Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 137789 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Anas Maulana
"Metode biodelignifikasi dengan kapang pelapuk kayu saat ini menjadi pilihan utama dan sangat menjanjikan dalam pengolahan limbah lignoselulosa menjadi bahan baku dalam industri obat maupun kertas. Hal ini sejalan dengan pretreatment limbah lignoselulosa secara biologis dengan organisme atau enzim lebih dipilih dan diprioritaskan karena sifatnya lebih ramah lingkungan dibandingkan pretreatment secara kimiawi. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh jamur termofilik dengan aktivitas ligninolitik dan karakteristik enzim mangan peroksidase (MnP). Isolat jamur ini ditumbuhkan pada media PDA, dan aktivitas ligninolitiknya diinduksi dengan substrat serbuk daun nanas. Aktivitas enzim MnP ditentukan setelah mengukur absorbansi dari media menggunakan spektrofotometri UV/Vis dengan Mn2+ sebagai substrat pada panjang gelombang 270 nm. Larutan fraksi enzim MnP didapatkan dari fraksinasi dengan ammonium sulfat pada saturasi 80% dan di dialisis dengan MW cut-off 8000-14000 Da. Jamur diuji pada kondisi pH yang berbeda serta beberapa kondisi suhu inkubasi dan diukur aktivitas enzim MnP-nya. Diperoleh suhu optimum untuk inkubasi adalah 50º C dan pH optimum aktivitas MnP pada pH 3,0. Profil kinetika enzim MnP ditentukan pada rentang konsentrasi substrat MnSO4 (0,2-1 mM). Sehigga diperoleh laju reaksi maksimum enzim (Vmaks) MnP adalah 5,216 μmol. mL−1. menit−1, sedangkan konstanta Michaelis-Mentennya (Km) sebesar 0,156 μmol. mL−1.

The biodelignification method with wood-rotting molds is currently the main and very promising choice in the processing of lignocellulosic waste into raw materials in the medicine and paper industries. This is in line with the biological pretreatment of lignocellulosic waste with organisms or enzymes being chosen and prioritized because it is more environmentally friendly than chemical pretreatment. This study aims to obtain thermophilic fungi with ligninolytic activity and the characteristics of the manganese peroxidase (MnP) enzyme. This fungal isolate was grown on PDA media, and its ligninolytic activity was induced with pineapple leaf powder as a substrate. The activity of the MnP enzyme was determined after measuring the absorbance of the medium using UV/Vis spectrophotometry with Mn2+ as the substrate at a wavelength of 270 nm. MnP enzyme fraction solution was obtained from fractionation with ammonium sulfate at 80% saturation and dialyzed with a MW cut-off of 8000-14000 Da. Mushrooms were tested at different pH conditions and several incubation temperature conditions and their MnP enzyme activity was measured. The optimum temperature for incubation was 50º C and the optimum pH for MnP activity was at pH 3.0. The kinetic profile of the MnP enzyme was determined in the range of substrate concentrations of MnSO4 (0.2-1 mM). So that the maximum reaction rate of the enzyme (Vmax) of MnP is 5,216 μmol. mL−1. min−1 while the Michaelis-Menten constant (Km) is 0,156 μmol. mL−1."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2022
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Ihda Alhusnayain
"Enzim dari jamur merupakan enzim yang sangat potensial untuk mengatasi kendala teknis industri yang berhubungan dengan proses produksi. Salah satu sumber enzim adalah mikroorganisme termofilik yang banyak terdapat pada sumber air panas, salah satunya sumber air panas di Kabupaten Lombok, Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk memproduksi, memurnikan, dan mengkarakterisasi lakase dari isolat jamur yang didapatkan dari penelitian sebelumnya. Jamur yang diperoleh, diremajakan kembali dalam medium potato dextrose agar (PDA). Isolate jamur kemudian dioptimasi pada 4 medium yang berbeda, selanjutnya disentrifugasi dengan kecepatan 3000 rpm pada suhu 4°C untuk memperoleh pellet. Pellet dimurnikan seacara parsial dengan ammonium sulfat dan dialisis menggunakan membran dialisis dengan ukuran MW cut-off 8000-14000 Da. Aktivitas enzim diukur menggunakan alat spektrofotometri UV-Vis dengan 2.2'-azino-bis (3-etilbenzthiazolin-6-asam sulfonat) (ABTS) sebagai substrat pada panjang gelombang 420 nm. Pellet dengan aktivitas tertinggi selanjutnya di evaluasi karakternya yang meliputi pH, suhu, dan kinetika reaksi. Berdasarkan hasil yang diperoleh, peremajaan jamur yang optimal tumbuh pada suhu 35ºC, selanjutnya aktivitas tertinggi dengan nilai 8,8148 U/mL berasal dari medium 2 dengan pH optimum 5,0, suhu inkubasi optimal 30ºC, dan laju reaksi maksimum enzim (Vmaks) Lakase adalah 7,5851 μmol/mLmenit serta nilai konstanta Michaelis-Mentennya (Km) adalah 0,3816 μmol/mL. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa jamur yang tumbuh pada penelitian ini bukan jamur termofilik.

