Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Porin OmpF merupakan Outer Membrane Protein (OMP) yang berperan dalam transport pasif berbagai senyawa dan sering diasosiasikan dengan sifat resistensi antibiotik. Gen ompF pengkode porin OmpF kerap dipelajari pada spesies Escherichia coli. Kejadian resistensi antibiotik bakteri seperti pada E. coli menjadi salah satu masalah utama dalam dunia kesehatan, sehingga studi mengenai gen ompF pada bakteri E. coli sangat penting dilakukan. Belum adanya laporan mengenai profil gen ompF pada E. coli resistensi di Indonesia menyebabkan perlunya dilakukan penelitian ini. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan data karakteristik gen ompF yang mengkode porin OmpF pada isolat klinis E. coli serta kepekaannya terhadap antibiotik. Sebanyak 21 sampel E. coli resisten yang diinokulasi di Jakarta, Indonesia dikelompokkan menjadi 3 variabel fenotip. DNA isolat diekstraksi menggunakan kit ekstraksi QIAamp® DNA Mini Kit (50), lalu gen ompF diamplifikasi menggunakan primer spesifik dengan metode PCR konvensional dan dilanjutkan dengan sekuensing. Gen ompF isolat dibandingkan dengan gen ompF strain E. coli ATCC 25922 secara bioinformatik, meliputi mutasi serta pohon filogenetiknya. Diketahui bahwa hampir seluruh sampel E. coli patogen mengalami mutasi pada deret asam nukleat dimana sebagian besar mutasi yang terjadi merupakan silent mutation. Mutasi gen ompF tingkat asam amino terjadi pada nomor 48, 51, 52, 60, 115, 224, 225, 226, 229, 306, dan 307. Namun mutasi-mutasi tersebut tidak mempengaruhi sifat fenotipik resistensi. Analisis pohon filogenetik juga menunjukkan bahwa sampel dengan sifat fenotip yang sama tidak mengelompok menjadi clade yang sama secara garis evolusi.

---

Porin OmpF is an Outer Membrane Protein (OMP) that plays role in passive transport of various compounds and is often associated with antibiotic resistance. The ompF gene encoding the OmpF porin is frequently studied in Escherichia coli species. The incidence of bacterial antibiotic resistance like E. coli is one of the main problems in the world of health, so the study of the ompF gene in E. coli is very important. The absence of reports on the ompF gene profile in E. coli resistance in Indonesia has led to the need for this research. This study aims to obtain data on the characteristics of the ompF gene encoding the OmpF porin in clinical isolates of E. coli and its sensitivity to antibiotics. A total of 21 samples of E. coli inoculated in Jakarta, Indonesia were grouped into 3 phenotypic variables. The DNA then was extracted using the QIAamp® DNA Mini Kit (50) extraction kit, then the ompF gene was amplified using specific primers with conventional PCR method and proceeded to sequencing. The ompF gene of the isolates were compared with the ompF gene of the E. coli ATCC 25922 strain bioinformatically, including mutations and its phylogenetic tree. It is known that almost all samples of those E. coli have mutations in the nucleic acid sequences where most of theem are silent mutations. Amino acid level of ompF gene mutations occurred at numbers 48, 51, 52, 60, 115, 224, 225, 226, 229, 306, and 307. However, these mutations did not affect the phenotypic characteristics of resistance. The phylogenetic tree analysis also showed that samples with the same phenotypic traits did not clustered into a same clade evolutionarily"

