Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"ABSTRAKInfeksi dengue merupakan salah satu masalah kesehatan utama di Indonesia.Perubahan manifestasi klinis yang cepat dari ringan hingga berat bahkan kematianmenyebabkan perlunya pendeteksian dini infeksi dengue. Salah satu metodedeteksi yang potensial untuk diterapkan sebagai pendeteksian dini adalahpendeteksian antigen NS1 dengue. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkanprotein rekombinan NS1 dengue serotipe 4 strain Indonesia dengan menggunakansistem Pichia pastoris yang dapat digunakan untuk pembuatan antibodi anti-NS1.Sampel yang digunakan adalah RNA virus dengue serotipe 4 strain Indonesia IDS96/10. Metode penelitian adalah ekperimental yang meliputi pembuatan cDNA,pengklonaan pada bakteri Escherichia coli, skrining sel transforman, sekuensing,transformasi sel P. pastoris strain X-33, analisa fenotipe, dan ekspresi protein.Diperoleh 6 koloni P. pastoris strain X-33 rekombinan dengan fenotipe Mut+ danterdeteksi protein rekombinan NS1 dengue serotipe 4 dengan ukuran antara 72hingga 95 kDa pada protein standard, diperkirakan berukuran 80 kDa. Hasilanalisa nukleotida dan asam amino menunjukkan tidak terjadi mutasi pada genNS1 dan terletak pada in frame yang sesuai pada vektor pPICZαB. Protein NS1yang diperoleh diharapkan dapat merangsang terbentuknya antibodi anti-NS1yang selanjutnya dapat digunakan untuk mendeteksi antigen NS1 pada serumpasien.

---

ABSTRACTDengue infection is a major health problem in Indonesia. Clinical manifestationrapidly changing from mild to severe even death. Therefore early detectionbecomes very important. One of potential detection methods to be applied as anearly detection is NS1 dengue antigen detection. The aim of this research was toexpress NS1 recombinant protein of dengue virus serotype 4 strain Indonesiausing Pichia pastoris. Dengue virus RNA from infected pasien serum IDS 96/10was used in this research. To get recombinant protein we constructed NS1recombinant plasmid in vector P. pastoris. First, we amplified NS1 gene andcloned it to Escherichia coli. We selected transformant cells and and recombinantplasmid was transfected to yeast by electroporation. We selected yeasttransformants and analized the phenotype. Methanol was used to induceexpression recombinant protein. Protein expression was determined by SDSPAGEand Western Blot. By Western Blot using antibody to dengue viruses, wefound protein recombinant with molecular weight around 72-95 kDa. This sizewas similar with dimer of NS1 size. In the future, this recombinant protein can beused to produce antibody anti-NS1 that able to detect NS1 antigen in patient sera."

"Penelitian dengue secara in vitro banyak dilakukan untuk mengetahui mekanisme pasti patogenesis infeksi degue. Namun, sedikitnya informasi mengenai karakter pertumbuhan virus dengue pada galur sel model menjadi salah satu faktor pembatas. Karakterisasi pertumbuhan kinetik dilakukan untuk mengetahui dengan melihat karakter pertumbuhan kinetik virus dengue pada galur sel C6/36, Vero76, MDCK, 293, HepG2, dan A549. Parameter pertumbuhan virus dengue pada tiap sel diketahui dengan melihat kecepatan replikasi, ekspresi protein NS1, dan deteksi genom virus dengue. Hasil uji kinetik menunjukkan adanya perbedaan profil pertumbuhan tiap serotipe virus dengue pada tiap galur sel, dengan pertumbuhan relatif lebih tinggi pada sel A549 dibandingkan dengan galur sel lainnya. Hasil uji ELISA menunjukkan ekspresi protein NS1 pada sel A549 meningkat seiring peningkatan titer virus. Keberadaan RNA genom virus dengue pada sel A549 dikonfirmasi menggunakan RT-PCR. Dengan demikian, keseluruhan hasil penelitian ini menunjukkan virus dengue mampu tumbuh dengan baik pada galur sel A549, sehingga dapat digunakan sebagai galur sel mamalia alternatif untuk propagasi dan penelitian infeksi virus dengue lebih lanjut.

