Hasil Pencarian  ::  Simpan CSV :: Kembali

"Gen Oryza sativa NAC6 (OsNAC6) merupakan gen pengkode faktortranskripsi OsNAC6 yang terinduksi cekaman kekeringan pada tanaman padi(Oryza sativa L.). Tujuan penelitian adalah mengisolasi dan mengklona genOsNAC6 dari tanaman padi kultivar Rojolele dan Batutegi. Penelitiandilakukan di Laboratorium Biologi Molekular Padi Puslit Bioteknologi LIPIselama 10 bulan (Februari--November 2008). Fragmen gen tersebutdiperoleh dari proses sintesis dan amplifikasi cDNA OsNAC6 sampel kultivarRojolele dan Batutegi dengan teknik RT-PCR. Fragmen tersebut kemudiandiligasi ke dalam plasmid pGEM-T Easy (3.015 pb) untuk mendapatkanplasmid rekombinan yang diklona ke dalam Escherichia coli DH5α. Plasmidrekombinan yang telah berhasil diklona selanjutnya diisolasi dan disekuen.Hasil analisis BLAST menunjukkan sekuen gen OsNAC6 dari kedua sampeltersebut memiliki similaritas nukleotida sebesar 99% dan similaritas asamamino sebesar 100% dengan sekuen acuan [GenBank Accession NumberAB028185], yaitu coding sequence lengkap dari mRNA Oryza sativa L.pengkode protein OsNAC6. Analisis restriksi dan Southern blot menunjukkanadanya pola sesuai prediksi, yaitu pola pita berukuran 11.702 pb(pemotongan dengan enzim BglII), 3.142 pb dan 2.580 pb (pemotongandengan enzim EcoRI). Akan tetapi, terdapat tambahan pola pada hasilSouthern blot, yaitu pola pita berukuran sekitar 9,5 kpb (pemotongan denganenzim EcoRI) dan 1 kpb (pemotongan dengan enzim BglII), yang diduga sebagai kerabat dekat gen OsNAC6. Gen OsNAC6 berukuran 912 pbberhasil diisolasi dari tanaman padi kultivar Rojolele dan Batutegi sertadiklona ke dalam Escherichia coli DH5α."

"Promoter gen late embryogenesis abundant 3 (lea3) merupakan salah satu promoter terinduksi kekeringan pada tanaman. Penelitian bertujuan mengisolasi dan mengklona fragmen promoter gen lea3 yang terinduksi kekeringan dari padi (Oryza sativa L.) kultivar lokal Indonesia Rojolele dan Batutegi dengan menggunakan kultivar Nipponbare sebagai acuan. Penelitian dilakukan di Puslit Biotek LIPI, Cibinong dan berlangsung selama 9 bulan (Maret--November 2008). Fragmen promoter gen lea3 diamplifikasi secara in vitro dengan teknik PCR menggunakan primer LEAP F dan LEAP R yang menghasilkan pita berukuran ± 1.291 bp. Produk PCR kemudian diligasi dengan vektor plasmid pGEM-T Easy dan ditransformasi ke dalam Escherichia coli DH5α dengan metode heat shock. Hasil penapisan biru putih menunjukkan adanya 19 koloni biru dan 761 koloni putih dari keseluruhan koloni yang tumbuh. Verifikasi dengan digesti menggunakan enzim EcoRI menunjukkan hasil positif mengandung sisipan fragmen promoter. Hasil BLASTN pada situs NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) menunjukkan bahwa sekuen hasil klona fragmen promoter gen lea3 dari ketiga kultivar memiliki similaritas 99% dengan sekuen acuan promoter gen HVA-like dari kultivar IRAT 109 (GenBank Acc. No. DQ837728). Similaritas yang tinggi menunjukkan keberhasilan proses isolasi dan pengklonaan promoter gen lea3."

