Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"

Enteropatogenik Escherichia coli (EPEC) merupakan salah satu bakteri patogen gram negatif yang menjadi penyebab diare khususnya pada bayi dan anak-anak. Aptamer yaitu oligonukleotida rantai pendek yang memiliki afinitas, spesifisitas, dan selektivitas yang tinggi terhadap targetnya, dimana memiliki potesi untuk dikembangkan dalam metode diagnosa patogen. Melalui metode Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) telah berhasil diisolasi 6 DNA Aptamer spesifik terhadap bakteri EPEC K1.1, dimana merupakan strain bakteri E.coli yang di isolasi dari anak-anak penderita diare di Indonesia. Metode karakterisasi yang dilakukan untuk melihat spesifisitas pengikatan aptamer terhadap target bakteri didapatkan dua aptamer terbaik yaitu S8-7 dan S10-5, dengan nilai Kd yang berada pada rentang nanomolar. Pengembangan kedua aptamer terbaik sebagai biosensor (Aptasensor) berbasis AuNP (nanopartikel emas) terhadap bakteri target EPEC K1.1 menunjukan adanya sensitivitas deteksi bakteri pada 10⁷ CFU/mL untuk aptamer S8-7 dan 10⁸ CFU/mL untuk aptamer S10-5, dimana dengan inkubasi lebih lama dapat mendeteksi bakteri pada 10⁶ CFU/mL. Selanjutnya kedua aptamer tersebut menunjukkan spesifisitas deteksi terhadap bakteri EPEC K1.1 dibandingkan dengan bakteri uji yang lain. Hasil tersebut menunjukkan bahwa kedua aptamer berpotensi sebagai biosensor dalam mendeteksi keberadaan bakteri patogen EPEC K1.1.

---

Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is a gram-negative pathogenic bacterium that can cause diarrhea, especially in infants and children. Aptamers are short chain oligonucleotides that have high affinity, specificity, and selectivity to their targets, which have the potential to be developed as a method of diagnosing pathogens. Through the Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment (SELEX) method, 6 DNA aptamer specific to EPEC K1.1 bacteria have been isolated. EPEC K1.1 is a strain of E.coli bacteria that isolated from children with diarrhea in Indonesia. The characterization method carried out to evaluate aptamer binding specificity to bacterial target and obtained two best aptamer, S8-7 and S10-5, with Kd values in the nanomolar range. The development of the best two aptamer as Aptasensor with AuNP (gold nanoparticles)-based biosensors against the target bacteria EPEC K1.1 showed bacterial detection sensitivity or LOD (limit of detection) in 10⁷ CFU/mL for aptamer S8-7 and 10⁸ CFU/mL for aptamer S10-5, where with longer incubation it can detect bacteria at 10⁶ CFU/mL. Furthermore, the two aptamer showed specificity detection against EPEC K1.1 bacteria compared to other test bacteria. These results indicate that both aptamers have potential as biosensors in detecting pathogenic bacteria EPEC K1.1.

"

"Penelitian bertujuan mengetahui keanekaragaman bakteri Ktedonobacteria dari sampel tanah hutan di sekitar Geiser Cisolok, Jawa Barat dengan metode culture-dependent dan metode culture-independent. Isolasi bakteri menggunakan medium Reasoner's 2A (10%) dengan penambahan 2% gellan gum, cycloheximide, dan sodium azide. Inkubasi dilakukan pada suhu 30 oC selama 3 minggu. Amplifikasi gen 16S rRNA isolat bakteri menggunakan primer spesifik Ktedonobacteria (primer 161F dan 941R), dan primer universal bakteri (9F dan 1510R). Identitas isolat bakteri diperoleh berdasarkan data full sequence gen 16S rRNA melalui pencarian homologi pada EZBioCloud (www.ezbiocloud.net). Analisis filogenetik menggunakan metode Neighbour Joining, Maximum Evolution, dan Maximum Likelihood. Analisis keanekaragaman bakteri Ktedonobacteria menggunakan Next Generation Sequencing berdasarkan data partial sequence (daerah variabel V1--V3) dari gen 16S rRNA. Analisis data komposisi taksonomi bakteri dan indeks keanekaragaman menggunakan software QIIME2. Empat isolat Ktedonobacteria dengan kode K17-1, K17-2, K42, dan K44 berhasil diperoleh. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa keseluruhan isolat merupakan anggota kelas Ktedonobacteria dan berada dalam satu grup dengan type strain Dictyobacter aurantiacus S-27T. Namun demikian, persentase homologi sequence gen 16S rRNA keempat isolat menunjukkan nilai yang rendah terhadap type strain Dictyobacter aurantiacus S-27T, yaitu 97.16 -- 98.02%. Berdasarkan nilai tersebut, keempat isolat yang diperoleh diduga merupakan spesies baru. Hasil analisis dengan software QIIME2 menunjukkan bahwa sampel tanah yang digunakan memiliki nilai indeks keanekaragaman bakteri yang tinggi, dengan nilai sebagai berikut: 6,49 (Shannon-Winner); 0,98 (Simpson); 177 (Chao1); dan 117 (Ace). Filum Acidobacteria, Proteobacteria dan Bacteriodetes, merupakan tiga filum dengan persentase paling besar pada sampel tanah, dengan nilai persentase masing-masing 44%, 25%, dan 9%. Kelas Ktedonobacteria pada filum Chloroflexi memiliki persentase yang sangat rendah, yaitu 1,89%. Namun demikian, analisis filogenetik data amplikon (culture-independent) menunjukkan bahwa Ktedonobacteria yang terdapat pada sampel tanah tersebar dalam 5 grup, yang seluruhnya mengindikasikan taksa baru. Penelitian ini menunjukkan bahwa metode culture-dependent hanya berhasil menemukan satu dari lima grup Ktedonobacteria yang berhasil dideteksi menggunakan metode culture-independent.

