Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"This handbook provides an all-inclusive insight into biomarkers assessing the impact of nutrition on human health. The reader will gain insight into the area of circulating body fluid biomarkers, from cardiovascular related markers to liver functional tests. Various biomarkers related to the intake of micronutrient and macronutrients are presented, and the effects of different diets, pesticide exposure and dietary supplements are discussed, so are changes of genetic, cellular and histological variables. This systematic handbook is a must have for biomedical researchers as well as clinicians and pharmacologists, who wish to gain extensive understanding on the analysis of effects of various nutritional and dietary effects on human health, ageing and longevity"

"Kanker payudara merupakan tipe kanker yang paling banyak terjadi didunia dan menjadi penyebab kematian terbanyak pada negara berkembang. Subtipe kanker payudara saat ini dapat diklasifikasikan berdasarkan profil ekspresi gennya dengan immunohistokimia (IHK) menjadi subtipe Luminal A, Luminal B, HER2+, dan TNBC. Namun, IHK memiliki beberapa keterbatasan yang dapat menyebabkan kesalahan klasifikasi. Penelitian ini bertujuan melakukan integrasi data multi-omik (genomik, epigenomik, dan transkriptomik) serta penggunaan machine learning dalam penentuan biomarker subtipe kanker payudara.Metode Isolat DNA dari pasien kanker payudara yang menjalani pengobatan di RSUPN Cipto Mangunkusumo dan RS Kanker Dharmais Jakarta sebanyak 48 subjek digunakan dalam penelitian ini. Untuk mengidentifikasi mutasi dan metilasi DNA, digunakan kit Illumina Infinium Asian Screening Array dan Illumina Infinium EPIC Human methylation array v2.0 yang kemudian dilakukan pembacaan dengan Illumina iScan. Biomarker mutasi dan metilasi DNA kemudian dianalisis dengan machine learning untuk mendapatkan biomarker subtipe kanker payudara. Pendekatan transkriptomik dengan analisis DEG (Differentially Expressed Genes) dilakukan dengan menggunakan dataset yang berada pada basis data GEO (Gene Expression Omnibus), yaitu dataset GSE33447 dan GSE20685. Studi translasional untuk identifikasi biomarker metilasi DNA, dilakukan dengan metode MSP (methylated specific PCR).Hasil Didapatkan biomarker mutasi dan metilasi DNA yang signifikan berasosiasi dengan masing-masing subtipe kanker payudara serta berkaitan dengan ekspresi gennya, yaitu Luminal A (rs2355062 dan cg14397888), Luminal B (rs36087647 dan cg14397888), HER2+ (rs4925108 dan cg25910261), TNBC (rs137966431, rs886040223 dan cg26371957). Adanya mutasi pada BRCA2 (rs886040223) pada pasien TNBC, diprediksi akan memberikan respon yang sensitif terhadap pemberian terapi inhibitor PARP. Kit diagnostik berbasis biomarker omik dengan metode methylation-specific PCR (MSP) dapat menentukan status metilasi DNA pada biomarker cg14397888 untuk subtipe Luminal A dan Luminal B dengan akurasi 75% dan 76%.Kesimpulan Pendekatan biomarker multiomik pada pasien kanker payudara dapat digunakan sebagai pilihan untuk melakukan klasifikasi subtipe kanker payudara dan memprediksi pilihan terapi yang tepat.

---

Introduction

Breast cancer is the predominant form of cancer globally and is the primary cause of mortality in emerging nations. Currently, breast cancer subtypes can be classified using immunohistochemistry (IHC) into four subtypes: Luminal A, Luminal B, HER2+, and TNBC. Nevertheless, the IHC possesses various constraints that may result in misclassification. The objective of this study is to combine multiple types of biological data (genomic, epigenomic, and transcriptomic) and apply machine learning techniques to identify biomarkers for different subtypes of breast cancer.

Method

DNA isolates obtained from 48 breast cancer patients who were receiving therapy at RSUPN Cipto Mangunkusumo and Dharmais Cancer Hospital Jakarta. The Illumina Infinium Asian Screening Array and Illumina Infinium EPIC Human methylation array v2.0 kits were employed to detect mutations and DNA methylation which were then read using Illumina iScan. Machine learning was used to examine DNA mutation and methylation biomarkers in order to identify biomarkers specific to different subtypes of breast cancer. The transcriptomics approach was employed to analyze differentially expressed genes (DEGs) utilizing datasets from the Gene Expression Omnibus (GEO) database, namely the GSE33447 and GSE20685 datasets. The MSP approach was employed to conduct translational research to identify DNA methylation biomarkers.