"Bakteri resisten antibiotika (Antimicrobial resistance, AMR) adalah salah satu dari 10 permasalahan kesehatan masyarakat global teratas. Di Indonesia, sedikit yang mengetahui tentang prevalensi E. coli penghasil Extended Spectrum Beta Lactamase (ESBL) di lingkungan dapat meningkatkan risiko kontaminasi sumber air tanah karena potensi kolonisasi yang cepat melalui mekanisme horizontal gene transfer (HGT). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui signifikansi variasi musim dalam pencemaran AMR, mengetahui jumlah AMR pada sumber fekal, menganalisis korelasi AMR dengan air tanah setempat, dan mengidentifikasi strategi pencegahannya. Studi validasi dengan modifikasi IDEXX Tray telah dilakukan untuk menguji dugaan E. coli penghasil ESBL (AMR E. coli) pada musim hujan (Maret 2020). Hasil penelitian menunjukkan bahwa 33,3% (n=60) sampel air tanah positif resisten terhadap antibiotika sefotaksim. Pada penelitian musim kemarau ini, 22,2% (n=54) sampel air tanah positif resistensi antibiotika sefotaksim dengan uji perbandingan variasi musiman menunjukkan perbedaan yang signifikan pada cemaran E. coli (p-value 0,045), tetapi tidak pada cemaran AMR E. coli (p-value 0,234). Pada perbandingan sumber air yang sama di kedua musim (n=45) didapatkan kontaminasi AMR di musim hujan juga lebih tinggi (33,3%) dibandingkan dengan musim kemarau (26,7%). Namun pada uji statistik berpasangan tidak ada perbedaan signifikan hasil nilai AMR di kedua musim. Uji AMR E. coli pada sumber fekal menunjukkan rata-rata jumlah AMR E. coli pada feses ayam adalah 4,36 x 106 MPN/100 mL sedangkan pada efluen tangki septik sebanyak 5,23 x 105 MPN/100 mL. Jika dibandingkan hanya pada sumber air yang menggunakan sumber air lokal (n=34), 8 dari 10 sampel yang positif AMR E. coli menggunakan tipe sanitasi setempat dan 4 dari 10 sampel yang positif AMR E. coli memiliki hewan ternak. Hubungan korelasi pencemaran AMR E. coli pada sumber air dianalisis berdasarkan faktor penggunaan sanitasi setempat dan kepemilikan hewan. Hasilnya didapatkan korelasi yang signifikan (p-value 0,041) karena penggunaan sanitasi setempat tetapi tidak ada hubungan antara kepemilikan ternak (p-value 0,891). Oleh karena itu, diperlukan strategi pengelolaan yang difokuskan pada pengurangan E. coli pada sumbernya untuk mendukung penyediaan air yang aman khususnya dari fenomena AMR di lingkungan.

---

Antimicrobial resistance (AMR) is one of the top 10 global public health problems. In Indonesia, little is known about the prevalence of Extended-Spectrum Beta-Lactamase (ESBL)-producing E. coli in the environment increases the risk of contamination of groundwater sources because of the potential for rapid colonization due to the potential for rapid colonization through horizontal gene transfer (HGT) mechanisms. This study aims to determine the significance of seasonal variations in AMR contamination, determine the amount of AMR in faecal sources, analyze the correlation of AMR with local groundwater, and identify prevention strategies. A validation study with a modified IDEXX tray has been carried out to test the suspicion of ESBL-producing E. coli (AMR E. coli) in the rainy season (March 2020). The results showed that 33.3% (n=60) of the groundwater samples were positive for resistance to the antibiotic cefotaxime. In this dry season, 22.2% (n=54) of groundwater samples is positive for cefotaxime antibiotic resistance. The comparison test of seasonal variation showed a significant difference in E. coli contamination (p-value 0.045), but not in AMR E. coli (p-value 0.234). Comparing to the same water source in both seasons (n=45), it was found that AMR contamination in the rainy season was also higher (33.3%) compared to the dry season (26.7%). However, in the paired statistical test there was no significant difference in the results of the AMR values ​​in the two seasons. The AMR E. coli test on faecal sources showed that the average amount of AMR E. coli in chicken faeces was 4.36 x 106 MPN/100 mL, while in the septic tank effluent it was 5.23 x 105 MPN/100 mL. When compared only to water sources using local water sources (n=34), 8 out of 10 samples positive for AMR E. coli used local sanitation types and 4 out of 10 samples positive for AMR E. coli owned livestock. The correlation between AMR E. coli contamination in water sources was analyzed based on factors of local sanitation use and animal ownership. The results obtained a significant correlation (p-value 0.041) due to the use of local sanitation but no relationship between livestock ownership (p-value 0.891). Therefore, a management strategy is needed that focuses on reducing E. coli at the source to support the provision of safe water, especially from the AMR phenomenon in the environment."

