Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"DNA Sequencing by Hybridization (DNA SBH) adalah suatu proses pembentukan barisan nukleotida suatu rantai DNA dari kumpulan fragmen yang disebut spektrum. Spektrum tersebut diperoleh dari proses biokimia yang disebut hibridisasi. DNA SBH dapat dipandang sebagai masalah optimisasi yang dapat diselesaikan dengan menggunakan algoritma genetik. Prinsip kerja algoritma genetik berdasarkan pada teori evolusi Charles Darwin. Pada skripsi ini akan dibahas penerapan kinerja algoritma genetik pada DNA SBH. Terdapat tiga tahapan penting dalam algoritma genetik, yakni proses seleksi, crossover, dan mutasi. Jenis metode yang digunakan pada proses seleksi, crossover, dan mutasi secara berturut-turut adalah metode yang merupakan kombinasi antara roulette wheel dan deterministic, structured crossover, dan swap mutation. Kinerja algoritma genetik akan diuji dengan menggunakan data dari Gen Bank dan masalah DNA SBH yang dibuat secara acak. Selain itu juga akan dilihat pengaruh perubahan nilai probabilitas crossover (c) dan probabilitas mutasi (m) terhadap kinerja algoritma genetik untuk DNA SBH. Berdasarkan hasil percobaan diperoleh bahwa algoritma genetik cukup baik digunakan pada DNA SBH. Selain itu, perubahan nilai probabilitas crossover (c) dan probabilitas mutasi (m) ternyata mempengaruhi kinerja algoritma genetik dalam memperoleh solusi."

"Mukormikosis adalah infeksi jamur yang disebabkan jamur ordo Mucorales. Diantara genus yang tergabung dalam ordo Mucorales, Rhizopus sp. merupakan genus yang paling sering menyebabkan infeksi (70%) dan diikuti genus Mucor serta Lichtheimia. Tujuan penelitian ini adalah mengembangkan diagnosis mukormikosis pada jaringan biopsi berbasis molekular. Sebanyak 17 sampel jaringan uji yang akan diisolasi untuk mendapatkan DNA jamur menggunakan KIT QIAGEN dengan menggunakan tiga pasang primer (ITS1-4, ITS1-2 dan ITS86-4). Hasil penelitian didapatkan bahwa identifikasi jamur Mucorales dari regio ITS dapat dilakukan pada sampel jaringan. Dari ketiga primer tersebut, ITS1- 4 hanya berhasil amplifiaksi (6/17) atau 35% sampel uji dan pada primer ITS1-2 dan ITS86-4 dapat teramplifikasi dengan baik pada semua jaringan. Ketiga primer tersebut dapat digunakan dalam penegakan diagnosis mukormikosis berbasis molekular, dan primer terbaik dalam identifikasijamur Mucorales adalah ITS1- ITS2 dan ITS86-ITS4. Identifikasi berbasis molekular lebih baik dari pada metode konvensional (KOH dan kultur).

---

Mucormycosis is a fungal infection caused by fungi of the ordo Mucorales. Among thegenera belonging to the ordo Mucorales, Rhizopus sp. is the genus that most often causes infection (70%) and is followed by the genera Mucor and Lichtheimia. The aim of this study was to develop a diagnosis of mucormycosis in molecular- based biopsy tissue. A total of 17 test tissue samples will be isolated to obtain fungal DNA using the QIAGEN KIT using three pairs of primers (ITS1-4, ITS1- 2, and ITS86-4). The results showed that the identification of Mucorales fungi from the ITS region could be carried out on tissue samples. Of the three primers, ITS1-4 only succeeded in amplification (6/17) or 35% of the test sample, and ITS1- 2and ITS86-4 primers were amplified well in all tissues. These three primers can be used in themolecular-based diagnosis of mucormycosis, and the best primers for the identification of Mucorales fungi are ITS1-ITS2 and ITS86-ITS4. Molecular-based identification is better than conventional methods (KOH and culture)."

"A rapid and simple to amplify genomic DNA sequences nanking mini-Tn5 transposon insertion was developed....."

