Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Penyakit demam berdarah yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan utama di dunia. Pengobatan baru bersifat antiviral untuk menghambat aktivitas enzim dan protein yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh sangat dibutuhkan saat ini. Protein envelope merupakan protein struktural yang berperan dalam proses fusi antara membran partikel virus dengan membran sel inang. Pada protein envelope terdapat suatu celah antara domain 1 dan domain 2 yang ditempati oleh molekul deterjen n- oktil - β - D glukosida (BOG). Celah tersebut disebut celah BOG. BOG adalah surfaktan yang digunakan untuk memecah membran sel saat protein envelope dikristalisasi. Celah tersebut telah diketahui berperan dalam aktifasi proses fusi protein envelope. Beberapa penelitian telah menunjukkan bahwa penambatan senyawa organik kecil pada celah tersebut dapat menginhibisi replikasi virus dengue. Salah satu senyawa yang diketahui dapat menghambat replikasi virus dengue adalah Kampmann A5. Tujuan penelitian ini adalah mendesain senyawa turunan Kampmann A5 yang dapat menginihibisi proses fusi virus dengue dengan target penambatan celah BOG. Penapisan virtual terhadap 10.341 ligan menghasilkan 3 ligan terbaik berdasarkan energi bebas ikatan (ΔG) dan hasil prediksi toksisitas. Kestabilan kompleks diuji melalui simulasi molecular dynamics. Hasilnya menunjukkan bahwa kompleks ligan no.1 dan kompleks ligan no.6 memiliki kestabilan yang lebih baik pada suhu 312 K dibandingkan pada suhu 310 K, sementara kompleks ligan no.7 dapat mempertahankan kestabilan pada kedua suhu uji. Ketiga ligan dapat dijadikan sebagai kandidat inhibitor fusi potensial untuk protein envelope virus dengue.

---

Dengue fever which is caused by dengue virus infection has become a major health problem in the world. New antiviral treatment which inhibits the activity of enzymes or proteins that play a role in replication in the host cell is required at this time. Envelope protein is a structural protein that plays a role in fusion process between virion membrane and host cell membrane. In envelope protein, there is a cavity between domain 1 and domain 2 which is occupied by n - octyl - β - D glucoside (BOG) molecule. BOG was surfactan agent used to break the cell membrane when the envelope protein was crystalized. The cavity is called BOG cavity. BOG cavity is known for playing a role in activation of fusion process.

Several researches have proven that docking of a molecule which has stronger affinity with BOG pocket can inhibit viral replication. One of the compound which can inhibit the replication of dengue virus replication is kampmann A5. The aim of this study is to design Kampmann A5 derivative that can inhibit the fusion process of dengue virus targeting the BOG cavity. Virtual screening of 10.341 ligands obtained 3 best ligands based on free binding energy (ΔG) and toxicity prediction. The stability of the complex is observed using molecular dynamics simulation.

The result shows that ligand no.1 and ligand no.6 complexes have better stability at 312 K rather that at 310 K, meanwhile the ligand no.7 complex shows insignificant difference at both temperature. Those three ligands can lead to inhibitor candidate against dengue virus fusion process."

"Penyakit yang disebabkan oleh infeksi virus dengue telah menjadi masalah kesehatan utama di dunia. Pengobatan baru bersifat antiviral yang menghambat aktivitas enzim yang berperan dalam replikasi di dalam tubuh sangat dibutuhkan saat ini. NS5 metiltransferase merupakan salah satu protein non struktural virus dengue yang diketahui dapat menjadi target inhibitor antiviral. Penelitian ini bertujuan menapis peptida siklis komersial yang dapat digunakan sebagai inhibitor NS5 metiltransferase virus dengue melalui molecular docking dan simulasi molecular dynamics. Screening dilakukan melalui metode molecular docking berdasarkan nilai ΔGbinding. Stabilitas kompleks enzim-ligan dianalisis dengan simulasi molecular dynamics. Screening 300 peptida siklis komersial didapatkan ligan terbaik untuk masing-masing sisi ikatan SAM dan RNA-cap NS5 metiltransferase yaitu [Tyr123] Prepro Endothelin (110-130),amide,human dan Urotensin II, human berdasarkan nilai ΔGbinding, molecular weight (MW) dan uji ADME-Tox. Hasil simulasi molecular dynamics menunjukan bahwa kedua ligan dapat mempertahankan interaksi dengan residu sisi aktif target. Ligan [Tyr123] Prepro Endothelin (110-130),amide,human dapat mempertahankan kestabilan konformasi kompleks enzim-ligan pada 310 K dan 312 K. Sedangkan ligan Urotensin II, human lebih reaktif pada 312 K dibandingkan pada 310 K. Oleh karena itu, kedua ligan dapat dijadikan kandidat inhibitor potensial untuk NS5 metiltransferase virus dengue.

