Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 6 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Rizky Arcinthya Rachmania
Modifikasi Oseltamivir sebagai Penghambat Neuraminidase Virus Influenza A Subtipe H1N1 melalui Docking dan Simulasi Dinamika Molekul
"Resistansi terhadap oseltamivir yang baru-baru ini dialami oleh virus pandemik 2009 menjadi masalah utama sejak munculnya resisten pada virus tersebut. Mutasi H274Y pada framework neuraminidase menyebabkan oseltamivir resisten terhadap strain H1N1. Penelitian ini bertujuan memodifikasi oseltamivir sebagai penghambat neuraminidase dalam melawan virus influenza A subtipe H1N1. 1232 ligan oseltamivir modifikasi dirancang berdasarkan sifatsifat residu asam amino pada sisi katalitik neuraminidase. Molekul-molekul ligan dan oseltamivir dan zanamivir sebagai ligan standar didocking berdasarkan pada energi terendah sebagai energi pengikatan dan interaksi ikatan pada sisi katalitik. Interaksi tiga ligan terbaik dievaluasi pada keadaan terhidrasi menggunakan simulasi dinamika molekul pada dua temperatur. Hasil docking menunjukkan ligan AD3BF2D (N-[(1S,6R)-5-amino-5- {[(2R,3S,4S)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4- formylcyclohex-3-en-1-yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) memiliki energi pengikatan dan interaksi yang lebih baik dibandingkan ligan standar. Energi pengikatan yaitu -7,8885 kkal/mol dan memiliki 10 ikatan hidrogen sebagai interaksi terhadap sisi katalitik neuraminidase. Ligan AD3BF2D memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi katalitik sebagai afinitas ligan AD3BF2D terhadap neuraminidase pada simulasi dinamika molekul. Pada akhir simulasi temperatur 300 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278. Pada akhir simulasi temperatur 312 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278, Arg293, dan Arg293. Perbedaan konformasi enzim selama simulasi menunjukkan pengaruh adanya pelarut dan inhibitor. Hasil diatas menunjukkan bahwa ligan AD3BF2D dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtipe H1N1.
The emergence of oseltamivir resistance 2009 pandemic virus remains a major concern, since widespread oseltamivir resistance has been observed in seasonal H1N1 viruses recently. The H274Y neuraminidase mutation on the framework residue confers oseltamivir resistance on the currently circulating H1N1 strain. This research is focused on modification of oseltamivir functional groups as neuraminidase inhibitor to against influenza A virus subtype H1N1. 1232 oseltamivir modified ligands were designed base on properties of amino acid residues in catalytic site of neuraminidase. All molecules and oseltamivir as standard ligands were docked based on the lowest energy as the binding energy and the interaction binding to the catalytic site were analyzed. Three of the best ligands interaction were evaluated in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. The docking result showed that AD3BF2D ligand (N-[(1S,6R)-5-amino-5-{[(2R,3S,4S)-3,4- dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4-formylcyclohex-3-en-1- yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) has better values than oseltamivir as standard. Binding energy is -7.8885 kcal/mol and able to form 10 hydrogen bonds to the catalytic site of neuraminidase. AD3BF2D has interaction to form hydrogen bond with residue in catalytic site as the affinity of AD3BF2D ligand to the neuraminidase in molecular dynamics simulation. At the end simulation temperature of 300 K hydrogen bond was formed with Glu278 and at the end simulation temperature of 312 K three hydrogen bonds were formed with Glu278, Arg293 and Arg293. Different conformation of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the presence of solvent and inhibitor. The results show that AD3BF2D ligand can be used as the candidate of neuraminidase inhibitor to against influenza A inhibitor virus subtype H1N1."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2010
T29021
UI - Tesis Open  Universitas Indonesia Library
cover
Dhiyadira Ayu Cendikia
Optimisasi Parameter dan Penambatan Molekuler Senyawa Flavonoid sebagai Inhibitor Adenilat Siklase 10 = Parameter Optimization and Molecular Docking of Flavonoid as Adenylyl Cyclase 10 Inhibitor
"Adenilat siklase 10 merupakan suatu enzim yang berlokasi di sitosol yang berperan dalam
katalisis konversi ATP menjadi cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Sebagai suatu
second messenger, cAMP berperan dalam pengaturan berbagai fungsi sel terutama
proliferasi dan apoptosis, termasuk pada sel kanker dalam kondisi patofisiologis. Enzim
ini diketahui memperparah kondisi kanker dengan meningkatkan proliferasi dan
menghambat apoptosis. Hal ini menjadikan inhibisi adenilat siklase 10 menjadi salah satu
target yang dapat dimanfaatkan untuk menjadi agen terapi antikanker. Studi penelitian
menunjukkan bahwa senyawa flavonoid diketahui memiliki aktivitas pada penekanan
proliferasi dan induksi apoptosis. Oleh karena itu, dilakukan analisis in silico untuk
mendapatkan senyawa kandidat inhibitor adenilat siklase 10 dengan afinitas terbaik.
