Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Kuskus (Phalangerids) adalah marsupial endemik yang distribusinya di wilayah Indonesia Timur. Populasi kuskus di Indonesia cenderung menurun. Hal ini karena aktivitas manusia seperti penebangan pohon yang illegal, perburuan yang berlebihan dan perusakan habitat. Tujuan dari penelitian ini untuk mengidentifikasi genetika cuscus berdasarkan pada gen subunit 1 sitokrom c oksidase dan melakukan analisis pohon filogeni. Gen sitokrom c oksidase subunit I dari DNA mitokondria dianalisis menggunakan PCR. Hasil sekuensing dianalisis menggunakan MEGA 7. Rekonstruksi pohon filogenetik dibuat menggunakan metode Neighbor-joining sedangkan analisis jarak genetik menggunakan metode Kimura. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sampel cuscus dari pulau Halmahera berada satu clade dengan Phalanger sp. dan sampel dari Pulau Seram berada satu clade dengan Spilocuscus sp. Cuscus (Phalanger ornatus) adalah salah satu marsupial endemik yang dilindungi oleh pemerintah. Di Indonesia, habitat P.ornatus ditemukan di hutan primer dan sekunder di Pulau Halmahera. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakteristik habitat, jenis pakan, dan pohon sarang P.ornatus di Pulau Halmahera. Penelitian ini dilakukan 2 bulan dari Mei hingga Juni 2016. Karakteristik habitat diidentifikasi menggunakan analisis vegetasi, sedangkan jenis pakan dan spesies pohon sarang diidentifikasi dengan pengamatan langsung dan tidak langsung. Indeks nilai penting tingkat pohon tertinggi, Ficus sp. dan Dracontomelon dao. Pada habitat P.ornatus, terdapat 42 spesies tanaman yang dimanfaatkan oleh P.ornatus. Persentase tertinggi bagian tanaman yang dimakan oleh P.ornatus, berturut-turut adalah buah (55,36%) dan daun muda (35,72%), bunga (7,14%), dan pucuk (1,79%). Hampir semua pohon yang digunakan sebagai tempat bersarang oleh P.ornatus juga merupakan pohon yang menjadi pakan. Pohon yang menjadi sarang P.ornatus terdiri atas 9 spesies, yaitu Buchanania arborescens, Barringtonia asiatica, Palaquium obovatum, Dracontomelon dao, Cocos nucifera, Ficus sp., Ficus virens, dan Pandanus sp. Komunitas suku Tobelo Dalam yang tinggal di desa Saolat, distrik Wasile Selatan memiliki kebiasaan melakukan aktivitas perburuan hewan di hutan-hutan sekitar desa, termasuk perburuan kuskus untuk tujuan penjualan dan konsumsi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeskripsikan pengetahuan tradisional masyarakat Tobelo Dalam di desa Saolat dalam menerapkan sistem pemanfaatan dan pengetahuan konservasi lokal terhadap kuskus. Penelitian ini dianalisis dengan metode kualitatif menggunakan teknik survei eksploratif, wawancara, dan pengisian kuesioner. Penelitian ini menggunakan 4 informan kunci (3 pria, 1 wanita) dan 50 responden dewasa (25 pria dan 25 wanita). Hasil kuesioner menunjukkan bahwa skor rata-rata pengetahuan dasar tentang karakteristik kehidupan kuskus, yang diperoleh oleh responden laki-laki adalah 9,93 dan responden perempuan adalah 6,42, sedangkan untuk pengetahuan konservasi kuskus, skor rata-rata yang diperoleh oleh responden laki-laki adalah 18 dan responden wanita 10.77. Ini menunjukkan bahwa pengetahuan yang dimiliki laki-laki tentang kuskus lebih dari pengetahuan perempuan. Komunitas suku Tobelo Dalam berburu kuskus untuk empat tujuan yang berbeda, yaitu, untuk upacara tradisional, obat tradisional, masakan, dan menjualnya untuk mendapatkan lebih banyak pendapatan untuk mendukung ekonomi keluarga.