---

Disease caused by dengue virus infection has become a major health problem in the world. New treatment is antiviral which inhibits the activity of enzymes that play a role in replication in the body is needed at this time. NS5 methyltransferase was one of dengue virus non-structural proteins which were known to be a target of antiviral inhibitors. This research aims to screen commercial cyclic peptides that was used as inhibitors of dengue virus NS5 methyltransferase by molecular docking and molecular dynamics simulation.

Screening was done through molecular docking method based on the value of ΔGbinding. Stability of complex enzyme-ligand were analyzed by molecular dynamics simulation. Screening of 300 commercial cyclic peptide obtained best ligand for SAM and RNA-cap binding site of NS5 methyltransferase recpectively based on ΔGbinding value, molecular weight (MW) and ADME-Tox test.

Result of molecular dynamics simulation show that both of the ligand can maintain interaction with the active site residues of target. Ligand [Tyr123] Prepro Endothelin (110- 130),amide,human can maintain stable conformation of complex enzyme-ligand at 310 K and 312 K. Meanwhile, ligand Urotensin II,human more reactive at 312 K than at 310 K. Therefore, both ligands can be used as a potential inhibitor candidates for NS5 methyltransferase of dengue virus."

"Demam berdarah merupakan penyakit yang telan menjadi pandemik didaeran tropis dan subtropis dan ningga saat ini tidak ada vaksin yang dapatdigunakan untuk mengobati infeksi akibat virus dengue. Upaya Iain untukdapat mengnambat infeksi akibat virus ini, yaitu pengembangan antiviral.Salan satu target antiviral yang potensial acialan enzim RNA-dependent RNApolymerase (RdRp), yang berperan dalam proses replikasi RNA virus denguedan sel manusia tidak memilikinya Peptida dipilin menjadi innibitor yangpotensial karena memiliki spesifitas dan aktivitas yang tinggi. Untukmeningkatkan kestabilan, peptida dirancang siklik dengan adanya jembatanciisulficia Pepticia yang dirancang menggunakan kombinasi aspartat,glutamat, glisin, serin, arginin, dan lisin. Kandidat Iigan dianalisis berdasarkannasil docking dan drugsca/7. Ligan dengan energi bebas ikat terendah dansesuai dengan kriteria obat kemudian dilakukan analisis terhadapinteraksinya ciengan enzim. Ligan siklik CSGDC yang memenuhi kriteria obatternyata dapat berikatan dengan sisi aktif enzim yaitu aspartat 533 danaspartat 633, serta memiliki energi bebas ikat sekitar -29.6122 Kkal/mol.Pengamatan simulasi dinamika molekul pada tanap inisialisasi dilakukanuntuk melihat perubahan interaksi Iigan ternadap enzim. Hasil pengamatanternyata memperlihatkan banwa Iigan CSGDC masih berinteraksi denganasam amino aspartat 663."

"Virus dengue (DENV) telah menyebar luas di berbagai penjuru dunia, terutama pada daerah beriklim tropis. Pengobatan yang efektif terhadap infeksi DENV belum tersedia walaupun telah dikembangkan beberapa kandidat vaksin. Pengobatan yang dilakukan saat ini hanya untuk mengurangi gejala sakit dan mengurangi risiko kematian. Oleh karena itu, dibutuhkan suatu pengobatan yang bersifat antiviral. Protein envelope merupakan salah satu protein struktural DENV yang diketahui dapat menjadi target inhibitor antiviral dan berperan khusus dalam proses fusi. Penelitian ini bertujuan untuk screening peptida siklis komersial yang digunakan sebagai inhibitor protein envelope DENV melalui molecular docking dan molecular dynamics pada temperatur 310K dan 312K. Screening 301 peptida siklis komersial melalui molecular docking menghasilkan 10 ligan terbaik dan berdasarkan interaksi ikatan hidrogen dan kontak residu pada cavity protein envelope didapatkan tiga ligan terbaik yang dapat memasuki cavity protein envelope secara keseluruhan. Ketiga ligan tersebut diuji melalui ADME-Tox dan didapatkan ligan terbaik, yaitu BNP (7-32), porcine. Hasil simulasi molecular dynamics pada temperatur 310K dan 312K menunjukan bahwa ligan dapat mempertahankan interaksi dengan cavity target, sehingga ligan BNP (7-32), porcine dapat dijadikan kandidat antiviral untuk DENV.

