Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"DNA (Deoxyribosa Nucleic Acid) merupakan komponen penting dalam tubuh makhluk hidup dalam kaitannya dengan sintesis asam amino penyusun protein. Informasi mengenai sintesis asam amino tersebut direpresentasikan oleh empat buah karakter nukleotida A (Adenine), T (Thymine), C (Cytosine) dan G (Guanine) yang merupakan simbol basa-basa nitrogen penyusun DNA. Rangkaian DNA makhluk hidup tersusun atas gen-gen yang panjangnya jutaan bahkan milyaran karakter nukleotida. Namun, yang terpakai sebagai kode genetik dalam sintesis asam amino hanya karakter nukleotida yang terdapat pada suatu daerah pengkodean yang disebut exon dalam setiap gen.Dengan menggunakan metode filter digital yaitu dengan filter IIR (Infinite Impulse Response) Antinotch, lokasi exon-exon pada suatu segmen gen dari organisme dapat diprediksikan. Pada teknik pengolahan sinyal ini, rangkaian karakter nukleotida yang ada pada sequence DNA diubah dalam representasi numerik sebagai urutan indikator biner (binary indicator sequence) berdasarkan ada atau tidaknya basa nitrogen (A, T, C dan G) pada urutan tersebut. Jika filter IIR Antinotch ini bekerja pada frekuensi antinotch, omega;ω0 =2 π/3, maka filter ini dapat mengidentifikasi daerah yang memiliki period-3-property sebagaimana yang dimiliki oleh daerah pengkodean (coding region) pada suatu rangkaian DNA.Simulasi dilakukan dengan menggunakan tiga segmen gen dari organisme Caenorhabditis Elegans (cacing tanah) yang akan diuji. Dari perhitungan nilai akurasi didapatkan bahwa hasil prediksi lokasi exon pada ketiga segmen gen yang diuji dengan filter beradius pole 0.992 dan panjang impulse response sebesar 718 memiliki korelasi yang kuat dengan lokasi exon sebenamya dengan presentase rata-rata di atas 70%."

"DNA merupakan komponen penting dalam tubuh makhluk hidup dalam kaitannya dengan sintesis asam amino penyusun protein. Informasi mengenai sintesis asam amino tersebut direpresentasikan oleh empat buah karakter nukleotida A, T, C dan G yang merupakan simbol basa-basa nitrogen penyusun DNA. Rangkaian DNA makhluk hidup tersusun atas gen-gen yang panjangnya jutaan bahkan milyaran karakter nukleotida.Namun, yang terpakai sebagai kode genetik dalam sintesis asam amino hanya karakter nukleotida yang terdapat pada suatu daerah pengkodean yang disebut exon dalam seliap gen.Dengan menggunakan analisis transformasi fourier, lokasi exon-axon pada suatu segmen gen dapat dipredikasikan. Pada teknik ini, rangkaian karakter nukleotida diubah dalam representasi numerik sebagai urutan indikator biner. Jika didefinisikan koefisien-koefisien numerik a, t, c dan g sebagai representasi dari tiap karakter nukleotida, rangkaian karakter nukleotida tersebut dapat ditransformasikan ke dalam spektrum fourier sehingga karakteristik frekuensinya dapat diamati. Dalam hal ini ditetapkan suatu varaibel acak W sebagai perkalian antara koefisien-koefisien numerik dengan variabel acak dari masing-masing urutan indikaror biner. Dengan membuat fungsi optimisasi untuk mendapatkan nilai koefisien-koefisien numerik yang tepat, W merupakan suatu predictor yang sangat baik dalam mengidentifikasi lokasi exon pada suatu segmen gen.Simulasi dilakukan dengan menggunakan tiga segmen gen yang akan diuji. Data yang diperoleh dan simulasi menampilkan grafik spektrum daya dari ketiga segmen gen tersebut yang memperlihatkan puncak pada lokasi di mana terdapat exon pada segmen gen yang bersangkutan. Dari perhitungan nilai akurusi didapatkan bahwa hasil prediksi lokasi exon pada ketiga segmen gen yang diuji memiliki korelasi yang kuat dengan lokasi exon sebenarnya dengan presentase rata-rata di atas 75%."

