Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Diabetes melitus tipe 2 dapat dikontrol dengan menghambat kerja enzim α-glukosidase. Sulokrin merupakan salah satu senyawa yang mempunyai potensi sebagai penghambat α-glukosidase. Senyawa sulokrin-I dan sulokrin-125I telah disintesa serta dipelajari ikatannya dengan metode Radioligand Binding Assay (RBA) dan penambatan molekuler. Sulokrin-I disintesa dengan rumus molekul C17H15O7I dan berat molekul 457,9940. Senyawa sulokrin-125I disintesa dari sulokrin-I menggunakan metode pertukaran isotop. Sulokrin-125I diperoleh dengan kemurnian radiokimia sebesar 82,3%. Dari hasil pengujian dengan metode RBA diperoleh Kd dan Bmax secara berturut turut 83,33 pM dan 1,2 x 10-6 pmol/mg reseptor. Penambatan molekuler sulokrin-I dilakukan terhadap α-glukosidase Saccharomyces cerevisiae dan α-glukosidase manusia. Sulokrin-I yang digunakan dalam proses penambatan molekuler adalah metil 2-(2,6-dihidroksi-3-iodo-4-metilbenzoil)-5-hidroksi-3-metoksibenzoat [A] dan metil 2-(2,6-dihidroksi-5-iodo-4-metilbenzoil)-5-hidroksi-3-metoksibenzoat [B]. Model senyawa A dan B berinteraksi dengan α-glukosidase Saccharomyces cerevisiae melalui pembentukan ikatan hidrogen dengan residu Arg213, Asp215, Glu277, Asp352. Nilai ΔG dan Ki yang diperoleh adalah -6,71 kkal/mol dan 12,03 µM untuk senyawa A, -5,82 kkal/mol dan 54,39 µM untuk senyawa B. Interaksi senyawa A, senyawa B dengan α-glukosidase manusia menghasilkan ΔG dan Ki sebesar -6,81 kkal/mol dan 10,3 µM untuk senyawa A, senyawa B mempunyai ΔG dan Ki sebesar -6,27 kkal/mol dan 25,4 µM.;Treatment type 2 diabetes melitus can be done by inhibiting α-glucosidase.

---

Sulochrin is one of the potential α-glucosidase inhibitor compound. Sulochrin-I and sulochrin-125I were synthesized and their binding were studied using Radioligand Binding Assay and molecular docking method. Sulochrin-I has been synthesized with molecular formula C17H15O7I and molecular weight 457.9940. Sulochrin-125I was synthesized from sulochrin-I by isotope exchange method. sulochrin-125I radiochemical purity was 82.3%. From the RBA method, Kd and Bmax were obtained 83.33 pM and 1.2 x 10-6 pmol / mg receptor respectively. Molecular docking of sulochrin-I was done in two macromolecules, Saccharomyces cerevisiae α-glucosidase and human α-glucosidase. Two ligands were used in this research, they are methyl 2 - (2,6-dihydroxy-3-iodo-4-methylbenzoil)-5-hydroxy-3-methoxibenzoate [A] and methyl 2 - (2,6-dihydroxy-5-iodo-4-methylbenzoil)-5-hydroxy-3-methoxybenzoat [B]. Compound A and B showed interaction with Saccharomyces cerevisiae α-glucosidase and showed hydrogen bound with Arg213, Asp215, Glu277, Asp352. ΔG and Ki values for compound A are -6.71 kcal / mol and 12.03 µM, whereas for compound B are - 5.82 kcal/mol and 54.39 µM respectively. Interaction study with human α-glucosidase gave ΔG -6.81 kcal/mol and Ki 10.3 µM for compound A, whereas compound B gave ΔG and Ki -6.27 kcal/mol and 25.4 µM respectively."

