Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Diabetes melitus tipe 2 (T2DM) merupakan penyakit dengan jumlah penderita yang sangat tinggi, yakni mencapai 463 juta pada tahun 2019.  Pada beberapa tahun terakhir, banyak riset berfokus pada pengembangan inhibitor sodium-dependent glucose co-transporter 2 (SGLT2). Inhibitor SGLT2 dapat mengendalikan homeostasis glukosa dalam darah dengan menghambat reabsorbsi glukosa di ginjal. Inhibitor SGLT2 juga dapat menurunkan tekanan darah dan obesitas. Saat ini, empat inhibitor SGLT2 telah disetujui penggunaannya. Semua inhibitor tersebut adalah senyawa golongan C-glikosida. Berdasarkan hasil uji klinis, tidak ada satupun inhibitor yang mampu menghambat reabsorpsi glukosa lebih dari 50% pada manusia. Selain itu, masalah ketidakselektifan juga masih ditemukan pada obat canagliflozin. Hal ini menyebabkan penelitian lebih lanjut terhadap senyawa inhibitor SGLT2 baru tetap diperlukan. Pada penelitian ini, dilakukan pencarian senyawa golongan C-glikosida yang berpotensi sebagai inhibitor SGLT2 dengan metode penapisan virtual (virtual screening).  Struktur tiga dimensi reseptor SGLT2 dibuat dengan pemodelan homologi menggunakan SWISS-MODEL. Senyawa golongan C-glikosida diperoleh dari pangkalan data tanaman herbal ZINC15. Penapisan virtual dijalankan pada perangkat lunak AutoDock melalui platform PyRx dengan parameter yang sudah dioptimasi dan divalidasi. Berdasarkan hasil penapisan, didapatkan dua puluh struktur senyawa C-glikosida dengan afinitas ikatan terbaik dalam rentang -8,87 hingga -7,43 kkal / mol. Informasi struktur, asal tanaman, dan vendor yang menyediakan senyawa tersebut dilampirkan dalam penelitian ini. Kedua puluh senyawa tidak memenuhi kaidah Rule of Five dari Lipinski sehingga diprediksi memiliki bioavailabilitas yang buruk. Penelitian lanjutan untuk memeriksa aktivitas dan profil farmakokinetika dari senyawa yang diajukan sangat direkomendasikan.

---

Type 2 Diabetes Mellitus (T2DM) is metabolic syndrome with very high prevalence, affecting 463 million people in 2019. The development of sodium-dependent glucose co-transporter 2 (SGLT2) inhibitors has become a major interest lately. SGLT2 inhibitor controls the homeostatic of blood glucose by inhibiting renal glucose reabsorption. SGLT2 inhibitor also have other metabolic benefits, such as lowering blood pressure and body weight. Currently, four SGLT2 inhibitors are approved by FDA. All of them are C-glycoside compound. None of these SGLT2 inhibitors can exert more than 50% renal glucose reabsorption in humans. Then, there is also lack of selectivity found in canagliflozin. Hence, further research to find a new SGLT2 inhibitor is still needed. The in silico study was carried out to find C-Glycosides that have high potential to be used as SGLT2 inhibitor by virtual screening method. Three dimensional structure of the SGLT2 receptor was built through homology modelling with SWISS-MODEL server. C-Glycosides compounds were retrieved from ZINC15 natural compound database. Virtual screening was performed using AutoDock in PyRx platform with optimized and validated parameters. Based on the virtual screening result, twenty compounds with best affinity are identified. The obtained binding energies are within -8,47 to -7,43 kcal / mol. The information of structure, origin, and supplier of these compounds is also reported. All selected compounds are violating the Rule of Five by Lipinski, which predict that the compounds have poor bioavailability. Further research to examine the activities and pharmacokinetics profile from the proposed compounds are very recommended.

