Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Resistensi oseltamivir sebagai inhibitor neuraminidase virus influenza A subtype H1N1 telah dilaporkan oleh Cheng, et al pada tahun 2009. Sebagai salah satu upaya mengatasi pemasalahan ini, beberapa penelitian yang menggunakan metode simulasi molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan peptide siklis yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial neuraminidase H1N1 sehingga dapat menghambat replikasi virus tersebut.Pada penelitian ini dipelajari dan dievaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi dengan menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada temperatur yang berbeda. Simulasi dilakukan terhadap tiga inhibitor peptida siklis disulfida yaitu DNY, LRL, NNY dan oseltamivir, zanamivir sebagai ligan standar. Hasil penelitian menunjukkan pergerakan dinamis yang dimiliki oleh kelima kompleks enzim-ligan dalam keadaan terhidrasi mempengaruhi interaksi ligan terhadap residu asam amino enzim.Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan DNY memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Arg 293, ligan LRL dengan Arg 118, Arg 293, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 425 dan Arg 293. Pada temperatur 312 K, ligan DNY tidak memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim. Ligan LRL memiliki interaksi dengan sisi katalitik enzim Asp 151, Glu 425, Tyr 402, ligan NNY dengan Asp 151, Glu 278 dan Arg 293. Konformasi yang terlihat berbeda pada enzim memperlihatkan perilaku dinamis enzim dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor. Konformasi yang berubah akibat perilaku dinamis kompleks enzim-ligan juga dapat terlihat dalam plot kurva RMSD.

---

Resistence of oseltamivir as an inhibitor of neuraminidase influenza A virus subtype H1N1 has been reported by Cheng, et al in 2009. To solve this problem, several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover disulfide cyclic peptide ligand which become potential inhibitors for neuraminidase H1N1 to inhibit the replication of this virus.

This research was studied and evaluated the interaction of ligands toward enzyme in the hydrated state using molecular dynamics simulation at two different temperatures. Simulations performed on three disulfide cyclic peptide inhibitors namely DNY, LRL, NNT along with oseltamivir, zanamivir as a standard ligand. The result provided that dynamic movement of five proposed ligand in the hydrate state affecting ligand interaction of the enzyme amino acid residues.

In the end of simulation, two of three disulfide cyclic peptide inhibitors have good interaction with catalytic site of the enzyme. At the end of simulation temperature of 300 K, DNY formed hydrogen bond with catalytic site Asp 151, Arg 293, LRL with Arg 118, Arg 293, NNY with Asp 151, Glu 425 and Arg 293. Then at the end of simulation temperature of 312 K, DNY could not form hydrogen bond with catalytic site of enzyme. LRL formed hydrogen bond with Asp 151, Glu 425, Tyr 402, NNY with Asp 151, Glu 278, and Arg 293. Different conformations of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor. The changing of enzymes conformation as the result of dynamic behaviour of the enzyme in the presence of solvent and inhibitor also could be seen in RMSD curve."

"Virus influenza A subtipe H1N1 menjadi perhatian kesehatan global karena memiliki patogenisitas yang tinggi disebabkan gen penyusunnya berupa RNA yang mudah mengalami mutasi. Pengobatan dengan antiviral (oseltamivir dan zanamivir) adalah salah satu upaya untuk mencegah pandemik influenza, namun terjadi resistansi terhadap obat antiviral tersebut. Resistansi ini sudah diatasi dengan penemuan laninamivir. Laninamivir terbukti mampu menginhibisi aktivitas neuraminidase virus influenza A dan B, termasuk subtipe N1 sampai N9 dan virus yang resistan terhadap oseltamivir. Penelitian ini akan dilakukan drug design berbasis laninamivir, hal ini disebabkan laninamivir dapat menghambat kerja neuraminidase secara efektif, sehingga hasil modifikasi dari laninamivir dapat menghambat kerja neuraminidase lebih efektif daripada laninamivir itu sendiri. Proses molecular docking dilakukan untuk mendapatkan 3 ligan terbaik dari 336 ligan modifikasi. Hasil molecular docking menunjukkan bahwa AM3G1, CA3G1 dan F1G2 memiliki energi bebas ikatan dan interaksi yang lebih baik daripada standar. Selanjutnya dari hasil analisis toxicological properties secara keseluruhan ligan AM3G1, CA3G1, dan F1G2 tidak bersifat carcinogen dan mutagen.