"Diabetes mellitus tipe II adalah penyakit gangguan metabolik yang gejalanya adalah hiperglikemia atau tingkat glukosa darah yang meningkat, yang disebabkan oleh rusaknya fungsi insulin baik dalam sekresi, kerja, atau keduanya. Penyakit ini adalah penyakit menahun yang bisa menyebabkan berbagai komplikasi. Salah satu pendekatan untuk mengobati penyakit diabetes mellitus tipe II adalah dengan memperlambat penyerapan glukosa melalui penghambatan α-glukosidase. Enzim α-glukosidase akan mengkatalisasi hidrolisis gula kompleks, termasuk karbohidrat, menjadi glukosa yang bisa diserap dalam usus. Dengan demikian penghambatan α-glukosidase akan menghambat pembentukan glukosa yang bisa diserap usus, yang kemudian akan memperlambat kenaikan tingkat glukosa darah. Banyaknya penderita diabetes mellitus tipe II mendorong usaha untuk mencari senyawa aktif penghambat α-glukosidase baru dari bahan alam, yang diharapkan mempunyai efikasi yang lebih baik atau lebih mudah diekstrak atau disintesis daripada yang ada sekarang. Penelitian ini bertujuan untuk mencari senyawa aktif penghambat α-glukosidase dari bahan alam yang ada di Indonesia, khususnya dari tanaman Artabotrys sp. Ada 4 jenis tanaman Artabotrys sp. yang diteliti keaktifan ekstrak etanolnya terhadap penghambatan α-glukosidase: Artabotrys hexapetalus (daun dan kulit batang), Artabotrys suaveolens (daun dan kulit batang), Artabotrys blumei (batang dan ranting), dan Artabotrys sumatranus (daun dan ranting). Hasil pengetesan menggunakan bioassay menunjukkan bahwa ekstrak etanol yang memiliki aktivitas penghambatan α-glukosidase terkuat adalah dari daun A. sumatranus, disusul berturut-turut oleh ranting A. sumatranus, daun A. suaveolens, kulit batang A. hexapetalus, kulit batang A. suaveolens, batang A. blumei, ranting A. blumei, dan terakhir daun A. hexapetalus. Skrining juga dilakukan dengan pengetesan bioassay DPPH (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) dan FRAP (ferric ion reducing antioxidant power) untuk mengetahui aktivitas antioksidan ekstrak etanol Artabotrys sp. yang ada, dan didapatkan bahwa secara umum aktivitas penghambatan α-glukosidase mempunyai relasi positif dengan aktivitas antioksidan. Analisis tes total fenolik, total flavonoid, tes aktivitas antioksidan (DPPH dan FRAP), dan tes aktivitas penghambatan α-glukosidase; serta relasi antara tes-tes tersebut, menghasilkan prediksi golongan senyawa aktif penghambat α-glukosidase pada ekstrak Artabotrys sp. dan relasinya terhadap aktivitas antioksidan. Prediksi tahap skrining ini secara umum dikonfirmasi oleh hasil penambatan molekuler pada senyawa-senyawa yang terindentifikasi dari analisis LC-MS/MS (liquid chromatography – tandem mass spectrometry) pada ekstrak yang ada. Penelitian lalu difokuskan pada ekstrak daun A. sumatranus yang memiliki potensi yang paling tinggi dalam penghambatan α-glukosidase dan memiliki aktivitas antioksidan yang terkuat dibandingkan ekstrak Artabotrys sp. yang lain. Perbandingan antara hasil tes aktivitas antioksidan dan penghambatan α-glukosidase, serta tes total fenolik dan total flavonoid, memberikan indikasi bahwa kebanyakan senyawa penghambat α-glukosidase pada daun A. sumatranus memiliki aktivitas antioksidan, dan berasal dari golongan fenolik dan flavonoid. Teknik metabolomik tak bertarget berbasis LC-MSn dengan menggunakan analisis statistik multivariat dan machine learning lalu dipakai untuk memprediksi senyawa aktif penghambat α-glukosidase yang juga memiliki aktivitas antioksidan pada daun A. sumatranus. Data input adalah data dari 30 sampel ekstrak daun A. sumatranus dengan berbagai kombinasi pelarut etanol dan air, serta pengulangannya, dengan 80 variabel independen (fitur) berupa nilai m/z dari senyawa yang terdeteksi pada ekstrak tersebut. Variabel output (target) adalah aktivitas penghambatan α-glukosidase (target utama) dan aktivitas antioksidan (dalam bentuk penghambatan DPPH, target sampingan) yang dinyatakan dengan nilai IC50 dan 1/IC50. Pendekatan analisis statistik multivariat dilakukan dengan berbagai metode yaitu PCA (Principal Component Analysis), PLS (Partial Least Square), OPLS (Orthogonal Partial Least Square), PLS-DA (Partial Least Square – Discriminant Analysis), dan OPLS – DA (Orthogonal Partial Least Square – Discriminant Analysis). Pendekatan machine learning dilakukan secara bertingkat, dengan yang pertama membuat model prediksi keaktifan ekstrak terhadap penghambatan α-glukosidase (dilakukan dengan metode random forest yang memiliki performansi paling baik dibandingkan metode lain), yang lalu dilanjutkan dengan analisis fitur (senyawa) yang paling berpengaruh pada model prediksi keaktifan ekstrak tersebut dengan metode permutasi acak dan SHAP (Shapley additive explanations). Penggabungan hasil metode statistik multivariat dan machine learning menghasilkan prediksi sembilan senyawa aktif penghambat α-glukosidase dari daun A. sumatranus. Diantara kesembilan senyawa aktif tersebut hanya enam yang dapat teridentifikasi yaitu mangiferin, neomangiferin, norisocorydine, lirioferin, apigenin-7-O-galaktopyranosida, dan 15,16-dihydrotanshinone. Hasil penambatan molekuler menggunakan α-glukosidase dari Saccharomyces cerevisiae menunjukkan hanya mangiferin, apigenin-7-O-galaktopyranosida, dan lirioferin yang memiliki energi bebas pengikatan yang lebih negatif (lebih aktif) dibanding acarbose yang digunakan sebagai pembanding. Sedangkan penambatan molekuler menggunakan sebagian dari α-glukosidase pada usus manusia mendapatkan hanya norisocorydine saja yang lebih lemah keaktifannya dibandingkan acarbose. Analisis korelasi menunjukkan bahwa senyawa yang diprediksi aktif, termasuk yang belum teridentifikasi, mempunyai aktivitas antioksidan dan terindikasi berasal dari beberapa biosynthesis pathway. Selanjutnya isolasi senyawa aktif penghambat α-glukosidase dilakukan dengan metode fraksinasi yang dipandu dengan bioassay, diikuti dengan elusidasi strukturnya. Senyawa aktif yang didapat adalah mangiferin, yang merupakan salah satu senyawa yang diprediksi aktif dari analisis metabolomik, dengan IC50 83,72 µg/ml terhadap α-glukosidase dari Saccharomyces cerevisiae. Kontribusi dari penelitian ini adalah memperkaya wawasan kegunaan dan literatur akan A. sumatranus yang belum pernah ada publikasinya. Selain itu, penelitian ini berhasil menemukan beberapa senyawa potensial penghambat α-glukosidase yang belum pernah dipublikasikan sebelumnya, seperti apigenin-7-O-galactopyranoside, lirioferine, and norisocorydine; selain yang belum teridentifikasi. Hasil penelitian ini dapat dikembangkan selanjutnya menjadi sediaan herbal.

