Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kandidiasis invasif yang disebabkan oleh Candida krusei merupakan salah satu penyebab kematian dengan angka kematian yang tinggi. Terjadinya resistansi terhadap flukonazol dilaporkan terkait dengan gen penanda resistansi intrinsik. Data epidemiologi molekular dengan Whole Genome Sequencing (WGS) yang mengidentifikasi gen dan varian yang terkait virulensi dan resistansi obat Candida krusei belum pernah dilaporkan di Jakarta, maupun di Indonesia. Berdasarkan permasalahan di atas, dilakukan penelitian lebih lanjut untuk menentukan profil gen resistansi dengan metode Whole Genome Sequencing. Hasil pemetaan MLST diperoleh ada 6 housekeeping gen yaitu ADE2, HIS3, LEU2, LYS2D, NMT1 dan TRP1. Berdasarkan hasil variant calling ditemukan beberapa gen yang berperan dalam resistansi yaitu ERG11 dan FKS1. Mutasi yang ditemukan meliputi missense, synonymous, stop gain dan indel. Sebagian besar adalah varian mutasi missense dan synonymous. Pola kepekaan Candida krusei dengan metode difusi cakram sebagian besar terdiri dari isolat yang resisten dan sensitif terhadap beberapa antijamur seperti flukonazol, itrakonazol, ketonazol, amfoterisin B, nistatin, vorikonazol dan mikonazol.

---

Invasive candidiasis caused by Candida krusei is one of the causes of death with a high mortality rate. The occurrence of resistance to fluconazole is reported to be related to intrinsic resistance marker genes. Molecular epidemiological data related to Whole Genome Sequencing (WGS) that identify genes and variants associated with Candida krusei virulence and drug resistance have never been reported in Jakarta, nor in Indonesia. Based on the problems above, further research was carried out to determine the resistance gene profile using the Whole Genome Sequencing method. The results of the MLST mapping showed that there were 6 housekeeping genes namely ADE2, HIS3, LEU2, LYS2D, NMT1, and TRP1. Based on the results of variant calling, several genes that play a role in resistance were found, namely ERG11 and FKS1. The mutations found include missense, synonymous, stop gain, and indel. Most are missense and synonymous mutation variants. The sensitivity pattern of Candida krusei by disc diffusion method mostly consisted of isolates that were resistant and sensitive to several antifungals such as fluconazole, itraconazole, ketoconazole, amphotericin B, nystatin, voriconazole, and miconazole."

"Latar Belakang: Terdapat peningkatan angka kejadian sepsis pada populasi pediatrik. Bakteri batang Gram negatif merupakan mikroorganisme penyebab terbanyak sepsis pada pediatrik. Studi dari berbagai negara melaporkan terdapat peningkatan angka resistansi bakteri batang Gram negatif namun laporan dari negara berpenghasilan rendah seperti Indonesia masih kurang. Penelitian ini melakukan pemeriksaan fenotipik dan genotipik untuk mengetahui prevalensi bakteri batang Gram negatif resistan multiobat pada pasien pediatrik dengan diagnosis sepsis di RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo pada tahun 2020.Metode: Studi cross-sectional ini dilakukan Februari hingga Oktober 2020 dengan subjek penelitian pasien pediatrik dengan diagnosis kerja sepsis yang dirawat di RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo tahun 2020 yang memenuhi kriteria inklusi dan eksklusi. Masing-masing subjek dilakukan pengambilan spesimen darah 2 lokasi. Organisme diidentifikasi dan uji kepekaan dengan mesin VITEK-2 dan pemeriksaan molekular dengan Hybridspot-12. Data rekam medis pasien dikumpulkan untuk mencari faktor yang memengaruhi sepsis akibat bakteri batang Gram negatif resistan multiobat.Hasil Penelitian: Didapatkan 94 spesimen darah dari 47 subjek penelitian dengan prevalensi bakteri batang Gram negatif resistan multiobat sebesar 14,9% (7/47). Patogen Gram negatif yang ditemukan adalah Klebsiella pneumonia sebesar 12,8% (6/47) dan Enterobacter cloaceae 2,13% (1/47). Studi ini mendeteksi gen ESBL yang terdiri dari 13 CTX-M dan 8 SHV serta gen karbapenemase yang terdiri dari 12 NDM dan 1 GES. Dari delapan faktor yang dianalisis bivariat didapatkan lama hari rawat sebelum pengambilan spesimen (p= 0,02) dan asal ruang perawatan pasien (p= 0,04) sebagai faktor yang berhubungan dengan infeksi bakteri batang Gram negatif resistan multiobat.Kesimpulan: Pada studi ini, bakteri batang Gram negatif resistan multiobat merupakan patogen penyebab sepsis terbanyak pada pediatrik. Program pengendalian infeksi dan pengendalian resistansi antibiotik perlu digalakkan untuk membatasi transmisi dan kejadian mikroba resistan multiobat.

