Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Each analysis method by some reason, must be validated. The parameters are selectivity, accuracy, precision, linearity, LOD, LOQ, ruggedness, and robustness. The parameters need to be calculated by assay methods.This paper try to give some information above these methods base on some literatures (USP 23rd, WHO, journal, etc)."

"Masih tingginya penderita kanker serviks dan keterbatasan vaksin profilaktik yang tidak memiliki efek terapeutik mendorong dikembangkannya vaksin Human Papillomavirus HPV yang bersifat terapeutik. Salah satu protein Human Papillomavirus HPV yang berpotensi sebagai vaksin terapeutik yaitu protein E6. Protein E6 yang bersifat alamiah diperlukan sebagai kontrol dalam uji keamanan vaksin. Studi ini bertujuan untuk mengekspresikan gen E6 yang sebelumnya telah diklona pada vektor pGEX-6P-1. Verifikasi plasmid rekombinan E6 dilakukan dengan elektroforesis gel agarosa, double digest, dan sekuensing. Ekspresi protein dilakukan pada sistem ekspresi prokariota yaitu Escherichia coli BL21-CodonPlus DE3. Ekspresi protein dilakukan pada suhu 37 C dan diinduksi IPTG dengan konsentrasi akhir 0,2 mM, 0,4 mM, dan 1 mM. Protein yang telah diperoleh divisualisasi dengan SDS-PAGE 12 dan dikarakterisasi dengan western blot. Analisis menggunakan perangkat lunak genscript menunjukan bahwa ekspresi protein E6 memiliki laju ekspresi yang rendah dengan nilai Codon Adaptation Index CAI 0,57, kandungan GC 38,56, dan Codon Frequency Distribution CFD 20 . Keberadaan protein E6 dideteksi dengan western blot menggunakan antibodi poliklonal dan hasil western blot menunjukkan adanya protein E6 berukuran 44 kDa.

---

The high prevalence of cervical cancer and the limited prophylactic vaccine that does not have a therapeutic effect encourage the development of the therapeutic Human Papillomavirus HPV vaccine. One of the proteins of Human Papillomavirus HPV which is potential as a therapeutic vaccine is E6 protein. A natural E6 protein is required as a control in vaccine safety testing. This study aims to express the previously cloned E6 gene in the pGEX 6P 1 vector. Verification of recombinant plasmid E6 was performed with agarose gel electrophoresis, double digest, and sequencing. Protein expression was performed on the prokaryotic expression system Escherichia coli BL21 CodonPlus DE3. Protein expression was performed at 37 C and induced with IPTG with a final concentration of 0.2 mM, 0.4 mM, and 1 mM and was characterized by western blot. The obtained protein was visualized with SDS PAGE 12. Analysis using genscript software showed that E6 protein expression had low expression rate with Codon Adaptation Index CAI 0,57, GC content 38,56, and Codon Frequency Distribution CFD 20. The presence of E6 protein was detected by western blot using polyclonal antibody and the western blot result indicated the presence of E6 protein at 44 kDa."

"Mikroba di alam hidup di dalam matriks biofilm sebagai komunitas dengan karakteristik yang berbeda dari mikroba planktonik. Biofilm adalah habitat dominan mikroba dan memerankan berbagai fungsi penting di ekosistem akuatik, seperti menjadi tempat akumulasi berbagai jenis ion dan terlibat aktif dalam proses sirkulasi nutrien. Berdasarkan peran pentingnya di ekosistem akuatik, biofilm dapat dimanfaatkan dalam pengelolaan lingkungan perairan seperti untuk biomonitoring dan biosorpsi berbagai bahan pencemar seperti logam berat. Buku ini menjelaskan konsep dasar dan memberikan contoh dari aplikasi biofilm sebagai agen biomonitoring dan biosorpsi logam berat. Pembahasan dalarn buku ini menjadi fundamen dalam pengembangan teknologi eko-akuatik berbasis biofilm untuk pengelolaan ekosistem akuatik."