---

Diabetes mellitus type II is a metabolic disease whose symptom is hyperglycemia or elevated blood glucose level, caused by insulin malfunctions, either in its secretion, action, or both. This disease is a chronic disease that can cause many complications. One of the diabetes mellitus treatments is delaying glucose absorption using α-glucosidase inhibition. The α-glucosidase enzyme will catalyze the hydrolysis of complex sugar, including carbohydrate, into glucose that can be absorbed in the intestine. Therefore, inhibiting α-glucosidase will inhibit the production of glucose that can be absorbed in the intestine, which will then slow down the increase of blood glucose. The large number of diabetes mellitus type II patients drives the efforts to find new active α-glucosidase inhibitor compounds from natural products, which are hoped to have better efficacies or can be more easily extracted or synthesized compared to the existing ones. This research goal was to find active α-glucosidase inhibitor compounds from natural compounds which are available in Indonesia, especially from Artabotrys sp. plants. There are 4 kinds of Artabotrys sp. plants whose ethanol extract’s activity in α-glucosidase inhibition was investigated: Artabotrys hexapetalus (leaf and stem bark), Artabotrys suaveolens (leaf and stem bark), Artabotrys blumei (stem and twig), and Artabotrys sumatranus (leaf and twig). Bioassay test results showed that ethanol extract that had the strongest α-glucosidase inhibition activity was the leaf of A. sumatranus, followed in succession by twig of A. sumatranus, leaf of A. suaveolens, stem bark of A. hexapetalus, stem bark of A. suaveolens, stem of A. blumei, twig of A. blumei, and lastly leaf of A. hexapetalus. Screening was also done by doing bioassay tests of DPPH (2,2-diphenyl-1-picrylhydrazyl) and FRAP (ferric ion reducing antioxidant power) to know about the antioxidant activities of the ethanol extracts of the available Artabotrys sp., and it was found out that in general α-glucosidase inhibition activity had positive relation to antioxidant activity. Analyses of total phenolic test, total flavonoid test, antioxidant activity tests (DPPH and FRAP), and α-glucosidase inhibition activity test; as well as the relation between those tests, lead to predictions of the groups of the active α-glucosidase inhibitor compounds in the extract of Artabotrys sp. and their relations to antioxidant activity. These predictions in the screening stage were in general confirmed by the results of molecular docking of the identified compounds from LC-MS/MS (liquid chromatography – tandem mass spectrometry) analyses on the available extracts. The research was then focused on the leaf extract of A. sumatranus which had the highest potency in α-glucosidase inhibition and had the strongest antioxidant activity compared to other extracts of Artabotrys sp. Comparisons between test results of antioxidant and α-glucosidase activities, as well as total phenolic and total flavonoid, indicated that most of the α-glucosidase inhibitor compounds in the leaf of A. sumatranus had antioxidant activities, and belonged to phenolic and flavonoid groups. Untargeted metabolomic techniques based on LC-MSn by using multivariate statistical analysis and machine learning were then used to predict the active α-glucosidase inhibitor compounds which also had antioxidant activities. The input data was data from 30 samples of leaf extracts of A. sumatranus with various solvent combinations of ethanol and water, and their duplications, with 80 independent variables (features) consisting of m/z values of detected compounds in those extracts. The output variables (targets) were α-glucosidase inhibition activity (main target) and antioxidant activity (in the form DPPH inhibition, secondary target), which were represented by the value of nilai IC50 dan 1/IC50. The multivariate statiscal analysis approach was done with several methods, which were PCA (Principal Component Analysis), PLS (Partial Least Square), OPLS (Orthogonal Partial Least Square), PLS-DA (Partial Least Square – Discriminant Analysis), and OPLS – DA (Orthogonal Partial Least Square – Discriminant Analysis). The machine learning approach was done in stages, with the first one was making a prediction model of the α-glucosidase inhibition activity of the extracts (done with random forest method which had the best performance compared to other methods), and then followed by analysis of the most important features (compounds) in the extract’s activity prediction model using random permutation and SHAP (Shapley additive explanations) methods. Combining the results of multivariate statistical methods and machine learning produced a prediction of nine active α-glucosidase inhibitor compounds from the leaf of A. sumatranus. From these nine active compounds, only six could be identified which were mangiferin, neomangiferin, norisocorydine, lirioferin, apigenin-7-O-galaktopyranosida, and 15,16-dihydrotanshinone. Molecular docking using α-glucosidase from Saccharomyces cerevisiae showed only mangiferin, apigenin-7-O-galactopyranoside, and lirioferine had more negative free energy binding (more active) than acarbose, which was used as comparison. On the other hand, molecular docking using a part of α-glucosidase from humans showed only norisocorydine had weaker activity than acarbose. The correlation analyses showed that the predicted active compounds, including the unidentified ones, had antioxidant activities and were indicated to come from several biosynthesis pathways. Next, the isolation active compound as α-glucosidase inhibitor was done by using bioassay-guided fractionation, continued by structure elucidation. The isolated active compound turned out to be mangiferin, which was one the predicted compound from metabolomic analysis, with IC50 83,72 µg/ml with respect to α-glucosidase from Saccharomyces cerevisiae. The contribution of this research is to enrich and broaden the knowledge about the usefulness and literature on A. sumatranus, which had no publications before. Moreover, this research succeeded in discovering potential α-glucosidase inhibitors which were not yet published before, such as apigenin-7-O-galactopyranoside, lirioferine, and norisocorydine; besides the unidentified ones. The results of this research can be developed later on to become herbal medicine."

