Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Telah dilakukan penelitian untuk deteksi gen PIK3CA ekson 9 dengan pendekatan dua metode PCR dan membandingkan dua metode tersebut, agar menghindari deteksi positif palsu akibat keberadaan pseudogene pada kanker payudara. Sepuluh DNA genomik digunakan pada penelitian ini. Dua pasang primer digunakan untuk metode PCR standar dan Nested PCR untuk deteksi gen PIK3CA ekson 9 dengan ukuran produk PCR adalah 200 bp dan 400 bp diikuti dengan metode DNA sequencing. Optimasi dilakukan untuk menentukan suhu annealing PCR standard dan Nested PCR, serta jumlah siklus yang digunakan pada 1st nested PCR 15 siklus dan 25 siklus. Hasil penelitian menunjukkan PCR standar set primer I dan II bekerja dengan suhu annealing optimum 60,7oC, diinterferensi oleh pseudogene dengan tingkat spesifisitas untuk masing-masingnya sebesar 20 dan 30. Nested PCR dengan kondisi optimum suhu annealing untuk pertama 55oC, suhu annealing kedua 60,7oC dengan 15x siklus PCR berhasil 100 dapat mendeteksi gen PIK3CA. Sampel mengandung satu mutasi substitutsi pada basa 545 ekson 9, mengindikasikan perubahan asam amino dari asam glutamat E ke lisin K. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pseudogene terdapat pada kanker payudara. Metode Nested PCR spesifik digunakan untuk studi genotyping gen PIK3CA ekson 9.

---

The aim of study is to detect of exon 9 PIK3CA gene with two PCR methods approach and comparing two methods, to avoid detection of false positives effect pseudogene exist in breast cancer. Ten genomics DNA were used in this experiment. Two pairs of primer Standard PCR and Nested PCR method used to detection of exon 9 PIK3CA genes with the size of PCR products is 200 bp and 400 bp followed with DNA sequencing method. Optimization was done to determine of annealing temperature of Standard PCR and Nested PCR, as well as the number of cycles used in the 1st nested PCR 15 cycles and 25 cycles.

The result of research was standard PCR using each primer pairs I and II with optimum annealing temperature 60,7oC, had interference by pseudogene with the degree of specificity for each them was 20 and 30. Nested PCR with optimum condition annealing temperature for the first round at 55oC, annealing temperature for the second round at 60,7oC with 15x PCR cycles 100 succeed to detect the true PIK3CA gene. Samples contain one substitution mutation at position 545 of exon 9, indicating amino acid changing from glutamate acid E to lysin K. The result was, pseudogene also exists in breast cancer. Nested PCR methods specifically used for genotyping studies exon 9 of PIK3CA gene. "

"Penelitian dilakukan untuk menentukan nilai cut-off dalam skoring status HER-2 pada pasien kanker payudara dengan metode qPCR. DNA genom sebanyak 72 sampel yang diekstraksi dari jaringan kanker payudara dianalisis menggunakan metode 2ΔCT untuk mengetahui jumlah salinan gen HER-2 sampel secara relatif yang telah diketahui statusnya oleh IHC. Jumlah salinan gen HER-2 dinyatakan sebagai rasio gen HER-2 terhadap gen acuan yang digunakan, yaitu whn. Kurva standar dihasilkan dari pengenceran serial plasmid standar pGEM-T easy HER-2 dan pGEM-T easy whn, dikembangkan untuk kontrol kualitas pengujian. Evaluasi kualitas qPCR yang optimal ditentukan dengan nilai koefisien determinasi (R2) >0,980, persentase efisiensi dalam kisaran 90 - 105%, dan konfirmasi produk spesifik dengan analisis melt peak dan elektroforesis gel. Nilai cut-off didapat dari perhitungan nilai kuartil untuk menetapkan batas negatif, borderline, dan positif amplifikasi HER-2 pada sampel. Hasil analisis qPCR dibandingkan kesesuaiannya terhadap status yang telah diperoleh dari evaluasi IHC sebelumnya. Kurva standar untuk kedua plasmid standar menunjukkan performa yang baik, dan konfirmasi sampel dengan analisis melt peak dan elektroforesis gel menunjukkan puncak dan pita tunggal spesifik. Nilai cut-off yang didapatkan dalam penelitian adalah ≤2,16 untuk negatif, >2,16 dan ≤4,19 untuk borderline, dan >4,19 untuk positif amplifikasi HER-2. Hasil analisis qPCR dengan nilai cut-off yang dibandingkan dengan status IHC menghasilkan kesesuaian 67%.

