Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyakit jamur paru (mikosis) adalah gangguan paru yang disebabkan infeksi atau kolonisasi jamur atau reaksi hipersensitif terhadap jamur. Selama ini permasalahan jamur paru masih terabaikan sehingga data mengenai infeksi jamur paru sangat terbatas.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil jamur yang diisolasi dari saluran pernapasan pasien tersangka mikosis paru sehingga dapat dilakukan penatalaksanaan yang lebih baik.Penelitian ini menggunakan metode cross-sectional. Data diambil dari hasil pemeriksaan mikologi Laboratorium Parasitologi FKUI RSCM dari Januari 2010 hingga Januari 2011.Hasil yang didapatkan dari 60 sampel yang memenuhi kriteria inklusi, sampel paling banyak adalah laki-laki pada 63,3%, dengan rentang umur terbanyak berkisar antara 30-39 tahun sebesar 30%. Rumah sakit pengirim terbanyak berasal dari Rumah Sakit Persahabatan sebesar 48.3%.Bahan klinis yang paling banyak diperiksa adalah sputum langsung sebesar 78,3%. Hasil pemeriksaan sputum langsung mendapatkan hasil positif terdapat elemen jamur sebesar 63,3% dan pemeriksaan biakan pada 60 pasien yang sama mendapatkan hasil positif lebih tinggi, sebesar 81,7%, yang menunjukkan angka prevalensi keberadaan jamur di paru atau saluran napas pasien tersangka mikosis paru. Spesies terbanyak adalah Candida albicans berjumlah 40,8%,diikuti oleh Candida spp. pada sebesar 32,6%, dan Aspergillus spp. sebesar 6,1%.Disimpulkan bahwa kasus yang dicurigai mikosis paru terbanyak pada pasien dengan jenis kelamin laki-laki dan pada rentang usia 30-39 tahun. Kasus terbanyak dari RSP. Bahan klinis yang paling banyak diperiksa adalah sputum langsung. Prevalensi keberadaan jamur di paru atau saluran napas pasien tersangka mikosis paru sebesar 81,7%. Spesies terbanyak yang ditemukan berdasarkan hasil biakan yaitu Candida albicans.

---

Lung mycoses is lung disease which caused by fungal infection or colonization or hypersensitivity reaction to fungi. So far, the problem of pulmonary mycosis is still neglected thus data regarding this diseases is limited. Aim. To know the fungal profile that was isolated from respiratory tract of patients suspected of pulmonary mycosis thus better treatment can be achieved. This research use the cross sectional design.

Data is taken from Parasitology Lab FMUI-RSCM examination from January 2010- January 2011.

The result obtained from 60 samples that met the inclusion criteria, the samples mostly come frome men, 63,3%; the age group mostly affected is the 30-39 years group, 30%; most of the samples came from Persahabatan Hospital, 48,3%; the type of clinical samples mostly examined is direct sputum examination, 78,3%. Direct microscopic examination for sputum smear was positive in 63,3% samples, and culture yield 81,7% positive result from the same 60 patients, showing the prevalence of fungal existence in lung or respiratory tract of patients suspected with pulmonary mycosis. The species mostly encountered is Candida albicans, 40,8%, followed by Candida spp 32,6%, and Aspergillus spp, 6,1%.

Patients suspected with pulmonary mycosis are mostly men, with age range around 30-39 years old. Most cases were sent from Persahabatan Hospital. The clinical samples that is mostly being examined is direct sputum examination. The prevalence of fungi in lung or respiratory tract of patients suspected with pulmonary mycosis is 81.7%. The species mostly found is Candida albicans."