"ABSTRAKTelah dilakukan penelitian untuk mendapatkan ligan yang selektif dan berikatan kuat dengan reseptor estrogen melalui pengujian afinitas ikatan senyawa estradiol-17β-hemisuksinat. Untuk meningkatkan status senyawa tersebut menjadi kandidat senyawa aktif obat kanker payudara perlu diketahui selektifitasnya terhadap reseptor estrogen dengan metode Scintillation Proximity Assay (SPA). Reagen primer yang diperlukan dalam metode SPA adalah radioligan dan reseptor, dan dilakukan penandaan estradiol-17β-hemisuksinat dengan 125I sebagai radioligan. Studi ikatan radioligan dilakukan terhadap reseptor estrogen meggunakan sel MCF7. Penandaan dilakukan secara tidak langsung dengan dua tahap. Pertama dilakukan aktivasi estradiol-17β-hemisuksinat menggunakan isobutilkloroformat dan tributilamin sebagai katalis, dan penandaan histamin dengan 125I menggunakan metode kloramin-T. Tahap kedua adalah konjugasi histamin bertanda 125I dengan estradiol-17β-hemisuksinat yang sudah diaktivasi. Estradiol-17β-hemisuksinat bertanda 125I dilakukan ekstraksi menggunakan toluen dan fase organik dimurnikan dengan sistem KLT. Rendemen pemurnian yang diperoleh sebesar 79,8% untuk ekstraksi pelarut dan 84,4% untuk sistem KLT dengan kemurnian radiokimia 97,8%. Penentuan afinitas ikatan dilakukan dengan metode SPA menggunakan sel MCF7 yang mengekspresikan reseptor estrogen, dan diperoleh Kd sebesar 7,192 x 10-3 nM dan ikatan maksimum sebesar 336,1 nM. Afinitas ikatan estradiol-17β-hemisuksinat yang diperoleh tinggi, ditunjukkan dengan nilai Kd yang rendah.

---

ABSTRACTResearch was carried out to get drugs that selective ligand and strongly bind estrogen receptors to determine the binding affinity to estradiol-17β-hemisuccinate. To improve the status of these compounds as a candidate for breast cancer active compound, selectivity of these compounds for estrogen receptor was studied using Scintillation Proximity Assay (SPA) method. Primary reagents required in the SPA method was radioligand and receptors, then performed with 125I labeling of estradiol-17β-hemisuccinate as a radioligand.

Radioligand binding studies were performed on MCF7 cell for estrogen receptor. The labeling process was performed by indirect method via two-stage reaction. First activation of estradiol-17β-hemisuccinate using isobutylchloroformate and tributylamine as a catalist, and labeling of histamine was carried out by 125I using Chloramin-T method. The second stage was conjugation of activated estradiol-17β-hemisuccinate with 125I-histamine. The estradiol-17β-hemisuccinate labeled with 125I was extracted using toluene and organic phase was purified by TLC system. The obtained purification yield for the extraction solvent was 79.8% and for the TLC system was 84,4% with a radiochemical purity was 97.8%. Determination of binding affinity by the SPA method using MCF7 cell lines which express estrogen receptors, were Kd of 7.192 x 10-3 nM and maximum binding of 336.1 nM. Having obtained binding affinity of estradiol-17β-hemisuccinate was obtained high, indicated by a low Kd values."

