Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Perkembangan teknologi penyuntingan genom clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) memberikan kemampuan pada ilmuwan untuk memodifikasi sekuens genom pada sebagian besar sel eukariot. Selain untuk insersi dan delesi gen, penelitian sistem CRISPR-Cas9 juga telah menuju ke arah perkembangan represor transkripsional artifisial CRISPR interference (CRISPRi) dengan sistem dCas9 untuk rekayasa metabolisme melalui penyuntingan metabolic pathways.  dCas9 yang merupakan turunan dari Cas9 saat ini umumnya diproduksi oleh bakteri Streptococcus pyogenes yang merupakan bakteri mesofilik dan menyebabkan Cas9 dan dCas9 yang berasal dari Sterptococcus pyogenes memiliki limitasi terhadap suhu tinggi.  Saat ini eksplorasi terhadap bakteri termofilik sebagai sumber gen Cas9-dCas9 sedang berkembang. Salah satunya adalah bakteri Geobacillus kaustophilus yang tumbuh pada suhu optimal 60˚C dan dapat hidup hingga suhu 74˚C. Dalam penelitian ini, produksi enzim dCas9 dilakukan menggunakan Escherichia coli BL21 sebagai host dan dipurifikasi Immobilized metal affinity chromatography (IMAC). Variasi pemanasan supernatant dilakukan untuk suhu 50˚C, 60˚C, dan 70˚C sebelum purifikasi. Terdapat penurunan konsentrasi protein total dengan semakin tinggi suhu pemanasan, dengan konsentrasi protein total tertinggi pada suhu 50˚C. Purifikasi dilakukan menggunakan 3 buffer elusi dengan konsentrasi imidazole berbeda (250 mM, 350 mM, dan 450 mM). Konsentrasi imidazole 350 mM pada buffer elusi menghasilkan protein dengan konsentrasi total paling tinggi. SDS PAGE silver staining dilakukan untuk melihat berat molekul protein rekombinan yang telah dipurifikasi, dan protein terpurifikasi muncul pada pita ~50 kDa.

---

The development of clustered regularly interspaced short palindromic repeat (CRISPR) genome editing technology has given scientists the ability to modify the genome sequences of most eukaryotic cells. In addition to gene insertion and deletion, research on the CRISPR-Cas9 system has also led to the development of artificial transcriptional CRISPR interference repressors (CRISPRi) with the dCas9 system for metabolic engineering through editing of metabolic pathways. dCas9 which is a derivative of Cas9 is currently generally produced by Streptococcus pyogenes which is a mesophilic bacterium and causes Cas9 and dCas9 derived from Streptococcus pyogenes to have limitations against high temperatures. Currently, exploration of thermophilic bacteria as a source of Cas9-dCas9 genes is rising. One of them is the bacterium Geobacillus kaustophilus which grows at an optimal temperature of 60˚C and can live up to 74˚C. In this study dCas9 recombinant production was carried out using Escherichia coli BL21 as the host and Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) purification. Variation of supernatant heating was carried out for temperatures of 50˚C, 60 ˚C, and 70 ˚C before purification. There was a decrease in total protein concentration with higher heating temperature, with the highest total protein concentration at 50 ˚C. Purification was carried out using 3 elution buffers with varying imidazole concentrations (250 mM, 350 mM, and 450 mM). The imidazole concentration of 350 mM in the elution buffer produced fractions with the highest total protein concentration. SDS PAGE silver staining was performed to determine the molecular weight the purified fraction, and bands appeared in the ~50 kDa band."