"Interferon (IFN) merupakan sitokin yang diproduksi oleh berbagai tipe sel sebagai respon rangsangan terhadap stimulasi virus, bakteri, parasit, sel tumor, atau antigen lain. Interferon α termasuk kelompok IFN tipe I yang mempunyai berbagai efek biologis yang meliputi antiviral, antitumor dan juga sebagai immunoterapetik. Penelitian ini bertujuan untuk mensintesis protein rekombinan human IFN α2a melalui sistem ekspresi pada bakteria E. coli BL21(DE3). Pada gen human ifn α2a dilakukan penambahan situs pemotongan enzim restriksi Nco I dan Xho I menggunakan metode PCR, kemudian dilanjutkan dengan proses ligasi ke vektor pET-32b(+) dan selanjutnya ditransformasikan pada E. coli DH5α.Hasil sekuensing menunjukkan bahwa vektor rekombinan (pET-32b(+)-IFN α2a) memiliki urutan nukleotida yang benar. Vektor rekombinan ini selanjutnya ditransformasikan ke dalam E.coli BL21(DE3). Klon transforman yang diperoleh dikultur dan diinduksi dengan penambahan IPTG 1 mM sehingga mengekspresikan protein rekombinan human IFN α2a. Dari hasil isolasi, diperoleh protein rekombinan human IFN α2a dalam bentuk protein terfusi sehingga mempermudah proses deteksi dan purifikasi. Protein dikarakterisasi melalui metode SDS PAGE dilanjutkan dengan Western blot dan pewarnaan CBB. Pita protein rekombinan human IFNα2a yang diperoleh berukuran 36 kDa. Hasil maksimal ditunjukkan ekspresi pada suhu 37⁰C dengan waktu inkubasi 5 jam setelah induksi.

---

Interferon (IFN) is a cytokine produced by various cell types as a response of stimulation to viruses, bacteria, parasites, tumor cells, or other antigens. Interferon α type I IFN groups have various biological effects, including antiviral, antitumor and immunotherapeutic. The aim of this research is to synthesize recombinant human IFN α2a proteins through bacterial expression systems in E. coli BL21 (DE3). Addition genes of human IFN α2a, which are restriction enzyme cutting sites for Nco I and Xho I, are added through PCR method. This step is followed by ligation process to the pET-32b(+) vector and then transformed into E. coli DH5α.The recombinant vector (pET-32b(+)-IFN α2a) has a nucleotide right sequence after it was being sequenced, after was transformed into E. coli BL21 (DE3). Obtained transformant clones were cultured and induced by addition of IPTG 1 mM to produce the expression of recombinant human IFN α2a proteins. As result of isolation process, recombinant protein of human IFN α2a are collected in fused protein thus can simplify the detection and purification method. The proteins are characterized by the SDS PAGE method followed by Western blot and CBB staining. The results show that the recombinant human IFN α2a protein bands are exactly 36 kDa. The maximum expression results were obtained at 37⁰C with 5 hours incubation after induction process."

