Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 7 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Simbolon, Agnes Elsha Maria
"Shigella dysenteria merupakan etiologi dari shigellosis. Bakteri ini menginfeksi manusia melalui jalur fekal-oral dan menyerang sistem gastrointestinal. Sementara itu, Staphylococcus epidermidis merupakan salah satu etiologi tersering kasus infeksi nosokomial khususnya pada penggunaan alat-alat kesehatan. Infeksi yang disebabkan oleh kedua bakteri ini masih banyak ditemukan di negara berkembang, salah satunya Indonesia. Tata laksana definitif dalam mengatasi penyakit yang disebabkan oleh kedua bakteri ini adalah pemberian antibiotik adekuat. Akan tetapi, telah terjadi peningkatan resistensi antibiotik terhadap kedua bakteri ini, sehingga sangat diperlukan penemuan kandidat antibiotik baru. Kandidat antibiotik baru yang berpotensi mengatasi permasalahan ini adalah asam galat dan propil galat.
Dalam penelitian ini, dilakukan pengujian aktivitas asam galat dan propil galat dalam menginhibisi pertumbuhan kedua bakteri tersebut dengan menggunakan metode disk diffusion test dan menilai diameter zona hambat yang terbentuk. Terdapat 10 jenis perlakuan terhadap bakteri-bakteri ini yaitu gentamicin 10 μg sebagai kontrol positif, NaCl 0,9% dan alkohol absolut teknis 96% sebagai kontrol negatif, dan 7 jenis masing-masing senyawa asam galat dan propil galat dengan konsentrasi 16 - 1.024 mg/L. Penelitian ini dilakukan dengan 3 kali pengulangan (triplo).
Hasil penelitian ini menunjukkan tidak ada zona hambat yang terbentuk (zona hambat = 0 mm) pada setiap konsentrasi asam galat dan propil galat. Uji Post-Hoc pada hubungan antara kontrol positif dan setiap konsentrasi asam galat dan propil galat diperoleh nilai p< 0,05 menunjukkan bahwa asam galat dan propil galat tidak dapat menghambat pertumbuhan Shigella dysenteriae dan Staphylococcus epidermidis secara signifikan.

Shigella dysenteria is the etiology of shigellosis. This bacteria infect humans through the faecal-oral route and attack the gastrointestinal system. Meanwhile, Staphylococcus epidermidis is one of the most common etiologies in nosocomial infections, especially in the use of medical devices. Infection caused by these bacteria is still widely found in developing countries, one of which is Indonesia. Definitive therapy in treating diseases caused by these bacteria is the use of adequate antibiotics. However, there has been an increase in antibiotic resistance to these bacteria, so it is necessary to find new antibiotic candidates. New antibiotic candidates that have the potential to overcome this problem are gallic acid and propyl gallate.
In this study, the activity of gallic acid and propyl gallate in inhibiting the growth of both bacteria was tested by using the disk diffusion test and assessing the diameter of the inhibitory zone formed. There are 10 types of interventions, namely 10 μg gentamicin as positive control, NaCl 0.9% and absolute alcohol 96% as negative control, and 7 variety concentrations of gallic acid and propyl gallate (16 - 1.024 mg/L). This research was carried out with 3 repetitions (triplo).
The results of this study showed that there was no inhibitory zone formed (inhibitory zone = 0 mm) at any concentration of gallic acid and propyl gallate. Post-Hoc test on the comparation between positive control and each concentration of gallic and propyl gallate obtained p < 0.05 showed that gallic acid and propyl gallate could not significantly inhibit the growth of Shigella dysenteriae and Staphylococcus epidermidis.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2018
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Amalia Irsha Adhari
"Asam galat dan oktil galat adalah senyawa yang telah banyak digunakan di berbagai industri. Asam galat dikenal memiliki manfaat terapeutik potensial sebagai antibakteri, antivirus, antijamur, anti-inflamasi, dan anti kanker. Mirip dengan salah satu turunannya, octyl gallate. Turunan asam galat ini yang memiliki 8 rantai karbon alkil, berfungsi sebagai antibakteri, antifugal, dan antioksidan kuat. Tingginya kasus resistensi Salmonella thypi dan Streptococcus pneumoniae memberi peluang untuk asam galat dan oktil galat sebagai alternatif antibiotik baru. Pengujian dilakukan dengan metode difusi cakram diikuti dengan mengukur zona hambat yang terbentuk. Salmonella thypi dan Streptococcus pneumoniae diuji dengan asam galat dan oktil gallate dengan konsentrasi 16 mg / L, 32 mg / L, 64 mg / L, 128 mg / L, 128 mg / L, 256 mg / L, 512 mg / L, dan 1024 mg / L. Setiap tes diulang tiga kali (triplo). Dalam tes ini, gentamisin disc 10 μg digunakan sebagai kontrol positif. Hasil penelitian ini dinyatakan dalam satuan mm berdasarkan zona penghambatan setiap senyawa. Dari hasil pengujian menggunakan 7 konsentrasi yang berbeda, asam galat dan oktil galat belum mampu menghambat aktivitas Salmonella thypi dan Streptococcus pneumoniae, karena zona hambat yang diamati adalah 0 mm hingga konsentrasi 1024 mg / L.

