Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Ikan badut merupakan salah satu jenis dari ikan hias laut yang menjadi primadona di pasar baik dalam negeri maupun luar negeri. Hal ini mempengaruhi ketersediaan ikan badut di alam sehingga perlu ditunjang dengan usaha budidaya. Pendekatan secara molekuler sebagai penunjang pendekatan secara morfologi dibutuhkan untuk mendapatkan induk dan benih yang berkualitas. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies ikan badut menggunakan teknik DNA barcode dengan gen penanda 16S rRNA dan merekonstruksi pohon filogenetik molekuler ikan badut. Hasil amplifikasi PCR menghasilkan fragmen DNA berukuran 600 panjang basa (pb). Hasil analisa jarak genetik menunjukkan nilai antara 0,00-0,07. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik membentuk pohon kekerabatan dengan 7 kluster utama. Hasil penelitian berupa informasi genetik dan hubungan kekerabatan molekuler dari tiap sampel ikan badut dapat digunakan sebagai acuan dasar untuk upaya pengelolaan, pemuliaan, dan konservasi lebih lanjut.

---

Clownfish is one type of marine ornamental fish that is excellent in the market both domestically and abroad. This affects the availability of clownfish in nature so that it needs to be supported by cultivation efforts. A molecular approach to support the morphological approach is needed to get quality broodstock and seeds. This study aims to identify clownfish species using DNA barcode techniques with 16S rRNA marker genes and reconstruct the clownfish's molecular phylogenetic tree. The results of PCR amplification produced DNA fragments measuring 600 base pair (bp). The results of genetic distance analysis showed a value between 0.00-0.07. The results of the reconstruction of phylogenetic trees formed a family tree with 7 main clusters. The results of the research in the form of genetic information and molecular relationships from each clownfish sample can be used as a basic reference for further management, breeding, and conservation efforts."

"Hubungan infeksi fungi pada penderita asma ditemukan pada sekitar satu per tiga kasus asma. Spesies yang paling umum menyerang saluran pernapasan adalah Aspergillus fumigatus, diikuti oleh A. flavus, A. niger, dan A. terreus. Metode identifikasi yang dapat dilakukan adalah identifikasi molekuler, namun, standar identifikasi fungi pada sampel klinis belum ditetapkan. Gen calmodulin (CaM) direkomendasikan sebagai barcode untuk identifikasi fungi pada genus Aspergillus karena kemampuan membedakan antarspesies yang tinggi. Pada penelitian ini, kemampuan CaM sebagai DNA barcode Aspergillus spp. dan kandidat diagnosis molekuler aspergillosis dianalisis dengan melakukan identifikasi spesies dan analisis variasi sekuens CaM pada isolat klinis asma. Metode yang dilakukan adalah kultur isolat menggunakan sabouraud dextrose agar (SDA) dan sabouraud dextrose broth (SDB), ekstraksi DNA menggunakan phenol chloroform isoamyl alcohol (PCI), amplifikasi CaM, visualisasi menggunakan elektroforesis, sekuensing, dan analisis sekuens. Hasil penelitian menunjukkan bahwa CaM dapat mengidentifikasi 13 isolat. Gen CaM juga berhasil membedakan A. niger dan A. welwitschiae yang memiliki kemiripan genetik tinggi. Multiple alignment dari sekuens isolat menunjukkan variasi yang tinggi dengan persentase kemiripan antarspesies Aspergillus sebesar 55—65,5% dan 79,2—86,4% khusus untuk kemiripan antarspesies kelompok Nigri. Tingkat diskriminasi CaM pada genus Aspergillus juga mendukung potensi sebagai kandidat diagnosis molekuler fungal asthma atau aspergillosis secara umum.

---

Fungal infection on asthmatic patients is found about one third of asthma cases. The main species infecting respiratory organs is Aspergillus fumigatus, followed by A. flavus, A. niger, and A. terreus. Fungal on clinical isolate can be identified through molecular identification, however, there is no standardized method. Calmodulin gene (CaM) is a barcode recommended for Aspergillus identification because of its ability to differentiate between species. In this research, CaM ability as DNA barcode and candidate for aspergillosis molecular diagnosis is analyzed through species identification and CaM sequence variation analysis on clinical isolate derived from asthmatic patients. The procedures include isolate culture using sabouraud dextrose agar (SDA) and broth (SDB), DNA extraction using phenol chloroform isoamyl alcohol (PCI), CaM amplification, visualization using electrophoresis, sequencing, and sequence analysis. Results show that CaM is able to identify all of 13 isolates. CaM is also able to differentiate A. niger and A welwitschiae that have high genetic similarity. Multiple alignment of isolate sequence shows high variation with interspecies similarity of 55—65,5% and 79,2—86,4% for interspecies similarity of Nigri section. Discriminate level of CaM on the genus Aspergillus also promotes the potential as a candidate for molecular diagnosis of fungal asthma or aspergillosis."

