Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1) merupakan virus yang merusak sel CD4⁺ dalam imun tubuh sehingga menyebabkan sistem kekebalan tubuh menurun drastis. Analisis data ekspresi gen HIV-1 sangat dibutuhkan. Teknologi yang digunakan untuk menganalisis data ekspresi gen yaitu microarray. Teknologi microarray digunakan untuk mengukur nilai ekspresi dari ribuan gen diberbagai macam kondisi. Clustering merupakan teknik untuk memperlajari pola data ekspresi gen kelompok observasi yang memiliki kemiripan berdasarkan kriteria tertentu. Clustering menemukan kelompok observasi pada semua atribut. Untuk menemukan kelompok observasi pada beberapa atribut digunakan analisis biclustering. Dalam data ekspesi gen series yang dibentuk dalam tiga dimensi, analisis yang digunakan adalah triclustering. Pendekatan yang dilakukan dalam membangun triclustering yaitu pendekatan biclustering melalui teknik pencarian bicluster menggunakan Multi-Objective Evolutionary Algorithm (MOEA). Metode evaluasi yang digunakan MOEA adalah Mean Square Residue (MSR) dan kebaruan dalam penelitian ini adalah memodifikasi MOEA dengan metode evaluasi Transpose Virtual Error yang mendeteksi pergeseran (shifting) dan penskalaan (scaling) sekaligus. Hasil dari bicluster terbaik digunakan sebagai input dalam THD-Tricluster. Data tricluster yang diperoleh mengandung probe ID-gen 208812_x_at, 209602_s_at, dan 201465_s_at dengan nama gen HLA-C, GATA-3 dan JUN yang berhubungan dengan HIV-1.

 

---

Human Immunodeficiency Virus-1 (HIV-1) is a virus that kills CD4 + cells in the bodys immune system, causing a drastic decline in the immune system. Analysis of HIV-1 gene expression data is urgently needed. The technology used to analyze gene expression data is microarray. Microarray technology is used to measure the expression value of thousands of genes in various conditions. Clustering is a technique for studying the gene expression data patterns of the observation groups that are similar based on certain criteria. Clustering finds groups of observations on all attributes. Biclustering analysis is used to find the group of observations on several attributes. In the gene expression series data which is formed in three dimensions, the analysis used is triclustering. The approach taken in building triclustering is the biclustering approach through the bicluster search technique using the Multi-Objective Evolutionary Algorithm (MOEA). The evaluation method used by MOEA is Mean Square Residue (MSR) and the novelty in this study is to modify the MOEA with the Transpose Virtual Error evaluation method which detects shifting and scaling at the same time. The results from the best bicluster are used as input in the THD-Tricluster. The tricluster data obtained contained the gene ID probes 208812xat, 209602s_at, and 201465sat with the gene names HLA-C, GATA-3 and JUN associated with HIV-1.

 

"

"

Triclustering merupakan teknik analisis pada data 3D yang bertujuan untuk mengelompokkan data secara bersamaan pada baris dan kolom di sepanjang waktu/kondisi yang berbeda. Hasil dari teknik ini disebut dengan tricluster. Tricluster merupakan subruang berupa subset dari baris, kolom, dan waktu/kondisi. Triclustering biasanya digunakan untuk menganalisis data ekspresi gen. Studi dan analisis data ekspresi gen selama perkembangan suatu penyakit merupakan masalah penelitian yang penting dalam bioinformatika dan aspek klinis. Oleh karena itu, penelitian ini mengimplementasikan metode THD-Tricluster dengan new residue score pada data ekspresi gen perkembangan penyakit HIV-1 yang terdiri dari 22283 probe id, 40 observasi, dan 4 kondisi. Pada tahap pertama dilakukan pencarian bicluster dengan lift algorithm berdasarkan nilai new residue score dengan threshold . Pada tahap kedua dilakukan pencarian tricluster dengan menentukan minimum probe dan minimum observasi  sehingga memperoleh 33 tricluster. Hasil evaluasi tricluster menggunakan Inter-temporal Homogeneity dengan threshold  diperoleh 32 tricluster yang menunjukkan 3 gen yang terkait dengan HIV-1 yaitu HLA-C, ELF-1, dan JUN.

