Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyakit COVID-19 yang merebak di seluruh dunia pada akhir tahun 2019 diakibatkan oleh virus SARS-CoV-2. Penelitian ini membahas simulasi penambatan serta dinamika molekuler dari beberapa senyawa herbal dari tumbuhan Anredera cordifolia (binahong) yaitu procyanidin, metil linoleat, asam oleat dan vitexin dengan protein target (Mpro SARS-CoV-2). Simulasi dinamika molekuler dilakukan selama 20 ns. Selain itu, analisis toksikologi dan farmakologi (ADMET) dilakukan untuk setiap ligan. Hasil simulasi ini dibandingkan dengan ligan kontrol quercetin yang sudah terbukti memiliki interaksi yang baik dengan protein target (Mpro SARS-CoV-2). Hasil prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan baik untuk dijadikan obat, kecuali metil linoleat dan asam oleat. Simulasi penambatan molekuler menunjukkan procyanidin serta vitexin memiliki skor penambatan dan binding energy paling baik. Hasil dinamika molekuler juga membuktikan procyanidin, vitexin dan quercetin memiliki nilai RMSD dan RMSF paling baik dan menunjukkan interaksi paling stabil dan kompleks dengan protein target. Sehingga, secara keseluruhan, procyanidin dan vitexin berpotensi untuk menjadi inhibitor Mpro SARS-CoV-2.

---

COVID-19 that spread across the globe at the end of 2019 is caused by the SARS-CoV-2. This virus attacks human respiratory cell. Until now, there is no efficacious drug to treat this disease. This sudy discusses molecular docking and molecular dynamics simulations of four herbal compounds from Anredera cordifolia (binahong), which are procyanidin, methyl linoleate, oleic acid, as well as vitexin with Mpro SARS-CoV-2 as the protein target. The molecular dynamics simulations were carried out for 20 ns. In addition, toxicological and pharmacological analyses (ADMET) were performed for each ligand. The results were compared to quercetin as the control ligand, which has been shown to have good interaction with the protein target. ADMET prediction results show that all ligands are good for use as drugs, except methyl linoleic and oleic acid. Molecular docking simulation results show that procyanidin and vitexin have the docking scores and binding energy scores. The results of molecular dynamics also prove that procyanidin, vitexin and quercetin have the best RMSD and RMSF values ​​and show the most stable as well as complex interactions with target proteins. Thus, procyanidin and vitexin have the potential to be Mpro SARS-CoV-2 inhibitors."

"Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol.

---

COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol."

"Penyakit COVID-19 merupakan penyakit infeksi yang diakibatkan oleh SARS-CoV-2 yang menyerang saluran pernapasan. Hingga saat ini belum ditemukan obat penyembuh COVID-19 dan upaya yang dilakukan ialah pemberian vaksin sehingga perlu adanya peningkatan imunitas manusia. Mpro SARS-CoV-2 merupakan enzim yang berfungsi untuk replikasi virus di sel inang, sehingga dapat menjadi target inhibisi. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap senyawa flavonoid pada tumbuhan meniran hijau, yaitu Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, dan Rutin dengan Quercetin sebagai ligan kontrol. Analisis prediksi ADMET menunjukkan bahwa semua ligan menunjukkan potensi yang aman untuk digunakan sebagai obat pada manusia, kecuali Rutin. Keempat ligan menunjukkan skor yang baik pada hasil penambatan molekuler dimana memiliki skor penambatan dan MM-GBSA yang lebih rendah dibanding Quercetin. Studi dinamika molekuler selama 20 ns menunjukkan bahwa semua ligan memiliki kestabilan interaksi yang baik dengan Quercetin dan Isoquercitrin cenderung memiliki kestabilan yang paling baik. Secara keseluruhan dihasilkan bahwa Isoquercetrin menunjukkan potensi yang lebih baik sebagai inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dengan skor penambatan -11,973 kcal/mol, rata-rata RMSD 1,652Å, niali RMSF tertinggi 2,12Å, berinteraksi dengan 25 residu protein, dan memiliki 12 torsi dengan strain energy 0,748 kcal/mol.

---

COVID-19 is an infectious disease caused by SARS-CoV-2 which attacks the respiratory tract as the main target. Until now, no cure for COVID-19 has been found and the efforts made are vaccines distribution, so it is necessary to increase daily human immunity. Mpro SARS-CoV-2 is an enzyme for viral replication in host cells, so it can be a target of inhibition. In this study, an in-silico simulation of flavonoid compounds in green meniran plants was carried out, namely Astragalin, Isoquercitrin, Quercitrin, and Rutin with Quercetin as a control ligand. Predictive analysis of ADMET properties showed that all ligands showed good safety for use as drugs in humans, except Rutin. The four ligands showed good scores on molecular docking results which had lower binding scores and MM-GBSA than Quercetin. Molecular dynamics simulation for 20 ns showed that all ligands had good interaction stability and Quercetin and Isoquercitrin tended to have the most stable interaction. Overall, it was found that Isoquercetrin showed better potential as an Mpro SARS-CoV-2 inhibitor with a binding score of -11.973 kcal/mol, an average RMSD of 1.652Å, the highest RMSF value of 2.12Å, interacted with 25 protein residues, and had 12 torque with a strain energy of 0.748 kcal/mol."

