Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Rasa nyeri pada gigi merupakan salah satu nyeri yang paling sering dijumpai pada daerah orofasial. Rasa nyeri tersebut disebabkan oleh kemampuan sel saraf dalam menghantarkan rangsangan yang tergantung pula pada jumlah dan jenis kanal ion natrium yang berada pada sel saraf tersebut. Salah satu kanal ion natrium yang berada pada saraf gigi yaitu Nav1.8. Saat ini di Indonesia sedang dilakukan penelitian terhadap kandungan Nav1.8 pada saraf gigi tepatnya pada nodus Ranvier oleh drg.Didi Santosa, kandidat doktor Fakultas Kedokteran Gigi Universitas Indonesia.Metode penelitian tersebut yaitu imunofluoresens. Sample jaringan saraf diamati menggunakan mikroskop fluorescent kemudian diubah ke bentuk citra dijital dan dihasilkan dua buah citra yaitu citra fluorescent merah dan hijau. Citra fluorescent merah memberikan informasi kandungan Nav1.8 dan fluorescent hijau memberikan informasi letak nodus Ranvier. Agar kedua citra tersebut mudah dianalisa lebih dalam secara manual oleh end user maka dibutuhkan suatu metode fusi untuk menggabungkan kedua citra tersebut. Selain itu dibutuhkan suatu cara yang akurat untuk mendeteksi lokasi region of interest dari nodus Ranvier tersebut serta menghitung kandungan Nav1.8 pada nodus tersebut.Pada tugas akhir ini penulis melakukan fusi citra dengan metode pixel level fusion sedangkan untuk pendeteksian kandungan Nav1.8 dengan metode decision level fusion. Pendeteksian tersebut membutuhkan input berupa lokasi paranodus yang diperoleh dari hasil pendeteksian paranodus yang dilakukan oleh M.Rabindra Surya. Evaluasi hasil fusi dilakukan secara kulitatif sehingga hasil fusi akan dinilai secara subjektif oleh end user.Evaluasi hasil pendeteksian Nav1.8 secara otomasi yaitu 93,33%, angka ini diperoleh dari perbandingan hasil eksprimen dibandingkan dengan hasil pendeteksian secara manual oleh end user namun hasil pendeteksian oleh program sebenarnya lebih bersifat untuk membantu end user mengidentifikasi roi dengan lebih akurat hal ini dikarenakan pengkotakkan roi oleh end user sebenarnya hanya bertujuan untuk mengidentifikasikan bahwa daerah tersebut merupakan nodus Ranvier. Namun penulis tetap melakukan perbandingan kinerja program dengan roi end user karena pada penelitian end user sebelumnya lokasi-lokasi nodus tersebut telah ditentukan positif atau negatif."

"Fusi citra sering kali digunakan untuk meningkatkan detail garis batas objek pada citra multispektral yang mempunyai resolusi spasial rendah dengan bantuan citra pankromatik yang mempunyai resolusi spasial lebih tinggi. Citra yang dihasilkan pada proses fusi tersebut tentunya diharapkan dapat menghasilkan klasifikasi citra menjadi lebih akurat. Akan tetapi, tidak semua metode fusi citra mampu menghasilkan citra hasil fusi yang mempertahankan karakteristik spektral yang dimiliki oleh citra multispektral dan karakteristik spasial yang dimiliki citra pankromatik.Metode fusi citra berbasis wavelet menjadi cukup populer karena mampu memberikan hasil yang terbaik dalam mempertahankan karakteristik tersebut. Penentuan level dekomposisi yang akan diterapkan dalam metode ini dapat mempengaruhi hasil yang diperoleh. Semakin sedikit level dekomposisi diterapkan, maka semakin baik pula kualitas spektral yang akan dimiliki. Sebaliknya, semakin banyak level dekomposisi diterapkan justru semakin baik kualitas spasialnya.Hasil penelitian terhadap citra Landsat TM dan SPOT menunjukkan bahwa basis Haar dan teknik shift invariant discrete wavelet transform mampu menghasilkan kualitas spektral dan spasial yang lebih baik diantara basis dan teknik wavelet lainnya yang digunakan dalam penelitian ini. Secara umum, untuk rasio resolusi 2 hingga 5, semakin besar rasio resolusi antara citra multispektral dan pankromatik akan membutuhkan level dekomposisi yang lebih tinggi untuk menghasilkan citra hasil fusi berkualitas."