"Promoter gen late embryogenesis abundant 3 (lea3) merupakan salah satu promoter terinduksi kekeringan pada tanaman. Penelitian bertujuan mengisolasi dan mengklona fragmen promoter gen lea3 yang terinduksi kekeringan dari padi (Oryza sativa L.) kultivar lokal Indonesia Rojolele dan Batutegi dengan menggunakan kultivar Nipponbare sebagai acuan. Penelitian dilakukan di Puslit Biotek LIPI, Cibinong dan berlangsung selama 9 bulan (Maret--November 2008). Fragmen promoter gen lea3 diamplifikasi secara in vitro dengan teknik PCR menggunakan primer LEAP F dan LEAP R yang menghasilkan pita berukuran ± 1.291 bp. Produk PCR kemudian diligasi dengan vektor plasmid pGEM-T Easy dan ditransformasi ke dalam Escherichia coli DH5α dengan metode heat shock. Hasil penapisan biru putih menunjukkan adanya 19 koloni biru dan 761 koloni putih dari keseluruhan koloni yang tumbuh. Verifikasi dengan digesti menggunakan enzim EcoRI menunjukkan hasil positif mengandung sisipan fragmen promoter. Hasil BLASTN pada situs NCBI (www.ncbi.nlm.nih.gov) menunjukkan bahwa sekuen hasil klona fragmen promoter gen lea3 dari ketiga kultivar memiliki similaritas 99% dengan sekuen acuan promoter gen HVA-like dari kultivar IRAT 109 (GenBank Acc. No. DQ837728). Similaritas yang tinggi menunjukkan keberhasilan proses isolasi dan pengklonaan promoter gen lea3."

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan menganalisis DNA genom118 generasi pertama (T0) dengan metode Southern hybridization dan 549generasi kedua (T1) dengan metode PCR dan uji seleksi pada tanaman padi(Oryza sativa L.) hasil transformasi T-DNA yang mengandung transposonAc/Ds pembawa activation tag, melalui metode infeksi Agrobacteriumtumefaciens L. dengan plasmid pMO22. Penelitian dilakukan di LaboratoriumBiologi Molekuler, Pusat Penelitian Bioteknologi, LIPI, Cibinong selama 10bulan (Agustus 2007--Mei 2008). Analisis Southern hybridizationmenunjukkan 9 dari 46 tanaman T0 mengandung single copy T-DNA.Generasi T1 yang diperoleh dari 9 parental (T0) yaitu sebanyak 549tanaman. Analisis aktivitas transposon Ds pada 161 tanaman T1 dari 5parental T0 dengan PCR eksisi menunjukkan 110 tanaman memiliki aktivitastransposon Ds. Keberadaan transposon Ac/Ds pada genom tanaman T1dideteksi dengan penanda reporter gen gfp, bar, dan hpt. Uji GFP tidakberhasil mendeteksi gen gfp dalam transposon Ds karena ekspresi gentersebut lemah. Uji seleksi basta dan uji higromisin pada 161 tanaman T1dari 5 parental T0 menunjukkan 78 tanaman mutan yang mengandungtransposon Ds stabil (tidak mengandung transposon Ac). Penelitian berhasilmembuktikan sistem transposon Ac/Ds dapat digunakan untuk memperolehpopulasi tanaman padi mutan yang mengandung transposon Ds stabilpembawa activation tag, dengan posisi yang berbeda-beda."

