Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian: Adenosin Trifosfat (ATP) sintase berfungsi sebagai tempat sintesis ATP dari ADP dan Pi dengan menggunakan energi gradien proton. Kompleks ATP sintase marupakan satu dari enzim penting yang sangat diperlukan untuk metabolisme sel secara umum. Enzim ini terdiri dari dua bagian, yaitu bagian yang mengandung situs katalitik (F1) dan bagian proton channel (F0). Subunit β dari F1 merupakan salah satu subunit kunci karena memiliki situs aktif atau situs katalitik bagi ATP dan merupakan protein yang highly conserved memiliki 70 % homologi antara manusia dengan E. coli, yang memberikan indikasi akan pentingnya bagian tersebut. Saat ini telah diketahui secara lengkap dua sekuens gen ATP sintase subunit β yaitu dari Ohta S. et al.(1988) dan Neckelmann et. al. (1989) yang menunjukkan adanya variasi polimorfik. Karena perbedaan sekuens dapat mempengaruhi ekspresi dan fungsi protein ATP sintase subunit β dalam metabolisme energi mitokondia, dan mungkin berasosiasi dengan keadaan patologis tertentu, maka dalam penelitian ini dilakukan studi untuk mencari bukti adanya variasi polimorfik ATP sintase subunit β dengan memanfaatkan keragaman etnik di Indonesia. Sekuens DNA dari gen ATP sintase subunit β ditentukan dengan menentukan disain primer dan mengamplifikasi daerah penyandi asam amino (ekson 1 sampai dengan ekson 10) dari gen tersebut. Penapisan varian polimorfik dilakukan dengan metode PCR-RFLP. Hasil dan Kesimpulan: Hasil sekuens DNA pada dua individu populasi Indonesia ternyata serupa dengan sekuens Neckelmann dan memiliki banyak perbedaan dengan sekuens Ohta. Dari hasil metoda PCR-RFLP serta analisis hasil sekuensing ini ditemukan adanya delapan artefak sekuens pada daerah penyandi asam amino pada sekuens gen ATP sintase subunit β hasil publikasi Ohta S. et al. Oleh karena itu sekuens gen ATP sintase subunit β hasil publikasi Ohta S. et. al. tidak dapat digunakan sebagai sekuens referensi. Dengan menggunakan sekuens referensi baru ditemukan adanya polimorfisme pada sekuens gen ATP sintase subunit β pada etnik Jawa dengan frekuensi 20 % dan frekuensi alel 10%. Varian polimorfik baru yang ditemukan, mengakibatkan perubahan asam amino dari prolin menjadi leusin (P12L). Perubahan asam amino P12L dari ATP sintase subunit β ini terletak pada daerah presekuens sehingga tidak berpengaruh terhadap struktur maupun fungsi dari ATP sintase subunit β akan tetapi mungkin berpengaruh pada efektivitas penghantaran protein subunit β ke membran dalam mitokondria. Berdasarkan hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa: (1) Sekuens Ohta tidak dapat digunakan sebagai sekuens referens karena mengandung sejumuah artefak. (2) Konservasi gen ATP sintase subunit β tinggi karena sebagian besar populasi Indonesia termasuk Papua sama dengan populasi Kaukasia dan Jepang. (3) Ditemukan polimorfisme baru pada sekuens gen ATP sintase subunit β (P12L) pada populasi etnik Indonesia dengan: (a) alel frekuensi polimorfisme pada populasi Jawa sebesar 10%, (b) terdapat perubahan asam amino yang non konservatif, (c) P12L terdapat pada daerah presekuens yang unik untuk manusia. (4) Ada empat kumparan heliks yang memperlihatkan adanya gambaran amfipatik."