---

In vitro dengue research has been routinely used to study the pathogenesis of dengue infection. The little information about the growth characteristics of dengue viruses in various cell lines model has become the limiting factor of dengue research. Dengue virus growth characterization was conducted to determine the growth kinetics of dengue viruses in several cell lines i.e. in C6/36, Vero76, MDCK, 293, HepG2, and A549 cell lines. Growth characteristics of dengue virus in each cell were measured by looking at the rate of replication, NS1 protein expression, and detection of dengue virus genome. The replication kinetic assay indicated the difference growth characteristics of each serotype of dengue virus in each cell line, with the relatively higher growth was observed in A549 cell line compared to other cell lines. ELISA result showed an increased expression of NS1 protein in A549 cell in parallel with increasing viral titer. The presence of dengue virus RNA genome in A549 cells was confirmed using RTPCR assay. This study observed the ability of dengue viruses to grow well in A549 cell line and this cell line could be used as an alternative mammalian cell line for propagation and further study of dengue virus infection."

"Enzim glucose oxidase (GOX) telah dikenal lama sebagai bahan baku biosensor glukosa. Enzim GOX mengkatalisis reaksi oksidasi dari β-D-glucose menjadi D-glucono-δ-lactone dan hidrogen peroksida (H2O2) dengan menggunakan oksigen sebagai akseptor elektron. Klona gen GOX yang berasal dari Aspergillus niger di dalam vektor ekspresi Saccharomyces cerevisiae INVSc1 pYES2/CT telah berhasil di dapatkan pada penelitian sebelumnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengekspresikan gen GOX rekombinan di dalam S. cerevisiae INVSc1. Plasmid rekombinan pYES2/CT yang mengandung gen GOX berhasil ditransformasi ke dalam S. cerevisiae INVSc1 menggunakan metode LiAc. Protein total diekstraksi menggunakan berbagai variasi metode. Metode vortex dengan penambahan glass beads sebagai teknik ekstraksi yang optimal. Protein rekombinan diinduksi dengan konsentrasi induser 2, 4 dan 8% galaktosa. Hasil induksi ekspresi protein tidak terlihat secara jelas, walaupun kemungkinan besar protein rekombinan GOX terdapat pada fase supernatan. Berdasarkan uji menggunakan glucose assay dan analisis biosensor glukosa, protein rekombinan GOX induksi dengan 8% galaktosa selama 48 jam mempunyai aktivitas lebih tinggi dibandingkan GOX komersial. Pada masa datang, perbaikan perlu dilakukan untuk mendapatkan hasil ekspresi protein GOX rekombinan yang optimal.

---

Glucose oxidase (GOX) enzyme has been applied as a raw material glucose biosensor. GOX enzyme catalyses the oxidation of β-D-glucose into D-glucono-δ-lactone and hydrogen peroxide (H2O2) using oxygen as an electron acceptor. Previously, GOX gene from Aspergillus niger was successfully cloned into Saccharomyces cerevisiae expression vector, pYES2/CT.

The purpose of this study was to express recombinant GOX gene in S. cerevisiae INVSc1. Recombinant plasmid pYES2/CT containing GOX gene was successfully transformed into S. cerevisiae INVSc1 using the LiAc method. Then the total proteins were extracted using various protocols with glass beads lyses method as the optimal extraction technique. The recombinant protein was induced by of 2, 4 and 8% galactose inducer.

However induced expression of this protein was not significantly observed, although it was shown that recombinant GOX protein was likely to be present in the supernatant phase. Based on glucose liquid assay and a preliminary glucose biosensor analysis, the recombinant GOX protein induced with 8% galactose for 48 hours had a higher activity than commercial GOX. In the future, further improvements need to be done to obtain optimal recombinant GOX protein expression."

