Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Sebagai upaya dalam memahami netralisasi virus H5N1 oleh antibodi manusia, simulasi dinamika molekuler dua kompleks antibodi-antigen dilakukan. Tiga struktur molekul yang membentuk dua kompleks tersbeut dibentuk termasuk antigen hemagglutinin Vietnam 2IBX, hemagglutinin Indonesia CDC, dan fragmen variabel dari antibodi 8H5 atau 8H5Fv.Dalam penelitian ini komplesks 8H5Fv-2IBX dan 8H5Fv-CDC diproduksi melalui pemodelan struktur molekul, homology modeling, dan molecular docking. Dua kompleks tersebut lalu melewati simulasi dinamika molekuler selama 2 nanosekon untuk menginvestigasi kestabilan struktur kompleks dan aktivitas netralisasi yang dapat diamati dengan berfokus pada epitope netralisasi masing ? masing hemagglutinin yang didapatkan hasil molecular docking.Didapatkan bahwa sifat dinamis atom ? atom pembentuk molekul tidak menihilkan aktivitas netralisasi. Dengan mengamati epitope netralisasi masing ? masing hemagglutinin juga didapatkan bahwa aktivitas netralisasi lebih efektif pada hemagglutinin 2IBX (Vietnam) dibandingkan dengan hemagglutinin Indonesia (CDC) berdasarkan kalkulasi solvent accessible surface (SAS), energi, root mean square displacement (RMSD), dan analisis okupansi ikatan hidrogen.

---

In an effort to study the H5N1 virus neutralisation by a human antibody, molecular dynamics simulations on two antibody-antigen complexes were conducted. Three molecular structures were formed in this study including the Vietnamese hemagglutinin 2IBX, the Indonesian hemagglutinin CDC, and a variable fragment of the 8H5 antibody or 8H5Fv.

In this study the complexes 8H5Fv-2IBX and 8H5Fv-CDC, that were produced by molecular modeling, homology modeling and molecular docking, was subjected to a 2 nanosecond molecular dynamics simulation each to investigate the stability of such complexes and the maintenance of the neutralising activity that was observed by focusing on the neutralising epitopes that were predicted by molecular docking.

It is was found that the dynamic nature of the molecules in study did not negate the steric hindrance occuring from the antibody variable fragment 8H5Fv with the hemagglutinins, therefore suggesting that the 8H5 antibody should be able to neutralise these two hemagglutinins. By solvent accessible surface (SAS) calculations, energy analysis, root mean square displacement (RMSD) analysis, and also hydrogen bond occupance it was also found that the the 8H5Fv seem to be more effective against the 2IBX (Vietnamese) hemagglutinin than against the CDC (Indonesian) hemagglutinin."

"Demam berdarah merupakan penyakit yang disebarkan melalui virus DEN-V dengan perantara nyamuk. Penyakit ini berbahaya karena belum ada obat, vaksin, ataupun antiviral khusus terhadap virus DEN-V, sehingga perlu dilakukan penemuan obat untuk demam berdarah. Enzim RNA dependent RNA polymerase (Rdrp) pada DEN-V dapat dijadikan target obat karena berperan penting pada proses replikasi virus. Pada penelitian ini dilakukan simulasi in silico terhadap tiga senyawa bioflavonoid, sub-kelas flavanon, yaitu Hesperetin, Hesperidin, dan Naringenin. Simulasi penambatan molekuler dan dinamika molekuler dilakukan untuk mengetahui kebolehjadian senyawa tersebut sebagai inhibitor target Rdrp. Hasil simulasi senyawa flavanon dibandingkan dengan Quercetin, dengan parameter penilaian penambatan molekuler, energi ikatan, RMSD, RMSF, dan kontak ligan-target. Hasil nilai penambatan molekuler untuk masing-masing ligan terendah yaitu Hesperidin, Quercetin, Hesperetin, dan Naringenin dengan nilai berturut-turut yaitu -9,842 kcal/mol, -8,513 kcal/mol, -7,761 kcal/mol, dan -5,634 kcal/mol. Hasil MM-GBSA energi ikatan terbaik adalah ligan Hesperidin, Naringenin, Hesperetin, dan Quercetin dengan nilai ikatan energi bebas secara berturut-turut yaitu -69,31 kcal/mol, -64,90 kcal/mol, -60,93 kcal/mol, dan -57,83 kcal/mol. Hasil dari studi ini memprediksi bahwa Hesperidin dapat menjadi inhibitor terhadap target Rdrp yang lebih baik dibandingkan Quercetin, sementara Hesperetin dan Naringenin juga memiliki aktivitas inhibisi tetapi tidak sebaik Quercetin.

