Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKBrucellosis pada sapi endemis di Pulau Jawa, Sulawesi Selatan dan Nusa Tenggara Timur. Program eradikasi brucellosis telah dilakukan namun angka prevalensi penyakit masih di atas >2%. Diagnosis brucellosis masih terbatas secara metode konvensional yaitu serologi dan biakan bakteri. Oleh karena itu pada penelitian ini dilakukan karakterisasi molekuler B. abortus isolat lokal untuk pengembangan metode diagnosik Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) yang lebih efektif. Sebanyak 50 isolat B. abortus isolat lokal asal Jakarta, Bandung, Maros, Belu dan Kupang digunakan pada penelitian ini. Identifikasi biovar dan determinasi strain spesifik B. abortus isolat lokal dilakukan untuk mengetahui strain B. abortus yang menginfeksi ternak sapi di Indonesia. Sekuensing gen isolat B. abortus dikerjakan dengan target gen 16S rRNA. Sekuen nukleotida hasil sekuensing digunakan untuk desain primer set LAMP untuk diagnosis brucellosis. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat B. abortus yang dominan menginfeksi ternak sapi di Indonesia adalah B. abortus biovar 1 dengan properti genom identik dengan genom B. abortus biovar 1 9-941 dan B. abortus S19 yang ada di GenBank dengan tingkat similaritas sekuen mencapai 99%. Hasil determinasi strain spesifik isolat B. abortus dengan multiplek BaSS-PCR menunjukkan semua isolat adalah B. abortus strain lapang bukan strain vaksin. Prototipe metode LAMP-Brucella menggunakan primer set LAMP hasil desain dapat digunakan untuk deteksi cepat Brucella pada sampel susu.

---

ABSTRAKBovine brucellosis is reported endemic in Java, South Sulawesi and East Nusa Tenggara. Brucellosis eradication program has been carried out, however the prevalence of the disease is still high of more than 2%. The diagnosis of brucellosis is still limited in the conventional method. The aim of this study was to perform molecular characterization of B. abortus local isolates to develop Loop-mediated Isothermal Amplification (LAMP) for detection of bovine brucellosis. A total of 50 B. abortus local isolates collected from Jakarta, Bandung, Maros, Belu and Kupang were used and analyzed in this study. Identification and determination of strain B. abortus were done to observe strain specific of B. abortus that causes the bovine brucellosis in Indonesia. Gene sequencing was performed by 16S rRNA gene targets to determine the nucleotide sequence of B. abortus and to get primer sets for the development of LAMP method. The results showed that B. abortus biovar 1 is the predominant infecting cattle in Indonesia with identical genome properties of B. abortus biovar 1 9-941 and B. abortus S19 in the GenBank and has 99% sekuen similaritis. All the observed isolates were B. abortus strain field. Development of LAMP method for detection of Brucella in dairy milk has been established using prototype primer set LAMP design from the results of highly conserved sequencing of the 16S rRNA gene local isolate B. abortus."

"Penelitian ini merupakan usaha untuk mengembangkan suatu metode baru dalam mendeteksi HIV. Teknik deteksi yang biasa digunakan adalah RT-PCR dari sampel berupa RNA, Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengaplikasikan pengembangan metode amplifikasi DNA, LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification), untuk menggantikan RT-PCR, karena metode LAMP ini dinilai lebih spesifik, sensitif, dan efisien.Reaksi LAMP telah dilakukan pada isolat RNA yang sebelumnya telah di-reverse transcription (RT) dan dikonfirmasi dengan PCR. Reaksi tersebut menggunakan enzim Bs/ DNA polimerase dan reaksinya berlangsung pada suhu 65°C. Hasil reaksi tersebut telah dikonfirmasi dengan elektroforesis dan menunjukkan ketiadaan pita hasil amplifikasi yang diharapkan. Argumentasi yang paling memungkinkan dari hasil reaksi ini antara lain, adalah kondisi kemurnian sampel, kondisi reaksi yang tidak optimal untuk reaksi LAMP, dan rancangan primer. Reaksi LAMP juga akan dilakukan pada bagian dari sekuens gen gag yang terletak pada nukleotida nomor 905-1081 dan telah diklon pada vektor pGEM-T serta telah dikonfirmasi dengan sekuensing DNA. Hasil sekuensing menunjukkan sekuens yang sama dengan data gene bank dengan ukuran yang sesuai dengan ukuran target primer komersial, yaitu sebesar 155 pb dan akan digunakan sebagai template untuk reaksi LAMP.Kesimpulan penelitian ini adalah metode LAMP helum berhasil dikembangkan untuk deteksi HIV. Rancangan primer dan kondisi reaksi adalah hal-hal yang penting dalam metode LAMP dan harus ditingkatkan untuk keberhasilan reaksi ini.