Enzymes from fungi are enzymes that are highly potential to overcome industrial technical barriers related to the production process. One of the sources of enzymes is thermophilic microorganisms that are many found in hot water sources, one of which is hot water in Lombok,Indonesia. The study aims to produce, purify, and characterize lacase from fungal isolates obtained from previous studies. The resulting mushrooms are re-maintained in a medium of potato dextrose. (PDA). The fungus isolate was then optimized on 4 different media, then centrifugated at a speed of 3000 rpm at a temperature of 4°C to obtain pellets. The pellet is partially purified with ammonium sulfate and dialysed using a dialytic membrane with a MWcut-off size of 8000-14000 Da. Enzyme activity was measured using UV-Vis spectroscopic instrument with 2.2'- azino-bis (3-ethylbenzthiazolin-6-acid sulfonate) (ABTS) as a substrate ata wavelength of 420 nm. Pellets with the next highest activity in their character evaluation that includes pH, temperature, and reaction kinetics. Based on the results obtained, optimal fungalrejuvenation grows at a temperature of 35ºC, then the highest activity
with a value of 8.8148 U/mL comes from the medium 2 with an optimal pH of 5.0, the optimal incubation temperature of 30ºC, and the maximum enzyme reaction rate (Vmax) of Lakase is 7.5851 μmol/mlminute and the Michaelis-Menten constant value (Km) is 0.3816 μmol/mL. Therefore, it can be concluded that the mushrooms that grew in this study were not thermophilic fungi.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Fadel Muhammad Riziq
"Metode biodelignifikasi dengan WRF (White Rot Fungi) saat ini menjadi pilihan yang menjanjikan dalam pengolahan limbah lignoselulosa menjadi bahan baku dalam industri obat maupun kertas. Karena pretreatment pada limbah lignoselulosa yang dilakukan melalui proses kimiawi dinilai tidak ramah terhadap lingkungan, maka diperlukan pretreatment biologis dengan organisme atau enzim yang lebih strabil pada lingkungan industri yang bervariasi.
Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan jamur termofilik dengan aktivitas ligninolitik dan mampu menghasilkan enzim ligninolitik (MnP) pada kondisi tersebut. Jamur diisolasi dari kayu yang telah lapuk yang didapatkan dari Sumber Air Panas Guci, Kabupaten Tegal. Jamur ditumbuhkan pada media PDB dan Kirk dengan serbuk daun nanas sebagai substrat, lalu aktivitas enzim MnP dilakukan secara spektrofotometri UV/Vis dengan Mn2+ sebagai substrat pada panjang gelombang 270 nm. Larutan fraksi enzim MnP didapatkan dari fraksinasi enzim, dengan teknik filtrasi, presipitasi ammonium sulfat pada tingkat saturasi 80% dan dialisis dengan MW cut-off 8000-14000 Da. Kemudian Jamur diuji pada beberapa kondisi suhu inkubasi dan beberapa pH berbeda kemudian diukur aktivitas MnP dengan metode yang sama.
Hasil didapatkan suhu optimum untuk inkubasi adalah 50°C dan pH optimum aktivitas MnP pada pH 6,0-7,0. Penentuan kinetika enzim dilakukan dengan plot Lineweaver-Burk persamaan Michaelis-Menten. Didapatkan hasil kinetika enzim dengan Km 0,473 mM dan Vmax 5,257 mM/min.

The biodelignification method with WRF (White Rot Fungi) is currently a promising option in the treatment of lignocellulosic waste into raw materials in the drug and paper industries. Because the pretreatment of lignocellulosic waste through a chemical process is considered dangerous to the environment, accordingly biological pretreatment with more stable organisms or enzymes in various industrial environments is required.
This study aims to obtain thermophilic fungi with ligninolytic activity and capable of producing ligninolytic enzymes (MnP) under these conditions. The fungus was isolated from rotting wood obtained from Guci Hot Springs, Tegal Regency. The fungus were grown on PDB and Kirk media with pineapple leaf powder as a substrate, then the MnP enzyme activity was carried out by UV/Vis spectrophotometry with Mn2+ as a substrate at a wavelength of 270 nm. MnP enzyme fraction solution was obtained from enzyme fractionation, with filtration technique, ammonium sulfate precipitation at 80% saturation level and dialysis with MW cut-off of 8000-14000 Da. Then the fungus was tested at several incubation temperature conditions and several different pH values and then measured the MnP activity with the same method.