"Sistem CRISPR-Cas9 merupakan mekanisme perlindungan bakteri terhadap materi genetik asing yang diaplikasikan secara luas dalam rekayasa genetika. Kombinasi enzim Cas9 dengan gRNA pada CRISPR-Cas9 memungkinkan terjadinya pengeditan genom terhadap target yang spesifik. Meskipun demikian, Cas9 yang dikembangkan saat ini berasal dari bakteri mesofilik sehingga rentan terdegradasi dan tidak cocok untuk aplikasi pada temperatur tinggi. Di sisi lain, bakteri termofilik Geobacillus kaustophilus telah diisolasi dari mata air panas di Cisolong, Banten, dan diidentifikasi mengandung enzim Cas9. Untuk memperoleh enzim Cas9 yang tidak terdenaturasi pada temperatur tinggi (termostabil), dilakukan uji coba produksi Cas9 rekombinan dari Geobacillus kaustophilus. Gen Cas9 yang telah dikloning pada plasmid pET43.1a ditransformasikan ke dalam Escherichia coli BL21 dan dikultur dengan konsentrasi penambahan IPTG yang bervariasi—0,05 mM, 0,20 mM, dan 0,50 mM. Hasil kultur bakteri dipanaskan pada temperatur yang bervariasi (50 °C, 60 °C, dan 70 °C) untuk mendenaturasi enzim non-termofilik. Setelah itu, sampel dipurifikasi dengan mmobilized Metal Affinity Chromatography untuk memperoleh enzim Cas9. Hasil uji Lowry menunjukkan sampel heated supernatant dengan konsentrasi IPTG 0,05 mM dan temperatur pemanasan 50 °C memiliki konsentrasi protein tertinggi dan hasil purifikasinya memiliki konsentrasi Cas9 sebesar 42,6 μg/mL. Identifikasi protein dengan uji SDS-PAGE menunjukkan ukuran protein hasil purifikasi sebesar 52,61 kDa.

---

The CRISPR-Cas9 system is a bacterial defense mechanism against foreign genetic material that is broadly applied in genetic engineering. The combination of Cas9 enzyme and gRNA in CRISPR-Cas9 allows genome editing of specific targets. However, the currently developed Cas9 originated from mesophilic bacteria, making it susceptible to degradation and unsuitable for applications requiring elevated temperatures. On the other hand, the thermophilic bacterium, Geobacillus kaustophilus, was isolated from a hot spring in Cisolong, Banten, and identified as containing the Cas9 enzyme. To obtain undenatured Cas9 enzymes at high temperatures (thermostable), a production test of recombinant Cas9 from Geobacillus kaustophilus was carried out. The Cas9 gene cloned on the pET43.1a plasmid was transformed into Escherichia coli BL21 and cultured under various IPTG addition concentrations—0.05 mM, 0.20 mM, and 0.50 mM. The bacterial cultures were heated at various temperatures (50 °C, 60 °C, and 70 °C) to denature unwanted non-thermophilic enzymes. Thereafter, the samples were purified using Immobilized Metal Affinity Chromatography to obtain Cas9 enzyme. Lowry protein assay results showed that the heated supernatant sample with 0.05 mM IPTG addition and 50 °C heating temperature has the highest protein concentration, and the purified sample yielded a Cas9 concentration of 42.6 μg/mL. Protein identification with SDS-PAGE revealed a purified protein size of 52.61 kDa"

"Enzim Cas9 merupakan bagian dari CRISPR-Cas9 yang berperan sebagai endonuklease untuk memotong DNA/RNA pada sekuens yang spesifik. Enzim Cas9 berguna dalam bidang kesehatan, pangan, dan industri. Namun, banyak industri yang beroperasi pada suhu tinggi sehingga enzim Cas9 pada umumnya tidak dapat digunakan dan diperlukan enzim Cas9 yang termostabil. Akan tetapi, belum banyak penelitian mengenai jenis enzim Cas9 termostabil. Oleh sebab itu, mengetahui adanya Cas9 pada isolat lokal Geobacillus kaustophilus TBUI01, dilakukan produksi enzim Cas9 dengan teknik rekombinan pada Escherichia coli BL21. Enzim Cas9 kemudian dipanaskan untuk menghilangkan semua protein mesofilik dari Escherichia coli BL21 pada suhu 50oC, 60oC, dan 70oC. Lalu dipurifikasi dengan teknik presipitasi amonium sulfat dengan variasi fraksinasi 20%, 50%, dan 80%. Sampai saat ini, belum ada penelitian enzim Cas9 tahan panas yang menggunakan presipitasi amonium sulfat sebagai satu-satunya teknik purifikasi. Teknik ini dilakukan karena ekonomis, cepat, dan juga mudah dilakukan. Hasil menunjukkan bahwa suhu pemanasan 60 oC adalah suhu yang optimal untuk mendegradasi protein mesofilik tanpa mendegradasi enzim Cas9. Presipitasi amonium sulfat optimal dilakukan pada fraksinasi 50% karena mampu mempresipitasi enzim Cas9. Akan tetapi, masih ada protein lain yang berhasil dipresipitasi sehingga presipitasi amonium sulfat dapat dijadikan sebagai langkah purifikasi awal untuk mengonsentrasikan protein.

