Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Bioinformatika kerap digunakan oleh para peneliti untuk mempelajari berbagai penyakit yang ada pada tubuh manusia, salah satunya yaitu kanker payudara. Penelitian terhadap kanker payudara tersebut dilakukan dengan tujuan untuk menemukan jenis pengobatan terbaik bagi para pasien penderita kanker payudara. Data ekspresi gen merupakan salah satu komponen utama dalam penelitian mengenai pengobatan kanker payudara dan data tersebut dapat diperoleh dengan menggunakan alat dan teknologi microarray. Akan tetapi, seringkali ditemukan beberapa nilai yang hilang (missing values) pada data ekspresi gen yang dapat disebabkan oleh kesalahan teknis seperti kerusakan pada chip dan gambar. Adanya missing values juga dapat mengakibatkan masalah ketika proses analisis data selanjutnya, dimana terdapat metode analisis data yang memerlukan data lengkap seperti klasifikasi dan clustering. Oleh sebab itu, perlu dilakukan proses imputasi terhadap missing values agar hasil analisis data yang diperoleh lebih akurat. Pada penelitian ini, metode imputasi missing values yang digunakan yaitu SBi-MSREimpute. SBi-MSREimpute adalah metode imputasi berbasis biclustering dimana bicluster dibentuk berdasarkan suatu kriteria yang melibatkan skor Mean Squared Residue dan jarak Euclidean. Metode SBi-MSREimpute diimplementasikan pada data ekspresi gen pasien penderita kanker payudara stadium awal yang telah diberikan jenis obat MK-2206. Kinerja metode SBi-MSREimpute dilihat dengan membandingkan hasil imputasi metode SBi-MSREimpute dengan metode imputasi lain yaitu metode imputasi menggunakan weighted average berdasarkan skor Normalized Root-Mean-Square-Error (NRMSE). Hasil evaluasi dengan skor NRMSE tersebut menunjukkan bahwa kinerja metode SBi-MSREimpute dapat dipengaruhi oleh penentuan nilai k yang ada pada metode SBi-MSREimpute.

---

Bioinformatics is often used by researchers to study various diseases that exist in the human body, one of which is breast cancer. The research on breast cancer was conducted with the aim of finding the best type of treatment for breast cancer patients. Gene expression data is one of the main components in research on breast cancer treatment and this data can be obtained using microarray tools and technology. However, there are often missing values found in gene expression data that can be caused by technical errors such as damage to chips and images. The existence of missing values ​​can also cause problems during the data analysis process, where there are data analysis methods that require complete data such as classification and clustering. Therefore, it is necessary to carry out an imputation process for missing values ​​so that the data analysis results obtained are more accurate. In this study, the missing values ​​imputation method used was SBi-MSREimpute. SBi-MSREimpute is a biclustering-based imputation method where the bicluster is formed based on a criterion involving Mean Squared Residue and Euclidean Distance. In this study, the SBi-MSREimpute method was applied to the gene expression data of patients with early stage breast cancer who had been given the MK-2206 type of drug. The performance of the SBi-MSREimpute method is assessed by comparing the results of the imputation using SBi-MSREimpute method with other imputation methods, namely the imputation method using weighted average, based on the Normalized Root-Mean-Square-Error score (NRMSE). The results of the evaluation with NRMSE score showed that the performance of the SBi-MSREimpute method can be affected by the determination of k value in the SBi-MSREimpute method."

