Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Peningkatan ekspresi gen Sox2 dan c-Myc telah dilaporkan memiliki korelasi dengan tingkat keparahan kanker payudara. Sox2 dan c-Myc merupakan faktor transkripsi utama yang berperan dalam proses diferensiasi sel punca kanker. Penelitian ini bertujuan mengkonstruksi gen penyandi pluripotensi Sox2 dan c-Myc ke dalam sel inang Escherichia coli DH5α dengan menggunakan plasmid pET101/D-TOPO. Prinsip kloning yang dilakukan adalah dengan mengklon DNA binding domain dari gen Sox2 dan c-Myc. Untuk mendapatkan DNA Sox2 dan c-Myc, dilakukan reverse-transcriptase polymaerase chain reaction (RT-PCR) dengan menggunakan template mRNA dari sel punca kanker payudara serta aplifikasi dengan PCR untuk mendapatkan fragmen DNA dalam jumlah banyak. Forward primer dan reverse primer yang digunakan dirancang dengan menggunakan data dari NCBI GenBank dan UNIPROT serta program Serial Cloner dan PerlPrimer. Sebelum dikloning, dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis dengan menggunakan BLAST. Fragmen DNA diligasi berdasarkan prinsip penambahan empat basa pada forward primer (CACC) yang overhang terhadap ujung 5' vektor kloning (GTGG). Hasil ligasi ditransformasi menggunakan metode secara kimia dengan CaCl2 dan heat shock. Koloni yang tumbuh direplika dan dilakukan isolasi plasmid. Hasil PCR plasmid rekombinan menunjukkan bahwa gen Sox2 dan c-Myc berhasil disisipkan ke dalam vektor.

---

Increase in Sox2 and c-Myc gene expression have been reported to correlate with the severity of breast cancer. Sox2 and c-Myc is the major transcription factor in the process of stem cell differentiation. The objective of this study is to construct the gene coding of pluripotency, Sox2 and c-Myc, into Escherichia coli DH5α host cell by using the pET101/D-TOPO vector. The cloning principle is to clone the binding site domain of Sox2 and c-Myc. In order to get the Sox2 and c-Myc DNA, reverse-transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) was carried out using mRNA template from breast cancer stem cell and amplification using PCR to obtain DNA fragment in large quantities. Forward primer used were designed using the data from NCBI GenBank and UNIPROT with Serial Cloner and PerlPimer program. Sequencing was carried out before the cloning process. The sequencing result were analyzed using BLAST. DNA frgament was ligated using principle of four base addition to the forward primer (CACC) which overhang in the 5' and of cloning vector (GTGG). The ligation product was transformed using the chemical method with CaCl2 and heat shock. The colonies were replicated and the plasmid was isolated. The result showed that Sox2 and c-Myc was successfully inserted into the vector."

"Oct-4 dan Klf4 merupakan dua gen penyandi pluripotensi yang terdapat pada manusia. Kedua gen tersebut dapat dideteksi pada mRNA sel kanker manusia dengan menggunakan rancangan primer spesifik pada metode RT-PCR. Proses RT-PCR akan mengubah mRNA menjadi cDNA yang kemudian hasilnya dilakukan purifikasi dari gel agarosa. Hasil purifikasi gel agarosa diamplifikasi dengan PCR. Selanjutnya, dilakukan proses sekuensing untuk memeriksa keakuratan sekuen gen yang nantinya akan dikloning. Hasil sekuensing dianalisis dengan BLASTN untuk pencarian homologi pada database asam nukleat. Ligasi dilakukan menggunakan vektor pET101/D-TOPO®. Rancangan primer yang spesifik dan penambahan basa CACC ATG pada primer forward merupakan syarat untuk melakukan ligasi DNA ke vektor pET101/D-TOPO®, dimana proses ligasi ini tidak menggunakan enzim ligase. Selanjutnya, produk hasil ligasi ditransformasi ke inang Escherichia coli DH5α yang selnya sudah dibuat kompeten dengan metode heat shock. Koloni yang tumbuh di media LB agar dengan ampisilin diisolasi untuk mendapatkan plasmid yang selanjutnya dianalisis dengan menggunakan teknik PCR. Vektor plasmid yang terdapat pada E.coli DH5α kompeten mengandung sisipan gen Oct-4 dan Klf4.