Gallic acid and octyl gallate are compounds that have been widely used in various industries. Gallic acid is known to have potential therapeutic benefits as antibacterial, antiviral, antifungal, anti-inflammatory, and anti-cancer. Similar to one of its derivatives, octyl gallate. This gallic acid derivative which has 8 alkyl carbon chains, functions as an antibacterial, antifugal, and strong antioxidant. High cases of resistance of Salmonella thypi and Streptococcus pneumoniae provide opportunities for gallic acid and octyl gallate as alternatives to new antibiotics. Tests carried out by the method of disk diffusion followed by measuring the zone of inhibition formed. Salmonella thypi and Streptococcus pneumoniae were tested with gallic acid and octyl gallate at concentrations of 16 mg / L, 32 mg / L, 64 mg / L, 128 mg / L, 128 mg / L, 256 mg / L, 256 mg / L, 512 mg / L, and 1024 mg / L. Each test was repeated three times (triplo). In this test, a 10 μg gentamicin disc was used as a positive control. The results of this study are expressed in units of mm based on the zone of inhibition of each compound. From the test results using 7 different concentrations, gallic acid and octyl gallate have not been able to inhibit the activity of Salmonella thypi and Streptococcus pneumoniae, because the inhibited zone observed was 0 mm to a concentration of 1024 mg / L.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2019
S-Pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Rayhana
"Demam berdarah dengue merupakan salah satu penyalcit wabah di didunia yang telah merenggut banyak nyawa. Pada tahun 2004 tetjadi wabah demam berdarah dengue di Jakarta dengan lebih dati 10.000 kasus dengan angka kematian dilaporkan sebanyak 603 orang dengan kasus infeksi serotipo virus dengue terbanyak adalah serotipe 3. Penelitian ini menggueakan metode PCR. Pada penelitian ini dilakukan analisls variasi genetik genE, NSI, dan NS3 dari virus dengue tipe 3 yang diisolasi dari pasien dengan manifestasi klinis yang berbeda Strain DS2207 (DD), DS4607 (DBD), DSA0206 (DSS) yang diisolasi dari kasus dengue 2006-2007 dan dibandingkan dengan 12 strain yang berasal dati Indonesia, Thailand, Tahiti, Venezuela, Malaysia.
Homologi etikleotida genE berkisar antara 92,4- 100 % sedangkan asam amino E 97- 100%. Homologi nukleotida gen NSI berkisar antara 93,4- 100 %, sedangkan asam amino NSl 97,2- 100%. Homologi nukleotida gen NS3 berkisar antara 92,8 - 99,5 % sedangkan asam amino NS3 98,2-99,7 % terdapat variasi pada ketiga gen, tapi belum ditemukan adanya perbedaan spesifik dari manifestasi klinis yang ditimbulkan.

Dengue hemorrhagic fever is one of the epidemically disease that widely spread and has taken many lives. In the year of 2004, the epidemic of dengue hemorrhagic fever occurred in Jakarta with more than 10,000 number of cases, and 603 reported to death, where stereotype 3 showed as the most dengue virus stereotype infection cases. This research used the PCR (polymerase chain reaction) method, along with an analysis in genetically variety of E, NSI, and NS3 Gene of isolated Type 3 Dengue Virus (from the patient with any different clinical symptom). Strain of DS2207 (Dengue fever), 084607 (Dengue hemorrhagic fever), DSA0206 (Dengue shock syndrome) has been isolated of the 2006-2007 dengue cases, and compared' with 12 strain from Indonesia, Thailand, Tahiti, Venezuela, and Malaysia.