 

"

"ABSTRACTInhibitor sodium glucose co-transporter 2 (SGLT2) telah dievaluasi dalam uji klinis sebagai dasar strategi penanganan hiperglikemia pada diabetes. Namun, karena tergolong kelas obat baru antidiabetik oral, inhibitor SGLT-2 masih jarang ditemukan di Indonesia dan harga beli yang masih tinggi untuk dijangkau. Studi ini bertujuan untuk menemukan senyawa kandidat yang berpotensi mempunyai aktivitas sebagai inhibitor SGLT2 dari pangkalan data herbal Indonesia melalui pendekatan penapisan virtual berbasis farmakofor. Model farmakofor inhibitor SGLT2 dibuat dari 10 training set ligan inhibitor SGLT2 menggunakan LigandScout 4.1.5. Sepuluh model farmakofor yang terbentuk kemudian divalidasi menggunakan metode test set dan decoy set. Farmakofor model-1 merupakan model farmakofor terbaik dengan nilai 0,9080, EF1 =56,5 , EF5 = 56,5 dan AUC100 = 0,87 yang akan dijadikan model untuk penapisan virtual. Model-1 terdiri dari 1 interaksi hidrofobik, 1 cincin aromatis, 4 donor ikatan hidrogen dan 5 akseptor ikatan hidrogen. Penapisan virtual menghasilkan tiga senyawa kandidat Hits yang memiliki pharmacophore fit score terbaik terhadap model 1, yakni vitexin = 113,62; cucumerin A = 112,62; dan cucumerin B = 113,51. Sehingga dapat disimpulkan bahwa Vitexin, Cucumerin A, dan Cucumerin B berpotensi sebagai kandidat senyawa yang mempunyai aktivitas sebagai inhibitor SGLT2.

---

ABSTRACTSodium glucose co transporter 2 SGLT2 inhibitor has been evaluated in clinical trials as the basic strategy of hyperglycemia handling in diabetes. However, because of SGLT 2 inhibitor was the new class of oral antidiabetic, it still rare in Indonesia and because of the high price. This study was intended to find compounds that capable of having activity as SGLT2 inhibitors from Indonesian herbal database through a pharmacophore based virtual screening approach. The SGLT2 inhibitor pharmacophore models was made from 10 training sets of SGLT2 ligand inhibitors using the LigandScout 4.1.5. Ten pharmacophore models which has been made were validated using test set and decoy set methods. The model 1 pharmacophore was the best model, with values of 0.9080, EF1 56.5 , EF5 56.5 and AUC100 0.87 which will serve as models for virtual screening. Model 1 consists of 1 hydrophobic interaction, 1 aromatic ring, 4 hydrogen bond donors and 5 hydrogen bond acceptors. Virtual screening showed three compounds Hits which have best pharmacophore fit scores according to model 1, they were Vitexin 113.62 Cucumerin A 112,62 and Cucumerin B 113,51. These results conclude that Vitexin, Cucumerin A, and Cucumerin B potentially have an activity as a SGLT2 inhibitor."

"Penyakit menular coronavirus disease (COVID-19) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus corona baru yang dikenal sebagai severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2). Virus ini masuk ke dalam tubuh manusia melalui interaksi protein spike SARS-CoV-2 dengan Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ACE2 merupakan seng metalopeptidase yang banyak diekspresikan di sel epitel saluran pernapasan. Menargetkan reseptor ACE2 dianggap sebagai target terapeutik penting dalam mengendalikan COVID-19. Penelitian in silico ini bertujuan untuk mendapatkan kandidat inhibitor ACE2 dari senyawa bahan alam Indonesia yang terdapat pada pangkalan data Herbal DB dengan metode penapisan virtual berbasis penambatan molekuler menggunakan makromolekul ACE2 (PDB ID: 1R4L). Berdasarkan hasil optimasi dan validasi, diperoleh parameter terbaik menggunakan AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box sebesar 22,5 x 22,5 x 22,5 Å, exhaustiveness 16 dan num modes 9. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 14 peringkat senyawa terbaik dengan ∆G terendah, yaitu Kuwanon G, Kasiamin C, Isoviteksin 2''-O-(6'''-(E)-feruloil)glukosida 4'-O-glukosida, 5,7,2',4'-Tetrahidroksi-6,3'-diprenilisoflavon 5-O-(4''-ramnosilramnosida), Kasiaflavan-(4αà8)-epiafzelekin, Isoviteksin 2''-O-(6'''-(E)-p-kumaroil)glukosida 4'-O-glukosida, Kameliasida B, Galokatekin-(4αà8)-epigalokatekin-3-O-galat, ent-Epiafzeiekin-(4αà8)-epiafzelekin, Klitorin, Asam lantat, Nimolisinol, Prosianidin B1 dan Prodelfinidin B1. Sebagian besar senyawa tersebut berinteraksi dengan residu asam amino pada situs aktif makromolekul ACE2, yaitu Arg273, His345, His374, Glu375, His378, Glu402, Glu406, His505 dan Tyr515. Oleh karena itu, dapat disimpulkan bahwa 14 senyawa tersebut berpotensi menjadi kandidat inhibitor ACE2.