---

Triclustering is an analysis technique on 3D data that aims to group data simultaneously on rows and columns across different times/conditions. The result of this technique is called a tricluster. Triclusters are a subspace consisting of a subset of rows, columns, and time/conditions. Triclustering is commonly used to analyze gene expression data. The study and analysis of gene expression data during disease progression is an important issue in the research of bioinformatics and clinical aspects. Therefore, this study implements the THD-Tricluster method with a new residue score on the gene expression data for HIV-1 disease progression consisting of 22283 probe id, 40 observations, and 4 conditions. In the first stage, a bicluster search was carried out with a lift algorithm based on the new residue score with a threshold of I = 0.08. In the second stage, the tricluster search was carried out by determining the minimum probe = 5 and the minimum observation = 2 to obtain 33 triclusters. The results of the tricluster evaluations using Inter-temporal Homogeneity with a threshold of Ï? = 0.8 obtained 32 triclusters which shows 3 genes related to HIV-1, namely HLA-C, ELF-1, and JUN.

"

"Data tiga dimensi banyak ditemukan terutama dalam bidang biomedical dan sosial. Contoh data tiga dimensi adalah data gen-sampel-waktu, individual-fitur-waktu, atau node-node-time,yang umumnya disebut sebagai data konteks-atribut-observasi. Salah satu teknik dalam mengelola data tiga dimensi yaitu triclustering. Penelitian ini menggunakan metode THD-Tricluster untuk mendapatkan hasil triclustering pada data 3 dimensi penyakit AIDS yang disebabkan oleh virus Human Immunodeficiency Virus Tipe 1 (HIV-1). Pencarian triclustering tersebut dilakukan melalui tahap biclustering yang dilakukan pada setiap kondisi. Penelitian ini dengan memodifikasi algoritma Cheng & Church (CC) untuk menghasilkan biclustering dengan ukuran yang digunakan yaitu transposed virtual error ) yang mampu mengelompokkan data berdasarkan pola pergeseran (shifting) dan penskalaan (scaling). Hasil bicluster tersebut yang kemudian diiriskan pada masing-masing kondisi sehingga menghasilkan triclustering. Keseluruhan penelitian ini dilakukan pada program RStudio. Setiap tricluster memiliki suatu kedalaman yang dapat ditentukan bergantung pada banyak kondisi yang diiriskan. Implementasi ukuran transposed virtual error pada triclustering ini menghasilkan 4 tricluster pada kedalaman empat. Evaluasi tricluster tersebut dilakukan dengan menggunakan inter temporal homogeneity dan diperoleh nilai korelasi tricluster antar kondisi di atas 0.9. Dari hasil triclustering tersebut dianalisis probe id gen yang berpengaruh pada penyakit AIDS. Dari analisis tersebut ditemukan 2 simbol gen yang berhubungan dengan penyakit AIDS yang disebabkan oleh HIV-1 yang ada pada setiap kondisi penderita HIV-1 normal, akut, kronis, dan nonprogressor yaitu HLA-C dan ELF-1.Three-dimensional data are mainly found in biomedical and social fields. Examples of three-dimensional data are gene-sample-time, individual-feature-time, or node-node-time Data, commonly referred to as context-attribute-observation data. One of the techniques in managing three-dimensional data is triclustering. This study uses the THD Tricluster method to obtain triclustering results in 3-dimensional data on AIDS caused by the HIV-1 virus. The Triclustering search is carried out through biclustering stages carried out in each condition. This study modifies the Cheng & Church (CC) algorithm to produce a bicluster using the measure called transposed virtual error ( which is able to group data based on shifting and scaling patterns. The biclustering results are then sliced under each condition to produce a tricluster. This research was conducted in the RStudio program. Each tricluster has a depth that can be determined depending on the many overlapping conditions. The implementation of the transposed virtual error size on biclustering results in 4 triclusters with a depth of four. The tricluster evaluation was carried out using inter temporal homogeneity and obtained a tricluster correlation value between conditions that was above 0.9. Then, the probe id genes that affect AIDS were analyzed from the results of the triclustering. From this analysis, 2 symbol genes associated with AIDS caused by HIV-1 were found in every condition of HIV-1 sufferers, which are normal, acute, chronic, and non-progressor HIV-1 sufferers, namely HLA-C and ELF-1."