The results obtained that the optimum temperature for incubation was 50°C and the optimum pH for MnP activity was at pH 6.0-7.0. Determination of enzyme kinetics was carried out using the Lineweaver-Burk plot of the Michaelis-Menten equation. The results of the enzyme kinetics were 0.473 mM and Vmax 5.257 mM/min.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2021
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Catur Putri Miftahul Jannah
"Industri pulp dan kertas merupakan salah satu industri besar di Indonesia. Pada pembuatan pulp dan kertas, diperlukan suatu proses delignifikasi yang bertujuan untuk memisahkan struktur lignin yang masih tersisa dalam pulp. Umumnya, pada proses delignifikasi digunakan bahan kimia seperti klorin dioksida, yang pada akhirnya akan menghasilkan limbah kimia yang lebih berbahaya. Dalam rangka mengurangi limbah kimia, maka digunakan proses biodelignifikasi menggunakan mikroorganisme, yaitu jamur. Jamur pelapuk putih diketahui dapat memproduksi berbagai enzim. Penelitian ini memfokuskan pada enzim lignin peroksidase (LiP), yaitu salah satu enzim ligninolitik yang dihasilkan oleh jamur pelapuk putih dan dapat mendegradasi lignin dengan tujuan untuk melakukan optimasi media yang menghasilkan aktivitas enzim terbaik serta mengkarakterisasi LiP dari isolat jamur hasil penelitian sebelumnya. Optimasi dilakukan pada empat media, yaitu PDB (media 1); PDB+Serbuk bambu (media 2); PDB+Serbuk bambu+serbuk daun nanas (media 3), dan glukosa+serbuk bambu (media 4). Hasil penelitian menunjukan bahwa media yang paling baik adalah media 3 dengan nilai aktivitas enzim 6,605 μmol.mL−1. Kemudian LiP yang didapat dikarakterisasi dengan melakukan pengujian terhadap suhu, pH, dan profil kinetika enzim. Suhu optimum untuk LiP adalah pada suhu 30ºC dengan aktivitas 9,874 μmol.mL−1. Sedangkan untuk pH optimum diperoleh pada pH 5,0 dengan nilai aktivitas tertinggi sebesar 6,787 μmol.mL−1. Kemudian untuk kinetika enzim LiP pada rentang konsentrasi substrat veratril alkohol paling baik adalah 0,4 mM pada media 3 dengan nilai Vmaks sebesar 34,2465 μmol.mL−1.menit−1 serta Km sebesar 1,0958 μmol.mL−1. Berdasarkan hasil tersebut maka dapat disimpulkan bahwa jamur yang diteliti berpotensi mendegradasi lignin karena memiliki aktivitas enzim yang cukup baik.

The pulp and paper industry is one of the major industries in Indonesia. In the manufacture of pulp and paper, a delignification process is needed which aims to separate the remaining lignin structure in the pulp. In general, chemicals such as chlorine dioxide are used in the delignification process, which in turn will produce more hazardous chemical waste. In order to reduce chemical waste, a biodelignification process is used using microorganisms, namely fungi. White rot fungi are known to produce various enzymes. This research focuses on the enzyme lignin peroxidase (LiP), which is a ligninolytic enzyme produced by white rot fungi that can degrade lignin. This study aims to optimize the media that produces the best enzyme activity and to characterize LiP from fungal isolates from previous studies. Optimization was carried out on four media, namely PDB (media 1); PDB+bamboo powder (media 2); PDB + bamboo powder + pineapple leaf powder (media 3), and glucose + bamboo powder (media 4). The results showed that the best medium was media 3 with an enzyme activity value of 6.605 μmol.mL−1. Then the LiP obtained was characterized by testing the temperature, pH, and enzyme kinetics profile. The optimum temperature for LiP is 30ºC with an activity of 9.874 μmol.mL−1. Meanwhile, the optimum pH was obtained at pH 5.0 with the highest activity value of 6.787 μmol.mL−1. Then for LiP enzyme kinetics in the range of substrate concentrations veratril alcohol the best was 0.4 mM in medium 3 with a Vmax value of 34.2465 μmol.mL−1.minute−1 and Km of 1.0958 μmol.mL−1. Based on these results, it can be concluded that the fungi studied have the potential to degrade lignin because they posses good enzyme activity."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Tasya Nabila Nevilda
"Produksi tekstil menghasilkan limbah pewarna dalam jumlah besar yang menyebabkan timbulnya permasalahan bagi lingkungan dengan adanya pewarna azo yang bersifat toksik, mutagenik, dan karsinogenik. Oleh karena itu, biodegradasi pewarna menggunakan sel mikroba atau enzim penting untuk dikembangkan sebagai metode biologis dalam pengolahan limbah pewarna tekstil. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh enzim lignolitik untuk mendegradasi limbah pewarna tekstil yang memiliki struktur serupa dengan senyawa lignin. Peremajaan isolat jamur dilakukan pada media PDA dan serbuk daun nanas untuk menginduksi aktivitas lignolitiknya. Aktivitas enzim LiP ditentukan setelah mengukur absorbansi menggunakan spektrofotometri UV-Vis dengan mengukur laju oksidasi veratril alkohol menjadi veratril aldehid dengan adanya penambahan H2O2 pada panjang gelombang 310 nm. Larutan fraksi enzim LiP didapatkan dari fraksinasi dengan ammonium sulfat saturasi 80% dan dialisis dengan membrane dialisis MW cut-off 10000 Da. Optimasi pengaruh waktu inkubasi, pH, temperatur, dan rasio konsentrasi enzim-substrat dilakukan untuk mengetahui kondisi optimum aktivitas fraksi enzim LiP dalam mendekolorisasi pewarna azo Amido hitam 10B. Aktivitas enzim LiP didapatkan sebesar 0,5806 U/ml. Kondisi optimum yang diperoleh dari hasil uji optimasi, yakni temperatur 50°C, pH 5, rasio enzim-substrat sebesar 1:1, dan waktu inkubasi selama 72 jam. Hasil optimasi tersebut digunakan pada proses aplikasi dekolorisasi sampel limbah cair industri tekstil. Nilai efisiensi dekolorisasi pada limbah cair industri tekstil dan pewarna sintetis Amido hitam 10B dengan nilai masing-masing sebesar 16,79% dan 46,27%.

