Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

Hasil Pencarian

Ditemukan 150206 dokumen yang sesuai dengan query
cover
Teni Ernawati
"Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengamati interaksi molekular antara alfa glukosidase dari Saccharomyces cerevisiae dengan senyawa turunan sinamamid yang disintesis dari asam sinamat. Dalam penelitian ini, senyawa turunan sinamamid disintesis dan dievaluasi untuk penghambatan alfa glukosidase. Struktur senyawa yang disintesis diidentifkasi dengan IR, H-NMR, C-NMR dan Mass Spektral. Semua senyawa turunan sinamamid menunjukkan penghambatan potensial yang lebih unggul dari bahan awal. Tiga belas senyawa turunan sinamamid menunjukkan aktivitas alfa glukosidase dengan nilai IC50 0,71-4,0 mM dengan standar 1-deoksinojirimisin dan akarbosa IC50 =0,97 mM dan IC50=1,78 mM . Studi molecular docking dilakukan untuk mengeksplorasi interaksi pengikatan kandidat turunan sinamamid dengan enzim alfa glukosidase.

The aim of this study was to observe molecular interactions between alpha glucosidase from Saccharomyces cerevisiae with cinamamide derivatives which were synthesized by amidation of cinnamic acid. In this study, a series cinamamide derivatives was synthesized and evaluated for alpha glucosidase inhibitory. The structure of synthesized compounds were characterized by IR, H NMR, C NMR and Mass Spectral analysis. All compound cinamamide derivatives showed a potent inhibition superior to the starting material. Thirteen compounds showed alpha glucosidase activity with IC50 value of 0.71 4.02 mM with the standard 1 deoxynojirimycin and acarbose IC50 0,97 mM and IC50 1.78 mM, respectively . Molecular docking studies were carried out to explore the binding interactions of cinnamamide derivative candidates with enzyme alpha glucosidase."
Depok: Universitas Indonesia, 2017
D2378
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Fadilah
"Senyawa turunan eugenol diduga dapat menginhibisi Bcl-2 pada sel kanker kolorektal HT29. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh senyawa baru turunan eugenol yang dapat menghambat sel kanker kolorektal HT29 secara in vitro dan menurunkan ekspresi Bcl-2 pada mencit yang mengalami pre-klamsia terhadap kolon secara in vivo. Penelitian ini diawali dengan melakukan desain senyawa turunan secara in silico. Hasil senyawa hit disintesis di laboratorium. Uji secara in vitro, uji apoptosis dan uji in vivo dilakukan berturut-turut pada hasil senyawa sintesis. Hasil in silico, dari skrining secara farmakofor dengan rancangan acak lengkap menggunakan 220 senyawa desain. Berdasarkan fitur farmakofor dengan cut off 5 fitur dihasilkan 23 senyawa. Hasil skrining farmakofor dilakukan docking menghasilkan delapan senyawa yaitu senyawa 4 rsquo;- 2-kloro-3-hidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 57, 4 rsquo;- 2-kloro-3-hidroksi-propil -2 rsquo;-hidroksifenil 2-hidroksibenzoat 167, S -4 rsquo;- 2,3-dihidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 59, R -4 rsquo;- 2,3-dihidroksipropil -2 rsquo;-metoksifenil 2-hidroksibenzoat 60, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 4-amino-2-hidroksibenzoat 71, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-hidroksifenil 4-amino-2-hidroksibenzoat 181, 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 3,4,5-trihidroksibenzoat 86 dan 4 rsquo;-alil-2 rsquo;-metoksifenil 3,5-diihidroksi-4-metoksibenzoat 91 dengan energi ikatan lebih negatif dari standar. Delapan senyawa hasil skrining disintesis melalui reaksi esterifikasi, adisi halogen, hidroksilasi dan demetilasi. Hasil sintesis diuji aktivitas penghambatannya secara in vitro terhadap sel HT29 kanker kolon. Aktivitas penghambatan terhadap sel HT29 menunjukkan nilai IC50 antara 82.98 g/mL - 8.455 g/mL. Nilai IC50 tersebut lebih negatif dibandingkan senyawa penuntun eugenol. Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas terhadap sel line HT29 menghasilkan persamaan Log 1/IC50 = -0.865-0.210 LogP 2 1.264 logP -0.994CMR n=10; r=0.706; SE:0.21; F=0.497, sig=7.86 . Persamaan menunjukkan variabel log P dan CMR berpengaruh terhadap IC50. Sifat hidrofobisitas log P lebih berperan dibandingkan dengan sifat sterik CMR . Hasil uji in vivo terhadap mencit Mus musculus menunjukkan senyawa turunan 59 memiliki nilai HE dan IHK mendekati kontrol positif. Peningkatan dosis pemberian menyebabkan peningkatan degradasi Bcl-2 pada jaringan mendekati kontrol normal. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa baru turunan eugenol 59 yang diperoleh dapat menghambat kanker kolorektal secara in vitro dan in vivo.

