Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Teori penduplikasian genom menyeluruh memotivasi munculnya masalah pem-belahan genom. Masalah pembelahan genom adalah masalah mencari genom awal (nenek moyang) jika diketahui genom terduplikasi yang mengalami penyusunan kembali dengan mengasumsikan jarak reversal minimum. Jarak reversal antara dua genom didefinisikan sebagai banyaknya reversal yang dibutuhkan untuk mengubah satu genom menjadi genom lainnya. Salah satu cara mencari jarak reversal antar dua genom adalah dengan memodelkan genom dalam graf dengan tiga jenis busur (hitam, abu-abu dan putus-putus) yang disebut graf simpul-terpisah. Pada graf simpul-terpisah terdapat lingkaran hitam-abu-abu. Besarnya jarak reversal antara dua genom bergantung pada banyaknya lingkaran hitam-abu-abu pada graf simpul-terpisah yang memodelkan kedua genom tersebut, sehingga masalah pembelahan genom direduksi menjadi weak genome halving problem. Weak genome halving problem adalah masalah mencari banyaknya lingkaran hitam-abu-abu pada graf simpul-terpisah yang memodelkan genom. Perhitungan banyaknya lingkaran hitam-abu-abu dapat dilakukan dengan menggunakan dekomposisi lingkaran dari graf simpul-terpisah. Pada skripsi ini akan dibahas bagaimana mendapatkan banyak maksimal lingkaran hitam-abu-abu dari graf simpul-terpisah."

"Duplikasi genom secara menyeluruh memacu timbulnya masalah pembelahangenom. Masalah pembelahan genom adalah mencari kemungkinan genom nenekmoyang jika diberikan genom yang diasumsikan mengalami duplikasi dantranslokasi. Masalah pembelahan genom dibagi menjadi dua berdasarkan urutankromosom, yaitu masalah pembelahan genom dengan kromosom terurut danmasalah pembelahan genom dengan kromosom tak terurut. Dalam masalahpembelahan genom dengan kromosom tak terurut, genom yang diberikandirepresentasikan dengan graf. Tujuan akhir dari masalah pembelahan genomdengan kromosom tak terurut adalah mengubah graf representasi genom yangdiberikan menjadi graf matching bipartit yang sempurna melalui barisantranslokasi kromosom yang direpresentasikan pada perubahan grafnya. Skripsi inimembahas sifat dari translokasi dan batasan nilai dalam mencari jumlah minimumtranslokasi pada masalah pembelahan genom dengan kromosom tak terurut."

"Kandidiasis invasif yang disebabkan oleh Candida krusei merupakan salah satu penyebab kematian dengan angka kematian yang tinggi. Terjadinya resistansi terhadap flukonazol dilaporkan terkait dengan gen penanda resistansi intrinsik. Data epidemiologi molekular dengan Whole Genome Sequencing (WGS) yang mengidentifikasi gen dan varian yang terkait virulensi dan resistansi obat Candida krusei belum pernah dilaporkan di Jakarta, maupun di Indonesia. Berdasarkan permasalahan di atas, dilakukan penelitian lebih lanjut untuk menentukan profil gen resistansi dengan metode Whole Genome Sequencing. Hasil pemetaan MLST diperoleh ada 6 housekeeping gen yaitu ADE2, HIS3, LEU2, LYS2D, NMT1 dan TRP1. Berdasarkan hasil variant calling ditemukan beberapa gen yang berperan dalam resistansi yaitu ERG11 dan FKS1. Mutasi yang ditemukan meliputi missense, synonymous, stop gain dan indel. Sebagian besar adalah varian mutasi missense dan synonymous. Pola kepekaan Candida krusei dengan metode difusi cakram sebagian besar terdiri dari isolat yang resisten dan sensitif terhadap beberapa antijamur seperti flukonazol, itrakonazol, ketonazol, amfoterisin B, nistatin, vorikonazol dan mikonazol.