"Masalah keamanan makanan saat ini sudah masalah global, sehingga yang mengambil perhatian utama dalam menetapkan kebijakan kesehatan publik. Dari hasil monitor Indonesia makanan dan obat peraturan Departemen (Badan POM RI) untuk acara wabah (KLB) keracunan makanan di Indonesia pada tahun 2016 menunjukkan bahwa telah terjadi 60 keracunan makanan. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan faktor yang berhubungan dengan kejadian kontaminasi E. coli di rumah makan wilayah Pelabuhan Merak, Banten pada tahun 2019 dilakukan dengan populasi 31 utama. Studi ini adalah cross sectional penelitian ini pada bulan April sampai Mei 2019. Studi ini menggunakan data sekunder dan primer primer dilakukan dengan menggunakan metode kuesioner, pengamatan dan pemeriksaan laboratorium. Hasil pemeriksaan Laboratorium pada sampel makanan yang dilakukan pada 31 rumah makan yang berada di wilayah Pelabuhan Merak Banten, diperoleh hasil rumah makan yang memenuhi syarat yakni sebanyak 45,2 % (negatif E. coli) dan yang tidak memenuhi syarat adalah sebanyak 54,8% (positif E. coli). Hasil uji statistik untuk karakteristik penjamah makanan diperoleh faktor yang berhubungan dengan kontaminasi E. coli pada makanan antara lain kondisi kuku dan kebersihan tangan penjamah (p value 0,022), kebiasaan mencuci tangan penjamah makanan (p value 0,041). Untuk fasilitas sanitasi, faktor yang berhubungan dengan kontaminasi E. coli antara lain air yang digunakan untuk mencuci peralatan (p value 0,041), air untuk mencuci bahan makanan (p value 0,041), saluran pembuangan limbah/air bekas cucian (p value 0,049). Serta faktor pengawasan hygiene sanitasi rumah makan (p value 0,021) yang mempengaruhi terhadap kontaminasi E coli pada makanan. Faktor yang paling berhubungan terhadap kontaminasi E. coli pada makanan di Pelabuhan Merak Banten adalah kondisi kuku dan kebersihan tangan penjamah makanan yang memiliki OR 16,404 artinya penjamah makanan yang memiliki kondisi kuku yang panjang dan kotor akan mempunyai odds (risiko) untuk mengkontaminasi makanan sebesar 16 kali lebih tinggi dibandingkan dengan penjamah yang memiliki kuku pendek dan bersih pada rumah makan di wilayah Pelabuhan Merak Banten. Upaya yang perlu dilakukan adalah dengan menjaga kebersihan kuku dan tangan serta menjadikan kebiasaan cuci tangan penjamah makanan menggunakan sabun dan air mengalir. Hal ini bisa dilakukan jika ada fasilitas sanitasi lingkungan yang memadai di sekitar wilayah rumah makan di Pelabuhan.