---

Influenza A virus subtype H1N1 becomes a global concern because it has high pathogenicity, due to the constituent genes of the virus is RNA. Treatment with antiviral (oseltamivir and zanamivir) is the way to prevent pandemic influenza, but influenza virus resistance to antiviral drugs. This resistance has been overcome by laninamivir. Laninamivir proved able to inhibit neuraminidase activity of influenza A and B viruses, including subtypes N1 to N9 and viruses resistant to oseltamivir. This research was conducted to modify laninamivir-based

drug design, so that results of modified laninamivir can inhibit neuraminidase more effective than laninamivir itself. Molecular docking was conducted to get 3 best ligand modifications from 336 modifications. Results of molecular docking indicated that AM3G1, CA3G1 and F1G2 have interaction and free binding energy better than standards. Furthermore, the analysis of toxicological properties of the ligand AM3G1, CA3G1, and F1G2 shown that the ligands have noncarcinogen and non-mutagen."

"Virus influenza A/(H1N1) dapat menyebabkan infeksi akut pada sistem pernapasan manusia. Peran penting neuraminidase dalam replikasi virus dan tingginya conserved pada sisi aktif, membuat neuraminidase menjadi target utama dalam perancangan obat antiviral virus influenza. Namun perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral mulai mengalami resistensi terhadap virus tersebut. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena peptide memiliki aktifitas dan selektifitas yang baik. Pembentukan siklisasi disulfida pada perancangan ligan peptida bertujuan untuk meningkatkan kestabilan dari peptida tersebut. Dari perancangan ligan didapatkan 5096 heksapeptida siklis sebagai kandidat obat. Simulasi molecular docking dilakukan untuk menapis ligan yang memiliki nilai ΔG dan interaksi antara ligan dan enzim dan molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi intra dan intermolekuler, mencakup perubahan bentuk ikatan antara atom akibat adanya tekukan, uluran atau rotasi. Kedua simulasi dilakukan dengan menggunakan software MOE2008.10. Berdasarkan pada hasil simulasi molecular docking dan drug scan menunjukan terdapat dua ligan yang memiliki interaksi terhadap residu target dan sifat yang baik. Ligan tersebut adalah CRMYPC dan CRNFPC. Kedua ligan ini memiliki nilai ΔGbinding -31,7402 kkal/mol dan -31,0144 kkal/mol. Dan kedua ligan ini tidak bersifat mutagenik dan karsinogenik, dan bioavabilitas oral yang baik. Ligan CRMYPC memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi aktif neuraminidase pada simulasi molecular dynamics. Hasil diatas menunjukan bahwa ligan CRMYPC dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtibe H1N1.

---

Influenza A virus/ (H1N1) can cause severe infection in human respiratory system. Neuraminidase has important role in viral replication, which makes neuraminidase be a major target in drug design. However, the influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. Peptides are preferable for designing inhibitor because of its high activity and specificity.

Cyclization of peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. We have designed 5096 hexapeptide cyclic as drug candidates. We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation.

Based on the results of molecular docking simulations and drug scan showed there are two ligands that have good residual interaction of the target and properties. They are CRMYPC and CRNFPC, that have ΔGbinding -31,7402 kcal/mol and -31,0144 kcal/mol. Both of these ligands are not mutagenic and carcinogenic, and good oral bioavailability. The molecular dynamics simulation was performed ligand CRMYPC have hydrogen bonding interactions with residues active side of neuraminidase. Based on docking and dynamics simulation result, ligand CRMYPC could be proposed as a potential inhibitor of neuraminidase."