"Penelitian ini memanfaatkan onggok umbi kayu dan umbi garut sebagai medium perkembangbiakan S. cereviciae untuk produksi β-glukan. Onggok umbi dihidrolisis oleh enzim amiloglukosidase agar menjadi glukosa dan dilanjutkan dengan fermentasi oleh khamir pada medium bernitrogen. Dari penelitian yang dilakukan, konsentrasi glukosa hasil hidrolisis tertinggi untuk onggok singkong didapatkan dengan menambah enzim sebanyak 57,5 mg dengan konversi 95,93% dan untuk onggok garut sebanyak 55 mg enzim amiloglukosidase dengan konversi 64,70%. Produksi S. cereviciae tertinggi didapatkan dengan menambahkan jumlah pepton sebanyak 4,75 g untuk onggok singkong dan onggok garut dengan basis 10 gram onggok. Jumlah optimum sel yang didapat dari medium onggok garut adalah 1,61x 108 koloni di jam ke 48 dan dari medium 8,50 x 107 koloni di jam ke 48 untuk onggok singkong. Untuk analisa beta glukan menggunakan HPLC, jumlah tertinggi beta glukan didapatkan dengan menambahkan pepton sejumlah 3,99 g pada onggok singkong menghasilkan beta glukan sebanyak 1,20 % dan 4,75 g pepton pada onggok garut menghasilkan beta glukan sebanyak 1,23 %. Pellet beta glukan paling tinggi berhasil diekstrak dari medium onggok ubi kayu variasi ketiga sebesar 1,77 g/L (0,18 % b/v); dari medium umbi garut variasi ketiga sebesar 1,91 g/L (0,19% b/v); dari sel mutan dalam medium sebesar 6,56 g/L (0,66% b/v) dan dari sel liar dalam medium YPG sebesar 1,84 g/L (0,18% b/v).

---

This research utilized Manihot utilissima and Maranta arundinacea waste as a medium of propagation S. cereviciae for the production of β-glucan. The waste was hydrolyzed by the amyloglucosidase enzyme to became a glucose then followed by fermentation in the nitrogenous medium by S.cereviciae. The highest concentration of glucose from hydrolysis was resulted by adding 57.5 mg enzyme for Maranta arundinacea with 95.93% conversion and 50 mg enzyme for Manihot utilissima with 64.70% conversion. For the production of S. cereviciae, the highest amount was obtained by adding 4.75 g peptone to all sample. The optimum number of cells was obtained in an amount of 1.61 x 108 colonies at t = 48 for Maranta arundinacea waste and 8.55 x 107 colonies at t = 48 hours for Manihot utilissima. For beta glucan?s production, the highest number was obtained by using 3.99 g peptone for Manihot utilissima with yield 1.20% and by using 4.75 g of peptone for Maranta arundinacea with yield 1.23%. For beta glucan pellet, the highest number was 1.77 g/L (0.18 % b/v) from Manihot utilisima medium and 1.91 g/L (0.19% b/v) from Maranta arundinacea. Mutant cell in YPG medium produced 6.56 g/L (0.66% b/v) beta glucan pellet and wild cell in YPG medium produced 1.84 g/L (0.18% b/v)."

"Deteksi dan identifikasi rotavirus A menggunakan sampel feses anakanak penderita diare di Denpasar, Jakarta, Makassar, Mataram, dan Yogyakarta dilakukan di Bacterial Diseases Program US NAMRU-2, Jakarta, dari Februari hingga Mei 2008. Penelitian bertujuan mengetahui keragaman genotipe rotavirus A di Indonesia, khususnya di daerah penelitian. Responden penelitian adalah 1.726 anak berusia 1 hingga 71 bulan, terdiri atas 39,28% anak perempuan dan 60,25% anak laki-laki penderita diare yang berobat ke puskesmas atau rumah sakit dari September hingga Desember 2007. Metode deteksi dan identifikasi yang digunakan adalah seminested-multiplex RT-PCR. Deteksi terhadap rotavirus A menghasilkan prevalensi sebesar 56,89% (982 dari 1.726 sampel). Prevalensi rotavirus A pada anak perempuan (39%) lebih rendah dibandingkan prevalensi pada anak laki-laki (60,49%), dengan anakanak dalam kelompok umur 1-12 bulan memiliki prevalensi tertinggi (63,14%) dan terdapat kecenderungan penurunan prevalensi pada kelompok umur yang semakin besar. Identifikasi genotipe rotavirus A menghasilkan 5 tipe gen pengkode VP7 (genotipe G1, G2, G3, G4, dan G9) serta 6 tipe gen pengkode VP4 (genotipe P[4], P[6], P[8], P[9], P[10], dan P[11]), dengan prevalensi kombinasi genotipe tertinggi (11%) adalah G1P[8]."

