Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 5 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Gita Pratama
"Sindrom ovarium polikistik (SOPK) adalah kelainan endokrin yang paling banyak ditemukan dan memengaruhi 5–20% perempuan pada usia reproduksi. Kadar LH dan rasio LH dengan FSH lebih tinggi pada pasien SOPK nir-obese dibandingkan obese. Sekresi LH dan FSH dipengaruhi oleh pulsatilitas GnRH neuron GnRH di hipotalamus. Kisspeptin diduga sebagai regulator utama sekresi GnRH, sedangkan neurokinin B (NKB) dan dinorfin mengatur sekresi kisspeptin neuron KNDy. Namun, patofisiologi gangguan neuroendokrin pada pasien SOPK nir-obese belum dipahami sehingga diperlukan penelitian untuk mengetahui hubungan kadar kisspeptin, NKB dan dinorfin dengan rasio LH/FSH serta hubungannya dengan polimorfisme dan metilasi DNA gen KISS1. Penelitian ini menggunakan desain potong lintang di Klinik Yasmin, RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo Kencana dan klaster Human Reproduction, Infertility and Family Planning IMERI UI pada bulan September 2021 sampai Januari 2023 dengan subjek penelitian 120 pasien SOPK nir-obese. Dilakukan pengukuran parameter komposisi tubuh, skor Ferriman-Gallwey dan pemeriksaan kadar FSH, LH, rasio LH/FSH, kisspeptin, NKB, dinorfin, leptin, adiponektin, AMH, glukosa darah puasa, insulin puasa, HOMA-IR, testosteron, dan SHBG. Dilakukan analisis polimorfisme rs4889 dan rs5780218 gen KISS1 danmetilasi DNA gen KISS1. Analisis bivariat dan analisis jalur dilakukan untuk mengetahui hubungan antarvariabel. Terdapat hubungan negatif antara dinorfin dengan kisspeptin, sedangkan kadar NKB tidak berhubungan dengan kisspeptin. Tidak ada hubungan kadar kisspeptin dengan rasio LH/FSH; namun, dinorfin berhubungan positif dengan rasio LH/FSH pada pada analisis bivariat maupun analisis jalur. Kadar AMH berhubungan dengan rasio LH/FSH baik pada kedua analisis. Pada analisis jalur, terdapat hubungan positif antara HOMA-IR dengan FAI dan antara FAI dengan AMH. Pada analisis polimorfisme gen KISS1tidak terdapat hubungan antara frekuensi genotipe maupun frekuensi alel rs4889 dan rs5780218 gen KISS1 SOPK nir-obese dengan kadar kisspeptin dan rasio LH/FSH. Tidak terdapat perbedaan bermakna antara metilasi DNA dengan kadar kisspeptin dan rasio LH/FSH. Terdapat hubungan antara peningkatan dinorfin dengan penurunan kadar kisspeptin. Hubungan dinorfin dengan rasio LH/FSH kemungkinan disebabkan oleh rendahnya kadar progesteron. Peningkatan AMH berhubungan dengan peningkatan rasio LH/FSH pada pasien SOPK nir-obese. AMH merupakan variabel perantara HOMA-IR dan FAI terhadap rasio LH/FSH. Tidak ada hubungan polimorfisme rs4889 dan rs5780218 gen KISS1 serta metilasi DNA gen KISS1 dengan kisspeptin dan rasio LH/FSH pada pasien SOPK nir-obese. Perlu penelitian lebih lanjut untuk mengetahui potensi terapi terhadap dinorfin dan AMH dalam tatalaksana pasien SOPK nir-obese.

