Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKSel menembus peptida (CPP) adalah sel permeabel protein yang membantu memfasilitasi molekul kedap ke dalam sel. VP22 adalah salah satu CPP dengan mekanisme memfasilitasi protein ke dalam sel dengan non-klasik Golgi-independen. SOX2 adalah salah satu gen untuk mengkodekan anggota dari SRY terkait HMG-box (SOX) keluarga faktor transkripsi yang baik terkait dengan regulasi perkembangan sel embrio. Rekombinan VP22 fusi protein diharapkan dapat mentranslokasi protein ke dalam sel. Antibodi terhadap SOX2 bertindak sebagai penanda fluoresensi untuk menentukan apakah VP22-SOX2 dapat dilokalisasi ke dalam sel. sel HepG2 digunakan dalam tes untuk menentukan kemanjuran dari sel menembus peptida. VP22-SOX2 pertama ditentukan dengan menggunakan Western Blot, di mana ia akan menampilkan pita yang terlihat. Ada 2 kelompok utama: sel HepG2 dengan VP22-SOX2 diinkubasi selama 6 jam dan 1 jam, di mana keduanya disertai dengan kelompok kontrol tanpa adanya VP22-SOX2. Kedua menjalani immunostaining menggunakan metode indirect immunostaining. Pengamatan akan dilakukan dengan menggunakan mikroskop confocal. Untuk analisis protein, analisis bioinformatika dilakukan untuk menentukan sifat fisik dan kimia dari protein. Berdasarkan statistik, tidak ada perbedaan yang signifikan antara kelompok Percobaan - 6 jam dan Kontrol - 6 jam. Selain itu, tidak ada perbedaan yang signifikan antara Percobaan - 6 jam dan Percobaan - 1 jam. Oleh karena itu, masa inkubasi tidak berpengaruh pada tingkat translokasi protein dan VP22-SOX2 tidak bisa translokasi ke dalam sel.

---

ABSTRACTCell penetrating peptides (CPPs) are cell permeable proteins that help facilitate impermeable molecules into the cells. VP22 is one of the CPP with mechanism of facilitating proteins into the cells by non-classical Golgi-independent. SOX2 is one of the gene to encode a member of the SRY-related HMG-box (SOX) family of transcription factors that are well associated with the regulation of the development of embryonic cells. Recombinant fusion protein VP22 is hoped to be able to translocate the protein into the cell. Antibody against SOX2 act as fluorescence marker to determine whether the VP22-SOX2 can be localized into the cell. HepG2 cells are used in the test to determine the efficacy of the cell penetrating peptide. VP22-SOX2 is first determined using Western Blot, where it will show visible band. There are 2 main groups: HepG2 cells with VP22-SOX2 incubated for 6 hours and 1 hours, where both are accompanied with the control group in the absence of VP22-SOX2. Both undergo immunostaining using indirect immunostaining method. Observation will be done using confocal microscope. For protein analysis, bioinformatics analysis is conducted to determine the physical and chemical properties of the protein. Based on statistic, there is no significant difference between the groups Experiment ? 6 hour and Control ? 6 hour. In addition, there is no significant difference between Experiment ? 6 hour and Experiment ? 1 hour. Therefore, incubation period has no effect in the rates of protein translocation and VP22-SOX2 do not achieve protein translocation.;"

"ABSTRAKSaat ini terdapat banyak sekali studi yang sedang berjalan tentang sel punca pluripoten dan potensinya untuk menjadi terapi regeneratif pada masa yang akan datang. Sampai sekarang, sel punca embrionik adalah satu-satunya sumber untuk sel punca pluripoten yang telah dipelajari dengan baik. Akan tetapi, banyak sekali tantangan untuk memakai sel punca embrionik ini seperti masalah etik dan penolakan sistem imun tubuh. Belakangan ini, banyak sekali studi yang sedang berjalan dalam menginvestigasi cara baru dalam pemograman ulang reprogramming sel manusia untuk menjadi induced pluripotent stem cell iPSC . OCT4 Octamer-binding faktor transkripsi 4 adalah salah satu protein krusial yang bertanggung jawab atas pembaharuan self-renewal sel punca embrionik. Maka dari itu, studi ini bertujuan untuk menginvestigasi kemampuan OCT4, dengan bantuan VP22 viral protein , untuk dilokalisasi ke dalam sel manusia dewasa HepG2 , yang akhirnya dapat membuat pemograman ulang sel HepG2 menjadi iPSC. Pada penelitian ini, sel HepG2 diinkubasi dengan protein fusi rekombinan VP22-OCT4 selama 1 jam dan 6 jam. Kemudian, proses indirect immunofluorescence staining dilaksanakan yang mencakup inkubasi dengan mouse monoklonal IgG antibodi primer terhadap OCT4 Ab1 dan dilanjutkan dengan goat anti-mouse IgG antibodi sekunder, FITC konjugat Ab2 . Pengamatan dengan mikroskop confocal dilaksanakan untuk melihat adanya imunofluoresen. Pada hasil yang diperoleh, terdapat perbedaan yang bermakna antara kelompok kontrol dan kelompok eksperimen untuk kedua periode inkubasi p=0.005 untuk 1 jam dan p=0,000 untuk 6 jam , serta perbedaan bermakna juga terjadi antara kelompok sel HepG2 dengan VP22-OCT4 diinkubasi selama 1 jam dan 6 jam p=0,044 . Untuk menyimpulkan hasil tersebut, protein rekombinan VP22-OCT4 dapat dilokalisasi ke dalam sel HepG2 dalam waktu inkubasi selama 1 jam dan 6 jam.

