Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Dengue adalah penyakit virus akut yang disebabkan oleh virus RNA dari famili Flaviviridae dan disebarkan oleh nyamuk Aedes betina. Setiap tahunnya terjadi sekitar 50 juta kasus infeksi dengue di seluruh dunia, dengan jumlah kematian sebesar 22.000, kebanyakan pada kanak-kanak. Gejala yang muncul dapat berkisar dari demam tanpa gejala hingga komplikasi yang ditakuti seperti demam berdarah dan syok. Virus Dengue (DENV) memiliki empat serotipe yang berbeda, yaitu DENV-1, DENV-2, DENV-3, dan DENV-4. Hingga saat ini vaksin atau pengobatan yang efektif untuk menangani endemi demam berdarah dengue belum ditemukan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi secara in silico senyawa bahan alam flavonoid sebagai inhibitor protease NS2B-NS3 pada virus DENV serotipe 1–4, menganalisis interaksi antara protease NS2B-NS3 dengan ligan senyawa bahan alam, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi proses Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan senyawa bahan alam flavonoid. Struktur 3-Dimensi protease diperoleh dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) dan ligan senyawa flavonoid dari situs PubChem. Penapisan sifat obat terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced fit docking terhadap protease NS2B-NS3 menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Analisis terhadap sifat ADME dan toksisitas obat dilakukan pada perangkat OSIRIS DataWarrior serta situs pkCSM dan SwissADME. Hasil penelitian ini membuktikan bahwa senyawa bahan alam flavonoid memiliki potensi untuk menginhibisi protease NS2B-NS3 DENV berdasarkan nilai Gbinding dan RMSD. Interaksi yang terjadi adalah interaksi ikatan hidrogen dan interaksi cincin aromatik dengan hidrogen. Didapatkan senyawa-senyawa dengan substance identifier (SID) 366186371, 74381839, 355114637, dan 387229844 yang memiliki nilai Gbinding rendah, nilai RMSD di bawah 2, serta sifat farmakokinetik dan kimia medisinal yang baik, dan dianggap dapat berperan sebagai kandidat obat DENV serotipe 1–4 yang baik.

---

Dengue is an acute viral disease caused by an RNA virus of the Flaviviridae family and is spread by the female Aedes mosquito. Every year there are about 50 million cases of dengue infection worldwide, with a death toll of 22.000, mostly in children. Presenting symptoms can range from asymptomatic fever to dreaded complications such as scarlet fever and shock. Dengue virus (DENV) has four different serotypes, namely DENV-1, DENV-2, DENV-3, and DENV-4. Until now, there is no effective vaccine or treatment to treat this endemic dengue hemorrhagic fever (DHF). This research aims to identify natural compounds flavonoids as protease inhibitors NS2B-NS3 on DENV virus serotypes 1–4 using in silico methods, to analyse the interaction between NS2B-NS3 protease and the flavonoid natural compound ligands, and to explain the pharmacokinetic processes which include Absorption, Distribution , Metabolism and Excretion (ADME), as well as toxicity characteristics of natural ligand compounds. The 3-dimensional structure of the protease was obtained from the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) website and the flavonoid compound ligands from the PubChem database. Screening for drug properties of the ligands was carried out using the OSIRIS DataWarrior software. Molecular docking simulations were carried out using the rigid and induced fit docking protocol using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software. Analysis of ADME properties and drug toxicity was performed on the DataWarrior OSIRIS software, and pkCSM and SwissADME websites. The results of this study prove that the natural compound of flavonoids have the potential to inhibit the DENV NS2B-NS3 protease based on its ?Gbinding and RMSD values. The interactions that occur are hydrogen bond interactions and aromatic ring interactions with hydrogen. Compounds with substance identifier (SID) 366186371, 74381839, 355114637, dan 387229844 with low ?Gbinding values, RMSD values below 2, as well as good pharmacokinetic and medicinal chemistry properties were considered as good DENV serotypes 1–4 drug candidate."