"Resistansi terhadap oseltamivir yang baru-baru ini dialami oleh virus pandemik 2009 menjadi masalah utama sejak munculnya resisten pada virus tersebut. Mutasi H274Y pada framework neuraminidase menyebabkan oseltamivir resisten terhadap strain H1N1. Penelitian ini bertujuan memodifikasi oseltamivir sebagai penghambat neuraminidase dalam melawan virus influenza A subtipe H1N1. 1232 ligan oseltamivir modifikasi dirancang berdasarkan sifatsifat residu asam amino pada sisi katalitik neuraminidase. Molekul-molekul ligan dan oseltamivir dan zanamivir sebagai ligan standar didocking berdasarkan pada energi terendah sebagai energi pengikatan dan interaksi ikatan pada sisi katalitik. Interaksi tiga ligan terbaik dievaluasi pada keadaan terhidrasi menggunakan simulasi dinamika molekul pada dua temperatur. Hasil docking menunjukkan ligan AD3BF2D (N-[(1S,6R)-5-amino-5- {[(2R,3S,4S)-3,4-dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4- formylcyclohex-3-en-1-yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) memiliki energi pengikatan dan interaksi yang lebih baik dibandingkan ligan standar. Energi pengikatan yaitu -7,8885 kkal/mol dan memiliki 10 ikatan hidrogen sebagai interaksi terhadap sisi katalitik neuraminidase. Ligan AD3BF2D memiliki interaksi yaitu ikatan hidrogen dengan residu sisi katalitik sebagai afinitas ligan AD3BF2D terhadap neuraminidase pada simulasi dinamika molekul. Pada akhir simulasi temperatur 300 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278. Pada akhir simulasi temperatur 312 K terbentuk ikatan hidrogen dengan Glu278, Arg293, dan Arg293. Perbedaan konformasi enzim selama simulasi menunjukkan pengaruh adanya pelarut dan inhibitor. Hasil diatas menunjukkan bahwa ligan AD3BF2D dapat digunakan sebagai kandidat penghambat neuraminidase untuk melawan virus influenza A subtipe H1N1.

---

The emergence of oseltamivir resistance 2009 pandemic virus remains a major concern, since widespread oseltamivir resistance has been observed in seasonal H1N1 viruses recently. The H274Y neuraminidase mutation on the framework residue confers oseltamivir resistance on the currently circulating H1N1 strain. This research is focused on modification of oseltamivir functional groups as neuraminidase inhibitor to against influenza A virus subtype H1N1. 1232 oseltamivir modified ligands were designed base on properties of amino acid residues in catalytic site of neuraminidase. All molecules and oseltamivir as standard ligands were docked based on the lowest energy as the binding energy and the interaction binding to the catalytic site were analyzed. Three of the best ligands interaction were evaluated in the hydrate state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. The docking result showed that AD3BF2D ligand (N-[(1S,6R)-5-amino-5-{[(2R,3S,4S)-3,4- dihydroxy-4-(hydroxymethyl) tetrahydrofuran-2-yl]oxy}-4-formylcyclohex-3-en-1- yl]acetamide-3-(1-ethylpropoxy)-1-cyclohexene-1-carboxylate) has better values than oseltamivir as standard. Binding energy is -7.8885 kcal/mol and able to form 10 hydrogen bonds to the catalytic site of neuraminidase. AD3BF2D has interaction to form hydrogen bond with residue in catalytic site as the affinity of AD3BF2D ligand to the neuraminidase in molecular dynamics simulation. At the end simulation temperature of 300 K hydrogen bond was formed with Glu278 and at the end simulation temperature of 312 K three hydrogen bonds were formed with Glu278, Arg293 and Arg293. Different conformation of enzymes which occur during simulation showed the dynamic behaviour of the presence of solvent and inhibitor. The results show that AD3BF2D ligand can be used as the candidate of neuraminidase inhibitor to against influenza A inhibitor virus subtype H1N1."

