Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKLatar Belakang: Kanker Kolorektal termasuk ke dalam lima besar kanker dengan tingkat insidensi dan mortalitas yang tinggi di Indonesia. Sebesar 20%-25% kejadian kanker kolorektal merupakan faktor keturunan melalui pewarisan mutasi gen-gen high penetrance yang berkontribusi signifikan terhadap pembentukan kanker kolorektal, sedangkan 80%-85% merupakan kanker kolorektal sporadik. Pada kanker kolorektal sporadik mutasi terjadi pada gen-gen low penetrance yang berisiko rendah terhadap pembentukan kanker kolorektal. Identifikasi mutasi pada gen-gen lain yang berpotensi memiliki kontribusi terhadap kanker kolorektal sporadik diperlukan. Prastudi sebelumnya menggunakan metode GWAS telah mengidentifikasi CNV di kromosom 7, 8, 18, dan 20 dari pasien kanker kolorektal sporadik. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi gen dengan CNV di kromosom tersebut dan asosiasinya pada kanker kolorektal sporadik serta hubungan variasi genetik CNV terhadap tingkat ekspresi mRNA gen DOK5.Metode: Identifikasi gen berdasarkan seleksi dari analisis data CNV dan SNP prastudi GWAS. Sebanyak 70 pasang sampel jaringan kanker kolorektal dan jaringan kolorektal sehat digunakan dalam penelitian ini dengan persetujuan komisi etik serta tujuh jenis sel lestari. Metode Real-Time PCR digunakan dalam analisis CNV gen DOK5 menggunakan DNA dari sampel jaringan maupun sampel sel lestari dan analisis ekspresi mRNA gen DOK5 dari sampel RNA sel lestari.Hasil: Jumlah Copy Number (CN) gen DOK5 yang tinggi secara signifikan (P =0,01) terdapat pada kelompok usia ≥50 tahun (CN=1,58). Variabel CN gen DOK5 berasosiasi signifikan dengan variabel kelompok usia (P=0,028) dimana lebih dari 50% sampel ≥50 tahun memilik amplifikasi gen DOK5. Pada derajat diferensiasi histopatologi dan jenis kelamin tidak ada perbedaan dan asosiasi dengan CN gen DOK5 secara signifikan (P >0,05). CNV gen DOK5 berkorelasi positif kuat (R=0,890) secara signifikan (P=0,007) dengan tingkat ekspresi mRNA gen DOK5 di beberapa sampel sel lestari dari berbagai kanker.Kesimpulan: Amplifikasi CNV gen DOK5 terkait dengan kanker kolorektal sporadik pada subyek berusia ≥50 tahun. CNV gen DOK5 yang teramplifikasi berpengaruh terhadap peningkatan ekspresi mRNA gen DOK5 di sel lestari.

---

ABSTRACT

Background: Colorectal Cancer (CRC) is among top five cancers that have high level of incidence and mortality in Indonesia. About 20%-25% of CRC were familial that inherited a mutation of high penetrance genes with high predisposing risk of CRC, while the rest of 75%-80% were sporadic CRC. Most of predisposing mutation of genes in sporadic CRC were low penetrance genes with low risk of CRC. Identification of other predisposing genes that have significant and higher risk of sporadic CRC were needed. Our previous study using GWAS has identified a significant genetic variation in the form of CNV in chromosomes 7, 8, 18, dan 20 in sporadic CRC patient. This study aimed to identify the gene with CNV in those chromosomes and its association with sporadic CRC also the effect of CNV on expression level of the gene mRNA.

Method: The gene was identified by selection using analyzed data of CNV and SNP from GWAS study. Seven type of cell lines and 70 matched paired samples of cancerous and normal tissues were used in this study with approval from ethic commission. Real-Time PCR method was used to analyze both DOK5 gene CNV from DNA sample and DOK5 gene expression from RNA sample. DNA was extracted from tissues and cell lines, while RNA extracted from cell lines.

Results: Difference of DOK5 CN was significant in age group (P=0,01) with group ≥50 years old had higher CN of DOK5 gene (CN=1,58). DOK5 CN variable was associated with age group variable (P=0,028) where more than 50% samples of age ≥50 years old showed amplification of DOK5 CN. No significant difference (P >0,05) in CNV of DOK5 gene was detected in subjects if grouped based on their histopathology or gender. In cell lines, CN of DOK5 gene showed significant (P=0,007) and strong positive correlation (R=0,890) with mRNA expression level of DOK5 gene.

