Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Resistensi terhadap antibiotik di bidang kesehatan dapat dialami juga oleh antimikroba yang digunakan di bidang pangan. Selama ini di bidang pangan digunakan bakteriosin sebagai antimikroba. Bakteri penghasil bakteriosin terlindungi dari bakteriosin yang dihasilkannya karena memiliki bacteriocin immunity protein (bip). Gen bakteriosin disandikan bersama dengan gen imunitasnya dalam kondisi yang disebut sebagai quorum sensing. Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan konfirmasi uji aktivitas bacteriocin like inhibitory substance (BLIS) Weissella confusa MBF 8-1 terhadap beberapa bakteri patogen. Tujuan penelitian ini adalah mempelajari metode gene silencing dengan menggunakan model aktivitas BLIS dan bip.Pada penelitian ini dirancang sekuens siRNA bip dengan menggunakan informasi data sekuens dari basis data dan dari data whole genome sequence galur model Weissella confusa MBF8-1. Untuk membuktikan aktivitas gene silencing dari siRNA sintetik tersebut secara in vivo terhadap inang MBF 8-1 maka dilakukan esei zona hambat. Hasil rancangan siRNA yang diperoleh hanya menarget pada gene silencing di MBF 8-1. Berdasarkan analisis algoritma dan BLAST berhasil diperoleh rancangan siRNA kandidat utama, yaitu bip-a MBF 8-1_1 yang secara in vivo menunjukkan aktivitas gene silencing yang poten terhadap inangnya.

---

Resistance to antibiotics in the health sector can be experienced by antimicrobial in the food industry. During this period, food industry has used bacteriocin as an antimicrobial. Bacteria is protected from its bacteriocin because it has bacteriocin immunity protein (bip). Bacteriocin gene is encoded with its immunity protein gene on a condition which was called as quorum sensing. In previous study, Weissella confusa MBF 8-1 possess Bacteriocin Like Inhibitory Substance (BLIS) activity against several pathogen bacteria. This study aimed to study gene silencing method using BLIS and bip activity as model.On this study siRNA bip sequence was designed using information from sequence database and model Weissella confusa MBF 8-1 whole genome sequence database. Disc dilution method was done to prove gene silencing activity of synthetic siRNA against its own host MBF 8-1. Result revealed that siRNA design is aimed as a gene silencing agent against MBF 8-1 alone. Based on algorithm analysis and BLAST, top rank bip-a MBF 8-1_1 siRNA design is potent and has proved its gene silencing activity against its own host."

"Human Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan salah satu virus paling mematikan yang merusak sistem imun manusia melalui interaksi antar protein (PPI). Oleh karena itu, diperlukan suatu metode prediksi yang dapat melihat secara luas interaksi antar protein. Integrasi dari berbagai jenis data yang berbeda merupakan salah satu pendekatan untuk melihat interaksi protein secara luas. Dalam penelitian ini dibangun metode untuk prediksi PPI dengan mengintegrasikan gene expression dan ontology menggunakan Bayesian Network. Langkah pertama pada proses integrasi ini yaitu mencari nilai likelihood ratio berdasarkan evidence berupa nilai probabilistik PPI pada masing-masing dataset. Dimana likelihood ratio diperoleh dari kombinasi evidence menggunakan Bayesian Network. Kemudian hasil prediksi yang diperoleh diverifikasi menggunakan database NIAID sebagai Gold-Standard. Dari hasil keseluruhan eksperimen, model yang dibangun ini dievaluasi menggunakan Positive Predictive Value (PPV) dan memperoleh presisi mencapai 85.07%.

---

.Human Immunodeficiency Virus (HIV) is one of the most deadly virus that could damage the human immune system through protein interaction (PPI). Therefore, the extremely prediction method that determine interactions between proteins extensively is required. The integration of different data is one of the approaches to look at the proteins interactions. In this research, a prediction model of PPI by integrating gene expression and gene ontology using Bayesian Networks will be developed. The first step in the integration process is to find the value of likelihood ratio based on evidence from each dataset. Furthermore the likelihood ratio is obtained from a combination of evidence using Bayesian Networks. Finally, the prediction results will be verified using a database of NIAID as Gold-Standard. Overall, we use PPV as an evaluation method which achieve precision around 85.07%."