"Tantangan komputasi dibutuhkan pada analisis data microarray dikarenakan karakteristik data tersebut yang memiliki ukuran yang sangat besar dan memiliki ekspresi gen yang bervariasi di setiap kondisi, seperti contohnya data microarray Human Immunodeficiency Virus-1. Penelitian sebelumnya telah menggunakan ukuran Multi Slope Measure pada algoritma Triclustering Genetic Based tetapi algoritma tersebut belum tersedia secara luas dan belum dapat digunakan semua orang. Penelitian ini bertujuan untuk membangun program Multi Slope Measure pada algoritma Triclustering Genetic Based menggunakan perangkat lunak R berbasis open source pada data microarray ekspresi gen Human Immunodeficiency Virus-1. Pada simulasi program yang dibangun digunakan pada data microarray ekspresi gen untuk melihat kesuksesan program yang telah dibangun. Teknik triclustering diperlukan untuk mengelompokkan data 3 Dimensi berdasarkan data yang memiliki kesamaan pola. Algoritma Triclustering Genetic Based merupakan algoritma yang berdasarkan teori evolusi yang dapat mengelompokkan data dengan ukuran kualitas yang  maksimum. Penelitian ini menargetkan mencari 10 tricluster dan berhasil didapatkan semua 10 tricluster nya. Dari 10 tricluster tersebut didapatkan 6 gen yang berkaitan dengan Human Immunodeficiency Virus-1 yaitu HLA-C, JUN, CCR5, ELF1, CX3CR1, dan GATA-3.

---

Computational challenges are needed in microarray data analysis because the characteristics of the data are very large and have gene expressions that vary in each condition, such as the microarray data for Human Immunodeficiency Virus-1 disease. Previous research used the Multi Slope Measure on the Genetic Based Triclustering algorithm, but the algorithm is not yet globally available and cannot be used by everyone. This study aims to build a Multi Slope Measure program on the Triclustering Genetic Based algorithm using open source-based R software on the microarray data of Human Immunodeficiency Virus-1 disease gene expression. In the simulation of the program that has been built, the program is tested on gene expression microarray data to see its success. The triclustering technique is needed to group 3-dimensional data based on data that has the same pattern. Genetic Based Triclustering Algorithm is an algorithm based on the theory of evolution that can classify data with maximum quality measure. This study aimed to find 10 triclusters and has successfully obtained all 10 triclusters. From the 10 triclusters, 6 genes were found related to Human Immunodeficiency Virus-1, namely HLA-C, JUN, CCR5, ELF1, CX3CR1, and GATA-3."

"Acquired Immunodeficiency Syndrome disebabkan oleh infeksi Human Immunodeficiency Virus (HIV) terhadap sel-sel T CD4+, limfosit, dan makrofag. Sebanyak 90.7% penderita HIV di Indonesia terinfeksi oleh HIV-1 subtipe CRF01_AE. Protein Gag P7 yang dikode oleh gen gag p7 dan terdapat di dalam genom HIV-1 merupakan protein yang dapat digunakan sebagai obat antiretrovirus dan kandidat antigen untuk sistem diagnostik. Penelitian bertujuan untuk memperoleh fragmen DNA gag p7 (nukleokapsid) HIV-1 yang berukuran 210 pb. Fragmen gen gag p7 diperoleh dari hasil Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) dengan menggunakan primer forward AE_p7F dan primer reverse AE_p7R. Cetakan DNA (template) berasal dari RNA virus yang diambil dari serum pasien penderita HIV-1 di Indonesia. Hasil visualisasi pada gel poliakrilamida 10% menunjukkan bahwa fragmen gen gag p7 (nukleokapsid) berhasil teramplifikasi dengan ukuran 210 pb.

