Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Oct-4 dan Klf4 merupakan dua gen penyandi pluripotensi yang terdapat pada manusia. Kedua gen tersebut dapat dideteksi pada mRNA sel kanker manusia dengan menggunakan rancangan primer spesifik pada metode RT-PCR. Proses RT-PCR akan mengubah mRNA menjadi cDNA yang kemudian hasilnya dilakukan purifikasi dari gel agarosa. Hasil purifikasi gel agarosa diamplifikasi dengan PCR. Selanjutnya, dilakukan proses sekuensing untuk memeriksa keakuratan sekuen gen yang nantinya akan dikloning. Hasil sekuensing dianalisis dengan BLASTN untuk pencarian homologi pada database asam nukleat. Ligasi dilakukan menggunakan vektor pET101/D-TOPO®. Rancangan primer yang spesifik dan penambahan basa CACC ATG pada primer forward merupakan syarat untuk melakukan ligasi DNA ke vektor pET101/D-TOPO®, dimana proses ligasi ini tidak menggunakan enzim ligase. Selanjutnya, produk hasil ligasi ditransformasi ke inang Escherichia coli DH5α yang selnya sudah dibuat kompeten dengan metode heat shock. Koloni yang tumbuh di media LB agar dengan ampisilin diisolasi untuk mendapatkan plasmid yang selanjutnya dianalisis dengan menggunakan teknik PCR. Vektor plasmid yang terdapat pada E.coli DH5α kompeten mengandung sisipan gen Oct-4 dan Klf4.

---

Oct-4 and Klf4 are two genes coding of pluripotency in human. Both of the genes can be detected in human cancer cell mRNA by using specifically designed primers in RT-PCR method. RT-PCR process changed the mRNA into cDNA. The result from this process was purified from agarose gel fragment and amplified by PCR method. Then, sequencing of the purified products were done and analyzed using BLASTN feature in NCBI site to search the homology of the sequence compared to the sequences in nucleic acid database. The vector used in ligation process was pET101/D-TOPO® vector. Specifically designed primers and adding CACC ATG base in the beginning of forward primer are the requirements of using this vector. The ligation process using this TOPO® vector does not require the presence of DNA ligase. The next process is transformation by using the heat shock method. Ligation product is transformed into competent Escherichia coli DH5α host. Colonies that grows in LB agar media with ampicillin are treated by plasmid isolation protocol in order getting the plasmids for further anlysis using PCR method. The result from PCR analysis shows that the plasmids in competent E.coli DH5α contain Oct-4 and Klf4 inserts."

"Kanker telah menjadi salah satu masalah kesehatan utama di seluruh dunia dan menyebabkan banyak kematian. Kanker dapat ditemukan di banyak organ, dan kanker payudara adalah salah satu bentuk kanker yang paling banyak ditemukan. Sel punca kanker merupakan salah satu terobosan di bidang ini, dan dianggap sebagai penyebab perkembangan dan invasi kanker. Sel punca kanker memiliki sifat pluripotensi yang mirip seperti sel punca embrio. Seperti pada sel punca Embrio, pemeliharaan pluripotensi dan ekspresi gen pluripoten mereka ditemukan dalam kondisi hipoksia. Sel punca kanker payudara CD24-/ CD44 dipelajari untuk mengamati ekspresi gen pluripotensi di kondisi hipoksia. Salah satu gen pluripotensi yang diamati adalah KLF4, yang merupakan pengatur utama gen pluripoten lainnya di jaringan pluripotensi inti NANOG, SOX2, Oct4. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pluripotensi CD24-/ CD44 melalui aktivitas KLF4 selama hipoksia. Sel punca kanker payudara CD24-/ CD44 dipaparkan kondisi hipoksia 1 O2, 5 CO2 dan kemudian RNA diisolasi untuk digunakan untuk mendeteksi gen KLF4 menggunakan qRT-PCR. Analisis ekspresi gen diperoleh dari perhitungan Ct dari qRT-PCR dengan menggunakan metode Livak. Percobaan kami menunjukkan bahwa ekspresi gen KLF4 diturunkan dalam semua sampel yang terpapar hipoksia 0.5h, 4h, 6h, 24h . Kesimpulannya, ekspresi KLF4 pada sel kanker payudara CD24-/ CD44 yang digunakan dalam penelitian ini menurun mengikuti lamanya paparan hipoksia.

---

Cancer has become one major health problem worldwide and cause so many death. Cancer can be found in many organ with breast cancer as one of the most commonly found form of cancer. Cancer stem cell is one breakthrough fInding that thought to be the cause of cancer progression and invasion. Cancer stem cells suggested to have same pluripotency property as in Embryonic Stem cells. As in Embryonic Stem cells, the maintenance of it rsquo s pluripotency and expression of their pluripotent gene are found in hypoxic condition. Breast cancer stem cells CD24 CD44 are studied to observe their expression of pluripotency gene under hypoxia condition. Such one of the pluripotency gene to be observed is KLF4, which role is as the master regulator of other pluripotent gene in core pluripotency network NANOG, SOX2, OCT4.

