Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Dehidrozingeron adalah analog kurkumin hasil isolasi dari jahe Zingiber officinale yang diketahui memiliki berbagai aktivitas farmakologis. Walaupun begitu, dehidrozingeron masih belum diakui sebagai obat karena efeknya yang belum optimal. Oleh karena itu, dilakukan modifikasi struktur melalui reaksi Mannich yang diketahui dapat meningkatkan aktivitas farmakologis senyawa. Sintesis dilaksanakan dengan dua metode. Metode pertama dilakukan melalui reaksi kondensasi aldol antara vanilin dan aseton, dilanjutkan dengan reaksi Mannich menggunakan morfolin dan formaldehid. Rendemen crude dan rendemen murni yang dihasilkan pada masing-masing tahap adalah 76,94 dan 32,48 serta 51,83 dan 19,71. Metode kedua dilakukan dengan mensintesis vanilin morfolin dengan reaksi Mannich, dilanjutkan dengan kondensasi aldol menggunakan aseton. Rendemen crude yang dihasilkan adalah 51,19 dan 35,99. Hasil sintesis metode 1 diuji kemurniannya melalui uji KLT dan pengujian jarak lebur. Senyawa dielusidasi dengan spektrofotometri FT-IR, spektrofotometri UV-Vis, spektrometri 1H-NMR, spektrometri 13C-NMR serta MS. Setelah itu, dilaksanakan studi aktivitas antiinflamasi secara in vitro dan in silico. Uji in vitro dilakukan dengan teknik denaturasi albumin. Hasil IC50 yang diperoleh untuk senyawa uji adalah 12.261 M yang menunjukkan aktivitasnya lebih rendah 0,65 kali daripada natrium diklofenak. Nilai ?G yang diperoleh melalui AutoDock lebih rendah daripada dehidrozingeron, yakni sebesar -6,94 kkal/mol dan -6,78 kkal/mol untuk target COX-1 dan COX-2.

---

Dehydrozingerone is a curcumin analogue isolated from ginger which is known to have a variety of pharmacological activities. However, dehidrozingeron isn rsquo t acknowledged as a drug yet as the effect is not optimal. Therefore, structure modification via Mannich reaction that is known to increase the pharmacological activities is then performed.

Synthesis is done in two methods. The first method is done by reacting vanillin and acetone, followed by Mannich reaction using morpholine. Crude yield and pure yield obtained from each step is 76,94 and 32,48 , and 51,83 and 38 respectively. The second method is done by synthesizing vanillin morpholine first, followed by aldol condensation using acetone. Crude yield obtained from each step is 51.19 dan 39.95.

The compound is then evaluated for purity by TLC and melting point determination, elucidated with FT IR and UV Vis spectrophotometry, 1H NMR and 13C NMR spectrometry and MS. After that, antiinflammatory activity is studied by in vitro and in silico methods. In vitro assay is done using albumin denaturation technique.

The IC50 result is 12.261 M, showing the activity to be 0.63 times lower than diclofenac sodium. G value from AutoDock is lower than dehydrozingerone, which is 6,94 kkal mol and 6,78 kkal mol for the COX 1 and COX 2."

"Stroke iskemik merupakan salah satu jenis penyakit kardiovaskular yang disebabkan oleh bekuan darah yang menghalangi aliran darah ke otak. Saat iskemia, sel saraf mengalami aktivasi yang menginduksi pelepasan glutamat dalam jumlah besar sehingga terjadi stimulasi reseptor glutamat berlebihan yang akhirnya dapat terjadi eksitotoksisitas. Penghambatan reseptor glutamat ionotropik, yaitu reseptor AMPA, menjadi pendekatan untuk pengobatan iskemia. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengeksplorasi kemungkinan senyawa herbal Indonesia sebagai antagonis reseptor AMPA. Dalam penelitian ini, penapisan virtual dilakukan dengan metode penambatan menggunakan AutoDock untuk menemukan kandidat antagonis reseptor AMPA dari basis data tanaman obat Indonesia. Metode penapisan virtual divalidasi oleh area under curve AUC dari kurva ROC dan enrichment factor EF . Lipinski rsquo;s Rule of Five digunakan untuk menyaring hasil skrining. Validasi hasil penapisan virtual menunjukkan bahwa AUC adalah 0,9385 dan EF 1 adalah 23,5550. Hasil skrining dari basis data tanaman obat Indonesia menunjukkan lima senyawa sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, dan boeravinone F -8,51; -8,39; -8,19; -8,17; -8,08 kkal / mol, masing-masing dan memiliki interaksi dengan residu reseptor AMPA TYR61A dan THR91A. Lima senyawa dari database herbal Indonesia sanggenol O, blazeispirol X, progesteron, nimolicinol, dan boeravinone F memiliki potensi sebagai antagonis reseptor AMPA berdasarkan metode penambatan.