---

Todays food security problem is already a global problem, so that take the main attention in setting public health policy. From the monitor results of Indonesia food and drug regulatory department (POM RI) to outbreak events (KLB) of food poisoning in Indonesia in 2016 showed that there had been 60 case of food poisoning. This study aimed to determine the factor associated with the incidence of contamination of E. coli in restaurant at the port of Merak Banten 2019 conducted with population 31 primary. This study is a cross sectional study was conducted in April to May 2019.This study uses secondary and primary data isdone by using questionnaire, observation method and laboratory examination. The results of the Laboratory examinations on the samples as much as 45.2% (negative e. coli) and who are not eligible are as many as 54.8% (positive e. coli). The results of statistical tests for characteristics personal hygiene food handler associated with e. coli contamination on food, among others, the condition of the nails and hand hygiene food handler (p value 0.022), hand-washing food handler (p value 0.041). For sanitation facilities, factors associated with e. coli contamination include water used for washing equipment (p value 0,041), water to wash food material (p value 0,041), waste disposal (p value 0,049) also supervision factors on restaurant(p value 0.021). The most variable associated is the condition of the nails and hand hygiene food handler ( OR 16,404 ) which mean food handler has a long nail conditions and dirty will have odds (risk) to contaminate food amounting to 16 times higher compared to food handler which has a short and clean fingernails. That needs to be done is keep clean the nails and hands, make hand-washing habit food handler use soap and water flows. All the things can do if there is an adequate sanitation facilities around the area restaurants in the port of Merak, Banten."

"Enzim selulase digunakan secara luas dalam industri bioetanol, pulp dan kertas, tekstil, pakan dan deterjen, namun hampir 99% kebutuhan enzim domestik dipenuhi oleh impor. Salah satu biomassa lignoselulosa yang memiliki potensi tinggi produksi selulase adalah Tandan Kosong Sawit (TKS) karena kandungan selulosanya cukup tinggi, yaitu mencapai 41,3 46,5% (w/w). Metode konvensional untuk produksi enzim selulase adalah menggunakan jamur, namun diketahui bahwa bakteri juga dapat memproduksi enzim selulase dengan laju yang lebih cepat. Penelitian ini menggunakan simulasi perancangan pabrik serta perhitungan ekonomi produksi enzim selulase di Indonesia berbasis Tandan Kosong Sawit dengan simulasi menggunakan software SuperPro v9.0. Simulasi dilakukan sebagai estimator nilai kelayakan proses dan kelayakan pabrik. Data diambil dari literatur. Berdasarkan simulasi dan analisis dari softwarre SuperPro Designer 9.0 diperoleh, kapasitas produksi sebesar 1816 kg/batch akan menghasilkan nilai ROI, Payback Period, IRR dan NPV berturut turut sebesar 1056.34 %, 0,09 tahun, 278,2% dan US$ 31.413.708.000."

"ABSTRACTLatar Belakang: Organisme yang memproduksi ESBL merupakan masalah kesehatan masyarakat di seluruh dunia. Salah satu organisme yang paling sering yang menghasilkan ESBL yaitu Escherichia coli E.coli . Bakteri yang memproduksi ESBL lebih resisten terhadap antibiotik dan mengakibatkan infeksi menjadi lebih sulit untuk diobati. Di Indonesia, tidak banyak data yang memadai mengenai prevalensi E. coli yang memproduksi ESBL, terutama di Jakarta.Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk memberikan laporan terkini tentang munculnya E. coli yang memproduksi ESBL di Indonesia.Metode: Isolat E. coli diambil dari berbagai sampel klinis pasien yang diperoleh dari Laboratorium Mikrobiologi Klinik, Universitas Indonesia pada tahun 2009-2014. Jenis data isolat yang digunakan berupa data sekunder mengenai kerentanan E. coli terhadap beberapa antimikroba. Data dianalisis menggunakan SPSS versi 20 untuk melihat kemungkinan terdapatnya kenaikan atau penurunan prevalensi E. coli penghasil ESBL yang terjadi secara signifikan.Hasil: Dari total 471 isolat E. coli, 56 11.9 merupakan E. coli penghasil ESBL. Prevalensi E. coli yang memproduksi ESBL menunjukkan kecenderungan menurun setiap tahun dari tahun 2009 sampai 2014, kecuali tahun 2012-2014, terdapat sedikit peningkatan. Namun secara statistik, penurunan atau kenaikan prevalensi tersebut, secara statistik tidak bermakna dengan p>0.05. Prevalensi E.coli yang memproduksi ESBL pada tahun 2009-2014 berturut-turut 19.1 , 21.2 , 6.9 , 5.4 , 7.56 , dan 8 .Kesimpulan:Terjadi penurunan prevalensi Escherichia coli yang memproduksi ESBL pada tahun 2009-2014, namun hasilnya tidak signifikan secara statistik. Kata kunci: E. coli, Extended-spectrum beta-lactamases, Indonesia.