---

Invasive candidiasis caused by Candida krusei is one of the causes of death with a high mortality rate. The occurrence of resistance to fluconazole is reported to be related to intrinsic resistance marker genes. Molecular epidemiological data related to Whole Genome Sequencing (WGS) that identify genes and variants associated with Candida krusei virulence and drug resistance have never been reported in Jakarta, nor in Indonesia. Based on the problems above, further research was carried out to determine the resistance gene profile using the Whole Genome Sequencing method. The results of the MLST mapping showed that there were 6 housekeeping genes namely ADE2, HIS3, LEU2, LYS2D, NMT1, and TRP1. Based on the results of variant calling, several genes that play a role in resistance were found, namely ERG11 and FKS1. The mutations found include missense, synonymous, stop gain, and indel. Most are missense and synonymous mutation variants. The sensitivity pattern of Candida krusei by disc diffusion method mostly consisted of isolates that were resistant and sensitive to several antifungals such as fluconazole, itraconazole, ketoconazole, amphotericin B, nystatin, voriconazole, and miconazole."

"Pigmentasi merupakan proses fisiologis yang ditandai dengan perubahan warna kulit yang terjadi secara kompleks dan dapat dipengaruhi oleh profil genetik. Hingga saat ini, belum terdapat penelitian serta publikasi yang membahas bagaimana profil genetik dapat mempengaruhi karakteristik pigmentasi di Indonesia. Analisis Genome-Wide Association Study (GWAS) pada penelitian ini dilakukan terhadap 94 subjek wanita pada populasi di Jakarta. Penelitian meliputi pengambilan dan pengolahan data, uji asosiasi, dan analisis pengayaan menggunakan berbagai basis data. Uji asosiasi menunjukkan terdapat dua SNP yang memiliki asosiasi terhadap indeks melanin dengan nilai P <1x10-5 yaitu rs10031234 (nilai P: 3,229x10-6) dan rs11548325 (nilai P: 7,808x10-6). Analisis pengayaan menunjukkan SNP rs10031234 terletak pada region gen SORCS2, sementara SNP rs11548325 terletak pada region gen PSAPL1. Gen SORCS2 terekspresi pada jaringan kulit khususnya pada sel yang berkaitan dengan akar rambut dan fibroblast. Variasi rs11548325 terjadi pada domain SapA diketahui berkaitan dengan metabolisme sphingolipid. Analisis pengayaan fungsi menunjukkan kaitan gen-gen yang terasosiasi dengan proses keratinisasi. Namun demikian, perlu dilakukan penelitian lebih lanjut menggunakan sampel yang lebih besar agar dapat diperoleh nilai signifikansi yang lebih bermakna serta analisis korelasi antar kedua SNP rs10031234 dan rs11548325 dengan fungsi molekuler.

---

Skin pigmentation is a physiological process characterized by changes in the color of the skin and can be influenced by genetic profiles. To date, there have been no studies and publications that discuss how genetic profiles can affect skin pigmentation in Indonesia. Genome-Wide Association Study (GWAS) was conducted on 94 female subjects who live in Jakarta. The research procedure includes data collection and processing, association testing, and enrichment analysis using various databases. The association test showed that there were two SNPs associated with the melanin index with a P value <1x10-5, which are rs10031234 (P value: 3.229x10-6) and rs11548325 (P value: 7.808x10-6). Enrichment analysis showed that SNP rs10031234 was located in the SORCS2 gene region, while SNP rs11548325 was located in the PSAPL1 and SORCS2 gene regions. SORCS2 gene is expressed in skin tissue, especially in cells associated with hair roots and fibroblasts. The rs11548325 variation located in the SapA domain which is known to be related to glycosphingolipid metabolism. Functional enrichment analysis showed the association of genes associated with the keratinization process. However, it is necessary to carry out further research using a larger sample to obtain a higher significance value, and also conducting correlation analysis between SNP rs10031234 and rs11548325 with molecular."