---

Background: There is an increasing incidence of sepsis in the pediatric population. Gram-negative rods are the most common cause of pediatric sepsis. Studies from various countries report an increase in the resistance rate of Gram-negative rods but reports from low-income countries such as Indonesia are still lacking. This study carried out phenotypic and genotypic examinations to determine the prevalence of multidrug-resistant Gram-negative bacteria in pediatric patients with a diagnosis of sepsis at RSUPN dr. Cipto Mangunkusumo in 2020.

Method: This cross-sectional study was conducted from February to October 2020. Each subject took blood specimens at 2 locations. Organisms were identified and susceptibility assayed with the VITEK-2 machine and molecular assay with Hybridspot-12. Data from pediatric patients with a working diagnosis of sepsis who met the inclusion and exclusion criteria were assessed for factors that influence sepsis due to multidrug-resistant Gram-negative bacteria.

Results: Among 47 patients, 94 blood specimens were obtained. Prevalence of multidrug-resistant Gram-negative bacteria was 14.9% (7/47). The pathogen found were Klebsiella pneumonia by 12.8% (6/47) and Enterobacter cloacae 2,13% (1/47). This study detected an ESBL genes consisting of 13 CTX-M and 8 SHV and carbapenemase genes consisting of 12 NDM and 1 GES. Of the eight factors analyzed, the length of hospitalization before specimen collection (p = 0.02) and the patient’s ward (p = 0.04) were factors associated with multidrug-resistant Gram-negative bacterial infection.

Conclusion: In this study, multidrug-resistant Gram-negative rods were the most common pathogen causing sepsis in pediatrics. Infection control and antibiotic resistance control programs need to be promoted to limit the transmission and development of multidrug-resistant organisms."

"Studi keragaman genetik dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan bakteri asam laktat indigenos Indonesia yang memiliki kemampuan resistansi terhadap chloramphenicol dan erythromycin. Hasil uji resistansi menunjukkan bahwa isolat DH1, DH7, dan S34 resistan terhadap chloramphenicol (5 μg/ml), sedangkan isolat T8 resistan terhadap erythromycin (15 μg/ml). Isolat D2, S23, dan T8 diketahui resistan terhadap kombinasi chloramphenicol dan erythromycin (1 μg/ml).Analisis BLAST menunjukkan bahwa isolat bakteri asam laktat terdiri atas Lactobacillus plantarum, L. fermentum, Pediococcus acidilactici, dan P. pentosaceus. Analisis pohon filogenetik diketahui bahwa isolat D2, S12, S34, T3, dan T8 memiliki kekerabatan yang dekat dengan L. plantarum. Isolat R31 dan DH1 memiliki kekerabatan yang dekat dengan L. fermentum. Isolat LK14, S23, R24, DH7,DS13, GR3, HB3 memiliki kekerabatan yang dekat dengan genus Pediococcus.

---

Study on genetic diversity was useful to determine the kinship of Indigenous Indonesia lactic acid bacteria which have the capability of resistance to chloramphenicol and erythromycin. The resistance test showed isolates DH1, DH7, and S34 that were resistant to chloramphenicol (5 μg/ml), whereas T8 was resistant to erythromycin (15 μg/ml). Isolates D2, S23, and T8 were remain resistant to the combination of chloramphenicol and erythromycin (1 μg/ml).

The results of BLAST analysis showed that there were four different species of lactic acid bacteria, such as Lactobacillus plantarum, L. fermentum, Pediococcus acidilactici, and P. pentosaceus. The results of phylogenetic trees analysis showed that isolates D2, S12, S34, T3, and T8 have a close kinship with L. plantarum, whereas isolates R31 and DH1 have a close kinship with L. fermentum. Moreover, isolates LK14, S23, R24, DH7, DS13, GR3, HB3 have a close kinship to the genus Pediococcus."