"Prevalensi infeksi jamur sistemik (mikosis sistemik) dilaporkan semakin meningkat serta mengakibatkan morbiditas dan mortalitas tinggi, terutama pada pasien dengan gangguan sistem imun. Mikosis sistemik dapat disebabkan oleh jamur yang berada di lingkungan masyarakat maupun rumah sakit, termasuk ruang perawatan intensif (ICU). Pada umumnya jamur kontaminan tersebut masuk ke dalam tubuh pasien melalui saluran napas (inhalasi) maupun kontaminasi peralatan di lingkungan perawatan pasien.Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil jamur yang diisolasi dari udara pada ruang perawatan intensif di beberapa rumah sakit di Jakarta. Penelitian ini merupakan bagian dari penelitian multisenter tentang aspergilosis invasif di ICU beberapa RS di Jakarta. Metode penelitian ini berdisain potong lintang dan pengambilan sampel dilakukan secara konsekutif pada ruang rawat intensif di empat RS. Sampel jamur diisolasi menggunakan cawan petri mengandung media agar saboraud dekstrosa yang dibiarkan terbuka selama 15 menit di ruang perawatan, selanjutnya dilakukan proses inkubasi dan identifikasi jamur di laboratorium mikologi untuk mengetahui profil jamur yang diisolasi dari ruang perawatan tersebut. Jamur yang berhasil diisolasi dari ruang perawatan intensif pada penelitian ini umumnya terdiri atas beberapa spesies, yaitu Aspergillus niger (42%), Aspergillus fumigatus (33%), Penicillium sp. (30%), Rhodotorulla (27%), Dematiaceae (24%), Mycelia sterilia (12%), dan Candida sp. (3%). Profil spesies jamur A. niger, A. fumigatus dan Dematiaceae ditemukan di empat rumah sakit, sedangkan Rhodotorulla dan Mycelia sterilia di temukan di tiga rumah sakit. Adapun Penicillium sp. dan Candida sp. hanya ditemukan di satu rumah sakit.Kesimpulannya, profil spesies jamur udara di ruang perawatan intensif pada penelitian ini terdiri atas Aspergillus niger (42%), Aspergillus fumigatus (33%), Penicillium sp. (30%), Rhodotorulla (27%), Dematiaceae (24%), Mycelia sterilia (12%), dan Candida sp. (3%).

---

The prevalence of systemic fungal infection (systemic mycosis) is increasing, and cause high number of mortality and morbidity, especially for immunocopromised patients. Systemic mycosis can be cause by fungal species found in either community or hospital environment, including intensive care unit (ICU). Generally, this fungal contaminants infect the patient's body through the respiratory tract (inhalation) as well as contamination of equipment in patient's environment.

This study aims to find out the profile of airborne fungal species that isolated from the air in intensive care unit at several hospitals in Jakarta. This study is part of a multicenter study on invasive aspergillosis in ICU at several hospitals in Jakarta. The cross-sectional study was conducted with consecutive samplings taken from ICU in four hospitals. The sample taken using petri dish containing dextrose saboraud agar that placed about 1m height and open to air for 15 minutes. Then, the process of incubation and fungal identification done in mycology laboratory to know the profile of airborne fungal species isolated from ICU. The fungal species that were isolated from the intensive care unit were consist of several species, which were Aspergillus niger (42%), Aspergillus fumigatus (33%), Penicillium sp. (30%), Rhodotorulla (27%), Dematiaceae (24%), Mycelia sterilia (12%), and Candida sp. (3%). The fungal species profile of A.niger, A.fumigatus and Dematiaceae were found in all four hospitals, while Rhodotorulla and Mycelia sterilia were found in three hospitals and Penicillium sp. and Candida sp. were only found in one hospital.

In conclusion, the profile of airborne fungal species in intensive care unit in this study consisted of Aspergillus niger (42%), Aspergillus fumigatus (33%), Penicillium sp. (30%), Rhodotorulla (27%), Dematiaceae (24%), Mycelia sterilia (12%), and Candida sp. (3%)."