---

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is an infectious disease caused by a novel coronavirus known as severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2 enters the human body through the interaction of the SARS-CoV-2 spike protein with Angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2). ACE2 is a zinc-dependent metallopeptidase that is widely expressed in respiratory epithelial cells. Targeting the ACE2 receptor is considered an important therapeutic target in controlling COVID-19. This in silico study was aimed to obtain candidate ACE2 inhibitors from Indonesian natural compounds in Herbal database using molecular docking-based virtual screening method. Based on the results of optimization and validation, the best parameters were obtained using AutoDock Vina in PyRx with a grid box size of 22.5 x 22.5 x 22.5 Å, exhaustiveness 16 and num modes 9. Based on virtual screening, 14 compounds were obtained with the lowest ∆G: Kuwanone G, Cassiamin C, Isovitexin 2''-O-(6'''-(E)-feruloyl)glucoside 4'-O-glucoside, 5,7,2',4'-Tetrahydroxy- 6,3'-diprenylisoflavone 5-O-(4''-rhamnosylrhamnoside), Cassiaflavan-(4αà8)-epiafzelechin, Isovitexin 2''-O-(6'''-(E)-p-coumaroyl)glucoside 4'-O-glucoside, Camelliaside B, Gallocatechin-(4αà8)-epigallocatechin-3-O-gallate, ent-Epiafzeiechin-(4αà8)-epiafzelechin, Clitorin, Lantic acid, Nimolicinol, Procyanidin B1 and Prodelphinidin B1 . Most of these compounds interacted with amino acid residues at the active site of ACE2 macromolecule, namely Arg273, His345, His374, Glu375, His378, Glu402, Glu406, His505 and Tyr515. Therefore, it can be concluded that these 14 compounds are potential candidates for ACE2 inhibitors."

"Kanker merupakan penyakit akibat pertumbuhan tidak normal dari sel pada jaringan tubuh yang menyerang sel normal di sekitarnya. Penggunaan tanaman herbal Indonesia meningkat setiap tahunnya dalam upaya pengobatan. Penelitian terdahulu menyatakan bahwa defisiensi P53 disebabkan oleh ekspresi berlebih MDM2 sehingga peran P53 sebagai pengendali sel abnormal tidak berjalan. Pada penelitian dilakukan penapisan virtual dari basis data tanaman herbal Indonesia sebagai inhibitor MDM2 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi dengan Directory of Useful Decoys-Enhanced. Validasi dilakukan dengan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid 70x70x70 pada Autodock yang memiliki nilai AUC 0,72, sedangkan pada Autodock Vina 0,43. Autodock Vina tidak memenuhi parameter tetapi dilakukan penapisan untuk perbandingan dengan Autodock. Diperoleh 10 senyawa peringkat teratas dengan Autodock yaitu Nimolicinol, Jacoumaric acid, Isoarborinol, Lantic acid, Diosgenin, Theasaponin E1, Taraxasterol, Leucadenone C, Simiarenol, Alpha-Amyrin. ?G -8,83 - 9,65 kkal/mol . Diperoleh 10 senyawa peringkat teratas dengan Autodock Vina yaitu Yuehchukene, Morusin, Cyanidin, Leucadenone C, Roxburghine-B, Ocidentoside, Beta-sitosterol, Curine, Withangulatin, Jacoumaric acid. ?G -8,7 -9,4 kkal/mol . Jacoumaric acid dan Leucadenone C memberikan hasil penapisan virtual pada kedua piranti lunak dan berinteraksi pada daerah aktif MDM2 yaitu residu Leu54, Ile61, Met62, dan Ile99.