---

This study was attempted to develop a new method for HIV detection. The technique that is usually used is RT-PCR for RNA detection. This research aims to apply the recently developed DNA amplification method, LAMP (Loop-Mediated Isothermal Amplification), instead of RT-PCR as this method is more specific, sensitive, and efficient.

The LAMP reaction is done on RNA isolates that have been confirmed by PCR to contain HIV RNA. This reaction has been performed at 65°C using Bst DNA polymerase after doing reverse transcription. The result showed that LAMP on RNA isolates did not result in amplification as confirmed by electrophoresis. Most probable reasons for these results are the impurity of the sample, the conditions of the reactions that are not optimal for the LAMP reaction, and the design of the primer. LAMP was also performed on a part of a gag genes sequences on nucleotides number 905-1081 that has been cloned onto a pGEM-T vector and then sequenced for confirmation. The result of DNA sequence showed the same sequence as reported in Gene Bank data, with a size similar to a commercial primary target, i.e. 155 bp and will consequently be used as a template for the LAMP reaction.

The conclusions of this study are the LAMP method has not developed yet for HIV detection. The design of the primer and the conditions of the reactions in the LAMP method are the important things for the successful of this reaction, need to be improved."

"he book describes how the balance between pro- and anti-inflammatory molecules is related to health and disease. It is suggested that many diseases are initiated and their progress is influenced by inflammatory molecules and a decrease in the production and/or action of anti-inflammatory molecules and this imbalance between pro- and anti-inflammatory molecules seems to have been initiated in the perinatal period. This implies that strategies to prevent and manage various adult diseases should start in the perinatal period. An alteration in the metaolism of essential fatty acids and their anti-inflammatory molecules such as lipoxins, resolvins, protecitns, maresins and nitrolipids seems to play a major role in the pathobiology of several adult diseases. Based on these concepts, novel therapeutic approaches in the management of insulin resistance, obesity, type 2 diabetes mellitus, metabolic syndrome, cancer, lupus, rheumatoid arthritis and other auto-immune diseases are presented. Based on all these evidences, a unified concept that several adult diseases are due to an alteration in the balance between pro- and anti-inflammatory molecules is discussed and novel methods of their management are presented."

"Pandemi virus SARS-CoV-2 yang terjadi telah membuat kebutuhan untuk pemeriksaan massal deteksi virus menjadi meningkat. Saat ini pemeriksaan gold standard untuk mendeteksi virus SARS-CoV-2 adalah dengan metode reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) yang berbiaya mahal. Oleh karena itu dibutuhkan metode pemeriksaan alternatif yang lebih murah, cepat, dan mudah digunakan sebagai sistem deteksi virus. Metode Loop Mediated Isothermal Amplification LAMP) dapat melakukan reaksi amplifikasi nukleotida pada suhu isothermaltanpa perlu mesin thermal cycler dan dapat diamati langsung dengan penambahan zat pewarna. Metode deteksi virus berbasis LAMP yang dikembangkan menggunakan desain primer yang menarget gen S dan ORF1ab ditambah pewarna Calcein-Mangan dan senyawa tambahan Guanidine Hydrochloride (GuHCl). Sistem deteksi dilakukan optimasi konsentrasi komponen reaksi, suhu dan template yang menggunakan plasmid DNA kontrol. Optimasi didapatkan dengan konsentrasi reaksi FIP/BIP 0,4 µM, F3/B3 0,2 µM, Loop F/P 0,4 µM, Calcein-Mangan 12 µM, dan GuHCl 40 mM. Sistem LAMP yang dikembangkan dapat mendeteksi sekuens gen target pada DNA kontrol hingga 1 copy number dalam waktu sekitar 1 jam pada inkubasi suhu 55 ºC. Meski begitu, sistem LAMP yang dikembangkan belum mapu mengamplifikasi RNA virus SARS-CoV-2 hasil ekstraksi sampel swab pasien. Hal ini disebabkan oleh enzim Bst 3.0 yang dipakai dalam sistem LAMP tidak memiliki kemampuan reverse transcriptase yang diharapkan.

