Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKIsoterm dari proses adsorpsi biasanya digunakan untuk karakterisasi distribusi ukuran pori dan biasanya diukur secara eksperimental dengan alat volumetrik, yang terdiri dari sel dosis dan sel sampel. Skripsi ini bertujuan untuk membangun keseimbangan antara fase gas dan fase adsorben dengan menggunakan Simulasi 2V-NVT Monte Carlo, dengan dua volume untuk mewakili perangkat tersebut. Efek dari ukuran pori dan volume dosis pada karakteristik isoterm adsorpsi yang dipelajari menggunakan model adsorpsi argon dalam pori graphitic carbon pada temperatur 87 K. Dalam simulasi Monte Carlo untuk sistem adsorpsi, potensi fluida-fluida dan potensi solid-fluida merupakan bagian penting. Potensi fluida-fluida umumnya digambarkan oleh persamaan 12-6 Lennard-Jones, sementara potensi solid-fluida membutuhkan penjumlahan dari semua interaksi antara molekul adsorbat dan semua atom yang ada di permukaan adsorben. Tujuan kedua dari skripsi ini adalah untuk mendapatkan potensi solid-fluida untuk luasan adsorben terbatas yang berbentuk persegi panjang dan lingkaran. Pencapaian utama dari skripsi ini adalah untuk menurunkan persamaan tersebut. Sebagai rekomendasi ke depan, model solid-fluida yang telah dikembangkan sebaiknya diintegrasikan ke dalam Simulasi Monte Carlo.

---

ABSTRACTAdsorption isotherms are commonly used for the characterization for pore size distribution and are usually measured experimentally with a volumetric device, which consists of a dosing cell and a sample cell. This project aims to establish an equilibrium between the gas phase and adsorbed phase by using 2V-NVT Monte Carlo simulation, with two volumes to represent such device. The effects of the sizes of pore and dosing volume on the behaviour of the adsorption isotherm are studied, where the model used is argon adsorption at 87K in a graphitic pore. In a Monte Carlo simulation of an adsorption system, the fluid-fluid potential and the solid-fluid potential are important. The former is commonly described by the 12-6 Lennard-Jones equation, while the solid-fluid potential requires the summation of all interactions between adsorbate molecule and all solid atoms in the surface. The second major aim of the project is to obtain the solid-fluid potential for a finite rectangular and disk shape patches. Under certain conditions these potentials become intermediate, and the major achievement of this project is to derive the limits of these equations, resolving the issue of intermediate problem. For future works, the developed solid-fluid model should be implemented into the simulation"

"Gas karbon dioksida atau CO2 merupakan salah satu bagian dari kelompok gas yang menjadi kontributor utama efek rumah kaca dan pemanasan global dimana emisinya yang semakin meningkat di setiap pergantian tahun dan tingkat konsentrasinya yang sudah sangat tinggi sejak beberapa dasawarsa yang lalu berpotensi memicu perubahan iklim dunia. Antara langkah mitigasi yang dilakukan terhadap isu ini adalah dengan melakukan kegiatan carbon capture atau memerangkap gas CO2. Proses adsorpsi gas merupakan salah satu caranya dan melalui penelitian ini akan dijelaskan tentang simulasi dalam skala molekular untuk memerhatikan proses penyerapan gas CO2 pada material yang berpotensi sebagai adsorben. Material yang di dalam penelitian ini adalah jaringan logam organik atau Metal Organic Framework. Terdapat beberapa variabel yang dikendalikan dalam simulasi ini yaitu antaranya volume MOF, temperatur serta tekanan adsorbat yaitu gas CO2. Perangkat lunak utama yang digunakan untuk proses simulasi pada penelitian ini adalah LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator). Metode simulasi molekuler yang digunakan adalah dinamika molekuler dan Grand Canonical Monte Carlo(GCMC). Hasil dari simulasi ini kemudiannya akan dibandingkan dengan hasil percobaan secara eksperimen untuk melihat tren dari kegiatan adsorpsi yang berlaku pada material yang sama. Simulasi ini dilakukan dengan bantuan beberapa perangkat lunak lain yang diintegrasikan dalam proses persiapan, eksekusi dan pengolahan data.

---

Carbon dioxide or CO2 gas is one of the greenhouse gases that causes the global warming phenomenon. Based on observational data from various environmental organizations and agencies, the amount and concentration of CO2 gas in the earth's atmosphere have been increasing annually. Therefore, preventive measures to maintain the safe concentration of CO2 gas should be more carried out more often. One of them is by doing the carbon capture activities or trapping CO2 gas by adsorption. This research explained about simulation on a molecular scale to observe the adsorption process of CO2 gas in materials that have the potential to act as an adsorbent. The material used to in this study is the Bio- Metal Organic Framework. There are several variables that were controlled in this simulation, including MOF volume, adsorbate’s temperature and pressure. The results of this simulation will then be compared with the experimental results to see the trend of adsorption activity that applies to the same material. This simulation is carried out with the help of several software which are integrated in the process of data preparation, simulation, and data processing. The software which author used for this research is mainly the LAMMPS or (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)."