Compounds derived from eugenol are thought to inhibit Bcl 2 in HT29 colorectal cancer cells. The aim of this study was to obtain new compounds of eugenol derivatives that could inhibit in HT29 cell invitro test and decrease of Bcl 2 expression in mice pre clammed on colon with invivo test. This research begins by designing in silico derivative compounds. The result of the hit compound is synthesized in the laboratory. In vitro tests, apoptotic test and in vivo test were performed successively on the result of the synthesis compound. In silico yield, from a complete randomized pharmacophore screening using 220 design compounds. Based on the pharmacophore features with cut off 5 features produced 23 compounds. The results of pharmacophore screening conducted docking which yielded eight compounds of compound 4 rsquo 2 chloro 3 hydroxypropyl 2 rsquo metohoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 57, 4 rsquo 2 chloro 3 hidroxy propyl 2 rsquo hydroxyphenyl 2 hydroxybenzoat 167, S 4 rsquo 2,3 dihydroxypropyl 2 rsquo methoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 59, R 4 rsquo 2,3 dihydroxypropyl 2 rsquo methoxyphenyl 2 hydroxybenzoat 60, 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 4 amino 2 hydroxybenzoat 71, 4 rsquo allyl 2 rsquo hydroxyphenyl 4 amino 2 hydroxybenzoat 181, 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 3,4,5 trihydroxybenzoat 86 dan 4 rsquo allyl 2 rsquo methoxyphenyl 3,5 dihydroxy 4 methoxybenzoat 91 with energy binding more negative than standard. The eight compounds of the screening are synthesized by esterification reaction, addition with halogen, hydroxylation. And demetylation The synthesis results were tested in vitro inhibitory activity against HT29 colon cancer cells. The inhibitory activity against HT29 cells shows an IC50 value between 82.98 g mL 8,455 g mL. The value of IC50 is better than the eugenol guiding compound. Quantitative Relation of Structure Activity against cell line HT29 with equation Log 1 IC50 0.865 0.210 LogP 2 1.264 logP 0.994CMR n 10 r 0.706 SE 0.21 F 0.497, sig 7.86 . This equation showed that log P and CMR have effect with IC50. Hydrophobicity log P more of effect compared than steric parameters CMR . In vivo test of Mus musculus that showed compound derivative 59 based on HE and IHK values approaching positive control. Increased dosage of administration leads to an increase in Bcl 2 degradation in tissues near normal control. The results showed that the new compound derived eugenol 59 obtained can inhibit colorectal cancer in vitro and in vivo."
Depok: Universitas Indonesia, 2018
D2383
UI - Disertasi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Windraseptamadya Asrah
"Demam dengue adalah salah satu jenis demam yang umum terdapat pada negara beriklim tropis. Demam ini disebabkan oleh virus dengue (DENV) yang disebarkan oleh nyamuk Aedes aegypti atau Aedes albopictus yang umumnya bereproduksi di iklim tropis serta dapat berubah menjadi demam berdarah dengue (DBD) apabila penderita tidak dirawat dengan tepat yang dapat berakibat fatal. DENV melakukan replikasi di dalam retikulum endoplasma dari sel manusia dengan bantuan enzim ?-Glucosidase yang dapat diinhibisi dengan menggunakan senyawa berbasis iminosakarida yang mengakibatkan DENV mengalami misfold dan terdegradasi. Ligan standar dan modifikasi telah dilakukan studi ADMET dan RO5 sebelum dilakukan docking dengan protein. Ligan modifikasi tersebut adalah senyawa organoboron yang berbasis terhadap 1-deoxynojirimycin yang meningkatkan energi ikatan bebas pada kompleks protein-ligan yang terbentuk jika dibandingkan dengan senyawa yang tidak termodifikasi. Dari sepuluh ligan modifikasi, ligan nomor dua dan tiga memiliki interaksi terbaik dengan ?-Glucosidase I dan II secara berturut-turut dengan sebesar -8,622 kkal/mol dan -8,858 kkal/mol secara berturut-turut.