"Biomedik merupakan salah satu bidang aplikasi dari teori pengolahan sinyal digital (Digital Signal Processing) yang sangat maju perkembangannya.Aplikasi DSP yang telah ada adalah penggunaan filter digital pada instrumentasi elektrokardiograf. Perlunya peningkatan kualitas sinyal hasil pembacaan EKG dilatarbelakangi oleh adanya gangguan noise baik dari faktor internal, misalnya noise dari catu daya, maupun karena faktor eksternal, misalnya noise karena pergerakan tubuh dan aktivitas otot pasien. Perancangan sistem instrumentasi pendeteksi kerja jantung menggunakan aplikasi filter digital tipe infinite impulse response (IIR) berbasis mikrokontroler AVR AT90S8535 dengan antarmuka ke komputer melalui port serial RS232 memudahkan dilakukannnya perubahan pada tanggapan sistem untuk memenuhi spesifikasi yang diinginkan. Pemilihan tipe filter IIR dengan tujuan untuk mendapatkan tanggapan kerja sistem yang linier dan stabil dengan koefisien filter yang minimum. Peralatan instrumentasi yang telah dirancang, menghasilkan pola-pola variasi potensial jantung pasien dengan interval sinyal S-T dan P-R pasien yang dipengaruhi oleh faktor finite wordlength efffect"

"DNA merupakan komponen penting dalam tubuh makhluk hidup dalam kaitannya dengan sintesis asam amino penyusun protein. Informasi mengenai sintesis asam amino tersebut direpresentasikan oleh empat buah karakter nukleotida A, T, C dan G yang mempakan simbol basa-basa nitrogen penyusun DNA. Rangkaian DNA makhluk hidup tersusun atas gen-gen yang panjangnya jutaan bahkan milyaran karakter nukleotida. Namun, yang terpakai sebagai kode genetik dalam sintesis asam amino hanya karakter nukleotida yang terdapat pada suatu daerah pengkodean yang disebut exon dalam setiap gen.Hidden Markov Model (HMM) merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk memprediksi lokasi exon pada DNA. HMM memiliki dua buah fase, yakni fase training dan fase tes. Sequence-sequence DNA ditraining untuk mendapatkan estimasi matrik transisi dan estimasi matrik emisi melalui proses iterasi. Matrik transisi dan matrik emisi ini kemudian digunakan untuk mengetes sequence DNA yang bersangkutan. Pada skripsi ini, simulasi dilakukan dengan menggunakan tiga jenis organisme, Drosophila melanogaster (lalat buah). Homo sapiens (manusia), serta Zea mays (padi).Data yang diperoleh dari simulasi berupa nilai sensitivity (Sn) dan specificity (Sp) hasil prediksi lokasi exon gen yang bersangkutan. Dari perhitungan nilai akurasi untuk Drosophila melanogaster didapat nilai akurasi Sn sebesar 92.5% dan nilai Sp sebesar 88%, pada Homo sapiens dengan nilai akurasi Sn sebesar 69.7% dan nilai Sp sebesar 44.7% serta pada Zea Mays dengan nilai akurasi Sn sebesar 55.6% dan nilai Sp sebesar 78.6%."

"Citra tipikal hitam-putih merupakan citra kontinyu karena gray level shade-nya bcrgabting secara kontinyu dalam intensitas dan spatiality.Dalam suatu pemrosesan citra dilakukan proses kuantisasi, dimana citra terkuantisasi tidak kontinyu, namun tersusun dari piksel diskrit.Resolusi citra didefinisikan sebagai kemampuan untuk memproduksi citra dengan kualitas visual dan dapat dibandingkan dcngan citra kontinyu aslinya. Diperlukan jumlah piksel nicmadai untuk penampilan kontinyu spasial dan juga jumlah gray level untuk penampilan depth of field dan kontras. Piksel merupakan elemen utama dalam resolusi citra diskrit.Dalam tesis ini diusulkan peningkatan resolusi citra untuk pencitraan medik memakai Filter Infinite Impulse Response. Tiga teknik peningkatan resolusi citra yang dikenal, masing-masing : (1) Pendekatan frekuensi/Fast Fourier Transform dari teorema sampling, (2) Pendekatan spasial memakai fungsi interpolasi; dan (3) pendekatan alternatif memakai Infinite Impulse Response Filter (mirip dengan pendekatan FFT, namun lebih mudah dalam pelaksanaan).Peningkatan resolusi citra melalui FFT dilakukan dengan, pertama, memakai sifat spektrum yang akan cepat mcnurun akibat meningkatnya frekuensi dan kedua, memakai teorema sampling untuk obyek oversumpled.Peningkatan resolusi citra memakai interpolasi spasial dilakukan dengan mengkonvolusikan citra yang sudah diekspansi 2 N x 2 N dengan operator interpolasi. Hasilnya tampak agak buram, namun hal ini dapat di-deblur memakai high pass filter.Peningkatan resolusi citra memakai Infinite Impulse Response fitter, meningkatkan ukuran citra melalui replikasi piksel dan garis horisontal. Effeknya, terjadi peningkatan perioda sampling pada arah horisontal maupun vertikal. Pendekatan ini sama dengan pendekatan FFT dan langkah-langkah tersebut di atas sama dengan menerapkan fungsi interpolasi square.Kualitas citra yang dihasilkan sama dengan pada pendekatan FFT.