---

Oct-4 and Klf4 are two genes coding of pluripotency in human. Both of the genes can be detected in human cancer cell mRNA by using specifically designed primers in RT-PCR method. RT-PCR process changed the mRNA into cDNA. The result from this process was purified from agarose gel fragment and amplified by PCR method. Then, sequencing of the purified products were done and analyzed using BLASTN feature in NCBI site to search the homology of the sequence compared to the sequences in nucleic acid database. The vector used in ligation process was pET101/D-TOPO® vector. Specifically designed primers and adding CACC ATG base in the beginning of forward primer are the requirements of using this vector. The ligation process using this TOPO® vector does not require the presence of DNA ligase. The next process is transformation by using the heat shock method. Ligation product is transformed into competent Escherichia coli DH5α host. Colonies that grows in LB agar media with ampicillin are treated by plasmid isolation protocol in order getting the plasmids for further anlysis using PCR method. The result from PCR analysis shows that the plasmids in competent E.coli DH5α contain Oct-4 and Klf4 inserts."

"ABSTRAKSampah medis berupa prepusium sangatlah mudah di peroleh di Indonesia. Sel-selyang di dapat dari enam sampel di duga memiliki kapasitas pluripotensi dan dapatberdiferensiasi ke lini lain untuk pengobatan secara medis. Pada experiment ini, selkeratinosit di peroleh dari epidermis prepusium, sel tersebut di ambil mengunakanlarutan enzymatik dispase dan tripsin masing-masing di inkubasi semalaman dengansampel. Kemudian sel-sel tersebut di kultur dengan DMEM tinggi glukosa untukmeningkatkan jumlah sel. Setelah di kultur, sel-sel tersebut di ambil untukpengecekan immunositokimia (ISK) Oct-4, hal ini di karenakan Oct-4 adalahpenanda kapasitas pluripotensi. Sample lainnya tetap di kultur untuk eksperimenkonfluensi/differensiasi spontan selama 14 hari. Riset ini telah sukses menggunakanmedium kultur alternatif dan berbiaya efektif untuk menkultur keratinosit. Bahanmedium tersebut yakni; DMEM tinggi glukosa, PRP 10%, heparin 1%, FBS 10%,penstrep 1%, dan fungizone 1%. Hasil dari pada ISK tersebut adalah positif parsialdengan nukleus keratinosit yang terwarnai coklat tua pada lima lapang pandangberkekuatan tinggi dari setiap sampel. Namun, analisis diferensiais spontanmenggunakan alcian blue menunjukkan hasil negative dengan tidak adanyaperubahan dari lini keratinosit ke kondrosit

---

ABSTRACTThe medical waste of preputial skin is easily obtained in Indonesia. The cells isolatedfrom six samples are expected to have pluripotency and able to differentiate to otherlineage for medical treatment. This research uses the epidermal layer of preputial skinto obtain keratinocytes, this cells are taken using dispase and trypsin solution overnightrespectively. Then, the keratinocytes are subsequently cultured using DMEM completehigh glucose to increase the number of cells. The cultured cells are then taken forimmunocytochemistry (ICC) of Oct-4, since it is the marker of pluripotency. The otherhalf of cultured samples are continued for over confluency analysis for fourteen daysto observe spontaneous differentiation. This research has successfully used analternative and cost effective culture medium for keratinocytes. It consist of DMEMhigh glucose, PRP 10%, heparin 1%, FBS 10%, penstrep 1%, and fungizone 1%. Theresult of ICC is partially positive with keratinocytes nuclear being stained dark brownin five hpf from each sample. However, spontaneous differentiation analysis usingalcian blue shows negative result of chondrogenic formation from keratinocytes"

"LatarBelakang: Keberadaan sel Oct4 pada suatu struktur merupakan indikasi adanya sel dengan kapasitas pluripoten, disebut juga sel punca pluripoten yang sedang gencar diteliti karena manfaatnya. Dalam proses pengembangan sel punca pluripoten, masih ditemukan hambatan yaitu pengisolasian sumber sel dari embryo yang dianggap kontroversial. Dengan karakteristik kulit dan pandangan sebagai material yang terbuang paska sirkumsisi, kulit prepusium diduga memiliki sel punca pada lingkungan histologinya dan dirasa bisa menjadi sumber baru yang tidak kontroversial untuk sel punca pluripoten.Metode: Sampel diambil dari sirkumsisi massal yang kemudian diolah dengan proses histoteknik dan dilakukan proses staining oleh Hematoxylin-Eosin staining dan Immunohistochemistry Oct4 staining di Laboratorium Histologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Slide sampel yang diperoleh kemudian dilakukan mikrofoto menggunakan optilab dan dianalisa.Hasil: Sel Oct4 ditemukan pada kulit prepusium. Namun sel tersebut hanya ditemukan di beberapa lokasi, yaitu kelenjar sebasea, folikel rambut, pembuluh darah, dan lapisan hipodermis dari kulit.Kesimpulan: 80 dari sampel kulit prepusium yang diambil memiliki sel Oct4 dan sel hanya di temukan pada 4 lokasi spesifik kelenjar sebasea, hair follicle, pembuluh darah dan lapisan hipodermis.