"Baru-baru ini penyebaran virus influenza A subtipe H1N1 telah menjadi wabah pandemik dari virus influenza strain baru yang diidentifikasi pada bulan April 2009, yang sering kita sebut penyakit flu babi (swine flu). Protein M2 channel virus influenza A subtipe H1N1 merupakan target dari obat anti influenza amantadine dan rimantadine. Akan tetapi, kedua obat tersebut kehilangan 90% bioaktivitasnya karena mutasi virus yang terjadi selama dua puluh tahun belakangan ini. Terjadinya resistansi virus influenza A terhadap amantadine perlu dilakukan pengembangan obat antivirus adamantane-based drugs yang lebih efektif. Beberapa penelitian menggunakan metode molecular docking telah dilakukan untuk merancang dan menemukan ligan yang dapat berperan sebagai inhibitor potensial untuk protein M2 channel sehingga dapat menghambat replikasi virus influenza A. Pada penelitian ini dipelajari dan dievaluasi interaksi ligan terhadap enzim dalam keadaan terhidrasi menggunakan metode simulasi dinamika molekul pada dua temperatur berbeda. Analisis interaksi ligan menunjukkan bahwa ligan AM-L6-R6 merupakan ligan yang memiliki afinitas paling baik terhadap protein dibandingkan ligan T-R6-L6, T-L6-R12 dan standar. Ditunjukkan dengan interaksi ligan terhadap sisi aktif enzim yang tetap terbentuk selama simulasi dilakukan. Pada akhir simulasi temperatur 300 K, ligan AM-L6-R6 memiliki kontak residu dengan Arg45 dan berikatan hidrogen dengan Asp44. Kemudian pada akhir simulasi temperatur 312 K, ligan AM-L6-R6 dapat berikatan hidrogen dengan Asp44. Perubahan konformasi yang terjadi pada enzim memperlihatkan dinamisasi protein dalam pelarut dan adanya pengaruh kehadiran inhibitor.

---

Recently, the outbreak of H1N1 influenza A virus is a pandemic of a new strain of influenza virus identified in April 2009, commonly referred to as 'swineflu'. M2 proton channel of H1N1 Influenza A virus is the target protein anti-flu drugs amantadine and rimantadine. However, the two once powerful adamantane-based drugs lost their 90% bioactivity because of mutations of virus in recent twenty years. The resistance of influenza A virus to amantadine need to develop more effective adamantane-based drugs. Several researchs by molecular docking method have been conducted to design and discover ligand which become potential inhibitors for the M2 channel protein of influenza virus in order to inhibit the replication of influenza virus.

In this research was studied and evaluated the interaction of ligands towards the protein in the hydrated state using molecular dynamics simulations at two different temperatures. Analysis of ligand interaction yields that AM-L6-R6 ligand has best affinity towards the protein than the T-R6-L6, T-L6-R12 and the standard ligand. It is shown by the ligand interaction on the enzyme active site which remains to be formed during the simulation performed. At the end of simulation temperature of 300 K, AM-L6-R6 ligand has a residue contact with the Arg45 and formed hydrogen bond with Asp44. Then at the end of simulation temperature of 312 K, AM-L6-R6 ligands also could form a hydrogen bond with Asp44. Conformational changes of protein which occur during simulation showed the dynamicization of an protein in the presence of solvent and inhibitor."

"Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 memiliki ancaman kesehatan yang signifikan bagi unggas dan manusia. Infeksi H5N1 di Indonesia merupakan yang tertinggi di dunia, dengan tingkat mortalitas mencapai 83% pada periode 2005-2013. Namun, mutasi yang terjadi pada virus H5N1 menyebabkan virus H5N1 menjadi resisten terhadap agen antiviral komersial, seperti oseltamivir dan zanamivir. Oleh karena itu, diperlukan agen antiviral yang lebih potensial. Pada penelitian ini, dilakukan penapisan virtual senyawa bahan alam flavonoid dari Indonesia sebagai inhibitor neuraminidase virus H5N1. Penapisan dilakukan terhadap 491 senyawa flavonoid yang diperoleh dari HerbalDB. Molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan MOE 2008.10. Prediksi karakter ADMET (Absorpsi, Distribusi, Metabolisme, Ekskresi, Toksisitas), bioaktivitas, bioavailabilitas, farmakologi, serta potensi karsonogenisitas-mutagenisitas juga dilakukan untuk memperoleh kandidat obat terbaik. Penelitian ini menghasilkan kaempferol 3-rhamnosil-(1-3)-rhamnosil-(1-6)-glukosida sebagai kandidat obat terbaik. Studi molecular dynamics menunjukkan bahwa senyawa ini stabil pada 312 K.