---

Typical black and white images are called continuous - tone images because the shade of gray level blend continuosly both in intensity (level) and spatiality (area). The quantized images is not continuous, but is composed of discrete pixels with each having a discrete gray level assigned to it. Image resolution may be defined as the ability to reproduce images with a visual quality that is comparable to the continuous-tone original.This requires a suffient number of pixels to give the appearance of spatial continuity and a sufficient number of gray levels to give the appearance of depth and contrast. The pixel is the basic element.of picture resolution in the discrete pixel system.In the next discussion, three means of doubling image resolution are compared respectively ; (1) The Fast Fourier Transform Frequency approach of the sampling theorem, (2) through spatial approach using interpolation functions; and (3) an alternative approach using Infinite Impulse Response filter, which is similiar to the FFT approach, but much simpler to implement.Doubling image resolution through FFT are implemented by using, first, the rapidly decreasing spectrum with increasing frequency and second, the whittakershannon sampling theorem for oversampled objects.Doubling using spatial interpolation are held by convolving the stretched 2 N x 2 N image with an interpolation operator. The result is slightly blurry, it is, however, possible to deblur through high-pass filtering.Doubling image resolution using Infinite Impulse Respons filter, double the image size by replication of pixels and horizontal lines this has the effect of increasing the horizontal and vertical sampling periods to twice their values. The approach is similar to the FFT approach and the step mentioned above is equivalent to applying the square interpolation function. The enlarged image obtained should be similar to the one obtained from the FFT approach."