"ABSTRAKPenelitian bertujuan menganalisis hubungan kekerabatan spesies-spesiesCercospora berdasarkan data sequence daerah Internal Transcribed Spacers (ITS)rDNA, gen elongation factor 1-α (EF), dan gen calmodulin (CAL); mengetahuilokus yang paling baik dalam memisahkan spesies-spesies Cercospora; danmenguji host specificity Cercospora spp. dengan tanaman inangnya. Padapenelitian ini telah dilakukan amplifikasi dan sequencing daerah ITS rDNA, genEF, dan gen CAL pada 14 spesies dari 23 strain Cercospora yang berasal dari tigafamili tanaman inang (Asteraceae, Cucurbitaceae, dan Solanaceae). Pohonfilogenetik dibangun menggunakan metode Neighbor-Joining, MaximumParsimony, dan Bayesian. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pohonfilogenetik berdasarkan data sequence daerah ITS rDNA tidak dapat menjelaskanhubungan kekerabatan antarspesies pada genus Cercospora; sebagian besarCercospora (57 dari 61 OTU) berada dalam satu kelompok besar yang jarakcabangnya berimpit satu dengan lainnya. Pohon filogenetik berdasarkan datasequence gen EF dapat menjelaskan hubungan kekerabatan beberapa spesiesCercospora, walaupun sebagian spesies Cercospora (24 OTU) berada dalam satukelompok yang jarak cabangnya berimpit satu dengan lainnya. Pohon filogenetikberdasarkan data sequence gen CAL dapat menjelaskan hubungan kekerabatansebagian besar spesies Cercospora, jarak cabang terlihat lebih panjangdibandingkan pada pohon filogenetik berdasarkan data sequence gen EF,walaupun beberapa spesies Cercospora (16 OTU) belum dapat dipisahkan. Hasilanalisis filogenetik menunjukkan bahwa spesies-spesies Cercospora tidak dapatdipisahkan berdasarkan data sequence daerah ITS rDNA, akan tetapi sebagianspesies dapat dipisahkan berdasarkan data sequence gen EF dan gen CAL. Pohonfilogenetik berdasarkan data sequence gen CAL menunjukkan bahwa gen tersebutdapat digunakan untuk memisahkan spesies-spesies Cercospora lebih baikdaripada daerah ITS rDNA dan gen EF. Hasil analisis filogenetik berdasarkandata sequence multilokus menunjukkan bahwa 11 dari 14 spesies Cercosporayang digunakan dalam penelitian tidak host-specific, hanya tiga spesies yaitu C.zinniicola, C. cocciniae, dan C. mikaniicola yang spesifik terhadap inangnya.

---

ABSTRACTThe aims of this study were to analyze the phylogenetic relationships ofCercospora spp. based on sequence data of the internal transcribed spacer (ITS)region of rDNA, elongation factor 1-α (EF), and calmodulin (CAL) genes; todetermine the best locus in separating Cercospora species; and to investigate thehost specificity of Cercospora spp. In this study, the sequences of the ITS regionof rDNA, EF, and CAL genes of 23 strains which belong to 14 species ofCercospora from three host plants families were amplified and sequenced. Thephylogenetic trees of the Cercospora spp. were constructed by Neighbor-Joining,Maximum Parsimony, and Bayesian methods. Our result showed thatphylogenetic relationship of Cercospora at the species level could not be resolvedby ITS rDNA; most of Cercospora species (57 OTU) were grouped in one majorclade with no branch length differences among species. The EF phylogenetic tree,showed that some species of Cercospora could be separated, although 24 OTUwere grouped into one clade with no branch length differences. The CALphylogenetic tree showed that the majority of Cercospora species could beseparated with longer branch compared to the EF phylogenetic tree, althoughseveral species (16 OTU) could not be separated. The phylogenetic analysesshowed that most of Cercospora species could not be separated in the ITS rDNAtree, however those species could be separated in the EF and CAL phylogenetictrees. The results showed that CAL gene was the best locus in separatingCercospora species compared to ITS rDNA and EF gene. Molecularphylogenetic analysis from multiloci (ITS regions of rDNA, EF gene, and CALgene) revealed that 11 out of 14 species of Cercospora have no host specificity(have a wide host range) and only three species e.g., C. zinniicola, C. cocciniae,and C. mikaniicola showed host specificity."