"Penyakit infeksi masih menjadi masalah serius pada seperempat populasi manusia di seluruh dunia. Berbagai mikroorganisme penyebab infeksi berperan meningkatkan angka morbiditas dan mortalitas pada pasien berisiko tinggi diantaranya pasien dengan gangguan imunitas dan atau kondisi sakit berat. Jamur merupakan mikroorganisme penyebab berbagai penyakit mulai dari alergi, hipersensitivitas saluran napas atau asma, maupun infeksi sistemik yang mengancam jiwa, misalnya kandidiasis sistemik, aspergilosis sistemik, serta infeksi jamur lain. Transmisi infeksi jamur sistemik biasanya melalui inhalasi spora maupun kontaminasi elemen jamur di lingkungan sekitar pasien. Keberadaan jamur di lingkungan sekitar pasien penting mendapat perhatian mengingat potensinya sebagai sumber infeksi, termasuk di lingkungan rumah sakit.Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keragaman spesies jamur yang diisolasi dari lingkungan rumah sakit, dan merupakan bagian dari penelitian multisenter aspergilosis invasif pada pasien sakit berat di beberapa rumah sakit di Jakarta. Mengingat neonatus merupakan salah satu kelompok pasien berisiko tinggi mengalami infeksi jamur sistemik di rumah sakit, maka lokasi penelitian ini difokuskan pada lingkungan ruang perawatan intensif neonatus NICU. Pengambilan sampel dilakukan secara konsekutif pada lingkungan NICU di dua rumah sakit, baik di bagian dalam maupun luar NICU. Sampel udara diambil menggunakan cawan petri berisi agar Saboraud dekstrosa selama 15 menit pada ketinggian 100-150 cm, setelah itu dilakukan inkubasi dan pengamatan selama tujuh hari di laboratorium.Hasil penelitian menunjukkan terdapat delapan jenis jamur yang diisolasi dari lingkungan NICU, yaitu Aspergillus flavus, Aspergillus fumigatus, Candida sp., Dematiceae sp., Mycelia sterilia, Paecilomyces sp., Penicillium sp., and Trichosporon sp. Spesies jamur yang paling sering ditemukan adalah Mycelia sterilia dan Aspergillus fumigatus.

---

Infectious diseases are still a serious problem affecting a quarter of the human population worldwide. Numerous microorganisms causing infection served to increase morbidity and mortality rate in high risk patients, including immunocompromised and or critically ill patients. Fungi are microorganisms that cause a variety of diseases ranging from allergies, hypersensitivity respiratory or asthma, as well as life threatening systemic infections, such as systemic candidiasis, systemic aspergillosis, and other fungal infections. Transmission of systemic fungal infection is usually through inhalation of the spores or fungal elements contamination in the environment around the patient. The presence of fungi in the environment around the patient extremely needs attention considering its potency as a source of infection, including in a hospital environment.

This study aims to identify the diversity of fungal species isolated from the hospital environment, and is part of a multicentre study of invasive aspergillosis in patients with serious illness at several hospitals in Jakarta. Considering neonate is one group of patients at high risk of systemic fungal infections in the hospital, subsequently the location of this research is focused on the environment of neonatal intensive care unit NICU . The sample was taken consecutively in the NICU environment at two hospitals, both indoor and outdoor of the NICU. Air samples were taken using a petri dish containing Saboroud rsquo s dextrose agar for 15 minutes at a height of 100 150 cm, after it conducted incubation and observation for seven days in the laboratory.

The results showed there are eight types of fungi isolated from the NICU environment, including Aspergillus flavus, Aspergillus fumigatus, Candida sp., Dematiceae sp., Mycelia sterilia, Paecilomyces sp., Penicillium sp., and Trichosporon sp. The most commonly fungal species found are Mycelia sterilia and Aspergillus fumigatus."

"Infeksi jamur nosokomial di rumah sakit terhadap pasien dengan kondisi imun yang rendah dapat memberikan dampak yang mengancam nyawa. Beberapa penelitian melaporkan kecenderungan infeksi jamur nosokomial oleh jamur udara semakin meningkat. Keterbatasan data profil jamur udara di lingkungan rumah sakit dapat menghambat pencegahan dan penatalaksanaan infeksi jamur nosokomial karena sumber infeksi tidak teridentifikasi. Penelitian ini menyelidiki keberadaan dan profil jamur udara di lingkungan luar empat rumah sakit di Jakarta, serta merupakan bagian dari penelitian multisenter aspergilosis invasif di ICU rumah sakit di Jakarta. Pengambilan sampel dilakukan menggunakan cawan petri berisi agar saboraud yang dibiarkan terpajan udara selama 15 menit. Proses identifikasi dilakukan setelah masa inkubasi untuk melihat profil jamur yang diisolasi: Aspergillus sp, Candida sp, Penicillium sp, Rhodotorula sp, Scedosporium sp, Paecilomyses sp, Fusarium sp, Dematiaceae sp, Mycelia sterilia, Cylindrocarpon sp, dan Curvularia sp. Profil jamur yang diisolasi pada dua cawan medium atau lebih di Rumah Sakit Persahabatan: Dematiaceae dan Aspergillus fumigatus; Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo: Dematiaceae, Aspergillus niger, A. fumigatus, dan Penicillium; Rumah Sakit UKI: Dematiaceae, Penicillium, Mycelia sterilia, Rhodotorula, Aspergillus flavus dan Candida tropicalis; sedangkan di Rumah Sakit Sulianti Saroso: Aspergillus niger, Dematiaceae, Mycelia sterilia, Aspergillus fumigatus, Cylindrocarpon, dan Aspergillus flavus.