Conclusion: DOK5 gene was identified from GWAS CNV data. CNV amplification of DOK5 gene was associated with sporadic colorectal cancer in subject ≥50 years old. Amplified CNV of DOK5 gene affect the increased of DOK5 mRNA expression level in cell lines."

"Integrasi data gene expression dan DNA copy number berbasis kernel digunakan untuk menganalisis pola gen pada penyakit kanker payudara cell line. Clustering pada data integrasi dilakukan tanpa adanya informasi jumlah k cluster, teknik ini disebut fully unsupervised clustering. Pada penelitian ini, intelligent kernel K-Means dikembangkan dengan menggabungkan teknik intelligent K-Means dan kernel K-Means. Berdasarkan hasil eksperimen, nilai pada kernel RBF mempengaruhi jumlah cluster yang ditemukan. Hasil clustering dievaluasi menggunakan nilai R, global silhouette, indeks Davies-Bouldien, akurasi LS-SVM dan visualisasi. Hasil esperimen terbaik yaitu 3 cluster yang memperoleh akurasi LS-SVM sebesar 97.3% dengan standar deviasi 0.2%.

---

In this thesis, kernel based data integration of gene expression and DNA copy number would be utilized to analyze pattern of genes in breast cancer cell line. The cluster analysis on the integrated data will be conducted with has no prior information with regards the number of k clusters which is called fully unsupervised clustering technique. In this work, intelligent kernel K-Means is proposed by combining intelligent K-Means and kernel K-Means. From the experiments, the value of of Radial Basis Function (RBF) has important role for finding the optimal of number of cluster. The clusters those to be found will be evaluated based on global silhouette, Davies-Bouldien Index, LS-SVM accuracy and visualization. The experiment result show that three clusters are successfully to be found. Those clusters produce average accuracy of LS-SVM around 97.3 % with standard deviation 0.2 %."

"Insiden dan mortalitas dari colorectal cancer CRC terus meningkat Beberapa metode skrining CRC umumnya bersifat invasif dan tidak nyaman Single Nucleotide Polymorphism SNP dapat dimanfaatkan sebagai marker untuk skrining CRC dengan tingkat invasif yang rendah Penelitian ini bertujuan untuk memvalidasi asosiasi antara SNP ldquo X rdquo dengan kerentanan terhadap CRC sporadik Desain penelitian menggunakan studi potong lintang Jumlah sampel dan daya uji pada kelompok CRC sporadik dan kontrol ditentukan dengan menggunakan Epi Info versi 3 5 1 DNA genomik diperoleh dari sampel darah kedua kelompok kemudian dilakukan PCR dan sequencing untuk melacak genotip SNP ldquo X rdquo dengan ukuran amplikon 979 pb Hasil analisis statistik menunjukkan nilai PValue genotip TT terhadap Non TT sebesar 0 025 P 0 05 dengan Odds Ratio OR 0 193 0 420 0 911 Setelah dikoreksi dengan binary logistic regression didapatkan P Value sebesar 0 047 dengan OR 0 188 0 431 0 988 P Value genotip GT terhadap Non GT 0 890 dengan OR 0 561 0 963 1 652 P Value genotip GG terhadap Non GG 0 076 dengan OR 0 949 1 628 2 793 Hasil menunjukkan adanya asosiasi antara genotip TT pada SNP ldquo X rdquo dengan menurunnya kerentanan terhadap CRC sporadik Studi lanjutan pada populasi lainnya di wilayah Indonesia perlu dilakukan untuk pemetaan pola variasi genetic di SNP ldquo X rdquo dan untuk mengetahui pengaruhnya di gen gen terdekat yang berkorelasi terhadap CRC sporadik.