---

The research aimed to determine cut-off value in HER-2 scoring status on breast cancer patients by qPCR method. Total of 72 genomic DNA samples extracted from breast cancer tissues were analyzed using 2ΔCT method to measure relatively HER-2 gene copy number of samples previously identified by IHC. HER-2 gene copy number was expressed as a ratio of HER-2 gene to the reference gene used, namely whn. Standard curve was generated by serial dilution of pGEM-T easy HER-2 and pGEM-T easy whn plasmid standard, developed for quality control assay.

For evaluation, optimal qPCR assay was determined by coefficient of determination value (R2) >0.980, percentage of efficiency in the range of 90 ? 105%, and specific product was confirmed by melt peak analysis and gel electrophoresis. Cut-off value was obtained from quartile calculation to establish the status of negative, borderline, and positive amplification of HER-2 in the samples.

Further, result of qPCR analysis was compared with IHC status. Standard curves for both plasmid standards showed a good performance, and confirmed by melt peak and gel electrophoresis showed single peak and single band specific. For the cut-off value, this study suggested ≤2.16 for negative, >2.16 and ≤4.19 for borderline, and >4.19 for positive HER-2 amplification. The result of qPCR analysis with cut-off value was compared with IHC status has concordance 67%."

"ABSTRAKPemeriksaan mutasi gen PIK3CA penting dilakukan karena mutasi pada gen tersebut menyebabkan penderita kanker payudara dengan subtipe HER 2 mengalami resistensi terhadap terapi trastuzumab. Kit komersial pendeteksi mutasi gen PIK3CA yang beredar di pasaran dibuat berdasarkan genotipe kaukasia/Amerika. Penelitian telah dilakukan untuk mengetahui profil mutasi gen PIK3CA ekson 20 dari penderita kanker payudara di Sumatera Barat. Hasil sekuensing menunjukkan mutasi gen PIK3CA ditemukan 5 dari 68 sampel uji (7,35%) dan paling sering terjadi pada subtipe luminal. Mutasi tersebut berupa silent mutation T1025T (4,41%) dan missense mutation H1047R (2,94%). Hasil penelitian menunjukkan bahwa mutasi gen PIK3CA Ekson 20 tidak berasosiasi dengan keberadaan reseptor ER, PR, dan HER 2. Mutasi yang ditemukan dalam penelitian ini dapat digunakan sebagai referensi pembuatan kit deteksi mutasi gen PIK3CA meskipun tidak berasosiasi dengan parameter patologiklinik.

---

ABSTRACTExamination of PIK3CA mutations in breast cancer patients is important because contributed to trastuzumab resistance problem in breast cancer subtype HER 2. Since commercial kit to detect PIK3CA mutation which now widely used were made based on caucasia/America genotype, not based on genotype Indonesia. The research has been conducted to determine the profile of the PIK3CA exon 20 mutations of the breast cancer patients in West Sumatra. Sequencing result showed that 5 out of 68 samples PIK3CA (7.35 %) had PIK3CA mutations and mostly occur in the luminal subtype. Mutations found were silent mutation T1025T (4.41 %) and missense mutation H1047R (2.94%). Meanwhile, this research results that PIK3CA mutation in exon 20 does not associated with the presence of ER, PR, and HER 2 reseptors respectively. However, mutations found in this research was expected to use as a reference in devloping detection kit of PIK3CA mutation regardless the negative association with clinical pathology parameters;"

"Situs aktif CDH pada Phanerochaete chrysosporium terdiri dari dua subsites , subsite C katalitik dan B subsite yang mengikat substrat . Domain flavin pada PcCDH Phanerochaete chrysosporium yang telah bermutasi dalam residu F282 berhasil diekspresikan dalam Escherichia coli . Pergantian Phe282 ke Ala , Asp , dan His mengubah aktivitas enzimatik dan spesifisitas spesifisitas terhadap substrat. PcCDH wild-type berperan dengan efisien dalam mengoksidasi hanya selobiosa dan laktosa, sedangka tiga macam variasi Phe282 mampu menunjukkan aktivitas pada glukosa dan maltosa. Mutan mempertahankan sebagian besar aktivitasnya dengan selobiosa tetapi menunjukkan penurunan terhadap laktosa. Kemampuan untuk mengenali glukosa tersebut memberikan peluang besar untuk aplikasi di multibiosensor.

---

The active site of cellobiose dehydrogenase from Phanerochaete chrysosporium is composed of two subsites, a catalytic C subsite and a substrate-binding B subsite. The soluble flavin domain of the Phanerochaete chrysosporium CDH that has mutated in residue F282 was successfully expressed in Escherichia coli. Substitution of Phe282 to Ala, Asp, and His changed its enzymatic activity and altered the enzyme?s substrate specificity. While the wild-type cellobiose dehydrogenase efficiently oxidizes only cellobiose and lactose, the three mutated Phe282 also showed activity to glucose and maltose. Mutant retained most of its activity with cellobiose but greatly decreased with lactose. The ability to recognize glucose provide great opportunities for the application in multibiosensor."