"ABSTRAKSel menembus peptida (CPP) adalah sel permeabel protein yang membantu memfasilitasi molekul kedap ke dalam sel. VP22 adalah salah satu CPP dengan mekanisme memfasilitasi protein ke dalam sel dengan non-klasik Golgi-independen. SOX2 adalah salah satu gen untuk mengkodekan anggota dari SRY terkait HMG-box (SOX) keluarga faktor transkripsi yang baik terkait dengan regulasi perkembangan sel embrio. Rekombinan VP22 fusi protein diharapkan dapat mentranslokasi protein ke dalam sel. Antibodi terhadap SOX2 bertindak sebagai penanda fluoresensi untuk menentukan apakah VP22-SOX2 dapat dilokalisasi ke dalam sel. sel HepG2 digunakan dalam tes untuk menentukan kemanjuran dari sel menembus peptida. VP22-SOX2 pertama ditentukan dengan menggunakan Western Blot, di mana ia akan menampilkan pita yang terlihat. Ada 2 kelompok utama: sel HepG2 dengan VP22-SOX2 diinkubasi selama 6 jam dan 1 jam, di mana keduanya disertai dengan kelompok kontrol tanpa adanya VP22-SOX2. Kedua menjalani immunostaining menggunakan metode indirect immunostaining. Pengamatan akan dilakukan dengan menggunakan mikroskop confocal. Untuk analisis protein, analisis bioinformatika dilakukan untuk menentukan sifat fisik dan kimia dari protein. Berdasarkan statistik, tidak ada perbedaan yang signifikan antara kelompok Percobaan - 6 jam dan Kontrol - 6 jam. Selain itu, tidak ada perbedaan yang signifikan antara Percobaan - 6 jam dan Percobaan - 1 jam. Oleh karena itu, masa inkubasi tidak berpengaruh pada tingkat translokasi protein dan VP22-SOX2 tidak bisa translokasi ke dalam sel.

---

ABSTRACTCell penetrating peptides (CPPs) are cell permeable proteins that help facilitate impermeable molecules into the cells. VP22 is one of the CPP with mechanism of facilitating proteins into the cells by non-classical Golgi-independent. SOX2 is one of the gene to encode a member of the SRY-related HMG-box (SOX) family of transcription factors that are well associated with the regulation of the development of embryonic cells. Recombinant fusion protein VP22 is hoped to be able to translocate the protein into the cell. Antibody against SOX2 act as fluorescence marker to determine whether the VP22-SOX2 can be localized into the cell. HepG2 cells are used in the test to determine the efficacy of the cell penetrating peptide. VP22-SOX2 is first determined using Western Blot, where it will show visible band. There are 2 main groups: HepG2 cells with VP22-SOX2 incubated for 6 hours and 1 hours, where both are accompanied with the control group in the absence of VP22-SOX2. Both undergo immunostaining using indirect immunostaining method. Observation will be done using confocal microscope. For protein analysis, bioinformatics analysis is conducted to determine the physical and chemical properties of the protein. Based on statistic, there is no significant difference between the groups Experiment ? 6 hour and Control ? 6 hour. In addition, there is no significant difference between Experiment ? 6 hour and Experiment ? 1 hour. Therefore, incubation period has no effect in the rates of protein translocation and VP22-SOX2 do not achieve protein translocation.;"

"Low back pain (LBP) seringkali menetap setelah fusi lumbosacral, dan diduga sendisakroiliaka merupakan penyebab dari LBP tersebut. Sampai saat ini, belum ada studimengenai hubungan antara fusi lumbosakral dan nyeri sendi sakroiliaka di Indonesia.Tujuan penelitian ini adalah untuk mengeinvestigasi hubungan antara fusi lumbosakraldan nyeri sendi sakroiliaka. Kami juga menginvestigasi karakteristik dan prevalensi nyerisendi sakroiliaka pasca fusi lumbosacaral. Penelitian ini merupakan studi potong lintangyang dilakukan di RSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo. Penelitian dilakukan bulan Juni -September 2019. Subyek adalah semua pasien yang menjalani fusi lumbosakral diRSUPN Dr. Cipto Mangunkusumo pada tahun 2015 hingga 2018. Terdapat 43 subyekpada penelitian ini. Dua puluh enam (60,5%) subyek adalah perempuan, dengan usiarerata 57,65 􀁲 9,7 tahun. Pada penelitian ini, didapatkan insidensi per tahun nyeri sendisakroiliaka pasca lumbosakral pada tahun 2015, 2016, 2017, 2018, masing-masing adalah78,6%, 40%, 81,3% dan 87,5%. Median onset nyeri sendi sakroiliaka adalah 8 (4-14)bulan, dan median skor skala analog visual adalah 4 (2-6). Pada penelitian ini, ditemukanbahwa jenis kelamin (p = 0,002), indeks massa tubuh (IMT) (p = 0,001), dan level fusi (p= 0,002) berhubungan signifikan dengan terjadinya nyeri sendi sakroiliaka. Jenis kelamin,IMT, dan level fusi berhubungan signifikan dengan nyeri sendi sakroiliaka. Insidensinyeri sendi sakroiliaka pada pasien yang menjalani fusi lumbosakral di RSUPN Dr. CiptoMangukusumo tahun 2015-2018 adalah 76,7%, dengan median onset nyeri 8 (4-14)bulan.