---

The incidence and mortality of colorectal cancer CRC increase rapidly Some CRC screening methods are invasive and generally uncomfortable Single Nucleotide Polymorphism SNP can be utilized as a marker for CRC screening with low level of invasiveness This study aimed to validate the association between SNP X with susceptibility to sporadic CRC This study is a crosssectional study Number of samples and power in CRC and control groups were determined using Epi Info v3 5 1 Genomic DNA were obtained from whole blood samples and followed by PCR 979 bp amplicon and direct sequencing to determine the genotype pattern Statistical analysis showed that P Value of genotype TT vs Non TT is 0 025 P 0 05 with Odds Ratio OR 0 193 0 420 0 911 P Value after adjustment using binary logistic regression was 0 047 with OR 0 188 0 431 0 988 P Value of genotype GT vs Non GT was 0 890 with OR 0 561 0 963 1 652 P Value of genotype GG vs Non GG was 0 076 with OR 0 949 1 628 2 793 There was a significant association between TT genotype at the SNP X with decreased susceptibility to sporadic CRC Further study will be needed to identify genetic variation patterns in the SNP X rdquo in other populations in Indonesia region and to investigate its effect to the nearest genes and its correlation to sporadic CRC."

"Insiden dan mortalitas dari colorectal cancer (CRC) terus meningkat. Beberapa metode skrining CRC umumnya bersifat invasif dan tidak nyaman. Single Nucleotide Polymorphism (SNP) dapat dimanfaatkan sebagai marker untuk skrining CRC dengan tingkat invasif yang rendah. Penelitian ini bertujuan untuk memvalidasi asosiasi antara SNP ?X? dengan kerentanan terhadap CRC sporadik. Desain penelitian menggunakan studi potong lintang. Jumlah sampel dan daya uji pada kelompok CRC sporadik dan kontrol ditentukan dengan menggunakan Epi Info versi 3.5.1. DNA genomik diperoleh dari sampel darah kedua kelompok, kemudian dilakukan PCR dan sequencing untuk melacak genotip SNP "X" dengan ukuran amplikon 979 pb.Hasil analisis statistik menunjukkan nilai PValue genotip TT terhadap Non TT sebesar 0,025 (P<0,05), dengan Odds Ratio (OR) 0,193<0,420<0,911. Setelah dikoreksi dengan binary logistic regression, didapatkan P-Value sebesar 0,047 dengan OR 0,188<0,431<0,988). P-Value genotip GT terhadap Non GT 0,890 dengan OR 0,561<0,963<1,652. P-Value genotip GG terhadap Non GG 0,076 dengan OR 0,949<1,628<2,793. Hasil menunjukkan adanya asosiasi antara genotip TT pada SNP ?X? dengan menurunnya kerentanan terhadap CRC sporadik. Studi lanjutan pada populasi lainnya di wilayah Indonesia perlu dilakukan untuk pemetaan pola variasi genetik di SNP ?X?, dan untuk mengetahui pengaruhnya di gen-gen terdekat yang berkorelasi terhadap CRC sporadik.

---

The incidence and mortality of colorectal cancer (CRC) increase rapidly. Some CRC screening methods are invasive and generally uncomfortable. Single Nucleotide Polymorphism (SNP) can be utilized as a marker for CRC screening with low level of invasiveness. This study aimed to validate the association between SNP "X" with susceptibility to sporadic CRC. This study is a crosssectional study. Number of samples and power in CRC and control groups were determined using Epi Info v3.5.1. Genomic DNA were obtained from whole blood samples, and followed by PCR (979 bp amplicon) and direct sequencing to determine the genotype pattern.Statistical analysis showed that P-Value of genotype TT vs Non TT is 0.025 (P<0.05), with Odds Ratio (OR) 0.193<0.420<0.911. P-Value after adjustment using binary logistic regression was 0.047 with OR 0.188<0.431<0.988. P-Value of genotype GT vs Non GT was 0.890 with OR 0.561<0.963<1.652. P-Value of genotype GG vs Non GG was 0.076 with OR 0.949<1.628<2.793. There was a significant association between TT genotype at the SNP "X" with decreased susceptibility to sporadic CRC. Further study will be needed to identify genetic variation patterns in the SNP "X" in other populations in Indonesia region, and to investigate its effect to the nearest genes and its correlation to sporadic CRC."