Nucleotide homology of the E gene is somewhere around 92,4% up to 100%, with theE aroino acid reached 97% up to 100%. Nucleotide homology of the NSl gene is somewhere around 93,4% up to 100%, with the NSI amino acid reached 92,2 % up to 100 % nucleotide homology of the NS3 gene is somewhere around 92,8 % up to 99,5 % with the NS3 amino acid reached 98,2 % up to 99,7 %. There were also variety of those genes, without any specipic differences among different manifestations.
"
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2009
T32372
UI - Tesis Open  Universitas Indonesia Library
cover
Purba, Maria Berlina
"ABSTRAK
Salmonellosis, yang disebabkan oleh infeksi bakteri genus Salmonella adalah salah satu penyakit akibat makanan foodborne illnesses yang paling umum terjadi dan tersebar luas diseluruh dunia. Mengingat peran utama unggas sebagai kendaraan transmisi penting salmonellosis pada manusia, maka kajian pada berbagai faktor yang mempengaruhi prevalensi, pertumbuhan dan transmisi Salmonella pada daging ayam dan risiko penyakit pada manusia akan sangat berguna dalam identifikasi strategi intervensi yang berdampak besar dalam mengurangi infeksi pada manusia. Oleh karena itu penelitian ini dilakukan untuk memperoleh data kuantitatif Salmonella enterica menggunakan metode qPCR untuk menentukan risiko infeksi pada manusia akibat konsumsi sate ayam. Metode qPCR didesain hanya untuk mendeteksi Salmonella enterica hidup dan dibandingkan dengan metode MPN. Uji kuantitatif Salmonella enterica dengan metode qPCR dan MPN dilakukan terhadap 30 sampel sate ayam yang diperoleh dari warung sate di DKI Jakarta. Dari 30 sampel yang diuji dengan metode qPCR diperoleh 9 sampel terkontaminasi Salmonella enterica sebesar 7 CFU/g sampai 3,9x102 CFU/g dan tidak satupun sampel terdeteksi Salmonella enterica dengan metode MPN. Berdasarkan jumlah bakteri tersebut maka ditentukan peluang sakit akibat Salmonella setelah mengkonsumsi sate ayam di wilayah Jakarta adalah sebesar 78 per 1000 orang. Kata Kunci: peluang sakit, Salmonella enterica hidup, qPCR.

ABSTRACT
Salmonellosis caused by Salmonella infection, is one of the most common foodborne diseases and widespread throughout the world. Recognizing that the main role of poultry as an important transmission vehicle in human cases of salmonellosis, study on the various factors that affect the prevalence, growth and transmission of Salmonella in chicken meat and human disease risk will be useful in identifying intervention strategies that have a major impact on reducing human infection. Therefore, this study was conducted to obtain quantitative data of Salmonella enterica using qPCR method to determine the probability of illness in humans due to consumption of chicken satay. Salmonella enterica quantitative tests by qPCR and MPN method were conducted on 30 samples of chicken satay from satay stalls in DKI Jakarta. Of 30 samples tested, 9 samples were contaminated by Salmonella enterica with concentration from 7 CFU g to 3,9x102 CFU g using qPCR method and none of the samples were contaminated by Salmonella enterica by MPN method. Based on the result of this study, probability of illness by Salmonella enterica from consuming a chiken satay serving was 78 cases per 1000. "
2017
T-Pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ervan Budiawan
"Infeksi Mycobacterium tuberculosis TB merupakan salah satu infeksi oportunistik penyebab utama kematian pada penderita HIV/Acquired Immunodeficiency Syndrome AIDS . Hal ini diakibatkan progresifitas infeksi TB pada penderita HIV meningkat. TB aktif pada penderita HIV cenderung berkembang menjadi TB ekstra pulmonal, sedangkan TB laten lebih mudah berkembang menjadi TB aktif. Deteksi TB laten merupakan salah satu cara untuk mencegah progresifitas infeksi TB pada penderita HIV. Salah satu metode diagnosa TB laten adalah Interferon Gamma Release Assay IGRA yang menggunakan antigen ESAT-6/CFP-10. Metode ini terbukti baik, namun pada penderita HIV seringkali ditemukan hasil indeterminate, terutama pada penderita HIV dengan CD4 rendah. Terdapat antigen M.tuberculosis lain yang cukup potensial, diantaranya adalah resuscitation promoting factors D RpfD . RpfD merupakan antigen yang berperan dalam reaktifasi TB laten dan terbukti imunogenik, sehingga cukup berpotensi digunakan sebagai alternatif diagnostik untuk TB laten. Penelitian ini bertujuan untuk melihat respon imun seluler pada penderita HIV dengan TB laten dan TB negatif terhadap