---

ABSTRACTThere are many studies ongoing about the remarkable potential of pluripotent stem cell as the future regenerative therapy. Embryonic stem cell is the only source that has been studied well for it. However, many constraints arise regarding this matter like ethical problems and risk of cell transplantation rejection. Recently, there are many research undergone in exploring new approach through reprogramming somatic cell to become induced pluripotent stem cell iPSC . OCT4 Octamer binding transcription factor 4 is one of the proteins that is responsible for the self renewal of embryonic stem cell. Therefore, this study aimed to investigate the ability of OCT4 transcription factor, with the help of VP22 viral protein , to be localized into adult somatic cells HepG2 , which in turn could reprogram it into iPSC. In this study, HepG2 cells are isolated with VP22 OCT4 recombinant fusion protein for 1 hour and 6 hours, which then followed by isolating with mouse monoclonal IgG primary antibody against OCT4 Ab1 and goat anti mouse IgG secondary antibody, FITC conjugate Ab2 respectively for the indirect immunofluorescence staining function. Confocal microscope is utilized to observe the presence of immunofluorescence. The result of the experiment showed a significant difference between the control and the experimental groups for both incubation period p 0.005 for 1 hour and p 0.000 for 6 hours . Moreover, there is also a significance difference between the group of HepG2 cells with VP22 OCT4 incubated for 1 hour and 6 hours p 0.044 . In conclusion, VP22 OCT4 recombinant protein can be translocated inside the HepG2 cells under 1 hour and 6 hours of incubation periods."

"Human Epidermal Growth Factor (hEGF) merupakan polipeptida yang terdiri atas 53 asam amino. Protein hEGF berfungsi untuk proliferasi sel epitel dan epidermis secara in vitro dan in vivo. Protein hEGF dikode oleh gen EGF. Gen EGFsyn telah dikonstruksi secara sintetik untuk optimasi kodon pada Escherichia coli. Optimasi kodon berfungsi untuk meningkatkan ekspresi protein rekombinan pada E. coli. Subkloning gen EGFsyn ke plasmid pJ404 yang mengandung gen peptida sinyal endoxylanase sangat diperlukan dalam ekspresi protein hEGF rekombinan pada E. coli. Kendala ekspresi protein rekombinan pada E. coli yaitu terbentuknya badan inklusi di sitoplasma. Peptida sinyal endoxylanase digunakan untuk mentranslokasi protein ke periplasma. Digesti gen EGFsyn dan vektor pJ404 dengan enzim NheI dan BamHI diperlukan untuk persiapan subkloning dan ekspresi protein hEGF ke periplasma. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen EGFsyn dan plasmid pJ404 berhasil dipotong dan siap digunakan untuk subkloning.

---

Human Epidermal Growth Factor (hEGF) is a polypeptide consisted of 53 amino acids. Its function is to promote epithel and epidermis cells proliferation in vitro and in vivo. It is encoded by EGF gene. An EGFsyn has been constructed to optimize codon usage in Escherichia coli. Codon optimization enhances recombinant protein expression in E. coli. Subcloning EGFsyn gene to a plasmid carrying endoxylanase signal peptide gene is important for recombinant hEGF expression in E. coli. One of the problem expressing recombinant protein in E. coli is the accumulation of inclusion bodies in cytoplasm. Endoxylanase signal peptide is used to translocate protein to periplasm. Digestion of EGFsyn gene and plasmid pJ404 by enzyme NheI and BamHI is needed for preparation of subcloning and hEGF expression to periplasm. The results showed that EGFsyn gene and plasmid pJ404 was digested and can be used for subcloning."