---

The SARS-CoV-2 virus pandemic has made the need for mass screening of virus detection increased. Currently, the gold standard  test to detect SARS-CoV-2 virus is reverse transcriptase quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) method that costly. Therefore, an alternative method that is cheaper, faster, and easier to use as a virus detection system is needed. The Loop Mediated Isothermal Amplification (LAMP) method can perform nucleotide amplification reactions at isothermal temperatures  without the need of thermal cycler  machine and can be observed directly with the addition of coloring agents. The LAMP-based virus detection method development use primers design targeting the S and ORF1ab genes with Calcein-Manganese dyes and the additive compound Guanidine Hydrochloride (GuHCl). The detection system performed optimization of the concentration of reaction components, temperature and template using plasmid DNA control. Optimization was obtained with reaction concentration of FIP/BIP 0.4 μM, F3/B3 0.2 μM, Loop F/P 0.4 μM, Calcein-Manganese 12 μM, and GuHCl 40 mM. The developed LAMP system can detect target gene sequences in control DNA up to  1 copy number in about 1 hour at 55 ºC incubation temperature. Even so, the LAMP system developed still unable to amplify the RNA of the SARS-CoV-2 virus from the extraction of patient swab samples. This issue occurred due to the Bst 3.0 enzyme that used in the reaction did not have reverse transcriptase activity as expected."

"Jumlah pengidap virus HIV di Indonesia terus meningkat dari jenis penularannya, lebih banyak melalui cairan genital daripada plasma darah. Deteksi HIV diperlukan untuk pencegahan dan pengobatan. Teknik yang lazim digunakan adalah amplifikasi DNA dengan metode PCR. Penelitian ini bertujuan menerapkan teknik amplifikasi DNA metode LAMP yang baru-baru ini dikembangkan sebagai ganti PCR karena lebih spesifik, sensitif dan efisien. LAMP menggunakan pasangan primer yang unik, sepasang primer forward dan sepasang backward yang masing-maing terdiri dari primer panjang untuk polimerisasi DNA dem sepasang primer pendek untuk melepas rantai baru DNA sehingga reaksi bisa dilakukan pada suhu tetap. Reaksi LAMP menggunakan enzim Bst DNA polymerase pada suhu 65°C dilakukanterhadap isolat genom RNA HW sudah dikonfirmasi keberadaannya dengan metode PCR."

"Pendeteksian dini penyakit adalah hal yang paling penting untuk melawan suatu wabah penyakit. Akan tetapi hal tersebut menjadi masalah untuk wilayah ataupun daerah yang memiliki akses terbatas terhadap peralatan medis. Loop-Mediated Isothermal Amplification Polymerase Chain Reaction atau LAMP-PCR adalah suatu alat yang mampu mengamplifikasi suatu DNA, sehingga DNA tersebut akan mudah untuk dideteksi. Salah satu komponen yang diperlukan untuk alat LAMP PCR adalah modul pemanas, karena LAMP-PCR bekerja pada suhu yang tinggi yaitu sekitar 65oC. Panas yang dibutuhkan pada alat PCR dapat dihasikan dengan menggunakan suatu electrode dengan bahan campuran silver-polyvinyl alcohol (PVA) yang dialiri oleh listrik. Elektrode silver-pva tersebut akan mengalami fenomena resistive heating sehingga menghasilkan panas. Pada penelitian ini, dilakukan karakterisasi pada pemanas dengan bahan campuran silver-pva. Karakterisasi yang diteliti adalah electrical properties, mechanical properties, dan heat properties. Dari penelitian ini, didapat nilai electrical dan mechanical properties dari elektrode pemanas silver-pva meningkat sebanding dengan semakin tinggi konsentrasi PVA. Diperoleh juga temperature yang dapat dihasilkan oleh electrode pemanas silver-PVA ini adalah sebesar 102oC.

---

Early detection of disease is the most important thing to fight against a disease outbreak. However, this is a problem in regions that have limited access to medical equipment. Loop-Mediated Isothermal Amplification Polymerase Chain Reaction or LAMP-PCR is a tool that can amplify a DNA, so that DNA will be easy to detect. One of the components needed for the LAMP PCR device is the heating module, because the LAMP-PCR works at high temperatures. The heat needed on the PCR can be generated by using an electrode with a silver-polivinyl alcohol (PVA) mixture which is electrically flowed. The silver-PVA electrode will experience a resistive heating phenomenon so that it will generate heat. In this study, characterization of heaters with a silver-pva mixture was carried out. The characters examined in this study are electrical properties, mechanical properties, and heat properties. From this study, the electrical and mechanical properties of the silver-pva heating electrode increased in proportion to the higher PVA concentration. The temperature that can be produced by the silver-PVA heating electrode is 102oC."