---

The Cas9 enzyme is part of CRISPR-Cas9 which acts as an endonuclease to cut DNA/RNA in specific sequences. Cas9 is useful in the fields of health, food, and industry. However, many industries operate at high temperatures so that Cas9 enzymes generally cannot be used and a thermostable Cas9 enzyme is needed. Nevertheless, there has not been much research on the type of thermostable Cas9 enzyme. Therefore, knowing the presence of Cas9 in the local isolate Geobacillus kaustophilus TBUI01, Cas9 enzyme production was carried out using recombinant techniques on Escherichia coli BL21. The Cas9 enzyme was then heated to remove all mesophilic protein from Escherichia coli BL21 at 50oC, 60oC and 70oC. Then it was purified by ammonium sulfate precipitation technique with 20%, 50% and 80% saturation. Until now, there has been no research on thermostable Cas9 using ammonium sulfate precipitation as the only purification technique. This technique is done because it is economical, fast, and easy to do. The result showed that a heating temperature of 60oC is the optimal temperature for degrading mesophilic proteins without degrading Cas9 enzymes. Optimal ammonium sulfate precipitation is carried out at 50% fractionation because it can precipitate the Cas9 enzyme. However, there are still other proteins that have been successfully precipitated so that the precipitation of ammonium sulfate can be used as an initial purification step to concentrate protein."

"Kemajuan dalam teknologi penyuntingan genom menggunakan Clustered Regularly  Interspaced Short Palindromic Repeat (CRISPR) memberi kemampuan kepada para  ilmuwan untuk mengubah sekuens genom pada sebagian besar sel eukariot. Saat ini,  penelitian terkait sistem CRISPR-Cas9 juga berkembang menuju pengembangan sistem represor transkripsional CRISPR interference (CRISPRi) dengan menggunakan sistem dCas9 yang bertujuan untuk mengarahkan rekayasa metabolisme melalui  penyuntingan jalur metabolisme. Saat ini belum banyak penelitian yang memproduksi enzim dCas9 menggunakan metode ekstraseluler yang lebih efisien dan ekonomis. Pada penelitian ini, produksi enzim dCas9 dilakukan secara ekstraseluler dengan menggunakan bakteri Geobacilus kaustophilus dan Escherichia coli BL21 sebagai host dan dipurifikasi dengan menggunakan Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) dengan penggunaan variasi konsentrasi IPTG, yakni 0,05 mM dan 0,5 mM, dan suhu pemanasan, yakni pada suhu 50oC dan 70EC. Pada suhu pemanasan 50°C dan konsentrasi IPTG 0,5 mM, konsentrasi protein yang didapatkan adalah 1.971 o‡g/mL, sedangkan ketika suhu pemanasan dinaikkan menjadi 70°C konsentrasinya menjadi sebesar 487 o‡g/mL. Pada suhu 50oC, konsentrasi IPTG yang diturunkan menjadi 0,05 mM menghasilkan protein dengan konsentrasi sebesar 281 o‡g/mL. Identifikasi protein dengan uji SDS-PAGE menunjukkan ukuran protein hasil purifikasi sebesar 64,76 kDa.

---

Advancements in genome editing technology using Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeat (CRISPR) provide scientists with the ability to modify genome sequences in most eukaryotic cells. Currently, research related to the CRISPR-Cas9 system is also evolving towards the development of the CRISPR interference (CRISPRi) transcriptional repressor system using the dCas9 system, aimed at directing metabolic engineering through pathway editing. At present, there is limited research on producing dCas9 enzymes using a more efficient and economical extracellular method. In this study, dCas9 enzyme production was carried out extracellularly using Geobacillus kaustophilus and Escherichia coli BL21 as hosts and purified using Immobilized Metal Affinity Chromatography (IMAC) with variations in IPTG concentrations, namely 0,05 mM and 0,5 mM, and heating temperatures, namely at 50°C and 70°C. At a heating temperature of 50°C and an IPTG concentration of 0,5 mM, the protein concentration obtained was 1,971 μg/mL. When the heating temperature was increased to 70°C, the concentration became 487¼g/mL. At 50°C, lowering the IPTG concentration to 0,05 mM resulted in a protein concentration of 281¼g/mL. Protein identification using SDS-PAGE showed the size of the purified protein to be 64,76 kDa."