"Kanker kolorektal merupakan salah satu kanker yang paling umum terjadi di Indonesia. Mutasi gen KRAS banyak terjadi pada kanker kolorektal dan diduga berkaitan dengan berkembangnya kanker tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis mutasi gen KRAS pada ekson 2 kodon 12 dan 13 pada spesimen jaringan kanker kolorektal menggunakan metode Sanger sequencing. Sampel jaringan segar dari 50 pasien di Rumah Sakit Kanker Dharmais yang sudah terkonfirmasi kanker kolorektal oleh dokter patologi anatomi dikumpulkan di Laboratorium Biobank Rumah Sakit Kanker Dharmais. Sampel dikoleksi dari tahun 2018-2020. Hasil penelitian menunjukkan terdapat 13 sampel terdeteksi positif mutasi titik pada ekson 2 kodon 12 (9) dan kodon 13 (4). Mutasi pada kodon 12 ditemukan 2 jenis yaitu GGT>GAT dan GGT>GCT. Mutasi pada kodon 13 ditemukan 2 jenis yaitu GGC>GAC dan GGC>GCC. Berdasarkan hasil yang didapatkan, dapat disimpulkan bahwa terdapat 4 jenis mutasi yang ditemukan pada penelitian ini

---

Colorectal cancer is one of the most occurred cancers in Indonesia. KRAS gene mutation often occurred in colorectal cancer and has been presumed to be related to development of this cancer. The aim of this study is to discover the mutation types of the KRAS gene exon 2 codon 12 and 13 in colorectal cancer tissue specimens in Dharmais Cancer Hospital. The fresh tissue from fifty patients in Dharmais Cancer Hospital confirmed colorectal cancer by pathology anatomy doctor were collected in Biobank Laboratory Dharmais Cancer Hospital. KRAS gene mutations were analyzed from fresh tissue using the Sanger Sequencing method. The result shows that 13 samples detected positive on KRAS gene mutation on exon 2 codon 12 (9) and codon 13 (4). Two types of KRAS gene mutation detected in codon 12 are GGT>GAT and GGT>GCT. Two types of KRAS gene mutation also detected in codon 13 are GGC>GAC and GGC>GCC. The conclusion of this study is four types of mutation has been discovered in this study."

"Kanker kolorektal adalah penyakit neoplasma ganas yang tumbuh dan berkembang pada saluran usus besar dan atau rektum. Terapi anti EGFR menggunakan agen biologis antibodi monoklonal cetuximab dan panitumumab diketahui memberikan tingkat penyembuhan yang baik pada pasien kanker kolorektal. Pasien dengan mutasi pada gen NRAS dan KRAS cenderung resisten terhadap terapi anti EGFR, sehingga penting dilakukan pemeriksaan kedua gen tersebut sebelum pemberian terapi. Pemeriksaan gen NRAS belum tersedia di Indonesia karena minimnya data mengenai mutasi gen tersebut pada populasi Indonesia. Penelitian dilakukan untuk mengetahui profil mutasi pasien gen NRAS pada 58 sampel pasien kanker kolorektal di Jakarta. Pemeriksaan mutasi dilakukan pada exon 2(codon 12 & 13) dan exon 3 (codon 61) gen NRAS menggunakan metode sekuensing. Analisis elektroferogram sekuensing menunjukan mutasi gen NRAS ditemukan pada 6,9% (n=58) sampel uji. Hasil uji statistik fischer exact test dua arah menunjukan tidak adanya asosiasi mutasi gen dengan kelompok usia pasien dan jenis kelamin. Gen NRAS ditemukan termutasi pada codon 12 (1,7 %) dan codon 61 (5.2%). Tidak ditemukan adanya mutasi pada codon 13 gen NRAS.

---

Colorectal cancer is a neoplasm disease that arise in inner lining of colon or rectum. Anti EGFR therapy such as cetuximab and panitumumab were widely used to suppress metastases colorectal cancer in patient and decided as gold standard therapy. Mutation either KRAS or NRAS gene will reduced effectifity of anti EGFR therapy, hence genotyping of KRAS and NRAS gene must be executed before. NRAS genotyping test not yet available in Indonesia due to lack of information about this gene. This study was subjected to understanding profile of NRAS gene mutation in Jakartans colorectal cancer patient. Mutation screening was perform by sequencing method, notably exon 2 (codon 12&13) and exon 3 (codon 61). Electropherograms analysis shows that NRAS mutation found in 6,9% samples (n=58). NRAS mutation found in codon 12 (1,7%), codon 61 (5,2%), and there was no mutation found in codon 13. Fischer exact test statistical analysis summarized that there was no significant association of NRAS mutation with both sex and age."