Dengue fever is a type of fever that is commonly found in tropical countries. It is caused by dengue virus (DENV) that transmitted by Aedes aegypti or Aedes albopictus mosquitos that mostly reproduces in tropical climates, that can develop into more severe and fatal disease called dengue hemorrhagic fever. DENV can replicate inside endoplasmic reticulum of human cells with the help of ?-Glucosidase enzymes, which can be inhibited using iminosaccharide based drug, that could lead to DENV degradation due to misfolded protein. Standard and modified ligand underwent ADMET and RO5 analysis before being prepared alongside with protein to be docked. The modified ligand is an organoboron compound based on 1-deoxynojirimycin that increases binding free energy on formed ligand-protein complex compared to non-modified compound. From ten modified ligands, ligand number two and three had the best interaction with ?-Glucosidase I and II respectively with of -8.622 kcal/mol and -8.858 kcal/mol respectively."
Depok: Fakultas Matematika Dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Wahyu Fitriana
"ABSTRAK
Malaria menjadi masalah kesehatan global utama dengan angka kejadian kemoresistensi yang tinggi, sedangkan ketersediaan obat yang efektif terbatas. Hal tersebut mendasari pentingnya pengembangan obat antimalaria baru. Pendekatan berbasis struktur digunakan untuk merancang analog triklosan dengan target enzim Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase (PfENR). Gugus fenol disubstitusi dengan gugus metoksi, serta gugus Cl di posisi 2? cincin B dimodifikasi menjadi gugus 2,3-dihidroksi-propionamida. Penambahan dua gugus hidroksi pada cincin B menggunakan metode dihidroksilasi asimetrik Sharpless dengan ligan kiral (DHQ)2PHAL dan (DHQD)2PHAL menghasilkan dua produk analog triklosan sebagai campuran enansiomer. Interaksi molekuler analog triklosan terhadap PfENR ditentukan dengan AutoDock. Campuran enansiomer yang dihasilkan dari ligan kiral (DHQ)2PHAL memiliki rotasi spesifik (+) 0,0833, sedangkan campuran enansiomer yang dihasilkan dari ligan kiral (DHQD)2PHAL memiliki rotasi spesifik (-) 0,0678. Nilai IC50 kedua analog triklosan ditentukan terhadap galur sensitif klorokuin, 3D7. Jumlah parasit dihitung secara mikrokopis melalui apusan darah tipis yang diwarnai Giemsa. Nilai IC50 ditentukan dengan membandingkan parasitemia senyawa uji dengan kontrol yang dianggap memiliki pertumbuhan 100%. Aktivitas antimalaria campuran enansiomer yang dihasilkan dengan (DHQ)2PHAL dan dengan (DHQD)2PHAL memperlihatkan aktivitas yang lebih poten dibandingkan triklosan (IC50 2,72 x 10-2 M), dengan IC50 berturut-turut 3,38 x 10-5 M dan 2,82 x 10-5 M.