---

Cancer is a disease caused by abnormal cells growth that can attack normal cells around it. The use of Indonesian herbal increases for treatment. Past researches declare that P53 deficiency is caused by MDM2 overexpression so the role P53 as a cell regulator does not work. In this research, virtual screening of Indonesian herbal database as MDM2 inhibitor using Autodock and Autodock Vina and validated with Directory of Useful Decoy Enhanced. Validation parameter done with Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve. The conclusion of validation is grid box 70x70x70 on Autodock with AUC value 0,72, while in Autodock Vina 0,43. Autodock Vina is not fulfill the parameter standar but still screned for comparasion. Based on the virtual screening result, top ten compounds from Autodock are Nimolicinol, Jacoumaric acid, Isoarborinol, Lantic acid, Diosgenin, Theasaponin E1, Taraxasterol, Leucadenone C, Simiarenol, Alpha Amyrin. G 8,83 9,65 kkal mol . Virtual screening result from Autodock Vina are Yuehchukene, Morusin, Cyanidin, Leucadenone C, Roxburghine B, Ocidentoside, Beta sitosterol, Curine, Withangulatin, Jacoumaric acid. G 8,7 9,4 kkal mol . Jacoumaric acid and Leucadenone C give a result in both software ans interacts with the active site in MDM2 at residue Leu54, Ile61, Met62, and Ile99."

"Hipermetilasi DNA adalah sebuah proses epigenetik abnormal yang dikatalis oleh DNA Metiltransferase dan merupakan salah satu faktor penyebab munculnya penyakit tidak menular seperti kanker, diabetes, dan penyakit gangguan metabolisme lainnya. Hipermetilasi DNA dapat dihambat dengan inhibitor DNA Metiltransferase1 (DNMTi). Penelitian ini dilakukan dengan tujuan menemukan kandidat inhibitor DNA Metiltrasnferase yang berasal dari bahan alam. Pencarian senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor dilakukan dengan penapisan virtual terhadap basis data senyawa aktif tanaman herbal Indonesia (HerbalDB) menggunakan peranti lunak Autodock Vina. Dua puluh lima senyawa yang diketahui memiliki efek inhibisi terhadap DNMT1 digunakan sebagai kontrol positif dan sebagai referensi untuk membuat pengecoh menggunakan Directory of Useful Decoys: Enchanced. Penapisan yang dilakukan mendapatkan lima senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor DNA metiltransferase 1 yaitu Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, dan Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside.

---

DNA Hypermethylation is an abnormal epigenetic process catalyzed by DNA Methyltranferase 1 (DNMT1), it is also one of the factor causing non-communicable disease such as cancer, diabetes, and other metabolic disease. DNA hypermethylation can be surpressed by DNA Methyltransferase inhibitor (DNMTi). This study was conducted to obtain inhibitor candidate from natural products. The search for potential inhibitors was done by conducting a virtual screening against Indonesian Herbal Compound Database (Herbal DB) utilizing Autodock Vina as docking software. Twenty-five compunds known for their inhibitory activity against DNMT1 were used as actives and as reference for generating decoys, facilitated by Directory of Useful Decoys: Enhanced. The virtual screening yields five potential DNMT1 inhibitor, Procyanidin B2, Ent-epicatechin-4alpha-8-ent-epicatechin, Epicatechin-4beta-8-epicatechin-3-o-gallate, Neorhusflavanone, and Cyanidin-3-6''-caffeylsophoroside-5-glucoside."

"Alzheimer merupakan penyakit neurodegeneratif yang dapat disebabkan oleh penumpukan plak tanda penuaan pada otak dan mempengaruhi kerja neuron sehingga neuron menjadi kurang sensitif terhadap respon selular. Penelitian terdahulu menemukan bahwa enzim BACE1 berperan penting dalam proses pembentukan plak tanda penuaan sehingga dapat menjadi target pengobatan penyakit Alzheimer. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa dari basis data tanaman obat Indonesia sebagai inhibitor BACE1 menggunakan Autodock dan Autodock Vina yang divalidasi menggunakan basis data A Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validasi dilakukan terhadap kedua peranti lunak menggunakan parameter Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, dan Area Under Curve. Kesimpulan dari validasi adalah ukuran grid box yang digunakan pada Autodock yaitu grid 30x30x30 dan 11,25x11,25x11,25 pada Vina (setelah penyetaraan unit). Nilai EF 1% dan AUC grid 30 pada Autodock adalah 7,74 dan 0,73, sedangkan pada Vina adalah 4,6 dan 0,77. Berdasarkan hasil penapisan virtual, diperoleh 6 peringkat teratas senyawa menggunakan Autodock (energi ikat kkal/mol -7,84 ~ -8,79) yaitu Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, dan Taraxerol. Hasil penapisan virtual pada Autodock Vina memberikan 7 senyawa peringkat teratas (energi ikat kkal/mol -8,8 ~ -9,4) yaitu Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, dan Jasmolactone C. Hanya Azadiradione yang memberikan hasil penapisan virtual pada kedua peranti lunak dan berinteraksi dengan daerah aktif BACE1 pada residu Trp 76 dari Autodock dan Thr 232 dari Autodock Vina.