"ABSTRAKGen NS1 merupakan gen penyandi protein NS1 (non-strukural 1) yang terdapat pada virus dengue. Protein NS1 diketahui memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai bahan dasar kit diagnostik untuk penyakit demam berdarah dengue (DBD). Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh protein rekombinan NS1 virus dengue untuk pengembangan kit diagnostik NS1. Penelitian ini meliputi proses kloning gen NS1 pada vektor ekspresi pYES2/CT, ekspresi pada Saccharomyces cerevisiae INVSc1 dan purifikasi protein rekombinan NS1 menggunakan HisPurTM Ni-NTA Magnetic Beads. Hasil penelitian menunjukkan sebanyak 485 koloni transforman hasil kloning ke dalam E. coli TOP10F? berhasil diseleksi pada medium yang mengandung 100 µg/ml. Analisis hasil PCR dan sekuensing menunjukkan bahwa gen NS1 yang berukuran 1056 pb berhasil terintegrasi ke dalam vektor ekspresi pYES2/CT. Analisis hasil SDS PAGE dan western blotting menunjukkan protein rekombinan NS1 berhasil diekspresikan pada Saccharomyces cerevisiae dengan ukuran sekitar 42?55 kDa. Analisis SDS PAGE untuk hasil purifikasi menunjukkan didapatkan protein yang terelusi dalam kondisi native dengan ukuran sekitar 42?55 kDa. Gen NS1 telah berhasil dikloning dan protein NS1 berhasil terekspresi serta terpurifikasi.

---

ABSTRAKNS1 gene is a gene encoding NS1 (non-structural 1) protein dengue virus. Dengue NS1 protein (non-structural 1) is known as an important biomarker for early diagnosis of dengue hemorrhagic fever (DHF) disease. The research objective is to obtain NS1 recombinant protein dengue virus serotype 3 for development kit diagnostic NS1. Stages of the research include cloning NS1 gene Into pYES2/CT expression vector, expression in Saccharomyces cerevisiae INVSc1, and purification NS1 recombinant protein with HisPurTM Ni-NTA Magnetic Beads. A total of 485 colony transformants were selected on medium with ampicilin 100 µg/ml as cloning results in E. coli TOP 10F?. PCR and sequencing analysis showed that NS1 gene was successfully fused to vector pYES2/CT and showed NS1 size is 1056 bp. SDS PAGE and western blotting analysis showed a band of NS1 recombinant protein as expression results. Molecular weight of NS1 protein was approximately 42--55 kDa. SDS PAGE analysis showed a band of NS1 recombinant protein purified in native condition with a molecular weight approximately 42--55 kDa. NS1 gene was successfully cloned, can be also expressed and purified as protein NS1."

"Gejala infeksi virus chikungunya dapat menjadi hambatan sosioekonomi sehingga diperlukan deteksi dini infeksi tersebut. Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) memulai pengembangan kit diagnostik infeksi virus chikungunya berbasis imunologi menggunakan Rapid Diagnostic Test dari antibodi monoklonal envelope 1 (E1). Penelitian kloning dan ekspresi gen E1 virus chikungunya dari isolat Jambi bertujuan untuk memperoleh plasmid rekombinan pYES2-E1 dan protein rekombinan E1 dari host Saccharomyces cerevisiae INVSc1. Teknik yang digunakan yaitu kloning DNA plasmid pembawa gen E1 yang akan ditransformasikan ke Escherichia coli dan S. cerevisiae. Analisis hasil ekpresi protein E1 rekombinan menggunakan teknik western blot. Hasil dari penelitian ini menunjukkan plasmid rekombinan pYES2-E1 diperoleh menggunakan verifikasi teknik PCR dan double digestion. Hasil ekspresi protein rekombinan E1 pada S. cerevisiae INVSc1 menunjukkan terdapat band yang berukuran 34—43 kDa menggunakan teknik western blot. Protein E1 rekombinan yang berhasil terekspresi pada S. cerevisiae diperlukan validasi menggunakan antibodi monoklonal E1. Hasil isolasi plasmid pYES2-E1 dilanjutkan dengan verifikasi sekuensing DNA.

---

Symptoms of chikungunya virus infection can be a socioeconomic challenges, so early detection of the infection is needed. The Agency for the Assessment and Application of Technology (BPPT) began the development of an immunology-based chikungunya virus infection diagnostic kit using the Rapid Diagnostic Test from monoclonal envelope 1 (E1) antibodies. Research on cloning and expression of the chikungunya virus E1 gene from the Jambi isolate aimed to obtain recombinant pYES2-E1 plasmids and E1 recombinant proteins from the host Saccharomyces cerevisiae INVSc1. The technique used is to clone plasmid DNA E1 gene carriers which will be transformed into Escherichia coli and S. cerevisiae. Analysis of recombinant E1 protein expression using the western blot technique. The results of this study indicate that the recombinant pYES2-E1 plasmid was obtained using PCR verification techniques and double digestion. The results of E1 recombinant protein expression in S. cerevisiae INVSc1 showed a band of 34—43 kDa using western blotting technique. The recombinant E1 protein in S. cerevisae that was successfully expressed required validation using monoclonal E1 antibodies. The results of the pYES2-E1 plasmid isolation were followed by verification of DNA sequencing."