ABSTRACT
Malaria is a major global public health problem that alarming spread of drug resistance and limited number of effective drugs. That reason underline how important it is to discover new antimalarial drug. A structure-based approach has been taken to develop substituted analogs of triclosan that target the key malarial enzyme Plasmodium falciparum enoyl acyl carrier protein reductase (PfENR). The phenol moiety was chemically substituted with methoxy group, and Cl group at posistion 2? in ring B also modified with 2,3-dihydroxy-propionamide group. Sharpless asymmetric dihydroxylation with chiral ligand (DHQ)2PHAL and (DHQD)2PHAL is used to introduce two hydroxyl groups into the ring B to give two analogs of triclosan as enantiomer mixture. The binding energies of two analogs for PfENR were determined using Autodock. The enantiomer mixture generated by chiral ligand (DHQ)2PHAL showed specific rotation of (+) 0,0833, while enantiomer mixture resulted from chiral ligand (DHQD)2PHAL have (-) 0,0678 of specific rotation. The IC50 of two analogs of triclosan were determined against Plasmodium falciparum chloroquin-sensitive strain, 3D7. The number of parasites on thin Giemsa stained smears was calculated microscopically. IC50 determined by comparing paracitemia parasite growth in the presence of compound with that of control without compound. The analog compounds, enantiomer mixture resulted by either (DHQ)2PHAL or (DHQD)2PHAL showed a higher antimalarial activity than triclosan (IC50 2,72 x 10-2 M), with IC50 3,38 x 10-5 M and 2,82 x 10-5 M, respectively."
2013
T32920
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Andrei Bernadette
"Virus Ebola (EBOV) adalah salah satu virus paling mematikan di dunia yang memiliki virus wabah pada tahun 2014 di Afrika Barat. Ada lima jenis virus Ebola, Zaire (ZEBOV), Sudan (SEBOV), Pantai Gading (CEBOV), dan Bundibugyo (BEBOV). Virus ini sudah terbunuh sekitar 11.310 hidup dari 28.616 kasus, dan sampai sekarang tidak ada antivirus untuk EBOV. Salah satunya protein potensial yang bisa dihambat adalah Nucleoprotein (NP). EBOV NP ini memiliki fungsi sebagai replikasi virus dan perancah untuk protein virus tambahan. Dengan menghambat virus ini, itu dapat memotong replikasi RNA dan mengakhiri siklus hidup virus EBOV. Dari sebelumnya penelitian, Fu et al, menyatakan bahwa EBOV NP dapat disisipkan dengan asam 18β-glycyrrhetinic dan licochalcone A. Dalam penelitian ini, kami menggunakan modifikasi asam 18β-glycyrrhetinic dan licochalcone A menggunakan metode farmakofor untuk menghambat EBOV NP dan membandingkan yang terbaik ADMET mencetak skor untuk mendapatkan ligan baru sebagai penghambat nukleoprotein. Penelitian ini menggunakan MOE (Lingkungan Operasi Molekuler) 2014.09 dan DataWarrior v4.7.3. Ini dimodifikasi ligan ingin memiliki hasil yang lebih baik daripada ligan standar. Dalam penelitian ini, dimodifikasi senyawa 541 dari asam 18β-glycyrrhetinic dan senyawa termodifikasi 207 dari licochalcone A dipilih sebagai antivirus EBOV.