---

Dengue fever is a disease spread by the DEN-V virus through mosquitoes. This disease is dangerous because there is no specific drug, vaccine, or antiviral against the DEN-V virus, insisting the need of drug discovery for dengue fever. RNA dependent RNA polymerase (Rdrp) enzyme in DEN-V can be a drug target because it has an important role in the virus replication process. In this research, in silico simulations were carried out on bioflavonoid compounds, flavanone sub-class, namely Hesperetin, Hesperidin, and Naringenin. Molecular docking simulations and molecular dynamics were carried out to determine the probability of these compounds to be inhibitors of Rdrp targets. The results obtained from the simulation of the flavanones was compared with quercetin, which are docking score, energy binding, RMSD, RMSF, and ligand-target contact. The molecular docking results, docking score, for each of all ligands from the lowest were Hesperidin, Quercetin, Hesperetin, and Naringenin with values of -9.842 kcal/mol, -8.513 kcal/mol, -7.761 kcal/mol, and -5.634 kcal/mol, respectively. The best bond energy MM-GBSA results were Hesperidin, Naringenin, Hesperetin, and Quercetin with the value of free energy bonding respectively, namely -69.31 kcal/mol, -64.90 kcal/mol, -60.93 kcal/mol , and -57.83 kcal/mol. The results of this study predict that Hesperidin can be a better inhibitor to target Rdrp than Quercetin, while Hesperetin and Naringenin also have inhibitory activity but not as well as Quercetin."

"ABSTRAKHidrogen merupakan salah satu unsur yang melimpah dimuka bumi, hidrogen ditemukan bersenyawa dengan atom lain sehingga banyak terdapat di udara (seperti H2 dan NH2) maupun air (H2O), ketersediannya di kerak bumi sebesar 15,4%. Karena ketersediannya yang melimpah dan kemampuan menghasilkan sumber energi tanpa menghasilkan polusi udara dan air, maka hidrogen diproyeksikan sebagai sumber energi masa depan. Namun pemilihan material untuk alat penyimpanan hidrogen sangat penting karena hidrogen dalam fasa gas merupakan molekul yang reaktif sehingga membutuhkan penyimpanan dengan material yang tepat. Selain dari faktor keamanan, efektivitas adsorpsi hidrogen ke permukaan material juga menjadi fokusan utama. Oleh karena itu dipilihlah Grafena oksida, Grafena oksida adalah lembaran yang terbentuk dari lapisan tunggal Grafit oksida yang mudah untuk disintetis yang memiliki sifat elektoronik dan optik yang baik. Kelebihan menggunakan material Grafena oksida adalah harganya yang lebih murah dibanding Grafena murni dan tersedia dengan jumlah yang banyak. Gas yang dapat diserap material ini antara lain H2, CH4, CO2, N2, NH3, NO2, H2S, dan SO2. Riset yang dilakukan secara simulasi ini memungkinkan untuk menguji efektivitas adsorpsi dengan variasi temperatur dan tekanan yang lebih luas dan menggunakan biaya yang relatif lebih rendah dibandingkan dengan riset eksperimental. Maka riset yang dilakukan penulis menggunakan metode Simulasi Dinamika Molekuler. Variasi temperatur yang digunakan adalah 77 K, 100 K, 200 K, 250 K, 295K dan tekanan memiliki variasi 1 bar, 5 bar, 10 bar, 20 bar, 40 bar dan 80 bar pada sistem yang dibuat konstan. Hasil yang didapat akan dibandingkan dengan literatur hasil riset secara ekperimental.