---

ABSTRACTBackground ESBL producing organism has been a public health concern in the entire world. One of the most prevalent organisms that produce ESBL is Escherichia coli E.coli . The production of ESBL has made bacteria to be more resistant to antibiotics and therefore make infections harder to treat. In Indonesia, there is not many adequate data regarding prevalence of ESBL producing E. coli, especially in Jakarta. The aim of this research is to provide an updated report about the emergence of ESBL producing E. coli in Indonesia.Method E. coli isolates are obtained from many clinical samples of patients obtained from Clinical Microbiology Laboratory, Universitas Indonesia from 2009 2014. The isolates data was obtained as a secondary data that has been tested for its antimicrobial susceptibility. The data was analyzed using SPSS version 20 to see whether the increase or decrease was statistically significant.Results From a total of 471 E. coli isolates, 56 11.9 are identified as ESBL producing E. coli. The prevalence of positive ESBL producing E. coli decreased each year from 2009 to 2014, except for 2012 to 2014 where there is a slight increase. However, the decrease or increase of the prevalence was not statistically different p 0,05 . This p value illustrated that the change in prevalence was not significant from year to year. The prevalence of ESBL producing E. colifrom 2009 to 2014 was 19.1 , 21.2 , 6.9 , 5.4 , 7.56 , and 8 respectively.Conclusion There has been a decrease in the prevalence of ESBL producing Escherichia coli from 2009 2014. However, the result is statistically insignificant. "

"Penelitian bertujuan menguji kemampuan aktivitas antibakteri dari partikel nano ZnO terhadap Escherichia coli NBRC 3301. Aktivitas antibakteri dievaluasi dengan cara menentukan konsentrasi minimum bakterisidal, menentukan laju sintas, dan mengukur serta mengamati dampak aktivitas yang diakibatkan oleh partikel nano ZnO. Konsentrasi minimun bakterisidal partikel nano ZnO terhadap E. coli NBRC 3301 adalah 0,2%. Aktivitas antibakteri meningkat seiring meningkatnya lama paparan. Setelah terpapar selama 20 jam, sel mengalami penurunan jumlah hingga 103 CFU/ml dan mengalami kematian 100% pada jam ke-24. Dampak aktivitas tersebut ditandai dengan meningkatnya kadar asam nukleat dan terjadinya perbedaan komposisi total protein pada medium pertumbuhan berdasarkan perbedaan pola spektrogram dan kromatogram. Meskipun pengamatan perubahan morfologi sel menggunakan SEM tidak berhasil, hasil-hasil tersebut memperkuat kemungkinan bahwa partikel nano ZnO menyebabkan kerusakan membran sel sehingga terjadi kebocoran sitoplasma yang berakibat pada kematian sel.

---

This present work examines antibacterial activity of ZnO Nanoparticles (NPs) against Escher ichia coli NBRC 3301. Antibacterial activity was evaluated by determining the minimum bactericidal concentration (MBC) and measuring death rate. The impacts of the activity of ZnO NPs were also measured and observed. The MBC was determined to be 0.2%. The antibacterial activity increased with increasing exposure time. Bacteria cell number was reduced until 103 CFU/ml after exposure to 0.2% of ZnO NPs for 20 hours. 100% of total cell death was observed after 24 hours application of ZnO NPs. The impact of ZnO NPs on cells was indicated by increase in the amount of nucleic acid and change in total protein composition in growth medium based on the pattern differences of spectrogram and chromatogram. Despite morphological changes was not well observed by SEM image, the results reveal that ZnO NPs could damage cell membrane and lead to leakage of cytoplasm which is kill bacterial cells."

