Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Avian influenza H5N1 hingga akhir Februari 2007 telah menyerang 102 orang dan menevvaskan 81 orang yang terinfeksi di Indonesia. Dengan mempertimbangkan makin tingginya angka kejadian dan mortalitas akibat penyakit ini, diperlukan metode untuk deteksi dini infeksi virus serta perlu dipelajari epitope virus agar dapat dibuat ranoangan vaksin. Pembuatan desain primer dari sekuens nukleotida segmen 5 (nukleokapsid protein) virus H5N1 di Indonesia dilakukan dengan software off-/ine FastPCR versi 4.0.Untuk memprediksi epitope peptide binding-MHC l terhadap nukleokapsid protein (NP) virus H5N1 di Indonesia, digunakan program on-line peptide binding to MHC class l molecules dengan alamat situs vi/vi/vv.immuneepitope.org. Dari studi in silioo, diperoleh 11 maoam left primer dan 6 maoam nght primer yang khas untuk sekuen nukleotida NP tertentu.Pada prediksi epitope peptide binding-MHC l, epitop NP mempunyai afinitas tinggi di 18 allele. Afinitas tertinggi terdapat pada allele 55401, untuk epitop LPACVYGLA dengan nilai |C50 sebesar 0,74 n|V|. Hal Iain yang juga perlu diperhatikan dalam prediksi epitop yaitu ikatan yang munoul pada allele A0201, hanya ada pada sekuen protein ke 59 (A/Indonesia/CDC184/2005(H5N1)), untuk epitop RLIQNSITV dengan nilai |050 sebesar 43,1 nIV|. Terdapat perbedaan antara prediksi epitop NP menggunakan database viral protein dengan protein hasil translasi sekuens nukleotida yang diperoleh dari amplifikasi DNA. Perbedaan itu disebabkan karena perbedaan panjang protein hasil translasi dengan protein database.Prediksi epitop hasil translasi mempunyai afinitas tinggi terhadap IVIHC kelas nanya di 'I5 allele dengan perbedaan pada allele AO206, A1 '|O'|, dan B4403_ Epitop-epitop pada allele tersebut berada pada bagian-bagian yang tidak teramplifikasi ketika dilakukan PCR in Sillco yaitu bagian terminal Sekuen asam amino protein database."

"Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 memiliki ancaman kesehatan yang signifikan bagi unggas dan manusia. Infeksi H5N1 di Indonesia merupakan yang tertinggi di dunia, dengan tingkat mortalitas mencapai 83% pada periode 2005-2013. Namun, mutasi yang terjadi pada virus H5N1 menyebabkan virus H5N1 menjadi resisten terhadap agen antiviral komersial, seperti oseltamivir dan zanamivir. Oleh karena itu, diperlukan agen antiviral yang lebih potensial. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam flavonoid dari Indonesia sebagai inhibitor neuraminidase virus H5N1. Penapisan dilakukan terhadap 491 senyawa flavonoid yang diperoleh dari HerbalDB. Molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan MOE 2008.10. Prediksi karakter ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, Toksisitas), bioaktivitas, bioavailabilitas, farmakologi, serta potensi karsonogenisitas-mutagenisitas juga dilakukan untuk memperoleh kandidat obat terbaik. Penelitian ini menghasilkan kaempferol 3-rhamnosil-(1-3)-rhamnosil-(1-6)-glukosida sebagai kandidat obat terbaik. Studi molecular dynamics menunjukkan bahwa senyawa ini stabil pada 312 K.

---

Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 poses a significant threath for animal and human health worldwide. The number of H5N1 infection in Indonesia is the highest during 2005-2013, with mortality rate up to 83%. Mutation occured in H5N1 strain made it resistant to commercial antiviral agents such as oseltamivir and zanamivir, so more potent antiviral agent is needed. In this study, virtual screening of Indonesian flavonoid as neuraminidase inhibitor of H5N1 was conducted. Total 491 flavonoid compound obtained from HerbalDB were screened. Molecular docking and dynamics were performed using MOE 2008.10. Prediction of ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity), bioavailability, bioactivity, and pharmacology character, as well as potency for carcinogenicity and mutagenicity were conducted to obtain the best ligand. This research resulted kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside as the best drug lead. Molecular dynamics study revealed that this compound was stable at 312 K."