---

ABSTRACT

Hydrogen is one of the abundant elements on earth, hydrogen is found in compound with other atoms so that there are many in the air (such as H2 and NH2) and water (H2O), its availability in the earth's crust is 15.4%. Due to its abundant availability and ability to produce energy sources without producing air and water pollution, hydrogen is projected as a future energy source. But the selection of materials for hydrogen storage devices is very important because hydrogen in the gas phase is a reactive molecule that requires storage with the right material. Aside from safety factors, the effectiveness of hydrogen adsorption onto the surface of the material is also the main focus. Therefore graphene oxide was chosen, graphene oxide is a sheet formed from a single layer of graphite oxide which is easy to synthesize which has good electric and optical properties. The advantage of using graphene oxide material is that the price is cheaper than pure graphene and is available in large quantities. The gases that can be absorbed by this material include H2, CH4, CO2, N2, NH3, NO2, H2S, and SO2. Research conducted in this simulation makes it possible to test the effectiveness of adsorption with a wider variety of temperatures and pressures and uses a relatively lower cost compared to experimental research. Then the research conducted by the author uses the Molecular Dynamics Simulation method. The temperature variations used are 77 K, 100 K, 200 K, 250 K, 295 K, the pressure has a variation of 1 bar, 5 bar, 10 bar, 20 bar, 40 bar and 80 bar in a constant system. The results obtained will be compared with the research results experimentally."

"SIRT1 merupakan salah satu dari tujuh sirtuin manusia SIRT1-7 yang termasuk dalam HDAC kelas III. Sejumlah penelitian tentang SIRT1 telah banyak dibuktikan berperan dalam regulasi metabolisme seluler serta sering dihubungkan dengan pathogenesis penyakit seperti kanker dan penyakit nuerodegeneratif. Untuk menemukan kandidat obat yang baik beberapa menggunakan metode in silico sebagai tool yang cepat dalam menganalisis aktifitas biologis obat secara virtual.

Metode in silico dalam penelitian ini dimulai dari penapisan virtual, penambatan molekul dan simulasi dinamika molekuler yang menggunakan database herbal Indonesia untuk menemukan senyawa kandidat yang berpotensi sebagai inhibitor SIRT1.

Hasilnya diperoleh ada enam senyawa kandidat dari database Herbal Indonesia yang memiliki potensi sebagai inhibitor SIRT1 yaitu 5-oxocoronaridine, 3-oxocoronaridine, 5-hydroxy-6-oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine dan tabernaemontanine.

Hasil penambatan molekul senyawa kandidat terhadap dua makromolekul SIRT1 PDB ID: 4I5I dan 4ZZI menunjukkan nilai pengikatan energi bebas senyawa kandidat mendekati dan lebih tinggi dari senyawa ligand co-kristal. Dari analisis simulasi dinamika molekuler diperoleh energi bebas MMPBSA di atas -21 kkal/ mol sedangkan occupancy ikatan hidrogen residu Ile347 dan Asp348 diatas 80 .

---

SIRT1 is one of seven human sirtuins SIRT1 7 are included in class III of HDAC. A number studies of SIRT1 has been widely demonstrated a role in the regulation of cellular metabolism and linked to pathogenesis of diseases such as cancer and neurodegeneratif diseases. To find a good drug candidates could using in silico methods as a quick tool in analyzing the biological activity of drugs virtually.

In silico methods in this research started from a virtual screening, docking and molecular dynamics simulations that use Indonesian herbal database to find potential candidate compounds as SIRT1 inhibitor.

The result was obtained there are six candidates compound of Indonesian Herbal database that has potential as SIRT1 inhibitor that is 5 oxocoronaridine, 3 oxocoronaridine, 5 hydroxy 6 oxocoronaridine, dregamine, isovoacristine and tabernaemontanine.

Docking results shown that molecule candidate compounds against two of macromolecules SIRT1 PDB ID 4I5I and 4ZZI have value of the candidate compound binding free energy approach and higher than the co crystal ligands. From the analysis of molecular dynamics simulations obtained free energy MMPBSA about 21 kcal mol while occupancy hydrogen bonding of residues Ile347 and Asp348 about 80 ."

