Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Tujuan Pemeriksaan: Melakukan analisis nilai DNA EBV dalam serum penderita KNF Stadium Awal (I/II) dan Stadium Lanjut (III/IV). Material dan Metode: Sebanyak 83 serum darah penderita kanker nasofaring (ICNF) bClj8IliS undWerenzia1e¢ diambil sebelum pcmberian tempi. Sampel dibagi menjadi 2 group berdasarkan sistem TNM (UICC) dan didapatkan: 25 sampel berasal dari sennn pendcrita KNF stadium awal (I/ll) dan 58 dari penderita stadium Ianjut (III/IV). Mcnggtmakan real time pobwmerase chain reaction (PCR) dilakukan pengukuran kadar DNA EBV dengan LMP2 sebagai gen target. Perbedaan kadar DNA EBV ditentukan menggunakan analisa dcskriptif menggunakan test non parametrik antara penderita KNF stadium awal dan stadium lanjut dan terhadap status T,N dan M. Hasil: Pengukuran kadar senun DNA EBV pada penderita KNF stadium awa! (I/Il) sebelum memulai pengobatan, menunjukkan sebanyak I7 dari 25 sampei (66.7%) tidak terdeieksi adanya copy DNA EBV dan 8 sampe] (33.3%) terdeteksi. Pada penderita KNF stadium lanjut (Ill/IV), 37 dari 58 sampel (63.I5%) terdeteksi adanya copy DNA EBV dan 21 sampel (36.84%) tidak terdeteksi. Kadar DNA EBV pada penderim KNF stadium lanjut menunjukkan hasil yang lcbih tinggi dibandingkan dengan hasil penderita KNF stadium awal (median 24.8 copy/ml vs 0 copy/ml), dengan nilai cut off pada 7.15 copy/ml (sensitititas 60.3% dan spcsifisitas 72.0%). Kadar DNA EBV yang lcbih tinggi terdapai pula pada hasil pengukuran serum DNA EBV antara penderita KNF dengan status T3-T4, N2-N3 dan Ml dibandingkan dengan penderita KNF dengan status Tl-'I`2, N0-Nl dan M0. Kesimpulan: Pengukuran kadar serum DNA EBV merupakan cam yang potensial untuk membedakan antara pcnderita IONIF stadium awatl (l/ll) dan Qadium lanjut (III/IV) dengan perkiraaan nilai cut off pads 7.15 copy/ml. Termasuk pula untuk membedakan antara status T,N dan M. Pcngukumn kadar DNA EBV dapat menyempurnakan penggunaan sistem TNM pada tingkst molekuler.

---

To analyze the difference of pretreatment serum EBV DNA concentration between early stage (l/II) and advance stage (Ill/IV) nasopharyngeal carcinoma (NPC) patient.

Methodes: Eighty-three (83) pretreatment serum of undifferentiated with all stages of NPC were studied and devided into two groups: 25 samples cattle from early stage (I/II) NPCand 58samplesB~omadvancestage(IIl/IV)NPCasbyUlCCTNM staging system. LMP2 was used as target gene and the concentration were quantified by real-time polymerase chain reactant assay. EBV DNA concentration of the two groups were measured and the difference were accessed, including the T,N,M status with non parametric test.

Result: Pretreatment EBV DNA serum concentration from early stage (I/ll) NPC patients showed: I7 of 25 sampels (66.7%) were undetectable for copy of EBV DNA, and 8 sampels (33.3%) were detectable. Pretreatment EBV DNA from advance stage NPC showed: 37 of 58 patiens (63.l5%) were detectable for copy of EBV DNA and 21 patients were not. Pretreatment EBV DNA serum consentration ti-om advance stage NPC showed higher senzm concentration than early stage (median 24.8 copylml vs 0 copy/ml), on cuz of point prediction at 7.15 copy/ml. Higher concentration as well, were found among those patients whose had T3-T4, N2-N3 and Ml stages compared with Tl-T2, N0-Ni and M0 stages NPC.

Conclusion: EBV DNA semm concentration was found potential to differentiate between early and advance stage NPC, on out ojfpoinr prediction at 7.l5 copy/ml, as well as to differentiate T,N and M stages. EBV DNA measurement was good to improve UICC TNM staging system in clinical practice based, on molecular level."