---

The study aims to determine the diversity of Ktedonobacteria from forest soil samples around the Cisolok Geiser, West Java with culture-dependent and culture-independent methods. Bacterial isolation using Reasoner's 2A (10%) medium with 2% gellan gum, cycloheximide, and sodium azide. Incubation was carried out at 30 oC for three weeks. Amplification of 16S rRNA gene of bacterial isolates performed using Ktedonobacteria specific primers (primers 161F and 941R), and universal bacterial primers (9F and 1510R). The identity of bacterial isolates was obtained based on full 16S rRNA gene sequence data through a homology search on EZBioCloud (www.ezbiocloud.net). The phylogenetic analysis was performed by Neighbor-Joining, Maximum Evolution, and Maximum Likelihood methods. Analysis of Ktedonobacteria diversity using Next-Generation Sequencing based on partial sequence data (variable regions V1 -- V3) of the 16S rRNA gene. Analysis of bacterial taxonomy composition data and diversity index was conducted using QIIME2 software. Four isolates of Ktedonobacteria, namely K17-1, K17-2, K42, and K44, were successfully obtained. Phylogenetic analysis showed that all isolates were members of the class Ktedonobacteria and were in the same group as Dictyobacter aurantiacus S-27T. However, the percentage of homology of the 16S rRNA gene sequence of the four isolates showed a low value on the type strain of Dictyobacter aurantiacus S-27T, which accounted for 97.16 -- 98.02%. Based on these values, the four isolates obtained probably belonged to the new species. The results of the analysis with QIIME2 software showed that the soil samples had high bacterial diversity index values, with the following values: 6,49 (Shannon-Winner); 0,98 (Simpson); 177 (Chao1); and 117 (Ace). Phylum Acidobacteria, Proteobacteria, and Bacteriodetes are the three phyla with the largest percentage in soil samples, with percentage values of 44%, 25%, and 9%, respectively. Whereas the class Ktedonobacteria in the phylum Chloroflexi has a very low percentage, which is 1.89%. However, phylogenetic analysis of the amplicon data (culture-independent) showed that Ktedonobacteria found in soil samples distributed into five groups, indicating new taxa. In this study, culture-dependent methods found only one of the five groups of Ktedonobacteria that detected using the culture-independent method."