Textile production produces large amounts of dye waste which causes problems for the environment with the presence of toxic, mutagenic, and carcinogenic azo dye. Therefore, dye biodegradation uses microbial cells or enzymes is being developed as a biological treatment of textile dye waste. The study aims to obtain lignolytic enzymes to degrade textile dye waste that have a similar structure to lignin compounds. Rejuvenation of fungal isolates is carried out on PDA media and pineapple leaf powder to induce its lignolytic activity. LiP enzyme activity was determined after measuring absorption using UV-Vis spectrophotometry by measuring the rate of oxidation of veratryl alcohol into veratril aldehyde with the addition of H2O2 at a wavelength of 310 nm. LiP enzyme fraction solution is obtained from fractioning with 80% ammonium sulfate saturation and dialysis with a membrane dialysis MW cut-off of 10000 Da. The effect of incubation time, pH, temperature, and enzyme-substrate concentration ratio was optimized to determine the optimal conditions for LiP activity in the decolorization synthetic dye Amido Black 10B. LiP enzyme activity value is 0.5806 U/ml. The optimum conditions from the optimization test results are temperature 50°C, pH 5, enzyme-substrat ratio of 1:1, and incubation time of 72 hours. The results of the optimization are used in the application process of decolorization of textile industry wastewater fluid waste samples of the textile industry. Decolorization efficiency values on wastewater from textile industry and synthetic dye Amido black 10B are 16.79% and 46.27% respectively."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Dannisya Alzura
"Produksi industri pakaian di Indonesia mengalami pertumbuhan signifikan sebesar 15,29 persen. Hal ini dapat meningkatkan risiko kerusakan lingkungan akibat limbah pewarna tekstil. Pewarna tekstil bersenyawa Azo yang digunakan industri-industri tekstil adalah limbah yang sulit terurai dan pada kadar tertentu bersifat karsinogenik (Chung K. T., 2016). Diperlukan suatu cara untuk mengolah limbah perwarna tekstil. Salah satu caranya adalah memanfaatkan mikroorganisme yang menghasilkan enzim ligninolitik. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan fraksi enzim mangan peroksidase dari kultur jamur termofilik dengan purifikasi menggunakan ammonium sulfat dan kromatografi penukar anion untuk proses dekolorisasi limbah pewarna tekstil. Isolat jamur dari penelitian sebelumnya diremajakan kembali di media Potato Dextrose Agar + filtrat daun nanas. Kultivasi kultur dilakukan di campuran media Potato Dextrose Broth, serbuk daun nanas, dan trace element. Fraksi enzim MnP didapatkan dari fraksinasi dengan ammonium sulfat pada saturasi 65% dan didialisis dengan alat MW cut-off 8000-14000 Da dan enzim MnP murni dari purifikasi dengan kromatografi penukar anion menggunakan DEAE Cellulose. Hasil menunjukkan bahwa, uji aktivitas enzim dan aktivitas speksifik Enzim MnP dari purifikasi dengan ammonium sulfat sebesar 1,008 U/mL dan 48,956 U/mg ; purifikasi dengan DEAE Cellulose sebesar 1,061 U/mL dan 51,497 U/mg. Dekolorisasi limbah pewarna tekstil dilakukan di suhu 50°C, selama 144 jam, pH 5,5, dan konsentrasi enzim-substrat sebesar 1:1.