"Latar Belakang: Akhir-akhir ini peristiwa epigenetik turut berperan menjadi penyebab keganasan. Peristiwa epigenetik meliputi metilasi DNA dan modifikasi histon. Gen penekan tumor adalah salah satu golongan gen yang merupakan target utama kcrusakan DNA. Contohnya gen penekan tumor dapat tidak berfungsi karena termutasi, termetilasi dan mengalami LOH (Loss of heterozygosity), gen WRN adalah termasuk gen penekan tumor. Gen WRN termutasi pada penyakit Werner Syndrome, gen WRN yang terletak pada kromosom 8p 11.2-12 sering mengalami LOH dan pada lokus genetik ini terdapat pada pasien usia muda kanker payudara, laporan terakhir mcnyatakan bahwa gen WRN dapat mengalami metilasi, semua kejadian pada gen WRN tersebut dapat mengarah ke kanker. Tujuan: Penelitian ini untuk mengetahui karakteristik status gen WRN yang temietilasi pada pasien kanker payudara di Rumah sakit Kanker Dharmais dan hubungan gen WRN yang termetilasi tersebut dengan ekspresi mRNA nya. Desain: Analitik. Metode: Jaringan segar kanker payudara di isolasi sehingga didapat DNA dan RNA. Untuk mengecek kualitas DNA yang didapat dilakukan PCR konvensional dengan primer Interferon-Gamma. Dilanjutkan perlakuan sodium bisuliit, untuk mengkonversi sitosin yang tidak termetilasi menjadi urasil sedangkan sitosin yang termetilasi tetap menjadi sitosin. Primer myod-1 untuk megecek hasil perlakuan sodium bisuliit kemudian dilakukan teknik MSP dengan masing-masing Primer metilasi dan Primer tidak metisi. RNA yang didapatdi reverse rranscripiase menjadi cDNA kemudian di perlakukan bersama cDNA B-actin diperiksa dcngan Real Time PCR. Uji Mann- Whitney U dipakai untuk menguji hubungan antara gen WRN yang termetilasi dengan ekspresi mRNA dan uji Fisher untuk menguji hubungan antara gen WRN yang temietilasi dcngan data klinik meliputi usia penderita, hasil pemeriksaan lmmunohistokimia (ER, PR, IIer2, p53) dan TNM. Hasil: Gen WRN yang termetilasi sebanyak 9 sampel dari 60 sampel (l5%). Ekspresi mRNA yang dapat dinilai datanya sebanyak 49 sampel dari 60 sampel (8 I ,67%) dan Rasio ekspresi WRN terhadap B-actin sekitar 0,00 hingga 27,75. Kesimpulan: Tidak ada hubungan antara gen WRN yang tcrmetilasi dengan ekspresi mRNA dengan P = 0,61 dan tidak ada hubungan antara gen yang termetilasi dengan data klinik yang terdiri dari hasil pemeriksaan ER, PR, Her2, Triple negatif, p53, dan TNM, tapi ada hubungan yang signiiikan antara usia pcnderita yang muda (dibawah dan sama dcngan 40 tahun) dengan gen WRN yang termctilasi dengan P = 0,02.

---

Background: Epigenetic events including DNA methylation and histone modifications contribute to the cause of malignancy. Tumor suppressor genes belong to class of genes which may be subjected to DNA damage or modification. For instance, tumor suppressor gene may be inactivated by mutation, methylation and LOH ( Loss of heterozigosity), the WRN gene is an example of tumor suppressor gene. Mutated in the premature aging Werner syndrome, WRN gene is located on chromosome 8p 11.2-12. Futhermorc, L01-I in this genetic locus is found in a subset of early onset breast cancer patients. Recent report also indicated that WRN gene may be susceptible to methylation. These data suggest that WRN gene inactivation may lead to cancer.

Objective : This study aims to examine the characteristic of a methylation status of WRN gene in breast cancer patients at Dhamiais National Cancer Hospital and the relationship between WRN gene methylation with its mRNA expression.

Design: Analytical.