"Latar Belakang: Kanker nasofaring (KNF) merupakan keganasan yang memiliki distribusi geografis dan etnis yang khas, serta sering dikaitkan dengan mutasi genetik dan faktor lingkungan. Pada penelitian ini dilakukan whole genome dan sekuensing metilasi KNF menggunakan teknologi sekuensing Nanopore untuk mengeksplorasi perubahan genetik dan epigenetik yang signifikan secara klinis yang berkontribusi pada karsinogenesis KNF.Metode: Tujuh sampel biopsi KNF dianalisis menggunakan teknologi Nanopore, mencakup ekstraksi DNA, library preparation, dan analisis bioinformatika seperti basecalling, alignment, dan variant calling. Penelitian ini mengevaluasi small nucleotide variants (SNVs), copy number variations (CNVs), structural variants (SVs), short tandem repeat (STR), serta pola metilasi. Data kelangsungan hidup, respons pengobatan, dan karakteristik klinis juga dianalisis.Hasil: Studi ini mengidentifikasi berbagai varian genetik yang diprediksi memberikan dampak fungsional tinggi pada semua sampel. Onkogen potensial juga teridentifikasi di studi ini. Varian struktural ditemukan lebih sering pada sampel S1, dengan banyak kelainan pada gen DNA repair tetapi tidak ditemukan di sample lain, kelainan ini menunjukkan korelasi prognosis klinis yang buruk. Tumour suppressor gene, termasuk PRKCB, ITGB3, EPHA2, dan CDKN2A, juga mengalami hiper metilasi, dan menunjukkan potensi keterlibatan dalam perkembangan KNF.Kesimpulan: Studi ini menemukan mutasi pada gen DNA repair berkaitan dengan prognosis yang buruk pada KNF. Berbagai mutasi pada tumour suppressor gene dan onkogen ditemukan yang berpotensi berkaitan dengan karsinogenesis KNF.

---

Background: Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a malignancy with distinct geographical and ethnic distribution, often linked to genetic mutations and environmental factors. The current study focuses on the whole genome and methylation sequencing of NPC using Nanopore sequencing technology to explore clinically significant genetic and epigenetic alterations contributing to NPC carcinogenesis.

Method: Seven NPC biopsy samples were sequenced using Nanopore technology, covering DNA extraction, library preparation, and bioinformatics analysis, including basecalling, alignment, and variant calling. Small nucleotide variants (SNVs), copy number variations (CNVs), structural variants (SVs), short tandem repeats (STRs), and methylation patterns were assessed using bioinformatic tools. Additionally, survival data, treatment response, and clinical characteristics were analyzed.

Results: The study identified various high-impact genetic variants across all samples. Potential oncogenes were also identified. Structural variants were notably more frequent in sample S1, with aberrant multiple DNA repair genes, not found in other samples, which correlated with poor clinical prognosis. Tumour suppressor genes including PRKCB, ITGB3, EPHA2, and CDKN2A were also frequently hypermethylated in our NPC.

Conclusion: This study found aberrant DNA repair genes to be associated with poor prognosis in NPC. Furthermore, various mutation in tumour suppressor genes and oncogenes were identified which were potential driver carcinogenesis in NPC."

"Latar Belakang : Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) adalah masalah kesehatan masyarakat yang utama di dunia, termasuk di Indonesia. Analisis menggunakan whole-genome sequencing (WGS) masih jarang digunakan untuk investigasi penyakit TB dan MDR-TB di Indonesia.Tujuan: Mengevaluasi potensi penggunaan WGS untuk melakukan drug susceptibility testing (DST) dan mengetahui strain Mycobacterium tuberculosis resisten obat antituberkulosis di Jawa, Indonesia.Metode: Tiga puluh isolat MDR-TB dilakukan DST menggunakan Mycobacteria Growth Indicator Tube 960 (MGIT) dan WGS. Analisis filogenetika dilakukan menggunakan data dari WGS. Hasil DST yang didapatkan dengan menggunakan MGIT dan WGS dibandingkan.Hasil:. Kesesuaian antara WGS dan MGIT adalah 93,33% untuk rifampicin, 83,33% untuk isoniazid, dan 76,67% untuk streptomycin tetapi hanya 63,33% untuk ethambutol. Kesesuaian yang moderat ditemukan pada obat antituberkulosis lini kedua termasuk amikacin, kanamycin, dan fluoroquinolone (73,33%-76,67%). MDR-TB lebih sering ditemukan pada isolat yang berasal East Asian Lineage (63,33%).Kesimpulan: Penelitian ini menunjukkan penerapan dari WGS untuk DST dan epidemiologi molekular dari TB resisten obat di Jawa, Indonesia.