---

Cuscuses (Phalangerids) are the endemic marsupial distributed in eastern Indonesia. Population cuscus in Indonesia is decrease. It due to current human activities such as land use changes, excessive hunting and habitat destruction lead to a declining population of cuscus. The aim of this study was to identify the genetics of cuscus based on the cytochrome c oxidase subunit 1 gene and phylogeny tree analysis. The cytochrome c oxidase subunit I gene of mitochondrial DNA was analyzed using PCR. Genetic analysis results were analyzed using MEGA 7. Reconstruction of phylogenetic trees used the Neighbor-joining method while pairwise distance analysis used Kimura method. The results showed that cuscuses samples from Halmahera island are shown one clade with Phalanger sp. and from Seram Island is one clade with Spilocuscus sp. Cuscus (Phalanger ornatus) is one of the endemic protected marsupials. In Indonesia, the ornatus cuscus habitats found in primary and secondary forests on Halmahera Island. This study aims to identify habitat characteristics, types of feed, and nest trees on Halmahera Island. This research was conducted 2 months from May to June 2016. Characteristics of habitat were identified using vegetation analysis, while feed types and nest tree species were identified by direct and indirect observations. The highest tree-level important value index, Ficus sp. and Dracontomelon dao. In the cuscus ornatus habitat, are 42 species of plants which are recorded cuscus ornatus. The highest percentage of plant parts eaten by cuscus ornatus is fruit (55,36%) and young leaves (35,72%), flowers (7,14%), and shoots (1,79%) respectivelly. Almost all the trees used as nesting places by cuscus ornatus is also feed trees, which consist of 8 species, namely Buchanania arborescens, Barringtonia asiatica, Palaquium obovatum, Dracontomelon dao, Cocos nucifera, Ficus sp., Ficus virens, and Pandanus sp. The Tobelo Dalam tribal community who live in Saolat village, district South Wasile provokes the high activity of animal poaching in forests around the village, including cuscus hunting for both sale and consumption purposes. The study aimed to describe the traditional knowledge of Tobelo Dalam people in Saolat village in applying the systems of utilization and local conservation knowledge towards cuscus. This study was analyzed by the qualitative method with explorative survey technique, interview, and completing questionnaires. This study used 4 key informants (3 males, 1 female) and 50 adult respondents (25 males and 25 females). The questionnaire results showed that the average score of basic knowledge about the life characteristics of cuscus, obtained by male respondents was 9,93 and female respondents were 6,42, whereas for knowledge of cuscus conservation, the average score obtained by male respondents was 18 and female respondents 10,77. This indicates that the knowledge that male have about cuscus is more than that of female. The community of Tobelo Dalam tribe hunts cuscus for four different purposes, i.e., for traditional ceremonies, traditional medicine, cuisine, and sell it for more income to support the economy of family."

"Telah dilakukan penelitian untuk melihat variasi genetik pada jarak pagar (Jatropha curcas L.) yang berasal dari delapan daerah di Indonesia yaitu: Padang, Kupang, Merauke, Jayapura, Kendari, Tangerang, Gunung Kidul, dan Purwakarta. Penelitian dilakukan di Laboratorium Teknologi Gen, BPPT Serpong sejak bulan April 2007 sampai Mei 2008. Penelitian dilakukan sebagai langkah awal pencarian jarak pagar unggul dengan melihat variasi genetik menggunakan teknik amplified fragment length polymorphism (AFLP). Penelitian diawali dengan mengisolasi genom jarak, memotong DNA dengan dua enzim restriski (EcoRI dan MseI), mengamplifikasi secara selektif dengan 16 pasang primer selektif, dan menjalankan amplikon pada elektroforesis gel poliakrilamid, kemudian mewarnai gel dengan perwarnaan silver. Ukuran hasil pita yang didapatkan berkisar antara 150--1.000 pb.Hasil pita yang didapatkan berjumlah 8.494 pita. Rata-rata persentase polimorfisme yang diperoleh adalah 63,76% dari 16 pasang primer yang menunjukkan adanya variasi genetik pada setiap sampel. Pita spesifik dimiliki oleh setiap sampel yang berjumlah 120 pita dan dapat digunakan sebagai marka identitas setiap sampel. Dendogram menunjukkan bahwa kelompok Padang dan Merauke dapat dibedakan dengan kelompok Kupang, Jayapura, Kendari, Tangerang, Gunung Kidul, dan Purwakarta. Kelompok Tangerang, Gunung Kidul, dan Purwakarta menunjukkan kelompok rendemen minyak terendah (19--20%)."