---

Nosocomial fungal infections in immunocompromised patients may pose a serious threat in mortality. Evidence suggests that the trend of nosocomial fungal outbreak in hospitals were increasing with almost all nosocomial fungal outbreak was caused by airborne fungi. However, the limited knowledge regarding airborne fungi profile rendering hospitals unable to identify the source of infections and hindering hospitals to provide optimal prevention and management towards nosocomial fungal infections. This study explored the presence and profile of airborne fungi in the outdoor environment of four hospitals in Jakarta and is a part of multicenter study on invasive aspergillosis in ICU patients at several hospitals in Jakarta. In each hospital, air samples were collected via saboraud agar in petri dish opened for 15 minutes. Identification process was carried in Mycology laboratory after incubation period to identify the isolated airborne fungal profiles which are Aspergillus sp, Candida sp, Penicillium sp, Rhodotorula sp, Scedosporium sp, Paecilomyses sp, Fusarium sp, Dematiaceae sp, Mycelia sterilia, Cylindrocarpon sp. and Curvularia sp. The profile of airborne fungal species isolated on two or more media plates at Persahabatan Hospital were Dematiaceae and Aspergillus fumigatus Cipto Mangunkusumo Hospital were Dematiaceae, Aspergillus niger, Aspergillus fumigatus, and Penicillium UKI Hospital were Dematiaceaeas, Penicillium, Mycelia sterilia, Rhodotorula, Aspergillus flavus and Candida tropicalis while at Soelianto Saroso Hospital were Aspergillus niger, Dematiaceae, Mycelia sterilia, Aspergillus fumigatus, Cylindrocarpon, and Aspergillus flavus."

"Latar belakang: Tuberkulosis paru (TB) merupakan salah satu faktor risiko terjadinya aspergillosis paru kronik (APK). Keduanya sulit dibedakan karena gejala APK tidak spesifik dan mirip dengan TB. Diagnosis APK ditegakkan berdasarkan gejala klinis, pemeriksaan pencitraan dan laboratorium mikologi. Pemeriksaan serologi dengan metode presipitasi atau Immunodiffusion test (IDT) sudah dikembangkan sejak lama, murah dan mudah dilakukan, tetapi dianggap kurang akurat. Pemeriksaan deteksi antibodi immunoglobulin G (IgG) spesifik Aspergillus dengan metode enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) merupakan salah satu metode diagnosis APK. Metode ini cukup mahal dan belum dilakukan rutin di daerah dengan sumber daya terbatas. Tujuan: Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbandingan hasil pemeriksaan IDT Aspergillus dengan pemeriksaan IgG spesifik Aspergillus pada pasien bekas TB di RSUP Persahabatan. Metode: Penelitian dengan desain uji diagnostik ini dilakukan sejak April 2019 - November 2020 dengan metode consecutive sampling. Pasien yang direkrut merupakan pasien bekas TB dari RSUP Persahabatan Jakarta. Pemeriksaan IDT dan IgG spesifik Aspergillus dilakukan di Laboratorium Departemen Parasitologi FKUI.Hasil: Dari 80 pasien bekas TB di RSUP Persahabatan sesuai kriteria inkulsi, sebanyak 57 pasien laki-laki (71,3%) dan 23 pasien perempuan (28,7%). Rerata usia pasien adalah 50,98±2,79 tahun, median indeks massa tubuh pasien sebesar (IMT) 18,37. Proporsi hasil pemeriksaan IDT pada pasien bekas TB adalah 36,25%, sedangkan IgG spesifik Aspergillus metode ELISA sebesar 48,75%. Nilai akurasi diagnostik IDT dibandingkan terhadap IgG spesifik Aspergillus metode ELISA menunjukkan sensitivitas 30,77%, spesifisitas 58,54%, nilai prediktif positif 41,38%, nilai prediktif negatif 47,06% dan nilai measurement of agreement dengan cohen’s kappa sebesar -0,108.Simpulan: Metode IDT memiliki akurasi lebih rendah dibandingkan IgG spesifik Aspergillus metode ELISA, sehingga penggunaan IgG spesifik Aspergillus lebih direkomendasikan. Teknik IDT dapat digunakan jika sumber daya terbatas, namun perlu dilakukan standarisasi antigen untuk pemeriksaan tersebut.