"Teknologi DNA microarray menghasilkan data ekspresi gen yang dapat digunakan untuk membantu berbagai pemecahan masalah dalam dunia kesehatan. Data ekspresi gen merupakan matriks berukuran besar berisi gen dan kondisi eksperimental yang tak jarang mengandung missing values dan outlier. Data yang mengandung missing values dapat mengganggu dan membatasi analisis. Untuk mengatasinya, metode komputasi dinilai layak untuk imputasi missing values pada data ekspresi gen sebelum dilakukan analisis lanjutan, terlebih untuk data yang memiliki outlier. Oleh karena itu, pada penelitian ini digunakan metode imputasi missing values NCBI-LPCM untuk mengatasi permasalahan missing values pada data ekspresi gen yang memiliki outlier. Metode NCBI-LPCM menggunakan ukuran korelasi LPCM yang dapat menangani keberadaan outlier untuk pembentukan bicluster dan imputasi least square yang merupakan metode imputasi dengan pendekatan lokal. LPCM mengidentifikasi gen-gen yang memiliki pola korelasi similar sehingga menjadi informasi lokal untuk dasar imputasi. Metode ini diterapkan pada data ekspresi gen pasien Leukemia Limfoblastik Akut pada missing rate 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, dan 35%. Berdasarkan RMSE dan korelasi Pearson, metode NCBI-LPCM lebih baik jika dibandingkan dengan NCBI-SSSim yang juga dapat menangani keberadaan outlier.

---

DNA microarray technology produces gene expression data that can be used to help solve various problems in healthcare. Gene expression data is a large matrix of genes and experimental conditions that often contains missing values and outliers. Data containing missing values can interfere with and limit analyses. To overcome this, computational methods are considered feasible for imputing missing values in gene expression data before further analysis is carried out, especially for data that has outliers. Therefore, in this study, the NCBI-LPCM missing values imputation method was used to overcome the problem of missing values in gene expression data with outliers. The NCBI-LPCM method uses the LPCM correlation measure which can handle the presence of outliers for bicluster formation and least square imputation which is an imputation method with a local approach. LPCM identifies genes that have similar correlation patterns so that they become local information for the basis of imputation. This method was applied to gene expression data of Acute Lymphoblastic Leukaemia patients at missing rates of 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 30%, and 35%. Based on RMSE and Pearson correlation, the NCBI- LPCM method is better than NCBI-SSSim which can also handle the presence of outliers."

"Sindrom ovarium polikistik (SOPK) merupakan gangguan reproduksi yang disebabkan oleh berbagai faktor endokrin dan metabolisme. Penderita SOPK merupakan wanita usia reproduktif (8—10%) disertai dengan kondisi obesitas (50—80%; IMT≥25). Meski etiologi SOPK belum sepenuhnya diketahui, namun kelainan endokrin seperti abnormalitas rasio kadar LH (luteinizing hormone) dan FSH (follicle stimulating hormone) merupakan penyebab utama terjadinya SOPK. Gen KISS1, TAC3, dan PDYN, diketahui dapat memengaruhi pulsatilitas GnRH (gonadotropin releasing hormone) yang meregulasi sekresi LH dan FSH. Gangguan ekspresi pada ketiga gen ini akan menyebabkan gangguan pada sistem endokrin yang mengarah pada SOPK. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada wanita SOPK dan non-SOPK dengan obesitas dan non-obesitas. Penelitian dilakukan pada masing-masing 10 sampel darah perifer yang dibagi ke dalam empat kelompok, yaitu non-SOPK non-obesitas, SOPK non-obesitas, non-SOPK obesitas, dan SOPK obesitas. Ekspresi mRNA dianalisis menggunakan teknik quantitative real time PCR (qPCR) dan dikuantifikasi secara relatif menggunakan metode Livak. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi mRNA gen KISS1 dan TAC3 ditemukan lebih tinggi pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas, sedangkan ekspresi mRNA gen PDYN lebih rendah pada wanita SOPK dibandingkan wanita non-SOPK dengan obesitas maupun non-obesitas. Namun, berdasarkan hasil uji statistik, tidak seluruh pasangan kelompok memiliki perbedaan ekspresi yang signifikan. Meski begitu, hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa ekspresi mRNA gen KISS1, TAC3, dan PDYN pada darah perifer terkait dengan SOPK dan obesitas.