"This research was aimed to reveal genetic variation in finger shrimp (Metapenaeus elegant) of segara anakan lagoon based on morphometric features...."

"The present study was undertaken with primary objective to characterize of gembrong goat breeds. It is essential to characterize the germplasm for intragenetic variability, which will help in planning for conservation strategy as well as genetic improvement...."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Leber's hereditary optic neuropathy (LHON) adalah suatu penyakit yang diturunkan secara maternal dengan gejala klinis berupa gangguan penglihatan sentral akibat atrofi saraf optik dan gangguan irama jantung. Lesi genetik terbanyak yang mendasari LHON adalah mutasi noktah DNA mitokondria pada G11778A. Mutasi ini menyebabkan perubahan asam. amino arginin menjadi histidin pada gen ND4 yang merupakan sub unit kompleks 1 rantai pernapasan. Adanya perbedaan latar belakang genetik lain berupa perbedaan haplotipe yang spesifik terhadap etnik tertentu diduga akan meningkatkan ekspresi dan patogenisitas mutasi primer. Tujuan penelitian adalah: (1) untuk melihat apakah kebutaan akibat LHON selalu diikuti oleh kelainan jantung; (2) mengetahui kelainan jantung yang terdapat pada LHON mutasi G11778A; (3) untuk melihat apakah terdapat latar belakang genetik yang sama untuk kebutaan dan kelainan jantung pada LHON. Pendekatan yang dilakukan adalah: (1) melakukan pemeriksaan klinis mata pada keluarga penderita atrofi papil saraf optik bilateral yang memiliki riwayat keluarga gangguan penglihatan; (2) melakukan pemeriksaan EKG; (3) menentukan tipe mutasi DNA mitokondria dengan metoda PCR (Polymerise chain reaction)-RFLP (Restriction fragment length polymorphism); (4) studi latar belakang genetik mitokondria dengan haplotipe menggunakan metoda PCRRFLP.Hasil dan Kesimpulan: Di antara 22 penderita LHON mutasi G11778A dengan klinis penurunan tajam penglihatan 45,4% (10/22) disertai dengan kelainan irama jantung. Kelainan irama jantung yang ditemukan berupa gangguan hantaran dan kelainan otot jantung. Agaknya kebutaan pada LHON tidak selalu diikuti dengan kelainan irama jantung. Berdasarkan analisis haplotipe, keluarga LHON Sunda termasuk dalam haplogrup B*, Jawa B-M, Betawi dan Cina termasuk haplogrup M; namun tidak ditemukan perbedaan manifestasi klinis yang bermakna di antara haplogrup tersebut. Malta masih harus dipikirkan adanya keterlibatan DNA inti yang memegang peranan besar dalam proses metabolisme sel."

"Gen sintetik anti-TfR-scFv telah dikonstruksi untuk mengkode protein rekombinan anti-TfR-scFv. Protein rekombinan tersebut dirancang untuk menghambat ikatan antara molekul transferin dengan reseptor transferin (TfR). Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) digunakan dalam penelitian sebagai reporter gene untuk mengetahui ekspresi gen anti-TfR-scFv. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv-egfp ke dalam vektor ekspresi pPICZα A pada Escherichia coli (E. coli) TOP10F’. Gen anti-TfR-scFv yang berada di dalam pJ-TfR-scFv diamplifikasi menggunakan teknik PCR. Fragmen gen anti-TfR-scFv yang berukuran 747 bp kemudian diligasi pada situs restriksi EcoRI pada vektor ekspresi pPICZα A dan ditransformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi pertama (pPICZα_TfR). Gen egfp yang berukuran 753 bp diligasi dengan vektor rekombinan pPICZα_TfR dan ditranformasi ke dalam E. coli TOP10F’ untuk memperoleh vektor rekombinan konstruksi kedua (pPICZα_TfR_EGFP). Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan baik pPICZα_TfR maupun pPICZα_TfR_EGFP telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan efisiensi transformasi 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg plasmid DNA pada medium LSLB yang mengandung 25 μg/ml antibiotik zeocin. Hasil verifikasi menggunakan PCR, digesti, dan sekuensing menunjukkan bahwa gen anti-TfR-scFv dan fusi gen scFv- egfp berhasil disubkloning ke dalam vektor ekspresi pPICZα A.

