Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKSebagai Iangkah awal untuk menjelaskan hubungan kekerabatan antar spesies Tarsius Storr, 1780, dilakukan studi fiogenetik menggunakan data sekuen DNA mitokondria daerah ND4—ND5. Pada analisis tersebut di akukan pendekatan maximum parsimony dengan ap ikasi komputer Phylogenetic Analysis Using Parsimony (PAUP). Hasil anal isis men unjukkan bahwa posisi genus Tarsius dalam ordo Primata perlu dipisahkan dan subordo Anthropoidea ataupun ordo Prosimii. Selain itu pada kelompok Tarsius di Filipina lebih berkerabat dengan kelompok Tarsius di P. Sulawesi, dibandingkan dengan kelompok Tarsius di P. Kalimantan dan P. Sumatra. Adapun kelompok-kelompok Tarsius yang diperbandingkan antara lain T. syrichta (Linnaeus, 1758) di Filipina; T. spectrum (Pallas, 1778) dan T. sangirensis Meyer, 1896 di P. Sulawesi; serta T. bancanus Horsfield, 1821 di P. Kalimantan dan P. Sumatra."

"Indonesia merupakan negara dengan jumlah kasus dengue terbanyak dan terparah di Asia Tenggara Studi filogenetik virus dengue DENV diperlukan sebagai dasar pengembangan struktur vaksin yang cocok Meskipun demikian data sekuens DENV masih terbatas Penelitian ini bertujuan menganalisis sekuens dan filogenetik keseluruhan gen envelope DENV 1 dibandingkan dengan domain III saja Data didapatkan dari GenBank dan Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia berupa whole genome DENV 1 sebanyak 30 sekuens yang diolah dengan Genetyx 5 1 Hasil analisis nukleotida gen envelope DENV 1 menunjukan strain Indonesia termasuk genotipe I dan IV Sedangkan analisis nukleotida dengan hanya domain III menunjukan adanya perbedaan cluster antar strain namun tetap dalam genotipe yang sama Dengan demikian studi filogenetik penentuan genotipe dapat dilakukan dengan hanya menggunakan domain III saja Analisis homologi asam amino domain III menunjukan epitope utama dilestarikan dan dapat menjadi landasan penting dalam pembuatan vaksin dengue berbasis domain III

---

Phylogenetic study of dengue virus DENV is required as a basis to develop a suitable structure for vaccine development Nonetheless DENV sequence data is limited This study aims to analyze and compare the sequence and phylogenetic of DENV 1 envelope gene with domain III The data is obtained from GenBank and Laboratory of Microbiology Faculty of Medicine Universitas Indonesia Thirty sequences of DENV 1 whole genome were processed using Genetyx 5 1 Analysis using DENV 1 envelope nucleotide showed that strain Indonesia has genotype I and IV Analysis using only the nucleotide of domain III showed the same genotype with difference of clusters between strains Thus phylogenetic studies determining the genotype can be done using domain III alone Homology analysis of amino acid of domain III showed that the main epitope is well reserved This finding can be an important cornerstone in the development of domain III based dengue vaccine."

"Ikan badut merupakan salah satu jenis dari ikan hias laut yang menjadi primadona di pasar baik dalam negeri maupun luar negeri. Hal ini mempengaruhi ketersediaan ikan badut di alam sehingga perlu ditunjang dengan usaha budidaya. Pendekatan secara molekuler sebagai penunjang pendekatan secara morfologi dibutuhkan untuk mendapatkan induk dan benih yang berkualitas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies ikan badut menggunakan teknik DNA barcode dengan gen penanda 16S rRNA dan merekonstruksi pohon filogenetik molekuler ikan badut. Hasil amplifikasi PCR menghasilkan fragmen DNA berukuran 600 panjang basa (pb). Hasil analisa jarak genetik menunjukkan nilai antara 0,00-0,07. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik membentuk pohon kekerabatan dengan 7 kluster utama. Hasil penelitian berupa informasi genetik dan hubungan kekerabatan molekuler dari tiap sampel ikan badut dapat digunakan sebagai acuan dasar untuk upaya pengelolaan, pemuliaan, dan konservasi lebih lanjut.