---

Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) H5N1 poses a significant threath for animal and human health worldwide. The number of H5N1 infection in Indonesia is the highest during 2005-2013, with mortality rate up to 83%. Mutation occured in H5N1 strain made it resistant to commercial antiviral agents such as oseltamivir and zanamivir, so more potent antiviral agent is needed. In this study, virtual screening of Indonesian flavonoid as neuraminidase inhibitor of H5N1 was conducted. Total 491 flavonoid compound obtained from HerbalDB were screened. Molecular docking and dynamics were performed using MOE 2008.10. Prediction of ADMET (Absorption, Distribution, Metabolism, Excretion, and Toxicity), bioavailability, bioactivity, and pharmacology character, as well as potency for carcinogenicity and mutagenicity were conducted to obtain the best ligand. This research resulted kaempferol 3-rhamnosyl-(1-3)-rhamnosyl-(1-6)-glucoside as the best drug lead. Molecular dynamics study revealed that this compound was stable at 312 K."

"Avian Influenza diakibatkan oleh virus influenza A subtipe H5N1 yang dapat mengalami mutasi sehingga antigennya, neuraminidase dan haemaglutinin, dapat beradaptasi dan menjadi lebih patogen dari sebelumnya serta resisten terhadap obatobatan yang ada. Oleh karena itu dibutuhkan suatu obat baru yang dapat digunakan secara umum, yaitu jenis inhibitor neuraminidase. Pada penelitian ini 300 senyawa stibenoid diujicobakan terhadap neuraminidase H5N1 strain Indonesia secara in silico. 61 ligan senyawa stilbenoid memiliki energi ikatan lebih rendah dibandingkan standar oseltamivir karboksilat dan zanamivir. 30 ligan terbaik diuji sifat fisika dan kimianya, sebagian ligan tidak memenuhi Lipinski’s rule of five. Terdapat 2 (dua) senyawa beresiko genotoksik dan karsinogenik berdasarkan hasil uji toksikologi. Terdapat 11 ligan yang memiliki drug score cukup baik. Berdasarkan uji farmakologi dan efek kesehatan, diperoleh 2 (dua) ligan yang berpotensi baik. Ligan terbaik dipilih berdasarkan efek negatif terhadap kesehatan yang lebih sedikit adalah gnetumontanin A dari spesies Gnetum montanum. Kestabilan kompleks dengan ligan terbaik diuji kestabilannya dengan keberadaan pelarut menggunakan simulasi dinamika molekul. Berdasarkan hasil RMSD dinamika molekul pada suhu 310 dan 312 K kompleks enzim-ligan memiliki kestabilan yang baik. Penelitian ini diharapkan dapat menghasilkan kandidat inhibitor neuraminidase yang lebih potensial.

---

Avian Influenza is a respiratory disease caused by influenza A virus subtype H5N1 which can undergo mutation in its antigens, neuraminidase and haemaglutinin, and build a much more pathogenic virus. The mutation leads to resistance towards standard drugs. Therefore, a new drug that can be used in general which is the types of neuraminidase inhibitors is an urgent need. In this research, 300 stilbenoid compounds were tested to neuraminidase H5N1 Indonesia strain by using in silico method. According to the result of molecular docking, 61 ligands have binding energy lower than standard oseltamivir acid and zanamivir. 30 ligands were tested toward its physical chemistry properties, half of those ligands could not fulfil Lipinski's rule of five. Virtual toxicity test were done and only 2 ligand is potent to be genotoxic carcinogenic. Only 11 ligands have good drug scores, and only 2 of them are potential to be developed as new oral-drugs based on pharmacology and health effect test. The best ligand selected by lower negative health effect is gnetumontanin A which can be isolated from plant species Gnetum montanum. Stability of enzyme-best ligan complex with the addition of solvent were tested in molecular dynamic simulation. RMSD curve of dynamic simulation shows that the complex is stable while conducted in 310 and 312 K."

