Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"With the aim of providing a deeper insight into possible mechanisms of biological self-organization, this thesis presents new approaches to describe the process of self-assembly and the impact of spatial organization on the function of membrane proteins, from a statistical physics point of view. It focuses on three important scenarios: the assembly of membrane proteins, the collective response of mechanosensitive channels and the function of the twin arginine translocation (Tat) system. Using methods from equilibrium and non-equilibrium statistical mechanics, general conclusions were drawn that demonstrate the importance of the protein-protein interactions. Namely, in the first part a general aggregation dynamics model is formulated, and used to show that fragmentation crucially affects the efficiency of the self-assembly process of proteins. In the second part, by mapping the membrane-mediated forces into a simplified many-body system, the dynamic and equilibrium behaviour of interacting mechanosensitive channels is derived, showing that protein agglomeration strongly impacts its desired function. The final part develops a model that incorporates both the agglomeration and transport function of the Tat system, thereby providing a comprehensive description of this self-organizing process."

"Latar belakang: Karsinoma nasofaring (KNF) adalah tumor ganas yang jarang terjadi pada anak-anak. KNF pada anak prevalensinya kurang dari 1%, tetapi mewakili 20-50% tumor ganas pada anak yang berasal dari nasofaring. Pada orang dewasa Penelitian telah menemukan bahwa latent membrane protein -1  (LMP1) yang diekspresikan oleh virus Epstein-Barr (EBV) mendorong terjadinya perkembangan dan metastasis karsinoma nasofaring (KNF) dan berhubungan dengan sifat agresif dan invasive, namun pada anak belum ada penelitian yang meneliti bagaiamana ekspresi dan peranan LMP-1 tersebut. Metode penelitian: Penelitian ini menggunakan desain potong lintang pada 30 blok paraffin dari subjek KNF anak di Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo Jakarta. Blok Parafin kemudian dilakukan ekstraksi dan pemeriksaan PCR LMP-1, kemudian dibandingkan dengan respons terapi. Hasil penelitian: Hasil LMP-1 positif sebanyak 28 subjek dan negatif sebanyak 2 subjek, dari 30 subjek hanya 27 subjek yang dapat dianalisis karena 2 subjek meninggal saat sebelum menyelesaikan terapi dan 1 subjek belum melakukan evaluasi pasca terapi. LMP-1 positif  sebanyak 17 subjek menunjukkan respons (16 respons komplit dan 1 respons parsial), sedangkan 8 subjek menunjukkan tidak ada respons (2 respons stabil 6 respons progresif). Terdapat 2 subjek dengan hasil LMP-1 negatif, seluruhnya memiliki respons terapi (p=1,000). Kesimpulan: Tidak terdapat hubungan antara ekspresi LMP-1 dan respons terapi.

---

Background: Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a rare malignant tumor in children. KNF in children has a prevalence of less than 1%, but represents 20-50% of malignant tumors in children originating from the nasopharynx. In adults, studies have found that latent membrane protein -1 (LMP1) expressed by Epstein-Barr virus (EBV) promotes the occurrence, progression, and metastasis of nasopharyngeal carcinoma (NPC) and is associated with aggressive and invasive properties, but in children, no studies have examined the expression and role of LMP-1. Method: This study used a cross-sectional design on 30 paraffin blocks from pediatric NPC subjects at Cipto Mangunkusumo Hospital Jakarta. Paraffin blocks were then DNA extracted and PCR examination of LMP-1 was performed, then compared with the response to therapy. Result: LMP-1 positive was 28 subjects and negative was 2 subjects, and from 30 subjects, only 27 subjects can be analyzed because 2 subjects died before completing therapy and 1 subject has not conducted a post-therapy evaluation. LMP-1 positive as many as 17 subjects showed a response (16 complete responses and 1 partial response), while 8 subjects showed no response (2 stable responses 6 progressive responses). There were 2 subjects with negative LMP-1 results, all of whom responsded to therapy (p = 1.000). Conclusion: There was no association between LMP-1 expression and therapeutic response."