---

Background The presence of Oct4 cell in a structure indicates the presence of pluripotent cell, which popular nowadays being on researched due to its benefit. In the development of the cell, an obstacle is found such as the isolation process of the cell rsquo s source, embryonic stem cell, is considered as controversial. With its skin characteristic and views as discarded material, preputial skin expected to possessed stem cell in its histological environment and has the potential to be new source of pluripotent stem cell that is not controversial.Method Sample was taken from mass circumcision event, which then undergo histotechnique process involved the staining with Hematoxylin Eosin Staining and Immunohistochemistry Oct4 staining in Histology Laboratory, Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Sample slide that obtain then being analyzed by microphoto of the slide under the microscope.Results Oct4 cells are found in the preputial skin. However, these cell only found limited in several locations such as sebaceous gland, hair follicle, blood vessel, and hypodermis layer of the skin.Conclusion 80 of the preputial skin sample possessed the Oct4 cells and these cells are only found in 4 specific locations sebaceous gland, hair follicle, blood vessel, and hypodermis layer."

"Latar Belakang: Kanker merupakan salah satu isu kesehatan yang besar di dunia. Hal ini dapat dilihat dari angka insidensi kanker payudara yang meningkat dari 20.2 per 100,000/tahun menjadi 54.9 per 100,000/tahun pada tahun 1968 sampai dengan 1972. Magnetic Activated Cell-Sorting (MACS) merupakan teknik yang digunakan untuk mendapatkan fraksi sel induk kanker payudara, meliputi CD24-/CD44+ yang merupakan penanda pluripotensi sel tersebut. Namun, pluripotensi fraksi sel induk kanker payudara belum dipelajari secara mendalam. Oleh karena itu, riset ini bertujuan untuk menganalisa tingkat pluripotensi dari fraksi sel melalui ekspresi gen KLF4, yang merupakan co-regulator dari ekspresi master regulator pluripotensi. Metode: RNA diekstrak dari fraksi sel induk kanker payudara yang diseparasi dengan MACS. Untuk mengevaluasi tingkat pluripotensi dari fraksi-fraksi sel, digunakan metode One-Step real-time RT-PCR agar mendapatkan expresi relatif dari gen KLF4. Hasil: Ekspresi KLF4 terlihat sangat tinggi pada CD24-/CD44-, tetapi pada fraksi sel CD24-/CD44+ ekspresi gen hanya sedikit. Kesimpulan: Pada penyortiran sel pertama, fraksi CD24-/CD44- lebih bersifat pluripoten dibandingkan dengan fraksi CD24-/CD44+. Sedangkan pada penyortiran sel kedua, didapatkan bahwa fraksi CD44- dan CD44+ memiliki sifat pluripoten yang sebanding. Hal ini disebabkan oleh kesalahan pada penyortiran sel atau dikarenakan oleh pengaruh gen-gen pluripoten lain dalam mempertahankan sifat pluripotensi.

---

Background: Cancer is a major health issue in the world and it is seen in breast cancer in which the age-standardized incidence rate (ASR) had increased from 20.2 per 100,000/year between 1968 and 1972 to 54.9 per 100,000/year between 1998 and 2002. Magnetic Activated Cell-Sorting (MACS) technique is used to obtain different breast cancer stem cell (BCSC) fractions including CD24-/CD44+ cell fraction, which is the marker of pluripotent BCSCs. However, the pluripotency of these cell fractions have not been thoroughly studied. As such, this research aims to analyze the pluripotency level of these cell fractions by studying KLF4 gene expression, which is the co-regulators of expression of master regulator of pluripotency.

Method: RNA was extracted from breast cancer stem cell fractions that have been separated by MACS. To evaluate pluripotency level of the cell fractions, One- Step real-time RT-PCR was conducted to obtain the relative expression of KLF4 gene.

Results: KLF4 is highly expressed in CD24-/CD44- cell fractions but is lowly expressed in CD24-/CD44+ cell fraction.

Conclusions: In the first cell sorting, CD24-/CD44- cell fraction is more pluripotent than the CD24-/CD44+ cell fraction while in the second cell sorting, CD44- and CD44+ cell fractions have comparable pluripotency. This can be caused by either error in cell sor."