"MRSA (Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus) adalah jenis spesies bakteri S. aureus yang resisten terhadap antibiotik metisilin dan antibiotik beta laktam lainnya. Infeksi MRSA menjadi salah satu penyebab utama infeksi nosokomial dan sering kali terkait dengan tingkat kesakitan, kematian, durasi rawat inap yang panjang, dan beban biaya yang substansial. Resistensi MRSA dikaitkan dengan produksi jenis enzim PBP2 baru yaitu PBP2a yang memiliki afinitas yang rendah terhadap β-laktam. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan parameter optimum untuk penapisan virtual dengan metode penambatan molekular senyawa inhibitor PBP2a menggunakan AutoDock Vina serta mendapatkan 10 kandidat senyawa yang berpotensi sebagai inhibitor PBP2a dari hasil penambatan menggunakan parameter optimum. Pada penelitian ini dilakukan penapisan virtual kandidat inhibitor penicillin-binding protein 2a (PBP2a dari pangkalan data HerbalDB menggunakan penambatan molekuler. Proses optimasi dan validasi menghasilkan parameter terbaik adalah ukuran gridbox 20,625Å x 20,625Å x 20,625Å dengan exhaustiveness 16 menggunakan Autodock Vina yang menghasilkan nilai EF1% 0 dan AUC 0,6428. Berdasarkan hasil penapisan diperoleh 10 peringkat senyawa terbaik menggunakan Autodock Vina yaitu, 7-(2''-p-coumaroylglucoside), 2’’-o-galloylisovitexin, Prunin 6’’-p-coumarate, Withanolide D, Epigallocatechin , 6-methoxypulcherrimin, Beta-cyclanoline, Artonin S, Quercetin 3-rhamnoside-7-glucoside, dan Epicatechin 3, 5-di-o-gallate.

---

MRSA (Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus) is a type of S. aureus bacterial species that is resistant to the antibiotic methicillin and other beta lactam antibiotics. MRSA infection is one of the main causes of nosocomial infections and is often associated with high levels of morbidity, mortality, long duration of hospitalization, and substantial cost burden. MRSA resistance is associated with the production of a new type of PBP2 enzyme, namely PBP2a, which has a low affinity for β-lactams. This study aims to obtain optimum parameters for virtual screening using the molecular docking method for PBP2a inhibitor compounds using AutoDock Vina and to obtain 10 candidate compounds that have the potential to act as PBP2a inhibitors from the docking results using optimum parameters. In this study, virtual screening of penicillin-binding protein 2a (PBP2a) inhibitor candidates was carried out from the HerbalDB database using molecular docking. The optimization and validation process resulted in the best parameters being a gridbox size of 20.625Å x 20.625Å x 20.625Å with exhaustiveness of 16 using Autodock Vina which resulted an EF1% value 0 and AUC 0.6428. Based on the screening results, the 10 best compound rankings were obtained using Autodock Vina, namely, 7-(2''-p-coumaroylglucoside), 2’’-o-galloylisovitexin, Prunin 6’’-p-coumarate, Withanolide D, Epigallocatechin , 6-methoxypulcherrimin, Beta-cyclanoline, Artonin S, Quercetin 3-rhamnoside-7-glucoside, and Epicatechin 3, 5-di-o-gallate."

"Adenilat siklase 10 merupakan suatu enzim yang berlokasi di sitosol yang berperan dalamkatalisis konversi ATP menjadi cyclic adenosine monophosphate (cAMP). Sebagai suatusecond messenger, cAMP berperan dalam pengaturan berbagai fungsi sel terutamaproliferasi dan apoptosis, termasuk pada sel kanker dalam kondisi patofisiologis. Enzimini diketahui memperparah kondisi kanker dengan meningkatkan proliferasi danmenghambat apoptosis. Hal ini menjadikan inhibisi adenilat siklase 10 menjadi salah satutarget yang dapat dimanfaatkan untuk menjadi agen terapi antikanker. Studi penelitianmenunjukkan bahwa senyawa flavonoid diketahui memiliki aktivitas pada penekananproliferasi dan induksi apoptosis. Oleh karena itu, dilakukan analisis in silico untukmendapatkan senyawa kandidat inhibitor adenilat siklase 10 dengan afinitas terbaik.Penambatan molekuler dilakukan menggunakan AutoDock 4, selanjutnya dilakukanvisualisasi interaksi hasil penambatan menggunakan LigPlot dan PyMOL. Parameteroptimisasi yang diperoleh untuk penambatan molekuler adenilat siklase 10 adalahmenggunakan grid box 40x40x40 unit dengan energi evaluasi 2.500.000 (medium).Berdasarkan hasil penambatan, flavonoid amentoflavone merupakan kelompok senyawaterbaik dengan afinitas ikatan tertinggi, yang mana tujuh dari delapan senyawanyamemiliki energi ikatan pada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Selain itu,sepuluh senyawa flavonoid yang direkomendasikan adalah yang memiliki energi ikatanpada rentang -10,00 kkal/mol hingga -11,50 kkal/mol. Dapat disimpulkan bahwasenyawa-senyawa tersebut adalah senyawa potensial yang dapat dijadikan kandidat obatinhibitor adenilat siklase 10.