"Latar belakang: Aggregatibacter actinomycetemcomitans (A. actinomycetemcomitans) merupakan salah satu periodontopatogen yang sangat banyak ditemukan pada periodontitis agresif di mana kerusakan tulang sangat cepat terjadi. Periodontitis tidak akan terjadi tanpa diinisasi melalui invasi bakteri ke dalam sel target untuk berproliferasi di dalamnya. Bakteri A. actinomycetemcomitans memiliki faktor virulensi Omp29 yang memediasi proses invasi tersebut ke dalam sel epitel gingiva. Tujuan: Menganalisis interaksi bakteri A. actinomycetemcomitans dengan sel bone marrow macrophage, preosteoklas dan osteoklas berdasarkan ekspresi gen Omp29 sebagai faktor virulensi bakteri. Metode: Studi in vitro diawali dengan menginfeksikan bakteri A. actinomycetemcomitans ke sel prekursor osteoklas (bone marrow macrophage (BMM) dan preosteoklas) dan osteoklas selama 30 menit dengan multiplicity of infection (MOI) 1:1 dan 1:5. Setelah diinfeksikan, terdapat sebagian sel yang langsung dilakukan lisis dengan TRIzol sedangkan sebagiannya lagi diinkubasi kembali selama 16,5 jam sebelum dilisis oleh TRIzol. Analisis ekspresi relatif gen Omp29 bakteri pada medium pasca infeksi dilakukan pada mesin qPCR dengan menggunakan gen 16SrRNA sebagai housekeeping gene. Hasil: Terdapat penurunan ekspresi relatif gen Omp29 pada bakteri A. actinomycetemcomitans 18 jam pasca infeksi sel BMM, preosteoklas dan osteoklas terhadap kontrol yaitu bakteri 1,5 jam pasca infeksi sel-sel yang sama. Penurunan ekspresi relatif yang sama ditemukan pada perbandingan antara bakteri 18 jam pasca infeksi sel preosteoklas dengan MOI 1:5 terhadap bakteri 18 jam pasca infeksi sel preosteoklas dengan MOI 1:1. Kesimpulan: Interaksi direk antara bakteri A. actinomycetemcomitans dengan sel BMM, preosteoklas dan osteoklas menyebabkan kerusakan atau berkurangnya faktor virulensi Omp29 pada bakteri di mana mekanismenya belum diketahui secara pasti.

---

Background: Aggregatibacter actinomycetemcomitans (A. actinomycetemcomitans) is one of the periodontopathogen involved in periodontitis and it is found in abundance in aggressive periodontitis where rapid bone destruction occur. Periodontitis will not happen if it is not initiated by the invasion of bacteria into the targeted cells so that bacteria can proliferate inside them. A. actinomycetemcomitans has a virulence factor named Omp29 which plays a role in gingival epithelium cell invasion. Objective: To analyze the interaction of A. actinomycetemcomitans and osteoclast precursor (bone marrow macrophage (BMM) and preosteoclast) as well as osteoclast itself through the expression of Omp29 gene as a virulence factor. Methods: In vitro study by infecting A. actinomycetemcomitans to osteoclast precursor and osteoclast that is obtained from mice for 30 minutes in two different multiplicity of infection (MOI) which are 1:1 and 1:5. After that, some of the infected cells are immediately lysed using TRIzol and some are incubated again for about 16,5 hours before being lysed. Relative expression of the Omp29 gene from the post-infection medium is obtained using real-time PCR with 16SrRNA as a housekeeping gene. Results: There is downregulation of the relative expression of Omp29 in A. actinomycetemcomitans 18 hpi of BMM, preosteoclast and osteoclast compared to the control which is A. actinomycetemcomitans 1,5 hpi of the same cells in both MOI 1:1 and 1:5. The same is observed when comparing the relative expression of Omp29 in A. actinomycetemcomitans 18 hpi of preosteoclast in MOI 1:1 with MOI 1:5. Conclusion: Direct interaction of A. actinomycetemcomitans and osteoclast cause destruction or decrease of Omp29 which mechanism is still not known and need further study."