"Elektroda micro-band boron-doped diamond BDD berhasil difabrikasi dengan metode laminasi, dimana boron-doped diamond diletakkan diantara dua plat insulator, yaitu Teflon dan karet silikon. Karakterisasi lapisan BDD dilakukan menggunakan spektra Raman dan XPS, sedangkan micro-band terfabrikasi dikarakterisasi dengan SEM. Elektroda ini diuji untuk siklik voltametri dari larutan adenosin monofosfat AMP, adenosin difosfat ADP, and adenosin trifosfat ATP, dimana teramati sebuah puncak oksidasi yang muncul disekitar 0.9V vs. Ag/AgCl. Pengaruh pH juga dipelajari dan ditemukan bahwa respon arus tertinggi berada pada pH 2. Koefisien difusi dari adenosin fosfat adalah 0,0874 m2/s. Luas permukaan efektif dari elektroda BDD ditentukan menggunakan koefisien difusi tersebut dan diperoleh nilai sebesar 1,11x10-7 m2. Untuk mengembangkan deteksi berkelanjutan dari larutan AMP, ADP, dan ATP, digunakan elektroforesis kapiler atau capillary zone electrophoresis CZE dengan deteksi elektrokimia berbasis elektroda micro-band BDD. Ketiga adenosin fosfat dalam larutan buffer Britton-Robinson dapat terpisah secara sempurna pada kapiler silica 30 cm dengan voltase pemisahan sebesar 10 kV. Hubungan yang linear antara respon arus dan konsentrasi pada rentang 0.1-2 mM diperoleh dengan batas deteksi 0.0041 ?M, 0.006 ?M, dan 0.0109 ?M untuk AMP, ADP, dan ATP. Perbandingan elektroda micro-band dengan makroelektroda sebagai detektor pada CZE menunjukkan bahwa micro-band lebih sensitif dari pada makroelektroda. Metode ini berhasil diaplikasikan pada sampel urin manusia yang diinjeksikan dengan AMP, ADP, dan ATP, serta ditemukan pula spesi elektroaktif lainnya, yaitu adenin dan guanin.

---

A micro band boron doped diamond BDD electrode was successfully fabricated by lamination method. This method was done by sealing process a piece of boron doped diamond film inside a sandwich of two insulating plates, namely Teflon and silicon rubber. Characterization of the BDD film was performed using Raman and XPS spectra, while the fabricated micro band was characterized by using its SEM image. The electrode was examined for cyclic voltammetry of adenosine monophosphates AMP, adenosine diphosphates ADP, and adenosine triphosphates ATP solutions, where an oxidation peak at around 0.9V vs. Ag AgCl was observed. The influence of pH was also studied and it was discovered that the maximum currents occurs at pH 2. The diffusion coefficient of adenosine phosphates was found to be 0,0874 m2 s.

The effective surface of BDD electrode determined using this diffusion coefficient was 1,11x10 7 m2. In order to develop a simultaneous detection of AMP, ADP, and ATP in a mixture solution, a capillary zone electrophoresis CZE with an electrochemical detection using this micro band was arranged. The three of adenosine phosphates can be well separated in a 30 cm length of fused silica capillary at a separation voltage of 10 kV using Britton Robinson buffer pH 2. The current responses in the concentration range of 0.1 to 2 mM were linear with the detection limits of 0.0041 M, 0.006 M, and 0.0109 M for AMP, ADP, and ATP, respectively. Comparison with a macroelectrode BDD as the detector in CZE showed that the micro band was more sensitive than macroelectrode. The method was successfully applied for urine human sample injected with those three adenosine phosphates,adenine, and guanine."