"Replikasi virus HIV-1 pada tubuh pasien dapat ditekan dengan penggunaan antiretroviral. Namun virus HIV-1 mudah mengalami mutasi yang menyebabkan penurunan sensitifitas satu atau lebih antiretroviral dalam menahan laju replikasi virus. Oleh karena itu diperlukan kelas antiretroviral baru yang tidak rentan terhadap mutasi virus, misalnya dengan menginhibisi interaksi protein antiviral alami manusia seperti APOBEC3G dengan protein-protein virus. Dalam penelitian ini dilakukan studi pendahuluan untuk membuat sistem penapisan antiretroviral berbasis interaksi protein APOBEC3G dengan protein Vif HIV-1 secara in vitro. Penelitian diawali dengan mendesain gen APOBEC3G yang dapat diekspresikan dengan baik di sistem prokariota. Gen APOBEC3Gopt telah dapat diklona ke plasmid vektor pQE80L dan diekspresikan di E.coli BL21 pada suhu 37 oC dengan induksi IPTG 1 mM, namun berat molekul protein APOBEC3G tidak sesuai dengan teoritis yang diperkirakan diakibatkan oleh pemotongan protein oleh protease. Protein Vif diekspresikan dalam E.coli BL21 Codon Plus pada suhu 37 oC dengan induksi IPTG 1 mM. Purifikasi protein Vif dan APOBEC3G menggunakan IMAC Immobilized Metal Affinity Chromatography matriks NiNTA dilakukan dengan keadaan denaturasi dan telah dilakukan refolding dengan cara dialisis. Protein Vif hasil dialisis dapat berinteraksi dengan protein-protein dalam sel secara in vitro. Protein Vif dan APOBEC3G disuntikkan ke kelinci dan diperoleh antibodi IgG terhadap Vif dan APOBEC3G pada minggu ketiga paska penyuntikan. Optimasi keadaan ELISA yang dilakukan untuk protein Vif menunjukkan konsentrasi protein Vif 25 g/mL, pengenceran serum 1/1.000 dan skim milk sebagai protein blocker, memberikan hasil terbaik. Optimasi keadaan ELISA yang dilakukan untuk protein APOBEC3G menunjukkan konsentrasi protein APOBEC3G 25 g/mL, pengenceran serum 1/1.000 dan skim milk sebagai protein blocker, memberikan hasil terbaik.

---

HIV 1 replication in vivo can be reduced by using antiretroviral. However, HIV 1 virus is easily mutated that leads to reduction of antiviral sensitifity. Therefore, a new class of antiretroviral which is not susceptible toward viral mutation is highly required. One of the options is to inhibit natural antiviral protein such as APOBEC3G to interact with viral protein Vif HIV 1. This research is a preliminary study to establish a new method to screen antiretroviral candidates which inhibit interaction between APOBEC3G and Vif HIV 1. The research begins with APOBEC3G gene optimization for prokaryotic system. The gene successfully cloned to pQE80L vector and highly expressed in E.coli BL21 strain with 1mM IPTG induction in 37 oC. However, the molecular weight of APOBEC3G protein is not suitable with theoretical molecular weight. Vif protein is expressed in E.coli BL21 Codon Plus strain with 1 mM IPTG induction in 37 oC. Vif and APOBEC3G is purified using IMAC Immobilized Metal Affinity Chromatography method with NiNTA matrix in denaturing condition and successfully refolded using dialysis method. Purified Vif protein can interact with other cellular protein in vitro. Rabbits were immunized with Vif and APOBEC3G protein and high titer of IgG anti Vif and anti APOBEC3G were obtained in 3 weeks after immunization. ELISA technique conducted for Vif protein shows that 25 g mL Vif protein, 1 1.000 serum dilution, and skim milk as the protein blocker give the optimal condition. As for the APOBEC3G protein, the optimal condition obtained is also 25 g mL APOBEC3G protein, 1 1.000 serum dilution, and skim milk as the protein blocker."

