Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sekuen konsensus adalah subsekuen yang paling sering muncul pada sekuen DNA. Sekuen ini berguna untuk menentukan letak dari protein. Dalam mencari sekuen konsensus harus memperhatikan posisi tiap basa dari sekuen DNA. Terdapat pola tertentuk untuk mentukan sekuen ini. Pencarian sekuen konsensus pada umumnya dilakukan dengan cara menyejajarkan subsekuen DNA dan memberikan skor, sekuen yang memberikan skor maksimum akan dijadikan sekuen konsensus. Pencarian skor maksimum ini dapat dilakukan dengan pemrograman linier. Dalam skripsi ini akan dibahas pencarian sekuen konsensus dan posisinya pada sekuen DNA dengan mencari skor maksimum menggunakan metode pemrograman linier.

---

Consensus sequence is the most frequent subsequences at DNA sequences. This sequence used to find binding site of protein. To searching consensus sequence it is important to consider location every nucleotides on DNA sequences. There is specific pattern to find this sequence. Searching consensus sequence commonly done by aligning DNA subsequences and giving score, a subsequence which give maximum score will be consensus sequence. Searching maximum score can use linear programming. In this paper will discuss how to find consensus sequence and its location on DNA sequence with searching maximum score using linear programming method."

"Metode Analytic Hierarchy Process (AHP) merupakan salah satu metode pengambilan keputusan yang digunakan untuk menentukan urutan prioritas dari berbagai alternatif. Ada empat prinsip utama yang digunakan dalam metode AHP, yaitu: 1) dekomposisi; 2) perbandingan berpasangan; 3) menentukan vektor prioritas; dan 4) komposisi hierarkis. Dalam skripsi ini, prinsip utama metode AHP yang dibahas adalah menentukan vektor prioritas yang akan diselesaikan dengan menggunakan pendekatan model pemrograman linier. Pendekatan tersebut terbagi menjadi dua tahap, tahap pertama akan dilakukan formulasi model pemrograman linier untuk menentukan batas konsistensi dari matriks perbandingan berpasangan dan pada tahap kedua akan dilakukan formulasi model pemrograman linier untuk menentukan suatu vektor prioritas dengan menggunakan batas konsistensi pada tahap pertama. Dengan menggunakan pendekatan model pemrograman linier dalam metode AHP, dapat dilakukan analisa sensitivitas untuk memprediksi entri-entri pada matriks perbandingan berpasangan yang membuat matriks tersebut tidak konsisten.

---

The Analytic Hierarchy Process (AHP) method is one method of decision making that is used to determine the order of priority of the various alternatives. There are four main principles used in the AHP method, that is: 1) decomposition, 2) pairwise comparisons, 3) determine the priority vector, and 4) hierarchical composition. In this skripsi, the main principles of the AHP method discussed is determine the priority vector to be solved using linear programming model approach.

The approach is divided into two stage, the first stage will be the formulation of a linear programming model to determine the consistency bound of the pairwise comparison matrix and the second stage will be the formulation of a linear programming model to determine a priority vector using consistency bound at the first stage. By using a linear programming model approach in the AHP method, sensitivity analysis can be carried out to predict the entries in the pairwise comparisons matrix that makes the matrix is inconsistent."

"Salah satu dari masalah-masalah dominan pada komputasi biologi molekuler adalah penyejajaran barisan berganda (Multiple Sequence Alignment - MSA) dari DNA. Banyak metode yang telah diajukan untuk menyelesaikan masalah MSA seperti pemrograman dinamik dan heuristik. Satu metode telah diajukan oleh Althaus et al. untuk menyelesaikan masalah MSA yang didasarkan pada pemrograman linear bilangan bulat (Integer Linear Programming - ILP). Formulasi ILP umum dari masalah MSA diturunkan dari representasi graf dari masalah MSA. Walaupun formulasi ILP umum dari masalah MSA diketahui, membentuk model ILP dari suatu masalah MSA yang dapat diselesaikan langsung menggunakan suatu solver ILP tidaklah mudah. Sebuah program yang dapat membangun dan menyelesaikan model ILP dari sebuah masalah MSA menggunakan MATLAB telah dibuat. Metode yang digunakan untuk menyelesaikan model ILP tersebut adalah branch-and-bound. Program yang telah dibuat dapat menghasilkan model ILP dari sembarang masalah MSA yang diberikan tetapi hanya dapat menyelesaikan masalah MSA dari sejumlah kecil barisanbarisan DNA yang pendek. Hasil dari program tersebut adalah penejajaran barisan-barisan DNA dari masalah MSA yang diberikan.

---

One of the dominant problems in computational molecular biology is multiple sequence alignment (MSA) of DNA. Many methods have been proposed to solve MSA problem such as dynamic programming and heuristic. A method has been proposed by Althaus et al. to solve MSA problem which is based on integer linear programming (ILP). The general ILP formulation of the MSA is derived from the graph representation of the MSA problem. Although we have the general ILP formulation of the MSA problem, constructing the ILP model of an MSA that can be solved directly using an ILP solver is not straightforward. We develop a MATLAB program that can generate and solve the ILP model of an MSA problem. The method that is used to solve the ILP model is branch-and-bound. The constructed program can generate the ILP model of any given MSA problem but can only solve an MSA problem of a small number of short DNA sequences. The result of the program is the aligned sequences of the MSA problem."