"ABSTRAKMalaria merupakan penyakit yang ditularkan melalui vektor perantara yang berarti penyakit ini menyebar dengan membutuhkan vektor dalam kasus ini, nyamuk Anopheles betina . Pada penulisan skripsi ini, pendekatan model matematika digunakan untuk memahami penyebaran penyakit malaria. Intervensi pengobatan medis dan penggunaan penolak nyamuk termasuk dalam model untuk melihat bagaimana kedua intervensi tersebut dapat dianggap sebagai cara alternatif untuk mengendalikan penyebaran malaria. Model yang dibangun merupakan sistem persamaan diferensial tidak linier 7 dimensi. Analisis untuk model ini dibuat titik keseimbangan beserta kriteria kestabilan lokalnya, konstruksi Next Generation Matrix yang disertakan dengan analisis sensitivitas basic reproduction number. Basic reproduction number R0 sebagai indikator endemik model dengan nilai R0 1, dan R0=1 yang berarti secara berturut-turut penyakit akan menghilang, penyakit akan menyebar dan penyakit tidak menyebar namun tetap ada pada populasi. Dari analisis model pada skripsi ini diperoleh bahwa baik dari intervensi pengobatan medis maupun penggunaan penolak nyamuk berhasil mengurangi nilai basic reproduction number. Beberapa simulasi numerik juga diberikan untuk memberikan interpretasi hasil analisis yang lebih baik.

---

ABSTRACTMalaria is a kind of a vector borne disease. That means this disease needs a vector in this case, the female Anopheles mosquito. Here in this thesis, a mathematical model approach will be used to understand the spread of malaria. The interventions of treatment for infected humans and use of repellent are included in the model to see how these interventions could be considered as the alternative a seven dimensional of a non linear ordinary differential equation. The analysis will be made of the equilibrium point along with its local stability criteria, construction of the next generation matrix which followed with the sensitivity analysis of basic reproduction number. Basic reproduction number as the endemic indicator of the model with R0 1, and R0 1 means that the disease will disappear, the disease will spread, and the disease does not spread but still remains in population, respectively. From the analysis of this model, we find that both medical treatment and repellent intervention succeeded in reducing the basic reproduction number. Finally, some numerical simulations are given to give a better interpretation of the analytical result."