"ABSTRAKTujuan penelitian ini untuk mengevaluasi efek kemopreventif ekstrak etanol daun Brucea javanica Merrill yang diberikan secara oral pada tikus yang menderita kanker paru yang diinduksi dengan 7,12-dimetilbenz[a]antrasen (DMBA). Selain itu, diilakukan juga penetapan parameter spesifik dan non spesifik terhadap ekstrak, Pada evaluasi kemopreventif ekstrak menggunakan parameter histologi jaringan kanker pada paru-paru. Hewan uji dibagi kedalam 5 kelompok. Kelompok I (kontrol normal) diberi minyak jagnng 1 ml, kelompok II (kontrol DMBA), kelompok lll, IV, dan V merupakan kelompok yang diinduksi dengan DMBA dan diberi sampel peroral dengan dosis masing-masing 250, 500, dan 750 mglkg bb yang diberikan setiap hari schwa 2 minggu sebelum induksi DMBA. Kemudian dilanjutkan selama 5 minggu. Setiap minggu dilakukan penimba:ngan bobot badan dan pa1pasi hewan uji untuk :mengetahui munculnya tumor. Pengamatan dilakukan selama 16 minggu. Dari basil penetapan parameter spesifik diperoleh data bahwa rendemen ekstraksi dengan menggunakan pelarut etanoi 70% adalah 28%, kadar senyawa yang terlarut dalam air dan etanol berturut-turut 11,49 dan 9,41%. Profil KLT, flourosensi pada sinar uv 366 nm memperHhatkan bahwa ekstrak mengandung flavonoid. Hasil dari penetapan parameter non spesifik diperoleh data susut pengeringan 18,95%, kadar air 15,06%, kadar abu total 16,12%, dan kadar abu tidak 1arut asarn 11,14%. ldentifikasi kandungan k.imia diketahui bahwa ekstrak mengandung senyawa flavonoid~ tanin) dan glikosida. Penetapan kadar flavonoid diperoleh kadar total flavanoid 9,901 %. Pengamatan histologi paiu-paru menunjukkan bahwa kelompok I harnpir sebagian besar paru dalam keadaan normal, kelompok II semua menunjukkan tez:Jadinya proliferasi dan keganasan se1 kanker. Kelompok lll, IV dan V menunjuk.kan bahwa kondisi paru yang diinduksi DMBA telah terjadi perbaikan dengan terlibat adanya penebalan sel alveolus. Dari basil pengolahan menggunakan statistik terjadi perbedaan yang bermakna antar kelompok kontrol DMBA dan kelompok dosis dengan nilai P9>,00. Sehingga dapat disimpulkan bahwa ekstrak memberikan efek kemopreventif pada hewan uji yang diinduki dengan DMBA. Dimana efek yang terbaik diberikan pada ekstrak dosis 250 mg/kg bb.

---

ABSTRACTThe objective of this study was to evaluate chemo preventive effect of ethanol extract of Brucea javanica Merrill leaves which given orally to lung cancer rats (induced by 7,12· dimethylbenz[a]anthracene (DMBA), and also determine several specific and non-specific parameters. Chemo preventive evaluation was using histology of lung cancer. The animal test was divided into 5 groups. Group I (normal control) was given 1 mL of from oil, group II ( DMBA control), group III, IV, and V were induced by DMBA and given l mL extract orally every day 250, 500, and 750 mg/kg bw~ respectively. Extract was given for two weeks before induction and continued for 5 weeks , The observation having done for all of the experiment days for 16 weeks, For every weeks having done the weighing of each rats) and also palpasion to know the appearance of tumors. The specific extract parameters were the rendement of extraction is 28%, the values of water extractive and ethanol-extractive are 11.49 and 9.41%. respectively. TLC profile of the sample used 366 nm UV light showed that extract contains flavonoid. The result of determination of the non specific parameters of the extract are; loss on drying is 18.95%, the water content is 15.06% , the total ashes is 16.12%, and the level of ashes not dissolved in acid is 11.14%. The identification of chemical) compound shows that the extract contained flavonoid, tannin, and glycoside. The level of total flavonoid is 9.901%. From the result of lung histology are known almost of rats in group I the lung is in the normal condition. Group II showed proliferation and cancer cells. Group Ill, IV and V show performed repairment in the alveoli cell. The statistical data analyses shows significant differences between group II with group Ill, IV, and V (P=O.OO). The conclusion of thls study showed that the extract demosntrated chemopreventive activity to rats which induced by DMBA. The best effect is showed by group Ill (dose 250 mg/kg bw)."