The Ebola Virus (EBOV) is one of the deadliest viruses in the world that had an outbreak virus in 2014 in West Africa. There are five types of Ebola viruses, Zaire (ZEBOV), Sudan (SEBOV), Ivory Coast (CEBOV), and Bundibugyo (BEBOV). This virus has been killed around 11,310 lives out of 28,616 cases, and until now there is no antivirus for EBOV. One of the potential proteins that can be inhibited is Nucleoprotein (NP). This EBOV NP has a function as a viral replication and scaffold for additional viral proteins. By inhibiting this virus, that can cut RNA replication and end the life cycle of the EBOV virus. From previous studies, Fu et al. Stated that EBOV NP can be inserted with 18β-glycyrrhetinic acid and
licochalcone A. In this study, we used a modification of 18β-glycyrrhetinic acid and licochalcone A used a pharmacophore method to inhibit EBOV NP and compared the best ADMET score to get a new ligand as a nucleoprotein inhibitor. This research uses MOE (Molecular Operating Environment) 2014.09 and DataWarrior v4.7.3. This modified ligand wants to have better results than standard ligands. In this study, it was modified compound 541 from 18β-glycyrrhetinic acid and 207 modified compound from licochalcone A selected as an EBOV antivirus.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2019
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Novrina Ariij Aisyti
"Salah satu perkembangan menarik dalam pengobatan kanker adalah target terapi kanker, yaitu pemberian obat yang ditargetkan secara molekuler untuk menginhibisi protein onkogenik tirosin kinase. Tirosin kinase adalah enzim kinase yang berperan dalam proses seluler seperti pertumbuhan, diferensiasi, migrasi, dan apoptosis sebuah sel. Mutasi atau ekspresi berlebih dari tirosin kinase dapat mengakibatkan perubahan fungsi seluler tirosin kinase yang memicu pembentukan sel tumor dan kanker, sehingga inhibisi dari protein tersebut dapat memperlambat proliferasi dan angiogenesis dari sel kanker. Pada penelitian ini, permodelan secara in silico digunakan untuk mengetahui aktivitas inhibisi senyawa propolis yang berasal dari lebah tak bersengat Tetragonula biroi aff. Indonesia pada target protein tirosin kinase penyebab non-small cell lung cancer (NSCLC), kanker payudara, dan leukemia myeloid. 18 senyawa uji propolis yang memiliki potensi antikanker diujikan sebagai inhibitor untuk menghambat aktivitas protein Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK), Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2), dan Brutons Tyrosine Kinase (BTK) penyebab NSCLC, kanker payudara, dan leukemia myeloid secara berturut-turut. Penambatan dikomputasikan menggunakan AutoDock Vina®, dengan LigPlot+ dan PyMOL untuk memvisualisasikan interaksi molekuler antara kompleks inhibitor-protein yang dihasilkan. Hasil menunjukkan bahwa kurarinon adalah inhibitor yang paling kuat terhadap ALK dengan skor -8,8 kkal/mol, yang berinteraksi dengan Met1199 sebagai residu utama untuk menghambat ALK. Sementara itu macarangin memiliki skor penambatan tertinggi untuk target HER2 dengan nilai sebesar -11,3 kkal/mol, dan Derrubone sebagai inhibitor paling kuat untuk BTK dengan skor -9,4 kkal/mol. Maka dari itu, studi ini menunjukkan bahwa kurarinon berpotensi untuk menjadi inhibitor ALK, dengan macarangin berpotensi sebagai inhibitor HER2, dan derrubone berpotensi untuk menjadi inhibitor BTK sehingga ketiga senyawa tersebut dapat diteliti dan dievaluasi lebih lanjut untuk studi in-vitro dan in-vivo sebagai novel inhibitor ALK, HER2, dan BTK.

 


One of the interesting developments in cancer treatment is the use of cancer targeted therapy, a molecular targeted drugs that are given to inhibit the oncogenic protein of tyrosine kinases. The tyrosine kinases is a group of kinase enzyme that plays a role in cellular processes such as cell growth, differentiation, migration, and apoptosis. Mutation or overexpression of tyrosine kinases can result in disruption of tyrosine kinase cellular function which triggers the formation of tumor and cancerous cells, where the inhibition of these proteins can slow down the proliferation and angiogenesis of cancer cells. In this study, in-silico modeling was used to determine the inhibitory activity of propolis compounds derived from Indonesian Tetragonula biroi aff. targeting tyrosine kinase protein that causes non-small cell lung cancer (NSCLC), breast cancer, and myeloid leukemia. 18 propolis compounds that have anticancer potential are tested as inhibitors to block the activity of Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK), Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2), and Bruton's Tyrosine Kinase (BTK) protein that causes NSCLC, breast cancer, and myeloid leukemia respectively. Docking was computed using AutoDock Vina®, with LigPlot+ and PyMOL to visualize molecular interactions between the resulting inhibitor-protein complex. The result show that kurarinone is the most potent inhibitor towards ALK with a score -8,8 kcal/mol, interacting with Met1199 as a key residues for inhibiting ALK. Meanwhile macarangin has the highest docking score for HER2 target resulting in -11,3 kcal/mol, and derrubone as the most potent inhibitor for BTK with a score of -9,4 kcal/mol. This study suggest that kurarinone has the potential as ALK inhibitor, with macarangin has the potential to inhibit HER2, and derrubone has the potential as BTK inhibitor so that the three compounds can be further investigated and evaluated for in-vitro and in-vivo studies as novel ALK, HER2, and BTK inhibitors.