---

Background: Lung Tuberculosis (LTB) is a risk factor of developing chronic pulmonary aspergillosis (CPA). Both diseases are still difficult to differentiate because clinical presentation of CPA is not specific and similar to LTB. Diagnosis of CPA is confirmed by clinical presentation, radiographic examination and mycology laboratory tests. Serological testing using the precipitation method or immunodiffusion test (IDT) has long been conducted. It is a cheap and easy-to-do method, however the accuracy is not satisfied. Detection of the Aspergillus specific immunogobulin G (IgG) using enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) is one of the keys in diagnosing CPA. However, this method is more expensive and has not been conducted routinely in areas with limited resources.

Aim: This study aimed to determine the results of IDT Aspergillus compare to Aspergillus-specific IgG with ELISA in previous TB patients at Persahabatan Hospital.

Method: This diagnostic study was conducted from April 2019 - November 2020 and recruitment was performed by consecutive sampling. Patients recruited were previous TB patients from Persahabatan General Hospital; while IDT and specific Aspegillus IgG tests were conducted at Laboratory of Parasitology Dept, FMUI.

Conclusion: From 80 previous TB patients from the Persahabatan Hospital that met the inclusion criteria, 57 patients were male (71,3%) and 23 were female (28,7). Mean age was 50,98±2,79 years, median of patients body mass index (BMI) was 18,37. The proportion of old TB patients with positive IDT results was 36,25% and patients with positive IgG results was 48,75%. The diagnostic accuracy of IDT compared to IgG ELISA was 30,77% sensitivity, 58,54% spesificity, 41,38% positive predictive value, 47,06% negative predictive value and the measurement of agreement using cohen’s kappa was -0,108.

Summary: IDT Aspergillus is less accurate compared to Aspergillus-specific IgG ELISA. Therefore the use of Aspergillus-specific IgG ELISA is recommended as a serological test. The IDT method can be used at limited resources facilities, but it is necessary to standardize the antigen for the test."

"Infeksi protozoa usus pada kelompok usia anak masih merupakan masalah kesehatan di negara berkembang, salah satunya di Indonesia. Di Indonesia dilaporkan prevalensinya berkisar antara 6,1-57,0%. Namun, infeksi protozoa usus pada anak seringkali tidak terdiagnosis karena gejala seringkali sudah tidak khas akibat berbagai pengobatan yang diberikan, terutama di rumah sakit tersier. Hasil negatif palsu juga dapat ditemukan pada kelompok pasien ini. Oleh karena itu, perlu dilakukan studi terkait profil klinis pasien anak dengan kecurigaan diagnosis infeksi parasit usus serta hubungannya dengan hasil pemeriksaan spesimen feses. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui proporsi infeksi protozoa usus pada anak di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo serta mengetahui karakteristik klinis dan faktor yang berhubungan dengan deteksi protozoa usus. Penelitian dilakukan secara potong lintang retrospektif, menggunakan data rekam medis pasien anak usia <18 tahun dari RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo yang diperiksa fesesnya di Laboratorium Parasitologi FKUI. Data demografi, status gizi, riwayat penyakit, riwayat pemberian obat antiparasit, status HIV dan nilai CD4, dan hasil pemeriksaan feses diekstraksi dari rekam medis. Analisis bivariat dilakukan untuk mengetahui hubungan antarvariabel terhadap deteksi protozoa usus. Dari total 251 rekam medis pasien yang tercatat pada tahun 2018 hingga 2020, terdapat 97 sampel yang memenuhi kriteria eligibilitas penelitian dan dilakukan analisis. Hasil penelitian menunjukkan proporsi infeksi protozoa usus sebesar 10,3% (10/97). Infeksi Blastocystis hominis paling banyak ditemukan (6/10), diikuti Cryptosporidium spp. (3/10), Giardia duodenalis (2/10), Cyclospora sp. (1/10) dan Entamoeba histolytica (1/10). Kelompok usia sekolah, status HIV positif, dan nilai CD4 <200 sel/μl merupakan faktor-faktor yang berhubungan dengan deteksi protozoa usus pada studi ini.