"Penggunaan radioimunokonjugat berbasis antibodi trastuzumab sebagai agen teranostik kanker payudara positif HER2 masih kurang ideal karena ukuran molekul yang relatif besar sehingga laju biodistribusi dan laju clearance relatif lambat dan mengakibatkan akumulasi dalam jaringan normal hati/ginjal dan darah. Berdasarkan fakta ini, fragmentasi trastuzumab menjadi F ab 39; 2 dan penandaan fragmen oleh radionuklida Lutetium-177 pemancar partikel ? dan ? telah dilakukan. Penyiapan fragmen F ab rsquo; 2 dilakukan melalui fragmentasi enzimatik oleh pepsin dan fraksinasi dengan kolom PD-10 Sephadex G-25 ., Fragmen F ab rsquo; 2 yang dihasilkan dikonjugasi dengan 2- 4-isothiocyanatobenzene -1,4,7,10-tetraazacyclododecane-1,4,7,10-tetraacetic acid p-SCN-Bn-DOTA dan radiolabeling dengan 177Lu. Fluktualitas dan afinitas F ab rsquo; 2 dalam pengikatannya dengan reseptor HER2 diamati melalui pendekatan simulasi dinamika molekuler dan penambatan molekul molecular docking . Hasil fragmentasi menunjukkan semua trastuzumab terkonversi menjadi Fragmen F ab 39; 2 dengan waktu hidrolisis optimum 18 jam. Purifikasi fragmen F ab 39; 2 dengan kolom kromatografi gel filtrasi menghasilkan 98 F ab rsquo; 2 murni dengan bobot molekul F ab 39; 2 98,35 kDa. Jumlah rasio mol pSCN-Bn-DOTA per fragmen antibodi 5.03 1.5 dengan perbandingan mol DOTA:F ab rsquo; 2 20:1. Stabilitas termodinamik radioimunokonjugat 177Lu-DOTA-F ab rsquo; 2 trastuzumab cukup tinggi dalam serum HSA pada suhu 37°C setelah masa penyimpanan selama 4 hari dengan kemurnian radiokimia yang masih dapat dipertahankan sebesar 91.96 0.26. Hasil simulasi dinamika molekuler menunjukkan bahwa fragmentasi Fc pada molekul trastuzumab relatif tidak merusak struktur dan konformasi F ab rsquo; 2 secara keseluruhan khususnya pada daerah CDR sehingga tidak menurunkan afinitas pengikatannya terhadap reseptor HER2. Hasil analisis SASA pada residu lisin F ab rsquo; 2 menunjukkan bahwa reaksi pembentukan konjugat DOTA-F ab rsquo; 2 diduga terjadi di luar daerah CDR sehingga tidak mengganggu afinitas pengikatannya terhadap reseptor HER2. Simulasi Lu-DOTA-Fab-HER2 dalam fase air menghasilkan ?Gbinding yang relatif lebih besar 15.5066 kkal/mol jika dibandingkan dengan kompleks HER2-Fab -45.1446 kkal/mol.

---

The use of trastuzumab as intact IgG labeling radionuclide for HER2 breast cancer theranostic agent is not ideal because it is slowly eliminated from the blood and normal tissues yielding low tumor blood T B and tumor normal tissue T NT ratios. Based on this fact, fragmentation of trastuzumab F ab 2 and radiolabeled of fragment by and particle of Lutetium 177 has been developed. Preparation of F ab 2 trastuzumab fragment were prepared by digestion of intact IgG with pepsin and fractionated in PD 10 column, through conjugated with 2 4 isothiocyanatobenzyl 1,4,7,10 tetraazacyclododecane 1,4,7,10 tetraacetic acid p SCN Bn DOTA and radiolabeled with 177Lu. The results of this preliminary work were the optimum time for completely digest of trastuzumab to form F ab 2 fragment was 18 hrs, where all trastuzumab converted to F ab 2 fragment. The purity of F ab 2 fragment from size exclusion chromatography was carried out of 98 and a molecular weight of F ab 2 was 98.35 kDa respectively. The average number of pSCN Bn DOTA chelates per antibody fragmen were 5.03 1.5 and the optimum conjugation reactions were performed at molar ratio 20 1 for pSCN Bn DOTA to trastuzumab. The stability test of radioimmunoconjugate in HSA serum in 37°C show the high stability of aliquot with radiochemical purity was 91.96 0.26 after 96h storage. Molecular dynamic simulation of F ab 2 fragment show that fragmentation of trastuzumab did not distrupt the whole structure and conformation of F ab 2 expecially in CDR region. The solvent accesibility surface area of lysine residue show that conjugation of pSCN Bn DOTA to F ab 2 occurred in lys residue outside of CDR region so it s not influenced the binding affinity of radioimunoconjugate. The docking of Lu DOTA F ab 2 with HER2 receptor in aquous system generated Gbinding more highly 15.5066 kkal mol than positive control HER2 Fab 45.1446 kkal mol."