"Ruang Lingkup dan CaraInfertilitas pada pria merupakan masalah yang perlu ditangani secara bersama-sama dengan infertilitas pada wanita. Salah satu parameter yang berperan dalam fertilitas pria adalah motilitas spermatozoa. Motilitas sperma berperan penting dalam kesanggupan sperma untuk mencapai sel telur (ovum). Oleh karena itu gangguan mortilias sperma sering menjadi penyebab infertilitas pada pria. Pasien dengan masalah ini dikategorikan astenozoospermia. Astenompspermia dapat terjadi akibat disfungsi pada mitokondria, Voltage dependent anion channel (VDAC) merupakan kanal ion yang terdapat pada membran luar mitokondria, bertanggung jawab etas keluar masuknya ATP. Sampai saat ini telah diidentifikasi 3 tipe VDAC dengan tingkat homologi yang tinggi. Berdasarkan penelitian Sampson et al., 2001 dengan menggunakan teknik Knock-out mouse menunjukan bahwa sperma dari mencit mutan dengan delesi 4 ekson terakhir VDAC3 mengalami penuruanan dalam mortalitasnya serta penelitian dari Asmarinah et al (2004) bahwa pada exon 6 gen VDAC3 terdapat mutasi substitusi nukleotida. Hal ini menimbulkan pertanyaan apakah pada exon 7 gen VDAC3 juga terdapat mutasi? Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis exon 7 gen VDAC3 pada sperma pasien astenozoospermia. Penelitian ini terdiri dari beberapa tahap, tahap awal adalah pengumpulkan sampel sperma pasien astenozoospermia sebanyak 32 sampel setelah dilakukan swim up dan isolasi DNA. Tahap berikutnya amflifikasi dengan metode PCR dengan primer spesifik untuk ekson 7 gen VDAC3 dan tahap akhir sekuensing DNA dari produk PCR untuk mendeteksi adanya mutasi.Hasil dan kesimpulanDari 32 sampel terlihat adanya hasil amplifikasi fragmen exon 7 gen hVDAC3 yang berukuran kurang lebih 551 pb dan dari hasil sekuensing ditemukan 3 macam mutasi, yaitu mutasi delesi pada 4 sampel (13,33%), mutasi substitusi 1 sampel (3,33 %) yang menyebabkan perubahan asam amino pada posisi 228 dar asam aspartat menjadi asparagine dan mutasi insersi pada 1 sampel (3,33 %) yang mengubah susunan asam amino pada posisi 228."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian : Salah satu penyebab infertilitas pada pria adalah rendahnya motilitas sperma (asthenozoospermia). Motilitas yang rendah ini dapat disebabkan oleh beberapa hal antara lain adanya gangguan pada fungsi mitokondria. Porin atau voltage dependent anion channel (VDAC) merupakan kanal ion dengan berat molekul 30-35 kDa yang terdapat di membran luar mitokondria sel eukariota. Sampai saat ini telah berhasil diidentifikasi 3 tipe porin dengan tingkat homologi yang tinggi. Sebagai kanal ion, porin bertanggung jawab atas keluar masuknya metabolit di dalam sel, termasuk ATP. Porin tidak banya memperantarai transport ATP dari dalam mitokondria bahkan juga mengatur proses keluarnya ATP. Hasil penelitian Sampson et al. (2001) dengan teknik knock out mouse yang mendelesikan 4 exon terakhir gen VDAC3 mencit menyebabkan mencit jantan mutan sehat tapi infertil asthenozoospenmia (Jumlah sperma normal tapi motilitas menurun). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis exon 6 gen VDAC3 manusia pada sperma motilitas rendah dari pasien infertilitas asthenozoospermia dibandingkan dengan sperma motilitas lurus dan cepat (normal). Sperma pasien asthenozoospermia diswim-up dan diambil sperma yang gerakannya lemah. Sedangkan sperma yang normal diswim-up dan diambil sperma yang berenang ke atas (gerakannya baik). Setelah itu dilakukan isolasi DNA dan sperma yang didapat. Jumlah sampel sperma asthenozoospermia adalah 30 sampel, sedangkan sperma normal sebanyak 20 sampel. DNA genom yang sudah didapatkan kemudian di amplifikasi dengan primer yang spesifik untuk exon 6 gen VDAC3. Hasil PCR dielektroforesis dengan gel agarose 2%. Setelah dilakukan sekuensing terhadap produk PCR dari sampel yang ada dengan menggunakan Big Dye Terminator Mix menggunakan musin sekuensing the ABI 377A.Hasil dan Kesimpulan: Dari 30 sampel sperma pasien asthenozoospermia, 28 sampel menunjukkan adanya hasil amplifikasi fragmen exon 6 gen hVDAC3 berukuran + 225 pb dan dari hasil sekuensing ditemukan adanya 4 mutasi substitusi nukleotida yang menyebabkan perubahan asam amino penyusun exon 6 gen bVDAC3 pada 9 sampel, yaitu perubahan asam amino posisi 131 dan isoleusin menjadi leusin sebanyak 8 sampel (26,67%), posisi 174 dari lisin menjadi asam glutamat sebanyak 1 sampel (3,33%), posisi 143 dan valin menjadi glisin sebanyak 1 sampel (3,33%), dan posisi 164 dari leusin menjadi triptofan sebanyak 1 sampel (3,33%). Mutasi ini mungkin dapat menyebabkan gangguan fungsi mitokondria sperma dalam mengeluarkan ATP."