---

Intestinal protozoa infection in the child age group is still a health problem in developing countries, one of which is in Indonesia. In Indonesia, the reported prevalence ranges from 6.1% to 57.0%. These infections tended to be undiagnosed due to nonspecific clinical and laboratory findings, as the patients might have been exposed to various antimicrobial treatments prior to examination. Thus, a study on the relationship between patients’ clinical profiles and stool specimen results needs to be performed. The current study aimed to identify the proportion of intestinal protozoan infection in pediatric patients at Cipto Mangunkusumo General Hospital and the associated factors of the infection. The research was a retrospective, cross-sectional study on patients aged <18 years. Data on patients’ medical records were retrieved: demography, nutritional status, past medical history, treatment history, HIV status, CD4 levels, and results of the fecal examination. Bivariate analysis was performed to identify the associated factors of intestinal protozoan infection. A total of 251 medical records from patients admitted in years 2018 through 2020 were obtained, among which 97 fulfilled the eligibility criteria and underwent final analysis. The proportion of intestinal protozoan infection was 10.3% (10/97), the most prevalent being Blastocystis hominis (6/10), followed by Cryptosporidium spp. (3/10), Giardia duodenalis (2/10), Cyclospora sp. (1/10) and Entamoeba histolytica (1/10). Current study results demonstrated that being school-age children, being HIV-positive, and having CD4 <200 cells/μl contributed to intestinal protozoan infection."

"Expression and reactivity of spike and nucleocapsid recombinant antigens for detection of anti-SARs C0V-2 antibodies

---

Expression and reactivity of spike and nucleocapsid recombinant antigens for detection of anti-SARs C0V-2 antibodies"

"Demam tifoid adalah penyakit infeksi umum akut yang disebabkan oleh Salmonella typhi. Penyakit yang tersebar hampir di seluruh dunia ini merupakan penyakit tropik sistemik, bersifat endemis dan masih merupakan problem kesehatan masyarakat di dunia, terutama di negara-negara berkembang, termasuk Indonesia. Uji Widal merupakan salah satu uji serologis yang sampai saat ini masih digunakan secara luas, khususnya di negara berkembang termasuk Indonesia. Uji serologi Widal memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang rendah serta sering memberikan hasil positif palsu maupun negatif palsu. Oleh karena itu dilakukan deteksi molekuler real time PCR terhadap gen penyandi secretion system ATPase type III ssaN Salmonella enterica subsp.enterica dari spesimen darah pasien demam tifoid. Uji spesifisitas teknik real time PCR didapatkan bahwa primer dan probe yang digunakan tidak bereaksi silang terhadap mikroorganisme lain yang diuji pada penelitian ini. Pada uji sensitivitas teknik didapatkan kemampuan deteksi minimal adalah 10 cfu/ml pada spesimen darah. Pada penerapan uji terhadap spesimen darah, didapatkan real time PCR dapat mendeteksi 19 38 sampel positif Salmonella enterica subsp.enterica dari 50 spesimen darah pasien yang diduga terinfeksi demam tifoid. Sebelas sampel dengan serologi Widal negatif memberikan hasil positif pada real time PCR. Dengan demikian, uji real time PCR terhadap target gen ssaN yang digunakan dalam penelitian ini dapat meningkatkan tingkat pengujian positif sebesar 22 dibandingkan uji Widal.

