Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Integrasi data gene expression dan DNA copy number berbasis kernel digunakan untuk menganalisis pola gen pada penyakit kanker payudara cell line. Clustering pada data integrasi dilakukan tanpa adanya informasi jumlah k cluster, teknik ini disebut fully unsupervised clustering. Pada penelitian ini, intelligent kernel K-Means dikembangkan dengan menggabungkan teknik intelligent K-Means dan kernel K-Means. Berdasarkan hasil eksperimen, nilai pada kernel RBF mempengaruhi jumlah cluster yang ditemukan. Hasil clustering dievaluasi menggunakan nilai R, global silhouette, indeks Davies-Bouldien, akurasi LS-SVM dan visualisasi. Hasil esperimen terbaik yaitu 3 cluster yang memperoleh akurasi LS-SVM sebesar 97.3% dengan standar deviasi 0.2%.

---

In this thesis, kernel based data integration of gene expression and DNA copy number would be utilized to analyze pattern of genes in breast cancer cell line. The cluster analysis on the integrated data will be conducted with has no prior information with regards the number of k clusters which is called fully unsupervised clustering technique. In this work, intelligent kernel K-Means is proposed by combining intelligent K-Means and kernel K-Means. From the experiments, the value of of Radial Basis Function (RBF) has important role for finding the optimal of number of cluster. The clusters those to be found will be evaluated based on global silhouette, Davies-Bouldien Index, LS-SVM accuracy and visualization. The experiment result show that three clusters are successfully to be found. Those clusters produce average accuracy of LS-SVM around 97.3 % with standard deviation 0.2 %."

"Merupakan sebuah roman karya Robert Payne tentang kisah cinta yang terjadi di Borneo (sekarang Kalimantan)."

"Tesis ini membahas tentang pengembangan Pasar Tradisional di Entikong yang dilakukan oleh Pemerintah Daerah Kabupaten Sanggau. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan jenis penelitian deskriptif. Hasil penelitian ini menujukkan bahwa tidak berkembanganya Pasar Tradisional di Entikong disebabkan oleh implementasi kebijakan pengembangan Pasar Tradisional yang dilakukan oleh aparatur Pemerintah Daerah tidak berjalan optimal serta lemahnya manajemen pengelolaan pasar yang diterapkan oleh Dinas Perdagangan dan pengelola pasar. Terdapat beberapa faktor yang membuat pasar menjadi tidak berkembang, seperti kurangnya kunjungan pembeli di pasar, minimnya keuntungan yang diperoleh pedagang, besarnya kenaikan tarif retribusi penyewaan kios, kondisi lingkungan pasar yang tidak kondusif dan banyaknya sarana fisik pasar yang rusak.

---

This thesis discuss about the development of Traditional Market in Entikong by local government Sanggau regency. The research used a qualitative approach to the type of descriptive study research. The result of this study show that the undeveloped of traditional market in Entikong caused by the implementation of development traditional market policy by local government employer doesn?t run optimally and weak managing that applied by department of trade and market organizer. There are several factor that make market become undeveloped, such as the less of buyers come to the market, the less of profit that merchant can get, the increase of retribution shop rent fee, the condition of market area that unsupported and a lot of market facility that out of order."

"Distribusi Beta-Pareto merupakan distribusi kontinu yang dapat memodelkan data yang unimodal dan heavy-tailed. Distribusi Beta-Pareto merupakan hasil pengkombinasian antara distribusi Pareto dan distribusi Beta menggunakan distribusi Beta-Generated. Pada tugas akhir ini akan dibahas mengenai pembentukan distribusi Beta-Pareto, fungsi kepadatan probabilitas, dan karakteristik-karakteristik distribusi Beta-Pareto lainnya. Penaksiran parameter dari distribusi Beta-Pareto menggunakan metode maksimum likelihood. Sebagai ilustrasi, akan digunakan data debit aliran air sungai Sunter selama setahun pada tahun 1995 yang akan dimodelkan dengan distribusi Beta-Pareto.