---

The anti-TfR-scFv synthetic gene is a gene encoding single chain variable fragment that prevents the bond between transferrin receptor (TfR) and transferrin molecule. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used in this study as reporter gene for monitoring expression of anti-TfR-scFv gene. The study was aimed to subclone anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene into pPICZα A expression vector on E. coli TOP10F’. The anti-TfR-scFv synthetic gene had been cloned previously in the cloning vector pJ-TfR-scFv and was amplified by PCR technique. Furthermore, the 747 bp fragment of anti-TfR- scFv synthetic gene was ligated into EcoRI restriction site in pPICZα A expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain type I recombinant vector named pPICZα_TfR. The 753 bp fragment of egfp gene was ligated to recombinant vector pPICZα_TfR in order to obtain type II recombinant vector named pPICZα_TfR_EGFP. The results showed that both of recombinant vectors pPICZα_TfR and pPICZα_TfR_EGFP were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with efficiency of transformation 4,94 x 103 cfu/μg dan 6,74 x 103 cfu/μg DNA plasmid in LSLB medium containing 25 μg/ml zeocin. The results of verification by PCR method, digestion, and sequencing showed that anti-TfR-scFv synthetic gene and scFv-egfp fusion gene were successfully subcloned into pPICZα A expression vector."

"Gen CalBsyn telah dikonstruksi untuk mengkode Candida antarctica lipase B (CalB). Enzim tersebut memiliki peranan penting sebagai biokatalis yang efektif di bidang bioteknologi dan industri. Sekuens gen CalBsyn telah dimodifikasi dengan menambahkan mutasi pada tiga asam amino untuk meningkatkan termostabilitas enzim tersebut. Gen enhanced green fluorescent protein (egfp) telah digunakan sebagai reporter gene untuk memvisualisasikan ekspresi gen CalBsyn. Penelitian bertujuan untuk mensubkloning gen CalBsyn dan fusi gen CalBsyn-egfp ke dalam vektor ekspresi pGAPZα pada Escherichia coli TOP10F’. Gen CalBsyn telah diisolasi dari vektor pJ912-CalBsyn dengan teknik digesti menggunakan enzim restriksi XhoI. Fragmen gen CalBsyn yang berukuran 1136 bp kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGAPZα dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα- CalBsyn. Fragmen gen egfp yang berukuran 750 bp telah diisolasi dari vektor pTZ-egfp menggunakan teknik PCR, kemudian diligasikan ke dalam vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ untuk mendapatkan vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn-egfp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua vektor rekombinan pGAPZα-CalBsyn dan pGAPZα- CalBsyn-egfp telah berhasil ditransformasikan ke dalam E. coli TOP10F’ dengan nilai efisiensi transformasi sebesar 4,11 x 103 cfu/μg DNA plasmid dan 3,10 x 104 cfu/μg DNA plasmid di dalam medium seleksi mengandung zeocin [25 μg/ml].

---

The CalBsyn gene was constructed to encode Candida antarctica lipase B (CalB). The enzyme has important role as the effective biocatalyst in biotechnology and industrial fields. The sequence of CalBsyn gene has been modified by mutation at three amino acids to improve thermostability of the enzyme. The enhanced green fluorescent protein (egfp) gene was used as reporter gene to visualize the expression of the CalBsyn gene. This research was aimed to subclone both CalBsyn gene and CalBsyn-egfp fusion gene into pGAPZα expression vector on Escherichia coli TOP10F’. The CalBsyn gene was isolated from pJ912-CalBsyn vector by digestion using XhoI restriction enzyme. The 1136 bp fragment of CalBsyn gene then was ligated to pGAPZα expression vector and transformed into E. coli TOP10F’ in order to obtain recombinant vector pGAPZα-CalBsyn. The 750 bp fragment of egfp gene that was isolated from pTZ-egfp vector using PCR technique was ligated to recombinant vector pGAPZα-CalBsyn and transformed into E. coli TOP10F’ to obtain pGAPZα-CalBsyn-egfp recombinant vector. The result showed that both recombinant vectors pGAPZα-CalBsyn and pGAPZα- CalBsyn-egfp were successfully transformed into E. coli TOP10F’ with transformation efficiency values 4,11 x 103 cfu/μg plasmid DNA and 3,10 x 104 cfu/μg plasmid DNA respectively in the selection medium containing zeocin [25 μg/ml]."