"

Depok: Fakultas Teknik Universitas Indonesia, 2020
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Laurentio Daniel Caesar Perdana Putra
"Hipertensi adalah penyakit dengan prevalensi yang tinggi, terutama pada kelompok lanjut usia. Obat golongan calcium channel blocker (CCB) kelompok dihidropiridin merupakan salah satu obat lini pertama dalam pengobatan hipertensi yang telah terbukti baik dari sisi efikasi dan keamanannya. Namun, efek samping yang dihasilkan adalah refleks takiaritmia sehingga dikembangkan CCB dihidropiridin generasi keempat seperti cilnidipine bertujuan untuk mengurangi efek samping ini dengan mekanisme kerja pada dua lokasi, yaitu menghambat kanal kalsium tipe L dan tipe N sehingga dapat dirancang analog-analog senyawa baru berdasarkan cilnidipine. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh prediksi potensi dari beberapa senyawa yang dirancang berdasarkan analog dari cilnidipine dan memperoleh salah satunya, yaitu senyawa dibenzil 4-(3-klorofenil)-2,6-dimetil-1,4-dihidropiridin-3,5-dikarboksilat melalui proses sintesis serta hasil uji karaterisasi. Penelitian ini diawali dengan penambatan molekuler senyawa target terhadap makromolekul tipe-L (6JP5) dan tipe-N (7VFW) dengan hasil energi bebas ikatan (ΔG) dan konstanta inhibisi (Ki) yang lebih baik dibandingkan cilnidipine pada kedua makromolekul. Senyawa target kemudian disintesis menggunakan microwave dalam pelarut etanol. Hasil sintesis dimurnikan menggunakan kromatografi lapis tipis preparatif dan diperoleh rendemen sebesar 1,02%. Elusidasi struktur dilakukan terhadap senyawa target dan diperoleh senyawa target dengan nama IUPAC dibenzil 4-(3-klorofenil)-2,6-dimetil-1,4-dihidropiridin-3,5-dikarboksilat yang telah dikonfirmasi dengan spektroskopi IR, 1H-NMR,13C-NMR, dan LC–MS/MS.

Hypertension is a disease with a high prevalence, especially in the elderly. The dihydropyridine group of calcium channel blocker (CCB) is one of the first-line drugs in the treatment of hypertension which has been proven in terms of efficacy and safety. However, the resulting side effect is tachyarrhythmia reflex, so the fourth generation of dihydropyridine CCBs such as cilnidipine was developed. The aim is to reduce this side effect by acting at two locations, by inhibiting type L and type N calcium channels so that new analogue compounds based on cilnidipine can be designed. This study aims to obtain potential predictions of several compounds designed based on analogues of cilnidipine and to obtain one of them, namely dibenzyl 4-(3-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate through synthesis process and characterization. This research was initiated by molecular docking of target compound to macromolecules of type-L (6JP5) and type-N (7VFW) with better bond free energy (ΔG) and inhibition constant (Ki) results than cilnidipine in both macromolecules. The target compound was then synthesized using a microwave in ethanol solvent. The synthesis results were purified using preparative thin layer chromatography with a yield of 1.02%. Structural elucidation was carried out on the target compound and the target compound with IUPAC name dibenzyl 4-(3-chlorophenyl)-2,6-dimethyl-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate was obtained which was confirmed by IR spectroscopy, 1H-NMR, 13C-NMR, and LC–MS/MS."
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2023
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Dina Rahma Fadlilah
"Kanker serviks adalah penyakit atau ketidaknormalan epigenetik yang disebabkan oleh Human papillomavirus (HPV). Ketidaknormalan epigenetik yang dimaksudkan dan berkaitan dengan penyakit ini adalah ketidaknormalan histon deasetilase (HDAC). Kemoterapi merupakan tindakan pengobatan yang bertujuan untuk memperpanjang umur dan memperbaiki kualitas hidup. Inhibitor HDAC merupakan agen terapi yang paling menjanjikan. Oleh karena itu, pengembangan HDAC menjadi area penelitian yang menarik. Pada penelitian ini, SAHA dimodifikasi dengan menggunakan senyawa berbasis organotitanium. Pada penelitian ini, sebanyak ± 1900 senyawa (ligan) telah dirancang dan ditapis melalui simulasi molecular docking. Ligan yang memiliki nilai ΔGbinding terendah dari molecular docking, dianalisis karakter farmakologinya dengan menggunakan beberapa perangkat lunak (software). Beberapa proses tapisan tersebut menghasilkan satu ligan terbaik, yaitu Ti2vm5-4s1r5. Ligan terbaik tersebut kemudian dianalisis melalui simulasi dinamika molekul untuk melihat kestabilannya membentuk kompleks dengan enzim. Kurva RMSD dari simulasi dinamika molekul, menunjukkan bahwa Ti2vm5-4s1r5 stabil dalam kompleks enzim. Berdasarkan hasil tersebut, maka Ti2vm5-4s1r5 dapat menjadi inhibitor HDAC kelas II Homo sapiens yang potensial.