The production of the clothing industry in Indonesia experienced significant growth of 15.29 percent (Ministry of Industry, 2019). This can increase the risk of environmental damage due to textile dye waste. Azo compound textile dyes used by textile industries are waste that is difficult to decompose and to some extent carcinogenic (Chung K. T., 2016). A method is needed to process textile dye waste. One way is to utilize microorganisms that produce ligninolytic enzymes. The purpose of this study is  to obtain the fraction of Manganese peroxidase Enzyme from thermophilic mushroom culture by purification using ammonium sulphate and anion exchange chromatography for the decolorization process of textile dye waste. Fungal isolates from previous studies (Anas, 2022) were rejuvenated in Potato Dextrose Agar + pineapple leaf filtrate media. Culture cultivation was carried out in a mixture of Potato Dextrose Broth media, pineapple leaf powder, and trace elements.The MnP enzyme  fraction was obtained from fractionation with ammonium sulfate at 65% saturation and dialysis with MW cut-off 8000-14000 Da and pure MnP enzyme from purification by anion exchange chromatography using DEAE Cellulose. The results showed that the test of enzyme activity and spective activity of MnP Enzyme from purification with ammonium sulfate  of 1.008 U/mL and 48.956 U/mg; purification  DEAE Cellulose of 1.061 U/mL and 51.497 U/mg. Decolorization of textile dye waste was carried out at 50°C, for 144 hours, pH 5.5, and enzyme-substrate concentration of 1:1."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Putri Pratiwi Setyaningsih
"Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memperoleh isolat 'Actinobacteria' termofilik dari tanah di sekitar geiser Cisolok, Jawa Barat yang memiliki aktivitas selulolitik pada suhu tinggi serta mengetahui posisi filogenetik isolat terpilih terhadap spesies-spesies terdekatnya berdasarkan gen 16S rRNA. Penapisan kemampuan degradasi selulosa 17 isolat dilakukan secara kualitatif pada 'Minimal medium' (Mm) padat yang ditambahkan substrat yaitu 'carboxymethyl cellulose' (CMC) 1% (b/v) atau  'microcrystalline cellulose' (MCC) 1% (b/v) kemudian diinkubasi selama 7 hari. Pengamatan dilakukan dengan pewarnaan 'Congo red' 0,2% (b/v) dan zona bening pada sekitar koloni mengindikasikan degradasi substrat. Hasil penapisan menunjukkan bahwa 15 isolat mendegradasi CMC 1% dan 12 isolat mendegradasi MCC 1% pada suhu 45 oC, 14 isolat mendegradasi CMC 1% dan MCC 1% pada suhu 50 oC, 4 isolat mendegradasi CMC 1% dan MCC 1% pada suhu 55 oC, dan 3 isolat mendegradasi CMC 1% dan MCC 1% pada suhu 60 oC. Tiga isolat (SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, dan SL1-2-R-4) yang mendegradasi CMC 1% dan MCC 1% hingga 60 oC merupakan isolat terpilih. Identifikasi dan karakterisasi telah dilakukan pada penelitian sebelumnya dan melaporkan tiga isolat terpilih memiliki kekerabatan terdekat dengan 'Actinomadura keratinilytica' WCC-2665T(=NBRC 105837T). Hasil pengujian menunjukkan 'type strain' NBRC 105837T mendegradasi CMC 1% dan MCC 1% pada medium Mm padat dengan suhu 45, 50, 55, dan 60 oC setelah inkubasi 7 hari. 'Crude enzyme' dari tiga isolat potensial dan 'type strain' NBRC 105837T menunjukkan aktivitas selulolitik pada medium Mm padat yang ditambahkan CMC 1% atau MCC 1% pada suhu 45, 50, 55, dan 60 oC. Analisis filogenetik tiga isolat terpilih berdasarkan gen 16S rRNA menggunakan metode 'Neighbor-Joining' (NJ), 'Minimum Evolution' (ME), dan 'Maximum Likelihood' (ML) menunjukkan bahwa tiga isolat terpilih berada pada satu 'clade' monofiletik dengan 'Actinomadura' 'keratinilytica' WCC-2665T. Analisis filogenetik juga menunjukkan dua kelompok yang terpisah berdasarkan kemampuan menghasilkan selulase pada anggota famili 'Thermomonosporaceae'.