"ABSTRAKPada penelitian ini dilakukan proses disinfeksi bakteri Escherihia coli(E.coli) menggunakan metode kavitasi hidrodinamika dengan menggunakan duajenis kontaktor yang berbeda yaitu orifice plate dan injektor venturi. Dari keduaperlakukan berbeda ini didapatkan hasil bahwa orifice plate dengan konsentrasiawal 104 CFU/mL mengalami penurunan menjadi 0 CFU/mL dalam waktu 20menit, dan pada injektor venturi dari konsentrasi awal 104 CFU/mL mengalamipenurunan menjadi 0 CFU/mL dalam waktu 30 menit. Disimpulkan bahwa orificeplate dapat mendisinfeksi E.coli dengan lebih efektif dan lebih cepatdibandingkan dengan injektor venturi. Metode disinfeksi ini layak dan berpotensiuntuk dikembangkan ke dalam skala yang lebih besar karena biayanya yangmurah dan hasilnya yang effisien."

"Enzim selulase digunakan secara luas dalam industri bioetanol, pulp dan kertas, tekstil, pakan dan deterjen, namun hampir 99% kebutuhan enzim domestik dipenuhi oleh impor. Salah satu biomassa lignoselulosa yang memiliki potensi tinggi produksi selulase adalah Tandan Kosong Sawit (TKS) karena kandungan selulosanya cukup tinggi, yaitu mencapai 41,3 46,5% (w/w). Metode konvensional untuk produksi enzim selulase adalah menggunakan jamur, namun diketahui bahwa bakteri juga dapat memproduksi enzim selulase dengan laju yang lebih cepat. Penelitian ini menggunakan simulasi perancangan pabrik serta perhitungan ekonomi produksi enzim selulase di Indonesia berbasis Tandan Kosong Sawit dengan simulasi menggunakan software SuperPro v9.0. Simulasi dilakukan sebagai estimator nilai kelayakan proses dan kelayakan pabrik. Data diambil dari literatur. Berdasarkan simulasi dan analisis dari softwarre SuperPro Designer 9.0 diperoleh, kapasitas produksi sebesar 1816 kg/batch akan menghasilkan nilai ROI, Payback Period, IRR dan NPV berturut turut sebesar 1056.34 %, 0,09 tahun, 278,2% dan US$ 31.413.708.000."

"Sukrosafosforilase (SPase) adalah suatu enzim yang mengkatalisis sejumlah reaksi pemindahan gugus glukosil ke sejumlah molekul aseptor. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh SPase rekombinan dari E. coli BL-21 StarTM dalam skala besar, memperoleh karakter enzim berdasarkan bobot molekul dan aktivitas, dan mengetahui aktivitas transglikosilasi terhadap asam askorbat dan asam benzoat. Berdasarkan hasil SDS PAGE, bobot molekul SPase rekombinan adalah antara 45 dan 66 kDa. Aktivitas SPase diukur dengan menggunakan sukrosa sebagai substrat dan produk akhir diukur sebagai NADPH pada 340 nm, dengan hasil aktivitas relatif 98,52% terhadap SPase standar. Aktivitas transglukosilasi menggunakan asam benzoat sebagai substrat menunjukkan produk pada KLT, sedangkan asam askorbat tidak menunjukkan terbentuknya produk pada KLT dan KCKT.

---

Sucrosephosphorylase (SPase) is an enzyme that catalyzes glucosyl transfer reaction to the amount of acceptor molecules. The objective of this study was to obtain the recombinant SPase from E. coli BL-21 StarTM in a large scale, to characterize the recombinant SPase by its molecular weight and activity, and to determine the transglucosylation activity using ascorbic acid and benzoic acid as substrate.

SDS PAGE result showed that molecular weight of recombinant SPase between 45 and 66 kDa. SPase activity was measured by using sucrose as substrate, and the end product was measured as NADPH at 340 nm; this resulting relative activity 98.52% to standard SPase. Its transglucosylation activity using benzoic acid as substrate showed a product by performing TLC while as using ascorbic acid did not by performing TLC and HPLC."