---

Adenylyl cyclase 10 is an enzyme located in cytosol that plays a role in catalysis of ATP

to cyclic adenosine monophosphate (cAMP). As a secondary messenger, cAMP

physiologically regulates various cell functions especially proliferation and apoptosis,

including cancer cells in pathophysiological condition. This enzyme is known to worsen

the condition of cancer by increasing the proliferation and inhibiting the apoptosis. Hence,

the inhibition of adenylyl cyclase 10 is one of the targets that can be used to become an

anticancer therapy agent. Research studies show that flavonoid compounds are known to

have an activity on suppression of proliferation and induction of apoptosis. Therefore, an

in silico analysis needs to be done to obtain the candidate compound of adenylyl cyclase

10 inhibitor with the best affinity. Molecular docking was done by using AutoDock 4,

then the interactions of docking results is visualized by using LigPlot and PyMOL.

Optimization parameter obtained for molecular docking of adenylyl cyclase 10 was using

40x40x40 unit grid box with 2.500.000 energy evaluation (medium). Based on the

screening results, amentoflavone is the best group of compounds with the highest affinity

bond, which is seven of its eight compunds had the binding energy in the range of -10,00

kcal/mol to -11,50 kcal/mol. Other than that, the most ten recommended flavonoid

compounds are those with the lowest binding energy in the range of -10,00 kcal/mol to -

11,50 kcal/mol. These compounds are the potential compounds that can be used as

adenylyl cyclase 10 inhibitor drug candidates."

"Pada penelitian sebelumnya, telah diketahui bahwa biji beligo (Benincasa hispida) glukosidase sehingga tanaman ini memiliki potensi sebagai obat hipoglikemik dalam terapi diabetes mellitus. Pada penelitian ini, dilakukan uji inhibisi ekstrak daun dan batang beligo terhadap aktivitas glukosidase, bioassay menggunakan metode brine shrimp lethality test (BSLT) dan pemisahan komponen senyawa yang terkandung dalam ekstrak daun dan batang beligo yang memiliki daya inhibisi tertinggi. Pengukuran aktivitas glukosidase dilakukan pada kondisi optimum yaitu pada gelombang maksimum 401 nm, konsentrasi enzim dan substrat masing-masing 0,3 unit/mL dan 10 mM, Pada konsentrasi yang sama (150 ppm) diketahui daya inhibisi tertinggi terdapat di fraksi etil asetat untuk ekstrak daun sebesar 47,03% dan pada fraksi air untuk ektrak batang sebesar 49,06%. Hasil uji toksisitas dengan metode BSLT menunjukkan bahwa nilai LC50 terkecil pada sampel daun dan batang fraksi etil asetat yakni sebesar 1309,5 ppm dan 1477,3 ppm. Dari data tersebut menggambarkan bahwa ekstrak batang dan ekstrak daun bersifat tidak toksik karena berada pada kisaran di atas 1000 ppm.

---

In previous study reported that Beligo seed (Benincasa hispida) agains glucosidase activity. Therefore this plant has a potential as hypoglycemic medicine for diabetes mellitus therapy. In this study, there are research about inhibition test of beligo leaf and stem extract against glucosidase activity, continued to isolation components in beligo leaf and stem extract which has the highest inhibition ability, then doing bioassay using Brine Shrimp Lethality Test (BSLT). The result of inhibition glucosidase activity are in optimum condition, such as wavelength 401 nm, with enzyme concentration 0,3 unit/mL and concentration of p-NPG substrate 10 mM. For the highest concentration (150 ppm) each of fractions, the highest inhibition for leaf extract ethyl acetate fraction is 47,03% and for stem extract water fraction is 49,06%. The result for bioassay BSLT showed that the lowest LC50 for leaf and stem extract ethyl acetate fraction are 1309,5 ppm and 1477,3 ppm. The result showed that stem and leaf extract are nontoxic because both of their LC50 value less than 1000 ppm."