"Ruang Lingkup dan Cara Penelitian :Salah satu penyebab infertilitas pada pria adalah rendahnya motilitas sperma (asthenozoospermia). Motilitas yang rendah ini dapat disebabkan oleh beberapa hal antara Iain adanya gangguan pada fungsi mitokondria. Porin atau voltage dependent anion channel (VDAC) merupakan kanal ion dengan berat molekul 30-35 kDa yang terdapat di membran luar mitokondria sel eukariota. Sampai saat ini telah berhasil diidentifikasi 3 tipe porin dengan tingkat homologi yang tinggi. Sebagai kanal ion, porin bertanggung jawab atas keluar masuknya metabolit di dalam sel, termasuk ATP. Porin tidak hanya memperantarai transport ATP dari dalam mitokondria bahkan juga mengatur proses keluarnya ATP. Hasil penelitian Sampson et al. (2001) dengan teknik knock-out mouse yang mendelesikan 4 exon terakhir gen VDAC3 mencit menyebabkan mencit jantan mutan sehat tapi infertil asthenozoospermia (jumlah sperma normal tapi motilitas menurun).Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis exon 6 gen VDAC3 manusia pada sperma motilitas rendah dari pasien infertilitas asthenozoospermia dibandingkan dengan sperma motilitas lurus dan cepat (normal). Sperma pasien asthenozoospermia diswim-up dan diambil sperma yang gerakannya lemah. Sedangkan sperma yang normal diswim-up dan diambil sperma yang berenang ke atas (gerakannya baik). Setelah itu dilakukan isolasi DNA dari sperma yang didapat. Jumlah sampel sperma asthenozoosperrnia adalah 30 sampel, sedangkan sperma normal sebanyak 20 sampel. DNA genom yang sudah didapatkan kemudian di amplifikasi dengan primer yang spesifik untuk exon 6 gen VDAC3. Hasil PCR dielektroforesis dengan gel agarose 2%. Setelah dilakukan sekuensing terhadap produk PCR dari sampel yang ada dengan menggunakan Big Dye Terminator Mix menggunakan mesin sekuensing the ABI 377A.Hasil dan Kesimpulan:Dan 30 sampel sperma pasien asthenozoospermia, 28 sampel menunjukkan adanya hasil amplifikasi fragmen exon 6 gen hVDAC3 berukuran + 225 pb dan dan hasil sekuensing ditemukan adanya 4 mutasi substitusi nukleotida yang menyebabkan perubahan asam amino penyusun exon 6 gen hVDAC3 pada 9 sampel, yaitu perubahan asam amino posisi 131 dan isoleusin menjadi leusin sebanyak 8 sampel (26,67%), posisi 174 dari lisin menjadi asam glutamat sebanyak 1 sampel (3,33%), posisi 143 dari valin menjadi glisin sebanyak 1 sampel (3,33%), dan posisi 164 dan leusin menjadi triptofan sebanyak 1 sampel (3,33%). Mutasi ini mungkin dapat menyebabkan gangguan fungsi mitokondria sperma dalam mengeluarkan ATP."

"Kura-kura brazil (Trachemys scripta elegans) merupakan spesies asal Amerika Selatan dan salah satu spesies asing invasif yang berdampak buruk untuk spesies asli. Proses invasi spesies tersebut di Indonesia adalah melalui jalur perdagangan dan populer sebagai hewan peliharaan. Pendeteksian kehadiran spesies asing menjadi penting dalam proses pengendalian spesies sebelum menjadi invasif. Ekosistem perairan urban seperti situ di Universitas Indonesia merupakan wilayah yang umum ditemukan spesies asing. Tujuan penelitian adalah mendeteksi keberadaan kura-kura brazil di enam situ Universitas Indonesia menggunakan sampel eDNA yang diamplifikasi menggunakan primer spesifik Cytochrome b dan dikuantifikasi menggunakan qPCR. Nilai LoD dan LoQ ditentukan melalui kurva standar untuk menentukan keberadaan DNA kura-kura brazil pada 193 sampel. DNA Kura-kura brazil terdeteksi pada sampel dari seluruh situ di Universitas Indonesia pada tahun 2021 dan 2022 Faktor lingkungan tidak memiliki pengaruh yang signifikan (sig. > 0,05) terhadap konsentrasi eDNA, tetapi kura-kura brazil ditemukan pada situ dengan air yang tenang dengan suhu 27 - 33°C. Berdasarkan hasil tersebut eDNA dapat digunakan untuk monitoring keberadaan spesies asing invasif kura-kura brazil di ekosistem urban.

---

The red-eared sliders (Trachemys scripta elegans) is a species from Southern America and one of the invasive alien species that has a negative impact on native species. The invasion process in Indonesia is through trade routes and is popular as a pet. Detecting the presence of alien species is important in the process of controlling species before they become invasive. Urban water ecosystems such as the one at the University of Indonesia are areas that are commonly found by alien species. The aim of the study was to detect the presence of Brazilian turtles in six ponds at the University of Indonesia using eDNA samples amplified using Cytochrome b specific primers and quantified using qPCR. LoD and LoQ values ​​were determined using standard curves to determine the presence of Brazilian tortoise DNA in 193 samples. The red-eared sliders’ DNA was detected in samples from all ponds at the University of Indonesia in 2021 and 2022. Environmental factors did not have a significant effect (sig. > 0.05) on eDNA concentrations, but the red-eared slider were found in situ with contaminated water. quiet with temperature 27 - 33°C. The results based on the eDNA can be used to monitor the presence of an invasive alien species in urban ecosystems."