Penambatan molekuler dilakukan menggunakan AutoDock 4, selanjutnya dilakukan
visualisasi interaksi hasil penambatan menggunakan LigPlot dan PyMOL. Parameter
optimisasi yang diperoleh untuk penambatan molekuler adenilat siklase 10 adalah
menggunakan grid box 40x40x40 unit dengan energi evaluasi 2.500.000 (medium).
Berdasarkan hasil penambatan, flavonoid amentoflavone merupakan kelompok senyawa
terbaik dengan afinitas ikatan tertinggi, yang mana tujuh dari delapan senyawanya
memiliki energi ikatan pada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Selain itu,
sepuluh senyawa flavonoid yang direkomendasikan adalah yang memiliki energi ikatan
pada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Dapat disimpulkan bahwa
senyawa-senyawa tersebut adalah senyawa potensial yang dapat dijadikan kandidat obat
inhibitor adenilat siklase 10.
Adenylyl cyclase 10 is an enzyme located in cytosol that plays a role in catalysis of ATP
to cyclic adenosine monophosphate (cAMP). As a secondary messenger, cAMP
physiologically regulates various cell functions especially proliferation and apoptosis,
including cancer cells in pathophysiological condition. This enzyme is known to worsen
the condition of cancer by increasing the proliferation and inhibiting the apoptosis. Hence,
the inhibition of adenylyl cyclase 10 is one of the targets that can be used to become an
anticancer therapy agent. Research studies show that flavonoid compounds are known to
have an activity on suppression of proliferation and induction of apoptosis. Therefore, an
in silico analysis needs to be done to obtain the candidate compound of adenylyl cyclase
10 inhibitor with the best affinity. Molecular docking was done by using AutoDock 4,
then the interactions of docking results is visualized by using LigPlot and PyMOL.
Optimization parameter obtained for molecular docking of adenylyl cyclase 10 was using
40x40x40 unit grid box with 2.500.000 energy evaluation (medium). Based on the
screening results, amentoflavone is the best group of compounds with the highest affinity
bond, which is seven of its eight compunds had the binding energy in the range of -10,00
kcal/mol to -11,50 kcal/mol. Other than that, the most ten recommended flavonoid
compounds are those with the lowest binding energy in the range of -10,00 kcal/mol to -
11,50 kcal/mol. These compounds are the potential compounds that can be used as
adenylyl cyclase 10 inhibitor drug candidates."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia , 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Harry Noviardi
Perancangan Peptida Siklis Disulfida melalui Simulasi Molecular Docking dan Dynamics sebagai Inhibitor Potensial dari Interaksi Enzim PAC-PB1N Polymerase Virus H1N1
"Perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral sudah mulai mengalami proses resistensi terhadap virus tersebut. Oleh karena itu diperlukan untuk mencari pengobatan baru di dalam mengatasi infeksi virus tersebut. RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), yang terdiri atas polymerase A, B1, dan B2, mempunyai peranan terhadap proses replikasi dan transkripsi pada virus. Interaksi yang terjadi antara polymerase A dan B1 merupakan daerah target obat potensial baru yang sedang mulai dikembangkan. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena disebabkan oleh aktifitas dan selektifitas peptida yang cukup baik. Penentuan sequence asam amino peptida berdasarkan pada sifat permukaan dari interaksi antara polymerase A dan B1.