antigen M. tuberculosis RpfD dan ESAT-6/CFP-10. Penelitian dilakukan terhadap 16 subyek HIV yang tidak memiliki gejala TB dan hasil sputum BTA serta radiologiknya menunjukkan gambaran negatif TB. Dari 16 subyek tersebut dilakukan pemeriksaan IGRA, dan diperoleh hasil IGRA positif TB laten pada 6 subyek 37,5 , sedangkan 10 subyek lain 62,5 IGRA negatif TB negatif . Kemudian 16 subyek tersebut dilakukan isolasi PBMC, lalu dikultur dengan peptida sintetis fragmen ke-2 F2 RpfD sebesar 10 g/mL, 10 g/mL fragmen ke-3 F3 RpfD, 10 g/mL campuran fragmen 2 dan 3 F2/3 RpfD, 10 g/mL ESAT-6/CFP-10, serta 10 mitogen PHA selama 72 jam. Diambil supernatan dari hasil kultur, kemudian dilakukan analisa terhadap respon imun seluler yang terbentuk IFN- ? ? . Diperoleh hasil peningkatan IFN- ? ? setelah stimulasi dengan seluruh antigen. Pada stimulasi dengan fragmen RpfD, rerata kadar IFN- ? ? lebih tinggi pada F3 14,58 pg/mL dibandingkan dengan F2 dan F2/3. Akan tetapi bila dibandingkan dengan ESAT-6/CFP-10 36,12 pg/mL , ketiganya memiliki kadar IFN- ? ? yang lebih rendah. Terdapat potensi antigen dari ESAT-6/CFP-10, F2 dan F3 dalam memprediksi status infeksi TB laten berdasarkan pemeriksaan IGRA. Dengan uji diagnostik untuk memprediksi status infeksi TB laten diperoleh sensitivitas 83 , spesifisitas 80 , nilai duga positif 73 dan nilai duga negatif 80 .
Mycobacterium tuberculosis infection TB is one of the major causes of death in HIV Acquired Immunodeficiency Syndrome AIDS infections. This is due to the progression of TB infection in HIV infected patients. Active TB in people with HIV tends to develop into extra pulmonary TB, whereas latent TB is more likely to develop into active TB. Latent TB detection is one way to prevent the progression of TB infection in people with HIV. One method of latent TB diagnosis is Interferon Gamma Release Assay IGRA using ESAT 6 CFP 10 antigen. This method proved good, but in HIV patients often found indeterminate results, especially in people with HIV with low CD4 . There are other potentially potent antigen M. tuberculosis, such as resuscitation promoting factors D RpfD . RpfD is an antigen that plays a role in the reactivation of latent and proven immunogenic, thus potentially being used as an alternative diagnostic for latent TB. This study aims to look at cellular immune responses in HIV patients with latent tuberculosis and TB negative to M. tuberculosis antigen RpfD and ESAT 6 CFP 10. The study was conducted on 16 HIV subjects who did not have symptoms of TB and the results of smear and radiologic showed a negative picture of TB. Of the 16 subjects, IGRA was examined, and IGRA positive latent TB obtained in 6 subjects 37.5 , while 10 other subjects 62.5 negative IGRA negative TB . Their PBMC were isolated, then cultured with synthetic peptide from the 2nd fragment F2 of RpfD for amount of 10 g mL, 10 g mL cultured with the 3rd fragment F3 of RpfD, 10 g mL cultured with mixture of fragments 2 and 3 F2 3 RpfD, 10 g mL cultured with ESAT 6 CFP 10, and the other cultured with 10 mitogen PHA for 72 hours. Supernatants were taken from the culture, and then analysis their cellular immune responses IFN . There were improved IFN results after stimulation with all antigens. In stimulation with the RpfD fragment, mean IFN F3 levels were higher 14.58 pg mL compared with F2 and F2 3. However, when compared with ESAT 6 CFP 10 36.12 pg mL , all three had lower IFN levels. There is an antigenic potential of ESAT 6 CFP 10, F2 and F3 in predicting latent TB infection status based on IGRA examination. With diagnostic tests for predicting latent TB infection status, 83 sensitivity, 80 specificity, positive predictive value was 73 and negative predictive value was 80 . "
2018
T55618
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Doni Usman
"Latar Belakang: Patogenitas Corynebacterium pada infeksi difteri, sangat terkait dengan toksin yang dihasilkannya. Indonesia merupakan negara ke dua di dunia yang memiliki kasus difteri terbanyak dengan 1.665 kasus dan 29 kasus kematian di tahun 2018. Toksin difteri dapat dihasilkan oleh 3 spesies penyebab, yaitu C. diphtheriae, C. ulcerans, dan C. pseudotuberculosis yang sulit dibedakan secara mikroskopik dan kultur, sehingga diperlukan deteksi molekuler untuk membedakanya. Karakterisasi C. diphtheriae sebagai spesies penyebab utama, diperlukan untuk mengetahui hubungan kekerabatanya dengan spesies negara lain untuk mencari kemungkinan sumber infeksi.