Results

Significant DNA mutations and methylation biomarkers were discovered to be linked to each subtype of breast cancer and were found to be associated with gene expression, namely, Luminal A (rs2355062 and cg14397888), Luminal B (rs36087647 and cg14397888), HER2+ (rs4925108 and cg25910261), and TNBC (rs137966431, rs886040223 and cg26371957). Predictions suggest that the presence of mutations in the BRCA2 gene (rs886040223) in TNBC patients will likely result in a highly responsive reaction to PARP inhibitor treatment. A diagnostic kit utilizing the methylation-specific PCR (MSP) approach can accurately assess the DNA methylation status of the cg14397888 biomarker for Luminal A and Luminal B subtypes with an accuracy of 75% and 76%, respectively.

Conclusion

The utilization of the multiomics biomarker strategy in breast cancer patients offers a viable method for categorizing breast cancer subtypes and forecasting suitable therapy interventions.                                                                                                                                                                    "

"This book provides an introduction to the field of biomarkers, how they have been and can be used, and how different approaches can be used to identify, characterize, and monitor biomarkers. The book has chapters on topics including HIV, Cancer, Parkinson's, vascular injury, environmental exposure. A following section discusses the technologies (diagnostics and assays) to detect biomarkers and authors have emphasized the preclinical and clinical manifestation of the injury/disease process."

"Bagian terpenting yang tidak terpisahkan dalam proses pembuatan alas kaki adalahpenggunaan bahan perekat dan cat yang mengandung pelarut xilena. Apabila terpajanxilena, maka akan berakibat pada gangguan sistem saraf pusat. Tingkat pajanan xilenayang telah diterima oleh tubuh dapat dilihat melalui kadar Asam Metil Hipurat AMH dalam urin. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk mengetahui tingkat risikodan peranan pajanan inhalasi xilena terhadap gangguan kesehatan. Penelitian inimenggunakan rancangan potong lintang. Lokasi penelitian berada di tiga bengkel alaskaki di Kecamatan Ciomas, Kabupaten Bogor dan dilakukan pada bulan September ndash;Oktober 2017. Adapun sampel penelitian terdiri dari pekerja sebanyak 40 orang; danlingkungan yaitu xilena di 9 titik pengukuran. Sampel pekerja diambil informasimengenai karakteristik, pola aktivitas, kadar AMH dalam urin, dan gejala neurotoksik.Seluruh informasi diambil pada saat jam kerja berlangsung melalui wawancara. Khususurin, diambil pada saat jam kerja berakhir dan dianalisis dengan UPLC MS/MS.Selanjutnya, pengukuran xilena dilakukan dengan menggunakan kromatografi gas.Kemudian, tingkat risiko RQ pajanan xilena dianalisis dengan menggunakanpendekatan ARKL. Analisis hubungan antar variabel menggunakan uji t independen konsentrasi xilena dengan gejala neurotoksik dan kadar AMH dengan gejalaneurotoksik dan regresi linier sederhana konsentrasi xilena dengan kadar AMH . Darihasil penelitian, konsentrasi xilena di seluruh bengkel adalah 3,58E-03 mg/m3 median dengan konsentrasi tertinggi di titik sampel 6 3,16E-02 mg/m3 dengan kadar AMHdalam urin seluruh pekerja adalah sebesar 1,00E-04 g/g kreatinin median dan lebihdari setengah 57,5 pekerja negatif gejala neurotoksik. Berdasarkan perhitungannilai RQ, seluruh pekerja tidak terdapat risiko RQ le;1 terhadap pajanan xilena. Batasmaksimum konsentrasi xilena yang direkomendasikan batas maksimum adalah selama25 tahun ke depan sebesar 0,2593 mg/m3 laki ndash; laki dan 0,30182 mg/m3 perempuan .Untuk hasil uji, secara statistik tidak terdapat hubungan antara konsentrasi xilena danAMH p = 0,511 , konsentrasi xilena pada pekerja dengan positif-negatif gejalaneurotoksik p = 0,969 , serta kadar AMH pada pekerja dengan positif-negatif gejalaneurotoksik.