"Latar Belakang: E.coli O157:H7 merupakan salah satu bakteri foodborne disease yang menyebabkan tingkat morbiditas dan mortalitas yang sangat tinggi pada manusia. Reservoar utama bakteri adalah ternak sapi. Beberapa metode telah digunakan untuk mendeteksi keberadaan E.coli O157:H7 di Indonesia namun belum ada metode identifikasi spesifik yang sekaligus dapat dimanfaatkan sebagai bahan alami dalam pengendalian E.coli O157:H7. Bakteriofaga faga adalah virus yang menginfeksi secara spesifik dan mampu melisiskan bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk mencari faga isolat Indonesia yang akan dimanfaatkan untuk identifikasi yang spesifik terhadap E.coli O157:H7.Metode: Sebanyak 60 isolat lokal E.coli O157:H7 yang telah dikarakterisasi secara biokemik, serologik antiserum hiperimun dan komersial dan molekuler Multiplex-PCR digunakan pada penelitian ini. Sampel untuk isolasi faga diambil dari air sungai, air sumur, limbah Rumah Potong Ayam, feses sapi, limbah dan air di peternakan sapi di wilayah Yogyakarta, Bogor, Cianjur dan Bandung. Isolat faga diuji spesifisitasnya terhadap E.coli O157:H7 dan dikarakterisasi secara molekuler PCR dan sekuensing dan pengamatan morfologi dengan Transsmission Electron Microscope. Faga yang spesifik terhadap E.coli O157:H7 digunakan untuk phagetyping terhadap 60 isolat lokal E.coli O157:H7.Hasil: Penelitian tampak bahwa isolat lokal E.coli O157:H7 mempunyai sifat biokemik yang bervariasi yaitu 3,33 2/60 bersifat tipikal SOR-,GUD- dan 96,67 mempunyai variasi fenotipik SOR-,GUD dan SOR ,GUD . Hasil serotyping dengan antiserum hiperimun tampak 100 bereaksi positif aglutinasi sedang dengan antiserum komersial latex O157 hanya isolat yang bersifat SOR- yang menunjukkan reaksi positif 31,67 . Semua isolat lokal E.coli O157:H7 tampak mempunyai gen spesifik penyandi faktor virulensi yaitu rfbE LPS O157 , fliCh7 flagella H7 , eaeA intimin , hlyA haemolysin , stx 1 Shiga toxin 1 dan stx 2 Shiga toxin 2 . Sebanyak 22 faga telah diisolasi dari 187 sampel dan diperoleh 10 isolat yang bersifat spesifik terhadap E.coli O157:H7. Selanjutnya dibedakan ke dalam 3 tipe yaitu T4, HK dan Lambda. FagaT4 adalah famili Myoviridae, faga HK dan Lambda adalah famili Siphoviridae. Faga T4 isolat Indonesia paling banyak mengidentifikasi isolat lokal E.coli O157:H7 yaitu 56,67 34/60 , faga HK mengidentifikasi 8.33 5/60 isolat lokal E.coli O157:H7 dan faga lambda hanya mengidentifikasi 3.33 2/60 isolat lokal E.coli O157:H7.Kesimpulan: Faga isolat lokal Indonesia T4, HK dan Lambda dapat digunakan untuk mengindentifikasi isolat E.coli O157:H7 asal Indonesia.

---

Background E. coli O157 H7 is one of foodborne disease bacteria which causes the high morbidity and mortality in humans. The main reservoir of this bacterial strain is cattle. Several methods have been used to detect the existence of E. coli O157 H7 in Indonesia but there is no specific identification method that can also be used as a natural agent to control E. coli O157 H7. Bacteriophage phage is a virus which infects specifically and is able to lyse bacteria. This study aimed to explore the Indonesian phage isolates which would be used for the specific identification of E. coli O157 H7.Method Sixty local isolates of E. coli O157 H7 characterized through biochemical, serological hyper immune antiserum and commercial and molecular Multiplex PCR method were used in this study. Samples for the phage isolation were retrieved from water in the river, water in the well, chicken slaughter house waste, cow feces, waste and water at cattle farms in Yogyakarta, Bogor, Cianjur and Bandung. Phage isolates were tested their specificity to E. coli O157 H7 and characterized by molecular method PCR and sequencing and morphological observation with Transmission Electron Microscope. Specific phages to E. coli O157 H7 were used for phage typing on 60 local isolates of E. coli O157 H7.Results This study showed that local isolates of E. coli O157 H7 had varied biochemical characteristics 3.33 2 60 were typical SOR , GUD and 96.67 had phenotypic variations SOR , GUD and SOR , GUD.Results of serotyping with hyper immune antiserum 100 reacted as positive agglutination, while with O157 commercial latex antiserum, only isolates having SOR characteristic showed positive reaction 31.67 . All local isolates of E. coli O157 H7 had specific virulence factor encoding genes namely rfbE LPS O157 , fliCh7 flagella H7 , eaeA intimin , hlyA haemolysin , stx 1 Shiga toxin 1 and stx 2 Shiga toxin 2 . Twenty two phages were isolated from 187 samples and obtained 10 isolates that specifically characterize to E. coli O157 H7. Further distinguished into three types T4, HK and Lambda. The T4 phage was family Myoviridae, HK and Lambda phage were family Siphoviridae. Indonesian isolates of T4 phage identified local isolates of E. coli O157 H7 at the highest percentage that was 56.67 34 60 , HK phage identified 8.33 5 60 local isolates of E. coli O157 H7 and lambda phage only identified 3.33 2 60 local isolates of E. coli O157 H7.Conclusion Phages of Indonesian local isolates T4, HK and Lambda could be used to identify E. coli O157 H7 isolates from Indonesia."