The aims of this study were to obtained thermophilic 'Actinobacteria' isolates from soil around Cisolok geyser, West Java with the ability to degrade cellulose at high temperatures and to analyze the phylogenetic position based on 16S rRNA gene of the selected isolates compared to closely related species. Cellulose degradation screening was performed on Minimal (Mm) medium with the addition of 1% (w/v) carboxymethyl cellulose (CMC) or 1% (w/v) microcrystalline cellulose (MCC) as substrate then incubated for 7 days. Cellulose degradations were observed by staining the plates with  0,2% (w/v) Congo red and clear zone formation around the bacterial colony would indicate the cellulose degradation. The results showed that 15 isolates were able to degrade 1% CMC and 12 isolates were able to degrade 1% MCC at 45 oC, 14 isolates were able to degrade 1% CMC and 1% MCC at 50 oC, 4 isolates were able to degrade 1% CMC and 1% MCC at 55 oC, and 3 isolates were able to degrade 1% CMC and 1% MCC at 60 oC. Three isolates (SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, and SL1-2-R-4) were selected due to their CMC and MCC degrading ability at 60 oC. Molecular identification based on 16S rRNA gene and characterization in previous study showed that the three selected isolates are closely related to 'Actinomadura keratinilytica' WCC-2665T(=NBRC 105837T). The assay showed that type strain NBRC 105837T was able to degrade 1% CMC and 1% MCC at 45, 50, 55, and 60 oC after 7 days of incubation. Cellulolytic activity show that the crude enzymes of the three selected isolates and type strain were able to degrade 1% CMC and 1% MCC at 45, 50, 55, and 60 oC. Phylogenetic analysis using Neighbour-Joining (NJ), Minimum Evolution (ME), and Maximum Likelihood (ML) methods showed that the  three selected isolates  were  clustered  together in monophyletic clade with 'Actinomadura keratinilytica' WCC-2265T with 100% bootstrap value. Phylogenetic analysis also showed that cellulase  producers  and  non-cellulase  producers  in 'Thermomonosporaceae' were grouped into different clades.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2020
T54737
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Abinubli Tariswafi Mawarid
"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan memperoleh identitas dua isolat bakteri termofilik dari geiser. Isolat LC2-23 diperoleh dari serasah pada geiser di Cisolok, Jawa Barat, Indonesia, dan isolat RKB-2 diperoleh dari serasah pada geiser di Onikobe, Miyagi, Jepang.!!Identifikasi dilakukan berdasarkan gabungan data fenotipik dan genotipik. Berdasarkan karakterisasi fenotipik, isolat LC2-23 memiliki sel berbentuk batang; menghasilkan endospora; motil; gram positif; bersifat aerob dan fakultatif aerob; mampu tumbuh pada suhu 60 oC, sedangkan suhu optimum pertumbuhan 50 oC. Berdasarkan karakterisasi genotipik, data full sequence gen 16S rRNA isolat LC2-23 memiliki homologi 99,1% terhadap Brevibacillus agri. Berdasarkan data fenotipik dan genotipik, isolat LC2-23 diidentifikasi sebagai Brevibacillus agri (Family Paenibacillaceae, Order Bacillales, Class Bacilli, Phylum Firmicutes). Berdasarkan karakterisasi fenotipik, isolat RKB-2 membentuk miselium vegetatif dan aerial yang bercabang; menghasilkan spora aerial; gram positif; bersifat aerob; mampu tumbuh pada suhu 60 oC, sedangkan suhu optimum pertumbuhan 50 oC. Berdasarkan karakterisasi genotipik, data full sequence gen 16S rRNA isolat RKB-2 memiliki homologi yang rendah, yaitu 98,4% terhadap spesies terdekatnya, Thermosporothrix hazakensis (Family Thermosporotrichaceae, Order Ktedonobacteriales, Class Ktedonobacteria, Phylum Chloroflexi). Hasil analisis filogenetik menunjukkan posisi isolat RKB-2 terpisah dari T. hazakensis. Data kemotaksonomi (komposisi asam lemak) dan hasil analisis proteomik menggunakan MALDI-TOF MS mendukung perbedaan antara isolat RKB-2 dan T. hazakensis. Berdasarkan perbedaan tersebut isolat RKB-2 diidentifikasi sebagai spesies baru dari Thermosporothrix. Untuk pengajuan nama spesies baru diperlukan data hibridisasi DNA-DNA antara isolat RKB-2 dengan T. hazakensis.

This research was aimed to identify two bacterial isolates obtained from geysers. Strain LC2-23 was isolated from litters on a geyser in Cisolok, West Java, Indonesia, and isolate RKB-2 was obtained from litters on a geyser in Onikobe, Miyagi Prefecture, Japan. Identification of bacteria was based on integrated data of phenotypic and genotypic characterizations. Based on phenotypic characterizations of isolate LC2-23: it has a rod (bacilli)-shaped cells, forms endospores; gram positive; motile; aerobic, and able to grow up to a temperature of 60 oC. Based on genotypic characterizations of isolate LC2-23: the full sequence of genes 16S rRNA shows 99.1% sequence homology to Brevibacillus agri. Based on phenotypic and genotypic data, isolate LC2-23 can be identified as Brevibacillus agri (Family Paenibacillaceae, Order