Methods: DNA and RNA were isolated from archieved frozen breast cancer tissue sample. DNA quality was checked by PCR amplification of Interferon gamma gene. To determine promoter methylation, DNA was treated with bisultite to distinguish methylated cytosine from unmethylatated ones. The quality of converted DNA was determined by amplification of Myod-1 locus with contain cytosine rich sequences that are susceptible to uracil conversion upon bisultite treatment. Subsequently, WRN methylation was determined using Methylation Specific PCR (MSP) using 2 set of primers recognizing either methylated or unmethylated WRN sequence. WRN expression was determined bythe level of cDNA upon conversion of total, RNA using reverse transcriptase. Expression of WR.N was calibrated to B-actin expression using Real-Time PCR and Pffafl method. Mann-Whitney U test was used to examine the relationship between WRN gene methylation and its mRNA expression. Fisher test was used to examine the relationship between WRN gene methylation status with clinical data include age, lmmunohistokimia test (ER,PR,I-ler2,p53) and TNM.

Results: WRN gene is methylated in nine samples out of 60 samples (I5%). mRNA expression data was assessed from 49 samples out of 60 samples only (8l,67%). Although there is a trend of mRNA silencing in methylated WRN gene, the relationship does not reach statistical significance. WRN expression ratio of B- actin around 0,00 to 27,75.

Conclusion: There is no relationship between the WRN gene methylation and mRNA expression, P = 0.61 and no relationship between the WRN gene methylated with clinical data that consists of ER, PR, Ht-:r2, Triple negative, p53, and TNM. Interestingly, WRN methylation was found more frequently in early onset breast cancer patients, P=0,02."

"Kanker kolorektal adalah jenis kanker pada kolon dan rektum usus besar yang disebabkan oleh pertumbuhan abnormal. Kasus kanker kolorektal di Indonesia merupakan kasus kanker tertinggi urutan ketiga dan mengalami peningkatan setiap tahunnya. Oleh karena itu, deteksi kanker kolorektal diperlukan untuk diagnosis dan prognosis kanker kolorektal. Salah satu metode deteksi yang digunakan adalah deteksi ekspresi RNA untuk mengetahui gen yang diekspresikan secara berlebih atau sebaliknya pada jalur perkembangan kanker kolorektal yang terpengaruh. Ekspresi heparanase (HPSE) diketahui menginduksi perkembangan kanker kolorektal. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat ekspresi HPSE pada jaringan normal dan kanker kolorektal. Penelitian ini menggunakan sepuluh sampel untuk masing-masing jaringan normal dan kanker kolorektal dari pasien kanker kolorektal. Nilai ekspresi HPSE diukur dengan reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). Selanjutnya, analisis statistik dilakukan menggunakan aplikasi SPSS. Hasil RT-qPCR menunjukkan bahwa ekspresi HPSE RNA pada jaringan kanker 6,912 kali lebih tinggi dibandingkan pada jaringan normal. Berdasarkan nilai perbandingan ekspresi gen relatif yang diatur dengan nilai 1. Ekspresi HPSE untuk setiap individu pasien dikelompokkan menjadi ekspresi meningkat (>1) dan menurun (<1). Berdasarkan hasil qPCR, ekspresi HPSE tidak terdeteksi pada tiga sampel pasien yang ditunjukkan dengan tidak terjadinya amplifikasi. Hasil ini diduga disebabkan oleh template RNA yang digunakan mengalami degradasi. Analisis statistik menunjukkan ekspresi HPSE pada jaringan kanker kolorektal tidak memiliki perbedaan secara signifikan dengan jaringan normal berdasarkan nilai p > 0,05.

---

Colorectal cancer is a type of cancer of the colon and rectum of the large intestine caused by abnormal growth. Colorectal cancer cases in Indonesia are the third highest cancer cases and are increasing every year. Therefore, detection of colorectal cancer is needed for the diagnosis and prognosis of colorectal cancer. One of the detection methods used is RNA expression detection to determine which genes are overexpressed or otherwise in the affected colorectal cancer development pathway. The expression of heparanase (HPSE) is known to induce the development of colorectal cancer. This study aims to determine the level of HPSE expression in normal tissue and colorectal cancer. This study used ten samples for each of normal and colorectal cancer tissue from colorectal cancer patients. Relative expression value HPSE measured by reverse transcription-quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). Furthermore, statistical analysis was performed using the SPSS application. RT-qPCR results showed that HPSE expression in cancer tissue was 6,912 higher than in normal tissue. Based on the comparative value of relative gene expression, which was set to a value of 1. The HPSE expression for each individual patient was grouped into increased (>1) and decreased (<1) expressions. Based on the results of RT-qPCR, HPSE expression was not detected in three patient samples as indicated by the absence of amplification. This result was thought to be caused by the degradation of the template RNA. HPSE in colorectal cancer tissue did not differ significantly from normal tissue based on p > 0.05."