---

Lzheimer's is a neurodegenerative disease that can be caused by buildup of plaque signs of aging in the brain and affect the work of neurons so neurons become less sensitive to cellular responses. Research previously found that the BACE1 enzyme plays an important role in the process Plaque formation is a sign of aging so that it can become a treatment target Alzheimer's disease. In this study, virtual screening of compounds from database of Indonesian medicinal plants as using BACE1 inhibitors Autodock and Autodock Vina are validated using A database Directory of Useful Decoys: Enhanced (DUD-E). Validation is carried out against both software uses Enrichment Factor, Receiver Operating Characteristics, and Area Under Curve.

Conclusion of validation is the size of the grid box used in Autodock, which is a 30x30x30 and grid 11,25x11,25x,25,25 for Vina (after equalization unit). EF value of 1% and AUC grid 30 in Autodock is 7.74 and 0.73, while in Vina it is 4.6 and 0.77. Based on the results of virtual screening, obtained the top 6 compounds using Autodock (kcal / mol binding energy -7.84 ~ -8.79) namely Azadiradione, Cylindrin, Lanosterol, Sapogenin, Simiarenol, and Taraxerol. Screening results virtual on Autodock Vina provides 7 top-ranked compounds (binding energy kcal / mol -8.8 ~ -9.4) namely Bryophyllin A, Diosgenin, Azadiradione, Sojagol, Beta amyrin, Epifriedelinol, and Jasmolactone C. Only Azadiradione provide virtual screening results on both software and interact with BACE1 active area on Trp 76 residue from Autodock and Thr 232 from Autodock Vina."

"Penyakit kardiovaskular adalah salah satu penyebab kematian yang banyak di dunia saat ini. Salah satu penyebab penyakit kardiovaskular adalah trombosis arterial yang bisa disebabkan oleh agregrasi platelet yang menutup arteri. Salah satu faktor penting dalam agregrasi platelet adalah aktivasi platelet oleh ADP dengan reseptor P2Y 12. Penelitian ini dilakukan untuk mencari kandidat inhibitor ADP P2Y 12 yang berasal dari tanaman herbal Indonesia menggunakan AutoDock dan AutoDock Vina. 96 senyawa yang terbukti memiliki aktivitas inhibisi terhadap ADP P2Y12 digunakan sebagai kontrol positif dan digunakan untuk membuat pengecoh pada DUD-E dengan mengunggah kontrol positif ke laman DUD-E. Penapisan yang dilakukan mendapatkan satu senyawa aktif yang berpotensi sebagai inhibitor P2Y 12 yaitu Roxburghine B yang berikatan pada residu asam amino yang penting Lys280 dan Arg256.

---

Cardiovascular desease is one of the leading causes of death in the world. One of the causes of cardiovascular disease is artherial thrombosis that can be caused by platelet agregration that is covered in arteries. One of important factor in platelet agregration is platelet activation by ADP receptors, P2Y 12. This research was conducted to find candidate inhibitor of P2Y 12 from Indonesian herbal plants database using AutoDock and AutoDock Vina. Ninety six compounds known for their inhibitory activity against P2Y 12 were used as actives and as reference for generating decoys on DUD E by upload positive control to DUD E website. The virtual screening yields one potential P2Y 12 inhibitor. Roxburghine B binds to important amino acid residues of Lys280 and Arg256. "