"Amplifikasi isotermal merupakan metode yang popular pada saat ini sebagai alternatif PCR (polymerase chain reaction) untuk melakukan amplifikasi asam nukleat. Tidak seperti PCR yang memerlukan perubahan suhu siklik, amplifikasi dapat dilakukan pada suhu konstan dalam metode amplifikasi isotermal. Salah satu metode amplifikasi isotermal yang sangat banyak diaplikasikan adalah loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Sejak pertama kalinya ditemukan pada tahun 2000, LAMP dimanfaatkan secara luas untuk deteksi berbagai jenis patogen. Dalam penelitian ini, dirancang suatu prototipe yang dapat memfasilitasi reaksi LAMP. Prototipe terdiri dari dua sistem: sistem pemanas yang berfungsi untuk menyediakan suhu konstan 60oC terhadap sampel untuk aplikasi LAMP dan sistem deteksi optik berbasis fluoresens yang digunakan untuk melakukan kuantifikasi intensitas fluoresens dalam 6 tabung sampel 0,5mL dengan kadar fluorescence agent 0,5mL, 0,4mL, 0,3mL, 0,2mL, 0,1mL, dan 0mL. Agar panas dapat disalurkan sampel dengan baik, dirancang sebuah blok panas (heat block). Selain itu, sebuah housing prototipe juga dirancang untuk menyokong komponen dan mendukung proses deteksi fluoresens. Berdasarkan hasil penelitian ini, sistem pemanas sederhana menggunakan kontrol PID dan blok panas yang dirancang mampu mempertahankan suhu pada setpoint 60oC dan 65oC, sehingga dapat digunakan untuk aplikasi LAMP. Selain itu, sistem optik yang dirancang mampu memfasilitasi proses deteksi optik berbasis fluoresens. Proses kuantifikasi intensitas fluoresens menunjukkan bahwa intensitas emisi fluoresens proporsional terhadap kadar fluorescence agent dalam sampel, dimana sampel dengan total volume 0,5mL pada kadar fluorescence agent 0,5mL, 0,4mL, 0,3mL, 0,2mL, maupun 0,1mL dapat menghasilkan emisi cahaya dengan nilai keabuan minimal 121,179.

---

Isothermal amplification is a popular method today as an alternative to PCR (polymerase chain reaction) for nucleic acid amplification. Unlike PCR which requires cyclic temperature changes, amplification can be carried out at a constant temperature in the isothermal amplification method. One of the most widely applied isothermal amplification methods is loop-mediated isothermal amplification (LAMP). Since it was first discovered in 2000, LAMP has been widely used to detect various types of pathogens. In this research, a prototype is designed that can facilitate the LAMP reaction. The prototype consists of two systems: a heating system which serves to provide a constant temperature of 60oC to the sample for the LAMP application and a fluorescence-based optical detection system which is used to quantify the fluorescence intensity in 6 sample tubes of 0.5mL with fluorescence agent content of 0.5mL, 0.4mL, 0.3mL, 0.2mL, 0.1mL, and 0mL. In order for heat to be transferred to the sample properly, a heat block is designed. In addition, a prototype housing is also designed to support components and support the fluorescence detection process. Based on the results of this study, the designed simple heating system with PID control and heating block are able to maintain a temperature at a setpoint of 60oC dan 65oC, so it can be used for LAMP applications. Moreover, the designed optical system is able to facilitate fluorescence-based optical detection process. The fluorescence intensity quantification process showed that fluorescent emission intensity is proportional to the content of fluorescence agent in the sample, where the sample with total volume of 0.5mL in which the fluorescence agent content is 0.5mL, 0.4mL, 0.3mL, 0.2mL, and 0.1mL can generate light emission with gray value of minimal 121.179."

"This best-selling undergraduate textbook provides an introduction to key experimental techniques from across the biosciences. It uniquely integrates the theories and practices that drive the fields of biology and medicine, comprehensively covering both the methods students will encounter in lab classes and those that underpin recent advances and discoveries. Its problem-solving approach continues with worked examples that set a challenge and then show students how the challenge is met. New to this edition are case studies, for example, that illustrate the relevance of the principles and techniques to the diagnosis and treatment of individual patients. Coverage is expanded to include a section on stem cells, chapters on immunochemical techniques and spectroscopy techniques, and additional chapters on drug discovery and development, and clinical biochemistry. Experimental design and the statistical analysis of data are emphasised throughout to ensure students are equipped to successfully plan their own experiments and examine the results obtained"--Provided by publisher. "This textbook integrates the theoretical principles and experimental techniques common to all undergraduate courses in the bio- and medical sciences."