---

Clownfish is one type of marine ornamental fish that is excellent in the market both domestically and abroad. This affects the availability of clownfish in nature so that it needs to be supported by cultivation efforts. A molecular approach to support the morphological approach is needed to get quality broodstock and seeds. This study aims to identify clownfish species using DNA barcode techniques with 16S rRNA marker genes and reconstruct the clownfish's molecular phylogenetic tree. The results of PCR amplification produced DNA fragments measuring 600 base pair (bp). The results of genetic distance analysis showed a value between 0.00-0.07. The results of the reconstruction of phylogenetic trees formed a family tree with 7 main clusters. The results of the research in the form of genetic information and molecular relationships from each clownfish sample can be used as a basic reference for further management, breeding, and conservation efforts."

"Ikan mujair (Oreochromis mossambicus) merupakan salah satu jenis ikan air tawar dari famili Cichlidae dan genus Oreochromis yang memiliki bentuk adaptasi serta tingkat toleransi yang tinggi terhadap kondisi habitatnya, misalnya pada tingkat salinitas yang tinggi. Danau Laut Mati Oemasapoka di Perairan Pulau Rote merupakan salah satu danau air asin yang menjadi habitat ikan mujair. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui hubungan kekerabatan spesies ikan mujair yang diperoleh dari Danau Laut Mati Oemasapoka dengan ikan mujair dari danau air tawar, Danau Ledulu yang berada pada perairan yang sama dengan melakukan identifikasi molekuler menggunakan metode DNA barcoding dengan gen CO1. Tahapan DNA barcoding terdiri atas ekstraksi DNA, amplifikasi gen CO1 melalui reaksi PCR, dan sekuensing. Hasil penelitian menunjukkan gen CO1 mampu mengidentifikasi bahwa ikan mujair yang hidup di danau air asin, Danau Laut Mati Oemasapoka merupakan jenis spesies yang sama dengan ikan mujair yang hidup di danau air tawar, Danau Ledulu dengan persentase kemiripan sebesar 99,53—100%. Rekonstruksi pohon filogenetik yang dibentuk dengan metode Maximum Likelihood, model evolusi Kimura 2-Parameter, dan uji bootstrap 1000x menunjukkan bahwa ikan mujair dari Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu berada dalam satu klade yang sama dengan jarak genetik sebesar 0,000—0,004. Analisis keragaman haplotipe dari ikan mujair yang diperoleh dari Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu terdapat satu haplotipe dengan nilai keragaman sebesar 0,0824. Rendahnya nilai keragaman haplotipe tersebut dapat disebabkan karena ikan mujair Danau Laut Mati Oemasapoka dan Danau Ledulu memiliki tingkat migrasi yang rendah.

---

Tilapia fish (Oreochromis mossambicus) is one type of freshwater fish from the family Cichlidae and genus Oreochromis which has a form of adaptation and a high level of tolerance to habitat conditions, for example at high salinity levels. Dead Sea Lake Oemasapoka, Rote Island is one of the saltwater lakes that is a habitat for tilapia fish. This study was conducted to determine the relationship between tilapia species obtained from Dead Sea Lake Oemasapoka and tilapia fish from freshwater lake, Lake Ledulu which are in the same waters by conducting molecular identification using DNA barcoding method with CO1 gene. The DNA barcoding stages consist of DNA extraction, CO1 gene amplification through PCR reactions, and sequencing. The results of this study indicate that the CO1 gene is able to identify that tilapia fish that live in saltwater lakes, Dead Sea Lake Oemasapoka are the same species as tilapia fish that live in freshwater lakes, Lake Ledulu with a similar percentage of 99,53-100%. Reconstruction of the phylogenetic tree using the Maximum Likelihood method Kimura 2-Parameter evolution model, and 1000x bootstrap test showed that tilapia fish from Dead Sea Lake Oemasapoka and Lake Ledulu were in the same clade with a genetic distance of 0.000-0.004. Analysis of haplotype diversity of tilapia fish obtained from Dead Sea Lake Oemasapoka and Lake Ledulu there is one haplotype with a diversity value of 0.0824. The low value of this haplotype diversity can be caused by a low migration rate."