"ABSTRACTDewasa ini, sudah banyak rumah sakit modern yang dilengkapi dengan peralatan monitoring yang lengkap, yang menyebabkan makin banyaknya data medis yang tersimpan. Data medis ini memiliki karakteristik khusus, dan biasanya metode statistika biasa tidak dapat diterapkan begitu saja. Dari sinilah kemudian muncul gagasan mengenai Medical Data Mining (MDM) yang sudah terbukti cocok untuk diterapkan dalam analisis data medis. Naive Bayes Classifier (NBC) merupakan salah satu implementasi dari MDM. Kendati terbukti memiliki hasil yang akurat dan memuaskan dalam proses diagnosis medis, metode-metode dalam MDM belum sepenuhnya diterima dalam praktek medis untuk diterapkan. Alasan utama mengapa metode ini belum dapat diterima adalah karena terdapatnya resistansi dari tenaga medis terhadap metode diagnosis yang baru. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menerapkan dan mengevaluasi performa NBC  pada data rekam medis pasien kanker payudara di salah satu rumah sakit di Jakarta dalam masalah klasifikasi subtipe molekular kanker payudara, serta membandingkan hasil klasifikasi NBC dengan metode MDM lain, yaitu Decision Tree (DT). Hasil analisis menunjukkan bahwa NBC mengungguli DT dengan tingkat akurasi sebesar 92,8%. Selain itu, dapat juga ditunjukkan secara empiris bahwa NBC mampu menangani missing value dengan cukup baik dan tidak membutuhkan data dalam jumlah banyak untuk tetap dapat mengklasifikasikan sebagian besar pasien dengan benar.

---

ABSTRACTNowadays, modern hospitals are well equipped with data monitoring devices, which resulted in an abundant amount of medical data. These medical data possess specific characteristics and usually, statistical methods could not be applied directly. This is what started the notion of Medical Data Mining (MDM), which has proven to be effective in analysing medical data. Naive Bayes Classifier (NBC) is an implementation of MDM. Even though MDM methods produce a sufficiently accurate and satisfying results in diagnosis problems, these methods are still not well accepted in the medical practice. One of the main reasons is because there is a resistance of physicians to a new diagnosis method. The main goal of this study is to apply and evaluate the performance of NBC in classifying breast cancer patients in a private hospital in Indonesia into five classes of molecular subtypes and compare its performance with another popular MDM method, Decision Tree (DT). Results showed that NBC outperformed DT by reaching an accuracy rate of 92.8%. This study could also show empirically that NBC does not need a big dataset to be able to achieve a high accuracy rate and that NBC could handle the problem of missing values just fine."