---

Typhoid fever is an acute infectious disease caused by Salmonella typhi. Diseases spread almost all over the world is a tropical disease systemic, endemic and remains a public health problem in the world, especially in developing countries, including Indonesia. In areas where typhoid fever occur, the clinical diagnosis of typhoid fever is inadequate, because the symptoms are not specific and overlapping with other febrile illnesses. Diagnosis of typhoid fever is often enforced only based on clinical symptoms and serological tests alone. Widal test is a serological test which is still widely used, particularly in developing countries, including Indonesia. Widal serological test has a very low sensitivity and specificity and often give false positives or false negatives result. Therefore, were performed detection of gene encoding secretion system ATPase type III ssaN in Salmonella enterica subsp.enterica from blood specimen of typhoid fever patients.

Specificity test of real time PCR technique showed that the primers and probes used are not cross react against other microorganisms tested in this study. On the sensitivity test techniques obtained minimal detection is at least 10 cfu ml of blood specimen. On the application of test in blood clinical specimens, real time PCR could detect 19 38 Salmonella enterica subsp.enterica positive samples of 50 blood specimen from suspected typhoid fever patients. Eleven samples with negative Widal serology gives positive results in real time PCR. Thus, real time PCR test with the ssaN gene target used in this study could increase rate of positive testing about 22 compared with Widal test."

"ABSTRAKInfeksi oleh bakteri Staphylococcus aureus terutama Methicillin Resistant Staphylococcus aureus MRSA menjadi masalah kesehatan utama di seluruh dunia. Antibiotik pilihan untuk pengobatan MRSA sangat terbatas, salah satunya adalah vankomisin yang hanya tersedia dalam bentuk sediaan injeksi. Pengunaan yang terbatas hanya untuk infeksi sistemik dengan berbagai efek samping yang ditimbulkannya, menyebabkan perlu dipikirkan mencari antibiotik baru yang dapat digunakan sebagai alternatif pilihan. Produk antibiotik dari tanaman seperti belimbing wuluh merupakan salah satu pilihan yang menjanjikan. Tujuan penelitian ini untuk mendapatkan fraksi jamur endofit yang paling berpotensi untuk dikembangkan sebagai antibiotik untuk infeksi yang disebabkan oleh Staphylococcus aureus, termasuk MRSA. Jamur endofit diisolasi dari ranting belimbing wuluh yang diambil dari enam lokasi di Jabodetabek, menggunakan medium agar Sabouraud dengan kloramfenikol. Hasil uji dengan metode agar difusi didapatkan bahwa Aspergillus brunneoviolaceus merupakan isolat jamur endofit belimbing wuluh, yang paling berpotensi dikembangkan sebagai anti-stafilokokus Analisis selanjutnya dilakukan dengan metode ekstraksi dan fraksinasi. Crude ekstrak dan tiga fraksi dianalisis dengan Thin Layer Chromatography dan diuji kembali aktivitas anti-stafilokokus dengan metode agar difusi. Kandungan senyawa kimia dari crude extract dianalisis menggunakan uji Gas Chromatography Mass Spectrometry GC-MS . Hasil uji agar difusi memperlihatkan bahwa ketiga fraksi fraksi metanol, n-heksan dan etil asetat mempunyai daya hambat yang lebih baik dari crude extractnya terhadap Staphylococcus aureus, termasuk MRSA. Dibandingkan dengan vankomisin sebagai antibiotik pilihan MRSA, konsentrasi 5000 ppm ketiga fraksi memiliki aktivitas yang lebih baik, terutama fraksi n-heksan mempunyai daya hambat yang terbaik. Analisis senyawa kimia yang terkandung di dalam crude extract jamur Aspergillus brunneoviolaceus adalah asam lemak, yang beberapa dari senyawanya sudah pernah dilaporkan terbukti memiliki aktivitas antimikroba.

