Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Dalam paper ini, peneliti fokus pada stopping power elektronik untuk proton dan antiproton dengan target Silikon. Eksitasi dari elektron target merupakan kontribusi yang diperhitungkan untuk berkurangnya energi proyektil. Perhitungan rumus dilakukan dari Bethe Stopping Power dengan aproksimasi Born hingga perturbasi orde kedua, biasa disebut efek Barkas. Tumbukan antara proyektil dan target dimodelkan elastis dan inelastis, juga inelastis dan elastis. Rentang energi pada paper ini dari ≈ 100 keV sampai 3 MeV

---

In this paper, the researcher focuses on the electronic stopping power of protons and antiprotons in a Silicon target. The contribution to the energy loss of the projectile is solely due to excitation of the target electrons. The calculation is derived from Bethe’s stopping power using the Born approximation up to the second order perturbation, commonly known as the Barkas effect. The collision of the target and the projectile is modeled to be elastic and inelastic, also inelastic and elastic. The energy range in this work is between ≈ 100 keV up to 3 MeV."

"Penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi salah satu masalah kesehatan yang utama di dunia, terutama Asia, Afrika, dan Amerika. Infeksi ini telah menjadi endemik di lebih dari 100 negara. World Health Organization memperkirakan terjadi 100 juta kasus tiap tahun dan sebanyak 2,5 miliar orang atau 40% dari populasi dunia berisiko terjangkit infeksi virus ini. Oleh karena itu, dibutuhkan suatu pengobatan yang bersifat antiviral yang dapat menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh. Akhir-akhir ini peptida telah dikembangkan dalam drug design. Dalam penelitian ini digunakan peptida yang sudah dipasarkan secara komersial. Tujuan penelitian ini adalah untuk penapisan peptida siklis komersial yang dapat digunakan sebagai inhibitor protein NS2B-NS3 DENV melalui metode penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul. Inhibisi terhadap enzim NS3 protease dapat menyebabkan terhambatnya aktivitas enzimatiknya sehingga poliprotein yang terbentuk dari translasi RNA menjadi tidak dapat dipotong-potong dan poliprotein tetap berada dalam bentuk satu untai panjang yang utuh. Akibatnya protein protein lain yang vital bagi keberlangsungan replikasi virus dengue tidak dapat terbentuk. Penelitian ini menghasilkan ligan Atrial Natriuretic Factor (3-28) (human) sebagai kandidat obat terbaik. Simulasi dinamika molekul menunjukkan bahwa senyawa ini tetap stabil pada kenaikan suhu tubuh menjadi 312 K.

---

A disease caused by dengue virus infection has become one of the major health problems in the world, especially Asia, Africa, and America. This infection has become endemic in more than 100 countries. The World Health Organization estimates that 100 million cases occur each year and as many as 2.5 billion people or 40% of the world population at risk of contracting this virus infection. Therefore, we need an antiviral that can inhibit the activity of enzymes involved in the replication in the body. Lately peptide drug design has been developed. This study uses peptides that has been marketed commercially.

The purpose of this study was to screen the commercial cyclic peptides that can be used as an inhibitor of NS3 protein NS2B DENV-through molecular docking and molecular dynamics simulations. Inhibition of NS3 protease enzyme can lead to inhibition of enzymatic activity so polyprotein formed from the translation of RNA can not be cut into pieces and polyprotein remain in the form of a long strand. Proteins that consequently vital for the sustainability of dengue virus replication can not be formed.

This research resulted Atrial natriuretic factor (3-28) (human) as the best drug candidate. Molecular dynamics simulations indicate that this compound remains stable at body temperature of 312 K."