Residu asam amino pada ligan peptida dirancang berdasarkan pada hasil analisis secara in vivo terhadap residu asam amino polymerase PB1 yang memiliki peranan terhadap interaksi ikatan pada PA. Residu asam amino tersebut merupakan penyusun dari 48 asam amino polymerase B1 pada posisi N-terminal. Sebanyak 12 asam amino awal pada polymerase B1 memberikan kontribusi terhadap interaksi pengikatan terhadap polymerase A. Residu asam amino tersebut digunakan sebagai penyusun ligan peptida. Pembentukkan siklisasi disulfida pada peptida bertujuan untuk meningkatakan kestabilan dari peptida tersebut. Hasil perancangan ligan peptida siklis didapatkan sebanyak 1728 ligan kandidat obat.
Simulasi molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan software MOE 2008.10. Analisis simulasi docking dilakukan terhadap energi bebas ikatan, ikatan hidrogen, kontak residu, dan analisis drug scan berdasarkan aturan Lipinski. Simulasi molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi kompleks enzim di dalam keadaan terhidrasi. Selain itu melihat pengaruh konformasi kompleks enzim terhadap kehadiran molekul pelarut. Stabilitas konformasi enzim dapat dilihat dari hasil perhitungan perubahan nilai RMSD terhadap waktu simulasi. Berdasarkan pada hasil molecular docking dan dynamics, hanya terdapat dua ligan peptida siklis yang dapat berinteraksi dengan polymerase A dan B1 (PAC-PB1N). Ligan tersebut adalah ligan CKTTC dan CKKTC.
The influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. The viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in influenza A virus consisting of three subunits, PA, PB1, and PB2, has crucial roles in viral replication and transcription. The highly conserved PB1 binding site on PA can be considered as a potential target for the development of new anti-influenza drugs. Peptides are preferable for designing inhibitors because of its high activity and specificity.
In this work, the peptide ligands were designed based on the same characteristic with molecular surface of the crystal structure PAC and PB1N. Molecular surface of the crystal structure PAC-PB1N had the hydrophobic pockets. The N-terminal 48 amino acids of PB1, termed domain α, contain the residues required for binding PA. The first 12 amino acids of PB1 were found to constitute the core of the interaction interface. We made combination from the first 12 amino acids of PB1 to become peptide. We cyclized our peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. 1728 cyclopentapeptide inhibitors have already designed in this study.
We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation. The docking method was performed to carry out enzyme-inhibitor binding interactions, free energy binding, estimated Ki values and five Lipinski rules. The molecular dynamics simulation was performed to know solvation effect into complex enzyme-ligand, and also to understand the interactions within the inhibitor and the enzyme's binding sites. RMSD was calculated to know the stabilty of complex enzyme. Conformational changes of enzymes which occur during molecular dynamics simulation showed the dynamicization of an enzyme in the presence of solvent and inhibitor. Based on the docking and dynamics simulation result, only two cyclopentapeptide, namely CKTTC and CKKTC, could be proposed as a potential inhibitor to the interaction polymerase A and B1 (PAC-PB1N) in A/2009(H1N1) virus."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2010
T29073
UI - Tesis Open  Universitas Indonesia Library
cover
Novrina Ariij Aisyti
Studi Komparatif dan Permodelan In Silico Senyawa Propolis Tetragonula biroi aff. Sulawesi sebagai Inhibitor ALK, HER2, dan BTK dalam Target Terapi Kanker = Comparative Study and In Silico Modelling of Sulawesi Tetragonula biroi aff. Propolis Compounds as ALK, HER2, and BTK Inhibitors in Cancer Targeted Therapy
"Salah satu perkembangan menarik dalam pengobatan kanker adalah target terapi kanker, yaitu pemberian obat yang ditargetkan secara molekuler untuk menginhibisi protein onkogenik tirosin kinase. Tirosin kinase adalah enzim kinase yang berperan dalam proses seluler seperti pertumbuhan, diferensiasi, migrasi, dan apoptosis sebuah sel. Mutasi atau ekspresi berlebih dari tirosin kinase dapat mengakibatkan perubahan fungsi seluler tirosin kinase yang memicu pembentukan sel tumor dan kanker, sehingga inhibisi dari protein tersebut dapat memperlambat proliferasi dan angiogenesis dari sel kanker. Pada penelitian ini, permodelan secara in silico digunakan untuk mengetahui aktivitas inhibisi senyawa propolis yang berasal dari lebah tak bersengat Tetragonula biroi aff. Indonesia pada target protein tirosin kinase penyebab non-small cell lung cancer (NSCLC), kanker payudara, dan leukemia myeloid. 