---

ABSTRACTInfection caused by Staphylococcus aureus bacteria especially Methicillin Resistant Staphylococcus aureus MRSA become primary health concern around the world. Antibiotics option for MRSA treatment is very limited, one of it is Vancomycin which only available in injection form. Limited usage of systemic infection with a variety of side effects, causing a need to find a new alternative option of antibiotics. Antibiotic product extracted from plants such as star fruit become a promising choice. The purpose of this research is to obtain a fraction of endophytic fungi which has the best potential for antibiotics development to treat infection caused by Staphylococcus aureus, including MRSA. Endophytic fungi isolated from star fruit branch which was taken from six locations at Jabodetabek, using Sabouraud agar with chloramphenicol as a medium. Test result from agar diffusion method shown that Aspergillus brunneoviolaceus, endophytic fungi isolated from star fruit has the best potential to be developed as anti staphylococcus. Further analysis was done using extraction and fractionation method. Crude extract and three fractions were analyzed using Thin Layer Chromatography and then tested again for anti staphylococcus activities using agar diffusion method. Chemical compound content from crude extract was analyzed using Gas Chromatography Mass Spectrometry GC MS test. Agar diffusion test result shown that all three fractions methanol fraction, n hexane, and ethyl acetate have better resistance against Staphylococcus aureus, including MRSA, compared to its crude extract. Compared to Vancomycin as antibiotic for MRSA, 5000 ppm concentration of all three fractions have better activity, especially n hexane fraction has the best activity. Analysis of chemical compound from a crude extract of Aspergillus brunneoviolaceus fungi shown contains of fatty acid, which several of its compounds had reportedly proven to have antimicrobe activity."

"ABSTRAKTalaromyces merupakan genus jamur penting karena dapat menyebabkan penyakit. Talaromyces marneffei endemis di Asia Tenggara, namun hanya dua kasus yang pernah dilaporkan berasal dari Indonesia. Terdapat tujuh isolat yang telah diidentifikasi secara morfologis sebagai T. marneffei di Jakarta, namun belum penah dilakukan penelitian molekular untuk identifikasinya. Penelitian ini bertujuan melakukan analisis molekular pada regio ITS1-5,8S rDNA-ITS2 dan BenA dalam identifikasi dan penentuan filogenetik Talaromyces sp. isolat Jakarta. Tujuh isolat Talaromyces sp. telah menjadi koleksi pada Laboratorium Mikologi, Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, Jakarta, Indonesia. Identifikasi dan analisis filogenetik dilakukan menggunakan regio ITS1-5,8S rDNA-ITS2 dan BenA. Baik hasil sekuens ITS1-5,8S rDNA-ITS2 dan BenA tidak memberikan hasil identifikasi yang tepat saat dilakukan BLAST pada NCBI. Kepastian hasil didapat saat dilakukan BLAST pada ISHAM ITS untuk regio ITS1-5,8S rDNA-ITS2. Enam isolat adalah Talaromyces atroroseus dan satu isolat adalah T. marneffei. Filogenetik menggunakan kedua regio menunjukkan T. atroroseus masuk ke dalam seksi Trachyspemi dan T. marneffei masuk ke dalam seksi Talaromyces. Kombinasi kedua region sebaiknya digunakan dalam analisis Talaromyces sp. Isolat lingkungan yang diisolasi dari tikus rumah yang ditangkap di rumah penderita talaromikosis identik dengan isolat yang berasal dari penderita.

---

ABSTRACT

Genus Talaromyces consisting of fungal species that are medically important. The species Talaromyces marneffei are endemic in Southeast Asia, however only two reported human talaromycosis marneffei in Indonesia. In our laboratory, there were seven isolates originated from patients and environment, all were identified morphologically as T. marneffei, but none of them had been identified molecularly. Objective of this study was molecular analysis using ITS1 5,8S rDNA ITS2 and BenA region in identification and phylogenetic analysis of Jakarta rsquo s isolate of T. marneffei. Samples were seven fungal culture collections of Micology Laboratory, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia, Jakarta. Neither ITS1 5,8S rDNA ITS2 nor BenA region analysis gave clear species identification in NCBI BLAST result. Clear species identification was given using ISHAM ITS database, which contains ITS1 5,8S rDNA ITS2 sequences. Six isolates were identified as Talaromyces atroroseus and one isolates as T. marneffei. Phylogenetic analysis using both regions showed that T. atroroseus was included in Trachyspermi section and T. marneffei in Talaromyces section. It is concluded that combination of both regions are required for molecular analysis of Talaromyces sp. Analysis of environmental isolates isolated from house rat caught at the house of HIV infected patient with talaromycosis showed identity of both environment and clinical isolates."