"Perkembangan mutasi virus yang sangat cepat menyebabkan beberapa obat antiviral sudah mulai mengalami proses resistensi terhadap virus tersebut. Oleh karena itu diperlukan untuk mencari pengobatan baru di dalam mengatasi infeksi virus tersebut. RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), yang terdiri atas polymerase A, B1, dan B2, mempunyai peranan terhadap proses replikasi dan transkripsi pada virus. Interaksi yang terjadi antara polymerase A dan B1 merupakan daerah target obat potensial baru yang sedang mulai dikembangkan. Pemilihan peptida sebagai kandidat obat karena disebabkan oleh aktifitas dan selektifitas peptida yang cukup baik. Penentuan sequence asam amino peptida berdasarkan pada sifat permukaan dari interaksi antara polymerase A dan B1. Residu asam amino pada ligan peptida dirancang berdasarkan pada hasil analisis secara in vivo terhadap residu asam amino polymerase PB1 yang memiliki peranan terhadap interaksi ikatan pada PA. Residu asam amino tersebut merupakan penyusun dari 48 asam amino polymerase B1 pada posisi N-terminal. Sebanyak 12 asam amino awal pada polymerase B1 memberikan kontribusi terhadap interaksi pengikatan terhadap polymerase A. Residu asam amino tersebut digunakan sebagai penyusun ligan peptida. Pembentukkan siklisasi disulfida pada peptida bertujuan untuk meningkatakan kestabilan dari peptida tersebut. Hasil perancangan ligan peptida siklis didapatkan sebanyak 1728 ligan kandidat obat. Simulasi molecular docking dan dynamics dilakukan dengan menggunakan software MOE 2008.10. Analisis simulasi docking dilakukan terhadap energi bebas ikatan, ikatan hidrogen, kontak residu, dan analisis drug scan berdasarkan aturan Lipinski. Simulasi molecular dynamics dilakukan untuk melihat interaksi kompleks enzim di dalam keadaan terhidrasi. Selain itu melihat pengaruh konformasi kompleks enzim terhadap kehadiran molekul pelarut. Stabilitas konformasi enzim dapat dilihat dari hasil perhitungan perubahan nilai RMSD terhadap waktu simulasi. Berdasarkan pada hasil molecular docking dan dynamics, hanya terdapat dua ligan peptida siklis yang dapat berinteraksi dengan polymerase A dan B1 (PAC-PB1N). Ligan tersebut adalah ligan CKTTC dan CKKTC.

---

The influenza A virus is evolving fast, some drug resistance strains are emerging. Thus, it is critical to seek potential alternative treatments. The viral RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) in influenza A virus consisting of three subunits, PA, PB1, and PB2, has crucial roles in viral replication and transcription. The highly conserved PB1 binding site on PA can be considered as a potential target for the development of new anti-influenza drugs. Peptides are preferable for designing inhibitors because of its high activity and specificity.

In this work, the peptide ligands were designed based on the same characteristic with molecular surface of the crystal structure PAC and PB1N. Molecular surface of the crystal structure PAC-PB1N had the hydrophobic pockets. The N-terminal 48 amino acids of PB1, termed domain α, contain the residues required for binding PA. The first 12 amino acids of PB1 were found to constitute the core of the interaction interface. We made combination from the first 12 amino acids of PB1 to become peptide. We cyclized our peptide ligands by S-S disulfide bridge in order to increase its stability. 1728 cyclopentapeptide inhibitors have already designed in this study.