---

Dengue virus ( DENV) has spread throughout the world, especially in tropical climates. Effective treatment of DENV infection is not yet available although several candidate vaccines have been developed. Treatment at this time is only to reduce symptoms and reduce the risk of death. Therefore, antiviral treatment is very needed. Envelope Protein is one of the structural proteins of DENV which is known could be a target of antiviral inhibitors and plays a special role in the fusion process.

This research aims to screen the commercial cyclic peptides which are used as inhibitors of envelope protein DENV through molecular docking and molecular dynamics at 310K and 312K. Screening of commercial cyclic peptides through molecular docking ligands obtained best 10 ligands then examined the interaction between hydrogen bonding and residue contacts of the cavity envelope protein and obtained best three ligands which could enter the cavity of envelope protein overall. The three ligands were predicted through the ADME-Tox and obtained the best ligands, namely BNP (7-32), porcine. The results of molecular dynamics simulations at 310K and 312K revealed that ligand can maintain interaction with the cavity of the target."

"Dengue merupakan merupakan penyakit infeksi yang disebabkan oleh virus dengue (DENV) dan ditularkan oleh nyamuk dari manusia satu ke manusia lainnya. Saat ini, Indonesia tercatat sebagai negara dengan kasus dengue terbanyak di ASEAN. Pengobatan untuk penyakit dengue saat ini hanyalah berupa terapi pendukung, dan belum tersedia obat antiviral untuk dengue. Dengan demikian, penelitian mengenai obat antiviral terhadap dengue sangat penting, terutama untuk mencegah ledakan wabah. Dalam penelitian ini, pengembangan obat antiviral untuk dengue dilakukan melalui inhibisi celah pengikatan β-OG pada protein envelope DENV menggunakan beberapa analog dari senyawa yang dapat mengikat kantong β-OG tersebut. Senyawa yang digunakan dalam penelitian ini berjumlah 828 senyawa dan seluruhnya ditapis berdasarkan hasil analisis molecular docking, prediksi sifat farmakologis senyawa dan simulasi dinamika molekul. Hasil analisis ketiga tahap tersebut didapatkan ligan terbaik adalah 5-(3,4-dichlorophenyl)-N-[2-(p-tolyl)benzotriazol-5-yl]furan-2-carboxamide yang berpotensi untuk digunakan sebagai kandidat obat antiviral dengue.

---

Dengue is an infectious disease caused by dengue virus (DENV) and transmitted between human hosts by mosquitoes. Nowaday, Indonesia is recorded as a country with the highest cases of dengue in ASEAN. Current treatment for dengue disease is supportive therapy; there is no antiviral drug against dengue available on the market. Therefore, the research about antiviral drug against dengue is very important, especially to prevent the outbreak explosion. In this research, the development of dengue antiviral is conducted through the inhibition of β-OG binding pocket on Envelope protein of DENV by using analogs of β-OG pocket binder. There are 828 compounds used in this study and all of them were screened based on the analysis of molecular docking, pharmacological character prediction of the compounds and molecular dynamics simulation. The result of these analyses revealed the compound that can be used as an antiviral candidate against dengue virus is 5-(3,4-dichlorophenyl)-N-[2-(p-tolyl)benzotriazol-5-yl]furan-2-carboxamide."