"Osteoartritis (OA) adalah penyakit degeneratif yang ditemukan pada orang usia lanjut. Seiring bertambahnya usia, kemungkinan menderita penyakit OA meningkat. Senyawa IL-1β ditemukan dalam jumlah tinggi pada pasien dengan OA dan diketahui meningkatkan aktivitas enzim yang merosot jaringan tulang rawan. TGF-β3 diprediksi sebagai penginduksi kuat dari sintesis matriks ekstraseluler (ECM) dan memainkan peran penting sebagai agen penghambat untuk IL-1β. Dalam penelitian ini proses simulasi dinamika molekul dengan program Amber dilakukan dengan mengacu pada langkah-langkah kerja yang dilakukan oleh Chris Lim & David A. Case dan Benjamin D. Madej & Ross C. Walker. Dalam proses simulasi dinamika molekuler bertujuan untuk membuat vesikel Solid Lipid Nanoparticle (SLN) yang tersusun dari minyak zaitun (fase minyak) dan tristearin (fase lemak) yang mengandung senyawa (protein) TGF-β3. Hasil dari proses simulasi menunjukkan bahwa nilai total perubahan total energi berkurang (nilai rata-rata 0 - 20 ns adalah 37,105,0541 kkal / mol dan pada waktu simulasi 100-120 ns adalah 36,570.2858 kkal / mol) dan Pengurangan grafik energi total tidak terlalu curam dalam periode 100 - 120 ns yang menunjukkan bahwa kondisi sistem cukup stabil. Kepadatan rata-rata meningkat (pada waktu simulasi 0 - 20 ns pada 0,9943 cm3 / mol dan pada 100 - 120 ns pada 1.0001 cm3 / mol). Nilai rata-rata volume sistem menurun (pada waktu simulasi 0 - 20 ns pada 309.902.5324 Å3 dan pada waktu simulasi 100 ns - 120 ns pada 308.116.6341 Å3). Data kepadatan dan volume interpretasi sistem dari hasil simulasi, karena nilai kepadatan berbanding terbalik dengan nilai volume sistem, sejalan dengan rumus untuk mendapatkan nilai kerapatan suatu objek. Nilai suhu sistem cukup stabil dari awal hingga akhir simulasi, yang berkisar dari 303 ° K (30 ° C). Dengan memperoleh hasil ini, para peneliti telah berhasil melakukan proses simulasi dinamika molekul untuk membuat vesikel SLN yang mengandung TGF-β3 bersama dengan rincian komponen pendukung simulasi.

---

Osteoarthritis (OA) is a degenerative disease found in elderly people. As we get older, the chance of suffering from OA increases. IL-1β compounds are found in high amounts in patients with OA and are known to increase the activity of enzymes that degenerate cartilage tissue. TGF-β3 is predicted as a strong induction of extracellular matrix (ECM) synthesis and plays an important role as an inhibiting agent for IL-1β. In this research the molecular dynamics simulation process with the Amber program is carried out with reference to the work steps carried out by Chris Lim & David A. Case and Benjamin D. Madej & Ross C. Walker. In the molecular dynamics simulation process aims to make Solid Lipid Nanoparticle (SLN) vesicles composed of olive oil (oil phase) and tristearin (fat phase) containing TGF-β3 (protein) compounds. The results of the simulation process show that the total value of total energy change is reduced (the average value of 0-20 ns is 37.105.0541 kcal / mol and at the time of simulation 100-120 ns is 36.570.2858 kcal / mol) and the reduction in the total energy graph is not too steep in the period 100-120 ns which indicates that the system condition is quite stable. Average density increases (at simulation time 0 - 20 ns at 0.9943 cm3 / mol and at 100-120 ns at 1,0001 cm3 / mol). The average value of the system volume decreases (at simulation time 0 - 20 ns at 309,902.5324 Å3 and at simulation time 100 ns - 120 ns at 308,116,6341 Å3). Data density and system interpretation volume from the simulation results, because the density value is inversely proportional to the system volume value, in line with the formula to get the density value of an object. The system temperature value is quite stable from the beginning to the end of the simulation, which ranges from 303 ° K (30 ° C). By obtaining these results, the researchers have succeeded in carrying out a molecular dynamics simulation process to make SLN vesicles containing TGF-β3 together with details of the supporting components of the simulation."

"CRISPR-Cas9 dan CRISPR-dCas9 adalah teknologi gen yang sangat dibutuhkan untuk kegiatan produksi dan kebutuhan diagnosis. Namun, Cas9 dan dCas9 yang paling banyak digunakan dalam CRISPR-Cas9 dan dCas9 saat ini, yang dihasilkan dari Streptococcus pyogenes, tergolong dalam Cas9 dan dCas9 mesofilik yang akan terdenarurasi saat suhu diatas 45oC sehingga dibutuh versi yang lebih kuat, yaitu Cas9 dan dCas9 termofilik. Dalam eksplorasi di Mata Air Panas Cisolong, Banten, Cas9 termofilik berhasil ditemukan dalam Geobacillus kaustophilus. Namun, belum ada studi rancangan panjang setiap bagian sgRNA yang tepat terhadap Cas9 dan dCas9 Geobacillus kaustophilus. Penelitian ini menjawab permasalahan tersebut dengan simulasi molecular docking dengan menggunakan website HDOCK untuk menguji interaksi antara variasi panjang setiap bagian sgRNA, yaitu spacer, repeat, dan tracrRNA, di Cas9 dan dCas9 Geobacillus kaustophilus dilihat dari besar afinitas pengikatan. Interaksi antarmolekul dari hasil simulasi tersebut dianalisis dengan Ligplot+. Hasil molecular docking menunjukkan bahwa sgRNA yang cocok untuk Cas9 dan dCas9 Geobacillus kaustophilus adalah sgRNA variasi tracrRNA 63 nt. Pengubahan panjang bagian sgRNA cenderung mempengaruhi jumlah ikatan yang terbentuk dalam kompleks sgRNA-Cas9 dan dCas9 Geobacillus kaustophilus sehingga mempengaruhi nilai afinitas pengikatan yang dihasilkan.