"ATP sintase merupakan salah satu enzim sistem fosforilasi oksidatifyang berlangsung pada mitokondria, dan berperan dalam proses kondensasiADR dan Pi menjadi ATP, menggunakan energi yang timbul dari rantairespirasi. ATP sintase terdiri dari 2 baglan Fo dan Fi yang terdlrl dari 12subunit pollpeptlda. Situs katalitik dari ATP sintase terletak pada subunit p.Gen penyandi ATP sintase subunit 3 terdiri dari 10 ekson dan 9 intron.Penelitian ini bertujuan untuk meiihat adanya SNP {Single NucleotidePolymorphism) pada ekson delapan gen ATP sintase subunit 3 pada individunormal Indonesia. Sampel yang digunakan berjumlah dua buah, satu sampeidari popuiasi Dayak yang mewakili Austronesia dan satu sampel daripopulasi Papua mewakili Austroloid. Amplifikasi daerah ekson delapandilakukan menggunakan metode PGR, menggunakan pasangan primerF7406-R8174. menghasiikan fragmen DNA sebesar 769 pb. Sekuensdaerah ekson delapan diperoleh dengan menggunakan primer internal F7849dan primer R8174 dalam reaksi sekuensing. Alignment sekuens daerahekson delapan dari kedua sampel dengan sekuens referensi publikasi ;Neckelmann dan kawan-kawan memperlihatkan kesamaan susunan basa"

"Penyakit Parkinson merupakan penyakit neurodegeneratif dan kronik yang bersifat progresif. Karakterisasi penyakit Parkinson yaitu adanya penurunan fungsi motorik akibat penurunan produksi dopamin pada basal ganglia. Terapi farmakologis utama dan efektif untuk mengembalikan kadar dopamin yaitu dengan prekursor dopamin (L-dopa). Namun, penggunaan L dopa pada jangka waktu yang panjang dapat menimbulkan efek samping yang kronik seperti fluktuasi motorik dan diskinesia. Salah satu strategi baru terapi Parkinson yaitu dengan antagonis reseptor adenosin A2A. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual berbasis farmakofor terhadap senyawa antagonis reseptor adenosin A2Ayaitu, Xantin dan Non-Xantin (Trisiklik, Bisiklik, dan Monosiklik) sebagai training set dengan tujuan mendapatkan senyawa-senyawa dari pangkalan data herbal Indonesia yang berpotensi menjadi antagonis reseptor adenosin A2A. Optimasi dan penapisan virtual berbasis farmakofor dilakukan menggunakan Ligandscout dan divalidasi dengan databaseyang didapatkan dari A Directory of Useful Decoys:Enhanced(DUD-E). Metode ini divalidasi dengan nilai Enrichment Factors(EF) dan Area Under Curves (AUC) dari kurva Receiver Operation Charateristics(ROC). Hasil optimasi yang didapatkan untuk penapisan virtual adalah dengan menggunakan kelompok training set monosiklik dengan farmakofor yaitu Aromatic Ring (AR),Hydrophobic Interaction(H) Hidrogen Bond Receptor(HBA), Hidrogen Bond Donor (HBD) danpenambahan Feature Tolarence sebesar 0,45 Å pada masing-masing farmakofor. Didapatkan senyawa kandidat (hits) yang memiliki kecocokan pada fitur farmakofor dengan senyawa aktif antagonis adenosin A2Ayaitu, lumichrome, mirabijaloneB, dan boeravinoneF.

---

Parkinson's disease is a chronic and neurodegenerative disorder that occur progressively. Parkinson's disease is characterized by deterioration of motor function due to loss production of dopamine in basal nuclei. The main and effective treatment for restoring dopaminergic neurotransmitter on patients with Parkinson's disease has been the dopamine precursor (L-dopa). However, after prolonged use of levodopa many patients start to experience chronic side effects such as motor fluctuations and dyskinesia. Adenosine A2a antagonist receptor is one of new strategies to treat Parkinson's disease that has been established as a promising target in Parkinson's disease. The aim of this study is to obtain adenosine A2a antagonist receptor's new compounds from Indonesia herbal database with pharmacophore-based virtual screening approach againts Xanthine and Non-Xanthine (Tricylic, Bicylic, Monocylic) as training sets. Pharmacophore-based virtual screening and optimization were done using Ligandscout and was validated by database from A Directory of Useful DecoyslEnhanced (DUD-E). Monocylic group that has 4 pharmacophores, namely Aromatic Ring (AR), Hydrophobic Interaction (H) Hidrogen Bond Receptor (HBA), Hidrogen Bond Donor (HBD) with addition 0,45 A of feature tolerance was used for virtual screening based on optimization result. Obtained hits compound that have a match on pharmacophore with active compound of adenosine A2a antagonist receptor are lumichorme, mirabijalone B, and boeravinone F."