Cervical cancer is an epigenetic disease or abnormality caused by Human papillomavirus (HPV). Abnormal expression of histone deacetylases (HDACs) has been linked with it. To date, chemotherapy is a palliative treatment aimed at prolonging survival and improving quality of life. HDAC inhibitor is the most promising chemotherapy agent. Therefore, the development of HDAC inhibitors has become an interesting research area. In this research, SAHA was modified by utilizing organotitanium-based compounds. Approximately 1900 compounds has been designed and all of them were screened according to ΔGbinding result from molecular docking simulation. The pharmacological characters of potential ligands with the lowest ΔGbinding were then analyzed using several softwares. This multistep screening process generated one best ligand, Ti2vm5-4s1r5, which was further studied by means of molecular dynamics simulation. The analyses of molecular dynamics simulation revealed that Ti2vm5-4s1r5 stable in complex with each enzyme. So, Ti2vm5-4s1r5 can be potent inhibitor of histone deacetylase class II Homo sapiens.
"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2014
T42586
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Kevin Kurniawan
"Dengue adalah penyakit akut yang disebabkan oleh virus RNA yang termasuk dalam keluarga Flaviviridae. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi secara in silico senyawa bahan alam Isoflavon sebagai inhibitor protein NS5 pada virus DENV serotipe 1–4, menganalisis interaksi antara protein NS5 dengan ligan senyawa bahan alam, dan menjelaskan proses farmakokinetika yang meliputi Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, dan Ekskresi (ADME) maupun toksisitas pada ligan senyawa bahan alam. Struktur 3-Dimensi protease diperoleh dari situs Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB) dan ligan senyawa Isoflavon dari situs PubChem. Penapisan sifat obat terhadap ligan dilakukan melalui perangkat lunak OSIRIS DataWarrior. Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan protokol rigid dan induced fit docking terhadap protein NS5 menggunakan perangkat lunak Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09. Analisis terhadap sifat ADME dan toksisitas obat dilakukan pada perangkat OSIRIS DataWarrior serta situs pkCSM dan SwissADME. Hasil penelitian ini membuktikan bahwa senyawa bahan alam isoflavonoid memiliki potensi untuk menginhibisi protein NS5 DENV berdasarkan nilai ∆Gbinding dan RMSD. Interaksi yang terjadi adalah interaksi ikatan hidrogen dan interaksi cincin aromatik dengan hidrogen. Didapatkan senyawa- senyawa dengan substance identifier (SID) 11655056, 14185735, 6708635, dan 5464170 yang memiliki nilai ∆Gbinding rendah, nilai RMSD di bawah 2 Å, serta sifat farmakokinetik dan kimia medisinal yang baik, dan dianggap dapat berperan sebagai kandidat obat DENV serotipe 1–4 yang baik.


Dengue is an acute disease caused by an RNA virus belonging to the Flaviviridae family. The aim of this study is to identify natural compound isoflavone as an in silico inhibitor of the NS5 protein in DENV serotypes 1–4, analyze the interactions between the NS5 protein and isoflavone compound ligands, and elucidate the pharmacokinetic processes, including Absorption, Distribution, Metabolism, and Excretion (ADME), as well as toxicity of the natural compound ligands. The 3-dimensional structure of the protease was obtained from the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bank (RSCB PDB), and isoflavone compound ligands were sourced from PubChem. Drug property screening against the ligands was conducted using OSIRIS DataWarrior software. Molecular docking simulations were performed using rigid and induced fit docking protocols on the NS5 protease using Molecular Operating Environment (MOE) 2014.09 software. Analysis of drug ADME properties and toxicity was carried out using OSIRIS DataWarrior as well as pkCSM and SwissADME websites. The results of this study prove that the natural compound of Isoflavonoids have the potential to inhibit the DENV NS5 protein based on its ∆Gbinding and RMSD values. The interactions that occur are hydrogen bond interactions and aromatic ring interactions with hydrogen. Compounds with substance identifier (SID) 11655056, 14185735, 6708635, dan 5464170 with low ∆Gbinding values, RMSD values below 2 Å, as well as good pharmacokinetic and medicinal chemistry properties were considered as good DENV serotypes 1–4 drug candidate.