"Ekspresi gen adalah proses pembentukan molekul protein dengan cara menguraikan informasi yang terkandung dalam gen. Ekspresi gen dapat diubah menjadi data numerik dengan bantuan teknologi microarray. Penyakit chronic lymphocytic leukemia (CLL) merupakan salah satu penyakit kanker yang terjadi karena pembentukan lymphocytes yang tidak normal pada sumsum tulang. Data ekspresi gen dari pasien CLL dapat diperoleh dengan menggunakan teknologi microarray. Namun, penggunaan teknologi microarray dapat menghasilkan missing values pada data ekspresi gen CLL akibat dari adanya goresan atau debu pada microarray slides. Keberadaan missing values dapat mengakibatkan hasil analisis menjadi bias dan tidak merepresentasikan sifat aslinya. Untuk mengatasi hal tersebut, salah satu pendekatan yang dapat dilakukan adalah dengan melakukan imputasi missing values. Imputasi adalah proses mengisi missing values berdasarkan informasi yang terdapat dalam data. Nilai pada data hasil imputasi diharapkan mendekati nilai dari elemen yang hilang. Proses imputasi menghasilkan data yang lengkap sehingga analisis selanjutnya dapat berjalan dengan baik dan diperoleh hasil yang lebih akurat. Pada penelitian ini dilakukan proses imputasi missing values dengan metode imputasi Cosine Similarity Based Biclustering dan Normalized Mean Residue Similarity (NMRS) Based Biclustering. Metode Cosine Similarity Based Biclustering dan NMRS Based Biclustering melakukan imputasi dengan memanfaatkan analisis biclustering berbasis korelasi cosine similarity dan NMRS. Data yang digunakan untuk melakukan penelitian ini adalah data numerik berupa ekspresi gen pada pasien chronic lymphocytic leukemia (CLL). Kinerja dari metode imputasi pada penelitian ini dievaluasi dengan menghitung korelasi Pearson dari nilai asli pada data awal dengan nilai pada data yang sudah dilakukan imputasi. Hasil evaluasi dari kinerja metode imputasi menggunakan Cosine Similarity Based Biclustering dan NMRS Based Biclustering dibandingkan dengan kinerja metode imputasi K-Means. Berdasarkan hasil penelitian, didapatkan nilai koefisien korelasi Pearson dari metode imputasi menggunakan Cosine Similarity Based Biclustering dan NMRS Based Biclustering untuk missing rate 5%, 15%, 25%, 35% dan 45% memiliki rentang yang lebih tinggi dibandingkan metode imputasi K-Means, dengan sebagian besar nilai korelasi Pearson di atas 0,96. Selain itu metode NMRS Based Biclustering memiliki rentang korelasi Pearson paling tinggi, sehingga dapat dikatakan metode NMRS Based Biclustering menghasilkan nilai imputasi terbaik di antara metode yang digunakan untuk mengisi missing values pada data CLL.

---

Gene expression is the process of forming protein molecules by deciphering the information contained in genes. Gene expression can be converted into numerical data using microarray technology. Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is cancer that occurs due to the formation of abnormal lymphocytes in the bone marrow. Gene expression data from CLL patients can be obtained using microarray technology. However, the use of microarray technology can produce missing values in the CLL gene expression data due to scratches or dust on the microarray slides. The existence of missing values can lead to analysis results being biased and not representing their true nature. To overcome this, one approach that can be taken is to impute missing values. Imputation is the process of filling in the missing values based on the information contained in the data. The value of the imputed data is expected to be close to the value of the missing element. The imputation process produces complete data so that further analysis can run well and obtained more accurate results. In this study, the imputation process for missing values was carried out using the Cosine Similarity Based Biclustering and Normalized Mean Residue Similarity (NMRS) Based Biclustering imputation methods. Cosine Similarity Based Biclustering and NMRS Based Biclustering methods perform imputation by utilizing biclustering analysis based on cosine similarity correlation and NMRS. The data used to conduct this research is numerical data in the form of gene expression in chronic lymphocytic leukemia (CLL) patients. The performance of the imputation method in this study was evaluated by calculating the Pearson correlation of the original value in the initial data with the value in the imputed data. The results of the evaluation of the performance of the imputation method using Cosine Similarity Based Biclustering and NMRS Based Biclustering were compared with the performance of the K-Means imputation method. Based on the results of the study, the Pearson correlation coefficient values obtained from the imputation method using Cosine Similarity Based Biclustering and NMRS Based Biclustering for missing rates of 5%, 15%, 25%, 35% and 45% have a higher range than the K-Means imputation method, with most Pearson correlation values above 0.96. In addition, the NMRS Based Biclustering method has the highest Pearson correlation range, so it can be said that the NMRS Based Biclustering method produces the best imputation value among the methods used to fill in the missing values in CLL data."