"ABSTRAKHiperbilirubinemia tidak terkonjugasi merupakan kondisi dimana kadar total serum bilirubin (TSB) lebih dari sama dengan 5 mg per dL dan biasanya terjadi pada 60% bayi sehat lahir cukup bulan dan 80% bayi lahir kurang bulan. Kadar TSB yang meningkat hingga 20-25 mg per dL dapat menyebabkan gangguan neurologis (kernikterus) karena fraksi bebas bilirubin tidak terkonjugasi dapat melewati sawar darah otak. Peningkatan kadar bilirubin tidak terkonjugasi dapat disebabkan oleh peningkatan sirkulasi enterohepatik. Mikrobiota pencernaan memiliki peran penting dalam menurunkan sirkulasi enterohepatik dengan mereduksi bilirubin tidak terkonjugasi menjadi urobilinogen yang selanjutnya akan dimetabolisme tubuh. Profil mikrobiota pencernaan neonatus memiliki asosiasi dengan risiko perkembangan hiperbilirubinemia. Informasi mengenai profil mikrobiota pencernaan neonatus dengan hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi pada populasi di Indonesia masih langka. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mendapatkan gambaran awal profil mikrobiota pencernaan dari mekonium neonatus dengan hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo (RSCM). Penelitian observasional dengan pendekatan cross sectional dilakukan dengan memilih sebanyak masing-masing 3 sampel neonatus dengan total serum bilirubin ³ 5 mg/dL dan < 5 mg/dL serta dilahirkan pada periode Februari-Maret 2019. Mekonium neonatus dikultur secara mikrobiologi pada medium selektif dan nonselektif kemudian dilakukan identifikasi media selektif, morfologi koloni, mikroskopik, dan molekuler dengan Polymerase Chain Reaction-16s rRNA Sanger Sequencing (PCR-sequencing). Data klinis neonatus diperoleh dengan pencatatan rekam medik di RSCM. Profil mikrobiota terkulturkan dari mekonium neonatus dengan hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo terdiri dari filum Firmicutes yang didominasi oleh genus Staphylococcus (50%) diikuti oleh Bacillus (37,5%) dan Enterococcus (12,5%) sedangkan neonatus normal terdiri dari filum Firmicutes yang didominasi oleh genus Staphylococcus (58,34%) diikuti oleh Bacillus (25%), Streptococcus (8,33%), dan Enterococcus (8,33%). Profil mikrobiota mekonium neonatus dengan hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi dan normal didominasi oleh genus Staphylococcus (anaerob fakultatif) yang berpotensi sebagai patogen. Profil mikrobiota mekonium neonatus dengan hiperbilirubinemia tidak terkonjugasi (TSB ³ 5 mg/dL) memiliki keberagaman lebih rendah dibandingkan neonatus normal (TSB < 5 mg/dL) khususnya neonatus dengan metode persalinan caesar.

---

ABSTRACTUnconjugated hyperbilirubinemia is a condition where total serum bilirubin (TSB) levels are greater than or equal to 5 mg per dL and usually affects up to 60% healthy term neonates and 80% preterm neonates. Increased TSB levels up to 20-25 mg per dL can cause neurological disorders (kernicterus) because the free fraction of unconjugated bilirubin can cross the blood-brain barrier. Increased unconjugated bilirubin concentration is due to increased enterohepatic circulation. Gut microbiota has an important role in reducing the enterohepatic circulation by transforming unconjugated bilirubin to urobilinogen which will be metabolized by the body. The neonates gut microbiota profile is associated with the risk of hyperbilirubinemia. Information regarding gut microbiota profile of neonates with unconjugated hyperbilirubinemia in Indonesian population is scarce. The purpose of this study was to get a preliminary description of gut microbiota profile from neonates meconium with unconjugated hyperbilirubinemia at Cipto Mangunkusumo Hospital (RSCM). Observational study with the cross-sectional design was conducted by selecting 3 samples each from neonates with TSB ³ 5 mg/dL and < 5 mg/dL and born in February-March 2019. Neonates meconium was cultured microbiologically on selective and nonselective media and identified based on selective media, morphology, microscopy, and molecular by Polymerase Chain Reaction-16s rRNA Sanger Sequencing (PCR-sequencing). Clinical data of neonates were obtained from the medical record at RSCM. Cultured microbiota profiles from neonates meconium with unconjugated hyperbilirubinemia consisted of Firmicutes which was dominated by Staphylococcus (50%) followed by Bacillus (37,5%) and Enterococcus (12,5%) whereas normal neonates meconium consisted of Firmicutes which was dominated by Staphylococcus (58,34%) followed by Bacillus (25%), Streptococcus (8,33%), and Enterococcus (8,33%). Microbiota profiles from neonates meconium with and without unconjugated hyperbilirubinemia were dominated by Staphylococcus (facultative anaerobe) with pathogenic potential. The meconium microbiota profile of neonates with unconjugated hyperbilirubinemia (TSB ³ 5 mg/dL) had lower diversity than normal neonates (TSB < 5 mg/dL), especially cesarean-born infants."