Polycystic ovary syndrome (PCOS) is the most common endocrine disorder affecting 5–20% of reproductive age women. LH levels and LH/FSH ratios are higher in lean PCOS patients than in obese patients. LH and FSH secretion are influenced by GnRH pulsatility of GnRH neurons in the hypothalamus. Kisspeptin is thought to be the main regulator of GnRH secretion, whereas neurokinin B (NKB) and dynorphin regulate kisspeptin secretion in KNDy neurons. However, the pathophysiology of neuroendocrine disorders in lean PCOS patients is not well established. This study aims to determine the relationship between kisspeptin, NKB and dynorphin levels with the LH/FSH ratio and the relationship between polymorphism and DNA methylation of the KISS1 gene. This study used a cross-sectional design at the Yasmin Clinic, RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo Kencana and the IMERI UI Human Reproduction, Infertility and Family Planning cluster from September 2021 to January 2023 with 120 lean PCOS patients as subjects. Body composition parameters, Ferriman-Gallwey score, FSH, LH, LH/FSH ratio, kisspeptin, NKB, dynorphin, leptin, adiponectin, AMH, fasting blood glucose, fasting insulin, HOMA-IR, testosterone, and SHBG were measured. Analysis of KISS1 gene polymorphisms of rs4889 and rs5780218 and DNA methylation were performed. Bivariate analysis and path analysis were performed to determine the relationship between variables. There was a negative relationship between dynorphin and kisspeptin, while NKB levels was not related to kisspeptin. There was no relationship between kisspeptin levels and the LH/FSH ratio; however, dynorphin was positively related to the LH/FSH ratio in both bivariate and pathway analysis. AMH levels was positively correlated with the LH/FSH ratio in both analyses. In path analysis, there is a positive relationship between HOMA-IR and FAI as well as between FAI and AMH. In the analysis of the KISS1 gene polymorphism, there was no significant difference between the genotype and allele frequencies of rs4889 and rs5780218 of the lean KISS1 gene with kisspeptin levels and the LH/FSH ratio. There was no significant difference between DNA methylation with kisspeptin levels and LH/FSH ratio. There is a relationship between the increased dynorphin and decreased kisspeptin levels. The association of dynorphins with the LH/FSH ratio may be due to low levels of progesterone. Increased AMH is associated with increased LH/FSH ratio in lean PCOS patients. AMH is an intermediary variable between HOMA-IR and FAI with the LH/FSH ratio. There is no relationship between the rs4889 and rs5780218 KISS1 gene polymorphisms and KISS1 gene DNA methylation with kisspeptin and the LH/FSH ratio in lean PCOS patients. Further research is required to determine the therapeutic potential of dynorphin and AMH in the management of lean PCOS patients."
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
D-pdf
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Budi Ermanto
"Insufisiensi ovarium primer (IOP) adalah sindrom klinik yang ditandai dengan hilangnya aktivitas ovarium sebelum usia 40 tahun, disertai gangguan menstruasi, peningkatan gonadotropin dan rendahnya kadar estradiol. Kondisi tersebut menyebabkan infertilitas. Diagnosis IOP ditegakkan berdasarkan hormon FSH, tetapi memerlukan 2 kali pemeriksaan dalam waktu 4-6 minggu, sehingga digunakan persentil wiweko untuk mengetahui kadar AMH sebagai prediktor cadangan ovarium. Kadar AMH rendah menunjukkan cadangan ovarium juga rendah; diduga karena ada mutasi gen AMH sehingga perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui hubungan antara mutasi gen dengan hormon AMH. Penelitian potong lintang ini dilakukan di Rumah Sakit dr Cipto Mangunkusumo (RSCM) Jakarta dalam kurun waktu Juni 2021-Maret 2022. Subjek penelitian adalah pasien yang dikonsulkan ke RSCM untuk masalah gangguan menstruasi. Subjek dibagi tiga kelompok yaitu kelompok IOP, SOPK dan kontrol, kemudian dilakukan uji karyotiping dengan G-banding untuk mengetahui normalitas kromosom. Selanjutnya diperiksa urutan gen AMH dan SNP menggunakan sanger sekuensing, sedangkan kadar AMH diperiksa dengan uji ELISA. Data diolah dengan SPSS versi 20 dan uji statistik yang digunakan adalah Uji Mann Whitney, chi square, exact fisher dan uji korelasi spearman. Dari total 31 subjek penelitian, 8 subjek masuk dalam kelompok IOP, 16 subjek SOPK, dan 7 subjek kontrol. Terdapat 30 mutasi dengan 2 mutasi novel pada promoter gen AMH dan 3 mutasi novel pada struktur gen AMH. Terdapat 14 SNP pada kelompok IOP dan 15 SNP pada kelompok SOPK, dengan nilai LDI > 0,8 yang berarti kemunculan satu mutasi diikuti oleh mutasi di titik lain. Mutasi struktural gen AMH, SNP P247Q, menyebabkan perubahan prolin menjadi glutamin. Mutasi itu mengubah folding pada model prediksi 3D protein AMH. Mutasi pada kelompok IOP memiliki nilai HW 0,014; artinya, mutasi tidak diwariskan ke generasi selanjutnya. Terdapat perbedaan bermakna distribusi frekuensi mutasi promoter gen AMH antara kelompok IOP dengan SOPK, pada titik mutasi 19:g.2249146T>G (p=0,007) dengan rasio prevalens RP (95%CI) = 5(1,6-14,9) terhadap SOPK, sehingga genotipe TG 5 kali lebih besar kemungkinan menjadi IOP. Disimpulkan terdapat mutasi pada promoter dan struktural gen AMH pada semua kelompok, yang menyebabkan perbedaan urutan basa; namun tidak bermakna. Model prediksi struktur 3D AMH menunjukkan perubahan folding di titik P247Q yang mengalami mutasi, sehingga mengakibatkan perubahan struktur protein. Jumlah dan jenis mutasi pada struktural gen AMH tidak berhubungan dengan kadar AMH. Jumlah mutasi di promoter gen AMH tidak memengaruhi kadar AMH pada semua kelompok.