"Infeksi Dengue merupakan penyakit endemik di daerah tropis dan subtropis yang disebabkan oleh virus dengue DENV . Hingga saat ini belum ada antivirus spesifik untuk infeksi DENV. Diketahui bahwa derajat viral load berkaitan dengan keparahan penyakit. Curcuma longa L. kunyit dengan senyawa aktif utama kurkumin diketahui memiliki aktivitas antivirus terhadap DENV secara in vitro. Penelitian ini merupakan studi awal untuk mengetahui efek antivirus ekstrak C. longa terhadap DENV-2 dan toksisitas akut di organ hati dan ginjal pada mencit ddY. Tahap pertama dilakukan uji toksisitas akut oral ekstrak C. longa pada mencit ddY untuk mengetahui LD50. Dosis aman yang diperoleh digunakan untuk uji toksisitas organ hati dan ginjal mencit dengan pengamatan histopatologi serta biokimia SGPT, SGOT, ureum, kreatinin . Kedua dilakukan uji potensi ekstrak C. longa terhadap sel Huh7it-1 terinfeksi DENV-2 pada mencit ddY. Ekstrak C. longa diberikan peroral dosis 0.147 mg untuk tiap mencit dua jam setelah inokulasi sel terinfeksi secara intraperitonial. Serum dikoleksi dari intraorbital pada jam ke-6 dan jam ke-24 setelah inokulasi. Titer virus dinilai dengan metode focus assay. Berdasarkan hasil uji toksisitas akut oral ekstrak C. longa hingga dosis 7500 mg/kgBB tidak ada kematian. Pemeriksaan histopatologi menunjukkan tidak ada kelainan spesifik pada organ hati dan ginjal. Tidak ada peningkatan nyata kadar SGPT, SGOT, ureum, dan kreatinin. Ekstrak C. longa menurunkan titer virus dibandingkan kontrol. Hasil penelitian ini membuktikan ekstrak C. longa tidak toksik terhadap ginjal dan hati mencit serta memiliki efek antivirus terhadap DENV-2.

---

Dengue infection, caused by Dengue Virus DENV , is one of endemic diseases in tropical and subtropical region. Until now, there is no specific antiviral for dengue infection. It is known that the degree of viral load is related to disease severity. Curcuma longa L. tumeric with curcumin as major active compound has been identified for its antiviral effect for dengue in vitro. This study was a preliminary study to determine antiviral effect of C. longa extract on DENV 2 and its acute toxicity in ddY mice liver and kidney. The acute oral toxicity of C. longa extract was observated to determine LD50. The safe doses obtained were used for toxicity tests of liver and kidney with histopathological and biochemical observations SGPT, SGOT, urea, creatinine . The antiviral effect of C. longa exstract was tested using ddY mice inoculated intraperitoneally with Huh7it 1 cells infected by DENV 2. The C. longa extract was given orally dose 147 mg for each mice two hours after infection. Serum was collected from intraorbital at 6 hours and 24 hours after infection.Viral load was assessed by focus assay method. Based on acute oral toxicity test results C. longa extract up to dose 7500 mg kgbw there was no demise. Histopathological examination showed no specific abnormalities in liver and kidney organ. There was no significant increase in levels of SGPT, SGOT, urea, and creatinine. Extract C. longa lowered the viral titer compared to controls. The results of this study prove that C. longa extract was not toxic mice liver and kidney as well as had antiviral effect against DENV 2."

"ABSTRAKVirus dengue DENV dapat menginfeksi manusia tanpa batasan usia di daerah tropis dan subtropis. Vaksin DENV dari keempat serotype sangat diperlukan untuk mencegah infeksi DENV. Tujuan dari penelitian ini untuk melihat respon imun seluler CD4, CD8, dan CD25 pada mencit yang diimunisasi dengan vaksin DNA pUMD4 kla/b. Plasmid pUMD4 kla/b diproduksi dan diisolasi dengan menggunakan berbagai metode. Uji ekspresi pUMD4 kla/b dilakukan dengan transfeksi pada sel Chinese Hamster Ovary. Plasmid yang telah mengekspresikan protein preM-E DENV-4 selanjutnya diimunisasikan pada mencit ddY pada hari ke-0, ke-21, dan ke-42. Hasil analisis limpa tanpa induksi dengan menggunakan uji flow cytometry menunjukkan persentase CD4 pada mencit yang diimunisasi lebih rendah jika dibandingkan dengan kelompok pUMVC4a dan kelompok tanpa imunisasi. Akan tetapi persentase CD8 dan CD25 menunjukkan hasil yang lebih tinggi jika dibandingkan dengan kelompok pUMVC4a dan kelompok tanpa imunisasi. Analisis limpa dengan induksi pada mencit yang diimunisasi sebesar 3,7 CD4 , 9,7 CD8 , dan 13 CD25 secara berurutan dan persentase CD4, CD8, dan CD25 lebih tinggi jika dibandingkan dengan kelompok pUMVC4a dan kelompok tanpa imunisasi setelah imunisasi ke-3. Kesimpulan penelitian ini adalah adanya aktivasi imun seluler pada mencit setelah imunisasi dengan pUMD4 kla/b.