---

Ischemic stroke is one type of cardiovascular disease caused by blood clots that block blood flow to the brain. During ischemia, nerve cells undergo activation that induce large amounts of glutamate release resulting in excessive glutamate receptor stimulation which can eventually lead to excitotoxicity. Inhibition of the ionotropic glutamate receptor, i.e. the AMPA receptor, becomes approach to the treatment of ischemia. The aim of this study is to explore possibility of Indonesian herbal compound as AMPA receptor antagonist. In this study, virtual screening was performed by docking method using AutoDock to find the antagonist candidate of AMPA receptor from Indonesian herbal database. Virtual screening method was validated by area under curve AUC of ROC curve and enrichment factor EF . Lipinski rsquo s Rule of Five was used to filter the screening result. The validation of virtual screening results showed that AUC is 0.9385 and EF 1 is 23.5550. The screening result of Indonesian herbal database show top five compound sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, and boeravinone F 8.51 8.39 8.19 8.17 8.08 kcal mol, respectively and have interaction with TYR61A and THR91A residues of AMPA receptor. Five compounds of the Indonesia herbal database sanggenol O, blazeispirol X, progesterone, nimolicinol, and boeravinone F have potency as an AMPA receptor antagonist based on the docking method."

"Kanker adalah suatu penyakit dimana sel tubuh bersifat abnormal dan tumbuh secara tidak terkontrol yang bisa meluas dan menyebar ke setiap bagian di tubuh manusia. Ditemukan ekspresi berlebih procaspase-3 pada beberapa kanker yang harus diaktivasi menjadi Caspase-3 agar dapat menginduksi apotosis pada sel. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai aktivator Procaspase-3 menggunakan peranti lunak Autodock dan Autodock Vina. Penelitian ini divalidasi menggunakan parameter Enrichment Factor EF, Receiver Operating Characteristics ROC gunakan Autodock diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan-8,28 -9,31 kkal/mol dan menggunakan Autodock Vina diperoleh sepuluh senyawa terbaik dengan energi ikatan -8,1 -8,8 kkal/mol. Didapatkan dua senyawa yang beririsan pada kedua peranti lunak, yaitu Betulinic acid dan Maslinic acid. Betulinic acid berinteraksi dengan residu dengan Leu136A, Lys137A, Tyr195A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina. Sedangkan Maslinic acid berinteraksi pada residu Leu136A, Lys137A, dan Pro201 pada Autodock dan Autodock Vina.

---

Cancer is a disease where body cell being abnormal and grow uncontrolled which can spread to every part of human body. Previous research found excessive expression of Procaspase 3 on cancer that must be activated to Caspase 3 in order to induce apoptotic in cells. In this research, virtual screening of Indonesian Herbal Database as Procaspase 3 activator was performed using Autodock and Autodock Vina software. This research was validated using Enrichment Factor EF , Receiver Operating Characteristics ROC, and Area Under Curve AUC parameters. Results of virtual screening using Autodock obtained the best ten compounds with binding energy 8,28 9,31 kcal mol and Autodock Vina obtained the best ten compounds with binding energy 8,1 8,8 kcal mol. Both virtual screening software showed two compounds in common, which is Betulinic Acid, and Maslinic acid. Betulinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, Tyr195A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina. While Maslinic acid interacts with residue Leu136A, Lys137A, and Pro201 in Autodock and Autodock Vina."

"Beberapa penelitian menunjukkan bahwa antagonis Adenosin A2A mengurangi fluktuasi motorik, diskinesia, melindungi dari kelainan neurodegeneratif pada penyakit Parkinson di dalam otak manusia yang bersifat progresif kronis dengan hilangnya neuron dopaminergik. Tujuan dari penelitian ini adalah menemukan senyawa herbal Indonesia sebagai inhibitor Adenosin A2A dengan menggunakan metode penapisan virtual.Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai antagonis Adenosin A2A menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina yang divalidasi menggunakan basis data Directory of Useful Decoys: Enhanced DUD-E. Metode ini divalidasi dengan menggunakan parameter Enrichment Factor EF dan Area Under Curve AUC dengan kurva Receiver Operating Characteristics ROC.Berdasarkan hasil validasi, grid box yang digunakan untuk penapisan menggunakan AutoDock adalah grid box 60 x 60 x 60 dengan nilai EF1 sebesar 16,5869 dan AUC 0,8406. Terdapat dua senyawa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dengan energi ikatan ndash;10,19 dan -9,55 kkal/mol, masing-masing menunjukkan interaksi dengan situs aktif Adenosin A2A pada residu ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, dan ILE274. Penelitian ini menyimpulkan bahwa Chitranone dan 3-O-Methylcalopocarpin dapat diusulkan untuk dikembangkan sebagai antagonis Adenosin A2A.