"ABSTRAKIsoterm dari proses adsorpsi biasanya digunakan untuk karakterisasi distribusi ukuran pori dan biasanya diukur secara eksperimental dengan alat volumetrik, yang terdiri dari sel dosis dan sel sampel. Skripsi ini bertujuan untuk membangun keseimbangan antara fase gas dan fase adsorben dengan menggunakan Simulasi 2V-NVT Monte Carlo, dengan dua volume untuk mewakili perangkat tersebut. Efek dari ukuran pori dan volume dosis pada karakteristik isoterm adsorpsi yang dipelajari menggunakan model adsorpsi argon dalam pori graphitic carbon pada temperatur 87 K. Dalam simulasi Monte Carlo untuk sistem adsorpsi, potensi fluida-fluida dan potensi solid-fluida merupakan bagian penting. Potensi fluida-fluida umumnya digambarkan oleh persamaan 12-6 Lennard-Jones, sementara potensi solid-fluida membutuhkan penjumlahan dari semua interaksi antara molekul adsorbat dan semua atom yang ada di permukaan adsorben. Tujuan kedua dari skripsi ini adalah untuk mendapatkan potensi solid-fluida untuk luasan adsorben terbatas yang berbentuk persegi panjang dan lingkaran. Pencapaian utama dari skripsi ini adalah untuk menurunkan persamaan tersebut. Sebagai rekomendasi ke depan, model solid-fluida yang telah dikembangkan sebaiknya diintegrasikan ke dalam Simulasi Monte Carlo.

---

ABSTRACTAdsorption isotherms are commonly used for the characterization for pore size distribution and are usually measured experimentally with a volumetric device, which consists of a dosing cell and a sample cell. This project aims to establish an equilibrium between the gas phase and adsorbed phase by using 2V-NVT Monte Carlo simulation, with two volumes to represent such device. The effects of the sizes of pore and dosing volume on the behaviour of the adsorption isotherm are studied, where the model used is argon adsorption at 87K in a graphitic pore. In a Monte Carlo simulation of an adsorption system, the fluid-fluid potential and the solid-fluid potential are important. The former is commonly described by the 12-6 Lennard-Jones equation, while the solid-fluid potential requires the summation of all interactions between adsorbate molecule and all solid atoms in the surface. The second major aim of the project is to obtain the solid-fluid potential for a finite rectangular and disk shape patches. Under certain conditions these potentials become intermediate, and the major achievement of this project is to derive the limits of these equations, resolving the issue of intermediate problem. For future works, the developed solid-fluid model should be implemented into the simulation"

"ABSTRAKNitrogen sebagai unsur yang banyak terdapat di alam dapat dimanfaatkan sebagai gas yang diserap untuk membantu dalam mengkarakterisasi material, khususnya pada permukaan material. Menurut Brunauer-Emmet-Teller (BET) teori, nitrogen digunakan sebagai gas pengkarakterisasi material karena kemampuan pada kemurniannya yang tinggi dan dapat berinteraksi dengan zat padat. Sejauh ini BET hanya menghasilkan data berupa sifat kuantitatif namun tidak menunjukkan fenomena-fenomena yang dapat terlihat oleh karena itu, digunakan simulasi dinamika molekuler dan membuat pemodelannya untuk mengamati fenomena yang terjadi pada saat adsorpsi nitrogen pada silika amorf yang merupakan material berpori dengan luas permukaan yang besar. Pada penelitian ini simulasi dinamika molekuler yang dilakukan diatur dalam keadaan isotermis, dimana temperatur yang digunakan sebanyak 3 variabel yakni : 77 K, 100 K, dan 150 K pada variasi tekanan yang digunakan 1,3,5,7,  dan 10 atm. Berdasarkan hasil yang diperoleh dari simulasi menunjukkan pada saat temperatur 77 K memiliki kemampuan yang optimal dalam mengadsorpsi nitrogen dibandingkan temperatur 100 K dan 150 K.