---

ABSTRACTDengue virus infected humans in every ranges of ages at tropical and subtropical regions. In previous study DNA vaccine pUMD4 kla b was constructed. The purpose of this research is to inform cellular immune responses CD4, CD8, and CD25 in mice those were immunised by pUMD4 kla b. pUMD4 kla b plasmid was isolated by many methods. Expression test of pUMD4 kla b was held by transfection on CHO cells. pUMD4 kla b that had expressed preM E dengue proteins was immunised in ddY mice in aged 5 6 weeks on day 0, day 21, and day 42. Evaluation of immunizations could be seen from flow cytometry test on mice rsquo s splenocytes. pUMD4 kla b could express preM E dengue proteins. Result showed enhancements on percentages rsquo numbers of CD4 cells 2.6 , CD8 cells 4.4 , and CD25 6 in ddY mice without induction, and CD4 cells 3.7 , CD8 cells 9.7 , and CD25 13 with induction after third immunizations. Percentages of CD4, CD8, and CD25 in pUMD4 kla b rsquo s immunizations are higher than in pUMVC4a rsquo s immunizations and without immunizations. Conclusion there were cellular immunity activations after immunized with pUMD4 kla b."

"Latar belakang: Difteri merupakan penyakit infeksi bakteri yang diperantarai olehtoksin. Corynebacterium diphtheriae adalah penyebab tersering difteri. Diagnostiklaboratorium harus dilakukan dengan cepat untuk menunjang diagnosis klinis difteri.Pemeriksaan mikroskopik tidak direkomendasikan karena tidak spesifik, kultur dan ujitoksin yang merupakan uji baku emas cukup memakan waktu, membutuhkanketerampilan dan pengalaman serta hanya dilakukan di laboratorium rujukan. PCRmerupakan metode pemeriksaan yang cepat, sensitif dan spesifik. Duplex real-time PCRdapat mendeteksi bakteri penyebab tersering dan gen pengkode toksin secara simultan.Tujuan penelitian: Melakukan optimasi uji duplex real time PCR untuk deteksi C.diphtheriae potensial toksigenik dan menerapkannya pada spesimen usap tenggorokpasien tersangka difteri.Metode: Duplex real-time PCR menggunakan dua pasang primer dan probe dengantarget gen rpoB C.diphtheriae dan toksin difteri subunit A Tox. Parameter yangdioptimasi adalah suhu penempelan, konsentrasi masing-masing primer dan probe,inhibitor, reaksi silang dengan patogen lain dan ambang batas deteksi uji. Kemudian ujidiaplikasikan pada spesimen usap tenggorok pasien tersangka difteri yang dirawat diRSPI Sulianti Saroso pada periode 2018-2019. Sebagai perbandingan dilakukan uji Elekuntuk konfirmasi toksigenitas dan analisa data klinis pasien.Hasil: Kondisi optimal uji didapat pada suhu penempelan 55oC, konsentrasi primer Cd0,4 μM, primer Tox 0,6 μM, probe Cd 0,5 μM dan probe Tox 0,625 μM, volume elusiekstraksi DNA 50 μL, volume cetakan DNA 5 μL dan ambang batas deteksi 2 CFU/ml.Uji tidak bereaksi silang dengan mikroorganisme lain yang dicobakan. Dari 89 sampel,proporsi positif C.diphtheriae potensial toksigenik dengan uji duplex real-time PCRadalah 21,3%, sedangkan proporsi positif C.diphtheriae toksigenik menggunakan ujibaku emas adalah 11,2%.Kesimpulan: Duplex real time PCR untuk deteksi C.diphtheriae potensial toksigeniktelah dioptimasi dan diaplikasikan pada pasien tersangka difteri. Diharapkan uji inidapat meningkatkan diagnosis laboratorium kasus difteri.