"Penelitian bioinformatika sering diterapkan untuk mempelajari penyakit dalam tubuh manusia. Penelitian yang sampai saat ini masih aktif dilakukan ialah penelitian terhadap pasien penderita kanker. Tujuan dari berbagai penelitian ini yaitu untuk menemukan pengobatan terbaik bagi pasien penderita kanker. Salah satu pengobatan yang baru ini muncul dikenal sebagai imunoterapi. Imunoterapi memungkinkan sel-sel imun tubuh kita sendiri digunakan untuk melawan sel-sel kanker. Instrumen utama dalam penelitian terhadap efektifitas imunoterapi juga kasus bioinformatika lainnya ialah data ekspresi gen. Namun, pada data ekspresi gen seringkali ditemukan nilai yang hilang atau missing values yang biasanya disebabkan oleh kerusakan gambar atau kesalahan dalam proses hibridisasi. Keberadaan missing values pada data ekspresi gen dapat menyebabkan kesulitan pada analisis lebih lanjut, di mana banyak analisis ekspresi gen memerlukan data yang lengkap seperti klasifikasi dan pengelompokan. Oleh karena itu, perlu dilakukan imputasi terhadap missing values agar analisis yang dilakukan dapat lebih akurat. Pada penelitian ini dilakukan imputasi menggunakan metode Bi-BPCA. Bi-BPCA merupakan metode imputasi dengan mengombinasikan analisis biclustering dan imputasi BPCA. Metode Bi-BPCA diterapkan pada data ekspresi gen di sekitar kanker setelah dilakukan imunoterapi. Setelah itu, performa dari metode Bi-BPCA dilihat dengan membandingkan hasil imputasi metode Bi-BPCA dengan metode imputasi lainnya diantaranya imputasi menggunakan rata-rata baris, rata-rata kolom, dan metode imputasi BPCA melalui nilai NRMSE. Selain itu, koefisien korelasi Pearson digunakan untuk menghitung korelasi antara nilai hasil imputasi metode Bi-BPCA dengan nilai aslinya. Berdasarkan penelitian ini metode Bi-BPCA menghasilkan NRMSE kurang dari 0.6 untuk missing rate 1-30%, lebih rendah dibandingkan NRMSE dari metode imputasi lainnya. Kemudian, metode Bi-BPCA menghasilkan nilai koefisien korelasi Pearson mayoritas di atas 0.9 mendekati 1. Hasil ini menunjukkan bahwa metode Bi-BPCA menghasilkan nilai imputasi yang lebih baik untuk menggantikan missing values dibandingkan dengan metode imputasi BPCA, rata-rata kolom, dan rata-rata baris.

---

Bioinformatics research is often applied to study diseases in the human body. Research that is still actively being carried out is research on cancer patients. The aim of those studies is to find the best treatment for cancer patients. One treatment that has recently emerged is known as immunotherapy. Immunotherapy allows our body's own immune cells to be used to fight cancer cells. The main instrument in research on the effectiveness of immunotherapy as well as other cases of bioinformatics is gene expression data.. However, in gene expression data, it is often found missing values which are usually caused by image defects and errors in the hybridization process. The existence of missing values in gene expression data can cause difficulties in further analysis, where many analysis of gene expression requires complete data such as classification and clustering. Therefore, it is necessary to impute the missing values so that the analysis can be carried out more accurately. In this study, imputation was carried out using the Bi-BPCA method. Bi-BPCA is an imputation method by combining biclustering analysis and BPCA imputation. The Bi-BPCA method was applied to gene expression data around cancer after immunotherapy. After that, the performance of the Bi-BPCA method was seen by comparing the imputation results of the Bi-BPCA method with other imputation methods including imputation using row averages, column averages, and the BPCA imputation method through the NRMSE value. In addition, the Pearson correlation coefficient was used to calculate the correlation between the imputed value of the Bi-BPCA method and the original value. Based on this study, the Bi-BPCA method produces NRMSE values less than 0.6 for missing rates 1 to 30 percent, which is lower than NRMSE from other imputation methods. In addition, the Bi-BPCA method produces in a majority Pearson correlation coefficient above 0.9. These results indicate that the Bi-BPCA method produces better imputation values to replace the missing values."