"Penelitian ini bertujuan untuk menguji kinerja kombinasi metode ozonasi dan kavitasi hidrodinamika dengan pelat berlubang dalam proses desinfeksi bakteri E.coli. Pada penelitian ini, dilakukan variasi dosis ozon, laju alir sirkulasi, dan metode disinfeksi. Ozon diproduksi menggunakan ozonator komersial dengan dosis ozon 64,83 mg/jam, 108,18 mg/jam, dan 135,04 mg/jam sementara kavitasi dibangkitkan menggunakan pelat berlubang. Metode desinfeksi yang akan divariasikan pada percobaan ini adalah: kavitasi hidrodinamika, ozonasi, dan gabungan keduanya. Hasil terbaik pada masing-masing metode didapatkan pada menit ke-60 dan laju alir sirkulasi 7 L/menit.Metode gabungan kavitasi dan ozonasi mampu mendesinfeksi hingga 0 CFU/mL dari konsentrasi awal 2,10 x 105 CFU/mL. Metode ozonasi tunggal mampu mendesinfeksi bakteri E.coli hingga 0 CFU/mL dari konsentrasi awal 1,32 x 105 CFU/mL selama 60 menit. Metode kavitasi hidrodinamik memberikan hasil penyisihan paling sedikit, yaitu 5,20 x 104 CFU/mL dari konsentrasi awal 2,17 x 105 CFU/mL. Disimpulkan bahwa metode kombinasi menghasilkan desinfeksi bakteri E.coli yang lebih cepat dan lebih baik dibandingkan metode tunggalnya.

---

This research aims to evaluate the performance of hybrid method of ozonation and hydrodynamic cavitation with orifice plate on E.coli bacteria disinfection. Ozone dose, circulation flowrate, and disinfection method were varied. Ozone was produced by commercial ozonators with ozone dose of 64,83 mg hour, 108,18 mg hour, and 135,04 mg hour. Meanwhile, hydrodynamic cavitation was generated using an orifice plate. The disinfection methods compared in this research are hydrodynamic cavitation, ozonation, and the combination of both. The best result on each method was achieved on the 60th minutes and with a circulation flowrate of 7 L min.

The hybrid method attained final concentration of 0 CFU mL from the initial concentration of 2,10 x 105 CFU mL. The ozonation method attained final concentration of 0 CFU mL from the initial concentration of 1,32 x 105 CFU mL. Cavitation method gives the least elimination with final concentration of 5,20 x 104 CFU mL from the initial concentration of 2,17 x 105 CFU mL. In conclusion, hybrid method gives a faster and better disinfection of E.coli than each method on its own."

"Preliminary tests were conducted in the laboratory on four samples of fruit juices and all of them positively contaminated with Escherichia coli bacterium. The aims of this study is to determine the relationship between factors associated with Escherichia coli bacterial contamination in fruit juices which sold in Jalan Margonda Kota Depok. This study used cross-sectional design method and the number of sample are 37 samples. Data were collected through a laboratory test for bacterial contamination variables and observations for other variables.Laboratory test results showed that the positively fruit juice contaminated with the Escherichia coli bacterium is 19 fruit juices (51.4%). There is a significant relationship between the cleanliness of fruit with Escherichia coli bacterial contamination in fruit juice (p = 0.013, OR = 7.583). Hygiene cookware factors, sanitary wash water and drinking water, ice cubes sanitation, and hands washing before handling has no significant relationship with the Escherichia coli bacterium contamination on fruit juices.

---

Telah dilakukan uji pendahuluan di laboratorium pada empat sampel jus buah dan keempatnya positif terkontaminasi bakteri Escherichia coli. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara faktor-faktor yang berhubungan dengan kontaminasi bakteri Escherichia coli pada minuman jus buah yang dijual di Jalan Margonda Kota Depok. Penelitian ini menggunakan metode cross sectional dan jumlah sampel sebanyak 37 sampel. Data dikumpulkan melalui uji laboratorium untuk variabel kontaminasi bakteri dan observasi untuk varibel lainnya.Hasil uji laboratorium menunjukkan bahwa jus buah yang positif terkontaminasi bakteri Escherichia coli adalah sebanyak 19 jus buah (51,4%). Terdapat hubungan yang signifikan antara kebersihan buah dengan kontaminasi bakteri Escherichia coli pada jus buah (p=0,013, OR=7,583). Faktor kebersihan peralatan masak, sanitasi air bersih dan air minum, sanitasi es batu, dan mencuci tangan sebelum mengolah tidak memiliki hubungan yang signifikan dengan kontaminasi bakteri Escherichia coli pada jus buah."