"ABSTRAKGen Maturase-K (matK) merupakan gen yang terdapat pada kloroplas. matK digunakan sebagai penanda untuk melihat variasi genetik kakao Trinitario dan Forastero asal Indonesia dan introduksi. Sampel kakao yang digunakan dalam penelitian adalah Sul-1, MCC-01, dan Pa-191 yang merupakan varietas Forastero serta HJ-5 dan PB-1 yang merupakan Trinitario. Hasil penelitian menunjukkan urutan basa nukleotida daerah matK pada kelima sampel berhasil diketahui dan terdapat perbedaan basa nukleotida daerah matK yang diamplifikasi dengan primer mac02 pada sampel Sul-1 dan Pa-191 dan dengan primer mac09 pada sampel PB-1. Data yang diperoleh dibentuk menjadi dendogram yang menunjukkan bahwa terjadi pengelompokkan antara kakao varietas Trinitario dan Forastero.

---

ABSTRACTMaturase-K gene (matK) is a gene found in chloroplast. The matK used as a marker to determine genetic variation of Indonesian’s Trinitario and Forastero cacao and cacao’s introduced from England. Samples of cacao used in the study are Sul-1, MCC-01, and Pa-191 grouped as Forastero and HJ-5 and PB-1 grouped as Trinitario. The results of research showed that matK’s sequence of the five samples has successfully identified and there were variations in nucleotides sequence of matK which were amplified by mac02 primer on Sul-1 and Pa-191 and by mac09 primer on PB-1. Subsequently, the data obtained were formed into dendogram grouped between Trinitario and Forastero."

"Suhu permukaan bumi umumnya berbeda sesuai lokasi geografis, salah satunya dipengaruhi oleh ketinggian wilayah. Wilayah Universitas Indonesia UI terletak pada ketinggian 50--140 m dpl dengan suhu rata-rata 28,6 C, sementara wilayah Kebun Raya Cibodas KRC terletak pada ketinggian 1.300--1.425 m dpl dengan suhu rata-rata 20,06oC. Perbedaan suhu diduga dapat memengaruhi respons tumbuhan seperti ekspresi gen heat shock protein Hsp 70. Penelitian bertujuan untuk mengetahui ekspresi gen Hsp70 pada Emilia sonchifolia dan Sphagneticola trilobata yang berasal dari UI dan KRC.Penelitian dilakukan dengan mengisolasi RNA dari daun muda Emilia sonchifolia dan Sphagneticola trilobata UI dan KRC, diubah menjadi complementary DNA cDNA dengan tektik reverse transcription, dan diamplifikasi dengan teknik polymerase chain reaction PCR menggunakan primer Hsp70 Arabidopsis thaliana.Hasil amplifikasi kemudian di-sequencing dan dianalisis dengan teknik in-silico. Hasil amplifikasi menunjukkan bahwa terdapat produk parsial gen Hsp70. Penyejajaran urutan basa nukleotida antara keempat sampel yang diteliti dengan gen Hsp70 dari spesies referensi Arabidopsis thaliana menunjukkan adanya kesamaan secara parsial, dan perbedaan satu basa nukleotida posisi ke-65 yang tidak berpengaruh pada perubahan asam amino. Hasil penelitian mengindikasikan bahwa gen Hsp70 terekspresi pada Emilia sonchifolia dan Sphagneticola trilobata yang tumbuh di UI dan KRC.