"ABSTRAKLatar Belakang:Adenokarsinoma musinosum mempunyai prognosis lebih buruk dari pada adenokarsinoma Not Otherwise Specified NOS kolorektal. Ekspresi podoplanin pada Cancer associated fibroblasts CAF dan nilai Lymphatic Microvessel Density LMVD yang tinggi merupakan petanda prognosis yang buruk. Pada penelitian ini dilakukan analisis terhadap CAF, LMVD dan metastasis kelenjar getah bening KGB pada adenokarsinoma musinosum dan adenokarsinoma NOS. CAF merupakan komponen utama pada stroma desmoplastik yang memiliki peran penting dalam proses metastasis. LMVD merupakan penilaian densitas pembuluh limfatik pada massa tumor primer.Bahan dan Metode:Penelitian dilakukan terhadap 44 kasus yang terdiri atas 22 kasus adenokarsinoma musinosum dan 22 kasus adenokarsinoma NOS kolorektal. Pulasan podoplanin digunakan untuk melihat ekspresinya pada CAF dan nilai LMVD.Hasil:CAF yang terekspresi podoplanin pada adenokarsinoma NOS lebih tinggi daripada adenokarsinoma musinosum kolorektal p=0,000 . Tidak terdapat perbedaan bermakna nilai LMVD antara adenokarsinoma NOS dengan adenokarsinoma musinosum kolorektal p=0,381 . Tidak terdapat korelasi antara CAF yang terekspresi podoplanin dengan nilai LMVD pada adenokarsinoma musinosum p=0,248 dan adenokarsinoma NOS p=0,448 . Tidak terdapat korelasi antara CAF yang terekspresi podoplanin dengan metastasis KGB pada adenokarsinoma musinosum p=0,240 dan adenokarsinoma NOS p=0,791 .Kesimpulan:Ekspresi podoplanin pada CAF pada adenokarsinoma NOS lebih tinggi daripada adenokarsinoma musinosum. Tidak terdapat korelasi antara CAF yang terekspresi podoplanin dengan LMVD dan metastasis KGB pada adenokarsinoma musinosum dan adenokarsinoma NOS. Ekspresi podoplanin pada CAF tidak dapat digunakan untuk menentukan prognosis metastasis KGB pada adenokarsinoma musinosum. Terdapat kecenderungan nilai LMVD pada adenokarsinoma musinosum sedikit lebih tinggi daripada adenokarsinoma NOS kolorektal.

---

ABSTRACTBackground Mucinous adenocarcinoma has worse prognosis than the Not Otherwise Specified NOS colorectal adenocarcinoma. High expression of podoplanin in Cancer Associated Fibroblasts CAF and high lymphatic Microvessel Density LMVD values is a marker of poor prognosis. This study analyzed CAF, LMVD and lymph node metastasis in mucinous adenocarcinoma and NOS adenocarcinoma.CAF are the main component of desmoplastic stroma which have an important role in the metastatic processes. LMVD is an assessment of the density of the lymphatic vessels in the primary tumor.Materials and methods The study consists of 44 cases including 22 cases of mucinous adenocarcinoma and 22 cases of NOS adenocarcinoma colorectal. Podoplanin is used to see its expression CAF and LMVD values. Results CAF expressed podoplanin at NOS adenocarcinoma is higher than mucinous adenocarcinoma p 0.000 . There was no significant difference in LMVD values between NOS adenocarcinoma and mucinous adenocarcinoma p 0.381 . There was no correlation between CAF expressed podoplanin with LMVD values in mucinous adenocarcinoma p 0.248 and NOS adenocarcinoma p 0.448 . There was no significant correlation between CAF expressed podoplanin with KGB metastasis in adenocarcinoma musinosum p 0,240 and NOS adenocarcinoma p 0.791 . Conclusion CAF expressed podoplanin at NOS adenocarcinoma is higher than that of the mucinous adenocarcinoma. There is no correlation between CAF expressed podoplanin with LMVD and KGB metastasis in NOS mucinous adenocarcinoma and NOS adenocarcinoma. Podoplanin expression in CAF can not be used to determine the prognosis of KGB metastasis in mucinous adenocarcinoma. There is a tendency for LMVD values in mucinus adenocarcinoma to be slightly higher than NOS adenocarcinoma."