"3-Chymotrypsine-Like Protease (3CLpro) adalah enzim yang memiliki fungsi utama dalam siklus hidup Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Enzim ini dapat digunakan sebagai target protein untuk mencari obat baru. Tanaman herbal diharapkan memiliki kontribusi besar dalam pencegahan dan pengobatan Corona Virus Disease 2019 (COVID-19), karena banyak tanaman herbal mungkin memiliki afinitas yang kuat terhadap 3CLpro dalam pengobatan COVID-19. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menguji aktivitas penghambatan, komponen fitokimia, dan antioksidan ekstrak sembilan tanaman herbal yang diekstraksi dengan metode Ultrasound Assisted Extraction (UAE) yang berpotensi menghambat rekombinan SARS-CoV-2 3CLpro secara in vitro. Sebagai hasilnya, dapat digunakan untuk menemukan kandidat obat baru untuk terapi COVID-19. Penentuan aktivitas antioksidan menggunakan metode DPPH dan ABTS, total polifenol dan total flavonoid menggunakan metode Folin Ciocalteu dan quercetin. Dari sembilan tanaman herbal yang diuji, daun Jamblang (Syzygium cumini) memiliki aktivitas penghambatan paling aktif dengan nilai penghambatan 3CLpro (IC50 = 226 μg/ml) dengan total polifenol 413±1,83 mg GAE/g ekstrak dan total flavonoid sebesar 12,09 ±0,03 mg QE/g ekstrak. Pengukuran aktivitas antioksidan dengan DPPH diperoleh nilai IC50 sebesar 3,75 ± 0,01 μg/ml, dan dengan ABTS diperoleh nilai IC50 4,43±0,06 μg/ml. Hal ini menunjukkan bahwa daun Jamblang bisa menjadi sumber potensial anti-COVID.

---

The 3-chymotrypsin-like protease (3CLpro) is an enzyme that has a major function in the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) life cycle. It has the potential to be used as a protein target in the search for novel medications. Herbal plants contribute to the prevention and treatment of the 2019 coronavirus disease (COVID-19), as many of them might have a strong affinity for 3CLpro in the treatment of COVID-19. This study was aimed at screening nine herbal plant extracts for their potential in inhibiting recombinant SARS-CoV-2’s 3CLpro, as well as determining the phytochemical components and antioxidant activity of the most effective extract. Extracts were prepared from Phyllanthus niruri, Sonchus arvensis, Clitoria terntea, Caesalpinia sappan, Syzygium polyanthum, Psidium guajava, Averrhoa carambola, Andrographis paniculata, and Syzygium cumini. The extracts were used to perform the 3CLpro enzyme inhibition assay. The total phenolic content (TPC) and total flavonoid content (TFC) were determined from the extract with the most inhibitory activity. The DPPH (1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl) and ABTS (2,2'-azinobis [3-ethylbenzothiazoline-6-sulphonic acid]) methods were utilized for estimating the antioxidant activity of the extract. From the nine herbal plants screened, Syzygium cumini had the most effective inhibitory activity with a value of 3CLpro (IC50 = 226 μg/ml). The TPC and TFC were 413±1.83 mgGAE/g extract and 12.091±0.037 mgQE/g extract, respectively. The IC50 values for the antioxidant activity recorded for the DPPH and ABTS methods were 3.75±0.0149 and 4.43±0.06 μg/ml, respectively. The findings of this study suggest that Syzygium cumini leaves could be a potential source of COVID-19 medication."

"Most therapeutics available today are highly toxic, very expensive and exhibit minimum efficacy. The issue of toxicity is even more critical for prevention than for therapy because the former involves normal subjects. Thus, therapeutics that are safe and affordable are needed for both prevention and therapy. Spices of Southeast Asian origin, once employed for taste, appearance and preservation of food, now appear to have therapeutic value for humans. What the active principles in these spices are and how they mediate their effect against various diseases are beginning to emerge from extensive research carried out within the last half-century. The current monograph is an attempt to address the active constituents, their molecular targets and the therapeutic uses of these spices"

"Pemakaian obat herbal dimasyarakat diiringi dengan berkembangnya industri obat tradisional. Khusus untuk Industri Kecil Obat Tradisional (IKOT) setiap tahun pertumbuhannya semakin meningkat. IKOT turut berkontribusi sebesar 20% dari omset nasional produk herbal. Permasalahan utama yang dihadapi oleh IKOT adalah ketersediaan bahan baku dan kualitas produksi yang belum terstandar. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis ketersediaan bahan baku untuk produk IKOT dan kontribusi dari kualitas produk IKOT terhadap pemakaian produk herbal masyarakat. Metode yang digunakan adalah survey dan wawancara kepada 4 IKOT di kota Depok dan responden yang menggunakan produk herbal sebanyak 84 orang. Berdasarkan analisa hasil penelitian diperoleh Y = 0,549 X atau pemakaian produk = 0,549 kualitas produk. Artinya apabila kualitas produk ditingkatkan satu kali maka pemakaian produk akan meningkat 1/0,549 atau sekitar dua kali. Kualitas produk berkaitan secara bermakna dengan kualitas bahan baku herbal. Kontinuitas produksi di IKOT tergantung pada bahan baku yang berasal dari bukan hasil budidaya. Kemitraan dengan petani penyedia bahan baku melalui pola penanaman sistem Good Agriculture Practice (GAP). Pembinaan petani diarahkan pada cara budidaya, pengelolaan panen dan pasca panen serta cara penyimpanan bahan baku yang sesuai dengan Cara Pembuatan Obat Tradisional yang Baik (CPOTB). Kerjasama dengan pihak perguruan tinggi dalam hal pengujian bahan baku herbal harus dilakukan oleh IKOT agar kualitas bahan terstandar.