Primary ovarian insufficiency (POI) is a clinical syndrome characterized by the loss of ovarian function before the age of 40, resulting in menstrual irregularities, elevated gonadotropin levels, and decreased estradiol levels. It leads to infertility. Diagnosis of POI requires two FSH hormone tests within a 4-6 week period. To predict ovarian reserve, AMH levels are measured using the Wiweko percentile. Low AMH levels indicate diminished ovarian reserve, possibly due to AMH gene mutations. Hence, a study was conducted at Cipto Mangunkusumo Hospital (RSCM) in Jakarta from June 2021 to March 2022.
The study included three groups: POI, polycystic ovary syndrome (PCOS), and control. G-banding karyotyping determined chromosomal normality, while Sanger sequencing examined AMH gene sequence and single nucleotide polymorphisms (SNPs). ELISA was used to measure AMH levels. Statistical analysis employed SPSS version 20, including tests like Mann-Whitney, chi-square, exact Fisher, and Spearman correlation.
Out of 31 subjects, 8 had POI, 16 had PCOS, and 7 were controls. The study identified 30 mutations, including 2 novel promoter mutations and 3 novel missense mutations in the AMH gene structure. The POI group had 14 SNPs, while the PCOS group had 15, with an LDI value > 0.8 indicating multiple mutations. The SNP P247Q caused a proline to glutamine change, impacting the protein structure. The HW value of POI mutations was 0.014, suggesting no inheritance.
There was a significant difference in the distribution of AMH gene promoter mutation frequencies between the IOP and PCOS groups, at the mutation point 19:g.2249146T>G (p=0.007) with a prevalence ratio of RP (95%CI) = 5(1.6-14.9) to PCOS, so that the TG genotype is 5 times more likely to become IOP.. In conclusion, mutations occurred in both promoter and structural regions of the AMH gene but did not significantly impact AMH levels. The 3D model predicted structural changes at the P247Q mutation point. The number and type of structural mutations were unrelated to AMH levels. The number of promoter gene mutations did not affect AMH levels in any group.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
D-pdf
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Achmad Kemal Harzif
"Tujuan: Faktor embrio sangat mempengaruhi hasil dari fertilization in vitro (FIV). Salah satu metode untuk memastikan embrio tidak memiliki kromosom aneuploid adalah Prosedur Pengujian Genetik Praimplantasi untuk Aneuploidi atau Skrining Genetik Praimplantasi, yang melibatkan biopsi blastomer pada fase 8 sel atau trofektoderm pada fase blastokista. Prosedur ini merupakan prosedur yang invasif dan berpotensi membahayakan embrio.
Metode: Penelitian adalah penelitian cross-sectional pada pasien program FIV yang dilanjutkan dengan pemeriksaan kromosom dengan NGS di Pusat IVF RS Pondok Indah dan Pusat FIV Morula RS Bunda pada bulan Desember 2021 sampai dengan Desember 2022. Embrio yang mencapai stadium blastokista pada hari ke 5 atau 6 dibersihkan dan dimasukkan ke dalam tabung PCR selama seminggu; dilanjutkan dengan anotasi oleh embriologi untuk menentukan penilaian morfologi dan parameter morfokinetik menggunakan Microscopcopy Time-Lapse. Uji chi-square digunakan untuk menganalisis variabel bivariat.