---

Acquired immunodeficiency syndrome caused by human immunodeficiency virus infections to the CD4+ cells, lymphocyte, and macrophage. More than 90.7 % HIV patient in Indonesia were infected by HIV-1 subtype CRF01_AE. The Gag P7 protein coded by gag p7 gene which found in HIV genome was known as protein in which could be used for antiretroviral drugs (ARV) and diagnosis of HIV-1 infections. The purpose of research is to get DNA fragment of gag p7 (nucleocapsid) gene of HIV-1 which has length 210 bp. Fragment of gag p7 gene could be gotten from the process of reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) in which use primer forward AE_p7F and primer reverse AE_p7R. The templates is RNA virus that taken from patient?s serum of HIV-1 in Indonesia. The electrophoresis visualization shown that fragment of gag p7 (nucleocapsid) gene was success amplified in which has length 210 bp."

"Simian Human Immunodeficiency Virus (SHIV) merupakan virus kimera yang berasal dari rekombinasi antara HIV yang dapat menginfeksi manusia dan SIV yang dapat menginfeksi primata non manuisa. Pada penelitian ini, dilakukan substitusi sekuens gen virus kimera pada sekuens gen gag, yaitu Cyclophilin A binding domain, gen vif, dan gen nef. Hasil rekombinasi pada virus kimera SHIV diinfeksikan pada sel HT-29 yang memiliki alternatif molekul yang dapat mengenali reseptor gp120, yaitu galaktosilseremida.  Uji infektivitas virus kimera SHIVst ini bertujuan untuk melihat kemampuan infeksi virus kimera melalui analysis keberadaan materi genetik yaitu RNA virus dan protein kapsid, yaitu p24. Hasil yang diperoleh virus kimera dapat dihasilkan melalui transfeksi pada sel CHO terdapat pita RNA virus yang terbentuk pasca amplifikasi. Selain itu, analisis kebaradaan protein p24 juga terkonfirmasi melalui western blot dan ELISA antigen p24 dari supernatant pasca transfeksi. Namun, pada hasil infeksi virus kimera yang dilakukan pada sel HT-29, keberadaan RNA virus melalui tahapan amplifikasi baik PCR konvensional maupun RT PCR tidak menunjukkan terbentuknya pita spesifik RNA virus. Oleh karena itu, virus kimera SHIVst tidak bisa menginfeksi sel HT29.

---

Simian Human Immunodeficiency Virus (SHIV) is a chimeric virus originating from recombination between HIV which can infect humans and SIV which can infect non-human primates. In this study, chimera virus gene sequences were substituted for gag gene sequences, namely Cyclophilin A binding domain, vif gene, and nef gene. SHIVst was infected with HT-29 cells which have an alternative molecule that can recognize the gp120 receptor, namely galactosylceremide. The infectivity test of the SHIVst chimera virus was aimed at assessing the infectivity of the chimera virus through analysis of the presence of viral RNA and capsid protein, p24. The results obtained by the chimera virus can be produced by transfection in CHO cells, there are viral RNA bands formed after amplification. In addition, analysis of the presence of p24 protein was also confirmed by western blot and p24 antigen ELISA of the post-transfection supernatant. However, in the results of SHIVst infection HT-29 cells, the presence of viral RNA through the amplification stages of both conventional PCR and RT PCR did not show the formation of viral RNA-specific bands. Therefore, the SHIVst chimeric virus could not infect HT29 cells."

"Jumlah perempuan dengan HIV makin menunjukkan adanya peningkatan. Infeksi HIV tidak hanya pada kelompok dengan perilaku berisiko, namun juga pada kelompok yang tidak memiliki perilaku berisiko. Ibu rumah tangga saat ini menjadi kelompok yang berisiko terinfeksi HIV. HIV-testing merupakan upaya untuk mencegah penyebaran infeksi HIV dan sebagai gerbang pelayanan pengobatan. Tujuan penelitian adalah mengeksplorasi pengalaman ibu rumah tangga dengan HIV di Lampung dalam melakukan HIV-testing. Desain penelitian ini menggunakan penelitian kualitatif fenomenologi dengan wawancara mendalam sebagai teknik pengumpulan data. Jumlah ibu rumah tangga yang terlibat sebanyak 16 orang. Hasil penelitian diperoleh enam tema utama, yaitu HIV-testing yang ldquo;tidak disengaja rdquo;, pengetahuan yang rendah mengenai HIV, persepsi tidak berisiko terinfeksi HIV, kurangnya informasi pada layanan konseling HIV-testing, adanya pengalaman stigma dan tindakan diskriminasi, dan ketidakberdayaan peran ibu. Rekomendasi penelitian ini adalah pentingnya meningkatkan sosialisasi pendidikan HIV dan pentingnya HIV-testing pada kelompok ibu rumah tangga guna mencegah dan mengurangi kejadian penularan infeksi HIV ibu-anak.