---

Previous research found that Adenosine A2A antagonist allows to reduce motor fluctuations, dyskinesia, protect from neurodegenerative disorder in Parkinsons disease in the human brain which is chronic progressive of losing dopaminergic neurons. The aim of this study is to explore Indonesian herbal compounds as Adenosine A2A inhibitor using virtual screening method.

In this study, virtual screening of Indonesian herbal database as Adenosine A2A inhibitor was done by AutoDock and AutoDock Vina and was validated by database from A Directory of Useful Decoys Enhanced DUD E. The method was validated by Enrichment Factor EF and Area Under Curve AUC of Receiver Operating Characteristics ROC curve. Based on the validation results, grid box that was used in virtual screening using AutoDock is 60 x 60 x 60 with EF1 16.5869 and AUC 0.8406.

The two compounds Chitranone and 3 O Methylcalopocarpin with binding energy 10.19 and 9.55 kcal mol, respectively showing interaction with Adenosine A2A active site at residues ALA63, ILE66, ALA81, LEU85, PHE168, GLU169, MET177, TRP246, LEU249, ASN253, and ILE274. This study conclude that Chitranone and 3.O Methylcalopocarpin could be proposed to be developed as Adenosine A2A antagonist."

"Akhir-akhir ini, perhatian telah diberikan untuk meneliti bahan alam laut yang berpotensi sebagai antikanker khususnya untuk kanker payudara, yaitu teripang atau sea cucumber. Triterpen glikosida merupakan senyawa bioaktif yang menunjukkan aktivitas antikanker atau aktivitas sitotoksik yang jumlahnya paling banyak terkandung dalam Teripang, seperti frondoside A, okhotosid B1-B3, intercedenside A-C, holothurin A, dan 24-dehydroechinoside. Pada penelitian ini, dilakukan penambatan molekul pada senyawa bioaktif teripang terhadap target reseptor ER-α, FGFR1, VEGFR2, PR, dan IGF-1R yang berperan dalam penyakit kanker payudara untuk diamati interaksi yang situs aktifnya mempunyai potensial sebagai antikanker payudara. Dari hasil penambatan hanya ER-α dan IGF-1R yang menunjukkan hasil energi bebas ikatan paling rendah dengan menggunakan parameter Vina. Dari hasil penambatan dan visualisasi interaksi senyawa bioaktif teripang dengan ER- α, senyawa 24-dehidroechinoside, holothurin A, intercedenside A, intercedenside B, okhotoside B1, dan okhotoside B2 memiliki kemiripan posing dengan kontrol positif (inhibitor). Adapun pada IGF-1R hanya senyawa 24-dehidroechinoside yang ditemukan memiliki kemiripan posing dengan kontrol positif.

---

Recently, attention has been given to examine the potential of marine natural products as anticancer, especially for breast cancer, which is Teripang or sea cucumber. Triterpene glycosides are bioactive compounds mostly found in sea cucumber that show anticancer activity or citotoxic activity, such as frondoside A, okhotosides B1-B3, intercedensides A-C, holothurin A, and 24- dehydroechinoside. Molecular docking of sea cucumber bioactive compounds was conducted towards five receptor target which have role in breast cancer, such as estrogen receptor alpha, fibroblast growth factor receptor 1 (FGFR1), vascular endothelial growth factor receptor 2 (VEGFR2), progesterone receptor (PR), insulin-like growth factor 1 receptor (IGFR1) to observed the interaction which active site has the potential as anti-breast cancer. The results shows that ER-α and IGF-1R gives the lowest binding energy by using Vina parameter. Compounds that showed similar posing of positive control (inhibitor) in ER- α are 24-dehidroechinoside, holothurin A, intercedenside A, intercedenside B, okhotoside B1, and okhotoside B2. While in IGF-1R, 24-dehidroechinoside is the only compound who showed similar posing to the positive control."