Hasil: Seratus dua puluh empat sampel didapatkan pada hari ke 5 pasien yang menjalani prosedur FIV. Sebanyak 50,8% memiliki kromosom aneuploid, dan 49,2% adalah euploid. Median karakteristik morfokinetik yaitu 3,86 kali lipat. Ditemukan bahwa tingkat ekspansi, time to pro-nuclear fading, dan time to the synchrony of the third cell cycle berhubungan secara signifikan dengan status euploid (p = =0,000; 0,041 dan 0,036).
Kesimpulan: Tingkat ekspansi terbukti secara bermakna memiliki pengaruh dalam memprediksi status ploidi embrio.
Metode: Penelitian adalah penelitian cross-sectional pada pasien program FIV yang dilanjutkan dengan pemeriksaan kromosom dengan NGS di Pusat IVF RS Pondok Indah dan Pusat FIV Morula RS Bunda pada bulan Desember 2021 sampai dengan Desember 2022. Embrio yang mencapai stadium blastokista pada hari ke 5 atau 6 dibersihkan dan dimasukkan ke dalam tabung PCR selama seminggu; dilanjutkan dengan anotasi oleh embriologi untuk menentukan penilaian morfologi dan parameter morfokinetik menggunakan Microscopcopy Time-Lapse. Uji chi-square digunakan untuk menganalisis variabel bivariat.
Hasil: Seratus dua puluh empat sampel didapatkan pada hari ke 5 pasien yang menjalani prosedur FIV. Sebanyak 50,8% memiliki kromosom aneuploid, dan 49,2% adalah euploid. Median karakteristik morfokinetik yaitu 3,86 kali lipat. Ditemukan bahwa tingkat ekspansi, time to pro-nuclear fading, dan time to the synchrony of the third cell cycle berhubungan secara signifikan dengan status euploid (p = =0,000; 0,041 dan 0,036).
Kesimpulan: Tingkat ekspansi terbukti secara bermakna memiliki pengaruh dalam memprediksi status ploidi embio.

Objective : Embryonic factors greatly influence IVF outcomes. One method to ensure the embryo does not have aneuploid chromosomes is Preimplantation Genetic Testing for Aneuploidy or Preimplantation Genetic Screening procedure, which involves undergoing a biopsy of the blastomeres in the 8-cell phase or the trophectoderm in the blastocyst phase. The procedure is invasive and can potentially harm the embryo.
Methods: This study is a cross-sectional that requires patients undergoing IVF followed by chromosome examination with NGS that was conducted at the IVF Center at Pondok Indah Hospital and Morula IVF Center at Bunda Hospital from December 2021 to December 2022. Each embryo that reaches the blastocyst stage on day 5 or 6 will be washed and put into a PCR tube for a week; then, embryologists annotate them to determine morphological assessment and morphokinetic parameters using Time-Lapse Microscopy. The chi-square test was used to analyse bivariate variables.
Results: One hundred twenty four samples were collected on day 5 of patients undergoing the IVF procedure. 50.8% of the samples were aneuploid chromosomes, and 49.2% were euploid. The morphokinetic characteristics median was 3.86 fold. It was found that expansion grade, time to pro-nuclear fading, and time to the synchrony of the third cell cycle were significantly associated with euploid status (p = =0.000; 0.041 and 0.036).
Conclusion: The expansion grade has been proven as the most influential component for accurately predicting the ploidy status of embryos.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
D-pdf
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Nining Handayani
"Latar Belakang: DNA bebas dalam medium kultur embrio dan kemajuan pemodelan berbasis kecerdasan buatan berpotensi menjadi modalitas uji genetik yang non-invasif. Saat ini, tidak diketahui apakah DNA tersebut dilepaskan oleh sel embrio euploid atau aneuploid, sehingga melemahkan dasar keilmuan penggunaannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui sel sumber embrio pelepas DNA bebas dalam medium kultur, validasi potensi klinis penggunaan DNA bebas untuk skrining status ploidi embrio pasien Fertilisasi In-Vitro (FIV), dan konstruksi model pembelajaran mendalam menggunakan gambar embrio tersegmentasi untuk deteksi status ploidi embrio.