Metode: Sebanyak 108 sampel klinis digunakan dalam penenlitian ini. Teknik kultur dilakukan untuk mendeteksi 3 Corynebacterium patogenik, sedangkan realtime PCR hanya dirancang untuk mendeteksi C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis. Pengujian inhibitor, sensitifitas, dan spesifisitas dilakukan pada tahap optimasi. Karakterisasi C. diphtheriae dilakukan dengan metode sekuensing menggunakan gen rpoB parsial pada kultur sampel klinis.
Hasil: Limit deteksi real-time PCR untuk C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis secara berurutan sebanyak 4,49 dan 1,06 DNA copy number. Uji spesifisitas terhadap 18 mikrorganisme menunjukkan tidak terdapat reaksi silang. Pengujian terhadap 108 sampel klinis memberikan hasil yang sama dengan kultur, tidak ditemukan C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis. Pada kultur sampel klinis ditemukan C. diphtheriae sebanyak 10 sampel (9,26%), yang dapat dikelompokkan menjadi 4 clade yaitu clade I, III, IV dan V dengan similaritas 99,2 % sampai 99,7%.
Kesimpulan: Kasus suspek difteri dalam studi ini tidak berkaitan dengan infeksi C. ulcerans dan C. pseudotuberculosis, dan hanya positif C. diphtheriae . Hasil karakterisasi gen rpoB pada C. diphtheriae, memperlihatkan hubungan kekerabatan dengan beberapa negara.

Background: Pathogenicity of Corynebacterium in diphtheria infection is closely related to toxin production. Indonesia is the second highest country in the world that has the most diphtheria cases with 1,665 cases and 29 deaths in 2018. Diphtheria toxin can be produced by 3 species, such as C. diphtheriae, C. ulcerans and C. pseudotuberculosis which are difficult to distinguish microscopically and culture, therefor molecular detection is needed to differentiate them. Characterization of C. diphtheriae as the main causative species, is needed to determine its relationship with other countries to find possible source of infection.
Method: A total of 108 clinical samples were used in this study. Culture techniques were performed to detect 3 pathogenic Corynebacterium and real-time PCR was only designed to detect C. ulcerans and C. pseudotuberculosis. Inhibitor, sensitivity and specificity testing were carried out at the optimization stage. Characterization of C. diphtheriae from culture of clinical samples, was carried out by sequencing method using partial rpoB genes.
Result: The real-time PCR detection limits for C. ulcerans and C. pseudotuberculosis were 4.49 and 1.06 DNA copy number, respectively. Specificity test for 18 microorganism showed no cross reaction. Tested on 108 clinical samples gave the same results as culture, there were not found C. ulcerans and C. pseudotuberculosis. In clinical culture samples found 10 (9.26%) C. diphtheriae, which can be grouped into 4 clades namely clades I, III, IV and V with similarities of 99.2% to 99.7%.
Conclusion: Suspected diphtheria cases in this study were not related to C. ulcerans and C. pseudotuberculosis infections, and were only positive for C. diphtheriae. The results of the rpoB gene characterization test on C. diphtheriae showed a close relationship with several countries.