Bacillales, Class Bacilli, Phylum Firmicutes). Based on phenotypic characterizations of isolate RKB-2: vegetative and branching aerial mycelia forms, gram positive, aerobic, and able to grow up to a temperature of 60 oC. Based on genotypic characterizations of isolate RKB-2: the full sequence of 16S rRNA gene of isolate RKB-2 showed low homology (98.4%) to Thermosporothrix hazakensis (Family Thermosporotrichaceae, Order Ktedonobacteriales, Class Ktedonobacteria, Phylum Chloroflexi). Phylogenetic analysis showed the isolate RKB-2 was distinct from cluster of Thermosporothrix hazakensis and Ktedonobacteria bacterium. The genotypic and phylogenetic data, plus chemotaxonomic and proteomic analysis using MALDI-TOF MS, suggest that isolate RKB-2 represent novel species of the genus Thermosporothrix. The DNA-DNA hibridization data is needed for proposal of new species.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2014
S60542
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Winda Ayu Syafitri
"Tujuan penelitian adalah mengetahui aktivitas amilolitik 17 isolat Actinobacteria termofilik pada suhu tinggi, dan memperoleh informasi spesies, dan posisi filogenetik isolat potensial berdasarkan data sekuens gen 16S rRNA, analisis filogenetik, karakterisasi morfologi, fisiologi, dan biokimia. Kemampuan tumbuh 17 isolat Actinobacteria termofilik pada berbagai variasi suhu diuji menggunakan medium ISP 1 agar, dan diinkubasi pada suhu 45, 50, 55, 60 °C selama 7 hari. Berdasarkan hasil penelitian, 17 isolat memiliki pertumbuhan yang bervariasi pada suhu 45-60 °C. Tujuh belas isolat tumbuh pada suhu inkubasi 45 °C, 16 isolat pada suhu 50 °C, enam isolat pada suhu 55 °C, dan lima isolat pada suhu 60 °C terdiri atas SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, SL1-2-R-4, SL2-2-R-15, dan SL3-1-R-16. Aktivitas amilolitik 17 isolat Actinobacteria termofilik pada berbagai variasi suhu diuji dengan metode starch agar plate, menggunakan medium Minimal (Mm) agar dengan penambahan pati (soluble starch) sebagai substrat sebanyak 1% (b/v), dan diinkubasi pada suhu 45, 50, 55, dan 60 °C selama 7 hari. Aktivitas amilolitik yang positif ditandai dengan terbentuknya zona bening di sekitar koloni bakteri setelah diteteskan larutan Lugol's iodine sebanyak 1,5 ml. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar isolat yang diperoleh dari tanah di dekat geiser Cisolok memiliki aktivitas amilolitik yang bervariasi pada suhu 45-60 °C. Lima belas isolat memiliki aktivitas amilolitik pada suhu 45 °C, 13 isolat pada suhu 50 °C, empat isolat pada suhu 55 °C, dan hanya tiga isolat pada suhu 60 °C. Namun demikian, dua isolat (SL2-2-R-15 dan SL3-1-R-16) tidak memiliki aktivitas amilolitik pada suhu 45, 50, dan 55 °C setelah diinkubasi selama 7 hari. Tiga isolat potensial yang memiliki aktivitas amilolitik pada suhu 60 °C (SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, dan SL1-2-R-4), berdasarkan data sekuens gen 16S rRNA, analisis filogenetik, dan karakterisasi fenotipik tiga isolat potensial tersebut diidentifikasi sebagai Actinomadura keratinilytica.

The aims of this study were to screen for amylolytic activity of the 17 themorphilic Actinobacteria at high temperature, and to obtain species information and phylogenetic position based on 16S rRNA gene sequence, phylogenetic analysis, morphological, physiological, and biochemical characterizations. The ability to grow at various temperature was carried out on ISP 1 agar medium, incubated at 45, 50, 55, 60 °C for 7 days. The results showed that the 17 isolates Actinobacteria have varying growth at a temperature of 45-60 °C. Seventeen, 16, and six isolates grew at 45, 50, and 55 °C, respectively, and only five isolates grew at 60 °C, designated SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, SL1-2-R-4, SL2-2-R-15, and SL3-1-R-16. Amylolytic activity of the 17 themorphilic Actinobacteria at various temperature was carried out using the starch agar plate method on Minimal (Mm) agar medium with the addition of 1% (w/v) soluble starch as substrate, and incubated at 45, 50, 55, and 60 °C for up to 7 days. Amylolytic activity was detected by flooding the plates with 1.5 ml of Lugol's iodine solution. Clear zones around the colonies indicated positive results for amylolytic activity. The results showed that most of the isolates obtained from the soil near the Cisolok geyser have varying amylolytic activity at a temperature of 45-60 °C. In this study, 15, 13, four, and three out of 17 isolates were positive for amylolytic activity at 45, 50, 55, and 60 °C, respectively. Meanwhile, two isolates, designated SL2-2-R-15 and SL3-1-R-16, showed negative results for amylolytic activity at 45, 50, and 55 °C, even after 7 days of incubation. Three potential isolates which have amylolytic activity at 60 °C (designated SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, and SL1-2-R-4), based on 16S rRNA gene sequence, phylogenetic analysis, and phenotypic characterizations were identified as Actinomadura keratinilytica."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