"Infeksi human papillomavirus tipe 16 (HPV16) dapat menyebabkan kanker servikk, penyebab kematian no 2 di dunia. Salah satu pencegahannya adalah dengan imunisasi. Vaksin komersil saat ini merupakan vaksin viral like particles (VLP) diproduksi pada sistem ekspresi yeast dan baculovirus. Sebagai upaya penyediaan vaksin dengan harga lebih ekonomis telah dilakukan pengembangan vaksin DNA dan protein rekombinan L1 HPV16 yang diekspresikan di prokariota. Antigenitas vaksin DNA dan L1 rekombinan diujikan dalam peneltian ini. Penelitian dimulai dari pemindahan L1 dari pUC L1 HPV16 ke pCDNA3.1, ekspresi L1 rekombinan dalam prokariota, pengamatan pembentukan VLP oleh L1 rekombinan dengan transmission electron microscope (TEM), pengujian antigenitas kombinasi vaksin DNA dan protein rekombinan pada BALB/c. Hasil menunjukkan pcDNA3.1 L1 berhasil diperoleh yang dibuktikan dengan analisis enzim restriksi dan sekuensing. L1 rekombinan berhasil membentuk VLP, vaksin komposisi 12,5 μg pcDNA3.1 L1 dikombinasikan 2 μg L1 rekombinan menginduksi titer antibodi endpoint tertinggi pada pengambilan serum terakhir yaitu 23.55 (p<0.05) dibandingkan vaksin 12,5 μg pcDNA3.1 L1 (2.775) dan 2 μg L1 rekombinan (10.45) yang diberikan secara terpisah setelah 3 kali imunisasi. Sebagai kesimpulan pCDNA3.1L1 berhasil diperoleh, protein L1 rekombinan dapat membentuk VLP dan pemberian kombinasi pcDNA3.1 L1 dan L1 rekombinan menginduksi respon kekebalan tubuh lebih bagus dibandingkan pemberian secara terpisah.

---

Infection with human papillomavirus type 16 (HPV16) can cause cervical cancer, the second cause of death in the world. One way to prevent it is with a barrier. The current commercial vaccine is a viral like particle (VLP) vaccine produced on yeast and baculovirus expression systems. As an effort to provide a vaccine at a more economical price, a DNA vaccine and a recombinant L1 HPV16 protein that are expressed in prokaryotes have been developed. The antigenicity of recombinant DNA and L1 vaccines was tested in this study. The research started with the transfer of L1 from pUC L1 HPV16 to pCDNA3.1, expression of recombinant L1 in prokaryotes, assessment of VLP formation by recombinant L1 with transmission electron microscopy (TEM), testing the antigenicity of a combination of DNA vaccines and recombinant protein on BALB/c. The results showed that pcDNA3.1 L1 was successfully obtained, as evidenced by restriction enzyme analysis and sequencing. The recombinant L1 succeeded in forming a VLP, the composition of the vaccine 12.5 µg PCDNA3.1 L1 combined 2 µg L1 recombinant induced the highest endpoint antibody titer (10.45) which was given 23.55 (p <0.05) compared to the 12.5 µg vaccine PCDNA 3.1 L1 (2,775) and 2 µg L1 recombinant (10.45) given by 3 times. As a conclusion, pCDNA3.1L1 was successfully obtained, recombinant L1 protein can form VLP and provide a combination of recombinant pcDNA3.1 L1 and L1 induce an immune response better than administration separately."