"Sungkai (Peronema canescens Jack.) merupakan salah satu tanaman yang banyak digunakan sebagai tanaman obat tradisional oleh masyarakat. Secara geografis, sungkai tersebar di kawasan Malaysia, Sumatera, Kalimantan, Banten, dan Jawa Barat. Senyawaan yang terdapat pada daun sungkai diduga dapat mengaktifkan sistem pertahanan tubuh sehingga respon imunitas tubuh terhadap penyakit menjadi lebih meningkat. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis metabolom ekstrak daun sungkai dari wilayah Lampung, Banten, dan Jawa Barat, serta memprediksi bioaktivitas senyawa ekstrak daun sungkai sebagai imunostimulan melalui simulasi molekuler. Analisis profil metabolit dengan LC-MS dan analisis multivariat dengan PLS-DA digunakan untuk mengetahui profil metabolit sampel daun sungkai dan mendapatkan gambaran adanya pengelompokan atau pemisahan sampel daun sungkai. Simulasi molekuler terdiri dari analisis jejaring farmakologi, molecular docking, dan molecular dynamics untuk mengidentifikasi interaksi senyawa aktif daun sungkai dengan protein target imunostimulan. Analisis metabolomik ekstrak daun sungkai mengidentifikasi senyawa penanda utama pada semua sampel dari wilayah Lampung, Banten, dan Jawa Barat, yaitu Peronemin A3, Peronemin B1, dan Peronemin B3. Berdasarkan analisis jejaring farmakologi dan uji molecular docking in silico, ketiga senyawa tersebut berpotensi sebagai agen imunostimulan karena berinteraksi dengan protein target dan memiliki nilai energi bebas pengikatan yang lebih kecil dibandingkan ligand alami pada reseptor IL6 dan PPARG. Analisis metabolomik juga mengidentifikasi senyawa penanda spesifik yang berperan dalam memberikan informasi untuk membedakan asal geografis sampel. Sampel dari wilayah Lampung memiliki senyawa penanda flavonoid, sampel dari wilayah Jawa Barat memiliki senyawa penanda triterpenoid, sedangkan sampel dari wilayah Banten tidak memiliki senyawa penanda. Senyawa aktif daun sungkai yang menjadi penanda untuk wilayah Lampung yaitu 5,7-Dihydroxy-4',6-dimethoxyflavone atau pectolinarigenin, sedangkan senyawa aktif daun sungkai yang menjadi penanda untuk wilayah Jawa Barat yaitu (22E,24R)-Stigmasta-4,22,25-trien-3-one. Kedua senyawa penanda tersebut memiliki potensi sebagai agen imunostimulan karena berinteraksi dengan protein target dan memiliki nilai energi bebas pengikatan yang sedikit lebih kecil dibandingkan ligand alami pada reseptor IL6 dan PPARG berdasarkan analisis jejaring farmakologi dan uji molecular docking in silico. Penelitian ini menunjukkan bahwa kajian metabolomik yang dipadupadankan dengan simulasi molekuler berhasil mengungkap potensi daun sungkai sebagai kandidat produk alami, terutama agen imunostimulan

---

Sungkai (Peronema canescens Jack.) belonging to the Lamiaceae family, is one of the widely used medicinal plants by the community. Geographically, sungkai is distributed in the regions of Malaysia, Sumatra, Kalimantan, Banten, and West Java. The compounds found in sungkai leaves are speculated to activate the body's defense system, thus potentially enhancing the immune response to diseases. This study aims to analyze the metabolome of Sungkai leaf extracts from the regions of Lampung, Banten, and West Java, and to predict the bioactivity of the compounds in the Sungkai leaf extract as immunostimulants through molecular simulations. Metabolite profiling using LC-MS and multivariate analysis with PLS-DA were conducted to determine the metabolite profile of Sungkai leaf samples and to explore the potential grouping or segregation among the samples. Molecular simulations consists of network pharmacology analysis, molecular docking, and molecular dynamics to identify the interactions of active compounds in sungkai leaves with potential target proteins involved in immunostimulant activity. Metabolomic analysis of sungkai leaf extract identifies key marker compounds in all samples from the regions of Lampung, Banten, and West Java, namely Peronemin A3, Peronemin B3, and Peronemin B1. Based on network pharmacology analysis and in silico molecular docking tests, these three compounds have potential as immunostimulant agents due to their interaction with target proteins and lower free binding energy values compared to native ligands on IL6 and PPARG receptors. Metabolomic analysis also identified specific marker compounds that provide information to distinguish the geographical origin of the samples. Samples from the Lampung region contain flavonoid marker compounds, samples from the West Java region contain triterpenoid marker compounds, while samples from the Banten region do not have marker compounds. The active compound in sungkai leaves that serves as a marker for the Lampung region is 5,7-Dihydroxy-4',6-dimethoxyflavone or pectolinarigenin, while the active compound in sungkai leaves that serves as a marker for the West Java region is (22E,24R)-Stigmasta-4,22,25-trien-3-one. Both marker compounds have potential as immunostimulant agents because they interact with target proteins and have slightly lower free binding energy values compared to native ligands on IL6 and PPARG receptors based on network pharmacology analysis and in silico molecular docking tests. This study demonstrates that the combination of metabolomic profiling with molecular simulations successfully reveals the potential of sungkai leaves as candidates for natural products, especially immunostimulant agents."