"Epidemi HIV di negara-negara Asia terjadi lebih Lambat bila dibandingkan dengan negara-negara belahan dunia yang lain. Sejak mulai ditemukan kasusnya yang pertama (tahun 1987), epidemi HIV di Indonesia relatif stabil. Namun, sejak kurang lebih empat (4) tahun yang lalu (tahun 1998) menurut laporan Ditjen P2MPLP DepKes RI telah terjadi lonjakan insiden kasus HIV positif per tahun secara mengkhawatirkan terutama pada kelompok resiko tertular secara kontak seksual. Beberapa hasil penelitian akhir-akhir ini mengatakan adanya kondisi `emerging epidemic' HIV pada kelompok resiko heteroseksual.Untuk lebih dapat meningkatkan upaya pencegahan penularan dan penatalaksanaan penderita, serta memperkirakan kelanjutan epidemi yang akan terjadi, perlu dilakukan karakterisasi epidemi HIV yang sedang berlangsung di Indonesia pada beberapa periode terakhir terutama dalam hubungannya dengan terjadinya kenaikan tajam kasus-kasus yang telah dilaporkan.Penelitian ini dilakukan dengan metode Case-Series, berlangsung selama tujuh tahun mulai tahun 1993 hingga 2000, dengan populasi sampel adalah individu-individu yang telah terinfeksi HIV dari daerah epidemi Jakarta, Papua, Bali, dan beberapa kasus dari daerah epidemi lain. Kasus-kasus HIV positif tersebut sebagian besar (66 %) berasal dari suku Jawa, 13 % dari suku Papua asli, dan 11 % dari suku Bali, dan hampir semua berada pada usia reproduktif yang tertular HIV dengan cara kontak seksual (98 %), dengan proporsi kasus laki-laki (56 %) sedikit lebih tinggi dari pada proporsi kasus perempuan (44 %).Hasil pemeriksaan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) dan RT-PCR (Reverse Transcryption Polymerase Chain Reaction) diketahui bahwa di Indonesia, dalam masa penelitian terjadi pergeseran corak subtipe. Pada awal penelitian hanya ditemukan subtipe B, kemudian berkembang dengan ditemukannya subtipe E maupun subtipe BIB dengan proporsi yang terus meningkat. Analisa keserupaan genetik dengan menggunakan teknik Heteroduplex Mobility Assay (HMA) menunjukkan bahwa HIV-1 di Indonesia mempunyai keserupaan genetik dengan strain referensi HIV-1 dari Thailand, USA, Central African Republic, Brazil, dan India.Untuk melihat hubungan antara subtipe HIV-1 dengan variabel-variabel penelitian dilakukan analisa statistik bivariat dan multivariat. Subtipe HIV-1 pada populasi kasus HIV positif pada penelitian ini berhubungan statistik bermakna dengan lokasi penemuan kasus, tetapi tidak dengan suku, umur maupun jenis kelamin. Populasi kasus HIV positif dari lokasi Papua berpeluang 6,4 kali (95% CI = 1,52 - 26,98) untuk memiliki subtipe E HIV-1, tetapi 0,05 kali peluangnya untuk memiliki subtipe B HIV-I, bila dibandingkan dengan populasi kasus HIV positif dari lokasi Bali. Populasi kasus HIV positif bersuku Papua mempunyai kemungkinan 3,06 kali lebih tinggi (95 % CI = 0,823 --11,375) memiliki subtipe E HIV-1, dan 0,24 kali lebih rendah (95 % CI 0,02 - 1,24) memiliki subtipe B HIV-1 dari pada populasi HIV positif bersuku bukan Papua. Peluang untuk mencapai status AIDS pada kasus HN positif dengan subtipe E lebih rendah 0,21 kali (95% CI = 0,046 -- 0,959) bila dibandingkan dengan peluang kasus HIV positif dengan subtipe B. Progresifitas kearah AIDS pada kasus-kasus HIV pada penelitian ini memiliki hubungan statistik yang bermakna dengan subtipe HIV-I, tetapi tidak dengan lokasi penemuan, suku, umur, maupun jenis kelamin kasus.Daftar bacaan : 109 (1987-2002)

---

Subtype Variability of Human Immunodeficiency Virus Type-1 and Their Relationship to the Demographic Characterictic of Indonesian HIV Cases, from 1993 to 2000HIV epidemic in Asia arrived relatively late, and HIV infection is still confined largely to population known to be at high risk (MU, sex workers, and men who have sex with men). However there is dramatic increase of the HIV infection incidence rate among high-risk population in several Asian Countries since past few years, Indonesia is the one example. While HIV-1 subtype E is the most prevalent strain than other subtype circulating in Southeast Asia, little is known about genetic subtype of HIV-1 responsible for the fulminating epidemic in Indonesia.Here we gp4l env RT-PCR and gp120 env HMA subtyped the isolates of a case-series of 255 HIV cases identified in high prevalence regions of Indonesia between 1993 and 2000, and then investigated the correlation between genetic subtype to multiple demographic characteristics and disease progression using bivariate and multivariate analysis. Most (98%) of the cases resulted from sexual contact, and 2% from vertical transmission; 56% are male and 44% are female. The ethnicity of the cases is Javan (66%), Balinese (11%) and Papuan (13%). 67% of the female cases and 14% percent of the male cases were commercial sex workers. 14% of the male cases were military and 8 % of the female cases were housewives.In 1993/94 only subtype-B viruses were observed, but by 1996 subtype-E had become, and remains, the major circulating subtype. It is suggested that HIV-1 subtype circulates in Indonesia has shifted from HIV-1 subtype B to HIV-1 subtype-E, indicate that HIV-1 subtype-E is the most transmissible and prevalent HIV-I subtype through heterosexual contact in Indonesia. However, subtype-B virus remains the most prevalent in Bali. HMA analysis identified isolates having homology to subtype-B isolates BR20 (Brazil), TH14 (Thailand) and SF162 (USA) during 1993/94, then broadening to include subtype-E isolates TH22 (Thailand), TH06 (Thailand) and CAR7 (Central African Republic). In 2000, two isolates homologous to IN868 (India) were identified in Papuan samples.No correlation was observed between gp4l-established subtype and age, gender, or ethnicity, but location. The probability of having HIV-1 subtype-E among HIV infected people in Papua was measured to be 6.4 times greater (95% CI = 1,52 - 26,98) than in Bali, whereas the probability of having HIV subtype-B among HIV infected people in Bali is 20 times greater than in Papua and 4.7 times greater than Jakarta. Papuans were observed to have 3.06 times greater probability (95% CI = 0.823 - 11.375) of having a subtype-E infection than non-Papuan, and smaller probability (OR = 0.24 ; 95% CI = 0.054 - 1.769) of having a subtype-B infection than non-Papuans.. HIV cases with subtype-E HIV-1 were observed to have 0,21 times probability to progress to AIDS (95% CI = 0.046 - 0.959) than probability of HIV cases with subtype B HIV-1 in Indonesia. Disease progression was observed to correlate to HIV-1 subtype, but not age, gender, ethnicity, nor locationReference : 109 (1987-2002)"