"

Manifestasi klinis seseorang yang terinfeksi virus chikungunya (CHIKV) mirip dengan seseorang yang terinfeksi virus dengue (DENV) sehingga menyulitkan para praktisi kesehatan dalam melakukan diagnosis penyakit. Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) telah memulai pengembangan kit diagnostik infeksi CHIKV berbasis protein rekombinan untuk mendeteksi keberadaan partikel CHIKV dalam serum darah. Penelitian sebelumnya, BPPT telah berhasil memproduksi serum antibodi poliklonal anti-CHIKV sebagai langkah awal pengembangan kit diagnostik. Penelitian kloning dan ekspresi gen envelope 2 (E2) virus chikungunya (CHIKV) Isolat Indonesia pada Saccharomyces cerevisiae merupakan penelitian lanjutan dengan tujuan untuk memperoleh plasmid rekombinan pYES2-E2 CHIKV dan untuk memperoleh protein rekombinan E2 yang diekspresikan oleh Saccharomyces cerevisiae. Protein rekombinan E2 yang dihasilkan akan diuji reaktivitasnya dengan menggunakan antibodi poliklonal anti-CHIKV yang telah diproduksi BPPT sebelumnya. Hasil penelitian menunjukkan bahwa plasmid rekombinan pYES2-E2 CHIKV telah berhasil diperoleh berdasarkan 2 metode verifikasi yaitu metode PCR dan metode digesti. Hasil analisis ekspresi protein dengan SDS PAGE menunjukkan pita protein pada berbagai macam ukuran. Analisis protein dengan western blotting memberikan hasil dengan munculnya pita protein pada kisaran ukuran 25--35 kDa. Protein rekombinan E2 CHIKV diduga telah berhasil diperoleh dan memerlukan pengujian lebih lanjut dengan menggunakan antibodi poliklonal anti-CHIKV.

---

Diagnosis of people-infected chikungunya virus (CHIKV) is quite challenging since it has similar symptoms with dengue virus infection. Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) had started the development of diagnostic kit chikungunya virus infection based on recombinant protein to improve the diagnosis of CHIKV infection. Previous research, BPPT had successfully produced policlonal antibody anti-CHIKV serum. Cloning and expression of envelope 2 (E2) gene chikungunya virus isolate from Indonesia in Saccharomyces cerevisiae is aimed to produce recombinant plasmid pYES2-E2 CHIKV and to produce recombinant protein E2 expressed by S. cerevisiae.  The results were recombinant plasmid pYES2-E2 CHIKV had successfully achieved based on 2 verification methods (PCR and digestion method). Protein expression analysis by western blotting gave result a single band appearance suspected E2 CHIKV protein with molecule size ranged from 25 to 35 kDa. Sample which positively contains recombinant protein E2 CHIKV is continued to test its reactivity with policlonal antibody anti-CHIKV serum which had previously produced by BPPT.

"

"Penelitian bertujuan memperoleh clone gen NS1 DEN-3 strain CH53489 pada vektor ekspresi pET-21d(+) agar gen tersebut dapat diekspresikan oleh Escherichia coli (Migula) Castellani & Chalmers. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biopharming, Balai Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT), Serpong selama 12 bulan (Maret 2006--Maret 2007). Gen NS1 dengue berukuran 1.050 pb diperbanyak dengan polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer spesifik (NS1-F dan NS1-R). Vektor ekspresi pET-21d(+) (berukuran 5.440 pb) diperbanyak melalui teknik cloning dalam E. coli DH5α. Produk PCR dan vektor ekspresi pET-21d(+) didigesti dengan BamHI dan XhoI, kemudian diligasi secara in vitro dan ditransformasi dengan kejutan panas ke dalam sel kompeten E.coli DH5α. Sebanyak 129 koloni diperoleh pada medium seleksi SOB ampisilin agar. Sebanyak 26 dari 129 koloni kandidat rekombinan dipilih secara acak untuk diverifikasi menggunakan enzim restriksi (BamHI, XhoI, dan NcoI) dan selanjutnya dilakukan PCR. Verifikasi menghasilkan 3 koloni positif rekombinan. Clone 6D pembawa gen NS1 dengue diverifikasi lebih lanjut melalui sequencing dengan primer T7 promoter. Hasil sequencing dibandingkan dengan data referensi dalam database DNA GenBank melalui pencarian homologi BLASTN. Hasil BLAST menunjukkan sekuens dari clone gen NS1 dengue memiliki homologi sebesar 99% dengan sekuens DEN-3 strain FW06 no. AY858041.1. Clone gen NS1 dengue dalam vektor ekspresi pET-21d(+) telah berhasil diperoleh, namun dengan tingkat keberhasilan yang rendah."