---

The temperature of earth surface is generally different according to geographical location, one of which is influenced by the altitude. Universitas Indonesia UI is located at an altitude of 50 140 m amsl with an average temperature of 28.6 C, while Kebun Raya Cibodas KRC located at an altitude of 1.300 1.425 m amsl with an average temperature of 20,06 C. Temperature differences are thought to affect plant responses, such as the expression of heat shock protein Hsp 70 genes. The research aims to find out the expression of Hsp70 genes on Emilia sonchifolia and Sphagneticola trilobata derived from UI and KRC.

The study was conducted by isolating RNA from young leaves of Emilia sonchifolia and Sphagneticola trilobata collected from UI and KRC, then converted into complementary DNA cDNA. The cDNA product was further amplified by polymerase chain reaction PCR using Hsp70 Arabidopsis thaliana primer. The amplification products then sequenced and analyzed by in silico techniques.

The results of amplification show that there is partial product of the Hsp70 gene. The sequencing results show a nucleotide variation in the 65th base which has no effect on amino acid changes. The results indicate Hsp70 gene is expressed in Emilia sonchifolia and Sphagneticola trilobata grown in UI and KRC."

"ABSTRACTPurpose: Duodenal adenoma and adenocarcinoma (AC) are rare tumors, and few studies have examined their genetic features. We aimed to determine the key genetic changes in duodenal adenoma and AC, and to clarify the possible involvement of the adenoma-carcinoma sequence in duodenal tumor carcinogenesis.Methods: Nineteen duodenal tumors collected by endoscopic mucosal resection or surgical resection were classified as AC, adenoma with high-grade dysplasia (HGD), or adenoma with low-grade dysplasia (LGD) per the World Health Organization tumor classification. When a tumor contained two or more components with different dysplasia grades, the highest grade was assigned as the tumor grade. Representative areas of these components with different grades were microdissected and evaluated by a genomic analysis. Mutational hotspots involving 50 oncogenes and tumor suppressor genes were analyzed by next-generation sequencing, and their association with the dysplasia grade was investigated.Results: We analyzed 27 tumor components of AC or adenoma, with 11 normal mucosal samples obtained from 19 patients with duodenal tumors. The most prevalent abnormality among 50 genes tested was the KRAS mutation, which was detected in 12/19 (63.2%) patients, followed by APC and TP53 mutations (47.4 and 36.8%, respectively). According to the tumor dysplasia grading of each component, KRAS mutations were found in 5/8 (62.5%) tumors with AC components, 6/9 (66.7%) tumors with HGD components, and 3/10 (30.0%) tumors with LGD components. TP53 mutations were found in 4/8 (50.0%) tumors with AC components, 3/9 (33.3%) tumors with HGD components, and 1/10 (10.0%) tumors with LGD components. APC mutations were found in 2/8 (25.0%) tumors with AC components, 6/9 (66.7%) tumors with HGD components, and 5/10 (50.0%) tumors with LGD components. Notably, an APC:T1556fs mutation was detected in six cases (31.6%), five of which were adenoma cases. Furthermore, STK11 mutations were confirmed in 2/8 (25.0%) AC cases and in 1/11 (9.1%) adenoma cases.Conclusion: APC:T1556fs and STK11 mutations found in duodenal adenomas/ACs highlight the importance of proteins encoded by these genes in tumor development. APC mutations were identified in duodenal adenomas more frequently than in duodenal ACs, which differed from the observations of typical adenoma-carcinoma sequences seen in colorectal cancer, suggesting the limited involvement of this mechanism in duodenal cancer development."