Metode: Penelitian ini terbagi dalam dua desain penelitian yaitu eksperimental in-vitro menggunakan embrio hewan model dan observasi kohort menggunakan 28 sampel medium kultur embrio dari 21 pasien program FIV di Klinik Morula IVF Jakarta, periode September 2022–Januari 2023. Konstruksi model pembelajaran mendalam menggunakan gambar embrio pasien FIV yang menjalani program bayi tabung periode Januari 2021– Juni 2023. Deteksi sel embrio sumber pelepas DNA bebas dilakukan dengan memapar salah satu embrio (galur DDY atau C57BL) dengan reversin untuk memperoleh blastomer pembawa sel-sel aneuploid. Embrio kontrol dikultur bersamaan tanpa reversin sebagai pembawa sel-sel blastomer euploid. Agregasi membentuk embrio mosaik dilakukan antara embrio pembawa blastomer aneuploid (perlakuan) dan embrio pembawa blastomer euploid (kontrol). Polimorfisme gen GABRA2 antara galur DDY (alel wildtype) dan C57BL (alel delesi) mejadi alel target yang dikuantifikasi dengan metode qPCR. Empat jenis sampel dibuat sebagai berikut: medium kultur tanpa embrio, medium kultur embrio agregasi tanpa pemaparan reversin, rev-DDY, rev-C57BL. Embrio mosaik diwarnai dengan marka apoptosis untuk deteksi mekanisme pelepasan DNA bebas. Analisis status ploidi embrio menggunakan medium kultur embrio pasien FIV dilakukan dengan metode sekuensing. Konstruksi model pembelajaran mendalam menggunakan gambar embrio tersegmentasi yang dipotong urut selama 10 jam sebelum proses biopsi. Variabel yang diamati dalam penelitian adalah konsentrasi alel delesi dan wildtype gen GABRA2, jumlah sel terwarnai marka apoptosis, Pada sampel medium kultur embrio manusia, keberhasilan amplifikasi dan interpretasi hasil sekuensing, serta tingkat kesesuaian uji antara DNA bebas dengan biopsi trofoblas dianalisis. Kemampuan prediksi model berbasis kecerdasan buatan dinilai dengan akurasi dan loss. Analisis data penelitian dan konstruksi model pembelajaran mendalam menggunakan perangkat lunak SPPS versi 21, OpenEpi. pyhton.
Hasil: Sebanyak 0,08 ng/reaksi alel wildtype ditemukan pada embrio mosaik dengan pemaparan reversin pada blastomer embrio DDY (rev-DDY, pembawa sel-sel aneuploid) dan 0,01 ng/reaksi alel delesi ditemukan pada embrio mosaik dengan pemaparan reversin pada blastomer embrio C57BL (rev-C57BL, pembawa sel-sel aneuploid). Median jumlah sel embrio terwarnai marka apoptosis antara ketiga group embrio (agregasi kontrol, rev- DDY dan rev-C57BL) tidak berbeda bermakna (nilai p = 0,95 untuk pewarnaan late apoptosis (propidium iodide) dan p = 0,42 untuk early apoptosis (Ann-V) menandakan adanya proses koreksi sel pada kedua group embrio mosaik selama masa perkembangan pra-implantasi. Keberhasilan amplifikasi DNA bebas medium kultur embrio manusia dalah 100%, dengan nilai interpretasi 92,8% (26/28). Nilai kesesuaian DNA bebas dengan biopsi trofoblas adalah rendah sebesar 65,4% (17/26) dengan kesesuaian kromosom seks adalah 61,5% (16/26). Sepuluh dari 11 embrio XY pada biopsi trofoblas terdeteksi XX pada DNA bebas. Seluruh model pembelajaran mendalam mengalami peningkatan akurasi menggunakan gambar embrio tersegmentasi dengan algoritma InceptionV3 mencapai akurasi tertinggi sebesar 0,67 dengan nilai loss sebesar 1,4.