"Pembuatan Stable Cell Line sendiri membutuhkan proses pengantaran materi genetik untuk mencapai tahap ekspresi gen rekombinan secara berkelanjutan. Metode ini menggunakan transfeksi untuk membantu mencapai tahapan tersebut. Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) Indonesia telah berhasil membuat konstruksi plasmid rekombinan pengekspresi protein Spike SARS-CoV-2. Namun, belum dilakukan penelitian lebih lanjut terkait penggunaan konstruksi plasmid rekombinan tersebut. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah untuk memvalidasi ekspresi protein rekombinan dari plasmid rekombinan pengekspresi Spike SARS-CoV-2 yang akan digunakan dalam pembuatan Stable Cell Line pada galur sel mamalia 293T. Validasi ekspresi dari empat protein SARS-CoV-2 (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, dan Receptor Binding Domain) dilakukan melalui metode Immunofluorescence Assay (IFA) dan Western Blot (WB). Hasil menunjukkan bahwa dari empat ragam protein (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, dan Receptor Binding Domain) terbukti fungsional secara ekspresi dan sesuai dengan ukuran protein yang sesuai. Uji IFA menunjukkan bahwa terdapat dua nilai rata-rata Corrected Total Cell Fluorescence (CTCF) yang unggul yaitu pada protein Spike Full dan Subunit S2 (118.813 dan 264.159 CTCF) sel pasca transfeksi yang menandakan bahwa terdapat perbedaan kemampuan ekspresi dari masing-masing protein. Uji western blot telah membuktikan dua protein (Spike Full dan Subunit S2) memiliki ukuran molekul yang sesuai (142,5 dan 66,0 kDa). Sehingga, dapat disimpulkan bahwa plasmid rekombinan yang dikonstruksi oleh BRIN terbukti fungsional dan dapat dilanjutkan ke dalam penggunaannya untuk pembuatan Stable Cell Line.

---

Making a Stable Cell Line requires a process of delivering genetic material to reach the continuous recombinant gene expression stage. This method uses transfection to help achieve this stage. The National Research and Innovation Agency of Indonesia (BRIN) has successfully constructed a recombinant plasmid expressing the SARS-CoV-2 Spike protein. However, no further research has been carried out regarding using these recombinant plasmid constructs. Therefore, this study aimed to validate the expression of recombinant proteins from the SARS-CoV-2 Spike-expressing recombinant plasmid to manufacture Stable Cell Line in mammalian cell line 293T. Validation of the expression of four SARS-CoV-2 proteins (Spike Full, Subunit S1, Subunit S2, and Receptor Binding Domain) was carried out using Immunofluorescence Assay (IFA) and Western Blot (WB) methods. The results showed that the four protein variants (Spike Full, S1 Subunit, S2 Subunit, and Receptor Binding Domain) were functional in expression and according to the appropriate protein size. The IFA test showed two superior Corrected Total Cell Fluorescence (CTCF) values: the Spike Full protein and the S2 Subunit (118.813 and 264159 CTCF) of post-transfection cells, which indicated that there were differences in the expression ability of each protein. The Western Blot test has proven that two proteins (Spike Full and Subunit S2) have the appropriate molecular size (142.5 and 66.0 kDa). Thus, it can be concluded that the recombinant plasmid constructed by BRIN is proven to be functional and can be used to manufacture Stable Cell Lines."

"The volumes in this authoritative series present a multidisciplinary approach to modeling and simulation of flows in the cardiovascular and ventilatory systems, especially multiscale modeling and coupled simulations. The cardiovascular and respiratory systems are tightly coupled, as their primary function is to supply oxygen to and remove carbon dioxide from the body's cells. Because physiological conduits have deformable and reactive walls, macroscopic flow behavior and prediction must be coupled to nano- and microscopic events in a corrector scheme of regulated mechanisms when the vessel lumen caliber varies markedly. Therefore, investigation of flows of blood and air in physiological conduits requires an understanding of the biology, chemistry, and physics of these systems together with the mathematical tools to describe their functioning. "