"Penelitian yang bertujuan menghasilkan klona gen NS1 virus dengue pada vektor ekspresi pGEX-6P1 dalam Escherichia coli BL21 Star?(DE3) telah dilakukan di Laboratorium Biologi Molekular, LAPTIAB, BPPT, Serpong selama Januari--November 2008. Gen NS1 dengue diamplifikasi dengan primer spesifik d3-2336sbam (forward) dan d3-NS1-1056c (reverse). Produk PCR gen NS1 (1.160 pb) yang telah dipurifikasi, didigesti dengan enzim BamHI-XhoI (double digestion) kemudian diligasikan pada vektor ekspresi pGEX-6P1. Reaksi ligasi ditransformasikan ke dalam sel kompeten E. coli BL21 Star?(DE3). Sebanyak 19 koloni diisolasi secara acak dari 162 koloni yang tumbuh pada medium seleksi ampisilin. Hasil verifikasi dengan digesti dan PCR menunjukkan koloni 1b3 sebagai koloni positif rekombinan. Hasil sequencing terhadap 356 basa pertama gen NS1 menggunakan primer spesifik d3-2716c, menunjukkan bahwa plasmid rekombinan 1b3 mengandung gen NS1. Analisis BLASTN terhadap database DNA pada GenBank menunjukkan homologi 96% dengan sekuen DEN-3 strain KJ71 (accession number AY858044.2). Kloning gen NS1 dengue pada vektor pGEX-6P1 dalam E. coli BL21 Star?(DE3) berhasil dilakukan."

"Penyakit Jembrana adalah penyakit viral akut yang hanya menyerang sapi Bali (Bos sondaicus). Jembrana Transmembrane (JTM) merupakan salah satu protein viral yang dapat digunakan sebagai bahan pembuatan vaksin Jembrana. Penelitian bertujuan untuk mendapatkan nilai optimum kepadatan sel Escherichia coli BL21 terhadap ekspresi protein rekombinan JTM pGEX. Re-transformasi dilakukan untuk mendapatkan transforman baru yang memiliki plasmid yang masih aktif. Hasil re-transformasi diperoleh dua koloni transforman. Ekspresi protein rekombinan JTM-pGEX dilakukan dengan menggunakan induksi IPTG 100 mM pada nilai OD600 0,4; 0,6; dan 0,8. Hasil penelitian menunjukkan ekspresi protein rekombinan JTM-pGEX paling tinggi didapatkan pada nilai OD600 = 0,6 (hasil refolding) dan OD600 = 0,4 (hasil solubilisasi).

---

Jembrana disease is an acute viral disease in Bali cattle (Bos sondaicus). Jembrana Transmembrane (JTM) is one of viral protein which can be utilized as a material for Jembrana vaccine. The aim of the research was to determine the best value of Escherichia coli BL21 optical density in order to get optimal expression of recombinant protein JTM-pGEX. Re-transformasion was conducted to get new transformant which have an active DNA plasmid. The result showed two transformant colonies of Escherichia coli BL21. Expression of recombinant protein JTM-pGEX was carried out using induction IPTG 100 mM in OD600 0.4; 0.6; and 0.8. The result revealed that the best value of OD600=0.6 produced the highest expression of recombinant protein JTM-pGEX after refolding while OD600 0.4 produced the highest expression of recombinant protein JTM-pGEX after solubilization."