Kesimpulan: Sel embrio anueploid adalah sel sember pelepas DNA bebas medium kultur embrio pada embrio mosaik hewan coba mencit yang dilepaskan melalui mekanisme apoptosis. Embrio masik tersebut diperkirakan melakukan self-correction dengan mengeksklusi sel-sel aneploid untuk mempertahankan euploiditasnya. Rendahnya tingkat kesesuaian antara DNA bebas dengan biopsi trofoblas disebabbkan oleh adanya kontaminasi maternal yang ditandai dengan perubahaan koromosm seks yang signifikan. Penggunaan gambar blastosis tersegmentasi meningkatkan akurasi model prediksi pembelajaran mendalam.

Background: Cell-free DNA and advanced artificial intelligence-based modeling uphold the potential of a non-invasive approach to determining embryo ploidy status. The specific embryonic cells (whether euploid or aneuploid) that release cell-free DNA are largely unknown, causing a weak scientific basis for its use. This study aimed to identify the source of embryonic cells releasing cell-free DNA in culture media, validate the clinical potential of using cell-free DNA to screen embryo ploidy status in an in-vitro fertilization (IVF) program and develop a deep learning model using segmented embryo images to detect embryo ploidy status.
Materials and Methods: This study employed two research designs including an in-vitro experimental study using animal model embryos and an observational cohort study using 28 samples of spent embryo culture media from 21 patients undergoing IVF program at Morula IVF Clinic Jakarta (September 2022 to January 2023). A deep learning model was constructed using images of embryos from IVF patients who participated in IVF program from January 2021 to June 2023. Detection of the source embryonic cells releasing cell-free DNA was achieved by exposing embryos (DDY or C57BL strains) to reversine to induce the formation of blastomeres carrying aneuploid cells. Control embryos were cultured simultaneously without reversine to serve as the source of euploid blastomeres. Mosaic embryo aggregation was performed by combining embryos carrying aneuploid blastomeres (treatment) with those carrying euploid blastomeres (control). The GABRA2 gene polymorphism between the DDY strain (wildtype allele) and the C57BL strain (deletion allele) was the target allele quantified using qPCR. Four types of samples were prepared: culture medium without embryos, culture medium of aggregated embryos without reversine exposure, rev-DDY, and rev-C57BL. Mosaic embryos were stained with an apoptosis marker to detect the mechanism of cell-free DNA release. The ploidy status of embryos using spent embryo culture media from IVF patients was determined using sequencing methods. The deep learning model was constructed using segmented images of embryos captured over 10 hours before the biopsy process. The variables observed in the study included the concentration of deletion and wildtype alleles of the GABRA2 gene, the number of cells stained with apoptosis markers, the success rate of amplification and interpretation of sequencing results from human spent embryo culture medium samples, and the concordance rate between cell-free DNA and trophectoderm biopsy analysis. The predictive ability of the artificial intelligence-based model was evaluated using accuracy and loss metrics. Data analysis and deep learning model construction were performed using SPSS version 21, OpenEpi, and Python.
Results: A total of 0.08 ng/reaction of the wildtype allele was detected in the culture media sample of mosaic embryos exposed to reversine in DDY embryo blastomeres (rev- DDY, carrying aneuploid cells), and 0.01 ng/reaction of the deletion allele was found in the sample exposed to reversine in C57BL embryo blastomeres (rev-C57BL, carrying aneuploid cells). The median number of embryonic cells stained with apoptosis markers among the three groups of embryos (control aggregation, rev-DDY, and rev-C57BL) did not differ significantly (p = 0.95 for late apoptosis staining with propidium iodide and p = 0.42 for early apoptosis with Annexin V), indicating the presence of cell correction processes in both groups of mosaic embryos during pre-implantation development. The success rate of cell-free DNA amplification in human spent embryo culture media was 100%, with an interpretability of 92.8% (26/28). The concordance between cell-free DNA and trophectoderm biopsy was low at 65.4% (17/26), with sex chromosome concordance at 61.5% (16/26). Ten out of eleven XY embryos from the trophectoderm biopsy were detected as XX in cell-free DNA analysis. All deep learning models showed improved accuracy using segmented embryo images with the InceptionV3 algorithm, achieving the highest accuracy of 0.67 with a loss of 1.4.
