Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Riboflavin synthase merupakan enzim yang mengkatalisis pembentukan riboflavin dengan mengkonversi dua molekul 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine secara dismutasi. Interaksi riboflavin synthase Eremothecium gossypii dipelajari dengan pendekatan secara komputasional, untuk melihat keterlibatan residu asam amino sisi aktif enzim yang berperan dalam proses produksi riboflavin. Struktur riboflavin synthase Saccharomyces pombe dengan kode PDB 1KZL digunakan sebagai template untuk memodelkan riboflafin synthase Eremothecium gossypii. Stabilitas termal enzim diperoleh dengan melakukan simulasi dinamika molekul pada 300K, 315K, 325K, 350K dan 400K. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa pembentukan riboflavin terjadi pada sisi aktif N-terminal dan residu asam amino yang berinteraksi meliputi Thr56, Gly68, Ala70, Val109, dan His108. Residu His108 pada N-terminal domain merupakan subunit enzim yang berperan sebagai tahap awal reaksi katalisis biosintesis riboflavin. Hasil simulasi dinamika molekul memperlihatkan kestabilan enzim pada 300K sampai 315K yang ditunjukkan dengan nilai RMSD (root mean square deviation) yang tidak jauh berbeda. Pada 325K dan 350 nilai RMSD makin tinggi menunjukkan ketidakstabilan enzim. Hasil RMSF (root mean square fluctuation) menunjukkan bahwa pada 315K terjadi fleksibilitas tertinggi, dengan memperlihatkan bahwa residu Ala13, Asp19, Ser21, Arg98, Gly162, dan Ala175 merupakan residu yang labil. Prediksi mutasi menyarankan beberapa substitusi residu meliputi Ala13Leu, Asp19Met, Ser21Leu, Arg98Ala, dan Ala175Glu yang mengarah pada peningkatan stabilitas enzim.

---

Riboflavin synthase is an enzyme that catalyzes the formation of riboflavin by converting two molecules of 6, 7-dimethyl-8-ribityllumazine through dismutation reaction. To study the interaction of riboflavin synthase Eremothecium gossypii, we performed a computational approach, to find out the involvement of amino acid residues in the active site of enzymes that play a role in the production of riboflavin. In this research, the structure of riboflavin synthase Saccharomyces pombe with PDB code 1KZL was used as a template.

To determine the thermal stability of the enzyme, we performed molecular dynamics simulation approach at 300K, 315K, 325K, 350K and 400K, respectively. The results showed that the formation of riboflavin occurred in the active site of N-terminal and the amino acid residues that interact include Thr56, Gly68, Ala70, Val109, and His108. His108 is residue a subunit of an enzyme that acts as an early stage of riboflavin formation on the active site of N-terminal.

The results of molecular dynamics simulations showed that stability of the enzyme at 300K to 315K which were indicated by RMSD values ​​were not much different. At 325K and 350K, the RMSD values were higher, it showed instability of the enzyme. The results of RMSF were showed that at 315K occurred highest flexibility, by showing that residues of Ala13, Asp19, Ser21, Arg98, Gly162, and Ala175 were labile residues. Prediction of mutation were suggest some replacement of residues included Ala13Leu, Asp19Met, Ser21Leu, Arg98Ala, and Ala175Glu that lead to increase the stability of the enzyme."

"Amoksisilin merupakan salah satu antibiotik β-laktam yang mendominasi pasar antibiotik global, dimana proses produksinya secara enzimatis dilakukan oleh Penisilin-G Asilase (PGA). Pada produksi amoksisilin secara enzimatis dalam skala industri dibutuhkan enzim PGA dengan jumlah yang cukup besar. Proses tersebut membutuhkan enzim PGA dalam bentuk teramobil. Penggunaan PGA teramobil sendiri memiliki kelebihan dapat digunakan berkali-kali sehingga memberikan keuntungan tambahan secara teknologi dan ekonomis dalam proses sintesis amoksisilin. Imobilisasi ini dilakukan pada enzim PGA dari isolat Bacillus thuringiensis BD1 koleksi Lab Biokatalis-PRMT-ORHL-BRIN. PGA diimobilisasi  menggunakan bahan Na-Alginat sebagai matriks imobilisasi dengan menggunakan teknik penjebakan, dengan variasi konsentrasi Na-Alginat pada 1%, 1.25%, dan 1.5%. Pengujian stabilitas pH pada range pH 6-9, uji stabilitas termal pada range 30-60 0C, dilakukan pula uji penggunaan ulang, uji morfologi, dan juga uji sintesis amoksisilin. Aktivitas sebelum proses imobilisasi terukur sebesar 46.59 U/mg. Konsentrasi Na-alginat optimum pada imobilisasi PGA BD1 adalah sebesar 1.5% dengan aktivitas  terukur 41.01 U/mg.  PGA BD1 terimobilisasi dapat mempertahankan sekitar  ±20% dari jumlah aktivitas awal setelah dilakukan 4 kali pemakaian. Imobilisasi PGA optimum pada kondisi pH 7 dan suhu 40 0C. PGA BD1 terimobilisasi menghasilkan kadar amoksisilin lebih tinggi pada proses sintesa amoksisilin secara enzimatis jika dibandingkan dengan bentuk bebasnya

---

Amoxicillin is one of the β-lactam antibiotics that dominates the global antibiotic market, where the enzymatic production process is carried out by Penicillin-G Acylase (PGA). Enzymatic production of amoxicillin on industrial scale requires a large amount of the PGA enzyme. This process requires the PGA enzyme in immobilized form. The use of immobilized PGA has the advantage that it can be used many times, thus providing additional technological and economic advantages in the amoxicillin synthesis process. This immobilization was carried out on PGA enzymes from Bacillus thuringiensis BD1 isolates from the collection of the Biocatalyst Lab-PRMT-ORHL-BRIN. PGA was immobilized using Na-Alginate as the immobilization matrix using entrapment techniques, with variations in Na-Alginate concentrations at 1%, 1.25%, and 1.5%. pH stability testing in the pH range 6-9, thermal stability tests in the range 30-60 oC, reusability tests, morphology tests, and amoxicillin synthesis tests were also carried out. Activity before the immobilization process was measured at 46.59 U/mg. The optimum Na-alginate concentration in PGA BD1 immobilization was 1.5% with a measured activity of 41.01 U/mg. Immobilized PGA BD1 can maintain about ±20% of its initial activity after 4 uses. Optimum PGA immobilization at pH 7 and temperature 40 0C. Immobilized PGA BD1 produced higher levels of amoxicillin in the enzymatic amoxicillin synthesis process when compared with the free enzyme."