---

Background: Multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB) is a major public health problem globally, including in Indonesia. Whole-genome sequencing (WGS) analysis has rarely been used for the study of TB and MDR-TB in Indonesia.

Aim: We evaluated the use of WGS for drug susceptibility testing (DST) and to investigate population structure of drug-resistant Mycobacterium tuberculosis in Java, Indonesia.

Method: Thirty suspected MDR-TB isolates were subjected to MGIT-960 system (MGIT)-based DST and WGS. Phylogenetic analysis was done using the WGS data. Results obtained using MGIT-based DST and WGS-based DST were compared.

Result: Agreement between WGS and MGIT was 93.33% for rifampicin, 83.33% for isoniazid and 76.67% for streptomycin but only 63.33% for ethambutol. Moderate WGS-MGIT agreement was found for second-line drugs including amikacin, kanamycin, and fluoroquinolone (73.33-76.67%). MDR-TB was more common in isolates of the East Asian Lineage (63.33%).

Conclusion: This study demonstrated the applicability of WGS for DST and molecular epidemiology of DR-TB in Java, Indonesia."

"Penuaan kulit dapat terjadi pada setiap individu dan menjadi suatu proses fisiologis yang tidak bisa dihindari seiring bertambahnya usia. Efek yang paling tampak sebagai penanda penuaan kulit wajah adalah kerutan yang ditandai dengan munculnya garis halus atau lekukan lebih dalam pada permukaan kulit wajah. Polimorfisme genetik dapat dijadikan sebagai penanda daerah genomik yang menjadi pembawa sifat penting pada individu. Adapun informasi mengenai hubungan antara varian gen dan fenotipe kulit terutama kerutan wajah masih sangat terbatas. Genome-wide association study (GWAS) digunakan pada penelitian ini untuk mengidentifikasi marka genetik pembentukan kerutan wajah pada populasi perempuan dewasa yang tinggal di Jakarta. Penelitian ini dilakukan secara observasional analitik. Hasil GWAS menunjukkan terdapat lima SNPs yang memiliki suggestive association level, dengan dua SNP hits teratas berada pada daerah gen ALCAM yaitu rs1044240 (P=9,461x10-7) berlokasi pada daerah pengkode (varian missense) dan rs2049217 (P=4,047x10-7) pada daerah intron. Berdasarkan analisis pengayaan fungsi gen diketahui bahwa ekspresi gen ALCAM pada jaringan kulit berkorelasi dengan fibroblas. Fibroblast senescence itu sendiri diketahui bermanifestasi pada penuaan kulit sebagai kerutan. Perlu dilakukan replikasi dan sampel yang lebih besar untuk memvalidasi hasil asosiasi genotipe-fenotipe kerutan serta pengayaan SNP dan gen.

---

Skin aging can occur in every individual and becomes a physiological process that cannot be avoided as people get older. The most visible effect as a marker of facial skin aging is wrinkles which are characterized by the appearance of fine lines or deeper indentations on the surface of the facial skin. Genetic polymorphisms can be used as markers of genomic regions that carry important traits in individuals. Information regarding the relationship between gene variants and skin phenotypes, especially facial wrinkles, is still very limited. Genome-wide association study (GWAS) was used in this research to identify genetic markers with the formation of facial wrinkles in adult female population living in Jakarta. This research was conducted in an analytical observational. The GWAS results showed that five SNPs had a suggestive association level, with the top two hits SNPs in the region of ALCAM gene, namely rs1044240 (P=9.461x10-7) located in the coding region (missense variant) and rs2049217 (P=4.047x10-7) in the intron region. Based on gene functional enrichment analysis, it is known that ALCAM gene expression in skin tissue is correlated with fibroblasts. Fibroblast senescence itself is known to manifest in skin aging as wrinkles. Replication and larger samples are needed to validate the results of the genotype-wrinkle phenotype association and also SNPs and gene enrichment."