"Dengue adalah penyakit akut yang disebabkan oleh virus RNA yang termasuk dalam keluarga Flaviviridae. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi secara in silico senyawa bahan alam Isoflavon sebagai inhibitor protein NS5 pada virus DENV serotipe 1–4, menganalisis interaksi antara protein NS5 dengan ligan senyawa bahan alam, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan senyawa bahan alam. Struktur 3-Dimensi protease diperoleh dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) dan ligan senyawa Isoflavon dari situs PubChem. Penapisan sifat obat terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced fit docking terhadap protein NS5 menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Analisis terhadap sifat ADME dan toksisitas obat dilakukan pada perangkat OSIRIS DataWarrior serta situs pkCSM dan SwissADME. Hasil penelitian ini membuktikan bahwa senyawa bahan alam isoflavonoid memiliki potensi untuk menginhibisi protein NS5 DENV berdasarkan nilai ∆Gbinding dan RMSD. Interaksi yang terjadi adalah interaksi ikatan hidrogen dan interaksi cincin aromatik dengan hidrogen. Didapatkan senyawa- senyawa dengan substance identifier (SID) 11655056, 14185735, 6708635, dan 5464170 yang memiliki nilai ∆Gbinding rendah, nilai RMSD di bawah 2 Å, serta sifat farmakokinetik dan kimia medisinal yang baik, dan dianggap dapat berperan sebagai kandidat obat DENV serotipe 1–4 yang baik.

---

Dengue is an acute disease caused by an RNA virus belonging to the Flaviviridae family. The aim of this study is to identify natural compound isoflavone as an in silico inhibitor of the NS5 protein in DENV serotypes 1–4, analyze the interactions between the NS5 protein and isoflavone compound ligands, and elucidate the pharmacokinetic processes, including Absorption, Distribution, Metabolism, and Excretion (ADME), as well as toxicity of the natural compound ligands. The 3-dimensional structure of the protease was obtained from the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB), and isoflavone compound ligands were sourced from PubChem. Drug property screening against the ligands was conducted using OSIRIS DataWarrior software. Molecular docking simulations were performed using rigid and induced fit docking protocols on the NS5 protease using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software. Analysis of drug ADME properties and toxicity was carried out using OSIRIS DataWarrior as well as pkCSM and SwissADME websites. The results of this study prove that the natural compound of Isoflavonoids have the potential to inhibit the DENV NS5 protein based on its ∆Gbinding and RMSD values. The interactions that occur are hydrogen bond interactions and aromatic ring interactions with hydrogen. Compounds with substance identifier (SID) 11655056, 14185735, 6708635, dan 5464170 with low ∆Gbinding values, RMSD values below 2 Å, as well as good pharmacokinetic and medicinal chemistry properties were considered as good DENV serotypes 1–4 drug candidate.

"

"Demam dengue adalah salah satu jenis demam yang umum terdapat pada negara beriklim tropis. Demam ini disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang disebarkan oleh nyamuk Aedes aegypti atau Aedes albopictus yang umumnya bereproduksi di iklim tropis serta dapat berubah menjadi demam berdarah dengue (DBD) apabila penderita tidak dirawat dengan tepat yang dapat berakibat fatal. DENV melakukan replikasi di dalam retikulum endoplasma dari sel manusia dengan bantuan enzim ?-Glucosidase yang dapat diinhibisi dengan menggunakan senyawa berbasis iminosakarida yang mengakibatkan DENV mengalami misfold dan terdegradasi. Ligan standar dan modifikasi telah dilakukan studi ADMET dan RO5 sebelum dilakukan docking dengan protein. Ligan modifikasi tersebut adalah senyawa organoboron yang berbasis terhadap 1-deoxynojirimycin yang meningkatkan energi ikatan bebas pada kompleks protein-ligan yang terbentuk jika dibandingkan dengan senyawa yang tidak termodifikasi. Dari sepuluh ligan modifikasi, ligan nomor dua dan tiga memiliki interaksi terbaik dengan ?-Glucosidase I dan II secara berturut-turut dengan sebesar -8,622 kkal/mol dan -8,858 kkal/mol secara berturut-turut.

---

Dengue fever is a type of fever that is commonly found in tropical countries. It is caused by dengue virus (DENV) that transmitted by Aedes aegypti or Aedes albopictus mosquitos that mostly reproduces in tropical climates, that can develop into more severe and fatal disease called dengue hemorrhagic fever. DENV can replicate inside endoplasmic reticulum of human cells with the help of ?-Glucosidase enzymes, which can be inhibited using iminosaccharide based drug, that could lead to DENV degradation due to misfolded protein. Standard and modified ligand underwent ADMET and RO5 analysis before being prepared alongside with protein to be docked. The modified ligand is an organoboron compound based on 1-deoxynojirimycin that increases binding free energy on formed ligand-protein complex compared to non-modified compound. From ten modified ligands, ligand number two and three had the best interaction with ?-Glucosidase I and II respectively with of -8.622 kcal/mol and -8.858 kcal/mol respectively."