"Salah satu faktor yang menentukan keberhasilan proses fertilisasi adalah kemampuan sperma membuahi oosit. Sperma yang diejakulasikan dari saluran reproduksi pria belum memiliki kemampuan ini. Di dalam saluran reproduksi wanita (servik) sperma mengalami serangkaian proses yang membuatnya memiliki kemampuan membuahi oosit yang disebut kapasitasi. Kapasitasi merupakan tahapan penting bagi keberhasilan fertilisasi yang memerlukan integritas membran plasma baik dan dikarakterisasi oleh fosforilasi tirosin. Sementara itu, bagi tubuh perempuan maupun laki-laki spermatozoa merupakan benda asing yang dapat merangsang respon imun berupa pembentukan antibodi terhadap sperma (ASA). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh antibodi antisperma dari serum wanita infertil terhadap integritas membran plasma, status dan lokalisasi fosforilasi tirosin, serta viabilitas dan motilitas spermatozoa manusia. Desain penelitian ini adalah eksperimental in vitro di mana spermatozoa normal donor fertil yang telah dicuci diberi perlakuan diinkubasi dengan serum yang terdeteksi ASA dari wanita infertil dengan kelompok konsentrasi serum 0, 1/1000, 1/100 dan 1/10 selama 1 jam dan 2 jam, kemudian diperiksa parameter-parameter; integritas membran plasma, intensitas dan lokasi fosforilasi tirosin serta viabilitas dan motilitas spermatozoa. Hasil pemeriksaan untuk semua parameter yang diukur menunjukkan kecenderungan yang sama, yaitu inkubasi spermatozoa dengan serum positif ASA dengan konsentrasi meningkat menyebabkan penurunan persentase integritas membran plasma, fosforilasi tirosin, viabilitas dan motilitas spermatozoa untuk waktu inkubasi 1 jam, namun tidak demikian untuk inkubasi selama 2 jam. Namun secara keseluruhan semua parameter menunjukkan nilai persentase yang lebih rendah untuk inkubasi selama 2 jam dibandingkan 1 jam. Dengan demikian pada penelitian ini dapat disimpulkan bahwa ASA dari serum wanita infertil dapat menurunkan integritas membran plasma spermatozoa tergantung konsentrasi dan waktu inkubasi secara signifikan. ASA juga dapat menurunkan persentase fosforilasi tirosin, viabilitas dan motilitas spermatozoa tergantung konsentrasi dan waktu inkubasi, namun penurunan ini secara statistik tidak signifikan.

---

One of the factors that determine the success of the fertilization process is the ability of sperm to fertilize oocytes. Ejaculated sperm from the male reproductive tract doesn?t have this capability. In the female reproductive tract (cervix) sperm undergo a series of processes that make it has the ability to fertilize an oocyte, called capacitation. Capacitation is an important step for successful fertilization requires the integrity of the plasma membrane and characterized by tyrosine phosphorylation. Definitely, sperm are foreign materials for the female and male body that can stimulate an immune response in the form of antibodies to sperm formation (ASA).

This study aims to determine the effect of antisperm antibody from infertile women sera on viability, motility, plasma membrane integrity, as well as the intensity and localization of tyrosine phosphorylation in normal spermatozoa. The design of this study is experimental in vitro. The washed spermatozoa of normal fertile donors incubated with ASA from infertile women sera, with different concentrations (0, 1/1000, 1/100 and 1/10) for 1 hour and 2 hours and then examined the parameters; plasma membrane integrity, intensity and location of tyrosine phosphorylation, viability and motility of spermatozoa.

Test results for all measured parameters showed a similar trend, which is incubation of spermatozoa with positive serum ASA with increasing concentration causes a decrease in the percentage of plasma membrane integrity, tyrosine phosphorylation, viability and motility of spermatozoa for 1 hour incubation time, but not so for incubation for 2 hours. But overall all parameters showed a lower percentage value for incubation for 2 hours than 1 hour.

Thus, in this study it can be concluded that the ASA from infertile women sera can lower plasma membrane integrity of spermatozoa depending on concentration and incubation time significantly. ASA can also reduce the percentage of tyrosine phosphorylation, viability and motility of spermatozoa depending on concentration and time of incubation, but this decrease was not statistically significant."