"Infeksi dengue merupakan salah satu masalah utama kesehatan di dunia, termasuk di Indonesia. Angka kejadian demam berdarah dengue di Indonesia terus meningkat sejak tahun 1968 sampai tahun 2013. Akan tetapi, laju kematian atau case fatality ratio akibat demam berdarah dengue mengalami penurunan karena adanya deteksi infeksi dengue secara dini menggunakan antibodi monoklonal dan protein biomarka non-struktural 1 (NS1). Pengembangan antibodi monoklonal dengan teknologi hibridoma sebagai bahan baku kit diagnostik dengue terkendala masalah biaya produksi yang mahal dan waktu produksi yang relatif lama, sehingga dibutuhkan alternatif lain seperti pengembangan antibodi rekombinan. Penelitian ini dilakukan untuk memperbanyak gen rantai berat (heavy chain) dan rantai ringan (light chain) penyusun fragment antigen binding (Fab) rekombinan dari sel hibridoma lokal 71E2 yang telah diinduksi dengan virus dengue sehingga diharapkan mampu mensekreksikan antibodi anti-NS1. Gen heavy chain dan light chain diamplifikasi dengan menggunakan teknik polymerase chain reaction (PCR), kemudian divisualisasi dengan menggunakan elektroforesis gel agarosa. Produk PCR gen heavy chain menghasilkan pita berukuran 600 bp, sedangkan produk PCR gen light chain menghasilkan pita berukuran 350 bp. Plasmid rekombinan yang terdiri atas gen heavy chain/light chain dan vektor pTA2 ditransformasi ke dalam Escherichia coli TOP10 dengan menggunakan metode heat shock. Teknik PCR, digesti, dan sekuensing digunakan untuk mengkonfirmasi keberadaan gen target pada plasmid rekombinan. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa gen heavy chain dan light chain yang berasal dari sel hibridoma 71E2 berhasil dikloning pada vektor pTA2 di dalam E. coli TOP10. Akan tetapi, diperlukan studi lebih lanjut untuk mengevaluasi kemampuan ekspresi Fab rekombinan yang tersusun atas gen heavy chain dan light chain hasil kloning sebagai material penting dalam pengembangan kit diagnostik dengue.

---

Dengue infection is one of major health problem which spread worldwide including in Indonesia. The dengue hemorrhagic fever (DHF) incidence in Indonesia increased rapidly from 1968 until 2013. However, the case fatality ratio decreased during the same period due to early detection of dengue infection by using monoclonal antibody and non-structural 1 (NS1) protein biomarker. The development of monoclonal antibody with hybridoma technology as raw material for dengue diagnostic kit was constrained by the expensive production costs and relatively long production time so that other alternatives are needed such as the development of recombinant antibody. This early study was conducted to clone heavy chain and light chain gene of recombinant fragment antigen binding (Fab) using local hybridoma cell 71E2 secreting monoclonal antibody anti-NS1 which was induced by dengue virus. The heavy chain and light chain gene of Fab were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and then visualized by agarose gel electrophoresis. Heavy chain PCR product produces a band at 600 bp, while light chain PCR product produces a band at 350 bp. The recombinant plasmid that consists of the gene and pTA2 vector were transformed to Escherichia coli TOP10 using heat shock method. Polymerase chain reaction, digestion, and sequencing method then used to confirm the gene insertion in the recombinant plasmid. The results showed that the heavy chain and light chain gene from hybridoma cell 71E2 were successfully cloned on the pTA2 vector in E. coli TOP10. However, further study should be conducted to evaluate the expression of the recombinant Fab from heavy chain and light chain gene as a valuable material in the development of dengue diagnostic kit."