"Latar Belakang: Stroke merupakan penyebab kecacatan fisik jangka panjang dan mental pada usia produktif sehingga akan berdampak pada keadaan psikologis dan sosioekonomi keluarga. Penderita stroke membutuhkan perawatan yang intensif serta memerlukan dukungan dari keluarga. Pemikiran utama setelah stroke bagi penderita dan keluarganya adalah prospek penyembuhan. Penelitian sebelumnya menunjukkan terdapat beberapa faktor yang memmpengaruhi keluaran pasca stroke seperti beratnya kelainan, tekanan darah, kadar gula darah, perawatan fase akut.Tujuan: Mengetahui perbedaan derajat keterbatasan pada penderita pasca stroke terhadap tekanan darah sistolik fase akut, kadar gula darah fase akut, dan subtipe stroke.Disain dan Metode: Studi potting lintang dengan perbandingan internal antara tekanan darah sistolik fase akut, kadar gula darah fase akut. dan subtipe stroke terhadap beratnya derajat keterbatasan setelah 6 bulan awitan stroke. Keluaran fungsional dinilai dengan menggunakan skala Rankin yang dimodifikasi (mRS).Hasil: Dari 93 penderita didapatkan 80 (86%) penderita menunjukkan keluaran fungsional yang baik (skor mRS 0-2), terdiri dari 90.9% laki-laki dan 78,9% perempuan. Sebagian besar penderita (67,5%) yang mempunyai keluaran fungsional yang baik mengalami subtipe stroke sindroma lakunar (LACS), 48,75% penderita memiliki tekanan darah sistolik > 160 mmHg peda fase akut, dan 77,5% menunjukkan kadar gula darah fase akut 8-150 mgldL. Faktor yang berpengaruh terhadap keluaran fungsional setelah 6 bulan awitan stroke adalah subtipe stroke (p<0,05).Kesimpulan: Subtipe stroke merupakan faktor yang berhubungan dengan keluaran fungsional stroke setelah 6 bulan.

---

Background: Stroke causes long term physical and mental disability in productive age and impacts on family's psychology and social economy. Stroke patients need intensive care and support from their family. The main question from the patients and their family is prospect to recovery. Previous study showed that there were many factors affecting outcome in stroke patients such as severity or disability, acute blood pressure, acute blood glucose level, and treatment in acute phase.Purpose: To perceive the difference between degree of disability and acute systolic blood pressure, acute blood glucose level, stroke subtype.Design and method: Cross sectional study with internal comparison in acute systolic blood pressure, acute blood glucose level, stroke subtype aspects between group with good and poor functional outcome. Functional outcome was assessed using modified Rankin Scale (mRS).Result: From 93 patients, we have 80 (86%) patients with good functional outcome (mRS score 0-2). consist of 90.9% male and 78.9% female. Most of patients (67.5%) with good outcome had lacunar syndrome (LACS). 48.75% with systolic blood pressure > 160 mmHg, and 77.5% showed blood glucose level 8-1 50 mg/dI,. Factor that independently influenced functional outcome 6 months after stroke is stroke subtype (p<0.05).Conclusion: Stroke subtype is significant factors to functional outcome 6 months after stroke."