"ABSTRAKTesis ini bertujuan untuk mengujikan persamaan yang diperoleh dari grafik karakteristik hubungan tegangan masukan optimum driver valve terhadap perubahan daya beban pada bukaan valve proporsional pada masukan sistem PEMFC sehingga bukaan valve akan bekerja secara otomatis sesuai dengan perubahan daya beban. Persamaan yang diambil ada dua yaitu persamaan polinomial dan linier. Masukan persamaan adalah daya beban dan keluarannya dijadikan tegangan masukan driver valve.Hasil pengujian dengan kedua persamaan menunjukkan karakteristik tegangan dan arus keluaran sistem yang hampir sama dengan karakteristik pada bukaan valve optimum dan maksimum. Pemakaian gas H2 pada pengujian dengan kedua persamaan menunjukkan nilai yang hampir sama dengan bukaan valve optimum, sehingga lebih hemat dalam konsumsi gas H2 dibandingkan dengan bukaan valve maksimum.

---

ABSTRACT

This thesis aims to testing the equation which obtained from the graph characteristics relationships of the optimum input voltage driver valve to change the power load on the valve opening proportional to the input PEMFC system so that the valve opening will work automatically according to changes in load power. Equations are taken there are two linear equations and polynomials. Enter the equation is used as the power load and input voltage output driver valves.

Test results show similarities with both voltage and output current characteristics are almost the same system with the characteristics of the optimum and maximum valve opening. H2 gas usage on testing with both equations show similar values with optimum valve opening, making it more efficient than the maximum valve opening."

"Tesis ini bertujuan untuk melakukan pengembangan metode perlakuan terhadap tegangan keluaran sistem fuel cell yang cenderung berubah seiring perubahan beban agar mampu bertahan pada nilai yang relatif konstan. Hal ini dilakukan dengan menambahkan suatu DC-DC converter berupa buck converter pada keluaran fuel cell sebelum diubah menjadi tegangan AC oleh inverter. Hasil uji coba menunjukkan tegangan keluaran sistem menjadi relatif tetap pada tegangan 12,4 volt +2,5% saat diberi beban yang berfluktuasi jika dibandingkan dengan tegangan keluaran fuel cell itu sendiri.

---

The purpose of this thesis is to conduct method development treatment of output voltage of fuel cell system, which is tend to change along with load fluctuation, to be able to withstands on relatively constant value. It?s done by adding a buck converter as a DC-DC converter on fuel cell's output before it's changed as AC voltage by inverter. The experiment result shows that output voltage of the system is relatively constant on 12.4 volt +2,5% under fluctuated load in comparison with output voltage from fuel cell it self."

"Dalam simulasi ini, dilakukan pemodelan dan simulasi Proton Exchange Membrane (PEM) fuel cell dengan pendekatan 3 dimensi 2 fasa, yaitu fasa gas dan fasa padatan dengan bentuk channel serpentine. Persamaan model yang diturunkan meliputi persamaan kontinuitas, persamaan momentum, persamaan energi persamaan transport ion dan persamaan current density. Kesemua persamaan ini dibedakan antara fasa padatan dan fasa gas. Fasa padatan terjadi pada GDL, Catalyst dan membrane baik disisi anode maupun cathode. Scdangkan fasa gas hanya terjadi pada Gas Channel anode dan Gas channel cathode. Penyelesaian numeris model menggunakan perangkat lunak MATLAB™ 6.0. Karena terlalu sulitnya melakukan pemecahan dengan menggunakan MATLABTM pada daerah perhitungan 3 dimensi 2 fasa dan dalam geometri yang komplek, maka model disederhanakan menjadl 2 buah model I dimensi, yaitu model pada sumbu y (lebar) dan model pada sumbu z{ketebalan). Hasil model dari penyederhanaan model kesumbu y dldapat profil kecepatan. konsentrasi, tekanan, temperatur. current density, tegangan ionik. Model 1 dimensi kearah sumbu y ini hanya dapat diselesaikan pada lebar 50 cm, jika melebihi lebar ini model tidak dapat diselesaikan karena menghasilkan sebuah matrik Jacobian dari metoda Newton-Raphson yang singular, hal ini disebabkan karena persamaan current density yang sangat stiff. Sedangkan hasil dari penyederhanaan model kesumbu z..."