---

CRISPR-Cas9 and CRISPR-dCas9 are gene technologies that urgently needed for production activities and diagnosis. However, the Cas9 and dCas9 that are most widely used in CRISPR-Cas9 and dCas9 at present, which are produced from Streptococcus pyogenes, belong to the mesophilic Cas9 and dCas9 which will be denatured when the temperature is above 45oC so a stronger version is needed, namely thermophilic Cas9 and dCas9. During exploration at Cisolong Hot Springs, Banten, thermophilic Cas9 was found in Geobacillus kaustophilus. However, there is no proper sgRNA segment length study design against Cas9 and dCas9 Geobacillus kaustophilus. This study addresses this problem by simulating molecular docking using the HDOCK website to examine the interaction between variations in the length of each sgRNA section, namely spacer, repeat, and tracrRNA, in Cas9 and dCas9 Geobacillus kaustophilus seen from the large binding affinity. The intermolecular interactions from the simulation results were analysed with Ligplot+. Molecular docking results showed that the sgRNA suitable for Cas9 and dCas9 Geobacillus kaustophilus was 63 nt tracrRNA variation. Changing the length of the sgRNA section tends to affect the number of bonds formed in the sgRNA-Cas9 and dCas9 Geobacillus kaustophilus complexes thereby affecting the resulting binding affinity values.

"

"Dalam skripsi ini, peneliti bertujuan mencari perhitungan dan membuat perbandingan stopping power penetrasi proyektil dengan target yang berupa elektron dan inti atom. Eksitasi dari elektron target merupakan kontribusi yang diperhitungkan untuk berkurangnya energi proyektil. Perhitungan rumus dilakukan dari Bethe Stopping Power dengan aproksimasi Born hingga perturbasi orde kedua, biasa disebut efek Barkas. Pada aproksimasi Born pertama, inti atom tidak berperan begitu besar dalam menghasilkan energi stopping power. Sedangkan elektron menunjukkan hasil yang signifikan.

---

In this thesis, the researcher intends to measure and compare the stopping power of penetration between projectile and the targets which are electrons and nuclei. The contribution to the energy loss of the projectile is solely due to excitation of the target electrons. The calculation is derived from Bethe’s stopping power using the Born approximation up to the second order perturbation, commonly known as the Barkas effect. In the first Born approximation, it is showed that nuclei does not really participate in resulting stopping power energy. On the other hand, electrons shows big significant result."

"ABSTRAKIsoterm dari proses adsorpsi biasanya digunakan untuk karakterisasi distribusi ukuran pori dan biasanya diukur secara eksperimental dengan alat volumetrik, yang terdiri dari sel dosis dan sel sampel. Skripsi ini bertujuan untuk membangun keseimbangan antara fase gas dan fase adsorben dengan menggunakan Simulasi 2V-NVT Monte Carlo, dengan dua volume untuk mewakili perangkat tersebut. Efek dari ukuran pori dan volume dosis pada karakteristik isoterm adsorpsi yang dipelajari menggunakan model adsorpsi argon dalam pori graphitic carbon pada temperatur 87 K. Dalam simulasi Monte Carlo untuk sistem adsorpsi, potensi fluida-fluida dan potensi solid-fluida merupakan bagian penting. Potensi fluida-fluida umumnya digambarkan oleh persamaan 12-6 Lennard-Jones, sementara potensi solid-fluida membutuhkan penjumlahan dari semua interaksi antara molekul adsorbat dan semua atom yang ada di permukaan adsorben. Tujuan kedua dari skripsi ini adalah untuk mendapatkan potensi solid-fluida untuk luasan adsorben terbatas yang berbentuk persegi panjang dan lingkaran. Pencapaian utama dari skripsi ini adalah untuk menurunkan persamaan tersebut. Sebagai rekomendasi ke depan, model solid-fluida yang telah dikembangkan sebaiknya diintegrasikan ke dalam Simulasi Monte Carlo.