"Virus chikungunya (CHIKV) telah diketahui menginfeksi manusia danmenyebabkan penyakit di Indonesia sejak tahun 1982. Karakterisasi genetikyang berkelanjutan sangat diperlukan untuk membantu pengembanganupaya penanggulangan infeksi CHIKV di Indonesia. Penelitian dilakukanterhadap 14 isolat CHIKV hasil isolasi Viral Disease Program, US NAMRU-2,dalam tahun 2000--2005 dari Yogyakarta, Jember, Manado, Bandung, danJakarta dengan tujuan mengkarakterisasi genetik dan menggolongkangenotipe berdasarkan sekuens sebagian gen envelope-1 (E1) sepanjang260 nt dan gen envelope-2 (E2) sepanjang 220 nt. Sekuens kedua gendiperoleh melalui amplifikasi menggunakan empat primer (JMCL5, JMCR5,JMCL6, dan JMCR7) dan metode direct sequencing menggunakanautomated DNA sequencer. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik denganmetode neighbor-joining pada kedua wilayah gen menunjukkan seluruh isolatIndonesia berada dalam clade genotipe Asia. Seluruh isolat Indonesiaterkelompok dalam cluster yang monofiletik, mengindikasikan adanyakarakter spesifik. Tingkat kesamaan sekuens di antara isolat-isolat Indonesiabernilai lebih besar pada wilayah gen E1 (98,8--100%) daripada wilayahgen E2 (97,7--100%). Hasil alignment dengan strain vaksin, strain Nagpur,strain S27, dan strain 37997 menunjukkan terjadinya delapan substitusinukleotida pada masing-masing wilayah gen E1 dan gen E2 isolat-isolatIndonesia dengan tiga di antaranya mengakibatkan perubahan asam aminoiv(E1-F81L, E2-T92M, dan E2-T116I). Karakter-karakter molekular yang uniktersebut menunjukkan adanya potensi evolusi mikro CHIKV di Indonesia."

"Identifikasi nyamuk sebagai vektor penyakit bagi manusiadengan pendekatan morfologi memiliki banyak keterbatasan karena karakteristik nyamuk yang susah dibedakan hingga tingkat spesies. Pendekatan molekuler dengan gen mitokondria sitokrom c oksidase subunit 1 (mtCOI) sebagai penanda molekuler (DNA barcode) diketahui memiliki potensi untuk dijadikan sistem identifikasi universal. Penelitian bertujuan mengembangkan penggunaan gen mtCOI sebagai DNA barcode untuk identifikasi spesies nyamuk. Penelitian dilakukan di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Jakarta, selama sembilan bulan. Gen mtCOI diamplifikasi dengan teknik PCR menggunakan primer LCO 1490 dan HCO 2198. Sejumlah 16 sekuen barcode gen mtCOI nyamuk sepanjang 648 pb diperoleh dengan teknik sequencing. Hasil BOLD-IDS dan BLASTn menunjukkan tingkat kemiripan sampel sebesar 97--100% dengan database. Analisis filogenetik menunjukkan setiap spesies dapat membentuk cluster dengan spesies kerabatnya. Rata-rata perbedaan sekuen interspesifik lebih tinggi 9 kali dibandingkan rata-rata variasi sekuen intraspesifiknya, mengindikasikan keunggulan gen mtCOI sebagai DNA barcode. Hasil penelitian berhasil menyumbangkan 4 pustaka DNA barcode spesies nyamuk Anopheles, yaitu An. Kochi, An. sundaicus, An. subpictus, danivAn. maculatus. Penambahan jumlah sampel yang lebih banyak, terutama untuk anggota genus Anopheles diperlukan untuk menguji efektifitas dan validasi gen mtCOI sebagai DNA barcode universal."

"Ikan gupi (Poecilia reticulata) merupakan ikan hias air tawar yang telah menjadi komoditas ekspor utama di Indonesia. Persilangan antar strain ikan gupi sudah banyak dilakukan, namun masih sedikit ketersediaan informasi genetik intraspesies ikan gupi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik intraspesies ikan gupi dan hubungan kekerabatan antar populasi di wilayah Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang, dan Bekasi menggunakan marka gen Cytochrome Oxidase Subunit 1 (CO1). Amplifikasi PCR dan sekuensing menggunakan marka gen CO1 (F): 5 TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC-3 (26 pb) dan CO1 (R): 5 TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA-3 (26 pb). Analisis yang dilakukan terhadap sekuen DNA ikan gupi antara lain; homologi BLAST, jarak genetik, dan analisis filogenetik. Hasil analisis homologi berdasarkan BLAST menunjukkan persentase similaritas 98-99% terhadap mtDNA Poecilia reticulata dan Poecilia wingei. Hasil analisis didapatkan jarak terbesar dan kekerabatan terjauh adalah populasi Bekasi strain Albino Full Red dengan populasi Tangerang strain Cobra. Sekuens tersebut mungkin dapat digunakan untuk menghasilkan benih dengan keragaman tinggi.