"Kanker kolorektal adalah kanker yang terletak pada rektum atau kolon dengan sel-sel yang berkembang dengan tidak terkendali. Obat kanker untuk kanker kolorektal memiliki beberapa kelemahan seperti kurangnya spesifitas dan dapat terjadinya resistensi, sehingga perlu dikembangkan terapi target untuk mengurangi kelemahan tersebut. Berbagai penelitian dilakukan untuk merancang obat yang dapat mentarget protein yang berkaitan dengan perkembangan kanker kolorektal, salah satunya adalah Matrix Metalloproteinase-9. Penghambatan dari protein tersebut memungkinkan untuk menghambat penyebaran kanker, sehingga pencarian senyawa penghambat Matrix Metalloproteinase-9 menarik untuk dilakukan. Penelitian dapat dilakukan dengan memanfaatkan metode penapisan virtual. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan 10 senyawa kandidat dengan potensi menjadi inhibitor Matrix Metalloproteinase-9. Penapisan virtual dapat digunakan untuk melakukan pencarian senyawa kandidat inhibitor dari basis data HerbalDB. Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik berdasarkan energi ikatan bebas dan pose pengikatan yaitu Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Sikloartokarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-kumarat (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnosida (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahidroksiflavanon 7-alfa-l-arabinofuranosil-(1-6)-glukosida (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Sianidin 3-arabinosida (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehidropipernonalin (-10,1 kkal/mol). Hasil tersebut menunjukkan senyawa memiliki potensi untuk menghambat Matrix Metalloproteinase-9

---

Colorectal Cancer is located on the colon or the rectum of the patient with uncontrolled cell growth. Cancer drugs for colorectal cancer have several weaknesses such as lack of specificity, so it is necessary to develop targeted therapies to reduce these weaknesses. Various research were done to design a drug with purpose of targeting the protein in which is related to the growth of colorectal cancer, one of them being Matrix Metalloproteinase-9. Inhibition of Matrix Metalloproteinase-9 possibly inhibits the spread of colorectal cancer, therefore a research to find candidates is appealing. Research can be done by using the virtual screening method. The purpose of this study is to obtain 10 candidate compounds with the potential to inhibit Matrix Metalloproteinase-9. Virtual screening method is used to search for candidate compounds from HerbalDB database. Based on the screening results, the best compound rankings based on the free bond energy and binding pose were obtained, namely Cassiamin C (-11,1 kkal/mol), Cycloartocarpesin (-10,9 kkal/mol), Prunin 6”-p-coumarate (-10,9 kkal/mol), Isookaninrhamnoside (-10,5 kkal/mol), 5,7,3',4'-tetrahydroxyflavanone 7-alpha-l-arabinofuranosyl-(1-6)-glucoside (-10,3 kkal/mol), Kuwanon T (-10,3 kkal/mol), Boesenbergin B (-10,2 kkal/mol), Cyanidin 3-arabinoside (-10,2 kkal/mol), Morusin (-10,2 kkal/mol), dan Dehydropipernonaline (-10,1 kkal/mol). The results indicate potential candidates to inhibit Matrix Metalloproteinase-9."

"HIV-1 (Human immunodeficiency virus tipe 1) adalah anggota famili retrovirus yang dapat menyebabkan penyakit AIDS ketika menginfeksi manusia. Epidemi AIDS adalah salah satu penyakit yang paling destruktif di zaman modern. Diperkirakan lebih dari 33 juta orang telah terinfeksi hingga tahun 2010.Berbagai penelitian perancangan obat yang mentarget berbagai enzim virus HIV terus dilakukan terutama enzim vital untuk reproduksi virus seperti transkriptase balik, integrase, dan protease. Penapisan virtual sebagai salah satu metode pendekatan in silico telah digunakan pada pencarian senyawa penuntun dari basis data senyawa library ataupun dari basis data bahan alam sebagai inhibitor HIV-1.Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual basis data senyawa tanaman obat di Indonesia pada transkriptase balik, integrase dan protease HIV-1. Penapisan dilakukan menggunakan piranti lunak GOLD, AutoDock dan AutoDock Vina.Berdasarkan hasil penapisan didapatkan 10 peringkat senyawa terbaik dari tiap metode untuk tiap enzim. Metode penapisan yang relatif lebih akurat adalah AutoDock untuk transkriptase balik; AutoDock Vina dan GOLD untuk protease; serta AutoDock Vina untuk integrase.

---

HIV-1 (Human immunodeficiency virus type 1) is a member of retrovirus family that could infect human and causing AIDS disease. AIDS epidemic is one of the most destructive diseases in the modern era. There were more than 33 million people infected by HIV until 2010.

Various researches have been done to design drug that targeting HIV enzymes primarily vital reproduction enzymes such as reverse transcriptase, integrase and protease. Virtual screening as in silico approach has been used to find lead molecules from compound library or natural database as HIV-1 inhibitors.