---

Low back pain (LBP) often persists after lumbosacral fusion, and sacroiliac joint (SIJ) ishypothesized to be a source of pain. To date, there are no studies regarding the associationbetween lumbosacral fusion and SIJ pain in Indonesia. The objective of this study is toinvestigate the association between lumbosacral fusion and SIJ pain. We also investigatedthe characteristics and prevalence of post-lumbosacral fusion SIJ pain. This was a crosssectionalstudy. The study was conducted from June to September 2019. Subjects werepatients who underwent lumbosacral fusion at Cipto Mangunkusumo Hospital, Jakarta,Indonesia during the period between January 2015 and December 2018. A total of 43subjects were recruited for this study. Twenty-six (60.5%) subjects were female, and themean age was 57.65 􀁲 9,7years of age. In our study, the annual incidence of postlumbosacralSIJ pain in 2015, 2016, 2017, 2017 was 78.6%, 40%, 81.3%, and 87.5%,respectively. The median onset of SIJ pain 8 (4-14) months, and the median visualanalogue scale score was 4 (2-6). Gender, body mass index (BMI), and fusion level weresignificantly associated with the development of SIJ pain (p = 0.002, p = 0.001, and p =0.002, respectively). Gender, BMI, and fusion level were significantly associated withSIJ pain. The incidence of SIJ pain in patients who underwent lumbosacral fusion at CiptoMangukusumo Hospital, Jakarta, Indonesia in 2015 to 2018 was 76.7%, with a medianonset of 8 (4-14) months."

"Desain Penelitian. Sebuah penelitian kohort retrospektif pada pasien yang telah menjalani operasi fusi tulang belakang yang dilakukan bone graft yang diambil dari posterior ilium. Tujuan. Untuk menilai prevalensi nyeri pada lokasi pengambilan bone graft pada ·operasi tulang belakang Untuk mengetahui faktor resiko nyeri pada pengambilan bone graft dan komplikasinya. Latar Belakang. Fusi menjadi tujuan pada beberapa operasi tulang belakang dan dapat dicapai dengan melakukan instrumentasi dan bone graft. Telah diketahui bahwa salah satu sumber yang baik adalah berasal dari posterior i1iaka. Tempat pengambilan graft ini dapat menyebabkan nyeri. Meskipun akan hilang dalam 3 bulan namun beberpa pasien mengalami nyeri yang lebih lama. Bahkan pada beberapa kasus hal ini merupakan salah satu sumber nyeri pos operasi. Bahan dan Cara : Sampel diambil dari buku registrasi spine Prof Subroto Sapardan, dan di bagi dalam dua kelompok, dimana kelompok satu yang di lakukan graft dan kelompok dua yang tidak dilakukan graft dari iii aka posterior sebagai kontrol. Kemudian dilakukan wawancara, penilaian nyeri dengan skala analok, dan pemeriksaan fisik pada ke dua kelompok. Setiap kelompok dievaluasi adanya nyeri di ilium posterior dalam kurun enam bulan pos operasi. Analisa data menggunakan software SPSS Vl3, uji statistic di set pada a. sama dengan 0,05 dan power 80% dan interval kepercayaan 95%. Basil: Dalam penelitian diperoleh basil untuk kelompok 1 mengalami nyeri 75,6% sementara yang tidak 24,4%, sebaran diagnosis adalah 27,6% pada spondilitis TB, 55% skoliosis, 22% pada degenerative disk. Kami menemukan risiko rasio nyeri pada pengambilan bone graft di ilium posterior sebesar 11,2. Kesimpulan: Kejadian nyeri pada lokasi donor di iliaka posterior dibandingkan dengan yang tidak dilakukan bone graft cukup signifikan. Dari penelitian ini kami sarankan untuk mencari materi alternative lain untuk mempercepat fusi pada operasi tulang belakang."