 

---

Nitrogen as an element that is widely found in nature, can be used as a gas that is absorbed to help characterize materials, especially on the surface of the material. According Brunauer-Emmet-Teller (BET) is a theory where nitrogen is used as a gas characterizing material because of its ability to high purity and can interact with solid elements. So far, BET only produces data in the form of quantitative properties but does not show phenomena that can be seen, because of that, molecular dynamics simulations can be done and modeling it to observe the phenomenon that occurs during nitrogen adsorption in amorphous silica which is a porous material with a large surface area. In this study the molecular dynamics simulations are arranged in a state of isotherm, where the temperature used is 3 variables: 77 K, 100 K and 150 K in the variation of pressure used 1, 3, 5, 7, and 10 atm. Based on the results obtained from the simulation, it was found that on 77 K temperature had the optimal ability to adsorb nitrogen compared to 100 K and 150 K."

"Histon Deasetilase 2 (HDAC2) merupakan salah satu enzim dari suatu superfamily 18 enzim zinc-dependent yang kini tengah banyak diteliti sebagai target terapeutik. HDAC2 merupakan bagian dari HDAC kelas 1 yang diketahui memiliki aktivitas kuat sebagai katalis, dan umumnya merupakan target bagi inhibitor HDAC (HDACi). HDAC2 berperan pada gejala komplikasi akhir diabetes seperti nefropati diabetes. Sehingga penelitian lebih lanjut terkait inhibitor enzim-enzim HDAC khususnya HDAC2 perlu dikembangkan.Dalam penelitian ini, diteliti senyawa-senyawa dari basis data herbal Indonesia terhadap aktivitasnya sebagai inhibitor HDAC2, dengan melakukan penapisan virtual, untuk mendapatkan senyawa-senyawa pilihan, kemudian dilakukan simulasi dinamika molekuler untuk mengetahui interaksi senyawa sebagai inhibitor enzim. Didapatkan sepuluh besar peringkat senyawa penapisan virtual, kemudian diambil lima diantaranya dengan kriteria terbaik untuk dilakukan simulasi dinamika molekuler yaitu senyawa Boesenbergin B, Pongachalcone I, 6,8-Diprenylgenistein, Marmin, Mangostin, dengan kristal ligan N-(2-aminophenyl)benzamide sebagai kontrol positif, dengan nilai ΔG secara berturut-turut -8.28; -9.15; -7.05; -9.07; -7.15 dan ΔG kontrol positif -10.27. Dari simulasi dinamika molekuler diketahui aktivitas inhibitor HDAC2 berinteraksi pada residu asam amino penting yaitu His145C, Tyr308C, Zn379C, Leu276C, Phe155C, Phe210C, Leu144C, Met35C.

---

Histone Deacetylase 2 (HDAC2) is one of a superfamily of 18 zinc-dependent enzymes, which now being widely investigated as therapeutic targets. HDAC2 is part of class I HDAC enzymes which knownly active as a strong catalys, and generally is the target for HDAC inhibitors (HDACi). HDAC2 play a role in the symptoms of late complications of diabetes such as diabetic nephropathy. So further research related to HDAC inhibitors, particularly HDAC2 need to be developed.In this study, research will be performed using virtual screening method to obtain several herbal compounds against their activities as HDAC2 inhibitors from the Indonesian herbal database, molecular dynamics simulations are then conducted to understand the interaction of compounds as inhibitors of the enzyme. The results of virtual screening process managed to obtained ten compounds with the highest Pharmacophore fit score rating, and would selected five compounds with the best criteria for molecular dynamics simulations, which are Boesenbergin B, Pongachalcone I, 6,8-Diprenylgenistein, Marmin, Mangostin, and active crytal ligand N-(2-aminophenyl)benzamide as a positive control, with respectively ΔG values obtained -8.28; -9.15; -7.05; -9.07; -7.15 and -10.27 as the ΔG value of active crystal ligand. From moleculer dynamics simulation of the activity of HDAC2 inhibitors are known to interact in two important amino acid residue that is His145C, Tyr308C, Zn379C, Leu276C, Phe155C, Phe210C, Leu144C, Met35C."