---

Guppy fish (Poecilia reticulata) is fresh water ornamental fish which have been the top export commodity in Indonesia. A lot of guppy strains had been hybridized, yet there are still few information about intraspecies genetic variation. Research was conducted to study intraspecies genetic variation and phylogenetic relationship among guppy population in region Jakarta, Bogor, Depok, Tangerang and Bekasi using Cytochrome Oxidase Subunit 1 (CO1) as genetic marker. Amplification and sequencing were using CO1 (F): 5 TCAACCAACCACAAAGACATTGGCAC-3 (26 pb) and CO1 (R): 5 TAGACTTCTGGGTGGCCAAAGAATCA-3 (26 pb). Some analysis which had been done with guppy DNA were; BLAST homology, genetic distance, and phylogenetic analysis. BLAST homology resulted 98-99% similarity according to mtDNA Poecilia reticulata and Poecilia wingei. The biggest distance and farthest relationship belong to Albino Full Red strain in Bekasi with Cobra strain in Tangerang. Those sequences might be used to produce potential germ with high genetic variation."

"Berdasarkan data WHO pada pertengahan Juli 2021 lebih dari 185,2 juta orang di seluruh dunia terinfeksi virus corona atau Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Virus ini menyerang penapasan manusia yang dapat mengakibatkan infeksi paru-paru pada manusia dan bahkan dapat menyebabkan kematian. Tercatat bahwa lebih dari 4 juta orang di seluruh dunia meninggal akibat terinfeksi virus corona. Di Indonesia sendiri pada pertengahan Juli 2021 tercatat lebih dari 2,4 juta orang ternfeksi virus corona dan lebih dari 65,4 ribu orang meninggal akibat terinfeksi virus corona. Berdasarkan data tersebut, perlu dilakukan analisis kekerabatan virus SARS-CoV-2 untuk mengurangi penyebaran dan memberikan batasan sosial dari negara satu dengan negara lainnya. Identifikasi kekerabatan dari virus covid-19 dan penyebarannya dapat dilakukan dengan cara pembentukan pohon filogenetik dan clustering. Pada penelitian ini pohon filogenetik akan dibangun berdasarkan metode Hierarchical Clustering dengan menggunakan metode Multiple Encoding Vector dan K-Mer berdasarkan translasi DNA kodon menjadi asam amino. Jarak Euclidean akan digunakan untuk menentukan matriks jarak. Penelitian ini selanjutnya menggunakan metode K- Means Clustering untuk melihat penyebarannya, dimana nilai k ditentukan dari jumlah centroid yang dihasilkan dari metode Hierarchical Clustering. Penelitian ini mengambil sampel barisan DNA SARS-CoV-2 dari beberapa negara yang tertular. Dari hasil simulasi, nenek moyang SARS-CoV-2 berasal dari China. Hasil analisis juga menunjukkan bahwa leluhur covid-19 yang paling dekat dengan Indonesia berasal dari India, Australia dan Spanyol. Selain itu dari hasil simulasi dihasilkan bahwa barisan DNA SARS-CoV-2 terdiri dari 9 cluster dan cluster keenam adalah kelompok yang memiliki anggota paling banyak. Hasil analisis juga menunjukkan bahwa metode ini sangat opitimal dalam pengelompokan data dengan nilai 97.4%.

---

Based on WHO data in middle of July 2021, Coronavirus or Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is infecting more than 185.2 million people worldwide. The virus attacks human breathing, which can cause lung infections and can even cause death. More than 4 million people worldwide have died due to being infected with the coronavirus. In Indonesia alone, in mid-July 2021, there were more than 2.4 million people infected with the corona virus and more than 65.4 thousand people died from being infected with the corona virus. Based on those covid-19 survivor data, it is necessary to carry out a kinship analysis of the coronavirus to reduce its spreading. Identification of the kinship of the covid- 19 virus and its spread can be done by forming a phylogenetic tree and clustering. This study uses the Multiple Encoding Vector method and K-mer based on translation DNA codon to amino acid in analyzing sequences and Euclidean Distance to determine the distance matrix. This research will then use the Hierarchical Clustering method to determine the number of initial centroids and cluster, which will be used later by the K-Means Clustering method kinship in SARS-CoV-2 DNA sequence. This study took samples of DNA sequences of SARS-CoV-2 from several infected countries. From the simulation results, the ancestors of SARS-CoV-2 came from China. The results of the analysis also show that the closest ancestors of covid-19 to Indonesia came from India, Australia and Spain. In addition, the ancestors of SARS-CoV-2 came from China. The SARS- CoV-2 DNA sequence is also consisted of 9 clusters, and the sixth cluster is the group that has the most members. The results also show that this method is very optimal in a grouping of data with a value of 97.4%."