"NS5 Metiltransferase berperan dalam proses capping mRNA dengan cara melakukan transfer gugus metil dari kofaktor S-Adenosl-L-Metionin (SAM/AdoMet) kepada atom N7 dari basa guanin RNA dan kepada gugus 2’OH dari ribosa RNA. Melalui proses pendonoran gugus metil ini, dihasilkan senyawa S-Adenosil-L-Homosistein (SAH) yang merupakan senyawa hasil pelepasan gugus metil dari S-Adenosil-L-Metionin (SAM). Pada penelitian ini, dilakukan modifikasi struktur dari S-Adenosil-L-Homosistein (SAH) yang digunakan sebagai inhibitor pada sisi aktif SAM dan dilakukan screening menggunakan docking serta dinamika molekul untuk mengetahui stabilitas inhibisi pada temperature 310K dan 312K. Prinsip dalam modifikasi SAH ini adalah menyesuaikan kepolaran dari sisi aktif SAM melalui perubahan gugus fungsi dari senyawa SAH. Diketahui bahwa sisi aktif SAM tersusun atas asam amino dengan komposisi campuran antara polar dan nonpolar, oleh sebab itu modifikasi dilakukan dengan menggunakan gugus fungsi yang memiliki sifat kepolaran yang berbeda. Setelah dilakukan simulasi docking terhadap ligan standar dan 3460 ligan modifikasi SAH, didapatkan 3 ligan terbaik berdasarkan nilai ΔG yang lebih kecil dari ΔG ligan standar. Namun berdasarkan uji ADME Tox, ketiga ligan tersebut memiliki sifat ADME Tox yang berbeda. Hasil simulasi dinamika molekul menunjukan bahwa ketita ligan terbaik tersebut masih mampu mempertahankan interksi dengan residu sisi aktif SAM hingga akhir simulasi. Berdasarkan nilai RMSD pada 310K dan 312K menunjukan bahwa pola kurva cenderung linear yang berarti fluktuasi nilai RMSD tidak terlalu besar dan kompleks enzim dengan ligannya tidak mengalami perubahan yang signifikan, hal ini menandakan bahwa konformasi kompleks enzim dengan ligan pada simulasi dinamika molekul cukup stabil. Melalui keseluruhan tahapan yang dilakukan, disimpulakan bahwa ligan SAH-M2696 merupakan ligan modifikasi terbaik.

---

NS5 methyltransferase is an enzyme that plays a role in the process of capping the newly formed RNA. This enzyme plays a role in the process of mRNA capping by transferring methyl groups from the cofactor S-adenosl-l-methionine (SAM / AdoMet) to the N7 atom of the guanine bases of RNA and the RNA ribose group of 2'OH. Through this process a methyl donor, the resulting compound S-Adenosil-L-homocysteine (SAH), which is a compound disposal proceeds of S-methyl-L-Methionine Adenosil (SAM). In this study, modification of the structure of the S-Adenosil-L-homocysteine (SAH), which is used as an inhibitor in the active SAM and conducted screening using docking and molecular dynamics to determine the stability of inhibition at temperatures 310K and 312K. It is known that the active SAM is composed of amino acids with the composition of a mixture of polar and nonpolar, therefore modifications done using functional groups possess different polarity.

After the ligand docking simulation of standard and modified ligand SAH 3460, earned three best ligands based on ΔG values are smaller than standard ligands ΔG. However, based on ADME Tox test, the three ligands have properties different ADME Tox. The results of molecular dynamics simulations show that the best ligand ketita is still able to maintain the active site residues interksi with SAM until the end of the simulation. Based on the value of RMSD at 310K and 312K showed that the pattern of the curve tend to be linear, which means fluctuations in RMSD is not too large and complex enzyme with ligands did not change significantly, suggesting that the conformation of the enzyme complex with a ligand in molecular dynamics simulations is quite stable. Through all stages is done, concluded that SAH ligand-ligand modification M2696 is the best."