"Akurasi hasil deteksi perubahan citra jarak jauh sangat tergantung pada akurasi metode klasifikasi yang digunakan. Salah satu cara untuk mendapatkan hasil yang lebih baik adalah dengan mengoptimalkan setiap prosedur pengolahan citra. Salah satunya dengan algoritma deteksi perubahan dengan menggunakan metode image differencing akan mendapatkan peta perubahan yang masih harus dianalisa sebagai prosedur klasifikasi citra binarisasi. Penelitian ini bertujuan melakukan kombinasi model penggabungan algoritma ambang. Serta membandingkan algoritma ambang untuk mendapatkan nilai ambang terbaik mengunakan fungsi entropi secara otomatis untuk memecahkan masalah deteksi perubahan dengan pendekatan klasifikasi data yang tidak tersedia. Dengan menggunakan asumsi model statistik untuk mengetahui kelas wilayah berubah dan tidak berubah yang menampilkan berbagai perkiraan algoritma ambang mengunakan analisa discriminan, entropi lokal, entropi gabungan, entropi global, relatif entropi lokal, relatif entropi gabungan dan relatif entropi global. Pada penelitian ini digunakan model fusi Markov random fields untuk menggabungkan informasi-informasi deteksi perubahan hasil identifikasi algoritma ambang yang lebih komprehensif dalam menunjang pembuat keputusan.Penelitian ini menemukan bawa pengunaan algoritma analisa discriminan terlalu sensitive untuk mendeteksi perubahan. Tingkat akurasi deteksi wilayah berubah terbaik mengunakan metode analisa discriminan sebesar 99% namun juga terlalu sensitif terhadap perubahan yang ditunjukan dengan tidak hanya wilayah yang terbakar terdeteksi juga wilayah tidak terbakar. Akurasi deteksi terbaik yang dapat dicapai mengunakan fungsi entropi dimiliki oleh lokal relatif entropi (99%) dan lokal entropi (97%) yang menjadikan sangat baik adalah mempunyai kesalahan deteksi kecil. Algorima fusi mengunakan metode Markov memberikan akurasi deteksi terbaik sebesar 93%, lebih rendah dari kemampuan deteksi dengan algoritma ambang yang menggunakan fungsi entropi. Namun algoritma fusi MRF akan semakin memastikan wilayah yang berubah. Secara umum, ditemukan bahwa pengurangan jumlah pixel dalam variasi histogram dalam citra berpengaruh besar pada tingkat akurasi deteksi perubahan dan sensitifitas algoritma ambang untuk mendeteksi perubahan. Semakin rendah jumlah pixel dalam variasi histogram semakin baik klasifikasi wilayah berubah terdeteksi dan semakin cepat waktu pemprosesan."

"Rekayasa genetika adalah proses yang melibatkan perubahan struktur genetik suatu organisme dengan menghilangkan, memasukkan, atau memodifikasi materi genetik yang terdapat pada objek yang dituju. Salah satu teknik rekayasa genetika adalah pengeditan gen. Metode pengeditan gen yang paling populer saat ini adalah CRISPR-Cas9 yang merupakan singkatan dari clustered regularly interspaced short palindromic repeat-associated protein 9. Penelitian ini mengkaji aktivitas Cas9 dengan sgRNA dari bakteri Geobacillus kaustophilus secara in silico dan in vitro. Pada percobaan in silico digunakan metode molecular docking untuk mengkaji interaksi biomolekuler dengan variasi sgRNA yaitu spacer 10, 20, 30 nt; repeat 16, 25, 36 nt; dan tracrRNA 63, 98, 140 nt. Didapatkan hasil bahwa perubahan panjang spacer, repeat, dan tracrRNA dapat mempengaruhi tingkat besar afinitas pengikatan yang terbentuk dalam kompleks YebF-Cas9-sgRNA dari Geobacillus kaustophilus. Panjang optimal dari hasil molecular docking secara afinitas dan posisi yaitu pada variasi spacer 30 nt dengan repeat 16 nt dan tracrRNA 98 nt serta besar afinitas pengikatan –419,24 kkal/mol. Sedangkan pada percobaan in vitro, enzim Cas9 rekombinan dilakukan fusi enzim pembawa YebF dan diuji aktivitasnya menggunakan metode gel elektroforesis dengan variasi suhu inkubasi pada 30°C dan 50°C serta variasi konsentrasi enzim yaitu 9,4 μM dan 20,1 μM. Dari hasil gel elektroforesis, belum dapat hasil yang signifikan baik dalam uji aktivitas, pengaruh variasi suhu, maupun pengaruh variasi konsentrasi enzim.