"ABSTRAKIntrusi air laut ke daratan telah menjadi fenomena alam global. Salah satu dampak yang ditimbulkan dari kejadian tersebut adalah perubahan komunitas mikroba. Perubahan komunitas mikroba sangat berpengaruh pada tingkat kesuburan tanah. Pemanfaatan daerah pesisir untuk kegiatan pertanian akan sangat dipengaruhi oleh dampak perubahan tersebut. Pemanfaatan mikroba halotoleran sebagai biofertiliser diharapkan dapat meningkatkan hasil pertanian. Telah dilakukan penelitian mengenai isolasi dan seleksi kapang halotoleran pelarut fosfat dan penghasil IAA serta aplikasinya pada tanaman padi varietas Ciherang untuk mendapatkan isolat kapang halotoleran yang dapat digunakan sebagai agen biofertiliser dalam kondisi lingkungan salin. Diisolasi sebanyak 74 isolat kapang dari lingkungan mangrove Pulau Laki, Kepulauan Seribu dan Suwung, Bali. Tujuh isolat memiliki kemampuan pelarutan Ca-P yang tinggi. Pengujian ketahanan pertumbuhan pada variasi konsentrasi NaCl (0, 2, 5, 10, dan 20%) diperoleh satu isolat, yaitu PBB 3.1 yang mampu tumbuh sampai konsentrasi 20%. Isolat tersebut mampu melarutkan Ca-P sebanyak 68,97 mgL-1 pada konsentrasi 2% NaCl pada inkubasi 72 jam. Produksi IAA tertinggi dicapai pada konsentrasi 0% NaCl, pada inkubasi 48 jam sebesar 0,533 mgL-1. Isolat PBB 3.1 diidentifikasi secara molekular sebagai Aspergillus niger (van Tieghem 1867).Aplikasi inokulan Aspergillus niger PBB 3.1 dilakukan pada skala rumah kaca pada tanaman padi (Oryza sativa L.) varietas Ciherang, dengan variasi konsentrasi salinitas 0; 1,0; 1,5; 2,0 dan 2,5%. Pemberian inokulan Aspergillus niger PBB 3.1 sebanyak 200 g/10 kg pada media tanam berpengaruh terhadap pertumbuhan tanaman padi. Indikasi ini terlihat dari meningkatnya nilai FDA, populasi kapang, tinggi tanaman, jumlah anakan, dan bobot 1000 butir. Pemberian inokulan pada salinitas 0% mampu meningkatkan bobot 1000 butir sebesar 52%. Sedangkan pada salinitas 1,0% terjadi peningkatkan produktivitas sebesar 144%. Mekanisme pengaruh inokulan Aspergillus niger PBB 3.1 masih perlu terus dikaji. Namun, fenomena tersebut membuktikan bahwa isolat Aspergillus niger PBB 3.1 berpotensi untuk dikembangkan sebagai inokulan biofertiliser pada tanaman padi varietas Ciherang yang ditanam dalam kondisi salin sampai 1,0%.;Intrusion of sea water into terrestrial environment is global phenomenon. One of the possible impacts of the sea water intrusion is the soil microbial community structures disturbances. The Change of soil microbial community structure will affect greatly soil fertility, and thus influence utilization of coastal areas for agricultural activities. The use of halotolerant microbes as biofertilizer in coastal areas are expected to increase agricultural yield.

---

This research focused on the isolation and selection of halotolerant fungi and their application for biofertilizer of paddy (Oryza sativa L.) var. Ciherang. The special objective was to obtain halotolerant fungus which is capable of stimulating phosphate solubilization and producing growth hormone (IAA) in saline condition. Seventy four isolates fungi were obtained from mangrove and coastal environment of Laki Island in the Kepulauan Seribu and Suwung, Bali. Seven isolates were having good Ca-P solubilizing capacity. These isolate were further evaluated for their ability to grow under various NaCl concentration 0, 2, 5, 10, and 20%. One isolate Aspergillus (PBB.3.1) was proven to grow at 20% salinity. The strain was able to solubilize Ca-P of 68.97 mgL-1 at salinity 2% after 72 hours, whereas IAA produced maximum 0.533 mgL-1 at 0% salinity after 48 hours. Based on the ITS1 and ITS2 of LSU analyses, this strain was identified as Aspergillus niger (van Tieghem 1867).

Application of Aspergillus niger PBB 3.1 as biofertilizer for paddy (Oryza sativa L.) var. Ciherang was conducted in greenhouse. Five concentration of salinities were evaluated 0; 1.0; 1.5; 2.0 and 2.5%. Using 200 g/10 kg inoculant Aspergillus niger (PBB.3.1) stimulated the growth of paddy as indicated by an increase in FDA, population of fungi, plant height, panicle production and weight of seeds. Using 200 g/10 kg inoculant clearly affected the weight of 1000 grains, which can be seen on the 0% achieved 52% increase, whereas at 10% the weight of 1000 grains was much more stimulated, namely about 144%. The mechanism by which Aspergillus niger PBB 3.1 affect the growth and yield of paddy need further verification.Our experiment clearly noted that Aspergillus niger PBB 3.1 has the potential to be developed as biofertilizer for Oryza sativa L. var. Ciherang grown under saline conditions up to 1.0%.;Intrusion of sea water into terrestrial environment is global phenomenon. One of the possible impacts of the sea water intrusion is the soil microbial community structures disturbances. The Change of soil microbial community structure will affect greatly soil fertility, and thus influence utilization of coastal areas for agricultural activities. The use of halotolerant microbes as biofertilizer in coastal areas are expected to increase agricultural yield."

