herpesvirus 11 . Subtipe virus yang mendominasi hasil deteksi yaitu H3N2, human rhinovirus A dan human betaherpesvirus 5. Sebagai kesimpulan, diantara pasien-pasien dengan ISPA di Tabanan, sebagian besar virus yang terdeteksi adalah virus influenza dengan subtipe H3N2.

---

ABSTRACT

Acute respiratory tract infection ARTI is the most common infection in human being. The morbidity and mortality rate is high, especially in Southeast Asia and Africa. While it is known that ARTIs are most commonly caused by virus, there are limited data about viral etiology of ARTI in developing countries, especially Indonesia. This study used molecular method to detect 10 common respiratory viral pathogens and zoonotic respiratory viruses. We collected oropharyngeal swabs from 100 patients in Tabanan Regency Hospital suspected with respiratory illness from all age groups. Among 100 patients tested, 40 tested positive for virus, with co detection rate 7 . In addition, positive detection rate in children was 46 28 61 and in adult 31 12 39 . Viruses that were most commonly detected include influenza 15 , enterovirus 14 and herpesvirus 11 . Among them, influenza virus subtype H3N2, human rhinovirus A and human betaherpesvirus 5 was the most frequently detected. In conclusion, among patients with ARTI in Tabanan Regency Hospital, influenza virus subtype H3N2 was the most predominant virus detected. "