18 senyawa uji propolis yang memiliki potensi antikanker diujikan sebagai inhibitor untuk menghambat aktivitas protein Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK), Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2), dan Brutons Tyrosine Kinase (BTK) penyebab NSCLC, kanker payudara, dan leukemia myeloid secara berturut-turut. Penambatan dikomputasikan menggunakan AutoDock Vina®, dengan LigPlot+ dan PyMOL untuk memvisualisasikan interaksi molekuler antara kompleks inhibitor-protein yang dihasilkan. Hasil menunjukkan bahwa kurarinon adalah inhibitor yang paling kuat terhadap ALK dengan skor -8,8 kkal/mol, yang berinteraksi dengan Met1199 sebagai residu utama untuk menghambat ALK. Sementara itu macarangin memiliki skor penambatan tertinggi untuk target HER2 dengan nilai sebesar -11,3 kkal/mol, dan Derrubone sebagai inhibitor paling kuat untuk BTK dengan skor -9,4 kkal/mol. Maka dari itu, studi ini menunjukkan bahwa kurarinon berpotensi untuk menjadi inhibitor ALK, dengan macarangin berpotensi sebagai inhibitor HER2, dan derrubone berpotensi untuk menjadi inhibitor BTK sehingga ketiga senyawa tersebut dapat diteliti dan dievaluasi lebih lanjut untuk studi in-vitro dan in-vivo sebagai novel inhibitor ALK, HER2, dan BTK.

 

One of the interesting developments in cancer treatment is the use of cancer targeted therapy, a molecular targeted drugs that are given to inhibit the oncogenic protein of tyrosine kinases. The tyrosine kinases is a group of kinase enzyme that plays a role in cellular processes such as cell growth, differentiation, migration, and apoptosis. Mutation or overexpression of tyrosine kinases can result in disruption of tyrosine kinase cellular function which triggers the formation of tumor and cancerous cells, where the inhibition of these proteins can slow down the proliferation and angiogenesis of cancer cells. In this study, in-silico modeling was used to determine the inhibitory activity of propolis compounds derived from Indonesian Tetragonula biroi aff. targeting tyrosine kinase protein that causes non-small cell lung cancer (NSCLC), breast cancer, and myeloid leukemia. 18 propolis compounds that have anticancer potential are tested as inhibitors to block the activity of Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK), Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2), and Bruton's Tyrosine Kinase (BTK) protein that causes NSCLC, breast cancer, and myeloid leukemia respectively. Docking was computed using AutoDock Vina®, with LigPlot+ and PyMOL to visualize molecular interactions between the resulting inhibitor-protein complex. The result show that kurarinone is the most potent inhibitor towards ALK with a score -8,8 kcal/mol, interacting with Met1199 as a key residues for inhibiting ALK. Meanwhile macarangin has the highest docking score for HER2 target resulting in -11,3 kcal/mol, and derrubone as the most potent inhibitor for BTK with a score of -9,4 kcal/mol. This study suggest that kurarinone has the potential as ALK inhibitor, with macarangin has the potential to inhibit HER2, and derrubone has the potential as BTK inhibitor so that the three compounds can be further investigated and evaluated for in-vitro and in-vivo studies as novel ALK, HER2, and BTK inhibitors.

"

Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Muhammad Ihsan Muttaqin
Desain vaksin berbasis epitop untuk koinfeksi tuberkulosis-hiv melalui pendekatan in silico = Epitope based vaccine design for tuberculosis-hiv infection through in silico approach
"Tuberkulosis merupakan salah satu penyebab utama di antara kematian orang dengan HIV/AIDS (ODHA). Orang dengan daya tahan tubuh yang rendah cenderung lebih mudah untuk terinfeksi tuberkulosis daripada orang yang memiliki daya tahan tubuh yang sehat, hal ini membuat ODHA begitu rentan terhadap tuberkulosis. Pada penelitian kali ini telah didesain vaksin berbasis epitop yang dikhususkan untuk penderita HIV, dikarenakan vaksin yang ada saat ini memiliki efek samping yang signifikan bila digunakan pada pasien dengan daya tahan tubuh yang lemah. Epitop akan dipilih dari protein polisakarida bakteri Mycobacterium tuberculosis dan amplop protein Human immunodeficiency virus. Prediksi epitop sel B telah dilakukan menggunakan ABCpred, sementara sel T menggunakan IEDB. Penambatan molekul dilakukan dengan AutoDock Vina dengan data struktur 3D yang didapatkan dari Protein Data Bank (PDB). Hasil yang terbaik akan dipilih berdasarkan nilai ΔGbinding dan interaksi antara ikatan epitop dengan molekul HLA. Penelitian ini menghasilkan 4 kandidat epitop terbaik (AVAGAAYGY, TLFCASDAK, LSVVVFAVAGAAYGY dan ANTTLFCASDAKSYE) dangan cakupan populasi 87,45% dari populasi global.