"ABSTRAKKedokteran nuklir merupakan salah satu bidang ilmu kedokteran yang memanfaatkan sumber radiasi pengion untuk pencitraan diagnostik maupun terapi pada pasien kanker. Jumlah pelayanan kedokteran nuklir yang dimiliki Indonesia sampai saat ini 17 rumah sakit dan hanya 10 yang aktif beroperasi melakukan kegiatan pelayanan kedokteran nuklir. Untuk mendukung program KPKI oleh menteri kesehatan, perlu dilakukan penambahan departemen kedokteran nuklir di Indonesia. Peraturan mengenai standar pelayanan kedokteran nuklir Indonesia diatur oleh Kementrian Kesehatan dan Badan Pengawas Tenaga Nuklir, namun belum melampirkan mengenai syarat konstruksi dan desain bangunan secara spesifik. Untuk itu penulis melakukan penelitian dengan melakukan studi literatur mengenai persyaratan fasilitas kedokteran nuklir Nasional dan Internasional serta melakukan survei observasi di fasilitas kedokteran nuklir di Indonesia. Hasil dari tinjauan persyaratan kedokteran nuklir adalah peraturan kedokteran nuklir di Indonesia sudah sesuai dengan pedoman kedokteran nuklir internasional, namun belum mengatur detail mengenai persyaratan konstruksi yang berkaitan dengan safety dan layout design. Berdasarkan hasil uji statistik dari 5 sampel fasilitas kedokteran nuklir di Indonesia, fasilitas kedokteran nuklir di Indonesia belum memenuhi aspek ruangan yang memenuhi persyaratan dan belum memenuhi aspek konstruksi yang berkaitan dengan safety. Hasil rekomendasi persyaratan dan perancangan fasilitas kedokteran nuklir berupa room layout, mechanical electrical dan equipment dirancang berdasarkan hasil studi literatur dan observasi survei di lima fasilitas kedokteran nuklir. Hasil perancangan room layout fasilitas kedokteran nuklir dinyatakan valid dengan expert judgement kepada lima expert di bidang kedokteran nuklir.

---

ABSTRACTNuclear medicine is one of medical fields that uses ionizing radiation sources for therapeutic and diagnostic imaging for cancer. The number of nuclear medicine services in Indonesia is 17 hospitals, which only 10 is active in conducting nuclear medicine services because it doesn't meet the requirements. Regulations about the standards of nuclear medicine services Indonesia are regulated by Ministry of Health and Nuclear Energy Regulatory Agency (BAPETEN) but it have not yet been discussed the requirements for construction building and floor plan layout design. For this reason, the author did literature study about the requirements of National & International nuclear medicine facilities and observation survey in nuclear medicine facilities in Indonesia. This study is done by compare means analysis to review the requirements of nuclear medicine requirements and National & International nuclear medicine facilities and the current state of nuclear medicine facilities di Indonesia. The result of literature study are then carried out into layout design facility and developed by result of observation survey study on 5 nuclear medicine facility in Indoneisa. The results of this study nuclear medicine regulations are in accordance with international nuclear medicine guidelines, but doesn't conduct the details regarding construction requirements and layout design. Based on the results of statistical tests from 5 samples of nuclear medicine facilities in Indonesia, nuclear medicine facilities in Indonesia have not met the aspect of the room that meets the requirements and does not meet the construction aspects relating to safety. Recommendations were made on the requirements and design of nuclear medicine facilities based on the results of literature studies, survey observations at five nuclear medicine facilities and expert judgment on five experts in the field of nuclear medicine. The results are recommendation of nuclear medicine facility's requirement and nuclear medicine facility design (room layout, mechanical electrical and equipment). The room layout is valid with expert judgement method by expert in the field of nuclear medicine."