---

The use of herbs remedies in industrial growth accompanied by traditional medicine. Specifically for Small traditional medicine Industry (IKOT) increasing its growth each year. IKOT contribute 20% of the national turnover of herbs products. The main problems faced by IKOT is the availability of raw materials and production quality that has not been standardized. This research aims to analyze the availability of raw materials for the product and IKOT contributions from IKOT product quality to the use of herbs products community. The method used was a survey and interviews to 4 IKOT in Depok and respondents who use herbs products as much as 84 people. Based on an analysis of the research results obtained Y = 0.549 X or product usage = 0.549 product quality. It means that, when the quality of products improved once and then use the product to rise 1/0.549 or about twice. The quality of the product concerned significantly to the quality of raw herbs. Continuity of production at IKOT depending on the raw material comes from is not the result of cultivation. Partnership with farmers providing raw materials through a system of planting pattern of Good Agriculture Practice (GAP). The construction of the farmers directed at how the cultivation, harvest and post harvest management and storage of the raw materials according to the way of making a good traditional medicine (CPOTB). Cooperation with the College in terms of raw herbs material testing must be carried out by the quality of the ingredients, standardized so that the IKOT."

"Daun Kejibeling merupakan tanaman herbal yang kaya akan kandungan polifenol yang bermanfaat bagi kesehatan manusia. Salah satu metode yang efektif untuk mengekstrak kandungan polifenol adalah UA-ATPE (Ultrasound Assisted – Aqueous Two-Phase Extraction) yang dilakukan secara simultan, dimana kondisi operasi yang optimum harus disesuaikan dengan karakteristik dari Daun Kejibeling sendiri. Pada penelitian ini, dilakukan optimasi tiga parameter ekstraksi untuk memperoleh kandungan TPC (Total Phenolic Content) dan TFC (Total Flavonoid Content) tertinggi ekstrak yaitu waktu ekstraksi dengan variasi 20, 30, 45, 60 dan 75 menit; rasio bahan dengan pelarut dengan variasi 1:15 w/v, 1:20 w/v, 1:25 w/v, 1:30 w/v dan 1:35 w/v; dan suhu ekstraksi dengan variasi 30, 40, 50 dan 60°C. Ekstrak diuji kandungan TPC dengan larutan standar asam galat, dan kandungan TFC dengan larutan standar kuersetin pada alat spektrofotometri UV-Vis secara triplo. Hasil optimasi membuktikan bahwa kondisi optimum diperoleh pada waktu ekstraksi 60 menit dan rasio bahan dengan pelarut 1:20 w/v dengan TPC dan TFC fasa atas sebesar 3,819 mg GAE (Gallic Acid Equivalent)/g sampel dan 2,735 mg QE (Quercetin Equivalent)/g sampel, serta pada suhu ekstraksi 50°C dengan TPC dan TFC fasa atas sebesar 4,346 mg GAE/g sampel dan 3,093 mg QE/g sampel.

---

Kejibeling leaves are herbal plants rich in polyphenol content which are beneficial for human health. One of the effective methods for extracting polyphenol content is with Ultrasound Assisted – Aqueous Two-Phase Extraction carried out simultaneously, where the optimum extraction condition must be adjusted to the characteristics of the Kejibeling leaf itself. Three extraction parameters were optimized to obtain the highest TPC (Total Phenolic Content) and TFC (Total Flavonoid Content) from extracts, including extraction time with variations of 20, 30, 45, 60 and 75 minutes; material-to-solvent ratio with variations of 1:15 w/v, 1:20 w/v, 1:25 w/v, 1:30 w/v and 1:35 w/v; and extraction temperature with variations of 30, 40, 50 and 60 Celsius. The extracts will be tested for TPC values ​​with Gallic Acid standard solution, and TFC values ​​with Quercetin standard solutions on UV-Vis spectrophotometry in triples. The optimization results prove that optimal conditions are obtained at extraction time of 60 minutes and the material-to-solvent ratio of 1:20 w/v with TPC and TFC of upper phase are 3.819 mg GAE (Gallic Acid Equivalent)/g sample and 2.735 mg QE (Quercetin Equivalent)/g sample, and at extraction temperature of 50 Celsius with TPC and TFC of upper phase are 4,346 mg GAE/g sample and 3,093 mg QE/g sample."