We used MOE 2008.10 software for the molecular docking and dynamics simulation. The docking method was performed to carry out enzyme-inhibitor binding interactions, free energy binding, estimated Ki values and five Lipinski rules. The molecular dynamics simulation was performed to know solvation effect into complex enzyme-ligand, and also to understand the interactions within the inhibitor and the enzyme's binding sites. RMSD was calculated to know the stabilty of complex enzyme. Conformational changes of enzymes which occur during molecular dynamics simulation showed the dynamicization of an enzyme in the presence of solvent and inhibitor. Based on the docking and dynamics simulation result, only two cyclopentapeptide, namely CKTTC and CKKTC, could be proposed as a potential inhibitor to the interaction polymerase A and B1 (PAC-PB1N) in A/2009(H1N1) virus."

"Pada tahun 2009, flu babi kembali menyerang berbagai negara di dunia. Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) menetapkan wabah virus influenza A H1N1 sebagai pandemi global pada 11 Juni 2009. Setidaknya ada sekitar 18.449 orang di seluruh dunia yang meninggal akibat serangan virus ini. Kemudian pada tanggal 10 Agustus 2010 Badan Kesehatan Dunia (WHO) secara resmi mengumumkan pandemi flu babi di dunia telah berakhir dan berganti menjadi fase post pandemic Fase post pandemic ini fase paling tepat untuk menemukan antiviral yang dapat mengatasi infeksi virus ini. Salah satu antiviral yang telah ada yaitu amantadine dan rimantadine dilaporkan telah mengalami resistansi. Oleh karena itu perlu ditemukan antiviral baru untuk menggantikan amantadine dan rimantadine sebagai inhibitor protein M2 channel virus influenza A H1N1. Belakangan dilaporkan bahwa senyawa (1R,2R,3R,5S)-(-)-isopinocampheylamine memiliki kemampuan untuk menginhibisi protein M2 channel virus influenza A H1N1. Pada penelitian ini akan dilakukan modifikasi (1R,2R,3R,5S)-(-)-isopinocampheylamine secara in silico untuk mendapatkan inhibitor yang lebih baik. Terhadap protein M2 channel, dilakukan docking dengan tiga inhibitor standar dan 52 inhibitor modifikasi, serta dilakukan drug scan terhadap modifikasi inhibitor. Hasil docking didapatkan 3 inhibitor modifikasi terbaik yang mempunyai afinitas ikatan dan potensi inhibisi yang lebih baik dibanding ligan standar. Berdasarkan analisa drug scan, inhibitor modifikasi mempunyai sifat farmakologi yang baik, ditunjukkan oleh nilai drug likeness, drug score, bioavailabilitas oral, dan toksisitas.

---

In 2009, swine flu attacked various countries in the world. World Organization (WHO) set a pandemic of influenza A H1N1 virus as a global pandemic on June 11, 2009. At least there are approximately 18,449 people worldwide who die from this virus attack. Then on August 10, 2010 World Health Organization (WHO) officially announced the swine flu pandemic in the world has ended and changed into post-pandemic phase. Post-pandemic phase is the most appropriate phase to find antiviral that can overcome the infection with this virus. One of the existing antivirals amantadine and rimantadine are reported to have experienced resistance. Therefore it is necessary to find new antiviral to replace amantadine and rimantadine as the M2 channel protein inhibitor of influenza A H1N1 virus. Later it was reported that compound (1R, 2R, 3R, 5S )-(-)- isopinocampheylamine have the ability to inhibit channel M2 protein of influenza A H1N1 virus.

This research will be modified (1R, 2R, 3R, 5S )-(-)-isopinocampheylamine in silico to obtain better inhibitors. Against the M2 protein channel, performed three inhibitor docking with standard and 52 inhibitors modifications, and also done a drug scan for modifications inhibitor. Docking results obtained three best binding affinity of modifications inhibitor and its potency of inhibition is much better than standard ligands. Based on drug analysis scan, the inhibitor of modification has a good pharmacological properties, indicated by the value of drug-likeness, drug score, oral bioavailability, and toxicity."