T-pdf
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Mazytha Kinanti Rachmania
"Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh isolat Actinobacteria termofilik potensial dari tanah di sekitar geiser Cisolok yang dapat mendegradasi xylan dan mengetahui hubungan kekerabatannya dengan taksa terdekat dari Actinobacteria penghasil xylanase. Tujuh belas isolat Actinobacteria termofilik diisolasi dari tanah di sekitar geiser Cisolok, Jawa Barat. Penapisan kemampuan 17 isolat Actinobacteria dan type strain Actinomadura keratinilytica NBRC 105837T mendegradasi xylan dilakukan menggunakan medium Minimal (Mm) padat dengan penambahan substrat xylan 0,5, inkubasi selama 7 hari. Pewarnaan dengan Congo red 0,2 (b/v) menunjukkan terbentuknya zona bening di sekitar koloni isolat Actinobacteria yang dapat mendegradasi xylan 0,5 pada suhu 45 C (15 isolat), 50 C (14 isolat), 55 C (4 isolat), dan 60 C (3 isolat). Type strain NBRC 105837T dapat mendegradasi xylan 0,5 pada suhu 45 C hingga 60 C. Tiga isolat (SL1- 2-R-2, SL1-2-R-3, dan SL1-2-R-4) yang mendegradasi xylan 0,5 hingga suhu 60 C dipilih sebagai isolat potensial. Tiga isolat potensial dan type strain NBRC 105837 dapat mendegradasi substrat Remazol Brilliant Blue R-xylan (RBB-xylan) 0,1 pada medium Mm padat setelah 3 hari inkubasi pada suhu 45 hingga 60 C. Tiga isolat potensial telah diidentifikasi pada penelitian sebelumnya sebagai Actinomadura keratinilytica berdasarkan karakter genotip dan fenotip. Crude enzyme dari tiga isolat potensial dan type strain NBRC 105837 dapat mendegradasi xylan 0,5 dan RBB-xylan 0,1 pada medium Mm padat setelah 24 jam inkubasi pada suhu 45 hingga 60 C. Berdasarkan analisis filogenetik sequence gen 16S rRNA menggunakan metode neighbor-joining, minimum evolution, dan maximum likelihood, 3 isolat potensial membentuk clade yang monofiletik dengan dua spesies Actinomadura termofilik yang dapat mendegradasi xylan (A. keratinilytica dan A. miaoliensis). Tiga isolat potensial membentuk clade yang monofiletik dengan empat spesies Actinomadura termofilik (A. keratinilytica, A. miaoliensis, A. rubrobrunea, dan A. viridilutea). Tiga isolat potensial menghasilkan miselium substrat yang bercabang dan tidak berfragmen, serta miselium aerial yang menghasilkan spora pada medium modified Bennetts padat setelah 14 hari inkubasi pada suhu 45 C. Penelitian ini memberikan informasi tambahan mengenai kemampuan typestrain A. keratinilytica NBRC 105837 mendegradasi xylan.

The aims of this study were to obtain the potential xylan-degrading thermophilic Actinobacteria isolates from soil of Cisolok geysers and to understand their relationship with the closely related taxa of xylanase-producing Actinobacteria. Seventeen thermophilic Actinobacteria isolates were isolated from soil collected around Cisolok geysers, West Java. Xylan-degrading ability of 17 Actinobacteria isolates and type strain Actinomadura keratinilytica NBRC 105837T were screened by using Minimal (Mm) agar medium with the addition of 0.5 xylan substrate, incubated for 7 days. Clear zone was formed around the colony of Actinobacteria isolates which showed xylan-degrading ability at 45 C (15 isolates), 50 C (14 isolates), 55 C (4 isolates), and 60 C (3 isolates) after staining by 0.2 (w/v) Congo red. Type strain NBRC 105837T was able to degrade 0,5 xylan at 45 to 60 C. Three isolates (SL1-2-R-2, SL1-2-R-3, dan SL1-2-R-4) that showed xylan-degrading ability at 45 to 60 C were choosen as potential isolates. Three potential isolates and type strain NBRC 105837T were able to degrade 0,1 Remazol Brilliant Blue R-xylan (RBB-xylan) substrate on Mm agar after 3 days incubation at 45 to 60 C. In the previous study, these potential isolates were identified as Actinomadura keratinilytica based on genotypic and phenotypic characters. Crude enzyme of 3 potential isolates and type strain NBRC 105837T were able to degrade both 0.5 xylan and 0.1 RBB-xylan on Mm agar after 24 hours at 45 to 60 C. Phylogenetic analyses based on 16S rRNA gene using neighbor-joining, minimum evolution, and maximum likelihood methods showed the 3 potential isolates formed monophyletic clade with two thermophilic xylan-degrading Actinobacteria species (A. keratinilytica and A. miaoliensis). Three potential isolates formed monophyletic clade with four thermophilic Actinobacteria species (A. keratinilytica, A. miaoliensis, A. rubrobrunea, and A. viridilutea). These isolates produced non-fragmented branched substrate mycelia and spores produced from aerial mycelia after 14 days incubation at 45 C. This study reports a new information regarding the xylan-degrading ability of A. keratinilytica NBRC 105837."
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2020
T54921
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>