---

Background: Diphtheria is toxin-mediated bacterial infection. The most common

etiology is Corynebacterium diphtheriae. Laboratory diagnostic should be done

immediately to support clinical diagnosis. Microscopic examination is not

recommended, culture followed by toxin test is consider gold standard but timeconsuming,

require experience and only done in referral laboratory. PCR is fast,

sensitive and specific. Duplex real-time PCR can detect bacteria and toxin-encoding

gene simultaneously.

Objective: Optimizing duplex real-time PCR assay for detection of potentially

toxigenic C.diphtheriae and applicate the assay on throat swab of suspected diphtheria

patient.

Method: Two pair of primers and specific probe targeting rpoB gene of C.diphtheriae

and A-subunit of diphtheria toxin gene were used in this study. Parameters including

annealling temperature, concentration of primers and probes, inhibitors, cross reaction

and detection limit were being optimized to receive optimal condition. The optimized

assay was applicated on throat swab of suspected diphtheria patient in Sulianti Saroso

Infectious Disease Hospital at 2018-2019. Elek toxigenity test was used for comparison

and clinical data of the patient were analyzed.

Result: The optimum condition for duplex real-time PCR was received upon the

annealing temperature 60oC, concentration of Cd primer 0,4 μM, Tox primer 0,6 μM,

Cd probe 0,5 μM, Tox probe 0,625 μM, DNA elution volume 50 μL, DNA template

volume 5 μL and detection limit 2 CFU/ml. There was no cross reaction found with

other tested microorganisms. Of 89 samples, proportion of potentially toxigenic

C.diphtheriae was 21,3% and proportion of toxigenic C.diphtheriae confirmed by gold

standard was 11,2%.

Conclusion: Duplex real time PCR has been optimized for detection of potentially

toxigenic C.diphtheriae. This method can be used to detect C.diphtheriae and Tox

simultaneosly and increase supporting diagnosis."

"Latar Belakang: Infeksi saluran napas akut (ISPA) disebabkan oleh berbagai patogen termasuk SARS-CoV-2. Gejala yang disebabkan oleh SARS-CoV-2 maupun patogen lainnya memiliki kemiripan sehingga diperlukan uji deteksi SARS-CoV-2 terkait tatalaksana infeksi SARS-CoV-2 yang di antaranya diperlukan isolasi kasus positif. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeteksi patogen penyebab ISPA selama pandemi COVID-19 sehingga dapat dilakukan penatalaksanaan dengan cepat dan tepat.Metode: Pada tahap awal dilakukan optimasi kondisi real-time reverse-transcription- PCR (rRT-PCR) menggunakan kontrol positif SARS-CoV-2 dan kit SensiFAST SYBR No-ROX One-Step dengan parameter yakni volume template, suhu reverse transcriptase (RT), dan waktu RT, serta dilakukan uji Limit of Detection (LOD) dengan pengenceran RNA standar genom SARS-CoV-2 dan uji reaksi silang rRT-PCR SARS-CoV-2 terhadap 11 jenis bakteri dan 4 jenis virus. Setelah optimasi, dilakukan uji terhadap spesimen klinis (swab nasofaring/orofaring) yang dikumpulkan dari Maret sampai September 2020. RNA spesimen diekstraksi menggunakan QIAamp® Viral RNA Mini Kit dan kemudian digunakan untuk rRT-PCR. Patogen penyebab ISPA lainnya (Virus Influenza, Adenovirus, Bocavirus, Coronavirus (229E, HKU-1, NL63, OC43), Metapneumovirus, Virus Parainfluenza, Respiratory Syncytial Virus (RSV), Rhinovirus, Bordetella pertussis, B. parapertussis, dan Mycoplasma pneumonia) dideteksi menggunakan Hybrispot Respiratory Flow Chip assay.Hasil: Kondisi optimal rRT-PCR SARS-CoV-2 didapatkan volume template 7,9 μL, suhu RT 50 oC, waktu RT 30 menit dengan LOD 3,5 kopi/reaksi, dan tidak ditemukan reaksi silang dengan patogen lainnya yang diuji. Dari 261 spesimen klinis, diperoleh hasil yang positif minimal satu patogen sebesar 27,59% (72/261) dengan 15 jenis patogen penyebab ISPA yang terdiri dari 13 spesies/subtipe virus yakni SARS-CoV-2, Coronavirus-229E (CoV-229E), CoV-HKU-1, CoV-NL 63, CoV-OC43, Adenovirus, Bocavirus, Virus Influenza, Human Metapneumovirus, Respiratory Syncytial Virus (RSV) subtipe-A, RSV subtipe-B, Rhinovirus, dan 2 spesies bakteri yakni Bordetella pertussis dan B. parapertussis.Kesimpulan: Uji rRT-PCR dapat dengan akurat dan cepat mendeteksi SARS-CoV-2 sehingga dapat dilakukan penatalaksanaan secara tepat dan cepat untuk mencegah penularan COVID-19. Gejala klinis (demam, batuk, pilek, nyeri tenggorokan, sesak napas, nyeri abdomen dan diare) pada pasien yang terinfeksi SARS-CoV-2 dengan pasien yang terinfeksi patogen lainnya tidak dapat dibedakan; namun perlu dilakukan studi lebih lanjut menggunakan jumlah sampel yang memenuhi kriteria statistik untuk membedakan gejala infeksi SARS-CoV-2 dengan infeksi patogen lainnya.