"Penyakit kardiovaskular adalah salah satu penyebab kematian yang banyak di dunia saat ini. Salah satu penyebab penyakit kardiovaskular adalah trombosis arterial yang bisa disebabkan oleh agregrasi platelet yang menutup arteri. Salah satu faktor penting dalam agregrasi platelet adalah aktivasi platelet oleh ADP dengan reseptor P2Y 12. Penelitian ini dilakukan untuk mencari kandidat inhibitor ADP P2Y 12 yang berasal dari tanaman herbal Indonesia menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina. 96 senyawa yang terbukti memiliki aktivitas inhibisi terhadap ADP P2Y12 digunakan sebagai kontrol positif dan digunakan untuk membuat pengecoh pada DUD-E dengan mengunggah kontrol positif ke laman DUD-E. Penapisan yang dilakukan mendapatkan satu senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor P2Y 12 yaitu Roxburghine B yang berikatan pada residu asam amino yang penting Lys280 dan Arg256.

---

Cardiovascular desease is one of the leading causes of death in the world. One of the causes of cardiovascular disease is artherial thrombosis that can be caused by platelet agregration that is covered in arteries. One of important factor in platelet agregration is platelet activation by ADP receptors, P2Y 12. This research was conducted to find candidate inhibitor of P2Y 12 from Indonesian herbal plants database using AutoDock and AutoDock Vina. Ninety six compounds known for their inhibitory activity against P2Y 12 were used as actives and as reference for generating decoys on DUD E by upload positive control to DUD E website. The virtual screening yields one potential P2Y 12 inhibitor. Roxburghine B binds to important amino acid residues of Lys280 and Arg256. "

"Kanker paru-paru merupakan salah satu jenis kanker yang paling banyak diderita, terutama di negara dengan jumlah perokok dan tingkat polusi yang tinggi seperti Indonesia. Dalam beberapa tahun belakangan, perkembangan obat kanker paru jenis karsinoma bukan sel kecil diarahkan pada pengobatan multitarget karena pada pengobatan target tunggal sering kali proliferasi sel tumor dapat diaktifkan kembali melalui jalur yang lain seperti angiogenesis. Eksplorasi senyawa bioaktif dari bahan laut, termasuk fungi laut, telah mendapat perhatian khusus akhir-akhir ini sebagai pengobatan antikanker. Pada penelitian ini dilakukan pembuatan pangkalan data dan penapisan secara in silico untuk memperoleh senyawa aktif fungi laut yang berpotensi sebagai inhibitor EGFR-TK dan VEGFR2 kinase, yang masing-masing berperan sebagai agen antiproliferatif dan antiangiogenesis, menggunakan AutoDock dan Vina. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan tiga senyawa aktif sebagai inhibitor EGFR-TK (FU0015, FU0051, dan FU0202), satu senyawa aktif sebagai inhibitor VEGFR-2 kinase (FU0033), serta 17 senyawa potensi inhibitor multitarget (FU0018, FU0019, FU0028, FU0034, FU0037, FU0038, FU0029, FU0043, FU0079, FU0105, FU0127, FU0155, FU0156, FU0158, FU0248, FU0254, FU0261). Seluruh senyawa aktif tersebut berasal dari filum Ascomycota sehingga diharapkan dapat dilakukan eksplorasi lebih lanjut fungi laut dari filum Ascomycota.

---

Lung cancer is one of the most common type of cancer, especially in countries with high numbers of smokers and high levels of pollution such as Indonesia. In the past few years, drug development of non-small cell lung cancer has been directed to a multitarget treatment as oftentimes on a single-targeted treatment proliferation of tumor cells can be reactivated via other pathways such as angiogenesis. Exploration of bioactive compounds from marine materials, including marine fungi, for anticancer treatment has become a major concern lately. In this research, database was created and in silico screening was conducted to obtain potential marine fungi active compounds as EGFR-TK and VEGFR2 kinase inhibitor, for each act as antiproliferative and antiangiogenesis agents, by using AutoDock and Vina. Based on these screening results have been identified three active compounds as the inhibitor of EGFR-TK (FU0015, FU0051, and FU0202), one active compound as the inhibitor of VEGFR-2 kinase (FU0033), and 17 compounds that potentially become a multitarget inhibitor (FU0018, FU0019, FU0028, FU0034, FU0037, FU0038, FU0029, FU0043, FU0079, FU0105, FU0127, FU0155, FU0156, FU0158, FU0248, FU0254, FU0261). All of these active compounds are from Ascomycota phylum so that further marine fungi exploration can be conducted from Ascomycota phylum."