---

Polycystic ovary syndrome (PCOS) is a reproductive disorder caused by complex endocrine and metabolic factors. This syndrome occurs in reproductive age women (8—10%) with obesity (50—80%; BMI≥25). Although its etiology is not fully understood, endocrine disorders such as ratio abnormality of LH (luteinizing hormone) and FSH (follicle stimulating hormone) is the main causes of PCOS. KISS1, TAC3, and PDYN gene expression are known to affect the pulsatility of GnRH (gonadotropin releasing hormone) which regulates LH and FSH secretion. Abnormality of these gene expressions will cause endocrine disruption that leads to PCOS. This study aimed to determine KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expression levels in PCOS and non-PCOS with obese and non-obese women. The study was conducted on each of 10 peripheral blood samples divided into four group, non-PCOS non-obese, non-PCOS obese, PCOS non-obese, and PCOS obese. The mRNA expression was analyzed using quantitative real time PCR (qPCR) with Livak relative quantification method. This study found that both KISS1 and TAC3 mRNA gene expressions were higher in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women, while PDYN mRNA gene expression was lower in PCOS than non-PCOS in both obese and non-obese women. However, not all pair of groups had statistically significant differences. Nevertheless, the result of this study suggests that KISS1, TAC3, and PDYN mRNA gene expressions in peripheral blood are related with PCOS and obesity."

"Epididimis adalah saluran berbelit yang terletak antara testis dan vas deferens. Epididimis telah lama dikenal sebagai tempat proses pematangan sperma, yang merupakan interaksi antara sperma dan protein-protein yang disekresikan oleh sel-sel epitel epididimis. Salah satu protein yang diduga berperan penting dalam proses pematangan sperma adalah gen Defb42. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui struktur gen dan analisis sebaran jaringan dari gen Defb42. Data struktur gen Defb42 diperoleh dari database Unigene danUCSC Genome Bioinformatics, dimana cDNA, ekson, intron, dan sekuens asam amino diperoleh. Isolasi RNA dilakukan untuk jaringan dari 4 segmenepididimis (initial segment, caput, corpus, cauda) disertai dengan beberapa organ viseral lainnya. Real time RT-PCR dari RNA yang terelusi dilakukan untuk mengukur ekspresi relative Defb42 terhadap gen aktin beta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Defb42 termasuk dalam keluarga beta defensin karena memiliki 6 residu sistein. Ekspresi Defb42 relatif terhadap aktin ditemukan paling tinggi di initial segment dariepididimis, diikuti dengan caput, cauda, dan vas deferens. Disimpulkan bahwa gen Defb42 adalah gen beta defensin dan diekspresikan terutama di initial segment dari epididimis.