---

Background: Acute respiratory tract infections (ARTI) are caused by various pathogens, including SARS-CoV-2. The symptoms caused by SARS-CoV-2 and other pathogens are similar, so a SARS-CoV-2 detection test is needed to manage SARS- CoV-2 infection, including the isolation of positive cases. The purpose of this study is to detect pathogens that cause ARTI during the COVID-19 pandemic so that management can be carried out quickly and appropriately.

Method: The first step of this research was an optimization of real-time reverse- transcription-PCR (rRT-PCR) using a positive control SARS-CoV-2 and the SensiFAST SYBR No-ROX One-Step kit with parameters: template volume, reverse transcriptase (RT) temperature, and RT time, as well as the Limit of Detection (LOD) test by dilution of the standard RNA of the SARS-CoV-2 genome and cross-reaction test of SARS-CoV-2 against 11 types of bacteria and 4 types of viruses. After optimization, clinical specimens (nasopharyngeal/oropharyngeal swabs) were tested, collected from March to September 2020. RNA specimens were extracted using the QIAamp® Viral RNA Mini Kit and then used for rRT-PCR. Other respiratory pathogens (Influenza Virus, Adenovirus, Bocavirus, Coronavirus (229E, HKU-1, NL63, OC43), Metapneumovirus, Parainfluenza Virus, Respiratory Syncytial Virus (RSV), Rhinovirus, Bordetella pertussis, B. parapertussis, and Mycoplasma pneumoniae) were detected using the Hybrispot Respiratory Flow Chip assay.

Result: The optimal conditions for SARS-CoV-2 rRT-PCR were 7.9 μL template volume, 50 oC RT temperature, 30 minutes RT time with LOD of 3.5 copies/reaction, and no cross-reactions were found with other tested pathogens. Positive clinical specimen for at least one pathogen was 27.59% (72/261) with 15 types of ARTI pathogens consisting of 13 species/subtypes of the virus, i.e., SARS-CoV-2, Coronavirus-229E (CoV-229E), CoV-HKU-1, CoV-NL 63, CoV-OC43, Adenovirus, Bocavirus, Influenza Virus, Human Metapneumovirus, Respiratory Syncytial Virus (RSV) subtype-A, RSV subtype-B, Rhinovirus, and 2 bacterial species, i.e., Bordetella pertussis and B. parapertussis.

Conclusion: The rRT-PCR test can detect SARS-CoV-2 accurately and quickly for appropriate and rapid management in preventing the transmission of COVID-19. The clinical symptoms (fever, cough, nasal congestion, sore throat, dyspneu, abdominal discomfort and diarrhea) of patients infected with SARS-CoV-2 compared to those infected with other pathogens were indistinguishable; however, further studies need to be conducted using the number of samples that meet the statistical criteria to differentiate the symptoms of SARS-CoV-2 infection from other pathogenic infections."