"Pembuatan Stable Cell Line sendiri membutuhkan proses pengantaran materi genetik untuk mencapai tahap ekspresi gen rekombinan secara berkelanjutan. Metode ini menggunakan transfeksi untuk membantu mencapai tahapan tersebut. Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) Indonesia telah berhasil membuat konstruksi plasmid rekombinan pengekspresi protein Spike SARS-CoV-2. Namun, belum dilakukan penelitian lebih lanjut terkait penggunaan konstruksi plasmid rekombinan tersebut. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah untuk memvalidasi ekspresi protein rekombinan dari plasmid rekombinan pengekspresi Spike SARS-CoV-2 yang akan digunakan dalam pembuatan Stable Cell Line pada galur sel mamalia 293T. Validasi ekspresi dari empat protein SARS-CoV-2 (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, dan Receptor Binding Domain) dilakukan melalui metode Immunofluorescence Assay (IFA) dan Western Blot (WB). Hasil menunjukkan bahwa dari empat ragam protein (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, dan Receptor Binding Domain) terbukti fungsional secara ekspresi dan sesuai dengan ukuran protein yang sesuai. Uji IFA menunjukkan bahwa terdapat dua nilai rata-rata Corrected Total Cell Fluorescence (CTCF) yang unggul yaitu pada protein Spike Full dan Subunit S2 (118.813 dan 264.159 CTCF) sel pasca transfeksi yang menandakan bahwa terdapat perbedaan kemampuan ekspresi dari masing-masing protein. Uji western blot telah membuktikan dua protein (Spike Full dan Subunit S2) memiliki ukuran molekul yang sesuai (142,5 dan 66,0 kDa). Sehingga, dapat disimpulkan bahwa plasmid rekombinan yang dikonstruksi oleh BRIN terbukti fungsional dan dapat dilanjutkan ke dalam penggunaannya untuk pembuatan Stable Cell Line.

---

Making a Stable Cell Line requires a process of delivering genetic material to reach the continuous recombinant gene expression stage. This method uses transfection to help achieve this stage. The National Research and Innovation Agency of Indonesia (BRIN) has successfully constructed a recombinant plasmid expressing the SARS-CoV-2 Spike protein. However, no further research has been carried out regarding using these recombinant plasmid constructs. Therefore, this study aimed to validate the expression of recombinant proteins from the SARS-CoV-2 Spike-expressing recombinant plasmid to manufacture Stable Cell Line in mammalian cell line 293T. Validation of the expression of four SARS-CoV-2 proteins (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, and Receptor Binding Domain) was carried out using Immunofluorescence Assay (IFA) and Western Blot (WB) methods. The results showed that the four protein variants (Spike Full, S1 Subunit, S2 Subunit, and Receptor Binding Domain) were functional in expression and according to the appropriate protein size. The IFA test showed two superior Corrected Total Cell Fluorescence (CTCF) values: the Spike Full protein and the S2 Subunit (118.813 and 264159 CTCF) of post-transfection cells, which indicated that there were differences in the expression ability of each protein. The Western Blot test has proven that two proteins (Spike Full and Subunit S2) have the appropriate molecular size (142.5 and 66.0 kDa). Thus, it can be concluded that the recombinant plasmid constructed by BRIN is proven to be functional and can be used to manufacture Stable Cell Lines."

"Penyakit demam berdarah (dengue) merupakan masalah kesehatan yang serius dan hingga saat ini belum ada langkah spesifik untuk mengobati penyakit ini. Dengue merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus dengue (DENV), suatu flavivirus yang terselubung oleh envelope. Infeksi DENV dimulai dengan inisiasi proses fusi antara envelope virus dengan membran sel host, transfer materi genetik ke dalam sel target yang diikuti dengan replikasi serta pembentukan virus baru. Proses fusi ini dimediasi oleh peptida fusi yang diperkirakan merupakan suatu segmen antara residu D98-G112 pada protein envelope (E) DENV. Penelitian terdahulu menunjukkan bahwa peptida fusi ini tersembunyi di dalam suatu cavity dan akan diposisikan pada ujung domain II protein E DENV akibat perubahan konformasi sewaktu proses fusi terjadi. Penelitian ini bertujuan untuk merancang peptida siklis disulfida yang dapat menempati cavity ini dan berinteraksi dengan peptida fusi, sehingga mengganggu perubahan konformasi yang terjadi dan menginhibisi proses fusi. Pendekatan komputasi dilakukan untuk memprediksi afinitas dan stabilitas antara ligan peptida siklis disulfida dengan protein E DENV. Simulasi molecular docking dan molecular dynamics dilakukan dengan software MOE 2008.10. Screening terhadap 1320 ligan menghasilkan 3 ligan terbaik, CLREC, CYREC dan CFREC yang dapat berinteraksi dengan cavity target dan juga segmen peptida fusi. Ketiga ligan ini menunjukkan afinitas yang baik dengan target berdasarkan nilai energi bebas ikatan dan interaksi protein-ligan yang terbentuk. Stabilitas kompleks protein-ligan dianalisis dengan metode molecular dynamics. Hasil simulasi molecular dynamics menunjukkan bahwa hanya CLREC yang menunjukkan kestabilan konformasi protein-ligan dan mempertahankan interaksi antara ligan dengan cavity target. Oleh karena itu CLREC memiliki potensi sebagai inhibitor fusi DENV.