Conclusion: Aneuploid embryonic cells were identified as the source releasing cell-free DNA in culture media during embryo animal model experiments, releasing DNA through an apoptotic mechanism. These mosaic embryos were expected to activate embryonic cell correction mechanisms by excluding aneuploid cells to maintain their euploidy. The low concordance rate between cell-free DNA and trophectoderm biopsy was attributed to maternal contamination, as indicated by significant changes in sex chromosomes. The use of segmented blastocyst images improved the model's accuracy.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2024
D-pdf
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Sirait, Batara Imanuel
"Pengawetan fungsi reproduksi dengan simpan beku oosit matur tidak dapat dilakukan pada pasien kanker, sehingga simpan beku oosit imatur menjadi pilihan. Simpan beku oosit imatur masih terkendala angka maturasi dan fertilisasi yang rendah. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi pengaruh vitrifikasi sel kumulus granulosa sebagai representasi maturitas dan kualitas oosit matur dan imatur. Penanda maturitas adalah GDF-9, BMP-15, FSHR, LHR, dan koneksin-37, sedangkan kaspase-3 dan survivin sebagai penanda kualitas. Kadar protein total dan protein spesifik penanda maturitas (FSHR, LHR) dan kualitas (kaspase-3) oosit juga diteliti untuk memperoleh gambaran komprehensif pascavitrifikasi.
Disain penelitian adalah true eksperimental in-vitro, dilakukan dari bulan Juli 2020 sampai Februari 2022. Subjek penelitian adalah pasien yang menjalani program fertilisasi in-vitro di klinik bayi tabung Morula IVF, RSIA Bunda Jakarta. Sampel sel kumulus-granulosa dari 38 pasien dengan diagnosis sindrom ovarium polikistik (SOPK) dianalisis. Prosedur vitrifikasi dilakukan dengan memajan sel kumulus-granulosa pada medium ekuilibrasi (VS1, 15% etilen glikol) selama 5 menit dan medium vitrifikasi (VS2, 15% etilen glikol, 15% dimethyl sulfoxide dan 0,5 M sukrosa) selama 30 detik. Sel kumulus-granulosa dimasukkan secara cepat ke nitrogen cair (suhu -196 oC). Setelah 5 menit, sampel dihangatkan dengan memajankan larutan sukrosa bertingkat 0,5 M, 0,25 M, 0.125 M. Metode real-time quantitative polimerase chain reaction (rt-qPCR) digunakan untuk mengukur ekspresi relatif dan sandwich Enzyme-linked Immunosorbent Assay (ELISA) untuk mengukur kadar protein. Analisis data menggunakan T-independent atau Mann-Whitney. Analisis ekspresi relatif gen target level mRNA menggunakan rumus Pfaffl.
Didapatkan kadar protein total yang tidak berbeda bermakna antara sel kumulus-granulosa oosit matur dan imatur (30 µg/mL dan 12,5 µg/mL, nilai p > 0,05). Kadar protein spesifik FSHR, LHR dan Kaspase-3 juga tidak berbeda bermakna antara kelompok oosit matur dan imatur (masing-masing adalah 0,47 µg/mL dan 0,48 µg/mL, 0,1 µg/mL dan 0,09 µg/mL, 0.51 µg/mL dan 0.58 µg/mL, nilai p > 0,05). Tidak terdapat perbedaan bermakna ekspresi relatif BMP-15, LHR dan koneksin-37 pascavitrifikasi pada kelompok sel kumulus-granulosa oosit matur dan imatur (masing-masing 1,6 dan 1,4 kali untuk BMP-15, 2,3 dan 2,3 kali untuk LHR, 0,9 dan 0,9 kali untuk koneksin-37, nilai p < 0,01). Didapatkan penurunan bermakna ekspresi relatif GDF-9 dan FSHR pada kelompok sel kumulus-granulosa oosit matur dan imatur (masing-masing 0,2 dan 0,1 kali untuk GDF-9, 0,3 dan 0,02 kali untuk FSHR, nilai p < 0,01). Ekspresi relatif gen penanda kualitas oosit matur dan imatur yaitu survivin dan kasapase-3 tidak berubah pascavitrifikasi (1,3 dan 1,2 kali untuk survivin, 0,7 dan 0,8 kali untuk kaspase-3, nilai p > 0,05). Analisis kadar protein FSHR, LHR, dan kaspase-3 pascavitrifikasi menunjukkan bahwa vitrifikasi tidak mengubah ekspresi gen sel kumulus granulosa oosit matur dan imatur (masing-masing adalah 0,4;0,4 µg/mL dan 0;4;0,5 µg/mL untuk FSHR, 0,1;0,1 µg/mL dan 0,1;0,1 µg/mL untuk LHR, 1,9;1,5 µg/mL dan 1,7;1,6 µg/mL untuk kaspase-3, nilai p > 0,05).