---

Genetic engineering is a process that involves changing the genetic structure of an organism by removing, inserting, or modifying genetic material contained in the target object. One of the genetic engineering techniques is gene editing. The most popular gene editing method today is CRISPR-Cas9 which stands for clustered regularly interspaced short palindromic repeat-associated protein 9. This study examines the activity of Cas9 with sgRNA from the bacteria Geobacillus kaustophilus in in silico and in vitro way. In the in silico experiment, the molecular docking method was used to study biomolecular interactions with variations in sgRNA, namely spacer 10, 20, 30 nt; repeat 16, 25, 36 nt; and tracrRNA 63, 98, 140 nt. The results showed that changes in the length of the spacer, repeat, and tracrRNA can affect the level of binding affinity formed in the YebF-Cas9-sgRNA complex from Geobacillus kaustophilus. The optimal length of the molecular docking results in terms of affinity and position is in the variation of 30 nt spacer with 16 nt repeat and 98 nt tracrRNA and the binding affinity is –419.24 kcal/mol. While in the in vitro experiment, the recombinant Cas9 enzyme was fused with the YebF carrier enzyme and its activity was tested using the gel electrophoresis method with variations in incubation temperature at 30°C and 50°C and variations in enzyme concentration (9.4 μM and 20.1 μM). From the results of gel electrophoresis, there are no significant results were obtained in the activity test, the effect of temperature variations, or the effect of enzyme concentration variations."

"Munculnya varian virus influenza yang berpotensi menimbulkan pandemi merupakan kejadian yang tidak terduga dan jarang terjadi. Penanganan dalam situasi seperti ini membutuhkan produksi vaksin skala besar dalam waktu singkat seperti pada kasus virus influenza H1N1 pdm09. Salah satu strategi yang dapat dilakukan adalah produksi vaksin subunit dengan memanfaatkan sistem ekspresi ragi untuk memproduksi protein antigen rekombinan. Tujuan penelitian ini adalah mengekspresi protein fusi HA1-MA2-NS1 rekombinan untuk pengembangan vaksin subunit. Plasmid pPICZαA-HA1-MA2-NS1 linear diintegrasikan ke dalam genom Pischia pastoris strain GS115 melalui rekombinasi homolog. Proses transformasi ini dilakukan dengan metode elektroporasi dan menghasilkan 13 klon ragi yang mengandung multiple integran gen fusi HA1-MA2-NS1. Analisis bioinformatika menduga protein fusi memiliki berat molekul 75-85 kDa. Visualisasi protein pada supernatan dan pelet dengan SDS-PAGE memperlihatkan adanya pita protein dengan ukuran yang diharapkan. Hasil western blot pada pellet mendeteksi ukuran protein target antara 42-135 kDa. Pemurnian protein fusi dengan NI-NTA gagal dilakukan dan diduga karena sedikitnya jumlah protein fusi yang terbentuk sehingga tidak terdeteksi pada visualisasi SDS-PAGE.

---

The emergence of influenza virus variants that could potentially cause a pandemic is an unforeseen occurrence and rare. Handling a situation like this requires a large-scale vaccine production in a short time as in the case of the H1N1 virus pdm09. One strategy that can be done is a subunit vaccine production by utilizing a yeast expression system to produce recombinant protein antigens.

The purpose of this study was to express a recombinant proteins of fusion HA1- MA2-NS1 for subunit vaccine development. PPICZαA HA1-MA2-NS1 linear plasmid integrated into the genome Pichia pastoris strain GS115 through homologous recombination. This transformation process is carried out by electroporation method and generating 13 yeast clones containing multiple genes HA1-MA2-NS1 integrant. Bioinformatics analysis of protein suspect fusion protein has a molecular weight of 75-85 kDa. Visualization of proteins in the supernatant and pellet by SDS-PAGE showed protein bands with sizes expected.

But western blot results in the pellet detect the target protein size between 42-135 kDa. Purification of fusion proteins with NI-NTA were failed due to small amount of fusion protein that undetected on SDS-PAGE visualization."