---

Epididymis is a convoluted duct that is located between the testis and vas deferens. Epididymis has been known as the site of sperm maturation, which occur via interaction between the sperm and the proteins secreted by the epididymal epithelial cells. One of the proteins that is believed to play a major role in sperm maturation process is encoded by Defb42 gene. The objective of this research is to know the gene structure and tissue distribution analysis of Defb42 gene. Gene structure data was obtained from Unigene database and UCSC Genome Bioinformatics, in which cDNA, exons, introns, and amino acid sequence of Defb42 gene were received. RNA isolation was done for tissues of the four segments of epididymis (initial segment, caput, corpus, cauda) along with other visceral tissues. Real time RT-PCR of the isolated RNA was then performed in order to measure Defb42 relative expression to beta actin. The result showed that Defb42 gene belongs to the beta defensin family due to its conserved six cysteine residues. Defb42 expression relative to actin was highest in the initial segment of the epididymis, followed by caput, cauda, and vas deferens. In conclusion, Defb42 is a beta defensin gene and is mainly expressed in the epididymis and showed region-specific expression in the initial segment."

"Ekspresi gen sintentik gag HIV-1 subtipe CRF01_AE dalam E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP telah dilakukan. Gen gag merupakan salah satu gen pada HIV-1 yang tidak mengalami mutasi secara signifikan sehingga gen tersebut dapat digunakan untuk pengembangan vaksin yang dapat dimanfaatkan dalam jangka waktu yang panjang. Pengembangan vaksin HIV membutuhkan protein Gag untuk digunakan sebagai antigen yang mampu merespon pembentukan antibodi pada hewan uji coba. Protein Gag didapatkan dengan cara melakukan ekspresi gen gag yang telah diklon ke dalam vektor ekspresi pQE-81L, dan ditransformasi ke dalam bakteri E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP. Ekspresi dilakukan dengan tiga faktor optimasi yaitu, suhu, konsentrasi isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) dan waktu ekspresi setelah induksi dilakukan. Analisis hasil ekspresi dilakukan dengan SDS-PAGE dan menunjukkan tidak ada protein Gag yang dihasilkan pada semua keadaan optimasi yang dilakukan. Kegagalan ekspresi gen gag pada E. coli BL21 dan E. coli BL21-CP disebabkan oleh peristiwa kodon bias, dan pemilihan sel inang ekspresi yang kurang tepat.

---

Expression of gag gene on HIV-1 subtype CRF01_AE in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP had been conducted. Gag gene on HIV-1 is one of the genes that can?t be significantly mutated, so it can be utilized for long term vaccines development. HIV vaccine development requires Gag protein as antigen in order to response antibody formation in animal experiment. Gag protein was obtained by gag gene expression that had been cloned into expression vector pQE-81L and transformed into E. coli BL21 and E. coli BL21-CP. Expression of the gag gene as optimized by temperature, isopropyl-β-D-thiogalactopyranoside (IPTG) concentration, and expression time after IPTG induction. The expression was analyzed by SDS-PAGE and it showed no protein produced in all optimization conditions. The failure of gag gene expression in E. coli BL21 and E. coli BL21-CP caused by codon ray and inappropriate host cell."

"Latar Belakang: Status kebersihan rongga mulut yang buruk ditandai dengan biofilm dalam jumlah banyak. Biofilm terbentuk dari perlekatan bakteri ke permukaan padat dan dengan bakteri lain. Bakteri later colonizers patogen periodontitis di biofilm seperti Treponema denticola bergantung pada early colonizers seperti Veillonella parvula. Protein VtaA dan Msp berperan dalam fungsi perlekatan Veillonella parvula dan Treponema denticola. Akumulasi biofilm dapat menyebabkan periodontitis. Akan tetapi periodontitis tidak umum dibahas pada anak. Tujuan: Penelitian ini bertujuan menganalisis hubungan jumlah Veillonella parvula dan Treponema denticola, serta ekspresi gen VtaA dan Msp spesifik tiap bakteri dari saliva anak terhadap status rongga mulut. Metode: Penelitian ini menggunakan 40 sampel saliva anak yang dikelompokkan berdasarkan kategori OHI-S. Ekstraksi RNA untuk analisis ekspresi gen dan DNA untuk jumlah bakteri target dari sampel menggunakan GeneZol Kit. Konversi RNA menjadi cDNA menggunakan SensiFast cDNA Kit. Ekstrak DNA dan cDNA diuji dengan Real-time PCR. Analisis jumlah bakteri menggunakan kuantifikasi absolut dan tingkat ekspresi gen menggunakan kuantifikasi relatif. Hasil: Tidak ada perbedaan bermakna antara jumlah kedua bakteri maupun tingkat kedua ekspresi gen di antara kategori OHI-S. Jumlah Veillonella parvula cenderung menurun dan Treponema denticola cenderung meningkat seiring memburuknya skor OHI-S. Kesimpulan: Deteksi peningkatan jumlah Veillonella parvula tidak dapat menjadi bioindikator inisiasi penyakit periodontal. Ekspresi gen VtaA dan Msp tidak dapat digunakan sebagai bioindikator pembentukan biofilm dalam jumlah tinggi.