"
Depok: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2019
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Wilda Fadila
"Latar belakang : Asosiasi Gastroenterologi Indonesia melaporkan bahwa infeksi H. pylori di Indonesia telah mencapai 22,1% dari pasien dengan gejala dispepsia. Salah satu masalah dalam pengobatan infeksi H.pylori yaitu terdapatnya resistensi H.pylori terhadap antibiotik. Metronidazol telah dilaporkan menunjukkan resistensi terbesar 46,7% di Indonesia, dan sampai saat ini metronidazol masih digunakan sebagai terapi lini pertama. Peneliti sebelumnya telah melaporkan bahwa terdapatnya mutasi gen rdxA H. pylori dapat digunakan sebagai penanda resistensi metronidazol. Bentuk kokoid dari H. pylori sulit dideteksi oleh biakan. Alternatif uji lain yaitu menggunakan uji biologi molekuler yaitu deteksi mutasi menggunakan uji PCR diikuti dengan sekuensing DNA. Tujuan : Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi baru tentang pengembangan uji resistensi H. pylori, menambah literatur sekuens unik gen rdxA H.pylori dan untuk menentukan mutasi gen rdxA H. pylori yang diprediksi berperan dalam resistensi H. pylori terhadap metronidazol. Metode : Penelitian ini bersifat eksploratif menggunakan 34 sampel blok parafin biopsi lambung yang telah dikonfirmasi mengandung DNA H.pylori pada uji real time PCR. Penelitian ini menggunakan uji nested PCR dan diikuti uji sekuensing DNA, kemudian dilanjutkan analisis bioinformatika yang terdiri dari analisis perubahan asam amino, homologi, filogenetik, konformasi protein dan penambatan molekuler (docking). Hasil : Berdasarkan hasil penelitian, dijumpai terdapatnya mutasi pada gen rdxA akibat insersi dua asam amino, substitusi, frameshift, dan ditemukan premature stop codon. Hasil analisis docking menunjukkan bahwa senyawa metronidazol kurang efektif terhadap H.pylori yang memiliki mutasi insersi dua asam amino, sedangkan H.pylori yang memiliki mutasi substitusi (tanpa insersi) menunjukkan afinitas yang lemah antara metronidazol dan gen rdxA H.pylori. Kesimpulan : Metode molekuler dapat menjadi uji alternatif untuk menguji resistensi H. pylori terhadap antibiotik. Telah ditemukannya sekuens unik berupa insersi dua asam amino yang belum ditemukan pada literatur lain, dapat menambah ilmu pengetahuan bagi para ilmuwan dibidang sains kedokteran. Keberadaan gen rdxA H.pylori yang bermutasi telah dibuktikan dapat menyebabkan resistensi terhadap metronidazol melalui analisa docking.

Background : The Indonesian Gastroenterology Association reports that H. pylori infections has reached 22.1% of patients with dyspeptic symptoms in Indonesia. One of the problems in the prevention and treatment of H. pylori infection is H. pylori resistance to some antibiotics as first-line therapy. Metronidazole has been reported to show the greatest resistance of 46.7% in Indonesia, and to date metronidazole is still used as first-line therapy. The presence of rdxA gene mutations in H. pylori isolates can be used as a marker of metronidazole resistance. The cocoid form of H. pylori is difficult to detect by culture. Another alternative test is to use molecular biology tests, namely the detection of mutations using the PCR test followed by DNA sequencing. Aim : This research is expected to provide new information about the development of H. pylori resistance tests, add to the unique sequences H.pylori rdxA gene literatur and to determine the H. pylori rdxA gene mutation plays a role in H. pylori resistance to metronidazole. Methods : This explorative study used 34 samples of gastric biopsy paraffin blocks that were confirmed that were confirmed to contain H. pylori DNA Indonesian strain in a real time PCR test. The sample was analyzed using a nested PCR test and followed by DNA sequencing test, and bioinformatics analysis consisting of amino acid changes, homology, phylogenetics, protein conformation and molecular docking. Result : In this study, the results showed that mutations were found in the rdxA gene sequence due to the insertion of two amino acids, substitution, frameshift, and found premature stop codon. The results of the docking analysis showed that the metronidazole compound was less effective against H. pylori which had insertion of two amino acids, whereas H. pylori which had substitution (without insertion) showed a weak affinity between metronidazole and the rdxA gene. Conclusion : Molecular method can be an alternative to test H. pylori resistance to antibiotics. The discovery of a unique sequence in the form of the insertion of two amino acids that have not been found in other literature, can increase knowledge for scientists in the field of medical science. The presence of the mutated H. pylori rdxA gene has been shown to cause resistance to metronidazole through docking analysis. "
Jakarta: Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia, 2020
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library