"ABSTRAKIntrusi air laut ke daratan telah menjadi fenomena alam global. Salah satu dampak yang ditimbulkan dari kejadian tersebut adalah perubahan komunitas mikroba. Perubahan komunitas mikroba sangat berpengaruh pada tingkat kesuburan tanah. Pemanfaatan daerah pesisir untuk kegiatan pertanian akan sangat dipengaruhi oleh dampak perubahan tersebut. Pemanfaatan mikroba halotoleran sebagai biofertiliser diharapkan dapat meningkatkan hasil pertanian. Telah dilakukan penelitian mengenai isolasi dan seleksi kapang halotoleran pelarut fosfat dan penghasil IAA serta aplikasinya pada tanaman padi varietas Ciherang untuk mendapatkan isolat kapang halotoleran yang dapat digunakan sebagai agen biofertiliser dalam kondisi lingkungan salin. Diisolasi sebanyak 74 isolat kapang dari lingkungan mangrove Pulau Laki, Kepulauan Seribu dan Suwung, Bali. Tujuh isolat memiliki kemampuan pelarutan Ca-P yang tinggi. Pengujian ketahanan pertumbuhan pada variasi konsentrasi NaCl (0, 2, 5, 10, dan 20%) diperoleh satu isolat, yaitu PBB 3.1 yang mampu tumbuh sampai konsentrasi 20%. Isolat tersebut mampu melarutkan Ca-P sebanyak 68,97 mgL-1 pada konsentrasi 2% NaCl pada inkubasi 72 jam. Produksi IAA tertinggi dicapai pada konsentrasi 0% NaCl, pada inkubasi 48 jam sebesar 0,533 mgL-1. Isolat PBB 3.1 diidentifikasi secara molekular sebagai Aspergillus niger (van Tieghem 1867).Aplikasi inokulan Aspergillus niger PBB 3.1 dilakukan pada skala rumah kaca pada tanaman padi (Oryza sativa L.) varietas Ciherang, dengan variasi konsentrasi salinitas 0; 1,0; 1,5; 2,0 dan 2,5%. Pemberian inokulan Aspergillus niger PBB 3.1 sebanyak 200 g/10 kg pada media tanam berpengaruh terhadap pertumbuhan tanaman padi. Indikasi ini terlihat dari meningkatnya nilai FDA, populasi kapang, tinggi tanaman, jumlah anakan, dan bobot 1000 butir. Pemberian inokulan pada salinitas 0% mampu meningkatkan bobot 1000 butir sebesar 52%. Sedangkan pada salinitas 1,0% terjadi peningkatkan produktivitas sebesar 144%. Mekanisme pengaruh inokulan Aspergillus niger PBB 3.1 masih perlu terus dikaji. Namun, fenomena tersebut membuktikan bahwa isolat Aspergillus niger PBB 3.1 berpotensi untuk dikembangkan sebagai inokulan biofertiliser pada tanaman padi varietas Ciherang yang ditanam dalam kondisi salin sampai 1,0%.;Intrusion of sea water into terrestrial environment is global phenomenon. One of the possible impacts of the sea water intrusion is the soil microbial community structures disturbances. The Change of soil microbial community structure will affect greatly soil fertility, and thus influence utilization of coastal areas for agricultural activities. The use of halotolerant microbes as biofertilizer in coastal areas are expected to increase agricultural yield.

---

This research focused on the isolation and selection of halotolerant fungi and their application for biofertilizer of paddy (Oryza sativa L.) var. Ciherang. The special objective was to obtain halotolerant fungus which is capable of stimulating phosphate solubilization and producing growth hormone (IAA) in saline condition. Seventy four isolates fungi were obtained from mangrove and coastal environment of Laki Island in the Kepulauan Seribu and Suwung, Bali. Seven isolates were having good Ca-P solubilizing capacity. These isolate were further evaluated for their ability to grow under various NaCl concentration 0, 2, 5, 10, and 20%. One isolate Aspergillus (PBB.3.1) was proven to grow at 20% salinity. The strain was able to solubilize Ca-P of 68.97 mgL-1 at salinity 2% after 72 hours, whereas IAA produced maximum 0.533 mgL-1 at 0% salinity after 48 hours. Based on the ITS1 and ITS2 of LSU analyses, this strain was identified as Aspergillus niger (van Tieghem 1867).

Application of Aspergillus niger PBB 3.1 as biofertilizer for paddy (Oryza sativa L.) var. Ciherang was conducted in greenhouse. Five concentration of salinities were evaluated 0; 1.0; 1.5; 2.0 and 2.5%. Using 200 g/10 kg inoculant Aspergillus niger (PBB.3.1) stimulated the growth of paddy as indicated by an increase in FDA, population of fungi, plant height, panicle production and weight of seeds. Using 200 g/10 kg inoculant clearly affected the weight of 1000 grains, which can be seen on the 0% achieved 52% increase, whereas at 10% the weight of 1000 grains was much more stimulated, namely about 144%. The mechanism by which Aspergillus niger PBB 3.1 affect the growth and yield of paddy need further verification.Our experiment clearly noted that Aspergillus niger PBB 3.1 has the potential to be developed as biofertilizer for Oryza sativa L. var. Ciherang grown under saline conditions up to 1.0%.;Intrusion of sea water into terrestrial environment is global phenomenon. One of the possible impacts of the sea water intrusion is the soil microbial community structures disturbances. The Change of soil microbial community structure will affect greatly soil fertility, and thus influence utilization of coastal areas for agricultural activities. The use of halotolerant microbes as biofertilizer in coastal areas are expected to increase agricultural yield."