"ABSTRAKYeast inaktif atau disebut juga nutritional yeast adalah yeast yang sudah tidak aktif yang tidak dapat digunakan untuk mengembangkan adonan tepung tetapi kandungan nutrisinya tetap ada. Yeast inaktif banyak digunakan sebagai pengganti keju pada masakan vegan. Yeast inaktif adalah sumber mineral, vitamin terutama vitamin B kompleks, dan protein. Pada dinding sel yeast, terdapat beta-glukan dan manan yang berfungsi sebagai imunomodulator. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan metode yang valid untuk menganalisis kadar beta-glukan dan manan yang terdapat dalam sampel dengan menggunakan kromatografi cair kinerja tinggi dengan detektor indeks bias dan membandingkannya dengan metode enzimatis. Berdasarkan analisis, kondisi optimum analisis adalah dengan menggunakan fase gerak asetonitril-air dengan perbandingan 70:30 dan laju alir 1 ml/menit. Metode yang didapatkan valid dengan linearitas y = 3663136,716 + 336629,1411x untuk glukosa dan y = 3399565,334 + 336736,0175x untuk manosa; nilai r keduanya adalah 0,9985 pada rentang 0,1-1ppm. Hasil LOD untuk glukosa adalah 0,058 dan LOQ 0,192. Untuk manosa LOD=0,034 dan LOQ=0,116. Kadar rata-rata beta-glukan adalah 19,373% dan 17,470%. Kadar rata-rata manan adalah 17,487% dan 24,340%.

---

ABSTRACT

Inactive dried yeast or nutritional yeast is deactivated yeast that has no leavening properties but still contain its nutrition. It is widely used in vegan dishes and it is an excellent source of minerals, vitamins, and proteins. Yeast cell wall contains beta-glucan and mannan which have immunomodulatory effect. The aim of this study was to obtain a valid method to determine the concentration of beta-glucan and mannan in nutritional yeast using high performance liquid chromatography with refractive index detector. The results were then compared with enzymatic method. The optimized conditions were found to be 1 ml/min for flow rate using acetonitrile-water (70:30) as the mobile phase. The linearity of this method was confirmed in the range of 0,1-1,0 ppm (r=0,095) with the equation of calibration curve y = 3663136,716 + 336629,1411x for glucose and y = 3399565,334 + 336736,0175x for mannose. The limit detection was shown to be 0,058 ppm for glucose and 0,034 ppm for mannose. The limit of quantification was shown to be 0,192 ppm for glucose and 0,116 ppm for mannose. The determination result of beta-glucan was 19,373% and 17,470%. The mannan content was 17,487% and 24,340%. "

"This dissertation comprehensively demonstrates how two universally conserved guanosine triphosphatases in the signal recognition particle and its membrane receptor maintain the efficiency and fidelity of the co-translational protein targeting process essential to all cells. A series of quantitative experiments reveal that the highly ordered and coordinated conformational states of the machinery are the key to their regulatory function. This dissertation also offers a mechanistic view of another fascinating system in which multistate protein machinery closely control critical biological processes."

"Genomic Control Process explores the biological phenomena around genomic regulatory systems that control and shape animal development processes, and which determine the nature of evolutionary processes that affect body plan. Unifying and simplifying the descriptions of development and evolution by focusing on the causality in these processes, it provides a comprehensive method of considering genomic control across diverse biological processes. This book is essential for graduate researchers in genomics, systems biology and molecular biology seeking to understand deep biological processes w."