"ABSTRACTBackground: human immunodeficiency virus (HIV) infection and acquired immune deficiency syndrome (AIDS) cause serious health problems and affect the Indonesian economy. Papua province has the highest prevalence of HIV infection in the country; however, epidemiological data are limited. Therefore, in order to reveal the current situation of HIV/AIDS in Papua province, sero and molecular epidemiological studies of HIV were conducted. Methods: serological tests were conducted on 157 healthy individuals from the general population residing in Paniai, Papua. In addition, a molecular epidemiological study was then conducted on HIV type 1 (HIV 1) genes derived from infected individuals. Peripheral blood samples from HIV 1 positive individuals and 15 additionally enrolled, previously confirmed HIV 1 positive individuals were subjected to a genotypic analysis. Results: serological tests revealed that 2 out of 157 (1.27%) healthy individuals were HIV positive. In addition, HIV 1 subtyping revealed that subtype B and CRF01_AE were the major subtype and circulating recombinant form (CRF) of HIV 1 prevalent in the region, while subtype A1 and a recombinant form including viral gene fragments of CRF01_AE and subtype B was also detected. In addition, HIV drug resistance-associated major mutations were detected in the reverse transcriptase gene derived from infected individual on antiretroviral therapy. Conclusion: these results provide important information for clearer understanding on the current situation of HIV/AIDS in Papua province in Indonesia."

"ABSTRAKBlastocystis hominis adalah protozoa usus yang banyak ditemukan di manusia dan beberapa hewan. Parasit ini sering ditemui pada survei epidemiologi dengan prevalensi yang cukup tinggi. Di Indonesia penelitian terhadap parasit ini belum banyak dilakukan sehingga penulis melakukan penelitian ini bertujuan untuk mengetahui subtipe B. hominis dari populasi anak yang terinfeksi B. hominis dengan membandingkan subtipe yang didapat dari kelompok yang bergejala klinis dan yang tidak bergejala klinis. Metode yang dilakukan pada penelitian ini adalah dengan melakukan PCR terhadap gen 18 SSU rRNA lalu dilanjutkan dengan penetuan subtipe dengan metode RFLP. Hasil penelitian ini mendapatkan bahwa infeksi B. hominis sebesar 44, 51 dengan infeksi tertinggi pada anak usia 6-9 tahun 65,2, , subtipe yang didapat pada penelitian ini adalah subtipe 1, subtipe 2 dan subtipe 3 . Subtipe 3 merupakan subtipe yang paling dominan yaitu 72,2 pada kelompok bergejala dan 41,93 pada kelompok tidak bergejala. Selanjutnya subtipe yang cukup banyak ditemukan juga yaitu subtipe 1 yaitu 25 pada kelompok bergejala dan 41,93 pada kelompok tidak bergejala. Subtipe 2 ditemukan dalam jumlah yang kecil yaitu masing-masing 16,12 pada kelompok tidak bergejala, 2,8 pada kelompok bergejala. Kesimpulan subtipe 3 adalah subtipe yang dominan dalam menimbulkan gejala klinis berupa diare, subtipe 1 dan subtipe 3 memiliki proporsi yang sama pada kelompok yang tidak bergejala dan berdasarkan analisa statistik didapatkan bahwa subtipe 3 lebih dominan menimbulkan gejala klinis berupa diare dibandinkan dengan subtipe 1 dan subtipe 2. Kata Kunci : B. hominis, gen 18 SSU rRNA, PCR, RFLP, Subtipe

---

ABSTRACTBlastocystis hominis is an intestinal protozoa which are found in humans and animals. These parasites are common with high prevalence in epidemiological surveys. Research on B. hominis has been done in various countries around the world, with different results for the prevalence and diversity of subtypes. In Indonesia, there is a few studies on this parasite therefore prompted the author conduct this research. This study aimed to determine the subtype of B. hominis the children population and comparing the subtypes obtained from the group symptomatic and asymptomatic subjects. The method used in this research was by performing PCR on 18 SSU rRNA gene and then followed RFLP method for subtype identification. . The results show that the prevalence of B. hominis 44,51 , the highest infection occured in children aged 6 9 years 65.2, . Subtypes obtained in this study is ST 1, ST 2 and ST 3, which ST 3 is the most dominant subtype, namely 72.2 in the symptomatic group and 41.93 in the asymptomatic group. In addition, ST 1 is found 25 of symptomatic group and 41.93 of asymptomatic group. ST 2 is found in small quantities, 16.12 and 2,8 in asymptomatic group and symptomatic group respectively. In conclusion, subtype 3 is a predominant subtype that causing the clinical symptoms of diarrhea, followed by subtype 1 and subtype 2. Keywords B. hominis, PCR, RFLP, Subtype, 18 SSU rRNA gene"