"Telah dilakukan penelitian yang bertujuan menganalisis DNA genom 118 generasi pertama (T0) dengan metode Southern hybridization dan 549 generasi kedua (T1) dengan metode PCR dan uji seleksi pada tanaman padi (Oryza sativa L.) hasil transformasi T-DNA yang mengandung transposon Ac/Ds pembawa activation tag, melalui metode infeksi Agrobacterium tumefaciens L. dengan plasmid pMO22. Penelitian dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Penelitian Bioteknologi, LIPI, Cibinong selama 10 bulan (Agustus 2007--Mei 2008). Analisis Southern hybridization menunjukkan 9 dari 46 tanaman T0 mengandung single copy T-DNA. Generasi T1 yang diperoleh dari 9 parental (T0) yaitu sebanyak 549 tanaman. Analisis aktivitas transposon Ds pada 161 tanaman T1 dari 5 parental T0 dengan PCR eksisi menunjukkan 110 tanaman memiliki aktivitas transposon Ds. Keberadaan transposon Ac/Ds pada genom tanaman T1 dideteksi dengan penanda reporter gen gfp, bar, dan hpt. Uji GFP tidak berhasil mendeteksi gen gfp dalam transposon Ds karena ekspresi gen tersebut lemah. Uji seleksi basta dan uji higromisin pada 161 tanaman T1 dari 5 parental T0 menunjukkan 78 tanaman mutan yang mengandung transposon Ds stabil (tidak mengandung transposon Ac). Penelitian berhasil membuktikan sistem transposon Ac/Ds dapat digunakan untuk memperoleh populasi tanaman padi mutan yang mengandung transposon Ds stabil pembawa activation tag, dengan posisi yang berbeda-beda."

"Tanaman yang mengalami cekaman kekeringan menunjukkan pertumbuhan yang terhambat. Pertumbuhan tersebut berkorelasi dengan sintesis protein.Penelitian ini bertujuan untuk menunjukkan profil protein pada tanaman kentang yang mengalami cekaman kekeringan...."

"Kekeringan adalah salah satu faktor stres abiotik yang mengurangi produktivitas padi di Indonesia. OsDREB2A adalah anggota subfamili DREB dari faktor transkripsi AP2/ERF dan berperan dalam mengatasi stres kekeringan dengan langsung mengikat elemen DRE untuk mengatur ekspresi gen di hilir. Namun, penelitian lebih lanjut masih diperlukan untuk mengamati setiap gen OsDREB2A pada varietas padi lokal Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi gen OsDREB2A pada beberapa varietas padi lokal Indonesia, yaitu dari Jawa (Ciherang, Situ Bagendid, Way Apo), Kalimantan (Beras Hitam), Aceh (Sigupai). DNA diisolasi dari daun masing-masing varietas, diamplifikasi menggunakan PCR, kemudian dielektroforesis dan disekuensing. Data sekuensing dianalisis menggunakan DNA Baser, BioEdit dan kemudian divisualisasikan menggunakan server SWISS-MODEL, Database Proyek Anotasi Genom Padi, dan alat peta kromosom. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lima sampel memiliki cakupan query 100% dengan sekuens kultivar OsDREB2A Pokkali (KU159743.1), persentase identitas yang mirip 99,86% dibandingkan dengan kultivar R180 dan 99,62% dibandingkan dengan kultivar Nona Bokra. Perbedaan dalam struktur asam amino sembilan sampel dibandingkan dengan kultivar pembanding terletak pada panjang struktur ekor. Struktur asam amino masing-masing kultivar mengacu pada kromosom 1 pada lokus LOC_Os01g07120.

---

Drought is one of the abiotic stress factors that reduces rice productivity in Indonesia. OsDREB2A is a member of the DREB subfamily of AP2/ERF transcription factors and participates in drought stress by directly binding to DRE elements to regulate downstream gene expression. However, further research is still needed to observe each OsDREB2A gene in local Indonesian rice varieties. This research aims to explore the OsDREB2A gene in several local Indonesian rice varieties, namely from Java (Ciherang, Situ Bagendid, Way Apo), Kalimantan (Black Rice), Aceh (Sigupai). DNA was isolated from the leaves of each variety, amplified using PCR, and then electrophoresed and sequenced. Sequencing data were analyzed using DNA Baser, BioEdit and then visualized using the SWISS-MODEL server, Rice Genome Annotation Project Database, and chromosome map tools. The results showed that five samples had 100% query cover with the Pokkali OsDREB2A (KU159743.1) cultivar sequence, 99.86% similar percent identity compared to cultivar R180 and 99.62% similar percent identity compared to cultivar Nona Bokra. The difference in the amino acid structure of the nine samples compared to comparison cultivars lies in the length of the tail structure. The amino acid structure of each cultivar refers to chromosome 1 at the LOC_Os01g07120 locus."