"
Depok: Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Indonesia, 2024
S-pdf
UI - Skripsi Membership  Universitas Indonesia Library
cover
Wening Lestari
"Diabetes melitus tipe 2 dapat dikontrol dengan menghambat kerja enzim α-glukosidase. Sulokrin merupakan salah satu senyawa yang mempunyai potensi sebagai penghambat α-glukosidase. Senyawa sulokrin-I dan sulokrin-125I telah disintesa serta dipelajari ikatannya dengan metode Radioligand Binding Assay (RBA) dan penambatan molekuler. Sulokrin-I disintesa dengan rumus molekul C17H15O7I dan berat molekul 457,9940. Senyawa sulokrin-125I disintesa dari sulokrin-I menggunakan metode pertukaran isotop. Sulokrin-125I diperoleh dengan kemurnian radiokimia sebesar 82,3%. Dari hasil pengujian dengan metode RBA diperoleh Kd dan Bmax secara berturut turut 83,33 pM dan 1,2 x 10-6 pmol/mg reseptor. Penambatan molekuler sulokrin-I dilakukan terhadap α-glukosidase Saccharomyces cerevisiae dan α-glukosidase manusia. Sulokrin-I yang digunakan dalam proses penambatan molekuler adalah metil 2-(2,6-dihidroksi-3-iodo-4-metilbenzoil)-5-hidroksi-3-metoksibenzoat [A] dan metil 2-(2,6-dihidroksi-5-iodo-4-metilbenzoil)-5-hidroksi-3-metoksibenzoat [B]. Model senyawa A dan B berinteraksi dengan α-glukosidase Saccharomyces cerevisiae melalui pembentukan ikatan hidrogen dengan residu Arg213, Asp215, Glu277, Asp352. Nilai ΔG dan Ki yang diperoleh adalah -6,71 kkal/mol dan 12,03 µM untuk senyawa A, -5,82 kkal/mol dan 54,39 µM untuk senyawa B. Interaksi senyawa A, senyawa B dengan α-glukosidase manusia menghasilkan ΔG dan Ki sebesar -6,81 kkal/mol dan 10,3 µM untuk senyawa A, senyawa B mempunyai ΔG dan Ki sebesar -6,27 kkal/mol dan 25,4 µM.;Treatment type 2 diabetes melitus can be done by inhibiting α-glucosidase.

Sulochrin is one of the potential α-glucosidase inhibitor compound. Sulochrin-I and sulochrin-125I were synthesized and their binding were studied using Radioligand Binding Assay and molecular docking method. Sulochrin-I has been synthesized with molecular formula C17H15O7I and molecular weight 457.9940. Sulochrin-125I was synthesized from sulochrin-I by isotope exchange method. sulochrin-125I radiochemical purity was 82.3%. From the RBA method, Kd and Bmax were obtained 83.33 pM and 1.2 x 10-6 pmol / mg receptor respectively. Molecular docking of sulochrin-I was done in two macromolecules, Saccharomyces cerevisiae α-glucosidase and human α-glucosidase. Two ligands were used in this research, they are methyl 2 - (2,6-dihydroxy-3-iodo-4-methylbenzoil)-5-hydroxy-3-methoxibenzoate [A] and methyl 2 - (2,6-dihydroxy-5-iodo-4-methylbenzoil)-5-hydroxy-3-methoxybenzoat [B]. Compound A and B showed interaction with Saccharomyces cerevisiae α-glucosidase and showed hydrogen bound with Arg213, Asp215, Glu277, Asp352. ΔG and Ki values for compound A are -6.71 kcal / mol and 12.03 µM, whereas for compound B are - 5.82 kcal/mol and 54.39 µM respectively. Interaction study with human α-glucosidase gave ΔG -6.81 kcal/mol and Ki 10.3 µM for compound A, whereas compound B gave ΔG and Ki -6.27 kcal/mol and 25.4 µM respectively.
"
Depok: Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, 2013
T35070
UI - Tesis Membership  Universitas Indonesia Library
<<   1 2 3 4 5 6 7 8 9 10   >>