---

The number of women living with HIV is increasing nowadays. HIV infection is not only in risky group but also in group considered safe. Today, housewive become a risky group of being infected with HIV. HIV testing is the way to prevent the HIV infection spreadings and as the main gate for treatment service. The purpose of this study was to explore the experience of housewive with HIV in Lampung when performing HIV testing. This study used phenomenology qualitative method with indepth interview as the way for collecting data. 16 participants were involved in this study. Six main themes were found, as follows an accidental HIV testing, lack of knowledge of HIV, perception is not at risk of HIV, low HIV testing counseling services, being stigmatized and discriminated, and disempowerment of mother rsquo s role. This study recommended the improvement of the HIV education and the benefit of the test for housewive in order to prevent the mother to child infection."

"ABSTRAKInfeksi HIV dapat terjadi melalui hubungan seksual, pemakaian alat-alat kedokteran yang tercemar, pemakaian komponen darah yang telah terpapar HIV ataupun secara transplasental dari ibu yang terinfeksi HIV.Pada anak, umumnya infeksi ini terjadi melalui transfusi komponen darah, terutama mereka yang secara terus menerus memerlukannya karena menderita penyakit tertentu seperti hemofilia atau thalassemia.Tujuan penelitian ini ialah untuk mengetahui proporsi infeksi HIV pada anak yang telah menerima transfusi komponen darah berulang, khususnya penderita hemofilia dan thalassemia.Selama periode satu tahun (Sept 92- Sept 93) telah diteliti serum dari 40 penderita hemofilia dan 40 penderita thalassemia mayor, terhadap infeksi HIV dengan metoda ELISA.Hasil penelitian menunjukkan bahwa tidak satupun dari para penderita tersebut yang telah terpapar HIV.

---

ABSTRACTHuman immunodeficiency virus infection can occur via direct bloodstream inoculation from blood or blood products or infected needles, through sexual contact and transplacentally from an infected mother.In children, the major mode of transmission of HIV is from transfusion of blood or blood products, especially those who require repeated and regular transfusion because of their specific illness.The purpose of this study is to investigate the proportion of HIV infection in children with hemophilia and thalassemia who had received repeated blood or blood product transfusions.During a period of 12 months (Sept. 92 - Sept. 93) sera from 40 children with hemophilia and 40 children with thalassemia were tested against HIV infection using ELISA method.Result of this study showing no HIV infection could be detected in all children."