"Preliminary tests were conducted in the laboratory on four samples of fruit juices and all of them positively contaminated with Escherichia coli bacterium. The aims of this study is to determine the relationship between factors associated with Escherichia coli bacterial contamination in fruit juices which sold in Jalan Margonda Kota Depok. This study used cross-sectional design method and the number of sample are 37 samples. Data were collected through a laboratory test for bacterial contamination variables and observations for other variables.Laboratory test results showed that the positively fruit juice contaminated with the Escherichia coli bacterium is 19 fruit juices (51.4%). There is a significant relationship between the cleanliness of fruit with Escherichia coli bacterial contamination in fruit juice (p = 0.013, OR = 7.583). Hygiene cookware factors, sanitary wash water and drinking water, ice cubes sanitation, and hands washing before handling has no significant relationship with the Escherichia coli bacterium contamination on fruit juices.

---

Telah dilakukan uji pendahuluan di laboratorium pada empat sampel jus buah dan keempatnya positif terkontaminasi bakteri Escherichia coli. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara faktor-faktor yang berhubungan dengan kontaminasi bakteri Escherichia coli pada minuman jus buah yang dijual di Jalan Margonda Kota Depok. Penelitian ini menggunakan metode cross sectional dan jumlah sampel sebanyak 37 sampel. Data dikumpulkan melalui uji laboratorium untuk variabel kontaminasi bakteri dan observasi untuk varibel lainnya.Hasil uji laboratorium menunjukkan bahwa jus buah yang positif terkontaminasi bakteri Escherichia coli adalah sebanyak 19 jus buah (51,4%). Terdapat hubungan yang signifikan antara kebersihan buah dengan kontaminasi bakteri Escherichia coli pada jus buah (p=0,013, OR=7,583). Faktor kebersihan peralatan masak, sanitasi air bersih dan air minum, sanitasi es batu, dan mencuci tangan sebelum mengolah tidak memiliki hubungan yang signifikan dengan kontaminasi bakteri Escherichia coli pada jus buah."

"A total of 43 escherichia coli isolates were identifield from school street foods in Northern and Southern Jakarta....."

"Ketersediaan air bersih yang aman dan sehat menjadi tantangan utama dalam memastikan keberlanjutan kehidupan manusia dan ekosistem di sekitarnya. Penelitian ini mengangkat permasalahan kualitas air danau, khususnya Danau Mahoni di Kampus Depok Universitas Indonesia, yang terpapar oleh tingkat pencemaran bakteri Escherichia coli yang melebihi standar keamanan air. Melalui pemodelan sistem dinamis, penelitian ini bertujuan untuk menganalisis konsentrasi eksisting pencemaran bakteri E. Coli, menyimulasikan model dinamis konsentrasi bakteri, dan menyusun strategi intervensi untuk meningkatkan kualitas air danau tersebut. Metode pengambilan sampel air akan dilakukan berdasarkan SNI 9063:2022 dan pengujian sampel Bakteri E. Coli dilakukan menggunakan metode Total Plate Count dengan media Triptone Bile X-Glucuronida. Model akan disimulasikan menggunakan aplikasi Vensim PLE. Hasil pengujian laboratorium menunjukkan konsentrasi bakteri E. Coli pada Danau Mahoni berada pada rentang 1,0 x 103 hingga 1,003 x 105 CFU/100 ml. Hasil simulasi kondisi eksisting menunjukkan konsentrasi bakteri E. Coli pada Danau Mahoni pada rentang 2,05 x 102 hingga 1,9 x 105 CFU/100 ml dengan nilai validasi MAPE sebesar 7% untuk segmen 1 (kategori sangat baik), 13% untuk segmen 2 (kategori baik), dan 18% untuk segmen 3 dan masuk kedalam kategori baik. Terdapat dua strategi intervensi perbaikan kualitas pencemaran bakteri E. Coli yaitu dengan pembangunan IPAL dan pembuatan Disinfeksi Ultraviolet pada kedua kanal inlet danau.