---

The use of adhesives and paints containing xylenes play important rule in footwearmanufacturing. Xylene exposure can affect the central nervous system such assymptoms of headache, fatigue, short term memory disorders, time response disorders,numerical ability disorders, equilibrium and balance changes. To determine the levelof exposure can be conducted by measuring the levels of methylhippuric acids MHA in urine. The aim of this study was to describe the risk of xylenes exposure to workers 39 health. This study used cross sectional design and conducted in three footwearworkshops in Ciomas, Bogor Regency in September October 2017. The study sampleconsisted of 40 workers and 9 point measurements of xylenes in indoor air. For workersamples, information concerning characteristics, activity patterns, and neurotoxicsymptoms were taken during working hours through interviews. Especially, urine MHA was taken at the end of work hours and analyzed with UPLC MS MS.Furthermore, xylenes measurements were carried out using gas chromatography. Then,the risk level RQ of xylenes exposure was analyzed using ARKL approach. For theanalysis of relationships among variables using independent t test xylenes withneurotoxic symptoms and MHA levels with neurotoxic symptoms and simple linearregression xylenes with MHA levels . From the results, the concentration of xylenesin the workshops was 3.58E 03 mg m3 median with the highest concentration atsample point 6 3.16E 02 mg m3 . MHA in the urine of all workers were 0.000100 g gof creatinine median and more than half 57.5 of workers had negative neurotoxicsymptoms. All workers have no risk to health RQ le 1 and recommended maximumlimit of xylenes concentration over the next 25 years of 0.2593 mg m3 male and0.30182 mg m3 female. From the statistical results, there was no statisticallysignificant relationship between xylenes concentration and MHA p 0,511 , xylenesin workers with positive and negative neurotoxic symptoms p 0.969 , and MHAlevels in workers with positive and negative neurotoxic symptoms."

"Kebakaran hutan dan lahan menghasilkan asap yang diketahui mengandung Polycyclic Aromatic Hydrocarbon (PAH). Efek adanya kerusakan oksidatif pada DNA akibat paparan asap kebakaran hutan dan lahan terhadap risiko kanker diselidiki melalui deteksi biomarker 8-Hidroksi-2’-Deoksiguanosin (8-OHdG) dan 1-Hidroksipiren (1- OHP), metabolit utama piren, sebagai indikator paparan PAH dalam urin. Analisis biomarker paparan PAH dalam urin 24 jam dilakukan secara acak dalam suatu populasi di Kota Dumai, Provinsi Riau. Kandungan 8-OHdG dalam sampel urin dianalisis menggunakan HPLC detektor UV dengan fasa gerak buffer natrium fosfat 0,1 M pH 6,7 dan metanol (85:15, v/v). Sementara, kandungan 1-OHP dalam urin dideteksi menggunakan HPLC detektor flourosens dengan eluen metanol dan air (60:40, v/v). Analisis kedua senyawa tersebut dilakukan dengan kromatografi fasa terbalik mode isokratik. Hasil pengujian menunjukan bahwa 8-OHdG terdeteksi pada seluruh sampel dalam rentang konsentrasi 25,29 g/L hingga 2,16 mg/L urin (n = 11), lebih tinggi dibandingkan dengan konsentrasi 8-OHdG dalam urin individu sehat (1,42 μg/L – 4,25 μg/L). 1-OHP dalam urin juga terdeteksi dalam empat dari lima sampel yang diuji, menandakan bahwa terdapat potensi besar kerusakan oksidatif DNA akibat paparan PAH

---

orest fires generate woodsmoke that contain Polycyclic Aromatic Hydrocarbon (PAH). The effect of DNA oxidative damage due to woodsmoke exposure on cancer risk can be investigated through the detection of urinary 8-Hydroxy-2’-Deoxyguanosin (8-OHdG) and 1-Hydroxypyrene, main metabolite of pyrene, as indicators of PAH exposure. Analysis biomarkers of PAH exposure in 24 hours urine was performed within a population randomized in Dumai City, Riau Province. The 8-OHdG levels in urine samples were analyzed by using HPLC with UV detector using sodium phosphate buffer 0.1 M pH 6.7 and methanol (85:15, v/v) as mobile phase. Meanwhile, 1-OHP levels in urine was detected by using a HPLC with fluorosens detector using methanol and water (60:40, v/v) eluent. Analysis of both compounds was performed by reverse phase chromatography with isoratic mode. The results showed that 8-OHdG was detected in all samples with concentration range of 25.29 μg/L to 2.16 mg/L urine (n = 11), higher than urinary 8-OHdG of health person (1,42 μg/L – 4,25 μg/L). Urinary 1- OHP was also detected in four of five samples. It indicates that there was a high potential of DNA damage caused by PAH exposure"