---

Beta-Pareto distribution is a continuous distribution which can model unimodal and heavy-tailed data. Beta-Pareto distribution is derived from Pareto distribution and Beta distribution using the Beta-Generated distribution. It will be explained how to construct the Beta-Pareto distribution, probability density function, and other characteristics of Beta-Pareto distribution. Maximum likelihood method is used for estimating Beta-Pareto?s parameters. Discharge rates of the Sunter River in 1995 are used to illustrate the applicability of Beta-Pareto distribution."

"ABSTRAKLatar Belakang: Kanker Kolorektal termasuk ke dalam lima besar kanker dengan tingkat insidensi dan mortalitas yang tinggi di Indonesia. Sebesar 20%-25% kejadian kanker kolorektal merupakan faktor keturunan melalui pewarisan mutasi gen-gen high penetrance yang berkontribusi signifikan terhadap pembentukan kanker kolorektal, sedangkan 80%-85% merupakan kanker kolorektal sporadik. Pada kanker kolorektal sporadik mutasi terjadi pada gen-gen low penetrance yang berisiko rendah terhadap pembentukan kanker kolorektal. Identifikasi mutasi pada gen-gen lain yang berpotensi memiliki kontribusi terhadap kanker kolorektal sporadik diperlukan. Prastudi sebelumnya menggunakan metode GWAS telah mengidentifikasi CNV di kromosom 7, 8, 18, dan 20 dari pasien kanker kolorektal sporadik. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi gen dengan CNV di kromosom tersebut dan asosiasinya pada kanker kolorektal sporadik serta hubungan variasi genetik CNV terhadap tingkat ekspresi mRNA gen DOK5.Metode: Identifikasi gen berdasarkan seleksi dari analisis data CNV dan SNP prastudi GWAS. Sebanyak 70 pasang sampel jaringan kanker kolorektal dan jaringan kolorektal sehat digunakan dalam penelitian ini dengan persetujuan komisi etik serta tujuh jenis sel lestari. Metode Real-Time PCR digunakan dalam analisis CNV gen DOK5 menggunakan DNA dari sampel jaringan maupun sampel sel lestari dan analisis ekspresi mRNA gen DOK5 dari sampel RNA sel lestari.Hasil: Jumlah Copy Number (CN) gen DOK5 yang tinggi secara signifikan (P =0,01) terdapat pada kelompok usia ≥50 tahun (CN=1,58). Variabel CN gen DOK5 berasosiasi signifikan dengan variabel kelompok usia (P=0,028) dimana lebih dari 50% sampel ≥50 tahun memilik amplifikasi gen DOK5. Pada derajat diferensiasi histopatologi dan jenis kelamin tidak ada perbedaan dan asosiasi dengan CN gen DOK5 secara signifikan (P >0,05). CNV gen DOK5 berkorelasi positif kuat (R=0,890) secara signifikan (P=0,007) dengan tingkat ekspresi mRNA gen DOK5 di beberapa sampel sel lestari dari berbagai kanker.Kesimpulan: Amplifikasi CNV gen DOK5 terkait dengan kanker kolorektal sporadik pada subyek berusia ≥50 tahun. CNV gen DOK5 yang teramplifikasi berpengaruh terhadap peningkatan ekspresi mRNA gen DOK5 di sel lestari.

---

ABSTRACT

Background: Colorectal Cancer (CRC) is among top five cancers that have high level of incidence and mortality in Indonesia. About 20%-25% of CRC were familial that inherited a mutation of high penetrance genes with high predisposing risk of CRC, while the rest of 75%-80% were sporadic CRC. Most of predisposing mutation of genes in sporadic CRC were low penetrance genes with low risk of CRC. Identification of other predisposing genes that have significant and higher risk of sporadic CRC were needed. Our previous study using GWAS has identified a significant genetic variation in the form of CNV in chromosomes 7, 8, 18, dan 20 in sporadic CRC patient. This study aimed to identify the gene with CNV in those chromosomes and its association with sporadic CRC also the effect of CNV on expression level of the gene mRNA.