"Indonesia memiliki keberagaman keong darat yang tinggi, namun pemanfaatannya masih sangat terbatas. Lendir keong darat saat ini sudah digunakan sebagai sediaan kosmesetikal karena adanya dukungan ilmiah yang melaporkan bahwa lendir beberapa spesies keong darat memiliki bioaktivitas yang bermanfaat untuk kesehatan dan kecantikan kulit. Amphidromus palaceus adalah salah satu spesies keong darat native Indonesia yang memiliki tubuh relatif besar sehingga mudah untuk di koleksi lendirnya. Penelitian bioprospeksi lendir A. palaceus sebagai sediaan kosmesetikal belum banyak dilakukan sampai saat ini. Beberapa klaim kosmesetikal yang menarik untuk ditelusuri adalah pencarian agen pemutih dan anti kerut. Inhibisi tirosinase via jalur biosintesis melanin dapat digunakan sebagai klaim agen pemutih, sedangkan inhibisi elastase via jalur degradasi elastin dapat digunakan sebagai klaim anti kerut. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi senyawa metabolit lendir A. palaceus, serta mengungkap potensinya sebagai inhibitor tirosinase dan elastase melalui penambatan molekuler. Identifikasi senyawa metabolit menggunakan instrumen UPLC-MS/MS, sedangkan penambatan molekuler menggunakan perangkat lunak AutoDock Tools 1.5.7 dan AutoDock 4.2. Penelitian ini berhasil mengidentifikasi 17 senyawa metabolit lendir A. palaceus dengan 10 senyawa dengan status terduga dan 7 senyawa dengan status terkonfirmasi. Analisis penambatan molekuler menunjukkan 6 senyawa kandidat inhibitor tirosinase dan 7 senyawa kandidat inhibitor elastase. Senyawa 4-(1-phenylethyl)-N-[4-(1-phenylethyl) phenyl]aniline merupakan senyawa kunci (lead compound) paling berpotensi menginhibisi tirosinase dan elastase.

---

Indonesia has a high diversity of land snails, but their use is still very limited. Land snail mucus is now used as a cosmeceutical preparation because of scientific support which reports that the mucus of several land snail species has bioactivity that is beneficial for skin health and beauty. Amphidromus palaceus is a species of land snail native to Indonesia which has a relatively large body so it is easy to collect its mucus. Research on bioprospecting of A. palaceus mucus as a cosmeceutical preparation has not been carried out to date. Some interesting cosmeceutical claims to explore include the search for whitening and anti-wrinkle agents. Tyrosinase inhibition via the melanin biosynthesis pathway can be used as a whitening agent claim, while elastase inhibition via the elastin degradation pathway can be used as an anti-wrinkle claim. This research aims to identify bioactive compounds in A. palaceus mucus, and reveal their potential as inhibitors of tyrosinase and elastase through molecular docking. Identification of bioactive compounds using UPLC-MS/MS instruments, while molecular docking using AutoDock Tools 1.5.7 and AutoDock 4.2 software. This research succeeded in identifying 17 bioactive compounds in A. palaceus mucus with 10 compounds with suspected status and 7 compounds with confirmed status. Molecular docking analysis showed 6 tyrosinase inhibitor candidate compounds and 7 elastase inhibitor candidate compounds. The compound 4-(1-phenylethyl)-N-[4-(1-phenylethyl) phenyl]aniline is the key compound (lead compound) with the most potential to inhibit tyrosinase and elastase."

"Kanker adalah penyakit yang ditandai dengan adanya pertumbuhan sel abnormal yang dan dapat menyebar ke organ lain. Kanker merupakan penyebab utama kematian kedua terbesar di dunia. Ditemukan ekspresi berlebih sirtuin1 pada beberapa kanker. Ekspresi sirtuin1 harus diinhibisi untuk menekan pertumbuhan sel kanker. Penelitian yang dilakukan saat ini untuk menemukan senyawa yang dapat digunakan sebagai inhibitor sirtuin1. Metode in silico merupakan salah satu metode yang dapat digunakan untuk penelitian ini. Dalam penelitian ini, diteliti 31 senyawa derivat 33-Thieno[3,2-d] pyrimidine-6-carboxamide dan senyawa ex527 sebagai kontrol positif hasil penapisan virtual sebagai inhibitor situin1. Hasil penambatan molekuler didapatkan nilai ?G senyawa ex527 kontrol positif sebesar -9.27 kkal/mol. Senyawa 17, 11a dan 11c memiliki nilai ?G terendah dengan nilai ?G sebesar 12.91, 12.77 dan 12.11 kkal/mol sedangkan senyawa 21 memiliki nilai terbesar dengan nilai ?G sebesar -7.97 kkal/mol. Setelah penambatan molekuler, dilakukan simulasi dinamika molekuler terhadap 31 senyawa derivat 33-Thieno[3,2-d] pyrimidine-6-carboxamide dan senyawa ex527 sebagai kontrol positif. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan senyawa 11d, 11b dan 11a memiliki aktivitas terbaik. Selain itu, adanya Zn2 dan NAD dapat mempengaruhi hasil dari penambatan molekuler dan simulasi dinamika molekuler.

---

Cancer is a disease that characterized by abnormal cell growth that can spread into other organs. Cancer is the main cause of death in the world. Overexpression of sirtuin1 was found in some cancer. The expression of sirtuin1 should be inhibited to suppress the growth of cancer cells. This study was conducted to find compounds that can be used as inhibitor of sirtuin1. In silico method is one of a method that can be used for this study. In this experiment, 31 compounds of 33 Thieno 3,2 d pyrimidine 6 carboxamide derivatives and ex527 as positive control from the result of virtual screening as inhibitor of sirtuin1. The result of molecular docking obtained with G value of ex527 positive control is 9.27 kcal mol. The 17, 11a and 11c compounds have the lowest G values that are 12.91, 12.77, and 12.11 kcal mol respectively whereas compound 21 has the highest G value that is 7.27 kcal mol. After molecular dynamics were simulated against 31 compounds of 33 Thieno 3,2 d pyrimidine 6 carboxamide derivatives and ex527 compounds as positive control. The result of molecular dynamics simulation shows 11d, 11b and 11a compounds have the best activity. In addition, the presence of Zn2 and NAD may affect the results of molecular docking and molecular dynamics simulations."