"Asap kebakaran hutan mengandung senyawa karsinogenik yang dapat menghasilkan spesi oksigen reaktif melalui proses metabolisme di dalam tubuh. Spesi oksigen reaktif yang terbentuk dapat berinteraksi dengan makromolekul seperti DNA, sehingga menyebabkan kerusakan oksidatif DNA. Penelitian ini dilakukan untuk menganalisis pengaruh paparan asap kebakaran hutan terhadap pembentukan senyawa DNA adduct 8-OHdG menggunakan HPLC fase terbalik dengan detektor UV pada panjang gelombang 254 nm. Fase gerak yang digunakan berupa campuran natrium fosfat 0,1 mol/L pH 6,7 dan metanol (85:15, v/v). Hasil penelitian menunjukkan bahwa paparan asap kebakaran hutan meningkatkan konsentrasi 8-OHdG dalam urin korban kebakaran hutan dengan konsentrasi sebesar 2,76 ± 1,94 ppm. Penelitian ini juga dilakukan untuk menganalisis senyawa S-PMA dalam urin korban kebakaran hutan sebagai biomarker spesifik paparan benzena. Senyawa S-PMA dianalisis menggunakan LC-MS/MS dengan fase gerak berupa diklorometana yang mengandung asam asetat 1%. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa S-PMA terdeteksi di dalam urin korban kebakaran hutan dengan konsentrasi sebesar 0,011 ± 0,01 ppb, sehingga mengindikasikan adanya benzena di dalam asap kebakaran hutan tersebut.Forest fire wood smoke contains carcinogenic compounds that can produce reactive oxygen species through metabolic processes in the human body. The reactive oxygen species formed can interact with macromolecules such as DNA, thus causing oxidative damage to DNA. This study was conducted to analyze the effect of forest fire wood smoke exposure on the DNA adduct 8-OHdG formation using reverse-phase HPLC with a UV detector at a wavelength of 254 nm. The mobile phase used was a mixture of 0.1 M sodium phosphate pH 6.7 and methanol (85:15, v/v). The result showed that forest fire wood smoke exposure increased the concentration of 8-OHdG in the urine of forest fire victims with a concentration of 2.76 ± 1.94 ppm. This study was also conducted to analyze S-PMA compounds in the urine of forest fire victims as a specific biomarker of benzene exposure. S-PMA compound was analyzed using LC/MS-MS with dichloromethane containing acetic acid 1% as a mobile phase. The result found that the S-PMA compound was detected in the urine of forest fire victims with a concentration of 0.011 ± 0.01 ppb that indicating the presence of benzene in forest fire wood smoke."

"Diketahuinya karakterisasi minyak bumi dengan baik dapat digunakanuntuk mengembangkan serta memaksimalkan pengeskplorasian minyakbumiSkripsi ini berjudul studi karakterisasi minyak bumi di Indonesia bagianbarat. Judul ini dipilih karena sampai saat ini Indonesia belum memiliki datakarakter biomarker dalam minyak bumi Perconto diambil secara acakdengan metode grab sampling karena sifat minyak bumi yang relativehomogeny dalam setiap cekunganAnalisis yang digunakan meliputi, analisis GC dan GC-MS. Padaanalisis GC peroonto minyak, dianalisis tanpa terlebih dahulu difraksinasi(metoda who/e oil) sedangkan analisis GC-MS perconto terlebih dahuludifraksionasi dan hanya fraksi lingkar dan siklo dari saturat yang dianalisis.Minyak bumi dari Indonesia bagian Barat, diperkirakan berasaldari tiga kelompok besar lingkungan pengendapan antara lain, Danau, Deltadan lingkungan pengendapan lautan berdasarkan dari perbedaan komposisidan kehadiran biomarker yang beragam. Dari ketiga kelompok besar ini,masin dapat dibagi menjadi beberapa sub-kelompok masing-masing: danauair payau, delta danau untuk lingkungan danau, rawa dan darat untuklingkungan delta serta laut dangkal untuk lingkungan lautan."

"Tumpanan minyak yang seringkali terjadi di jalur perairan Laut Jawaterkadang sulit diketahui sumbernya Untuk mengetahui sumber pencemarantersebut, pada penelitian ini dilakukan studi korelasi antara sampel minyaktumpahan (oil spill) dengan minyak bumi yang diproduksi di sekitar perairanSelat Malaka, Laut Jawa dan sungai-sungai yang bermuara di Iaut tersebut(oil reference). Dalam studi ini digunakan 2 (dua) parameter, yaitu sidikjariGC dan sidikjari biomarker. Keunggulan biomarker adalan menyediakaninformasi Iebih banyak mengenai sumber dan sulit terbiodegradasi kecualidalam kondisi yang ekstrim. Preparasi analisis sidikjari biomarker diawalidengan melakukan fraksionasi sampel minyak bumi, yang selanjutnyadianalisis menggunakan GCMS untuk melihat kelimpahan biomarker. Rasio-rasio dari beberapa biomarker ini Ialu diplot dalam beberapa diagram untukmelinat kecenderungan korelasi antara oil spill dengan oil reference. Untukmembuat kesimpulan aknir korelasi digunakan data gabungan dari nasilanalisis sidikjari GC dan GCIMS. Dari kedua hasil analisis tersebut dapatdisimpulkan banwa sampel OS-A memiliki korelasi positif dengan OR-6, OS-B dengan OR-9, sampel OS-C dan OS-D dengan OR-7."