Method: The gene was identified by selection using analyzed data of CNV and SNP from GWAS study. Seven type of cell lines and 70 matched paired samples of cancerous and normal tissues were used in this study with approval from ethic commission. Real-Time PCR method was used to analyze both DOK5 gene CNV from DNA sample and DOK5 gene expression from RNA sample. DNA was extracted from tissues and cell lines, while RNA extracted from cell lines.

Results: Difference of DOK5 CN was significant in age group (P=0,01) with group ≥50 years old had higher CN of DOK5 gene (CN=1,58). DOK5 CN variable was associated with age group variable (P=0,028) where more than 50% samples of age ≥50 years old showed amplification of DOK5 CN. No significant difference (P >0,05) in CNV of DOK5 gene was detected in subjects if grouped based on their histopathology or gender. In cell lines, CN of DOK5 gene showed significant (P=0,007) and strong positive correlation (R=0,890) with mRNA expression level of DOK5 gene.

Conclusion: DOK5 gene was identified from GWAS CNV data. CNV amplification of DOK5 gene was associated with sporadic colorectal cancer in subject ≥50 years old. Amplified CNV of DOK5 gene affect the increased of DOK5 mRNA expression level in cell lines."

"Epididimis adalah saluran berbelit yang terletak antara testis dan vas deferens. Epididimis telah lama dikenal sebagai tempat proses pematangan sperma, yang merupakan interaksi antara sperma dan protein-protein yang disekresikan oleh sel-sel epitel epididimis. Salah satu protein yang diduga berperan penting dalam proses pematangan sperma adalah gen Defb42. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur gen dan analisis sebaran jaringan dari gen Defb42. Data struktur gen Defb42 diperoleh dari database Unigene danUCSC Genome Bioinformatics, dimana cDNA, ekson, intron, dan sekuens asam amino diperoleh. Isolasi RNA dilakukan untuk jaringan dari 4 segmenepididimis (initial segment, caput, corpus, cauda) disertai dengan beberapa organ viseral lainnya. Real time RT-PCR dari RNA yang terelusi dilakukan untuk mengukur ekspresi relative Defb42 terhadap gen aktin beta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Defb42 termasuk dalam keluarga beta defensin karena memiliki 6 residu sistein. Ekspresi Defb42 relatif terhadap aktin ditemukan paling tinggi di initial segment dariepididimis, diikuti dengan caput, cauda, dan vas deferens. Disimpulkan bahwa gen Defb42 adalah gen beta defensin dan diekspresikan terutama di initial segment dari epididimis.

---

Epididymis is a convoluted duct that is located between the testis and vas deferens. Epididymis has been known as the site of sperm maturation, which occur via interaction between the sperm and the proteins secreted by the epididymal epithelial cells. One of the proteins that is believed to play a major role in sperm maturation process is encoded by Defb42 gene. The objective of this research is to know the gene structure and tissue distribution analysis of Defb42 gene. Gene structure data was obtained from Unigene database and UCSC Genome Bioinformatics, in which cDNA, exons, introns, and amino acid sequence of Defb42 gene were received. RNA isolation was done for tissues of the four segments of epididymis (initial segment, caput, corpus, cauda) along with other visceral tissues. Real time RT-PCR of the isolated RNA was then performed in order to measure Defb42 relative expression to beta actin. The result showed that Defb42 gene belongs to the beta defensin family due to its conserved six cysteine residues. Defb42 expression relative to actin was highest in the initial segment of the epididymis, followed by caput, cauda, and vas deferens. In conclusion, Defb42 is a beta defensin gene and is mainly expressed in the epididymis and showed region-specific expression in the initial segment."