---

ABSTRACTAdsorption isotherms are commonly used for the characterization for pore size distribution and are usually measured experimentally with a volumetric device, which consists of a dosing cell and a sample cell. This project aims to establish an equilibrium between the gas phase and adsorbed phase by using 2V-NVT Monte Carlo simulation, with two volumes to represent such device. The effects of the sizes of pore and dosing volume on the behaviour of the adsorption isotherm are studied, where the model used is argon adsorption at 87K in a graphitic pore. In a Monte Carlo simulation of an adsorption system, the fluid-fluid potential and the solid-fluid potential are important. The former is commonly described by the 12-6 Lennard-Jones equation, while the solid-fluid potential requires the summation of all interactions between adsorbate molecule and all solid atoms in the surface. The second major aim of the project is to obtain the solid-fluid potential for a finite rectangular and disk shape patches. Under certain conditions these potentials become intermediate, and the major achievement of this project is to derive the limits of these equations, resolving the issue of intermediate problem. For future works, the developed solid-fluid model should be implemented into the simulation"

"ABSTRAKDesalinasi dengan menggunakan membran memberikan potensi yang besar dalam menghasilkan air bersih dengan penggunaan energi yang efisien. Penemuan terbaru menunjukkan bahwa carbon nanotube (CNT) dan lembaran graphene memiliki potensi yang sangat besar dalam menyaring garam pada air laut. Kami memodelkan membran yang tersusun dari CNT, lembaran graphene dan graphitic ? based triazine serta pengaplikasian densitas muatan permukaan pada dinding membran. Performa penyaringan garam, pemisahan ion garam dan laju aliran molekul air dari variasi konfigurasi membran diteliti dengan menggunakan simulasi dinamika molekul. Kami menemukan bahwa pengaplikasian densitas muatan permukaan pada daerah tertentu pada membran dan variasi besar densitas muatan memberikan hasil yang berbeda pada performa penyaringan untuk setiap konfigurasi membran yang berbeda.

---

ABSTRACT

Desalination that utilize membrane provide great potential in producing fresh water with efficient energy consumption. Recent research found that cabon nanotube (CNT) and graphene sheet have great potential in filtering salt ion from sea water. We modeled a membrane that made from CNT, graphene sheet and graphitic - based triazine, also applying surface chage density to covers membrane walls. Membrane performance in filtering salt, separating salt ions and water molecules flow from various configuration of membranes are investigated using molecular dynamic simulation. We found that applying surface charge density to certain wall of membrane and the magnitude of the charge give various results to the filtering performance for each different membrane configuration."

"Sebagai upaya dalam memahami netralisasi virus H5N1 oleh antibodi manusia, simulasi dinamika molekuler dua kompleks antibodi-antigen dilakukan. Tiga struktur molekul yang membentuk dua kompleks tersbeut dibentuk termasuk antigen hemagglutinin Vietnam 2IBX, hemagglutinin Indonesia CDC, dan fragmen variabel dari antibodi 8H5 atau 8H5Fv.Dalam penelitian ini komplesks 8H5Fv-2IBX dan 8H5Fv-CDC diproduksi melalui pemodelan struktur molekul, homology modeling, dan molecular docking. Dua kompleks tersebut lalu melewati simulasi dinamika molekuler selama 2 nanosekon untuk menginvestigasi kestabilan struktur kompleks dan aktivitas netralisasi yang dapat diamati dengan berfokus pada epitope netralisasi masing ? masing hemagglutinin yang didapatkan hasil molecular docking.Didapatkan bahwa sifat dinamis atom ? atom pembentuk molekul tidak menihilkan aktivitas netralisasi. Dengan mengamati epitope netralisasi masing ? masing hemagglutinin juga didapatkan bahwa aktivitas netralisasi lebih efektif pada hemagglutinin 2IBX (Vietnam) dibandingkan dengan hemagglutinin Indonesia (CDC) berdasarkan kalkulasi solvent accessible surface (SAS), energi, root mean square displacement (RMSD), dan analisis okupansi ikatan hidrogen.