---

Dengue has been a major health concern and currently there is no available option to treat the infection. It is an arboviral disease caused by dengue virus (DENV), an enveloped flavivirus. DENV initiates fusion process between viral envelope and host cell membrane, transfers its viral genome into target cell and infects host. This fusion process is mediated by a fusion peptide which was predicted to be a segment of DENV envelope (E) glycoprotein located between residues D98 ? G112. Recent studies showed that this segment is hidden inside a cavity and will undergo conformational changes to be positioned at the tip of domain II E glycoprotein when fusion occurs. Our research is focused on designing disulfide cyclic peptides that can fit into this cavity and interact with fusion peptide, interrupt conformational changes and therefore inhibit the fusion process.

Computational approaches were conducted to calculate the binding affinity and stability of disulfide cyclic peptide ligands with target DENV E glycoprotein. Molecular docking and molecular dynamics simulation were performed using Molecular Operating Environment 2008.10 software (MOE 2008.10). Screening of 1320 designed ligands resulted in 3 best ligands, CLREC, CYREC and CYREC that can form interaction with target cavity and peptide fusion. These ligands showed good affinity with target DENV E glycoprotein based on free binding energy and interactions. To evaluate protein-ligand stability, we performed molecular dynamic simulation. Only CLREC showed protein-ligand stability and maintained interaction between ligand and target cavity. Therefore we propose CLREC as potential DENV fusion inhibitor candidate"

"Protein of seaweed . Seeaweds are consumed by people,especially who lived in the coastal areas....."

"Kadar C-reactive protein (CRP) dalam plasma di laporkan meningkat pada individu obes."

"Protein adalah salah satu unsur dalam makanan yang terdiri dari asamasam amino yang mengandung unsur karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen, dan belerang. Identifikasi protein selama ini dilakukan dengan menggunakan metode spektroskopi konvensional misalnya spektroskopi UV-Vis dan metode Kjeldhal. Kedua metode ini membutuhkan persiapan sampel yang lama dan rumit, serta biaya yang mahal. Hal ini karena harus dilakukan pemisahan protein dari makromolekul yang lain yang tidak diinginkan dalam analisa. Spektroskopi FTIR (Fourier Transform Infrared) merupakan salah satu metode baku untuk mendeteksi struktur molekul senyawa melalui identifikasi gugus fungsi penyusun senyawa. Identifikasi protein dilakukan dengan menganalisa serapan gugus fungsi dengan Fourier Transform Infrared (FTIR). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi protein dengan FTIR, dan mengenali puncak dari protein. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari ke-empat sampel (keju hewani, keju nabati, susu dan mentega) protein dapat dikenali dengan tiga peak yaitu amida III (1240-1265 cm-1) , amida IV (633-721 cm-1), dan amida VI (551-586 cm-1). Peak untuk amida III mewakili gugus CN stretching dan NH bending, amida IV mewakili gugus OCN bending dan amida VI mewakili gugus out-of plane NH bending. kadar protein relatif per karbonil untuk susu, keju hewani, keju nabati, dan mentega adalah 0,67, 1,37, 2,17, dan 1,70 dengan kadar protein 9,47 %, 19,08 %, 30,67 %, dan 24,03 %.

---

Protein is one of the elements in food which consists of amino acids that contain carbon, hydrogen, oxygen, nitrogen, and sulfur. Identification of the protein had been done using conventional spectroscopic methods such as UV-Vis spectroscopy and Kjeldhal methods. Preparation of the sample for both methods were long enough, complicated, and expensive. This was because had to do separation of proteins from other macromolecules that are not desirable in the analysis. FTIR Spectroscopy (Fourier Transform Infra Red) is one of the standard methods for detecting the molecular structure of compound through the identification of functional groups that make up the compound. Identification is done by analyzing the absorption of the functional protein by Fourier Transform Infrared (FTIR). The aims of the research are to identify protein by FTIR, and describe their peaks.

The results of the research show that of four samples (cheese, vegetable cheese, milk, and butter), proteins can be identified by three peaks, that are amide III (1240-1265 cm-1), amide IV (633-721 cm-1), and amide VI (551-586 cm-1). Peak of the amide III represents the CN stretching and NH bending, amide group IV represents the OCN bending, and amide VI represents out-of plane NH bending. Protein relative levels per carbonyl for milk, cheese, vegetable cheese, and butter are 0.67, 1.37, 2.17, and 1.70 with a protein content of 9.47%, 19.08%, 30.67% , and 24.03%."