"Dinas Kesehatan Kota Binjai bertanggung jawab menyediakan pelayanan dasar pada kelompok berisiko terinfeksi HIV. Total anggaran pada Dinas Kesehatan meningkat dari tahun 2019-2022, namun Kinerja pelayanan dasar HIV mengalami penurunan dari tahun 2019-2021 sebesar 11,8%, 7,07%, 5,2% dari target 100%. Penelitian bertujuan menghitung kesesuaian anggaran berbasis kinerja dengan anggaran yang tersedia serta faktor struktur dan proses yang mempengaruhi penyusunan anggaran berbasis kinerja, sehingga memberikan gambaran masalah dan penyebab kesenjangan anggaran dan kinerja pada pelayanan dasar HIV di Dinas Kesehatan Kota Binjai Tahun 2022. Metode penelitian dilakukan menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif dengan desain Rapid Assessment Prosedur (RAP), menggunakan instrumen wawancara mendalam kepada 14 (empat belas) informan dan telaah dokumen untuk melihat secara cepat dan memberikan masukan perbaikan bagi pelaksanaan anggaran berbasis kinerja pada pelayanan dasar kelompok berisiko terinfeksi HIV di Dinas Kesehatan Kota Binjai Tahun 2022. Hasil penghitungan anggaran berdasarkan target kinerja Tahun 2022 sebesar Rp. 648.295.342 dengan alokasi anggaran sebesar Rp.188.202.607. Sementara kesenjangan tersebut dipengaruhi oleh faktor struktur meliputi pemahaman dan kompetensi SDM, dukungan kebijakan, kurang tersedia data dan informasi akurat menggunakan sistem informasi kesehatan. Pada komponen proses kurangnya partisipasi masyarakat, skala prioritas dalam perencanaan dan penganggaran, komunikasi dan koordinasi, sinkronisasi dan fragmentasi penyusunan anggaran, penyerapan anggaran yang belum optimal, efektivitas monitoring dan evaluasi belum dijadikan dasar perbaikan kebijakan anggaran tahun depan. Komitmen daerah masih lemah untuk program pelayanan dasar HIV. Penelitian ini menyimpulkan terdapat ketidaksesuaian anggaran untuk mencapai kinerja yang ditetapkan dengan alokasi anggaran yang tersedia pada pelayanan dasar kelompok berisiko terinfeksi HIV di Dinas Kesehatan Kota Binjai pada Tahun 2022. Diperlukan peningkatan kapasitas dan keterlibatan seluruh komponen organisasi dalam menyusun anggaran berbasis kinerja, menyediakan data dan informasi terintegrasi, mengggunakan sistem informasi seperti Siskobikes dalam proses anggaran, meningkatkan komitmen dan dukungan anggaran dari pemerintah pusat dan daerah sehingga alokasi anggaran dapat memenuhi kebutuhan untuk mencapai kinerja pelayanan dasar bagi kelompok berisiko terinfeksi HIV.

---

The Public Health Office of Binjai Municipality is responsible for providing basic services to groups at risk of HIV infection. The total budget at the Health Service has increased from 2019-2022, but the performance of basic HIV services has decreased from 2019-2021 by 11.8%, 7.07%, 5.2% of the 100% target. The research aims to calculate the suitability of performance-based budgeting with the available budget as well as the structural and process factors that influence the preparation of performance-based budgeting, so as to provide an overview of the problems and causes of budgetary and performance gaps in HIV basic services at the Binjai City Health Office in 2022. The research method was carried out using an approach Descriptive qualitative using the Rapid Assessment Procedure (RAP) design, using in-depth interviews with 14 (fourteen) informants and document review to see quickly and provide input for improvements to the implementation of performance-based budgeting in basic services for groups at risk of HIV infection at the Binjai City Health Office 2022. The budget calculation results are based on the 2022 performance target of Rp. 648,295,342 with a budget allocation of Rp.188,202,607. Meanwhile, this gap is influenced by structural factors including understanding and competence of human resources, policy support, lack of availability of accurate data and information using health information systems. In the process component, lack of public participation, priority scale in planning and budgeting, communication and coordination, budget synchronization and fragmentation, budget absorption that is not optimal, monitoring and evaluation effectiveness has not been used as a basis for improving next year's budget policy. Regional commitment is still weak for basic HIV service programs. This study concludes that there is a budget mismatch to achieve the performance set with the budget allocation available for basic services for groups at risk of HIV infection at the Binjai Municipality Public Health Office in 2022. Capacity building and involvement of all organizational components is needed in preparing performance-based budgeting, providing data and information integrated, using information systems such as Siskobikes in the budget process, increasing commitment and budgetary support from the central and regional governments so that budget allocations can meet the needs to achieve basic service performance for groups at risk of HIV infection."