---

The availability of clean and safe water presents a major challenge in ensuring the sustainability of human life and surrounding ecosystems. This research addresses the issue of water quality in lakes, particularly Lake Mahoni at the University of Indonesia's Depok Campus, which is exposed to levels of Escherichia coli (E. coli) bacteria pollution that exceed water safety standards. Through dynamic system modeling, this research aims to analyze the existing concentration of E. coli bacterial contamination, simulate a dynamic model of bacterial concentration, and develop intervention strategies to improve the water quality of the lak. Water sampling will be conducted according to SNI 9063:2022 standards, and E. coli bacteria testing will be performed using the Total Plate Count method with Triptone Bile X-Glucuronida media. The model will be simulated using the Vensim PLE application. Laboratory test results show that the concentration of E. Coli bacteria in Lake Mahoni is in the range of 1.0 x 103 to 1.003 x 105 CFU/100 ml. Simulation results of existing conditions show that the concentration of E. Coli bacteria in Lake Mahoni is in the range of 2.05 x 102 to 1.9 x 105 CFU/100 ml with MAPE validation values of 7% for segment 1(very good category), 13% for segment 2 (good category), and 18% for segment 3 and included in the good category. There are two intervention strategies to improve the quality of E. Coli bacterial contamination, namely by constructing an IPAL and constructing Ultraviolet Disinfection in the two inlet canals of Lake Mahoni."

"Enzim selulase digunakan secara luas dalam industri bioetanol, pulp dan kertas, tekstil, pakan dan deterjen, namun hampir 99% kebutuhan enzim domestik dipenuhi oleh impor. Salah satu biomassa lignoselulosa yang memiliki potensi tinggi produksi selulase adalah Tandan Kosong Sawit (TKS) karena kandungan selulosanya cukup tinggi, yaitu mencapai 41,3 46,5% (w/w). Metode konvensional untuk produksi enzim selulase adalah menggunakan jamur, namun diketahui bahwa bakteri juga dapat memproduksi enzim selulase dengan laju yang lebih cepat. Penelitian ini menggunakan simulasi perancangan pabrik serta perhitungan ekonomi produksi enzim selulase di Indonesia berbasis Tandan Kosong Sawit dengan simulasi menggunakan software SuperPro v9.0. Simulasi dilakukan sebagai estimator nilai kelayakan proses dan kelayakan pabrik. Data diambil dari literatur. Berdasarkan simulasi dan analisis dari softwarre SuperPro Designer 9.0 diperoleh, kapasitas produksi sebesar 1816 kg/batch akan menghasilkan nilai ROI, Payback Period, IRR dan NPV berturut turut sebesar 1056.34 %, 0,09 tahun, 278,2% dan US$ 31.413.708.000."

"Penelitian ini bertujuan untuk menguji kinerja kombinasi metode ozonasi dan kavitasi hidrodinamika dengan pelat berlubang dalam proses desinfeksi bakteri E.coli. Pada penelitian ini, dilakukan variasi dosis ozon, laju alir sirkulasi, dan metode disinfeksi. Ozon diproduksi menggunakan ozonator komersial dengan dosis ozon 64,83 mg/jam, 108,18 mg/jam, dan 135,04 mg/jam sementara kavitasi dibangkitkan menggunakan pelat berlubang. Metode desinfeksi yang akan divariasikan pada percobaan ini adalah: kavitasi hidrodinamika, ozonasi, dan gabungan keduanya. Hasil terbaik pada masing-masing metode didapatkan pada menit ke-60 dan laju alir sirkulasi 7 L/menit.Metode gabungan kavitasi dan ozonasi mampu mendesinfeksi hingga 0 CFU/mL dari konsentrasi awal 2,10 x 105 CFU/mL. Metode ozonasi tunggal mampu mendesinfeksi bakteri E.coli hingga 0 CFU/mL dari konsentrasi awal 1,32 x 105 CFU/mL selama 60 menit. Metode kavitasi hidrodinamik memberikan hasil penyisihan paling sedikit, yaitu 5,20 x 104 CFU/mL dari konsentrasi awal 2,17 x 105 CFU/mL. Disimpulkan bahwa metode kombinasi menghasilkan desinfeksi bakteri E.coli yang lebih cepat dan lebih baik dibandingkan metode tunggalnya.

---

This research aims to evaluate the performance of hybrid method of ozonation and hydrodynamic cavitation with orifice plate on E.coli bacteria disinfection. Ozone dose, circulation flowrate, and disinfection method were varied. Ozone was produced by commercial ozonators with ozone dose of 64,83 mg hour, 108,18 mg hour, and 135,04 mg hour. Meanwhile, hydrodynamic cavitation was generated using an orifice plate. The disinfection methods compared in this research are hydrodynamic cavitation, ozonation, and the combination of both. The best result on each method was achieved on the 60th minutes and with a circulation flowrate of 7 L min.

The hybrid method attained final concentration of 0 CFU mL from the initial concentration of 2,10 x 105 CFU mL. The ozonation method attained final concentration of 0 CFU mL from the initial concentration of 1,32 x 105 CFU mL. Cavitation method gives the least elimination with final concentration of 5,20 x 104 CFU mL from the initial concentration of 2,17 x 105 CFU mL. In conclusion, hybrid method gives a faster and better disinfection of E.coli than each method on its own."