"Demam berdarah dengue (DBD) adalah penyakit yang disebabkan oleh virus dengue, bersifat endemik di daerah tropis dan sub tropis, terutama di daerah perkotaan. Virus dengue yang ditransmisikan terutama oleh nyamuk Aedes aegypti juga merupakan penyakit arbovirus yang penting dalam ha[ morbiditas dan mortalitas. Di Indonesia, DBD pertama kali dilaporkan di Jakarta dan Surabaya pada tahun 1968. Tahun-tahun selanjutnya kasus DBD berfluktuasi jumlahnya setiap tahun dan cendenung meningkat. Faktor virus seperti variasi stereotipe dan genotipe virus dengue diyakini berperan menentukan derajat keparahan penyakit. Pada penelitian ini dilakukan analisis variasi genetik gen E dan NS I virus DEN-3 yang diisolasi dari pasien dengan manifestasi klinis yang berbeda, yaitu mulai clan yang ringan (DD) sampai yang terberat yaitu DBD dan DSS. Strain DS 002/06 (DD), DS 029/06 (DBD), DSA 02/06 (DSS) dan 17104 (DBD) diisolasi dan kasus dengue di Jakarta tahun 2004 dan 2006. Keempat strain tersebut kemudian dibandingkan dengan 11 strain DEN-3 yang berasal dan Indonesia dan Thailand. Homologi nukleotida gen E ditemukan berkisar antara 92,4 - 99.9%, sedangkan untuk asam amino E antara 96,5-100%. Sementara itu homologi gen NSI berkisar antara 92,1- 99,9% untuk nukleotida dan 97,1-100% untuk asam aminonya. Dijumpai berbagai variasi di sepanjang kedua gen tersebut, tetapi tidak ditemukan perbedaan yang spesifik yang bisa membedakan antara strain penyebab DD, DBD dan DSS. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa semua strain strain DEN-3 Indonesia yang disolasi pada tahun 2004 dan 2006 konsisten berada di subtype I."

"Perkembangan studi genomik dan proteomik disertai dengan ilmu komputasi dapat memfasilitasi penemuan berbagai target protein dan inhibitor yang potensial untuk dikembangkan sebagai obat. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptida siklis disulfida yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk NS3-NS2B protease virus dengue dengan serotype DENV-2 yang dapat menghambat proses replikasi virus. Pada penelitian ini mempelajari dan mengevaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Simulasi dilakukan terhadap dua inhibitor peptida siklis disulfida yaitu KRK dan RKR serta peptida linier Bz-Nle-K-R-R-H sebagai ligan standar. Diperoleh bahwa pergerakan dinamis yang dimiliki ketiga kompleks ligan-enzim dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim. Ligan RKR merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap enzim dibandingkan ligan KRK dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan RKR memiliki kontak residu dengan His51 dan berikatan hidrogen dengan Asp75. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan RKR dapat berikatan hidrogen dengan Asp75. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor.

---

Development of genomic and proteomic studies coupled with computational sciences could facilitate the discovery of various target proteins and potential inhibitor to be developed as drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for NS2B-NS3 protease of dengue virus with serotype DENV-2 in order to inhibit replication of dengue virus. This research study and evaluate the interaction of ligands and the enzyme in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Simulations performed on two disulfide cyclic peptide inhibitors namely KRK and RKR along with one linear peptide Bz-Nle-K-R-R-H as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of three proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues. RKR ligand has the best affinity to the enzyme than the KRK and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, RKR ligand has residue contact with His51 and formed hydrogen bond with Asp75. Then at the end of simulation temperature of 312 K, RKR ligands also could form a hydrogen bond with Asp75. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor."

"Pada penelitian terdahulu telah diusulkan dua buah ligan polipeptida siklik disulfida-CDEEC dan CDGSC-sebagai inhibitor potensial untuk enzim RNA-dependent RNA-polymerase virus dengue melalui molecular docking. Simulasi molecular docking dilakukan dengan keadaan tanpa pelarut dimana enzim dibuat rigid dan ligan dibiarkan bebas berotasi untuk mencari konformasi terbaik. Pada kenyataan dalam sistem seluler terdapat pelarut yang membuat enzim memiliki pergerakan dinamis. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilakukan simulasi dinamika molekul untuk memperkirakan sistem kompleks enzim-ligan yang lebih nyata. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada selama 5ns pada suhu 300 dan 312 K. Pada akhir simulasi 300 K CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting pada RdRp yaitu Arg-729 dan Arg-737 sedangkan CDGSC tidak berikatan dengan residu penting manapun. CDEEC juga memberikan hasil yang lebih baik dibanding CDGSC pada simulasi 312 K. CDEEC membentuk ikatan dengan dua residu penting yaitu Arg-737 dan Ser-710 sementara CDGSC tidak berikatan dengan satupun residu penting. Berdasarkan hasil tersebut CDEEC merupakan inhibitor yang lebih baik dan layak untuk dikembangkan sebagai obat anti dengue.