Therefore, this experiment is aimed to investigate CD24 CD44 pluripotency through KLF4 activity during hypoxia. Breast cancer stem cells CD44 CD24 exposed to hypoxic condition 1 O2, 5 CO2 and then the RNA isolated to be used for KLF4 gene detection using one step qRT PCR. Gene expression analysis obtained from Ct calculation from qRT PCR using Livak Method. From the experiment we found that the KLF4 gene expression was downregulated in all the sample undergo hypoxia 0.5h, 4h, 6h, 24h . In conclusion, the KLF4 expression in breast cancer cells CD24 CD44 that was used in this study was decreasing following the length of hypoxia exposure. "

"ABSTRACTBackground: Recently, stem cells have gained popularity as a regenerative therapy for degenerative diseases which is prevalent in an aging population. Based on pluripotency, Embryonic Stem Cells (ESC) are very useful for replacement therapy. However, given ethical issues and immune barriers, the possibility of using other types of stem cells such as Adipose Derived Stem Cells (ADSC) and Umbilical Cord Stem Cells (USC) are being explored. Because the pluripotency of these two cells has not been thoroughly studied, this study aims to analyze the level of pluripotency of the two types of stem cells through the expression of the KLF4 gene, the co-regulator of the pluripotence network. Methods: RNA was extracted from ADSC and USC. One-step real-time RT-PCR was performed to find the relative expression of the KLF4 gene that describes the level of pluripotency of each stem cell. Results: Relatively, KLF4 was declared higher in ADSC compared to USC. Conculsion: ADSC has a higher level of pluripotency than USC while USC must have higher pluripotency. This could be due to the role of other genes involved in nucleus tissue pluripotency.

---

ABSTRAKLatar Belakang: Belakangan ini, terapi regeneratif menggunakan sel induk menjadi sebuah terapi populer terhadap penyakit degeneratif yang lazim terpapar pada populasi lanjut usia. Berdasarkan konsep pluripotency, Embryonic Stem Cells (ESC) sangat bermanfaat untuk terapi regeneratif ini. Namun, mengingat masalah etis dan autoimun, kemungkinan menggunakan jenis sel induk lainnya seperti Adipose Derived Stem Cells (ADSC) dan Umbilical Cord Stem Cells (USC) sedang dieksplorasi. Karena pluripotency dari kedua sel ini belum dipelajari secara menyeluruh, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis tingkat pluripotency dari dua jenis sel induk melalui ekspresi gen KLF4, sebuah gen yang merupakan co-regulator jaringan pluripotency. Metode: RNA diekstraksi dari ADSC dan USC. One-step real-time RT-PCR dilakukan untuk mendapatkan ekspresi relatif gen KLF4 yang menggambarkan tingkat pluripotency sel induk tersebut. Hasil: Secara relatif, ekspresi KLF4 dinyatakan lebih tinggi di ADSC dibandingkan dengan USC. Konklusi: ADSC memiliki tingkat pluripotency yang lebih tinggi daripada USC sementara USC seharusnya memiliki pluripotency yang lebih tinggi. Ini bisa jadi karena peran gen lain yang terlibat dalam jaringan inti pluripotency."

"Latar Belakang: Kanker merupakan salah satu isu kesehatan yang besar di dunia. Hal ini dapat dilihat dari angka insidensi kanker payudara yang meningkat dari 20.2 per 100,000/tahun menjadi 54.9 per 100,000/tahun pada tahun 1968 sampai dengan 1972. Magnetic Activated Cell-Sorting (MACS) merupakan teknik yang digunakan untuk mendapatkan fraksi sel induk kanker payudara, meliputi CD24-/CD44+ yang merupakan penanda pluripotensi sel tersebut. Namun, pluripotensi fraksi sel induk kanker payudara belum dipelajari secara mendalam. Oleh karena itu, riset ini bertujuan untuk menganalisa tingkat pluripotensi dari fraksi sel melalui ekspresi gen KLF4, yang merupakan co-regulator dari ekspresi master regulator pluripotensi. Metode: RNA diekstrak dari fraksi sel induk kanker payudara yang diseparasi dengan MACS. Untuk mengevaluasi tingkat pluripotensi dari fraksi-fraksi sel, digunakan metode One-Step real-time RT-PCR agar mendapatkan expresi relatif dari gen KLF4. Hasil: Ekspresi KLF4 terlihat sangat tinggi pada CD24-/CD44-, tetapi pada fraksi sel CD24-/CD44+ ekspresi gen hanya sedikit. Kesimpulan: Pada penyortiran sel pertama, fraksi CD24-/CD44- lebih bersifat pluripoten dibandingkan dengan fraksi CD24-/CD44+. Sedangkan pada penyortiran sel kedua, didapatkan bahwa fraksi CD44- dan CD44+ memiliki sifat pluripoten yang sebanding. Hal ini disebabkan oleh kesalahan pada penyortiran sel atau dikarenakan oleh pengaruh gen-gen pluripoten lain dalam mempertahankan sifat pluripotensi.

---

Background: Cancer is a major health issue in the world and it is seen in breast cancer in which the age-standardized incidence rate (ASR) had increased from 20.2 per 100,000/year between 1968 and 1972 to 54.9 per 100,000/year between 1998 and 2002. Magnetic Activated Cell-Sorting (MACS) technique is used to obtain different breast cancer stem cell (BCSC) fractions including CD24-/CD44+ cell fraction, which is the marker of pluripotent BCSCs. However, the pluripotency of these cell fractions have not been thoroughly studied. As such, this research aims to analyze the pluripotency level of these cell fractions by studying KLF4 gene expression, which is the co-regulators of expression of master regulator of pluripotency.

Method: RNA was extracted from breast cancer stem cell fractions that have been separated by MACS. To evaluate pluripotency level of the cell fractions, One- Step real-time RT-PCR was conducted to obtain the relative expression of KLF4 gene.

Results: KLF4 is highly expressed in CD24-/CD44- cell fractions but is lowly expressed in CD24-/CD44+ cell fraction.

Conclusions: In the first cell sorting, CD24-/CD44- cell fraction is more pluripotent than the CD24-/CD44+ cell fraction while in the second cell sorting, CD44- and CD44+ cell fractions have comparable pluripotency. This can be caused by either error in cell sor."