In this research, virtual screening of Indonesian herbal database was done to reverse transcriptase, integrase and HIV-1 protease. Virtual screening was done using GOLD, AutoDock, and AutoDock Vina.

Based on this research, top ten ranked compound was obtained for each methods and enzymes. Virtual screening method which relatively more accurate is AutoDock for reverse transcriptase; AutoDock Vina and GOLD for protease; and AutoDock Vina for integrase."

"Tankyrase 1 dan 2 (TNKS 1/2) merupakan protein pada dasar kripta kolon yang berperan dalam meningkatkan kadar b-katenin di nukleusdengan mendegradasi komponen utama destruction complex, yaitu axis inhibitory protein (AXIN). Peningkatan kadar abnormal b-katenin di nukleus yang distabilkan oleh TNKS1/2 menjadi salah satu tahap awal perkembangan kanker kolorektal. Inhibitor TNKS1/2 telah teruji secara in vitro pada sel kanker kolorektal dengan komponen destruction complex yang termutasi dapat mengatasi resistensi pengobatan 5-fluorourasil (5-FU). Inhibitor TNKS1/2 pada kedua situs (dual binders) memiliki aktivitas penghambatan yang lebih tinggi dibandingkan inhibitor yang hanya mengikat pada satu situs aktif. Sampai saat ini belum ada senyawa yang disetujui oleh FDA terhadap inhibitor dual binders TNKS 1/2 sehingga penemuan inhibitor dual binders TNKS1/2 masih dibutuhkan sebagai target pengobatan kanker kolorektal. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam Indonesia dari pangkalan data HerbalDB untuk penemuan senyawa kandidat inhibitor dual binders TNKS1/2. Makromolekul yang digunakan pada penelitian ini adalah TNKS1 (PDB ID: 4I9I) dan TNKS2 (PDB ID: 7CE4) dengan menggunakan program AutoDock Vina dalam PyRx dengan ukuran grid box 18,75 Å x 18,75… x 18,75 ,exhaustiveness: 16, dan num modes: 9 yang berdasarkan hasil validasi metode penapisan virtual terbaik. Dari hasil penapisan virtual didapatkan 10 peringkat senyawa dengan energi bebas ikatan terendah, yaitu Epigalokatekin 3,5-di-o-galat; Epigalokatekin 3,4’-di-o-galat; Jasmolakton D; Epigalokatekin 3-o-p-kumarat; Epigalokatekin 3,3’-di-o-galat; Mirisetin3-(6''-galoilgalaktosida); Galokatekin 3-o-galat; Asam isoklorogenat B; Orientanol E; dan Verbaskosida.

---

Tankyrase 1 and 2 (TNKS 1/2) are proteins at the crypt base of colon that play a role in increasing the levels of b-catenin in the nucleus by degrading the main component of the destruction complex, axis inhibitory protein (AXIN). Abnormal increase level of b-catenin in the nucleus which is stabilized by TNKS1/2 is one of the early stages of colorectal cancer development. The TNKS1/2 inhibitor has been tested in vitro on colorectal cancer cells with a mutated destruction complex component that can overcome resistance to 5-fluorouracil (5-FU) treatment. TNKS1/2 inhibitors at both active sites (dual binders) have higher inhibitory activity than inhibitors that only bind to one active site. Until now, there is no compound has been approved by the FDA for TNKS 1/2 dual binders inhibitors, so the discovery of TNKS1/2 dual binders inhibitors are still needed as a target for colorectal cancer treatment. In this study, a virtual screening of Indonesian natural ingredients compounds from the HerbalDB database was carried out for the discovery of candidate compounds for TNKS1/2 dual binders inhibitors. The macromolecules used in this study were TNKS1 (PDB ID: 4I9I) and TNKS2 (PDB ID: 7CE4) using the AutoDock Vina program in PyRx with size of grid box 18,75 Å x 18,75 Å x 18,75 Å, exhaustiveness: 16, and num modes: 9 based on the best results of the virtual screening validation. From the results of virtual screening, 10 compounds with the lowest bond free energy were obtained, Epigallocatechin 3,5-di-o-galate; Epigallocatechin 3,4'-di-o-gallate; Jasmolactone D; Epigallocatechin 3-o-p-coumarate; Epigallocatechin 3,3'-di-o-gallate;Myricetin3-(6''-galloylgalactoside); Gallocatechin 3-o-gallate; isochlorogenic acid B; Orientanol E; and Verbascoside."