"Human Immunodeficiency Virus type-I (HIV-1) merupakan penyebab sindroma penurunan sistem imun tubuh yang disebut dengan Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). Infeksi HIV-I di dunia dan Indonesia cenderung meningkat. Pemeriksaan yang cepat dan spesifik diperlukan untuk mencegah penyebaran infeksi HIV-I. Berbagai teknik telah dikembangkan untuk deteksi infeksi HIV-I. Pada penelitian ini dikembangkan pemeriksaan RT-PCR HIV-1 Mikrobiologi FKUI (in-house RT-PCR) untuk mendapatkan uji alternatif deteksi HIV-1. Sebanyak 46 plasma dan serum kelompok berperilaku risiko tinggi yang berkunjung ke klinik VCT . RSUP Sanglah Denpasar, telah diperiksa dalam penelitian ini. Serum diperiksa dengan 3 kit rapid test yang berbeda yaitu DetermineTM HIV-1/2 (Abbott), ImmunoCombR HIV 1 & 2 BiSpot (Organics), dan SerodieR HIV-1/2 (Fujirebio Inc.). Plasma diuji dengan pemeriksaan RTPCR generasi I menggunakan primer spesifik terhadap daerah gag dan RT-PCR generasi 2 menggunakan primer spesifik terhadap daerah protease dari genom HIV-1. Hasil rapid test menunjukkan dari 46 sampel, sebanyak 26 serum (56,5%) reaktif dan 20 serum (43,5%) non-reaktif. Tingkat sensitivitas, spesifisitas, nilai duga positif, dan nilai duga negatif RT-PCR generasi 1 secara berturut-turut adalah 80,8%, 95%, 95,5%, dan 79,2%, sedangkan rasio kemungkinan positif dan negatif adalah 16,2, dan 0,2. Pemeriksaan RTPCR generasi 2 menunjukkan tingkat sensitivitas 65,4%, spesifisitas 90%, nilai duga positif 89,5%, nilai duga negatif 66,7%, rasio kemungkinan positif 6,5, dan rasio kemungkinan negatif 0,4. Teknik RT-PCR yang menggunakan primer tersebut dapat mendeteksi HIV pada semua stadium klinis WHO pada kelompok ini. Sensitivitas dan spesifisitas RT-PCR generasi 1 lebih baik daripada RT-PCR generasi 2, tetapi, masih lebih rendah daripada baku emas, Secara keseluruhan, RT-PCR pada penelitian ini belum dapat direkomendasikan sebagai uji altematif baik uji skrining maupun uji konfirmasi dalam mendeteksi infeksi HIV-1.

---

Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1) can cause decrease of immune response which is called Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS). HIV-l infection in the world and Indonesia tends to increase. Many techniques were developed to detect HIV-1 infection. A specific and rapid diagnosis is needed to prevent transmission of HIV-1 infection. In this study, we performed RT-PCR HIV-1 Microbiology FKUI (in-house RT-PCR) as an alternative test to detect HIV-1. Forty six plasmas and serums from high risk behavior group who visited VCT Clinic Sanglah General Hospital, Denpasar were used in this study. Serums were tested with 3 different rapid test kits i.e. Determine ° IIIV-112 (Abbott), immunoComb HIV I & 2 BiSpot (Orgenics), and Serodia ' HIV-112 (Fujirebio Inc.). Plasmas were tested with I generation RT-PCR which used specific primers to gag region in HIV-1 genome and specific primers to protease region in IIIV-1 genome for 2nd generation RT-PCR. Results of rapid test demonstrated 26 serums (56.5%) were reactive and 20 serums (43.5%) were non-reactive. Sensitivity, specificity, positive predictive value (PPV), and negative predictive value (NPV) of 1st generation RT-PCR was 80.8%, 95%, 95.5%, 79.2%, whereas positive likelihood ratio (LR +) and negative likelihood ratio (LR -) was 16.2, and 0.2, respectively. The 2"d generation RT-PCR showed sensitivity, specificity, PPV, NPV, LR (+), and LR (-) was 65.4%, 90%, 89.5%, 66.7%, 6.5, and 0.4, respectively. These in-house RT-PCR could detect HIV-1 in all WHO clinical staging in this group. This study showed that lsi generation RT-PCR gives better results than 2"d generation RT-PCR. But still inferior than rapid test to detect HIV-1 infection. Overall, RT-PCR in this study has not been recommended yet as an alternative test to detect HIV-I infection."