"Chronic pulmonary aspergillosis (CPA) merupakan penyakit infeksi akibat Aspergillus spp. yang banyak ditemukan pada penderita pasca tuberkulosis paru (TB paru). Identifikasi Aspergillus tingkat spesies dibutuhkan untuk keperluan diagnosis dan perencanaan pengobatan. Gen β-tubulin (benA) direkomendasikan sebagai DNA barcode dalam identifikasi Aspergillus spp. Penelitian ini bertujuan untuk menguji β-tubulin sebagai DNA barcode dan untuk mengonfirmasi identifikasi molekuler Aspergillus spp. menggunakan gen β-tubulin sebagai kandidat penegak diagnosis CPA dari sampel sputum TB paru. Penelitian dilakukan dengan mengamplifikasi sekuens β-tubulin dari 31 isolat Aspergillus spp. yang telah diamati secara morfologi lalu dilakukan pencocokan sekuens hasil sekuensing dengan pangkalan data NCBI. Multiple alignment dilakukan untuk melihat variasi sekuens dan Needle pairwise alignment dilakukan untuk mengetahui kemiripan antarsekuens. Hasil menunjukkan terdapat isolat Aspergillus spp. teridentifikasi sesuai dengan pengamatan morfologi (n=17), spesies berbeda (n= 12), dan fungi bukan Aspergillus (n=2). Aspergillus fumigatus, A. flavus, A. tamarii, A. niger, A. tubingensis, A. welwitschiae, dan A. brunneoviolaceus berhasil teridentifikasi. Gen β-tubulin memiliki variasi intraspesifik rendah dan interspesifik tinggi sehingga dapat digunakan dalam mengidentifikasi Aspergillus spp. serta berpotensi menjadi kandidat diagnosis CPA.

---

Chronic pulmonary aspergillosis (CPA) is an infectious disease caused Aspergillus spp. that is often found in post-pulmonary tuberculosis (PTB) patients. Species-level identification of Aspergillus spp. is required for diagnosis and treatment planning purposes. The β-tubulin (benA) gene is recommended as a DNA barcode in identifying Aspergillus. This study aims to test β-tubulin as DNA barcode and to confirm Aspergillus spp. identification using β-tubulin as CPA diagnosis candidate from pulmonary TB sputum samples. The study was conducted by amplifying β-tubulin sequences from 31 samples of Aspergillus spp. which have been morphologically identified then proceed to compare sequencing result with NCBI database. Multiple alignment is performed to see sequence variations and Needle pairwise alignment is perfomed to determine sequences similarity. Results show the presence of Aspergillus spp. isolates that correspond to morphological observations (n=17), different species (n=12), and non-Aspergillus fungi (n=2). Aspergillus fumigatus, A. flavus, A. tamarii, A. niger, A. tubingensis, A. welwitschiae, and A. brunneoviolaceus were successfully identified. The β-tubulin gene shows low intraspecific and high interspecific variations that is useful for Aspergillus spp. identification and is a potential candidate for CPA diagnosis."

"Identifikasi nyamuk sebagai vektor penyakit bagi manusiadengan pendekatan morfologi memiliki banyak keterbatasan karena karakteristik nyamuk yang susah dibedakan hingga tingkat spesies. Pendekatan molekuler dengan gen mitokondria sitokrom c oksidase subunit 1 (mtCOI) sebagai penanda molekuler (DNA barcode) diketahui memiliki potensi untuk dijadikan sistem identifikasi universal. Penelitian bertujuan mengembangkan penggunaan gen mtCOI sebagai DNA barcode untuk identifikasi spesies nyamuk. Penelitian dilakukan di Lembaga Biologi Molekuler Eijkman, Jakarta, selama sembilan bulan. Gen mtCOI diamplifikasi dengan teknik PCR menggunakan primer LCO 1490 dan HCO 2198. Sejumlah 16 sekuen barcode gen mtCOI nyamuk sepanjang 648 pb diperoleh dengan teknik sequencing. Hasil BOLD-IDS dan BLASTn menunjukkan tingkat kemiripan sampel sebesar 97--100% dengan database. Analisis filogenetik menunjukkan setiap spesies dapat membentuk cluster dengan spesies kerabatnya. Rata-rata perbedaan sekuen interspesifik lebih tinggi 9 kali dibandingkan rata-rata variasi sekuen intraspesifiknya, mengindikasikan keunggulan gen mtCOI sebagai DNA barcode. Hasil penelitian berhasil menyumbangkan 4 pustaka DNA barcode spesies nyamuk Anopheles, yaitu An. Kochi, An. sundaicus, An. subpictus, danivAn. maculatus. Penambahan jumlah sampel yang lebih banyak, terutama untuk anggota genus Anopheles diperlukan untuk menguji efektifitas dan validasi gen mtCOI sebagai DNA barcode universal."