"Pemelajaran mesin dikenal sangat berguna dalam menyelesaikan permasalahan prediksi dan klasifikasi melalui pembelajaran pola dan perilaku data yang tersedia. Oleh karena itu, pemelajaran mesin dapat dimanfaatkan di berbagai bidang kehidupan dan industri modern. Namun, kinerja pemelajaran mesin sangat tergantung dari model pemelajaran mesin yang digunakan maupun dari kualitas data yang digunakan untuk pemelajaran. Data yang tidak bersih, tidak representatif, dan ketersediaannya terbatas akan mengurangi kualitas hasil prediksinya.Penelitian ini bertujuan untuk menguji kombinasi beberapa metode pemrosesan data (yaitu MissForest, GAIN, ENN, dan TabGAN oversampling) dengan model pembelajaran mesin (yaitu model CatBoost dan model klasifikasi biner berbasis neural network) untuk memprediksi kasus mahasiswa putus studi di beberapa universitas di Indonesia menggunakan data dari PDDikti. Penambahan fitur dilakukan untuk memberi label bidang studi terhadap dataset tersebut. Selain penambahan fitur seleksi fitur relevan menggunakan korelasi Pearson serta feature importances juga dilakukan setelah pelatihan model awal. Google Colab dengan bahasa pemrograman Python digunakan untuk menjalankan algoritma pemrosesan data dan pelatihan model.Hasil penelitian menunjukkan bahwa model CatBoost dengan kombinasi metode imputasi GAIN, undersampling ENN, dan tanpa fitur kelompok bidang studi memberikan F1-score tertinggi yaitu 66,38% dengan nilai precision 71,75% dan nilai recall 61,76%. Apabila digunakan model klasifikasi biner pemelajaran dalam akan didapatkan metrik terbaik F1-score 62,32%. Hasil terbaik penelitian ini menunjukkan peningkatan F1-score sebesar 2,15% dibandingkan dengan F1-score pada penelitian sebelumnya yang menggunakan model CatBoost bersama kombinasi Missforest dan ENN tanpa fitur kelompokbidang studi. Penelitian ini menunjukkan bahwa oversampling dan undersampling memberikan dampak yang berlawanan terhadap metrik precision dan recall. Penelitian juga menemukan seleksi fitur dapat meningkatkan kinerja model namun tidak berdampak besar dibandingkan teknik-teknik lain misalnya balancing dan optimisasi hyperparameter.

---

Machine learning is known to be very useful in solving prediction and classification problems

by learning the patterns and behavior of available data. Therefore, machine learning can be utilized in various areas of modern life and industry. However, the performance of machine learning is highly dependent on the machine learning model used as well as on the quality of the data used for learning. Data that is not clean, not representative, and scarce will reduce the quality of the prediction results.

This study aims to test the combination of several data processing methods (namely MissForest, GAIN, ENN, and TabGAN oversampling) with machine learning models (CatBoost and binary classification models based on neural networks) to predict dropout cases at several Indonesian universities using data from PDDikti. The addition of features is done to label data with their respective fields of study. Other than adding features, selection of relevant features using Pearson’s correlation as well as feature importances is also carried out after initial model training. Google Colab with the Python programming language is used to run data processing algorithms and train models.

This study shows that CatBoost with the combination of GAIN imputation, ENN undersampling, and no field of study feature results in the highest F1-score of 66.38%, which are composed of 71.75% in precision and 61.76% in recall. If a deep learning binary classification model is used instead, the best F1-score result is 62.32%. The best result from this study shows an increase in F1-score of 2.15% compared to the F1-score of the previous study (64.23%) which used CatBoost along with a combination of Missforest, ENN and no field of study features. This research shows oversampling and undersampling produce opposite effects on precision and recall scores. Research has also

found that feature selection can improve model performance but does not have a large impact compared to other techniques such as balancing and hyperparameter optimization"