---

Backgrounds: Poor oral hygiene status is marked by large amount of biofilms. Biofilms are made from bacterial adhesion to solid surfaces and to other bacteria. Later colonizers periodontitis pathogenic bacteria in biofilms like Treponema denticola, depend on early colonizers such as Veillonella parvula. VtaA and Msp are proteins that function in adhesion of Veillonella parvula and Treponema denticola. Biofilms accumulation can cause periodontitis. However, periodontitis is not a common discussion on children. Objectives: This research aims to analyze the correlation between the quantity of Veillonella parvula and Treponema denticola, also VtaA and Msp gene expression with oral status from children’s saliva. Methods: This study uses 40 samples of children’s saliva which has been grouped according to OHI-S category. RNA extraction to analyze gene expression and DNA extraction to quantify target bacteria from samples using GeneZol Kit. RNA conversion to cDNA uses SensiFast cDNA Kit. DNA extract and cDNA are tested using Real-time PCR Analysis of bacteria quantity with absolute quantification dan gene expression levels with relative quantification. Results: There is no significant difference between target bacteria quantity also gene expression levels between the OHI-S categories. Veillonella parvula’s quantity tends to decrease and Treponema denticola tends to increase as OHI-S scores worsens. Conclusions: Detection of increasing quantity of Veillonella parvula cannot be used as a bioindicator of periodontal disease initiation. VtaA and Msp gene expression cannot be used as a bioindicator of high rates of biofilm’s formation."

"Gen cobU Pseudomonas denitriflcans merupakan salah satu gen yang berperan dalam tahap akhir sintesis vitamin B12. Gen cobU menyandi enzim nicotinate nucleotide: dimethylbenzimidazole phosphoribosyltransferase (NN: DMB1 PRT). Gen cobU Pseudomonas denitriflcans Schlegel BioMCC B12 F942/288 telah diamplifikasi menggunakan PCR dengan primer-primer spesifik, cobU5 (23 mer) dan cobU6 (23 mer). Kedua primer tersebut memiliki suhu leleli 54° C dan kandungan GC sebesar 56%. Primer-primer didisain berdasarkan publikasi Cameron dkk. (1991). DNA diisolasi dari Pseudomonas denitriflcans Schlegel BioMCC B12 F942/288 menggunakan Wizard Genomic DNA Purification Kit*. Kondisi amplifikasi dioptimasi pada suhu annealing, pada kisaran 50?55° C, suhu optimal yang diperoleh adalah 52° C. Produk amplifikasi dianalisis dengan teknik elektroforesis gel agarosa 1%. Hasil amplifikasi menunjukkan bahwa proses amplifikasi berjalan kurang spesifik, terdapat pita gen cobU dengan ukuran yang diharapkan( 1.124 pb) dan pita-pita lainnya. Hasil tersebut kemudian dipuriflkasi untuk digunakan dalam pengklonaan gen cobU."