Disimpulkan simpan beku sel kumulus-granulosa dengan metode vitrifikasi tidak mengubah ekspresi gen penanda maturitas dan kualitas oosit kecuali GDF-9 dan FSHR. Vitrifikasi terbukti aman untuk mempertahankan viabilitas sel kumulus-granulosa sebagai representasi kesintasan oosit matur dan imatur.

Fertility preservation through mature oocytes cannot be recommended for cancer patients and immature oocytes is preferable. However, immature oocyte vitrification remains unfavorable due to low number of mature oocytes as well as low fertilizability post-warming. This study aimed to investigate the effect of cumulus-granulosa cells' vitrification on maturity and quality-associated markers of mature and immature oocytes as an indirect assessment. Expression of GDF-9, BMP-15, FSHR, LHR, and Connexin-37 genes which represent oocyte maturity and oocyte quality (caspase-3 and survivin) were analyzed post-warming. Protein total and specific proteins including FSHR, LHR, and Caspase-3 were also measured to comprehend the effect of vitrification.
This was an in-vitro experimental study conducted from Juli 2020–February 2022 in Morula IVF Jakarta Clinic. A total of 38 cumulus-granulosa cell samples from infertile women diagnosed with polycystic ovary syndrome (PCOS) were analyzed. Vitrification was commenced by exposing the cells sample to the equilibration medium containing 15% EG for 5 minutes followed by exposing the cells to vitrification medium (15% EG and 15% DMSO) for 30 seconds. Cell samples were subsequently immersed in liquid nitrogen (-196 0C) for 5 minutes. Warming procedure using sucrose solution (0.5 M, 0.25 M, 0.125 M) was performed consecutively. Real-time quantitative polymerase chain reaction (rt-qPCR) dan sandwich ELISA was utilized to measure relative expression and concentration of both total and specific protein. Data analysis was performed using T-independent or Mann-Whitney and Pfaffl formulation for fold-changes measurement.
This study found that concentration of both total (30 µg/mL vs. 12.5 µg/mL, p > 0.05) and specific proteins was similar between cumulus-granulosa cells of mature and immature oocytes (FSHR: 0.47 µg/mL vs. 0.48 µg/mL , LHR: 0.1 µg/mL vs. 0.09 µg/mL, and caspase-3: 0.51 µg/mL and 0.58 µg/mL, respectively, p > 0.05). Relative expression of maturity-associated genes such as BMP-15, LHR and connexin-37 post-warming did not significantly different in either cumulus-granulosa cells obtained from mature or immature oocytes (BMP-15: 1.6 vs. 1.4 fold, LHR: 2.3 vs. 2.3 fold, connexin-37: 0.9 vs. 0.9 fold, p > 0.05). However, we observed decreased relative expression of GDF-9 and FSHR post-warming in either cumulus-granulosa cells obtained from mature or immature oocytes (GDF-9: 0.2 vs 0.1 fold, and FSHR: 0.3 vs. 0.02 fold, p < 0.01, respectively). In protein level, concentration of FSHR, LHR, and caspase-3 as well as protein total post-warming did not significantly different than that of fresh condition (FSHR: 0.4 vs. 0.4 µg/mL and 0.4 vs. 0.5 µg/mL, LHR: 0.1 vs. 0.1 µg/mL dan 0.1 vs. 0.1 µg/mL, and caspase-3: 1.9 vs. 1.5 µg/mL and 1.7 vs. 1.6 µg/mL, repectively, p > 0,05).
This study concluded that vitrification is a safe procedure for fertility preservation which is able to preserve cumulus-granulosa cells viability as a representative of mature and immature oocytes survival post-warming.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2023
D-pdf
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library