Tuberculosis is one of the leading causes of death among people living with HIV. It is easier for people with low immune system to be infected by tuberculosis disease than those with healthy immune system, this made people living with HIV vulnerable to tuberculosis. In this research an epitope-based vaccine have been designed specially for people living with HIV, as the current tuberculosis vaccine have a significant side effect to people with poor immune system. The epitopes has been selected from polysaccharide protein of Mycobacterium tuberculosis and protein envelope of Human immunodeficiency virus. B cell epitope have been predicted using ABCpred, while T cell epitope have been predicted IEDB. Molecular docking have been conducted using AutoDock Vina with 3D structure retrieved from Protein Data Bank (PDB). Best result have been selected based on ΔGbinding value and the binding interaction between epitopes and HLA molecules. This research have produced 4 best epitope candidates (AVAGAAYGY, TLFCASDAK, LSVVVFAVAGAAYGY and ANTTLFCASDAKSYE) with population coverage of 87.45% of human population worldwide."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Manaman
Drug repurposing antivirus dan modifikasinya sebagai senyawa organoselen sebagai inhibitor spike glycoprotein SARS-CoV-2 berbasis molecular docking = Drug repurposing of antivirus and its modifications to organoselenium compounds as SARS-CoV-2 spike glycoprotein inhibitors based on molecular docking
"SARS-CoV-2 merupakan penyebab COVID-19 yang melanda dunia sejak akhir 2019. Virus ini telah menyebar secara luas di dunia akibat infektifitasnya yang tinggi. Salah satu penyebab tingginya infektifitas virus ini adalah spike glycoprotein. Spike glycoprotein merupakan salah satu protein yang terdapat pada SARS-CoV-2. Spike glycoprotein berperan secara langsung alam mekanisme infeksi dengan cara membentuk ikatan dengan reseptor ACE-2 pada sel inang. Inhibisi spike glycoprotein dapat menjadi salah satu cara pengobatan COVID-19. Dalam penelitian ini, antivirus yang sudah dipasarkan sebagai basis data akan di-repurpose menjadi antivirus SARS-CoV-2, kemudian dilakukan modifikasi terhadap senyawa yang terpilih menjadi senyawa organoselen. Penelitian dilakukan dengan cara in silico. Untuk simulasi molecular docking, digunakan software MOE2014.09 untuk mendapatkan informasi tentang interaksi antara spike glycoprotein dengan ligan, baik antivirus maupun antivirus hasil modifikasi. Melalui analisa nilai energi pengikatan dan uji farmakologi, diperoleh 3 ligan terbaik dari antivirus (Ombitasvir, Elbasvir, dan Ledipasvir) serta antivirus modifikasi (ModL1, ModL2, dan ModL6).
SARS-CoV-2 is the cause of COVID-19 that has hit the world since the end of 2019. This virus has spread widely in the world due to its high infection. One of the causes of the high infectivity of this virus is the spike glycoprotein. The spike glycoprotein is a protein found in SARS-CoV-2. The glycoprotein spike directly plays a role in the infection mechanism by forming a bond with the ACE-2 receptor on the host cell. Inhibition of spike glycoprotein can be one way of treating COVID-19. In this study, the antivirals that have been marketed as databases will be repurposed into SARS-CoV-2 antivirals, then the selected compounds will be modified into organoselenium compounds. The research was conducted through in silico. The molecular docking simulation was conducted by using MOE2014.09 to retrieve information about the interaction between the protein-ligand from unmodified antivirus as well as modified antivirus. Through the binding energy value and pharmacological tests, the three best ligands are obtained from the unmodified antivirus (Ombitasvir, Elbasvir, and Ledipasvir) and the modified antivirus (ModL1, ModL2, and ModL6)."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2021
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library