---

In an effort to study the H5N1 virus neutralisation by a human antibody, molecular dynamics simulations on two antibody-antigen complexes were conducted. Three molecular structures were formed in this study including the Vietnamese hemagglutinin 2IBX, the Indonesian hemagglutinin CDC, and a variable fragment of the 8H5 antibody or 8H5Fv.

In this study the complexes 8H5Fv-2IBX and 8H5Fv-CDC, that were produced by molecular modeling, homology modeling and molecular docking, was subjected to a 2 nanosecond molecular dynamics simulation each to investigate the stability of such complexes and the maintenance of the neutralising activity that was observed by focusing on the neutralising epitopes that were predicted by molecular docking.

It is was found that the dynamic nature of the molecules in study did not negate the steric hindrance occuring from the antibody variable fragment 8H5Fv with the hemagglutinins, therefore suggesting that the 8H5 antibody should be able to neutralise these two hemagglutinins. By solvent accessible surface (SAS) calculations, energy analysis, root mean square displacement (RMSD) analysis, and also hydrogen bond occupance it was also found that the the 8H5Fv seem to be more effective against the 2IBX (Vietnamese) hemagglutinin than against the CDC (Indonesian) hemagglutinin."

"Demam berdarah merupakan penyakit yang disebarkan melalui virus DEN-V dengan perantara nyamuk. Penyakit ini berbahaya karena belum ada obat, vaksin, ataupun antiviral khusus terhadap virus DEN-V, sehingga perlu dilakukan penemuan obat untuk demam berdarah. Enzim RNA dependent RNA polymerase (Rdrp) pada DEN-V dapat dijadikan target obat karena berperan penting pada proses replikasi virus. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap tiga senyawa bioflavonoid, sub-kelas flavanon, yaitu Hesperetin, Hesperidin, dan Naringenin. Simulasi penambatan molekuler dan dinamika molekuler dilakukan untuk mengetahui kebolehjadian senyawa tersebut sebagai inhibitor target Rdrp. Hasil simulasi senyawa flavanon dibandingkan dengan Quercetin, dengan parameter penilaian penambatan molekuler, energi ikatan, RMSD, RMSF, dan kontak ligan-target. Hasil nilai penambatan molekuler untuk masing-masing ligan terendah yaitu Hesperidin, Quercetin, Hesperetin, dan Naringenin dengan nilai berturut-turut yaitu -9,842 kcal/mol, -8,513 kcal/mol, -7,761 kcal/mol, dan -5,634 kcal/mol. Hasil MM-GBSA energi ikatan terbaik adalah ligan Hesperidin, Naringenin, Hesperetin, dan Quercetin dengan nilai ikatan energi bebas secara berturut-turut yaitu -69,31 kcal/mol, -64,90 kcal/mol, -60,93 kcal/mol, dan -57,83 kcal/mol. Hasil dari studi ini memprediksi bahwa Hesperidin dapat menjadi inhibitor terhadap target Rdrp yang lebih baik dibandingkan Quercetin, sementara Hesperetin dan Naringenin juga memiliki aktivitas inhibisi tetapi tidak sebaik Quercetin.

---

Dengue fever is a disease spread by the DEN-V virus through mosquitoes. This disease is dangerous because there is no specific drug, vaccine, or antiviral against the DEN-V virus, insisting the need of drug discovery for dengue fever. RNA dependent RNA polymerase (Rdrp) enzyme in DEN-V can be a drug target because it has an important role in the virus replication process. In this research, in silico simulations were carried out on bioflavonoid compounds, flavanone sub-class, namely Hesperetin, Hesperidin, and Naringenin. Molecular docking simulations and molecular dynamics were carried out to determine the probability of these compounds to be inhibitors of Rdrp targets. The results obtained from the simulation of the flavanones was compared with quercetin, which are docking score, energy binding, RMSD, RMSF, and ligand-target contact. The molecular docking results, docking score, for each of all ligands from the lowest were Hesperidin, Quercetin, Hesperetin, and Naringenin with values of -9.842 kcal/mol, -8.513 kcal/mol, -7.761 kcal/mol, and -5.634 kcal/mol, respectively. The best bond energy MM-GBSA results were Hesperidin, Naringenin, Hesperetin, and Quercetin with the value of free energy bonding respectively, namely -69.31 kcal/mol, -64.90 kcal/mol, -60.93 kcal/mol , and -57.83 kcal/mol. The results of this study predict that Hesperidin can be a better inhibitor to target Rdrp than Quercetin, while Hesperetin and Naringenin also have inhibitory activity but not as well as Quercetin."