---

Previous researches have proposed two ligands of disulfide cyclic polypeptide which are CDEEC and CDGSC as potential inhibitor of RNA-dependent RNA-polymerase dengue virus by molecular docking. Molecular docking simulation is done without a solvent in which enzyme is made rigid and ligand was left free to rotate to find teh best conformation. In fact in a cellular system there is a solvent that makes the enzyme has a dynamic movement. Therefore in this paper molecular dynamics simulation is done to estimate more reliable condition of enzyme-ligand complex. In this work molecular dynamics simulation is done during 5 ns with two different temperature, 300 and 312 K. At the end of MD simulation at 300 K, CDEEC binds to two RdRp important residues, Arg-729 and Arg-737 while CDGSC doesn’t bind to any important residues. Simulation at 312 K also revealed nearly the same result, CDEEC binds to two RdRP important residues, Arg-737 and Ser-710, whereas CDGSC doesn’t bind to any important residues. Based on the result of these two simulation, CDEEC is proposed as a better inhibitor of RdRp dengue virus and feasible to be developed as anti-dengue drug."

"Demam berdarah merupakan salah satu masalah kesehatan di dunia. Infeksi virus dengue yang berulang dengan serotipe yang berbeda dapat memacu terjadinya demam berdarah bahkan kematian. Dengue serotipe 4 dilaporkan dapat menyebabkan infeksi sekunder yang lebih parah dibandingkan dengue serotipe lainnya. Sampai saat ini pengobatan demam berdarah belum ditemukan, maka itu pencegahan jauh lebih penting. Para peneliti telah merekomendasikan vaksin aman berbasis nonstructural protein 1 (NS1) karena sifat imunogeniknya. Mereka telah mengidentifikasi empat epitope di NS1 yang diduga bereaksi kuat dengan epitope B cells, yaitu LD2, 24A, LX1, 24C. Tujuan dari riset ini adalah untuk menganalisa dan membandingkan strain DENV-4 yang diisolasi di Jakarta 2010 dengan 34 strain DENV-4 lainnya yang didapat dari GenBank menggunakan UGENE software sebagai basis dari pengembangan vaksin. Penelitian ini menggunakan data sekunder berupa urutan nukelotida virus dengue serotipe 4 strain IDSS44/10 yang diamplifikasi dan diurutkan di Departemen Mikrobiologi, FKUI. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa gen NS1 dari DENV-4 strain IDSS44/10 dapat digunakan sebagai kandidat vaksin dengue di masa mendatang. Hasil menunjukkan bahwa epitope 24C menunjukkan motif yang homolog di setiap sekuens asam amino pada NS1 DENV-4. Hampir seluruh DENV-4 strain yang diisolasi termasuk IDSS44/2010 memiliki urutan asam amino yang sama pada epitop LD2, 24A, LX1, 24C.

---

Dengue hemorrhagic fever has become a worldwide issue. Heterologous infection by different serotypes may lead to this advanced stage of dengue infection and even death. Dengue virus serotype 4 has been reported to cause more severe secondary infection compared to other serotypes. To date, there is no specific treatment for this disease therefore prevention is much more important.

Researchers have proposed a safe vaccine strategy that is based on nonstructural protein 1 (NS1) as it is strongly immunogenic. They identified four epitopes on NS1 that reacted strongly to B cell epitopes which are LD2, 24A, LX1, and 24C. The goal of this research is to identify and compare these NS1 epitopes among DENV-4isolated in Indonesia 2010 with other DENV-4 strains using UGENE softwareas a base of vaccine development. This study used a nucleotide sequence data of DENV-4 strain IDSS44/10 that was amplified and sequenced in Microbiology Department, FKUI.

The results show that NS1 gene DENV-4, IDSS44/2010 strain could be used as a dengue vaccine candidate in the future.The results show that 24C epitope was highly conserved among 35 DENV-4 NS1 sequences. Most of the DENV-4 including IDSS44/10 Indonesian strain have similar amino acids sequences on the epitopes (LD2, 24A, LX1, and 24C)."