"SIRT1 merupakan salah satu dari tujuh sirtuin manusia SIRT1-7 yang termasuk dalam HDAC kelas III. Sejumlah penelitian tentang SIRT1 telah banyak dibuktikan berperan dalam regulasi metabolisme seluler serta sering dihubungkan dengan pathogenesis penyakit seperti kanker dan penyakit nuerodegeneratif. Untuk menemukan kandidat obat yang baik beberapa menggunakan metode in silico sebagai tool yang cepat dalam menganalisis aktifitas biologis obat secara virtual.Metode in silico dalam penelitian ini dimulai dari penapisan virtual, penambatan molekul dan simulasi dinamika molekuler yang menggunakan database herbal Indonesia untuk menemukan senyawa kandidat yang berpotensi sebagai inhibitor SIRT1.Hasilnya diperoleh ada enam senyawa kandidat dari database Herbal Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor SIRT1 yaitu 5-oxocoronaridine, 3-oxocoronaridine, 5-hydroxy-6-oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine dan tabernaemontanine.Hasil penambatan molekul senyawa kandidat terhadap dua makromolekul SIRT1 PDB ID: 4I5I dan 4ZZI menunjukkan nilai pengikatan energi bebas senyawa kandidat mendekati dan lebih tinggi dari senyawa ligand co-kristal. Dari analisis simulasi dinamika molekuler diperoleh energi bebas MMPBSA di atas -21 kkal/ mol sedangkan occupancy ikatan hidrogen residu Ile347 dan Asp348 diatas 80 .

---

SIRT1 is one of seven human sirtuins SIRT1 7 are included in class III of HDAC. A number studies of SIRT1 has been widely demonstrated a role in the regulation of cellular metabolism and linked to pathogenesis of diseases such as cancer and neurodegeneratif diseases. To find a good drug candidates could using in silico methods as a quick tool in analyzing the biological activity of drugs virtually.In silico methods in this research started from a virtual screening, docking and molecular dynamics simulations that use Indonesian herbal database to find potential candidate compounds as SIRT1 inhibitor.The result was obtained there are six candidates compound of Indonesian Herbal database that has potential as SIRT1 inhibitor that is 5 oxocoronaridine, 3 oxocoronaridine, 5 hydroxy 6 oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine and tabernaemontanine.Docking results shown that molecule candidate compounds against two of macromolecules SIRT1 PDB ID 4I5I and 4ZZI have value of the candidate compound binding free energy approach and higher than the co crystal ligands. From the analysis of molecular dynamics simulations obtained free energy MMPBSA about 21 kcal mol while occupancy hydrogen bonding of residues Ile347 and Asp348 about 80 ."

"Latar Belakang. Penelitian ini bertujuan untuk membakukan teknik pengukuran asam folat serum menggunakan protein ikat folat PIF yang diisolasi dan dimurnikan secara utuh dari susu sapi segar dengan teknik enzyme labeled protein ligand binding assay ELPLBA . Metode. Metode yang digunakan adalah metode eksperimen yang menguji validitas dan perbandingan teknik ELPLBA untuk pembakuan teknik pengukuran folat serum.Hasil. Hasil isolasi dan pemurnian PIF menghasilkan kadar 3 tiga mg/mL. Identifikasi SDS-PAGE dan Western blot menunjukkan 3 tiga pita protein yang diperiksa adalah protein ikat folat. Validitas teknik uji keterulangan menunjukkan nilai yang dapat diterima CV.

---

Background. This study was aimed to standarized technique of folic acid level serum measurment using folate binding protein FBP that isolated and purified from fresh bovine milk with enzyme labeled protein ligand binding assay ELPLBA technique. Method in this study, we performed an experiment research validated dan compared measurement techniques of ELPLBA with competitive ELISA for the standardization of the serum folic acid measurement technique. Results. FBP concentration yielded from isolated and purification was resulted 3 mg mL. SDS PAGE and western blot result showed 3 three protein bands that was confirmed to be FBP. Validity test repeatability indicate an acceptable CV 10 , whereas reproducible test showed poor results over a 5 day period. The results of the accuracy test of the enzyme labeled protein ligand binding assay technique showed good accuration. Linearity test of two samples showed quite linear results. Comparison of folic acid level measurement in serum between ELPLBA and ELISA technique showed there is no difference between both technique based on independent test T test at 95 confidence level. Conclusion. the enzyme labeled protein ligand binding assay technique on serum folic acid measurements were quite valid dan equivalent to the results obtained by competitive ELISA techniques."