"Latar belakang: Bakteri A. actinomycetemcomitans merupakan patogen utama yang berperan dalam patogenesis periodontitis agresif. Dalam interaksi antara sel osteoklas dengan bakteri, terdapat peran dari faktor virulensi bakteri A. actinomycetemcomitans dalam proses adhesinya ke permukaan sel, yaitu omp100. Adhesi bakteri pada sel, yang didukung oleh protein omp100, dapat mengakibatkan terjadinya disbiosis dalam ekosistem rongga mulut, yang berakibat pada terjadinya aktvivitas sel osteoklas secara berlebihan dan berefek pada destruksi tulang. Tujuan: Menganalisis ekspresi gen omp100 pada interaksi direk antara sel osteoklas dan sel prekursornya dengan bakteri A. actinomycetemcomitans. Metode: Secara in vitro dengan metode eksperimental laboratorium, dengan sel osteoklas yang diperoleh dari hasil kultur Bone Marrow Cell (BMC) mencit C57BL/6. Sel yang diperoleh kemudian diberi paparan M-CSF (Macrophage-Colony Stimulating Factors) agar berdiferensiasi menjadi sel BMM (Bone Marrow Macrophage), serta diberi paparan M-CSF dan RANKL (Receptor Activator of Nuclear Factor Kappa-B Ligand) agar berdiferensiasi menjadi sel preosteoklas dan osteoklas. Sel diinfeksikan dengan bakteri A. actinomycetemcomitans dengan MOI (multiplicity of infection) 1:1 dan 1:5, kemudian dilakukan pengamatan bakteri intraseluler pada 1,5 dan 18 jam pasca infeksi untuk melihat internalisasi dan proliferasi bakteri berdasarkan ekspresi gen omp100. Hasil: Terjadi penurunan ekspresi gen omp100 pada sel BMM 18 jam pasca infeksi. Pada sel preosteoklas dan osteoklas, terjadi peningkatan ekspresi gen pada 18 jam pasca infeksi. Kesimpulan: Terjadinya peningkatan ekspresi gen omp100 berkorelasi positif dengan jumlah bakteri instraseluler yang diamati pada 1,5 dan 18 jam pasca infeksi. Peningkatan ekspresi gen omp100 terjadi akibat meningkatnya jumlah bakteri intraseluler, yang artinya bakteri di dalam sel mengalami proliferasi dan mampu terfasilitasi dengan baik di dalam sel preosteoklas dan osteoklas.

---

Background: Aggregatibacter actinomycetemcomitans is a major pathogen bacterium that plays role in the pathogenesis of aggressive periodontitis. In the interaction between osteoclast cells and bacteria, there is a role of the virulence factor of A. actinomycetemcomitans in the process of adhesion to the cell surface, namely omp100. The adhesion of these bacteria to cells, which is supported by the omp100 protein, can lead to dysbiosis in the oral ecosystem, which results in excessive osteoclast cell activity and effects on bone destruction. Purpose: To analyze the expression of omp100 gene in the interaction between osteoclast cells and their precursor cells with A. actinomycetemcomitans. Methods: In vitro research with laboratory experimental methods, using osteoclast cells obtained from Bone Marrow Cell (BMC) cultured from C57BL/6 mice. The cells obtained will then be given exposure to M-CSF (Macrophage-Colony Stimulating Factors) to differentiate into BMM cells (Bone Marrow Macrophage), and also be given exposure to M-CSF and RANKL (Receptor Activator of Nuclear Factor Kappa-B Ligand) to differentiate into preosteoclast and osteoclast cells. Cells were infected with A. actinomycetemcomitans with MOI (multiplicity of infection) of 1:1 and 1:5, then intracellular bacteria were observed at 1,5 and 18 hours post-infection to see the internalization and proliferation of bacteria. Results: There was a decrease in omp100 gene expression in BMM cells at 18 hours post-infection. In preosteoclast and osteoclast cells, there was an increase in gene expression at 18 hours post-infection. Conclusions: The increase in omp100 gene expression was positively correlated with the number of intracellular bacteria observed at 1,5 and 18 hours post-infection. The increase in omp100 gene expression occurred due to the increase in the number of intracellular bacteria, which means that the bacteria in the cells proliferated and were able to be well facilitated in preosteoclast and osteoclast cells."